1R2RA

Crystal structure of rabbit muscle triosephosphate isomerase
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
246
structure length
246
Chain Sequence
SRKFFVGGNWKMNGRKKNLGELITTLNAAKVPADTEVVCAPPTAYIDFARQKLDPKIAVAAQNCYKVTNGAFTGEISPGMIKDCGATWVVLGHSERRHVFGESDELIGQKVAHALSEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKVIADNVKDWSKVVLAYEPVWAIGTGKTATPQQAQEVHEKLRGWLKSNVSDAVAQSTRIIYGGSVTGATCKELASQPDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords Triosephosphate isomerase
publication title Closed conformation of the active site loop of rabbit muscle triosephosphate isomerase in the absence of substrate: evidence of conformational heterogeneity.
pubmed doi rcsb
total genus 90
structure length 246
sequence length 246
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date 2003-09-29
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1r2rA00
3LHUA 2FTPA 1XI3A 1TJRA 4ALDA 5EL1A 5HUPA 1N7KA 3ATZA 4UFMA 1ME7A 4MLJA 5IBXC 2FDSA 2Y7GA 4U4MA 3IIZA 5AN7A 2W0UA 1NSJA 3KOFA 1G4SA 3HPXA 2ZRVA 3LCWA 1N8FA 3CQ0A 3HJZA 4JTKA 4NXKA 3V1PA 4O57A 4KWWA 3P81A 3BO9A 4BWLC 3O1NA 5D2TA 1SU5A 2FPYA 4PA8A 1QO2A 1TPEA 5EY5A 3STGA 6TIMA 3DFNA 2Y61A 2C6QA 2A6NA 2ISWA 3QC3A 4DPPA 2WNZA 4O0KA 5HNRA 1OK6A 3GK0A 5D09A 1SW0A 3NOEA 4RV8A 4IX0A 3UD6A 3PSVA 1OX5A 4JS3A 2AGKA 4GUGA 3NM1A 3NZRA 4LUIA 1QO5A 1ICQA 3SECA 5HMSA 5A8GA 3UZ5A 5BMXA 3BLIA 2WKJA 4LRTA 3OEXA 5D33A 1LYXA 3BGJA 4CQAA 3VCRA 2OT0A 1VJIA 4LV9A 1VHCA 1VH7A 4IPJA 4O1AA 3NZ1A 2QUVA 3PUEA 4FNRA 2ALDA 3C4UA 3S0CA 7TIMA 3ABOA 3SGUA 4HT3A 3FKKA 3LHTA 3ABSA 1W54A 3DFTA 5DY2A 3A22A 3DFPA 3W9ZA 1I2NA 5I3FA 1JCLA 3IEBA 3W1UA 3VI2A 1GTHA 2JBMA 1HUVA 2O7SA 5EBUA 5KTLA 1QMLA 4WZHA 1WQ5A 3QRHA 3QSRA 4I7UA 3W7QA 4P61A 1FDZA 1FWSA 1FDJA 1M6JA 1XC4A 4YCOA 1TPDA 2GVGA 3LXAA 5LHEA 3M6YA 4UFHA 3W7MA 3TSBA 1XKYA 1KV5A 3O6YX 1HO1A 3W2LA 5C6MA 1RD5A 4H6KA 5FEWA 2B7PA 3GVGA 5AHMA 5LZLA 4JIQA 2F7FA 1TYGA 3EWBX 3LTPA 4O0ZA 1O94A 1YXDA 3DFQA 5TQLA 4Y9AA 3QYQA 3W6YA 3HPSA 3FJ6A 3R13A 4O14A 2C16A 3GXPA 3PAJA 3QMSA 4MJZA 1F2JA 1F5ZA 1JRCA 4NVTA 2E5CA 4WY0F 1DBTA 4UMAA 1SUXA 1SW3A 5AOUA 1ZCOA 1V5XA 2C14A 4BI7A 2VFFA 1RZMA 1U5JA 4IXHA 2DZPA 4GUFA 5DELA 2NX1A 4IPIA 3DAQA 2WO5A 2HS8A 1VHNA 1G67A 2ABBA 5FEZA 3FYPA 2BLEA 1QPOA 4WXYA 1OG0A 1DHPA 2VFGA 2VOMA 3KVLA 4HNNA 1QR7A 3L0GA 5E0KA 3LCLA 3S1UA 4H3DA 3W76A 4POCA 5SWUA 1XBZA 1TRIA 1UUOA 2QDGA 2QCDA 3EKZA 2WNNA 3IIVA 1GVSA 1I4NA 1AW5A 4ZQPA 1HG3A 4LNYA 3NL5A 3TW7A 5D05A 4PL1A 1LROA 4CNPA 3NL3A 4LC8A 4K7VA 3UZJA 3LOTA 1JULA 2FQIA 3LTSA 3T7VA 1QWGA 3UWQA 4HNTA 4HIBA 4N9EA 3L5MA 2QCCA 2E68A 3MP4A 5AC8A 4YXGA 2RDTA 3FEMA 1BKSA 2R91A 4O15A 1RPXA 3W83A 5LNUA 3W2JA 4O10A 2W79A 3S5YA 5K9DA 2Q3RA 4ZL1A 4ZQMA 1OFDA 2E77A 4IMCA 1QPNA 3IIPA 4FNSA 3S1WA 3KXQA 1YXYA 2HMCA 2ZCGA 3TUUA 4GJ1A 1X1OA 4HHPA 1XUUA 3LCGA 4O18A 2BTMA 4LT9A 1ME8A 2ZRUA 1KFEA 1P4CA 5AC6A 3T78A 3DFOA 3M7WA 5HJLA 1XDLA 1WOBA 3MW7A 5KZEA 3NEVA 2EHHA 4JR5A 4FB7A 2QR6A 3G1DA 2A7PA 1GG0A 2W6RA 2H3BA 1JQVA 4S2BA 3GIYA 2LLEA 5F2MA 2E6DA 3NL2A 2G96A 4JX5A 4ONVA 4N02A 3DKLA 3G8EA 2V82A 2WOQA 3EX3A 3GAKA 3IVTA 3TKFA 1WX0A 3TQKA 4N4PA 5BW6A 1WV2A 2HTMA 4K7YA 4MIMA 1GVFA 2JGYA 3PBYA 1HO4A 1ZHAA 3LX9A 2YFOA 4G1KA 2HSAA 5FF0A 5C55A 1I2QA 3UXAA 1RQEA 2JGQA 4LS1A 2OZ0A 3W7CA 4WQ6A 3MYOA 1V7YA 3PM6A 3USBA 2CLKA 1TQJA 2X30A 4BI6A 1TV7A 5F1UA 1E51A 5K4XA 3QF0A 3NQDA 2QUUA 1ICPA 2H8XA 3L21A 4NX0A 1YLVA 1NF0A 4ZQOA 1ONRA 3NG3A 1DKWA 2BZNA 3O15A 3E02A 1B9BA 3STCA 1Q6RA 1TTJA 2FLIA 1AL8A 4CCEA 3QFEA 1FDYA 4HN4A 5AHEA 1MO0A 3TSDA 4UFLA 5F4WA 3PR2A 3G1FA 4L4LA 2ZZ4A 3OVPA 4Z08A 2DORA 5EPDA 4NXSA 1L6SA 4UTJA 3T55A 3OVRA 1YADA 3IGUA 5KMYA 1NAL1 1O60A 5G1TA 5I3HA 2F84A 1FX6A 1YTKA 3P67A 1LLZA 5C54A 3WK1A 1LCOA 3EXTA 2RKXA 3DBPA 1KLZA 3BLEA 4RXFA 3OA3A 1YXCA 1OFPA 3BV4A 1LRTA 2WQPA 5LKYA 1KFBA 4MVAA 1D9EA 1JCJA 4K8EA 4OHQA 2YW3A 3G18A 5HWJA 3L0NA 1WYIA 4JTEA 3TR2A 4IGHA 1RQBA 2BSLA 4ZQNA 2NUYA 1R2SA 4GNJA 2QCHA 2PC4A 1A5SA 3ZFHA 2YPIA 2X16A 1H7NA 1EPXA 1OX4B 3NQFA 4LVGA 3A24A 1QPQA 3SR7A 4UR7A 1ZALA 1JUEA 5AC7A 3TU9A 3RU6A 5G4EA 3V75A 1IIHA 4JTJA 3TX9A 4BFAA 4AF0B 5BMWA 3BPWA 1ZAJA 1M7PA 1I45A 1QCWA 1H51A 2Y7DA 4MKNA 2Q3OA 3AJXA 5D38A 3W22A 1KM5A 2A5HA 1W3IA 3QPYA 2TPSA 4EOUA 1SO4A 2DZUA 5AHNA 3WFAA 4DQWA 2X2GA 2CZDA 1PV8A 3FYOA 3W1AA 4N9BA 5KINA 2V0TA 3L2IA 1PL9A 4N6EA 2Q8LA 4LS2A 4UTWC 2PRLA 5AYZA 4FHAA 3W7OA 3C2VA 4XKYB 3UPBA 4K36A 3PBUA 1TCDA 1G7VA 5BOOA 1MSSA 3NL6A 4HSNA 4ADUA 5CPMA 1W5OA 3MBFA 3TV8A 4FNQA 4LVBA 3U2OA 1H7OA 3E96A 1OFOA 5G2WA 3WJWA 3ABQA 3TMLA 1SZEA 3GDLA 5CSSA 4O53A 3F03K 3P60A 1M7OA 2V2HA 5D37A 2V9DA 2PRHA 4IUOA 2J9XA 2Y6ZA 3MHUA 1JUBA 5LGXA 2G97A 4RZ6A 5LNVA 2QAPA 3THAA 3R2GA 3W7HA 3CC1A 4BK9A 3RFAA 3LXBA 4DF1A 2QCEA 2ZYFA 4GRSA 3PBVA 3TH6A 3NYZA 1WBHA 1KM2A 1C9DA 3IGSA 3WJZA 1XBYA 3PF3A 1H63A 1PVNA 3CWNA 3NPXA 3CIXA 3STEA 1R2TA 3R89A 3FFSA 3N9RA 3W86A 2QKFA 2X1SA 3MMTA 5FEPA 5H2ZA 1OF8A 1EP2A 4NZFA 3TK7A 3PC0A 1A50A 4NUWA 3AO0A 3L68A 4UTUA 4OV4A 5K7JA 5L9FA 4EF9A 2NX3A 3BW4A 3QW4B 1D3GA 3KVMA 2WJZA 4O4VA 4WOZA 1KTCA 2X1UA 1OFQA 3PB2A 1OF6A 1X7FA 4DXVA 3EXRA 1LDCA 4PCFA 2C15A 1FWRA 2NXIA 1W37A 2NWRA 4JDBA 2YZRA 1JCNA 3LXCA 2A21A 4LVAA 3LDVA 5AYYA 5E1QA 5KZMA 3C2OA 4MZYA 3PULA 1FUYA 3OG3A 1Q45A 5D03A 3C61A 3BARA 1SZNA 4H4IA 2Q8ZA 4RZ5A 3RK8A 4AXKA 4LV4A 2ISSA 5D04C 1WAUA 4TU1A 1RQHA 3HGJA 3DKJA 5U4NA 4ZMGA 3P5YA 1WBJA 5D32A 1FXPA 1AW2A 1G6CA 3FIGA 2ZRXA 4MY1A 4OGZA 1EA0A 2G5WA 3HG3A 4O28A 4UNKA 5A5WA 3B8DA 3W7GA 4X9SA 2ZZ3A 3G1XA 3EX4A 2CZEA 3F4NA 1H61A 3KHJA 3Q58A 1EWEA 1I8JA 3GR8A 3UXDA 2QCFA 4UIOA 1W5QA 4QQ3A 3NQ8A 1LRQA 1KFLA 2GVJA 4QNEA 3INPA 2Z6IA 3L5AA 4LVFA 2VEPA 5LNSA 1CX9A 4CNNA 2QCLA 5K9CA 1G69A 1O4UA 2KZHA 1A53A 1ADOA 1R2RA 2PCQA 1IGSA 5J5DA 2ZQ0A 4LRSA 1FQ0A 3P82A 2O7QA 5LSMA 4E38A 4XWUA 1VLWA 3B4UA 5F2IA 2CWNA 3CT7A 4JTHA 4IMDA 3QMRA 3N19B 2NXGA 1VYRA 1OYBA 3W23A 3PUOA 3WK0A 4AWTA 1WDWA 3W72A 2ZZ7A 3H55A 2YR1A 3W1LA 4LWWA 1W31A 3LHYA 5FF4A 4JTGA 2C19A 4HKPA 2TSYA 5FF3A 3O16A 1T0OA 2OT1A 3P61A 4M6QA 3W7RA 3GZ3A 5DCEA 3HIJA 3EEGA 1FCVA 4E2DA 4UNLA 4MJMA 3NQGA 3QZEA 3H54A 5EKYA 3C52A 2YXGA 4UTTC 4MFEA 1FCQA 3A9IA 2ZZ6A 2Y88A 3UNDA 4Z0JA 1W0MA 3W7IA 5HWNA 4NNBA 1YDOA 1VZWA 3QJAA 2XFWA 4QITA 2FB2A 2H90A 2X1RA 5KSWA 3M44A 4Z1BA 3NQ2A 4OWGA 2B7NA 1B4EA 4RZ4A 3W1RA 3TC7A 4JTTA 2YFNA 1I2RA 2E09A 2RDUA 3DGRA 3W1MA 1DQXA 3O06A 4LOCA 3UWUA 5AHIA 1LRNA 4RKAA 1HL2A 4OBTA 4O54A 3TXVA 2V30A 4U28A 4JY9A 2VFEA 1O5XA 3W70A 3M5VA 1CI1A 4KFOA 5FESA 2A4AA 5BRBA 2ATMA 4JICA 1TMHA 3G8RA 1DV7A 3ZWSA 2QCNA 1SSGA 4JXCA 1W56A 2A7RA 4LU0A 3WJXA 4XBKA 4N9CA 1GVOA 4GBUA 5I3GA 1K8YA 3IIXA 1N55A 2I14A 3PBWA 4NJHA 3PSWA 1KFCA 2FB3A 2ZRYA 3LRLA 1WOAA 2QCDB 2DZXA 2NZLA 2J6XA 2A6LA 1KM0A 1EP3A 2CLFA 1Q6OA 3W1QA 4I7WA 1XL9A 4YLWA 2E1DA 4JTUA 4RXGA 3LV5A 4CCCA 1FXQA 2DJXA 3I6RA 4KWVA 1TPUA 3SJ3A 3UWYA 5DY3A 3CB8A 2PURA 3L67A 1XDMA 2OCZA 3NPUA 1OYAA 1JQXA 4QJ1A 1W5PA 4Y8FA 5DLCA 2CFFA 8TIMA 1H5YA 1TPH1 3W2KA 4JYFA 1PIIA 5CZSA 3W84A 2YGYA 4BI5A 1F6KA 1B57A 1KM4A 1X1ZA 1WA3A 3MWAA 2J88A 1UB3A 3LLDA 1SO3A 1TO3A 3VE9A 3BW2A 4O17A 4EVZA 1ME9A 4UFJA 4R7JA 4MY8A 4JTSA 1AW1A 3HPZA 1GVQA 2ZZ5A 5FI8A 4AHPA 4AHOA 3IVSA 5HULA 4AEOA 3W7DA 2CLLA 3THQA 3LCXA 3NM3A 2XN1A 4GE8A 4XTDA 4ZVJA 3IGXA 2WSQA 1H62A 2J9ZA 1ZAHA 3C2FA 1C8VA 1P5BA 2ABAA 1FCUA 1GYNA 4DELA 1PCWA 4X3ZA 2B0MA 2NXHA 2ZTJA 1P0NA 5F4SA 3W7KA 4PFMA 3O8AA 1DORA 4NJGA 1UCWA 4S1FA 3T40A 1VYSX 5FEXA 4LS0A 2CLMA 3LTYA 3NPWA 3N34A 4YMZA 3BG5A 4I7VA 3HMJG 3S1XA 4JN6A 3VE7A 3BGGA 3SGZA 4QAIA 1B3OA 2OJPA 2YYUA 4GWEA 3SI9A 3UY7A 4OT7A 1KLYA 1H1ZA 3S5OA 4UR8A 1L2UA 2ZA1A 4N4QA 1GTEA 1YYAA 4JX6A 4UFIA 4DF0A 1NEYA 3DENA 4ICNA 4FXSA 3NDOA 5DBTA 4O1BA 1VC4A 3GDKA 2DZWA 2IQTA 3EWZA 4O19A 4AMAA 3NGJA 4L4MA 5CZTA 4M7TA 1H7PA 1NVMA 1W3NA 3TXZA 1DVJA 4AWUA 2FJKA 2GVLA 3G1SA 1K3UA 2TYSA 3NAVA 4FXRA 5IM51 3IRDA 3N14A 4CNOA 4XBSA 1A5AA 3DU0A 2JKAA 1OJXA 1RR2A 5DCBA 3L5LA 3LHZA 1VCFA 1VPXA 3E9AA 4UTLA 2VEMA 1DL3A 1NF7A 3P7YA 1OFAA 2QJIA 3NR0A 4A21A 4NZJA 2V8ZA 1MZHA 1OFEA 2NUWA 5D30A 3IIOA 3DFSA 4NJIA 1PCKA 3TMQA 5G5IA 1HFBA 4Z1AA 4O50A 5CPLA 5HR6A 3G1AA 2Z0IA 1YPFA 1MEHA 2OX1A 2ZFAA 1JCXA 4PC8A 4O13A 3CIWA 1G4PA 4AH7A 3W88A 1R30A 4ZQCA 1Z48A 5KZDA 1GZGA 1NFBA 1GVRA 1F05A 3TW6A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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