3UD6A

Structural analyses of covalent enzyme-substrate analogue complexes reveal strengths and limitations of de novo enzyme design
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
248
structure length
248
Chain Sequence
PRYLKGWLEDVVQLSLRRPSVRASRQRPIISLNERILEFNKRNITAIIATYMRKSPWGLDVERDPIEYAKFMERYAVGLSICTEEKYANGSYETLRKIASSVSIPILMADFIVKESQIDDAYNLGADTVPLIVKILTERELESLLEYARSYGMEPIIKINDENDLDIALRIGARFIGICSRDWETLEINKENQRKLISMIPSNVVKVASTGISERNEIEELRKLGVNAFSIISSLMRNPEKIKELIEG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase/lyase inhibitor
molecule keywords RETRO-ALDOLASE
publication title Structural analyses of covalent enzyme-substrate analog complexes reveal strengths and limitations of de novo enzyme design.
pubmed doi rcsb
source organism Artificial gene
total genus 94
structure length 248
sequence length 248
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-10-27
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3ud6A00
2WNNA 4JTSA 5AN7A 3NQAA 5AHEA 3W7DA 1G7VA 3RU6A 2NWRA 4MY8A 5DLCA 3CTLA 3LCGA 3P84A 4JGDA 2BTMA 4JX5A 2CLHA 5CKSA 4MYAA 5F1UA 1TQXA 3NA8A 5AHFA 4JN6A 3KVLA 3LXAA 1SO4A 2ISWA 1C29A 4WQ6A 3V1PA 5KZDA 1OYCA 1HFBA 3G18A 1UASA 1A5CA 1GTEA 2I1OA 3QH2A 2Z6IA 5EKYA 3HPSA 3BG9A 3B8DA 5IBXA 2HS6A 3P81A 5J5RA 2CLIA 1DKWA 3E02A 4K39A 4K36A 1LDCA 3IVTA 1A5SA 1E51A 1ZFJA 2ABAA 2ZTKA 3L5LA 4TO8A 3YPIA 2BX7A 1YXDA 5I3HA 3P82A 3AO0A 5F2LA 3W7JA 4UMAA 3W71A 5HNRA 3PB2A 1ONRA 4DXVA 5AYXA 1LBLA 2E6AA 1VGAA 3SW6A 3QF0A 1FQ0A 2FFCA 3CT7A 4O14A 2DJXA 3UD6A 4AWSA 3LCLA 4UTWC 4O57A 3W7OA 3W85A 3TUUA 4WXZA 1W3IA 3N14A 4LT9A 3G1DA 3BK0A 3N3MA 2PCQA 2NXGA 4O1BA 3W7NA 3IIOA 3C2VA 4Z1CA 3NQMA 4XKYA 4FNSA 1IIHA 1DQWA 3OEXA 1KTBA 3GNDA 4JDBA 4M6VA 2G5WA 3HO8A 2QUVA 5FF3A 3ABRA 1N55A 3NPWA 1VRDA 2R14A 1DJQA 1H7OA 2C18A 3F4NA 3NL3A 2A4AA 3NL2A 3UYCA 3CWOX 4MPQA 1WBJA 4HPJA 2DP3A 2WNZA 1TV7A 1TPWA 5L6UA 3WK3A 5KZEA 3PVFA 2A21A 3BG3A 4Z1DA 3TQKA 4R34A 1KM0A 4RZ6A 1TYGA 2YZRA 1PCWA 3BW3A 3DI0A 3PULA 2E5CA 1O95A 4AF0B 2VELA 3NQ8A 5E1QA 2DZSA 3HG2A 5KITA 4DELA 4POCA 1EUAA 3OHIA 4UFHA 3M5ZA 1IXOA 5I3KA 1PHQA 4RXGA 3DXIA 3C52A 1VLWA 3IV3A 3FEMA 3DKJA 4NU7A 1OFPA 4JNMA 1EWDA 2R8WA 3M47A 3ZS4A 2HTMA 1OVDA 2WV8A 3PC0A 5AHMA 4N9EA 4DPQA 1LROA 2H90A 5K4XA 1R46A 1W31A 4GXMA 1I45A 1PE1A 3W7CA 2CW6A 3MHFA 4MJMA 1JCLA 3LLFA 3NQEA 1YTDA 4ZL1A 3C6CA 4DF0A 3HOJA 1KM2A 3PUDA 1OK6A 1XDMA 2TSYA 2ZBTA 3TKFA 2TMDA 3W23A 1S5TA 2V30A 1XXXA 1ICSA 3Q94A 1L2UA 3W7KA 3BV4A 5DCDA 4L4MA 1W5MA 3W1PA 3NL6A 3SJ3A 1GYNA 3FYOA 1TCDA 1R2TA 2XN2A 3VE7A 4LVFA 1A5AA 5TBOA 1FBAA 3O6DA 4LY8A 3TSMA 1B3OA 1QAPA 3S0CA 3KRZA 2QUUA 3TFCA 5KTLA 2NX9A 1FUYA 1KFLA 2ZCGA 1EP1A 4GRSA 3L0GA 4TU1A 4UTTA 3CLMA 3P80A 1ME9A 4O12A 5D37A 4LU0A 2X2GA 2CWNA 3O06A 3B0PA 1GEQA 2XFWA 4LRSA 1MSSA 3QFEA 4NJIA 2NZLA 1CI1A 3TAOA 3GK0A 4YCOA 3R2GA 2ZRUA 5DXYA 2O7SA 1NAL1 2EKCA 1I2QA 4Y96A 4OWGA 4JTKA 5DCBA 2DU2A 4O53A 4S1FA 2CLOA 2Y7GA 4JTGA 3ABOA 3KVKA 3PR2A 3W2LA 4YXGA 3F03K 1F05A 4LWWA 1IXPA 4UCGA 1SZNA 2ZRZA 5G1TA 4PC8A 2YXGA 3UWQA 4EVZA 5CG7A 3WJWA 1F74A 1AL7A 2G97A 3SIZA 1Y0EA 4ZQOA 4M6PA 4RX0A 4E0CA 1LTDA 2YDAA 3UQNA 3W1LA 3JS3A 4IQLA 4O13A 1A53A 1YXCA 3U2OA 3INPA 5D30A 4O16A 3IIVA 3C8FA 1FXPA 3ZWSA 2YFNA 3P8IA 3GB6A 1FXQA 1GVQA 5L9FA 1QNVA 4CNOA 2DORA 2QJGA 5D2TA 1OABA 3LI0A 3W6YA 1EP3A 1OF8A 2EGZA 3TV8A 1JRCA 1Q6QA 1ZCOA 4Y90A 2Z1BA 4J9JA 1VZWA 2ISSA 1G4EA 5F4SA 4NQ1A 2ZRVA 4LVBA 3MUXA 3MI3A 3K30A 4UFMA 3PBYA 1MEIA 2I14A 4DF1A 3NDOA 3TMLA 1RQHA 4MY9A 3MMTA 3LX9A 3P61A 3MHUA 4PODA 1PHWA 1FWNA 4XTDA 3G8RA 3W7MA 3P60A 5TIMA 2QKFA 3PUOA 4HNUA 2QJHA 4UR8A 1OG0A 4UTJA 5G4EA 4JTJA 1SFJA 3LXCA 2QCLA 2Y63A 1OFEA 1JRBA 3HGRA 1O4UA 2FLIA 3LHTA 4NNAA 4OGZA 1HO1A 1PCKA 4EF8A 1KFJA 1W8SA 2GVLA 1N8FA 5AC7A 4E2BA 4QSHA 1QMLA 3ANYA 3NZ1A 5T26A 3UNDA 5AB3A 1SQ7A 2NX3A 3HGOA 4KWWA 3RK8A 3IRDA 3LCXA 1OFDA 3PSVA 4R7JA 3KVMA 2YFOA 3W1AA 5EBUA 1JUKA 2V8ZA 1DORA 4PTNA 5C55A 3TC7A 1FWTA 4FX8A 1O94A 3DU0A 4MFEA 3GKAA 1H1ZA 5HWJA 1LRNA 4OV4A 1Q6RA 4O54A 3LHVA 5K4ZA 3DHFA 5EA9A 3W1RA 5FF7A 4NX0A 4UR7A 3L0NA 1ZNNA 2A2IA 3CB8A 4JR5A 4UTLA 2WO5A 5D02A 3NQGA 5G5IA 3JRKA 1XBZA 2P10A 3GXPA 1A50A 4JY9A 3W7LA 1QPNA 1YDVA 4WX2A 3CM4A 1XBYA 5I3JA 2QAFA 1ICQA 1SO6A 1W3TA 2C1HA 4P61A 5K7JA 1LOQA 4AWUA 1HG3A 1XUUA 2Y61A 1K7FA 4HPXA 4RK8A 2RDTA 4N9CA 5LSMA 1AK5A 1ZHAA 1NSJA 4NZFA 2R94A 3H55A 4FNUA 4IJBA 1THFD 3P5YA 3W1NA 2VFHA 4HNNA 2Z2UA 4O1AA 3C2FA 3CEPA 1FDZA 3NPXA 1GTHA 4IMGA 1K7EA 2J27A 3G3MA 4RR4A 3M41A 4DBDA 1TRDA 2CZFA 3M9YA 1EWEA 1ZENA 1TMHA 5DBUA 2QUTA 3BW4A 4I7UA 5DY3A 1ALDA 4IXHA 3NVTA 4BWLC 1K8YA 1WYIA 1YTKA 4AF0A 2VEPA 3TA6A 2FPYA 2FPTA 2WKJA 4OQVA 2EPHA 1GVSA 2CU0A 2A7PA 4UTKA 1S5WA 1OYBA 4PEKA 5F4WA 4AWTA 5D2YA 1LORA 3TROA 1GZGA 3A23A 3IVUA 3P62A 1QOPA 2F7FA 1PIIA 3TIMA 4CQ9A 3UWWA 4TIMA 2RH9A 4H6KA 3L0KA 3MP5A 5D38A 1DQXA 4OT7A 3GXNA 3GNNA 3QSTA 2YX0A 3MBFA 3C2OA 3TXVA 4XTIA 4CQAA 1WX0A 1T99A 1YDOA 1ZAHA 3WK2A 4RJEA 2VFGA 3TK7A 1YLVA 1R47A 4MUZA 4LW7A 3TDFA 3IGSA 3TAKA 4DO6A 1I2PA 3LHZA 3QSRA 2NUXA 2WQPA 4Q4KA 4MVAA 1QWGA 3NQ6A 5FF0A 4CLMA 3BLFA 1XM3A 4YLWA 2AQWA 3GX9A 2NX1A 5AHNA 1P4CA 3EX1A 4RZ4A 4Y6GA 4BK9A 1SU5A 4QITA 2ALDA 3WJZA 4MFDA 3HG4A 3ZWTA 4LV4A 4OE7A 1KV5A 4JS3A 3I7SA 4QM1A 4UNLA 3O8AA 3HPZA 3CHVA 3GKFA 4O15A 4RXFA 3C56A 3TXZA 4UUIA 5I3GA 5CPMA 1EB3A 3G1XA 3E49A 1TTIA 2BXVA 3GDRA 1Q3NA 4A2SA 1F5ZA 1T0OA 3UXDA 4BF9A 2OZ0A 1WBHA 1B57A 3PM6A 1VYSX 3Q58A 4KWVA 2GQ9A 1JUEA 3JR2A 5CPNA 2V2HA 5CSRA 1H1YA 4LRTA 1AL8A 1OX6A 1TTQA 5BW6A 3G8EA 1SW0A 1F7BA 3DFNA 1K02A 4GUFA 7TIMA 2B0MA 2ZZ7A 2E6FA 1TPVA 3DBPA 4CCEA 6TIMA 4S2BA 3LM7A 2RDUA 2NV1A 4GUJA 4MZYA 3NQDA 4A3UA 4FIRA 3N9SA 4ZQRA 2JGQA 1R30A 3A22A 1TIMA 1TPFA 4MKNA 2ZZ5A 4OBTA 5U7SA 1GVRA 1XL9A 3TJXA 3H54A 1SO5A 2Y7EA 3BGGA 3SSJA 2VKZG 3DHDA 1GWJA 2Q3OA 4KFOA 4NNBA 5D09A 1C8VA 2DZXA 1G4TA 3LDVA 4ONVA 4AHOA 2Y85A 4X9SA 3VI2A 1KBIA 3C2EA 2E1DA 3NQ2A 3A21A 2X1UA 3IIPA 1OFAA 3W7HA 3HMJG 1AW1A 3QZEA 4UTMA 1KFKA 2HS8A 2XN1A 2G96A 4Q32A 2QCEA 3DFPA 2QCMA 4X3ZA 4EIVA 3S9YA 3QMTA 1QPOA 1JJKA 4FF7A 2ZA2A 1OFOA 1SZEA 1I2NA 1PS9A 2A5HA 2VENA 5HINA 3HGSA 1SW3A 1DJNA 3CC1A 3O6CA 4JYFA 3NQFA 1XFBA 4JTTA 4LVAA 1VHCA 3MW7A 2FQIA 1RQEA 1D3GA 1AW2A 4GUHA 4UFIA 3GDTA 1EP2A 4NNCA 3W1QA 5F1VA 3GDKA 4ZQMA 2ZDRA 5H2ZA 5HUOA 2AAMA 3NPVA 2VOMA 3W1MA 1IXNA 3WJYA 1KFEA 4JTFA 3QC3A 4UFKA 1MXSA 3QQ0A 2J88A 1W5NA 5IBXC 1QPQA 4IUOA 2ZQ0A 2ZRXA 2C16A 3T78A 2YYTA 4ZQNA 5D33A 1C9DA 2ZZ6A 3FJLA 3UZ5A 1TB3A 3LCIA 1G4SA 2Y7DA 1QFEA 2B7NA 3W72A 1I4NA 1BKSA 2E6YA 4A2RA 4HNTA 3G0SA 3G1HA 4UNKA 2YSWA 3DGRA 1G67A 1GPWA 3LI1A 4N02A 2ZZ3A 4IOTA 4LVGA 3OIXA 4UMCA 4XZ9A 5LKYA 1UUMA 4A29A 2NXHA 1YADA 3G0UA 1RPXA 5BRBA 3PBVA 4Y8FA 3TFXA 3LRLA 5FEZA 1XCFA 3LCWA 4GUGA 5HR6A 2ZRWA 2A1YA 4MZ8A 3R8RA 4QAIA 1TJPA 1K8XA 4DO4A 4HN4A 2QCGA 1FWWA 4O1DA 4OU1A 3FOKA 1W5OA 1BWKA 5C5YA 2OT0A 3N9RA 1JR1A 1O60A 1UUOA 1ZAJA 2WSRA 4FIQA 2WSQA 4EWND 1DL3A 4FNQA 1RVGA 2ZA3A 3ABSA 4NJJA 1AMKA 1JQVA 1LOLA 3B06A 4CNPA 4PCFA 1VYRA 3A24A 4O52A 5E0KA 3UWUA 1HO4A 1Z48A 1TREA 3P8JA 4O4WA 4Z0JA 3DKLA 3DFQA 4U4MA 2X30A 4PL1A 2V0TA 4JX6A 2W79A 4FB7A 1FDJA 4JYDA 4N4PA 2X16A 4R33A 1WA3A 3EWZA 3VFLA 2DZWA 3LOTA 3N2MA 1G7UA 1TPDA 2NUWA 1VYPX 4A22A 1LBMA 3G3DA 5CZTA 1NFBA 3L67A 4FNRA 4AXKA 4IXXA 4JDYA 5BOOA 1OFBA 3UZJA 4CNNA 2PRLA 4NVTA 1G4PA 3O16A 4ZQCA 4JY8A 1FY6A 2FIQA 3NAVA 3B0VC 4O19A 3S1XA 3KOFA 4RV8A 1TPC1 1ZY9A 4PL2A 5HWNA 2G95A 3EXSA 5AFDA 1SZGA 1SZFA 4MJZA 4O0KA 5HULA 3BLEA 3PBUA 1T8XA 1YXYA 4WY0A 5K3VA 4HSOA 1X1OA 4ADUA 2CLKA 3D0CA 4S2CA 4UFJA 3R13A 1QPRA 4LS1A 5LGZA 1KLZA 1IF2A 3HIJA 4LS0A 3S1VA 3W7IA 3THQA 2VFEA 5AC8A 2NUYA 4FO4A 4BI7A 2Q8LA 3NGJA 4A21A 1F73A 2E77A 4LNYA 4PFMA 2V2DA 2H8XA 4GUIA 1QR7A 2BSLA 4O1CA 3W7GA 3USBA 1SR9A 3CQ0A 3EKLA 3KRSA 5LNWA 4ZVJA 5HQEA 1YPIA 5J5DA 4UTTC 3W2UA 1EX5A 2Z6JA 3W87A 4KFPA 4DPPA 3O15A 4NJKA 3T4CA 3VNDA 1VR6A 1EUNA 3TQVA 3BVJA 3QM3A 2QCFA 3IVSA 1TTJA 3ZFHA 5FESA 1HUVA 3DI1A 2VXNA 3MO7A 1FX6A 1X7FA 2PRMA 3EKZA 3O6YX 3M5YA 3FJ6A 3VKJA 3ZR4A 2C19A 4O50A 5CZ0A 3CIWA 3TJLA 4JXCA 3W2NA 2B4GA 2O7QA 3IEBA 1P1XA 3QYQA 5DBTA 2ZA1A 5A8GA 5LNRA 3S42A 5F2GA 3P7YA 3NG3A 1LRTA 1KM4A 2EF9A 4GJ1A 4YMZA 3Q37A 4AHPA 3LB0A 3I65A 4FNPA 1KTNA 4N9DA 4DEFA 3WK0A 3W76A 1HL2A 4HHPA 4NJHA 2LLEA 1J2WA 2V5BA 3W2MA 4O11A 4C1KA 4JTIA 3AJXA 5GVJA 1TV5A 4O8RA 1H51A 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 4NT0 A;  3PG8 A;  2E5D A;  5LGX A;  2BZN A;  4UTI A;  2OMA A;  1GVF A;  3FKR A;  4IME A;  3E0I A;  1R2S A;  4XWU A;  1U83 A;  2DZV A;  1GQN A;  5ABT A;  1KM1 A;  1TO3 A;  3S6D A;  1FCV A;  4I9A A;  1JCM P;  3TU9 A;  2YPI A;  1SW7 A;  1SPQ A;  4AVF A;  3EWW A;  3VE9 A;  4LVD A;  2TPS A;  3C0J A;  1LBF A;  1LM1 A;  4YWI A;  4M6Q A;  4MIM A;  4WY0 B;  1FWS A;  1LZO A;  1FDY A;  1TRI A;  1A5B A;  2CZ5 A;  3GAY A;  3KHJ A;  3NXF A;  3BAR A;  3QEZ A;  3W86 A;  2QCD A;  5D2V A;  3EXT A;  3W88 A;  1QCW A;  4NX5 A;  4OHQ A;  4Q33 A;  2VFF A;  1DHP A;  2J9Z A;  5LNS A;  1WAU A;  1RD5 A;  3BG5 A;  3W84 A;  1UB3 A;  4CCC A;  4DF2 A;  4LUI A;  1KTC A;  1XI3 A;  5DXX A;  3KRU A;  2A0N A;  3MYP A;  5G2I A;  4CQ8 A;  4O4V A;  4N6E A;  1V7Y A;  3UPB A;  1M6J A;  3P67 A;  3EX6 A;  2E5B A;  1UJP A;  1YYA A;  1ML1 A;  1TJR A;  3N34 A;  3FIG A;  1NF0 A;  2J9Y A;  1B9B A;  3G1V A;  3LLD A;  3DFS A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2XGI A;  2HVO A;  2WNN A;  3W7D A;  3VPL A;  4PMY A;  1G7V A;  4PB4 A;  1QI4 A;  4REQ A;  2WBK A;  1QAS A;  3WUF A;  3VMP A;  3BLD A;  1V02 E;  1BQG A;  2D2G A;  3T2O A;  4JCM A;  5AHF A;  3KVL A;  2ALR A;  2GSJ A;  1VBJ A;  2J75 A;  2ISW A;  2X09 A;  4X0V A;  1C29 A;  1OBA A;  1DHK A;  5ECV A;  3EWD A;  1A5C A;  3ZQ9 A;  1GTE A;  1BG9 A;  4QX4 A;  2Z6I A;  5EKY A;  3U4F A;  3VZY A;  1HKM A;  1S46 A;  1NP0 A;  3HPS A;  3K5X A;  2CLI A;  1J12 A;  4K36 A;  1H5V A;  1A5S A;  1ZFJ A;  3ZOA A;  2V5K A;  1XLB A;  1YXD A;  1EJU C;  5I3H A;  3P82 A;  4L9Y A;  1P43 A;  4BQ3 A;  3KLL A;  1XV8 A;  3LQL A;  3W71 A;  1ONR A;  3GC4 A;  4J7R A;  4DXV A;  2E6A A;  1GQJ A;  3ZVH B;  3OP2 A;  1FQ0 A;  1Y7V A;  2DJX A;  3UP8 A;  1MFU A;  1GOO A;  1DED A;  4WXZ A;  3E1F 1;  1WB0 A;  3H70 A;  4IFO A;  3N3M A;  2PCQ A;  2IPJ A;  2OSY A;  3GWQ A;  4Z1C A;  1UPP A;  3E2R A;  4XKY A;  3GXM A;  1REQ A;  5CSY A;  5BRO A;  3AHX A;  3OEX A;  4XD5 A;  5E09 A;  3GND A;  4IL2 A;  1EXP A;  3MC5 A;  4MB5 A;  5FF3 A;  2G5W A; 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