3EXRA

Crystal structure of kgpdc from streptococcus mutans
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
KQLPNLQVALDHSNLKGAITAAVSVGNEVDVIEAGTVCLLQVGSELVEVLRSLFPDKIIVADTKCADAGGTVAKNNAVRGADWMTCICSATIPTMKAARKAIEDINPDKGEIQVELYGDWTYDQAQQWLDAGISQAIYHQSRDALLAGETWGEKDLNKVKKLIEMGFRVSVTGGLSVDTLKLFEGVDVFTFIAGRGITEAKNPAGAARAFKDEIKRIWG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords RmpD (Hexulose-6-phosphate synthase)
publication title Open-closed conformational change revealed by the crystal structures of 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase from Streptococcus mutans
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus mutans
total genus 86
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.1.85: 3-dehydro-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2008-10-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3exrA00
3C2EA 3L67A 2ZA2A 1S5WA 3OHIA 4CNNA 1GWJA 5CSSA 1KBJA 2I14A 3M47A 4DO5A 1YPIA 3PG9A 3QPZA 4AF0A 3TSDA 1W56A 1D9EA 1T8XA 3HGSA 4JTJA 4MY1A 4LWWA 3FA5A 3LHVA 1SFLA 5E1QA 3G3DA 3TIMA 3B0UX 3LTYA 1H61A 3L65A 4GJ1A 2XN1A 1LROA 1HFBA 1TCDA 1SW7A 2TYSA 5K4XA 1PL9A 2EAWA 5DBUA 1ZNNA 3LV5A 1FXQA 1LYXA 2H6RA 3A5FA 3BLIA 2E09A 3GXPA 3MMTA 2V5LA 3A5VA 1W8SA 3EKLA 1KM2A 2H8ZA 5CKSA 4LV4A 3QF0A 3NQDA 4RKAA 2P0OA 4O19A 5LHFA 4OGZA 3NQ6A 3TJLA 1J4EA 4QSHA 2CLEA 3VCRA 3KVMA 3T78A 1P1XA 3UQNA 1L9WA 1EP3A 4GWEA 3GDMA 1ZAHA 1VCVA 3PM6A 3NQ7A 3G1SA 2QCMA 3S8HA 3PBYA 3DFOA 5FEXA 4IMCA 4O0KA 4NU7A 2CLKA 1GZGA 4C1KA 1B4KA 1O5XA 6TIMA 1UASA 4JTKA 5D37A 2VFEA 5C55A 2RHGA 4A22A 2V2HA 2XN2A 3BPWA 1GTHA 3GXTA 3O6DA 3NGJA 5HWJA 1GVSA 3I7QA 2Y70A 3P81A 4RXFA 3Q58A 4IQLA 1LBFA 1ICSA 3C2FA 5AC6A 1GYLA 3L5LA 3INPA 5FEZA 1JCJA 2I1OA 1TO3A 1TPH1 3NG3A 2ATMA 1DVJA 2NUYA 3DGRA 5FF4A 2CLLA 3B06A 5FESA 3A23A 4DO6A 2B7PA 4UNKA 3HQ1A 4JY9A 4JIPA 5EYWA 3EWZA 3DFSA 3GDTA 1A5BA 3NQCA 1HG3A 4GC4A 3IRDA 4ZMGA 1M6JA 3O16A 3VE7A 3SSJA 5KZEA 3W22A 1CX9A 2VENA 4JGDA 4UTHA 2Y6ZA 3W2JA 1RQEA 3B4UA 4WQ6A 1W5QA 4E38A 4FNPA 3KRSA 5EKYA 3IVUA 1OK6A 5HMSA 3W2KA 3EX6A 2OX1A 2XN0A 1R2TA 5DXXA 1I2NA 3BLEA 4NX5A 1O94A 2ABAA 1Q3NA 2G95A 4ALDA 1QPNA 4ZQRA 1RVGA 1F6PA 1NF7A 5CGQA 3S42A 4O1CA 4Z1AA 3SR7A 3O05A 3W70A 5T26A 5F1VA 1DV7A 4LRTA 5FF2A 4N02A 1XUZA 4O52A 4H4IA 2E5CA 5CZ0A 2FPYA 4EF9A 4O16A 1JR1A 3W1RA 2HTMA 3LI1A 3TX9A 1XCFA 3N34A 3ATZA 1C9DA 5K9DA 2Y88A 4UTKA 3W7JA 3UPBA 3E96A 1YPFA 1QDSA 1YTDA 3SW6A 2EPHA 2GQ8A 4JDBA 4LVAA 3W7HA 5I3HA 4BF9A 4OBTA 4K39A 3W87A 2OCZA 3OA3A 2QJGA 3UWZA 3ZS4A 2DU2A 2V82A 2E68A 2A5HA 3TW6A 3ELFA 3MHGA 3PR2A 1P0KA 3HB9A 2VEPA 1KFBA 2NX9A 4AB4A 5CPNA 4WUIA 3LOTA 2WOQA 1K7FA 1GVOA 2QCFA 2FPVA 2YR1A 3PVFA 2V2CA 4AWUA 8TIMA 4LW7A 2TPSA 4FXSA 5BOOA 5HNRA 4HNVA 1XDLA 3U8GA 3O8AA 1OFPA 1TPVA 3B0PA 4ML9A 4O28A 3IIZA 1IIGA 3QSTA 5D2TA 1TTJA 3DHDA 4RK8A 5EA9A 4IUOA 4GXMA 3EEGA 4H3DA 5HR6A 3KXQA 3ZFHA 1K8YA 3CWOX 3HJZA 3G0SA 1YTKA 2RDTA 1A5AA 2Q3OA 4TO8A 4YL2A 1PIIA 1KTBA 3W3OA 1EUAA 4ZQNA 1DL3A 5KSWA 4JXCA 2DZSA 3LLFA 5LNUA 3UD6A 3TJXA 1FWNA 2X1UA 1YTEA 5BMWA 3WJWA 4RV8A 3NQ8A 1WOBA 3TC6A 3HGJA 2IQTA 1O4UA 1X8FA 3VNDA 3W1MA 4PL2A 3QFEA 1D3HA 4MYAA 1SW0A 4UMAA 1WXJA 3TKFA 4O54A 1QMLA 3W7KA 1H7NA 3NXFA 2Y7FA 4IPJA 2BXVA 3G1DA 2JKPA 3KFTA 5GVJA 3NVTA 4JDYA 2WPBA 3W7PA 2AQWA 3G1HA 5CZSA 3DH7A 4S2CA 2WSYA 3NZRA 2ZZ6A 3QJAA 2VC6A 3C2VA 1OG0A 2YYUA 2ZBTA 4Z1BA 3NZ1A 2ZZ5A 1K03A 2GJNA 4IMDA 3CM4A 2QEZA 2X2GA 3BG3A 1I8JA 3MI2A 2LLEA 3GNNA 4Z08A 3NL5A 3T44A 3OIXA 3FIGA 2CFFA 5G2WA 1K7EA 1DKWA 3C2OA 1JUEA 5KTLA 3O06A 2C6QA 4HKPA 2X1RA 4JTEA 3W7MA 2YX0A 2BSLA 3TXVA 1KM0A 4PCFA 3HIJA 1LTDA 5D05A 3PF3A 1YDVA 1SSGA 3E02A 3TDFA 2V30A 3RNDA 2Q8ZA 4GRSA 3TW7A 3L2IA 4GFSA 1SUXA 3P61A 4I9AA 3TUUA 3EWUA 4GBUA 5HWNA 4O0ZA 3UY8A 1EEPA 1FDZA 3S1WA 1AW1A 1HO1A 3W07A 2WNQA 3QMRA 4K36A 1Q45A 1SO5A 3P80A 4LTSA 4FIQA 5D33A 5L6UA 3V1PA 1G7UA 1DOSA 3IGSA 3WK3A 4JX5A 4O53A 1IIHA 2Y63A 3MYPA 2CLOA 3LXCA 3QW4B 1B57A 1SZFA 1KFCA 2E77A 3DHFA 3QW3A 3TNOA 2GOUA 1GVQA 2ZTKA 3N2XA 2CLMA 3PG8A 1TRDA 1EPXA 3DFQA 2NWSA 3BGGA 3RLUA 4XZ9A 3SECA 4BWLA 5F4XA 5I3IA 3S6DA 5D38A 3N3MA 1X6UA 2PRMA 1ZAJA 4QAIA 1Q6LA 4ZZ9A 4U28A 1QAPA 4HPXA 2VFDA 1RPXA 4N4PA 3L9CA 2WSRA 1FY6A 4JTSA 3R89A 3EWXA 3T55A 3N73A 1R2SA 4FEZA 3PULA 3FEMA 1TSIA 3W23A 2VFFA 1KM4A 4RXGA 3IGUA 4IWWA 5D04C 4O1DA 1FWWA 3HPSA 2V9DA 1LRQA 4TMCA 2A0NA 4PH6A 3M44A 4OV9A 2BWGA 4AWTA 5EPDA 4DXVA 4N4QA 1NVMA 3CLMA 4IX2A 5K4ZA 1TJRA 3GK0A 4IXXA 2VEIA 4S1FA 2V2DA 2JGYA 3S1XA 4UFIA 2F84A 5G2HA 2C14A 3JRKA 3W7QA 2J27A 4N9DA 4LRSA 3BW2A 5IBXA 1ICQA 1FCVA 3W7GA 4NJKA 1TPUA 1C29A 1TJPA 1PHWA 4UC5A 3H53A 1ZHAA 2E6DA 2QJIA 1SQ7A 1FBAA 3LTPA 3QQ0A 1GJPA 3P74A 4AHPA 4I7VA 1PCKA 3TA6A 4FB7A 3UWUA 4I7WA 4FHAA 2RDWA 3GKAA 1SFJA 3MYOA 4I7UA 1NAL1 5A8GA 1M7PA 5DXYA 1CW2A 4CLMA 4KFOA 4M7TA 3O07A 3W71A 5C54A 2WKJA 1Z48A 2WQPA 5CPOA 3UWVA 3GNDA 3GLCA 4AHQA 2QUTA 3QEZA 3RU6A 3W7IA 3TQKA 5C5YA 2ZZ7A 3C4UA 3UWYA 3WJYA 5CZJA 1JVNA 3DI0A 3MUXA 3NQFA 3LTSA 3NQAA 5EBUA 3MP5A 3DENA 3W88A 2FQIA 4ZL1A 3W1TA 3G3MA 1Z44A 1SZNA 1M7OA 4WX2A 2GQ9A 3RMJA 5D2YA 2J6XA 1KTNA 1XDMA 3CHVA 3WJSA 2CW6A 4TX9A 3P8IA 5AHLA 2FJKA 3HGRA 1TPB1 3QC3A 1L2UA 4WOZA 1JCXA 1TREA 2Y89A 4JYDA 3MI3A 3OBKA 4OU1A 3PAJA 1TTQA 1H7PA 4JICA 2Y7EA 5I3GA 5K3VA 2E6FA 1DHPA 1UB3A 3PUEA 1TB3A 4M6PA 3E49A 1FCQA 5K2ZA 3UZ5A 3TC7A 4MFDA 4GUHA 5LNWA 5F1UA 2FIQA 3B8DA 3L68A 3HG4A 1F5ZA 1LOLA 3VI2A 1TV7A 1BWKA 2PCQA 4BK9A 1KM1A 1FWRA 4X3ZA 4AVFA 3TK7A 3A9IA 5AHMA 4XQ6A 4XUGA 1A5SA 1QO5A 1FCBA 2ZRWA 4K7VA 2YPIA 2V81A 3OVPA 4O4WA 1VH7A 2F7FA 2OMAA 1YXCA 5D2WA 3TROA 2E1DA 2J24A 4JR5A 1GT8A 3LX9A 1K8ZA 4YCPA 4O18A 1TYGA 1IXPA 1P5BA 3TXZA 2NUXA 4J9JA 3UXDA 3G0UA 3NM1A 3TFCA 2NX1A 3B05A 3Q2DA 4UXDA 4OE7A 3W7OA 1JRBA 2A7NA 6ALDA 4POCA 3BG9A 4FX7A 3ABRA 1JCNA 1AW5A 5E93A 3G8EA 1VCGA 1OX5A 1V7YA 2ZZ3A 2RH9A 2QAFA 1GG1A 3STEA 4AH7A 2OJPA 5FEPA 1YYAA 3CEUA 2B7QA 2FTPA 1SO3A 1JQXA 3S1VA 2OT1A 2GPTA 5DN1A 4XKYB 4Y96A 2C13A 2Y62A 1OF6A 4MPQA 3WK1A 5J5DA 1F73A 3TMQA 1NEYA 5K9CA 3CU2A 3O1NA 3W1AA 2DJLA 4JTHA 3P67A 1S3HA 4UTWA 2B4GA 5DY3A 3LRLA 3NPUA 5TBOA 3IIXA 3OVRA 4IXHA 3AJXA 3QZEA 2ZRYA 4KFPA 3N19B 2QUUA 2VOMA 5IM51 1AL8A 1GYNA 3GX9A 1H63A 3LCHA 2DZVA 4WXZA 4BFAA 1ME9A 3STGA 4LC6A 5F2GA 1GQNA 4N6EA 3HMJG 5DCEA 2Q3RA 4A3UA 3SGUA 2A6LA 2CWNA 3LCLA 4KWWA 1DJNA 1W5NA 2NXIA 1C8VA 3HG5A 3F4WA 1I2PA 1YDOA 5DELA 1HL2A 3LERA 1AG1O 1GPWA 4UMBA 2A7RA 3S5NA 2A4AA 4GUGA 4MLJA 2YFOA 2QCCA 4MY8A 3NL2A 3W85A 3HBLA 3T40A 4QJ1A 4WXYA 2I9EA 1HTIA 4FX8A 5AN7A 1G69A 1AW2A 4IJBA 3TR2A 3W1QA 1X1OA 1XBZA 1BEUA 5E0KA 1LLZA 3FYOA 1KV5A 4FNRA 4ADUA 3C3NA 3NOEA 4JX6A 2JGQA 1FQ0A 3FJ6A 5LHEA 1ME8A 1UJPA 4DO4A 3LCGA 3NNTA 4MJMA 4ADTA 1OFAA 4LV9A 1QNVA 1WDWA 4TIMA 3TH6A 1A50A 1O60A 4H6KA 3M9YA 4NX0A 3PUDA 2WNZA 4DEFA 1Q6QA 3S0CA 3USBA 3FS2A 1OVDA 2X16A 1IGSA 2PC4A 1LDCA 4DELA 3IVTA 3M41A 1XBYA 3CC1A 1UBSA 1OK4A 4JEQA 4EOUA 2CZFA 2QR6A 1ZFJA 3M5XA 4Q4KA 3C61A 1QO2A 3YPIA 3HF3A 4K7YA 1W3TA 3M5YA 5EY5A 4IMEA 4NJHA 5LGXA 1OFBA 2G96A 3W76A 3QRHA 5KZDA 4FO4A 4PFMA 1DQXA 3T4CA 4C1LA 3F4NA 3EWWA 4IOTA 4NJJA 1L6YA 1KTCA 1G4PA 3UZJA 4KWVA 2RFGA 3LHUA 3W1UA 1DQWA 2UV8G 4UTTA 5AC8A 3DKLA 5D09A 3OEXA 1H7OA 4LUIA 3STCA 4JTLA 4MOZA 1QFEA 3UXAA 5AYXA 1QPRA 2A6NA 1IXNA 1LRNA 3EXTA 3W9ZA 2FPTA 3SFKA 2HS6A 4M19A 4QITA 4DF0A 3IIPA 1N55A 3IV3A 3W2MA 4A2RA 4CQ9A 3CT7A 2FB3A 1FWTA 3CQ0A 1U5JA 4DQWA 3W84A 1NF0A 2YFNA 3I6RA 1JUKA 3P7YA 2X1TA 3UNDA 3TCEA 3K30A 1N8FA 1OFQA 4X9SA 4K38A 3SZ8A 2AGKA 1GVFA 3TQ0A 4S2BA 1XBVA 1SU5A 2OZ0A 2ZRVA 1K02A 4Y9AA 1EWDA 1THFD 3UPWA 3KOFA 4RX0A 4X2RA 3LLDA 4PODA 2CZ5A 4ICNA 3IVSA 4DPPA 3E12A 5G4WA 3VKJA 3NM3A 4GUFA 4NQ1A 3P62A 3NQEA 2V8ZA 3I7RA 4R33A 4R7JA 4O4VA 2XFWA 2R14A 3QMTA 5FF7A 3M5VA 1Y0EA 3P84A 4LS0A 5CPLA 2A21A 5G2IA 1EX5A 1XXXA 3PS7A 5F4WA 4XKYA 4JYEA 3ZWSA 3LHZA 1TMHA 3WK0A 2ZA1A 4LU0A 1DJQA 1F6KA 5C6MA 2D73A 3G1AA 4Y8FA 1VZWA 2DJXA 4O8RA 1VRDA 1OFOA 1TV8A 4OT7A 4UCGA 4JTIA 1MSSA 2YGYA 4MJZA 3QH2A 4XTDA 1EA0A 1VCFA 4N9BA 2NUWA 3NQ2A 3W2LA 2E6AA 4AF0B 4FNTA 2JKAA 1XM3A 2FB2A 5I3JA 4AWSA 2WSQA 4N9EA 2NX3A 4UTUA 3W6YA 1FXPA 4AMAA 3G8RA 4UR7A 4MLRA 2DZTA 4HSOA 3LCXA 1QPQA 3UYCA 4TMBA 1LZOA 1H62A 1XI3A 4MY9A 3SI9A 2YXGA 1P0NA 3G1FA 1OYCA 5DBTA 2E6YA 3KVLA 1QPOA 4P2VA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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