3M47 | Genus

Total Genus 76

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	76
sequence length	218
structure length	209
Chain Sequence	RVDVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGAIESI

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title	Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation. pubmed doi rcsb
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
total genus	76
structure length	209
sequence length	218
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2010-03-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3m47A00

4QNEA 3TV8A 3MI2A 1ML1A 5EYWA 2J9YA 5D38A 1R47A 3W71A 1F6KA 3H55A 3QF0A 5KZMA 3OG3A 1TPWA 5C2XA 1XBVA 3ABQA 1R2SA 5SWUA 4O52A 2V81A 4O53A 2X1UA 3PBYA 3LCWA 4LOCA 4N4PA 4EWND 4R33A 1G4SA 1A5AA 3E0IA 2JKEA 4WJEA 2X2GA 3LRKA 3W2JA 3WJSA 3ABRA 3EXTA 2E5CA 3KFTA 3QQ0A 2Y7DA 5K4ZA 2WSRA 5E1QA 4M7SA 3UWWA 4EOUA 1XC4A 1OYCA 5L9FA 4RLIA 5TBOA 2OT0A 3NNTA 3CIXA 1DL3A 3FYOA 2GQ8A 1KW1A 4UTWC 5CGQA 4N2YA 1ICQA 1TIMA 2V2CA 1EP2A 1AW5A 1KA9F 4IXXA 4QQ3A 3VNDA 4O18A 3KVMA 3QFEA 3OVRA 3GDRA 1M5WA 4DPQA 3W1PA 4AF0A 3G0SA 3NQVA 3NG3A 3EX1A 2NUWA 4PFMA 3G1DA 3R13A 4PA8A 4UNKA 4PL1A 8TIMA 2DZUA 5DY3A 4IMDA 1PE1A 3LCXA 2ZA2A 1WXJA 2A0NA 4NZFA 2PE4A 2WNZA 2J6XA 2YXGA 3DGRA 1SFLA 3NEVA 4ADSA 3ABOA 5LGXA 1JR1A 3F4NA 2C15A 1L2UA 2ZRYA 5D2YA 2EGZA 1FDJA 3LHYA 3M6YA 4QIUA 5J5DA 4NZJA 3TJLA 2QDGA 3N34A 4K7VA 3HG5A 3K30A 1AK5A 3TQ0A 4AHOA 4JTEA 1D3HA 1VYRA 3T4CA 3BG9A 3O06A 4GUHA 1XCFA 3PR2A 5MHBA 4MJZA 2JBMA 3PY2A 1SFJA 1UBSA 4DEFA 5I3JA 2Y63A 4UC5A 2C16A 4JIQA 5FF7A 5LHEA 5D33A 3OVQA 1GPWA 2Y85A 3P61A 4WD0A 4O16A 4IUOA 1FXPA 2VKZG 4GUJA 3W2UA 3BO9A 3P84A 5TQLA 1QFEA 5G2WA 4WOQA 4JDBA 3G0XA 2J9ZA 5BOOA 3FKRA 3LLDA 1Q45A 4M19A 5DBTA 3RLUA 3QSRA 3GZ3A 4NJJA 1VCGA 3OBKA 3TAKA 4A29A 3PBUA 3CB8A 4MY8A 1FWWA 4KWVA 1YXDA 4DO5A 1XBXA 4GC4A 3UQNA 3SI9A 1VGAA 2BWGA 3GNDA 3M5ZA 3NL5A 4UIOA 2A6NA 2QCDA 4QSHA 1XUZA 3LGEA 1DVJA 3GXTA 3VE7A 1QDSA 3DFPA 1EA0A 4GUIA 1LOQA 1ZALA 2Y88A 3W87A 5I3IA 3W1AA 1ADOA 3TSMA 4XWUA 4W9TA 3CPRA 1K7EA 4R34A 3LTPA 3HJZA 3UZJA 1PCWA 2WKJA 4OU1A 1K8XA 1W37A 3HG3A 1FCQA 3M7WA 1ZAIA 5L6UA 2V30A 1SPQA 3V1PA 3KVJA 4EF8A 2ZZ5A 3G18A 4CQ9A 1IXQA 4N6EA 4UFLA 1EUNA 1LBLA 1WDWA 2B7PA 5AHLA 3W1UA 1ME9A 5AHEA 3B06A 4QJ1A 1SW7A 4O28A 5AC7A 2VELA 3UZ5A 5LHFA 3BGJA 4O0KA 3W70A 2GQ9A 1W1ZA 1GOXA 5FF3A 1H63A 3RFAA 4MLRA 3HOJA 1SR9A 4E0CA 2OCZA 4DBDA 3QW3A 1SZGA 4NJIA 3M16A 1C9DA 3HGSA 1ZY9A 1ICPA 3W7HA 3KHJA 2Y89A 4Y8FA 1O60A 3W2NA 2J9XA 3W2MA 1H62A 2R14A 1W3TA 3UXAA 4FX7A 1I2QA 1J5TA 3N3MA 4HSOA 4JN6A 4RXGA 4O54A 3DENA 5D32A 2TSYA 5HULA 3W1LA 4LV9A 1VLWA 3B05A 4O11A 4UR7A 2WQPA 5IBXA 3TW6A 2B7QA 3FEMA 3NPVA 4X9SA 2I14A 1ME7A 3B4UA 1BKSA 1YTKA 4JTIA 3UNDA 1SSGA 1DOSA 2PURA 3PG9A 3L65A 4X2RA 4DBEA 1P1XA 3R5EA 3NPUA 4H6KA 3SJ3A 4NJHA 2ZZ4A 2G95A 3CWNA 5AC6A 4WUIA 2QJGA 1H5YA 3FA5A 4UMBA 1C8VA 3TAOA 1VCFA 1W31A 3W88A 4N4QA 2W79A 1SU5A 3QMSA 3TH6A 4R7JA 5CSSA 4ML9A 1K7FA 3Q94A 2E09A 3IGUA 3G3MA 3UD6A 3ZWSA 4Y90A 3QMTA 1TB3A 2QCDB 4JX4A 2VEMA 1KFLA 1OFRA 4NXKA 1KTNA 3MI3A 4LT9A 2ZZ1A 3JR2A 4MZYA 1VPXA 3DFOA 2CLHA 3EKLA 3TJXA 4DQWA 1XDLA 3W1NA 3QC3A 1LOSA 2FFCA 1OFPA 3BG5A 3P5ZA 1TTJA 3H53A 4Z0JA 4RZ5A 3TW7A 1K03A 1LTDA 5LZLA 3S8HA 3SSJA 3STGA 1OG0A 5LNSA 1FCBA 2H90A 2NV1A 1XKYA 5FF0A 3W86A 4NNAA 3LCFA 1T0OA 1PHWA 1SZFA 4GNJA 3LRMA 4UTLA 4JD4A 1M7OA 1FDYA 3R12A 1XXXA 1JJKA 5H91A 1F6PA 2R91A 3BK0A 1FDZA 1XL9A 3MMTA 2ZYFA 3P80A 4HT3A 1NSJA 2E6AA 2QCNA 4Z0SA 1CX9A 3UPBA 4I7VA 1O5KA 4FF7A 4O12A 4MPQA 4K36A 5CZJA 1VZWA 3DHFA 2PCQA 1QOQA 3EWUA 3P5YA 3RNDA 5F1VA 2WV8A 3B0UX 4HSNA 4IWWA 1K7XA 3GLCA 3IGSA 3DFTA 1EB3A 3I7QA 4HIBA 1XFBA 5DXYA 4HNUA 1KLYA 1W8SA 2DZXA 1XI3A 2TMDA 3NGJA 3P8IA 5I3HA 4JTKA 4M6VA 3L5LA 2PRLA 4CNOA 3HF3A 1N8FA 4WY0A 4ICNA 3M9YA 5HWJA 4FO4A 1EPXA 1GT8A 4PEKA 5CPNA 4TMBA 1A5SA 2E6FA 2V8ZA 2ZA1A 3CIWA 4A2RA 1ICSA 3CLMA 1JULA 1FUYA 4ZL1A 1NEYA 5AN7A 2Y61A 1YXYA 1GEQA 4YMZA 4LVGA 3I68A 3C56A 1RR2A 1XBYA 2XN1A 5EY5A 2NWRA 3W7EA 3BW4A 3JS3A 3EWXA 2FIQA 2ZTKA 3U6WA 3EWZA 3IEBA 2F84A 4HPJA 3C2RA 3NL6A 3W23A 1RV8A 3N2MA 2RH9A 4AWSA 1WBHA 2DZWA 1KM2A 4NQ1A 5D2XA 3M5YA 1TRIA 1F73A 3FOKA 5A5WA 1KM3A 3CTLA 3NQ7A 3B8DA 1HTIA 4BWLC 4UXDA 2VEKA 2FB2A 5AOUA 5HR6A 2BSLA 1ZNNA 4YLWA 4C1KA 2B4GA 3W7DA 4TMCA 2V0TA 3MHGA 3GYEA 3RU6A 5AFDA 5A8GA 5LNRA 3W1XA 3C2FA 3TFXA 2Q8ZA 3S5NA 2ZFAA 3W7IA 1G4EA 4RX0A 4H3DA 4POCA 2CWNA 1J2WA 5E0KA 4X22A 2O7QA 1P4CA 1LRQA 2CLFA 4PODA 4JTUA 3W7JA 3LXCA 2A85A 2CLOA 4DPPA 3RK8A 1TTPA 1F2JA 1OX5A 3TXZA 3W76A 3Q37A 1LDCA 5GVJA 4IX2A 4N6FA 3WK3A 4OGZA 3DZ1A 3TX9A 1A5BA 2LLEA 2FJKA 1GJPA 3UWQA 1KV5A 4JYFA 1OABA 4A21A 4NUWA 1VJIA 1OFAA 4BI6A 2ZQ0A 5FEWA 3LX9A 3EXRA 2HS8A 3S0CA 5EA9A 1OFOA 3KVLA 3HO8A 3IIVA 4RR4A 3R89A 1KFEA 1JCMP 4I9AA 4U4MA 1H51A 3QPZA 4UFIA 3W7GA 3TA6A 3NPXA 3MUXA 4LS1A 4CCCA 2HTMA 5U4NA 3WK0A 5K9DA 4QISA 1X6UA 3FFSA 3IIZA 3W74A 1K3UA 2DU2A 3P74A 4WY0B 3AO0A 2QEZA 2FLIA 3IIXA 4QAIA 3ATZA 4LS2A 1C29A 2AQWA 4JX6A 1B9BA 4R53A 1ZFJA 5LNUA 4RKAA 3ZR4A 3SFKA 4Z1DA 1S5TA 4IXHA 3DH7A 2ATSA 3G1HA 3BPWA 3NYZA 5EBUA 3QEZA 5KSWA 3W7LA 5BW6A 3TNOA 3WJZA 1YPFA 5C55A 1KTCA 2E77A 2VFIA 4NVTA 4LUJA 2W0UA 3GKFA 2ZZ7A 3FLUA 1P0KA 1XM3A 1YDNA 1LM1A 3TQVA 3CU2A 2H8ZA 3N9RA 2GVLA 4PC8A 3C8FA 3LM7A 1AW1A 2QUTA 2GQAA 4GUFA 3GAKA 4DF0A 3N73A 4FXRA 4CCEA 2VFDA 1W0MA 4S2CA 1KM4A 2ABBA 3I6RA 2X1TA 3JRKA 1OYAA 4I7WA 3SZ8A 3TSDA 4WY0F 3PC0A 3STCA 1A53A 2X30A 2WSQA 3I7SA 3MO7A 4YCOA 1K8ZA 2OJPA 1QNVA 4O50A 3F4WA 3L21A 5DXXA 1VS1A 5BMXA 3IIPA 3WJXA 5BNKA 1TTQA 3NDOA 1P0NA 3ABSA 4K6AA 4GUGA 4CQ8A 4HHPA 4ZMGA 5F2LA 2V2DA 4UTTA 3QRHA 1HO1A 4FIRA 4N9BA 3T7VA 4BI7A 5G4EA 1KM5A 4WOZA 3C3NA 3ANYA 4RV8A 3MHFA 4JIPA 4AEOA 2CW6A 4UTIA 1GVSA 4NJKA 1Z44A 3PUEA 3TIMA 1NF0A 1T8XA 2HS6A 2G97A 1O4UA 4WX2A 5K9XA 4ZQRA 2WNQA 3TCEA 5DN1A 4A2SA 1W5NA 3G3DA 4OBTA 3C6CA 4EIVA 4RXFA 3L67A 2V82A 1I2OA 3W7KA 4ZQCA 4IX0A 5FI8A 3GR7A 1G4TA 3O07A 1F76A 3KRSA 4JICA 3G1AA 2CLIA 3H54A 3GXNA 1B4KA 4AH7A 1IXOA 1W5QA 1SZNA 1TPH1 4KKXA 5AYXA 5CSRA 5F4SA 1W3NA 5E93A 1LBFA 1KLZA 2NXIA 2G5WA 3DKJA 4JX5A 2QCGA 3SGUA 3R8RA 4DF1A 1EWDA 3F1QA 3TUUA 1YADA 5HR7A 4K8HA 3CT7A 4AWTA 2PRHA 3IIOA 2E68A 1HG3A 4E38A 1L9WA 2AAMA 3OVPA 5D03A 1QPNA 1IXPA 3VE9A 3UYCA 2VFEA 3C2VA 5LNWA 2C18A 1VYSX 2JGQA 3TXVA 1WV2A 4JYEA 4HNVA 4UNLA 2ZRXA 2JK2A 2F7FA 3IV3A 3CHVA 5D2TA 1V7YA 5D04C 1JQVA 2BLEA 4KFNA 4O10A 3EB2A 3NO5A 4M5PA 3DKLA 4XQ6A 4O15A 3DHDA 1OVDA 1UB3A 3BLIA 4LRSA 3SY5A 3NL2A 3MP5A 1IXNA 1KFCA 1DORA 4ADUA 5FEPA 1ZCOA 4K38A 2EF9A 1KTBA 1SO3A 3NOEA 4HKPA 1YPIA 1PVNA 3QQ1A 2YFOA 1LCOA 3QH2A 5DBUA 3W7MA 4BF9A 2C1HA 3KOFA 1S5WA 3W85A 3LLFA 1TPB1 4O8RA 3EX3A 1Q3NA 5HNRA 5CZTA 1FWTA 4MY9A 1Z42A 4ZQNA 1ZAJA 3L5MA 5C6MA 1G4PA 1KM1A 1FCUA 3NA8A 2Q3OA 1XBZA 5CPMA 3STEA 5F2IA 3NL3A 5KMYA 3NPWA 1MXSA 1OHLA 1N55A 1DBTA 4GBUA 3W73A 5G1TA 1GG1A 1GYNA 5AHIA 4GE8A 2CLKA 5G2IA 1FCVA 1OX6A 4UR8A 5HJLA 2RKXA 4JTJA 4M6PA 2ZRVA 3QYQA 2GVJA 5AHFA 3GK0A 4ZVJA 2C0AA 1TJPA 1VC4A 4N9CA 4JNMA 5DCBA 1TPUA 4IOTA 5D2WA 4MYXA 1LYXA 2H3BA 1I2RA 3G1XA 1SO5A 3LRLA 1Y0EA 5DLCA 1B3OA 1VR6A 3G22A 4GWEA 2RHGA 2DJLA 4JDYA 4YCPA 2CFFA 1G7UA 2IQTA 1LRTA 5G4WA 3GDLA 1JCYA 3IRDA 1FBAA 1IF2A 3CQ0A 1GVRA 1B57A 1MEWA 3BLEA 1UJPA 3C52A 3VI2A 4O1DA 4OHQA 2ATMA 3SGZA 3O63A 1LRNA 1SW0A 3N14A 2ZZ6A 1TO3A 3PULA 4P61A 3Q2DA 2QJIA 3MYOA 1ZJIA 3NQCA 4CNPA 3THAA 3BVJA 2VFHA 4UTWA 1OF8A 5CG7A 4ALDA 1JQXA 2EPHA 1THFD 1NF7A 3NQFA 5AC8A 1TJRA 3INPA 3MBDA 3G8RA 5T26A 4AMAA 3BW2A 1GTEA 1QR7A 2RDWA 4BFAA 4HNNA 2W6RA 4ZZ9A 1MSSA 3P60A 4AVFA 4DXVA 5BRBA 2CLEA 3TSBA 2TYSA 4XTDA 1KBJA 4IPJA 3BARA 2WJZA 2X16A 3UWVA 3W22A 3W7NA 4S1FA 3M0ZA 4NNCA 3UPWA 1OFDA 2GUUA 1WYIA 4KFOA 4UMAA 2YX0A 3W1QA 5D2VA 1AG1O 1OX4A 4HN4A 3IGXA 4JYDA 1OK6A 4DF2A 3M41A 1I4NA 4ADTA 2FTPA 5AHMA 2C14A 1VHNA 2V9DA 3LHTA 4WXZA 2ISWA 5HWNA 2NV2A 1H7NA 3AJXA 3VCRA 1M7PA 4IGHA 5HWMA 3TKFA 1DKWA 2J27A 2A5HA 3W2KA 3LHVA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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