3O05A

Crystal structure of yeast pyridoxal 5-phosphate synthase snz1 complxed with substrate plp
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
261
structure length
261
Chain Sequence
MLKGGVIMDVVTPEQAKIAEKSGACAVMALESIPADMRKSGKVCRMSDPKMIKDIMNSVSIPVMAKVRIGHFVEAQIIEALEVDYIDESEVLTPADWTHHIEKDKFKVPFVCGAKDLGEALRRINEGAAMIRTKGEAGTGDVSEAVKHIRRITEEIKACQQLKSEDDIAKVAEEMRVPVSLLKDVLEKGKLPVVNFAAGGVATPADAALLMQLGCDGVFVGSGIFKSSNPVRLATAVVEATTHFDNPSKLLEVSSDLGELM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Biosynthetic protein
molecule keywords Pyridoxine biosynthesis protein SNZ1
publication title Structural insights into the catalytic mechanism of the yeast pyridoxal 5-phosphate synthase Snz1
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 86
structure length 261
sequence length 261
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 4.3.3.6: Pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolyzing).
pdb deposition date 2010-07-19
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3o05A00
1IIGA 1RV8A 3P62A 1AW5A 2VELA 1TV5A 4HPXA 1OFAA 1ZHAA 1LM1A 2DORA 1XFBA 2CLFA 5DCDA 3GR8A 3KX6A 2A6NA 3O16A 3Q94A 4AWTA 3N2MA 4WUIA 2XN2A 4RR4A 3MI2A 3NQGA 1Q3NA 1TPH1 4IMEA 3P61A 3B05A 2E6YA 3BW4A 3FA5A 3IIOA 3RLUA 1A53A 1A5CA 3EKZA 2QCGA 4IX0A 3DENA 2AAMA 4LRTA 4LC6A 1FWWA 3E0IA 1XCFA 3G3DA 3HBLA 2E68A 1JCLA 5D32A 2C13A 4MOZA 2PURA 4HHPA 4JR5A 4PA8A 3W7GA 4UTMA 5HMSA 1Z44A 1OK4A 1TV7A 2GVLA 5KITA 2ZZ2A 1MZHA 4UNKA 3WJWA 3T55A 3HPXA 3RNDA 4Z1AA 2DJLA 2G96A 2QJGA 1LORA 1KM5A 4Y6GA 5TQLA 5MHBA 2JGQA 1QWGA 3HGSA 1FDZA 3TU9A 1N7KA 2VKZG 1G7UA 2RHGA 4MVAA 4NNBA 1OX5A 3W70A 4M6VA 1FXPA 4QIUA 1WDWA 1VRDA 4NX5A 3GXPA 4UFJA 4PTNA 1KBJA 5LGXA 3NAVA 2ABAA 4K39A 4Y96A 3CLMA 4U4MA 3C8FA 5D2WA 5D38A 2RKXA 4CLMA 4KWWA 2RDUA 2RH9A 4GJ1A 4K36A 1YTEA 3DXIA 4NJIA 3C2RA 1G69A 1QDSA 3TFCA 1HFBA 5CZSA 3R89A 4NJKA 5D37A 3KFTA 2QUTA 4WY0B 1J2WA 3HO8A 4O1BA 1ICQA 3N3MA 1K7EA 4O10A 2YX0A 5D02A 3WJYA 3VFLA 3NYZA 3ABOA 5CG7A 3C4UA 3M5ZA 5FF3A 4DPQA 4UTHA 2ZRYA 1QCWA 2B4GA 1O60A 4E38A 2A5HA 2AGKA 1TPB1 2OT1A 3LLFA 2B0MA 3STFA 3S5NA 4B5NA 3P7YA 3MYOA 1H60A 1FWRA 4G1KA 3PBUA 4UTUA 3W7LA 2W6RA 3CPRA 3LTSA 5F2GA 5KZDA 1DHPA 2B7QA 2NUXA 3O1NA 4A3UA 4OT7A 3NQVA 1RPXA 3QJAA 2DZUA 3ABQA 1KTCA 1TRDA 1ME8A 3STCA 4XZ9A 4GUGA 2ZZ7A 5EPDA 4AAJA 2QEZA 4BFAA 3PUOA 4A22A 3CTLA 5FI8A 1ZNNA 2HSAA 1OFEA 3DHFA 1QMLA 3Q58A 3TR2A 3HG4A 4MZYA 2HMCA 1U5JA 1EUAA 1LOLA 2EPHA 3TIMA 3SSJA 2Z1BA 5EMUA 1VPXA 4JD4A 2CLIA 3G0XA 5LNVA 3HJZA 2QUUA 2YYUA 1BTMA 1I45A 1SPQA 4IMFA 2ZYFA 3NOEA 2H3DA 1BWLA 6ALDA 3HMJG 4O0KA 2H8ZA 2ZRVA 1F2JA 3PC0A 3O07A 5LKYA 4OQVA 1EP1A 1GVRA 1QPOA 3W7QA 2V8ZA 3U2OA 3QSRA 3RU6A 4C1KA 3W83A 2DZVA 4ZL1A 4FNQA 3W1PA 4HNTA 1B57A 5KSWA 1Y0EA 2EF9A 4O17A 2QCNA 3TW6A 4OE7A 4NT0A 5FF0A 5A5WA 3EWWA 1EP3A 5G1YA 4IXHA 4LW7A 2QAFA 4N2YA 3KAOA 4NVTA 1NF7A 2X1UA 1OFOA 4UNLA 4BK9A 1IF2A 3IEBA 5IM51 2J9ZA 2Y85A 5AHMA 4IMCA 1YDNA 3I65A 3HPZA 3ATYA 1WQ5A 2ZRUA 3EWBX 3KHJA 3DFQA 4BI5A 4HT3A 3TQKA 3G1SA 3OA3A 1LOQA 1GOXA 2JKPA 4QSHA 1WYIA 3WFAA 4O13A 3TH6A 2V5LA 5DBUA 3NXFA 3NQDA 4K6AA 4LVBA 3DU0A 4IWWA 3BVJA 3SFKA 3E9AA 2V2HA 3TSMA 2ZRXA 4M6QA 3CEPA 4FIQA 3S5YA 1IGSA 3S1UA 4RV8A 3GNDA 3NQ7A 1SSDA 4JEQA 2PRHA 1G6CA 3L0KA 3GKFA 4XBSA 5EY5A 1G4TA 4O1AA 5EL1A 1B9BA 4IMGA 3B03A 1GYLA 3D0CA 2OX1A 4EVZA 4M5PA 3S8HA 4NQ1A 3B0PA 5AHIA 1QPRA 3NO5A 1KLYA 3G0UA 1O95A 1W37A 3QM3A 2QKFA 2TMDA 1OJXA 5D04C 1P4CA 1I8JA 3M41A 4LNYA 4XTDA 1VYSX 4BWLA 3W1UA 3GLCA 3C2FA 3G22A 3TW7A 3G1XA 4JTIA 5HR7A 3HG2A 3PVFA 2WJZA 1W56A 1VCVA 5G1TA 1FBAA 3OVRA 1QR7A 1HTIA 4C1LA 2YYTA 3R12A 3CIXA 5AC6A 2Q3OA 5CSSA 2GUUA 4IQLA 1FY6A 4IPIA 3W1QA 3FYOA 5LSMA 1XC4A 3AJXA 3W2JA 1VR6A 1IXQA 2PE4A 5K4XA 2EKCA 3DKLA 4WOZA 1DJNA 3LLDA 1XBZA 1TTPA 1ALDA 3LX9A 4WXYA 1PCKA 4HKPA 3ZS4A 3LM7A 4RZ4A 1S3HA 1YADA 1QPNA 3G8EA 1ZCOA 3DHDA 4JNMA 3ZFHA 2QF7A 3GIYA 4JTEA 1OFRA 3BLIA 4E2DA 3SJ3A 4WXZA 1T0OA 4JDBA 3W7RA 5CPLA 3VE7A 1H62A 3KRUA 3G1YA 5HR6A 3M44A 3S1WA 4MPQA 3TX9A 1WOBA 3GAYA 3W88A 3BLFA 2E5CA 3M47A 2QDHA 3W7OA 4QQ3A 3O15A 1OF6A 1ML1A 5CZJA 3W1TA 2BTMA 3L5LA 2GQ8A 1MXSA 2VC6A 4O12A 1DVJA 1W5PA 3GAKA 4GUHA 3H54A 1TPUA 5F2LA 1SSGA 1VLWA 1I2NA 4UTJA 3TE9A 3QQ1A 3I68A 2HTMA 1VHNA 4UFHA 4MLJA 1SO4A 4MY9A 2P0OA 5G2HA 2V9DA 3QMRA 3TC6A 5DELA 3W2LA 4A29A 8TIMA 1GWJA 4JTJA 1KTBA 1I2OA 4GXMA 3IRDA 1KM4A 1GEQA 3UWZA 2DZXA 3MI6A 2QCEA 3LV6A 3R8RA 4O53A 4LS0A 4UC5A 4EOUA 2QJIA 1FCBA 1X7FA 1LDCA 4JYDA 3UXAA 1OF8A 5F2IA 1KLZA 5T26A 2FTPA 3PR2A 1A5SA 1TMHA 3QF0A 3HG3A 3A5FA 1JQXA 4FNSA 4YL2A 1IXPA 3LHVA 2C3ZA 1NAL1 1AMKA 4OBTA 3UYCA 1QPQA 3CWNA 3NDOA 2DZSA 3NPUA 4ADUA 3CC1A 4I9AA 1YYAA 3W07A 3HGRA 3S1XA 5F4XA 2NXGA 3LXBA 1KFKA 4RCXA 6TIMA 1JUKA 3W2UA 2FDSA 4TR9A 3G8RA 5HINA 4L4MA 1PHQA 1S5TA 4CCCA 1AL8A 3UPBA 5D33A 4DF2A 4LY8A 4PEKA 1LZOA 4GC4A 2CW6A 2A21A 5U4NA 3P84A 3W85A 2QCDB 4O1CA 4FIRA 3LHYA 1EUNA 1SUXA 3B8DA 5AC7A 1F05A 5FEPA 1EB3A 2J9XA 3L0GA 1K8XA 4NXSA 3TJXA 5DY3A 3DI1A 3INPA 4JTFA 3TK7A 4O4VA 2RDTA 2A7NA 4MY1A 4KKXA 3A21A 3OVQA 3NM3A 4QM1A 2UV8G 3PUDA 4UTIA 1YXYA 1LLZA 3LHTA 4IX2A 1A5AA 1MEIA 3GDRA 5FF2A 4AF0A 2V30A 2PCQA 5KZEA 2C18A 2JBMA 2FLIA 2VFFA 2ZBTA 3USBA 4WY0A 3UWVA 1M7PA 1K7XA 1L6WA 1I2QA 4CQ9A 4XKYB 1SO3A 3HGOA 2BX7A 3DH7A 3NZ1A 2Y7GA 4Y8FA 4LRSA 3BV4A 4UTWC 2VFDA 4HSOA 4QAIA 5HULA 3MI3A 1GJPA 3UXDA 3TFXA 1XL9A 5AYXA 1W5MA 4CQ8A 5GVJA 5FF4A 4FF7A 3W1XA 1TPC1 3UZJA 1NEYA 4M7SA 3JR2A 3SW6A 2YGYA 1PS9A 1Q6OA 3ABSA 4EIVA 1G67A 1Q6QA 5LGZA 1JCJA 3GDLA 4RZ5A 5D30A 4LV4A 4FX8A 1IIHA 5F2MA 4AMAA 1OYBA 3IIZA 4N9CA 2KZHA 1UUMA 3FKKA 4NNAA 4Z1BA 3O05A 5G2IA 1H7NA 5G5IA 4IJBA 1CI1A 4BI7A 4TMBA 3G1FA 4YCPA 1DL3A 2GVJA 2XN1A 2NWRA 2OCZA 4PCFA 3N14A 5LNUA 5ABTA 4N6FA 2I14A 5HQEA 3QQ0A 2JKEA 1RQBA 2B7PA 3GZ3A 4FHAA 3MMTA 4NJGA 4UTLA 3NR0A 1VHCA 2DU2A 2G5WA 4UR8A 4M6PA 4ZQMA 1R30A 1ZALA 1NFBA 3THQA 1HL2A 3BG3A 3L5AA 3W23A 2PC4A 2FQIA 4GUIA 3TAOA 3EXTA 1JCXA 5EBUA 1JRBA 5CPOA 2YFNA 3W2NA 1OABA 2LLEA 2V2DA 4N02A 2YW3A 3W1RA 3EB2A 3N73A 3W7CA 3F03K 1H7PA 3L9CA 5HJLA 3EWZA 4UCGA 4BF9A 2WSQA 4RLIA 3PBWA 3GDMA 4MZ1A 3WK1A 1M7OA 3F4WA 4JTUA 1ZY9A 3DFSA 4HSNA 5AHFA 3IVUA 1M6JA 1EP2A 2Z6JA 2FIQA 2ABBA 2WO5A 3HF3A 2BLEA 1NF0A 4AHPA 4DEFA 4QNWA 4AF0B 1YPIA 2C15A 5LNRA 3LOTA 4R33A 5E1QA 3SR7A 3C56A 3P67A 4O16A 1D3HA 4YLWA 1B4EA 2O7SA 3O06A 4AH7A 3LBMA 1LLWA 2ZCGA 3O6DA 3EEGA 1GTHA 1XDLA 4JYFA 3PUEA 1C29A 4NZFA 1BEUA 2YCEA 3LRKA 3SECA 2CZ5A 2A2IA 1GT8A 2A4AA 3MP3A 3BO9A 1OK6A 1KFJA 1I2RA 4MJZA 3IGSA 3U8GA 3W1AA 1KA9F 3TXZA 1R47A 2TYSA 1QOPA 3GB6A 1LBMA 4O1DA 1TYGA 2ZZ6A 3NQEA 2WQPA 3MYPA 4O15A 1F6PA 3FKRA 1QNVA 5EA9A 5AFDA 1H7WA 2GQ9A 2VENA 4ICNA 4JYEA 4FNPA 3W71A 2F7FA 3TV8A 1TPVA 2ALDA 1KFBA 5K9CA 1H63A 4JY8A 5AOUA 2E5BA 3OBKA 3GVGA 4CNPA 1KM0A 3E49A 3W75A 5DN1A 1FX6A 4N9DA 1LRNA 2WOQA 4N9EA 3KVJA 1LBFA 4JDYA 2QCCA 1RQEA 1O5KA 2J27A 3I7SA 4WQ6A 1EIXA 3T78A 3OVPA 1ZAHA 3RK8A 4X9SA 3QPYA 3FS2A 3PWAA 4M19A 2R94A 3CHVA 4ZQRA 4DBEA 5LHEA 3LRLA 1FUYA 4DF0A 3EWUA 1AG1O 4AWUA 5DLCA 3UNDA 5IBXA 1SFLA 1S5WA 3HGJA 3G3MA 1KM1A 3CWOX 2J24A 1JCYA 1F5ZA 1ME7A 1X1OA 4WJEA 1ZAJA 2WPBA 1EA0A 3HPSA 4JX4A 3CIWA 3W87A 1XUUA 1CW2A 2RDWA 1TB3A 3S9YA 3LCGA 2H8XA 1TPEA 2Y7EA 3BG9A 1I4NA 3S1VA 2NZLA 4FB7A 3FLUA 1W3TA 3DZ1A 5F1UA 3GXTA 3BGJA 3FEMA 4UFLA 2Q8ZA 4LC8A 3ZWTA 4WZHA 1PL9A 4UMAA 1F7BA 2CLLA 4P61A 2Y61A 2ZZ3A 3KRSA 4Z0JA 1R2TA 1VGAA 3LHWA 4UTTC 1XUZA 4CNOA 4I7WA 4GBUA 2WNZA 1UUOA 1YTDA 3BPWA 4GUJA 4AHOA 1RQHA 1W3NA 4N4PA 1SQ7A 1VYRA 3DFPA 4DF1A 1L6SA 1JQVA 3LI1A 1RZMA 1LP6A 1OFQA 4HNNA 4LUJA 3G1AA 5G4WA 4QISA 5C55A 3H55A 3MBFA 2WSRA 3MBDA 1OYAA 4Z08A 4WX2A 5BOOA 3UY8A 5AHNA 4FX6M 4YCOA 4DO5A 4MYAA 2QCMA 1AW2A 3CEUA 4DO4A 2X16A 2VFIA 3TROA 1LRTA 2TPSA 4U28A 3W7KA 3A9IA 1OVDA 2PRMA 4O57A 4JIPA 3THAA 2ZA1A 3M1ZA 4YMZA 1FDJA 2R8WA 3B0VC 3TAKA 3A24A 5AHEA 3L2IA 3NGJA 3PULA 5CKSA 4AXKA 4N9BA 2JKAA 2DZTA 3PM6A 4UUIA 3N9RA 3R5EA 5AHLA 3GYEA 4LS2A 1WAUA 2YSWA 3MP4A 4UIOA 4MYXA 3EX6A 1BWKA 4LT9A 1MO0A 5LNSA 2QCDA 1OFBA 3TMQA 1FXQA 1U83A 2Z6IA 3IGXA 4GNJA 1TTIA 1K3UA 4RK8A 5AN7A 1JRCA 2NWSA 4AWSA 3O63A 4NU7A 4WOQA 5DY2A 1UASA 3JS3A 2CLHA 3BGGA 4DPPA 1W3IA 5D2VA 1L9WA 5FF7A 3EWYA 5HWMA 3NQFA 1OG0A 3M16A 4JX6A 4GUFA 2ZRWA 4RXGA 2VEPA 1KM6A 3S5ZA 1GVFA 1LCOA 3C2OA 4JXCA 4LUIA 3VNDA 5TBOA 3ELFA 1RVGA 4XKYA 2ISVA 3PY2A 4JTSA 1A5BA 4K8EA 4K8HA 1DV7A 3A5VA 4LWWA 1KM3A 1W5NA 4JTTA 3NQAA 1F74A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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