1HJXA

Ligand-induced signalling and conformational change of the 39 kd glycoprotein from human articular chondrocytes
Total Genus 130
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
130
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLVCYYTSWSQYREGDGSCFPDALDRFLCTHIIYSFANISNDHIDTWEWNDVTLYGMLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNFGSQRFSKIASNTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKQHFTTLIKEMKAEFIKEAQPGKKQLLLSAALSAGKVTIDSSYDIAKISQHLDFISIMTYDFHGAWRGTTGHHSPLFRGQEDASPDRFSNTDYAVGYMLRLGAPASKLVMGIPTFGRSFTLASSETGVGAPISGPGIPGRFTKEAGTLAYYEICDFLRGATVHRILGQQVPYATKGNQWVGYDDQESVKSKVQYLKDRQLAGAMVWALDLDDFQGSFCGQDLRFPLTNAIKDALAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Sugar binding protein
molecule keywords CHITINASE-3 LIKE PROTEIN 1
publication title Structure and Ligand-Induced Conformational Change of the 39-kDa Glycoprotein from Human Articular Chondrocytes
pubmed doi rcsb
total genus 130
structure length 361
sequence length 361
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-02-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1hjxA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1hjxA01
1MFVA 5D9MA 1I75A 1UH3A 1L0PA 3AIRA 4MJ2A 3WUFA 4YHEA 1JF5A 3U7BA 1W32A 3PZGA 2EPLX 3D3AA 1CYGA 1A47A 4W7UA 1E1FA 1Z32X 2WHLA 7CGTA 4DUWA 4LYRA 1BLIA 1Q6GA 3MSGA 3WENA 2XFFA 3AXIA 1UWRA 2V3DA 4XB3A 4ATWA 4CD4A 3PHAA 1GQIA 1E6RA 4GI8A 4CN1A 5D8ZA 3LPOA 3HU7A 3THDA 2VVNA 2OWWA 1CECA 4LX4A 4W88A 1DWAM 4CGTA 1SR0A 3WSUA 4CVWA 1UWUA 3A6OA 2ZXAA 3CHFA 1GZJA 2W91A 3UCQA 2A3HA 4Z2GA 2DT0A 3VNYA 4U2YA 1UH2A 4AZIA 1Q6EA 2QMJA 4XZBA 3WD1A 3DYMA 3ZJ6A 1C8QA 4GZIA 4UFLA 1BVZA 1V0NA 2G3JA 3SCPA 1EGZA 2WSKA 1E6QM 4H41A 3UG3A 1QNPA 3VM7A 4AD5A 1XRVA 1TG7A 4HPHA 4MTVA 3M6DA 4M24A 3AIBA 4EAMA 3QOKA 1E15A 3OLGA 3WY1A 2WM0A 1B9ZA 3D5HA 2ZX9A 4TX8A 3ZJ8A 2Y8VA 5GNXA 1GHRA 3AI0A 4X0VA 2JE8A 1JD7A 3W27A 6CGTA 3VD3A 2W67A 3WBEA 3AROA 4CUCA 1D7FA 5A6KA 1JAKA 3TONA 3OGVA 1QW9A 2E40A 4HA1A 5ECUA 2C8NA 2W66A 2WBGA 2YDSA 1XD1A 4CN4A 2A3AA 2WW5A 4HU8A 3NDZA 2YDRA 3CGTA 4DWSB 1HXJA 1E71M 2XPKA 4V28A 2CBJA 3CPUA 4AEFA 3PTMA 1B3WA 3GTNA 5D8WA 3GBDA 1ODUA 3MV01 2ZXQA 1UR4A 5KZ6A 4AISA 1PAMA 1KQZA 4PUEA 4LXFA 3CHCA 3MUIA 3WEZA 2XSBA 2ZE0A 1FHDA 2BY0A 2DGAA 1L8NA 1N82A 5EMYA 2PWHA 3AIQA 5BXSA 1EQPA 3POHA 1W3JA 4P8UA 5EFDA 1BPLB 2Y8KA 2DSVA 4OOUA 4W8AA 4QAWA 1QI0A 1ZJBA 1HKMA 1PIFA 4U5KA 1GOQA 3WQ4A 3VIOA 3OA5A 1VRXA 3WD2A 2ZUWA 5A94A 2WYSA 1W1VA 3U5YA 4MB5A 1WO2A 3G6LA 3TA9A 2J8FA 1X6NA 3OZOA 1ZU8A 1J0IA 2VTFA 4D72A 1KB3A 2QMKA 4JCLA 1JI1A 1K6AA 1JZ5A 4M82A 4MDOA 2V3EA 3I3BA 5I23A 1Y7VA 1UKTA 1QI5A 1XYFA 2Z1SA 1ZBKA 3OB8A 2BHYA 3RM8A 1XV8A 1WPCA 4OJYA 5EBAA 1EOKA 2CCRA 4PTXA 5I79A 3RCNA 4HMEA 3NJ3A 1V0MA 1E43A 3VX0A 1DWHM 4TOQA 4ZE5A 2QF8A 1PX8A 1PPIA 5M03A 4TVCA 1V0LA 1VFOA 4N0RA 3BAKA 4CCDA 4GKLA 3CMJA 3RDKA 3UR8A 2J78A 4AZCB 4AWEA 1QPKA 1LWHA 1LQ0A 5A6AA 1FH9A 1EO7A 1UKPA 4W85A 2B31A 4DUVA 3CIVA 1VAHA 1S46A 2XJ7A 3AS1A 4J7RA 1UQZA 3SCQA 1KXHA 3AZSA 1CPUA 2WCAA 1FP9A 2NSXA 2UY4A 1C90A 1UKOA 4F9JA 1IV8A 3TTOA 1CGWA 4B3KA 3MSDA 2BXYA 1GONA 3T0BA 5AYIA 3MU7A 3O6AA 3VNZA 2BFGA 4GO8A 3ARWA 4D71A 2GDVA 4MB1A 3CUFA 3GNPA 3KL3A 1JZ4A 1V6WA 3L4TA 2XGIA 3WF4A 1E4NA 2E4TA 1JYWA 4PCSA 2F2HA 1FP8A 3WDJA 4UQDA 5JBFA 5DO8A 1EDGA 3W26A 1QI2A 4P8VA 4UZUA 5IHRA 1NWUA 1TVNA 3L2LA 1W9DM 4P7LA 3F4VA 3WQWA 3N11A 4ZEPA 5E0FA 5A6BA 2ZXBA 4PUDA 1HJUA 1UZ1A 5M5DA 3AXXA 1KR0A 2PWDA 1G1YA 1WDPA 4FMVA 4AZGA 1PIGA 4QCFA 5GNYA 3T2OA 2YBTA 1MW1A 3CZKA 5BRPA 2X05A 1E6ZA 1H1NA 2AAAA 3VKKA 2VR4A 2O9TA 3LMYA 2FHCA 4D6CA 1LG2A 1E3XA 1LL4A 1AQMA 2V5CA 4KH2A 5E9AA 4UZSA 3I3EA 2UWFA 1FH8A 2D2OA 1MW2A 3SUUA 2GJXB 3WNKA 2EPOA 1G0CA 1US2A 1US3A 1WE5A 2ZX7A 3ZMRA 1VENA 2E9MA 3A3HA 1XCXA 4B16A 1J9YA 4BF7A 5IHSA 1KBKA 3TTSA 3PZMA 1DWJM 2YJQA 4PMDA 4AZ6A 3K1DA 3CBWA 3WUGA 2G8ZA 3EDJA 2X8RA 2BHZA 2DIJA 2EQDA 5I2UA 4WSJA 1OT2A 2EXOA 4LGXA 3GXFA 2J7BA 1QVBA 2IXVA 3NCOA 3VILA 1WZKA 1GHSA 5JUVA 2ZUSA 5A2BA 5A2CA 5CLTA 3SCNA 4P7NA 3VD5A 4F79A 3RJXA 3W6LA 1ZL1A 4JKKA 1VEPA 3BAJA 1E6SM 1NWRA 1E6NA 1X6LA 2XUCA 2XM2A 4IPNB 2GUYA 1C93A 1FOBA 2W63A 3DHUA 2BY2A 1ISVA 3MUZ1 1R87A 1VFMA 1R85A 1E5NA 1EHAA 3CZEA 3AYSA 1VIWA 3ZT5A 3LPPA 2WKGA 1ISYA 3EYPA 3DYPA 3MKKA 1V6XA 4JFVA 3PTQA 4MJ4A 1VEOA 2WHJA 3BXWA 1WDQA 3AFBA 4LQ1A 4MB3A 1EIBA 3WNPA 1XC6A 3VO0A 4IM4A 4H7VA 2DSZA 1U30A 3SCRA 1OBAA 2DT3A 3VDHA 4YHGA 5A1AA 3ZR5A 3TTYA 1V02A 3WNOA 2RGLA 4JFTA 4M80A 5D9PA 5A6SA 1M04A 2QV4A 1XSIA 4ACZB 4AYSA 4C7FA 2CBIA 4UTFA 1AVAA 2XTKA 2VC9A 4OKDA 3PZQA 4TTUA 3VD7A 5CPSA 1FA2A 3NUKA 2Z1KA 5CGMA 3VDCA 4AXNA 4DWSA 4HOWA 1V3JA 1EDTA 4P8XA 1QHPA 2Y2WA 1EH9A 5D9OA 4RE3A 1YHTA 3OIHA 1LLOA 2GVYA 4MADA 4IISA 3S2CA 1TR1A 1J12A 3AHXA 4CU6A 2WHMA 3WF1A 1V6YA 4A4AA 3SUWA 2PWFA 5CSUA 1ZJAA 4W7WA 4KGLA 4UNIA 4UQCA 3NDYA 3THCA 1MXGA 1WZLA 1BGGA 2CKRA 1GOKA 3LPFA 1EHNA 1UQYA 1P6WA 2ZX5A 1PEZA 2OWCA 1FFQA 2QPUA 3T0DA 1CLXA 4M1RA 3T08A 1QI4A 1Q6CA 3WQ8A 2DSKA 3B9AA 5LA1A 2ZUVA 4E8CA 4DUXA 1DWGM 2VZTA 3K4AA 4UFMA 4HOZA 1LJYA 4AIOA 2G41A 1V3HA 2ESCA 3CH9A 3BC9A 4GQRA 1E70M 5I5RA 1AQHA 2D0FA 1E4IA 4U5IA 4W8LA 2XVKA 3GH7A 3DC0A 1GPFA 1PJ9A 4KGJA 2UY2A 3II1A 4JZ5A 4CVUA 5HPOA 1HKJA 1JNDA 2WMJA 4A3YA 3PZUA 4EANA 4MDPA 1CDGA 1W3KA 4K68A 2DDXA 1ODZA 3VIJA 2YL9A 1VFUA 4QDMA 3MUY1 5A95A 1W91A 2F61A 4PMYA 2EEXA 4F66A 1V0KA 3WDRA 2AOSA 4R27A 4MB4A 2AMGA 1XSKA 1EA9C 4D6HA 1W2VA 2WC4A 4MPKA 1H4PA 1BG9A 1RH9A 1HJWA 5GPRA 2D20A 2EO7A 4TX6A 3UR7A 1KCLA 3AIVA 4UOJA 3AIWA 3O9NA 4AZCA 1HP5A 1XH2A 2VR5A 3OLIA 3W81A 2A3CA 1U2YA 1UR0A 1LG1A 7TAAA 1CGYA 3UG5A 3ARPA 2GFTA 3KE0A 2J4GA 3W0KA 5BROA 3GBEA 3VIMA 5D4YA 4V2XA 5TD4A 2D3NA 5I0DA 5GQBA 4TVDA 1V03A 3WD0A 5A6MA 2CXGA 1OGBA 1E9LA 3KL5A 4Z2IA 1KXQA 3W29A 4LYQA 2JIWA 2GSJA 4W5UA 3WELA 2FH6A 3OZPA 3N15A 3QGVA 4Y7EA 3VGDA 4E8DA 3WEOA 2PB1A 3WDQA 3WKZA 3PZNA 1UR9A 4FF5A 4PCTA 3EDFA 2JF7A 3FAXA 3ZJ7A 2PWEA 3CZJA 2GK1B 3WN6A 2X0HA 2X1IA 4EKJA 3BLPX 5CPTA 1MQRA 1KGWA 3IJ9A 4F8XA 1MW3A 4X9YA 2WANA 2A3EA 1UWIA 1MFUA 2CHOA 2OSYA 4AW7A 4ZENA 2PBOA 3HN3A 4PTVA 2E3ZA 4D6FA 1KQYA 1AMYA 2BY1A 5GNZA 3IJ7A 3PN8A 5AC4A 4H04A 5JIPA 4Q7NA 3HMCA 1C7SA 2EPMX 1PZ3A 2WVTA 1E3ZA 3QHNA 2DSUA 1CGUA 3RILA 3AISA 3AMGA 2ZWYA 3TP4A 1C8XA 4PSRA 1I1XA 2D3LA 1G5AA 2VX7A 5FKYA 1GUVA 3F5LA 3FXYA 5CLWA 1OT1A 4V27A 3ARXA 4PMOA 3U57A 3CO4A 1TE1A 4LYPA 2CNCA 1IT0A 1ISXA 4OOZA 4MAZA 3VIPA 3SIMA 3N1AA 3ARQA 2GJRA 4P7QA 1M03A 3EDDA 3F5JA 3VOCA 5DF0A 1XYZA 4ML4A 3ECQA 2WXDM 4D1JA 1V6VA 3WL0A 2V3FA 4P7RA 4PTMA 3BSGA 2WB5A 1CXHA 3L4VA 1JIBA 1CIUA 4HP5A 1MQPA 3ZSSA 4ZXLA 4JFWA 1NOWA 1JZ3A 4AIUA 2GJXA 1W2PA 3KWXA 2OSWA 5BRQA 4NSBA 1NH6A 5ABFB 1ZS2A 1CZ1A 4HA4A 2YA0A 2VZOA 3RJYA 1W1YA 1TFVA 4EK7A 3WQ6A 1JDAA 1V3MA 5ABHA 4AZ5A 3QHMA 3DHPA 4RE2A 4OIFA 4WIWA 1C8YA 1WDSA 2EPKX 4BS0A 1OINA 1QNRA 2WVVB 1EQCA 1O6IA 1NM9A 1JZ2A 1SYTA 1H5VA 5F7UA 3VDAA 2XFRA 1EDQA 2VO5A 4NRRA 5M3WA 4D1IA 4BZYA 1HJQA 2WSPA 3N04A 1TVPA 2CKSA 1K9DA 2CETA 1B1YA 4HZ7A 2YDQA 4M56A 2EPNA 1IZJA 2W92A 1F4HA 2HVMA 2VZUA 4J3TA 4DM1A 4BA0A 1B30A 2D1ZA 4R5EA 2G3NA 3ARZA 3GYCA 3W37A 3AICA 4WJXA 4GQQA 5A8NA 1C7TA 1HVQA 5JIWA 2J7CA 3UESA 4NZCA 1VBUA 2XIBA 1BF2A 3U7VA 5ABEA 4WF7A 1PX4A 2W61A 2J79A 2VUYA 4M8UA 2ZWZA 3VM5A 4PMXA 4AZHA 1CWYA 2WMIB 1BSIA 3FAWA 2WMGA 3W28A 1OIMA 3FNDA 2YOCA 4PBGA 3N17A 1JYVA 5FIPA 5C71A 1E56A 3E1F1 5CSYA 3GH5A 2W5FA 1WB0A 2BXZA 4AD1A 1GOOA 3IAQA 2WPGA 4DWSC 2D0HA 1C91A 2O9PA 4ACZA 3CUJA 3VGBA 5IXEA 3ZQ9A 2VCCA 1ZBVA 1K9EA 1J0KA 5AY7A 3CLWA 2G3IA 3AIEA 1J0JA 1G94A 1KGXA 4ZFMA 1RP9A 2O9OA 3OBAA 1CBGA 3AMDA 4OBSA 3VIKA 2XFYA 2EJ1A 1WKYA 1CGTA 1OWQA 2Y24A 4A3HA 4Z2LA 1BYAA 4AZ7A 2VZSA 2CHNA 1B31A 2J7FA 3CZLA 1UD8A 1RD6A 1UD5A 4F9DA 1H0IA 4N42A 1BG4A 5JBEA 1PX3A 4D6DA 1OCQA 2PF0A 1E1EA 2XYLA 1CEOA 1ITXA 1BYBA 2QHAA 2WCSA 1GCYA 1JGIA 3WDIA 1WZAA 2E8ZA 1BHGA 1ISZA 1NOUA 3CHEA 3VIIA 1E4LA 4QLKA 4H2CA 2WMFA 2PWGA 5A8QA 2VI0A 3WBAA 1B2YA 2YLAA 3IANA 2J7GA 3RPMA 5EB8A 2CERA 1H3GA 5D9NA 4U33A 1QHOA 4OZOA 3L4XA 1W9VA 1R8LA 3VDBA 1JF6A 4AC1X 5A8OA 3BAYA 1JZ6A 4JFUA 2BS9A 4CKQA 1WZMA 3BAWA 3BSHA 2CIPA 4D6JA 1GORA 2Y5EA 4CCEA 3SCSA 2WK2A 2XHYA 1J18A 1CXLA 1E0WA 2VVSA 3ZIZA 3A4XA 4J27A 1KCKA 3KL0A 3RMEA 4B15A 4S3KA 3CUGA 3W24A 1PBGA 3SCWA 1HT6A 1JD9A 2RGMA 3SCUA 1UUQA 4J3VA 2YA1A 4BQ3A 1NWSA 1XD0A 2NT1A 4X0NA 1K9TA 3BAIA 2XGBA 2J75A 5KEZA 1LF1A 4KMQA 3TOPA 1G9HA 1PZ2A 1UYQA 4GI6A 4CD5A 1B3ZA 5EFFA 1B3YA 1IZKA 1A3HA 4B3LA 1VBRA 4XUYA 2XVLA 1NOFA 3WQVA 2BV9A 4J3SA 4ZE4A 1H41A 2XSAA 2YIHA 5HPCA 4FLRA 1U33A 2ZICA 1J0YA 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 4UFH A;  2D23 A;  1KWG A;  4TVU A;  3WQ5 A;  3NSM A;  5A6L A;  4IPL A;  3WUE A;  3WFL A;  3WH9 A;  1H09 A;  1VFF A;  2WKL A;  4J3W A;  3TTQ A;  5A2A A;  4FLS A;  4AD2 A;  2WWD A;  4HZ6 A;  1HKI A;  5C8B B;  3W82 A;  4W89 A;  5BWF A;  3K46 A;  3L4W A;  1UD4 A;  1WAW A;  3B8S A;  3ZM8 A;  5DFA A;  1KXT A;  4OUE A;  1HNY A;  3CUI A;  1BVN P;  1HP4 A;  2J62 A;  1CXK A;  3BCF A;  1HN1 A;  4HPG A;  2ZX6 A;  2V5D A;  4J3U A;  4GIN A;  5DMY A;  4UOZ A;  3A47 A;  1XHG A;  3N18 A;  3K8M A;  2YL8 A;  3AHT A;  1DHK A;  2CEQ A;  1M01 A;  4QCE A;  3AIU A;  2Y4S A;  3L2M A;  2XII A;  3RM9 A;  3OGS A;  1LL7 A;  1VB9 A;  2W62 A;  2MAN A;  5FL0 A;  1B0I A;  3A4W A;  1E72 M;  5E6Z A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3QR0 A;  4ZVJ A;  1XD1 A;  3IUD A;  3NZQ A;  1PYM A;  1FCU A;  2AL1 A;  3TOY A;  1NY1 A;  2YDR A;  1VHC A;  3EOL A;  4WY0 B;  3UP8 A;  2CBJ A;  3CPU A;  4AEF A;  2E68 A;  4QNW A;  4GYF A;  1YNY A;  4I9J A;  3URA A;  3LBO A;  3ICJ A;  2PFH A;  4LXF A;  3CHC A;  5EBU A;  2ZE0 A;  2BY0 A;  3N9S A;  3CU2 A;  2PWH A;  1DJI A;  4X60 A;  2HS8 A;  1KT0 A;  1W3J A;  4P8U A;  1BPL B;  2Z1V A;  4OOU A;  1UP0 A;  4HZM A;  3OP2 A;  1S2V A;  3GS6 A;  2VYO A;  3BE7 A;  4QAW A;  1QI0 A;  1ZJB A;  1HKM A;  2WZT A;  3IVU A;  3CQI A;  1XW8 A;  1VRX A;  3U5Y A;  4IIC A;  2GYI A;  4A8L A;  1WO2 A;  3GDL A;  3SB0 A;  3AAL A;  3TA9 A;  2J8F A;  3EIP A;  5DBT A;  2P0O A;  1J0I A;  3NTP A;  4B5T A;  4H9Y A;  3DHF A;  4NNA A;  4DYK A;  1QWG A;  4GIY A;  4JCL A;  1JZ5 A;  5FJT A;  4M82 A;  4MDO A;  2QAF A;  2PLJ A;  5EML A;  1J93 A;  4MZ1 A;  2HXU A;  3I3B A;  3LXA A;  3MDW A;  3TWA A;  5LIY X;  3FK4 A;  2EJA A;  3KWS A;  1ZTV A;  2NXG A;  4LAW A;  1PWL A;  1RV8 A;  1XYF A;  2OX4 A;  1ZBK A;  3OB8 A;  2BHY A;  4JQ2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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