4BF9A

Crystal structure of e. coli dihydrouridine synthase c (dusc) (selenomethionine derivative)
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
318
structure length
318
Chain Sequence
MASMRVLLAPMEGVLDSLVRELLTEVNDYDLCITEFVRVVDQLLPVKVFHRICPELQNASRTPSGTLVRVQLLGQFPQWLAENAARAVELGSWGVDLNCGCPSKTVNGSGGGATLLKDPELIYQGAKAMREAVPAHLPVSVKVRLGWDSGEKKFEIADAVQQAGATELVVHGRTKEQGYRAEHIDWQAIGDIRQRLNIPVIANGEIWDWQSAQQCMAISGCDAVMIGRGALNIPNLSRVVKYNEPRMPWPEVVALLQKYTRLEKQGDTGLYHVARIKQWLSYLRKEYDEATELFQHVRVLNNSPDIARAIQAIDIEKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords TRNA-DIHYDROURIDINE SYNTHASE C
publication title Major Reorientation of tRNA Substrates Defines Specificity of Dihydrouridine Synthases.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli k-12
total genus 109
structure length 318
sequence length 318
ec nomenclature ec 1.3.1.-:
pdb deposition date 2013-03-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01207 Dus Dihydrouridine synthase (Dus)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.225.30 Mainly Alpha Up-down Bundle Bacteriocin As-48; Chain A Bacteriocin As-48; Chain A 4bf9A02
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4bf9A01
1C8VA 1GJPA 5HNRA 3CC1A 1YPFA 1SZFA 3BG5A 4JTIA 4MIMA 3WJSA 3B8DA 3VI2A 1LDCA 3WK0A 3BG9A 2Y62A 1TPFA 4I7VA 3UNDA 3W2UA 3T7VA 1VYPX 2I9EA 2OZ0A 3NQGA 3K30A 1NAL1 3W23A 3UZ5A 1XUUA 4OV9A 4ZQNA 3N14A 4IUOA 2RDTA 2CLFA 1O95A 1ZALA 1ZCOA 4X9SA 3N34A 4CNNA 4ZQPA 4K37A 4D2JA 4K8EA 1T99A 4ZQOA 3UPBA 5I3JA 3GK0A 1YPIA 1TREA 4Z08A 1VQTA 1Z44A 3MUXA 3F03K 5CZJA 4AMAA 1QAPA 3HJZA 4DPQA 1KTNA 4PC8A 1R46A 2YYTA 3GR7A 2A7RA 2E6YA 4CNPA 3DFPA 4RCXA 1WXJA 4M19A 2CZ5A 3RF9A 3W2KA 3GR8A 1KM3A 3CHVA 2NX9A 4XQ6A 3LERA 5EA9A 1TPEA 4EF9A 5L9FA 3C6CA 3G8EA 1OF8A 1XBXA 1L9WA 1JCMP 3W2NA 1P5BA 3PUDA 3JRKA 4MLRA 3QQ1A 4Z1CA 3TMQA 5E93A 3THAA 3R13A 1TTQA 4B5NA 2OX1A 1TQJA 1VR6A 4KFPA 4QNEA 3BGJA 1EP3A 3FKKA 1KM6A 2E6AA 2QCGA 3GAKA 3P67A 1F7BA 4AF0B 1GTHA 1ICSA 4RK8A 1I2OA 1QR7A 4UNLA 1OFEA 5FEPA 5HINA 4NJKA 5HWJA 3HBLA 2GQ8A 1KA9F 4JD4A 4UFHA 4UNKA 5K9DA 3CIWA 4CLMA 5LNUA 4Q33A 4GBUA 3O8AA 1KTCA 5U4NA 2OMAA 3I6RA 1W5PA 5G5IA 3SJ3A 2TYSA 3P8IA 4N9CA 1HO4A 4FO4A 4JN6A 2B7NA 5EYWA 5G1TA 3WK3A 1VH7A 2H90A 3IV3A 1W5QA 4MY1A 3EXSA 1JQVA 4NQ1A 3EX4A 1ICPA 3S1WA 1YTDA 1JCYA 3G1FA 1QDSA 1R2SA 1GVSA 4ZQCA 2CW6A 3NR0A 3SR7A 1QOQA 1ALDA 1O5KA 3MW7A 5A8GA 4O17A 1PIIA 4UFKA 2E6FA 1GT8A 1K02A 3OVQA 3FOKA 4FB7A 3G0SA 3L0KA 3M43A 2YFOA 3NA8A 4RXFA 5FF4A 1M7OA 3BLEA 3MWAA 1TV7A 2E5DA 2ZZ3A 2H3BA 2VEIA 3KVMA 5LNSA 4RZ5A 1B4EA 1WOAA 2QAPA 3PSWA 3LM7A 4UCGA 1LOSA 3A5FA 2TMDA 2ISVA 3P8JA 3PG8A 5DN1A 5CG7A 3EWWA 4LW7A 3G1DA 4BR1A 3LI1A 2DJXA 2QKFA 1OG0A 3LCXA 1XM3A 4PL2A 4WY0A 3TAKA 1XFBA 2DORA 3U2OA 1KFEA 3PY2A 4IWWA 2ZZ4A 3L66A 5KTLA 2R94A 2Z0IA 1KFLA 4OWGA 4DO4A 1OHLA 4YL2A 1IF2A 2TRSA 1A5BA 3ZWTA 1JUKA 1L2UA 3NPUA 2OCZA 3F4NA 4AH7A 3UWQA 3NQ6A 4WUIA 2ZZ2A 3EX3A 1GTEA 1KFBA 2V0TA 2WNQA 3FEMA 4MZ1A 4L4MA 2H8XA 4NX0A 2QF7A 4GUFA 4UTTA 2PRHA 1G6CA 1XI3A 5DBUA 3W7OA 1MEHA 4KFNA 3W6YA 5DELA 4UTIA 3RMJA 3TH6A 2CLMA 1FDZA 4YLWA 3SIZA 1SZGA 4UTWA 4GUIA 3SGUA 1A5CA 3W75A 1VGAA 1SZEA 1DQXA 4LT9A 5A5WA 3M9YA 8TIMA 5L6UA 3W7QA 1LBFA 3ATYA 3QFEA 3EEGA 4JTEA 4NNCA 5G2IA 1W0MA 4LRTA 1S5WA 3W9ZA 1LORA 1L6YA 2HS8A 3U6WA 2XN2A 1LROA 3PB2A 5HULA 4DQWA 4E38A 4JYDA 4Z0JA 1GEQA 3W7GA 1RQBA 2JK2A 1UB3A 1TYGA 3Q2DA 5HWMA 4WD0A 5C54A 3B04A 1I2PA 3TKFA 3VE7A 3JS3A 5HUOA 3W73A 2A4AA 1GG1A 1SPQA 2NWSA 4U4MA 3DFOA 4NT0A 3LTPA 1KW1A 2WNZA 3KAOA 1V7YA 3NQDA 3W7CA 4AHQA 3MO7A 3FKRA 2YCEA 4ZVJA 1M5WA 5TIMA 1OFPA 3M5ZA 1WX0A 4BI7A 4DF1A 1JJKA 4AXKA 2P10A 2ZRYA 3LB0A 4J9JA 4K7VA 5BMXA 4P61A 1NF7A 5FI8A 5EY5A 5C2XA 1EUAA 3FJLA 1N55A 2ZFAA 2GOUA 1LP6A 1YYAA 3CLMA 2A7NA 3L5MA 2B7PA 3O1NA 4LVAA 3S1XA 2BWGA 3UWUA 3STFA 3BW4A 4CNOA 3OEXA 3ZR4A 1ZFJA 3SGZA 2NUXA 2FDSA 5DY2A 4UFLA 4Y90A 1S3HA 4LWWA 1W5MA 3BG3A 2CZDA 4KFOA 3TV8A 1SW3A 1SO3A 4O10A 3UQNA 3FYPA 4LUJA 4UTJA 2V8ZA 2AGKA 2Q8LA 2GJNA 2E1DA 1WDWA 2AAMA 4LU0A 2QDGA 2E5CA 3CB8A 2C13A 3LLFA 2QJIA 1WQ5A 3B4UA 3O6CA 4JIQA 1ML1A 3LHVA 4A21A 1TPUA 1W1ZA 3RNDA 4AB4A 4ZMGA 4JICA 4KWVA 4O19A 2WJZA 5F2LA 4WXZA 1KFKA 2DU2A 4Y6GA 4NJHA 3G1HA 3NEVA 4DELA 5IBXC 1G4SA 2ZA2A 1HTIA 3W74A 2CLLA 4E2DA 5G1YA 4NJGA 4O8RA 4N9EA 1GYLA 4BF9A 1SW0A 5AYZA 4GRSA 4LUIA 3RLVA 2NLIA 2CZFA 2V81A 2VFDA 4O28A 2VC6A 4NVTA 3TC7A 4O13A 2OJPA 2J88A 1EWEA 1KFCA 1A53A 1YXDA 2QCCA 4IMFA 3I7QA 1RQHA 3W7RA 3CPRA 3DHFA 3PSVA 3PF3A 2BZNA 3GAYA 5CPLA 3NQVA 5F4XA 1WOBA 4JDBA 2P1FA 2X16A 1JR1A 1QNVA 3NQEA 3LHZA 4MY9A 2VFEA 3PBVA 5AOUA 1OFBA 4CQ8A 2EGZA 2FPYA 5AHNA 3STEA 4BFAA 1ONRA 3A22A 2A5HA 1S5TA 3TCEA 4PODA 3PBWA 4R53A 3NGJA 1LZOA 2JKAA 1B57A 3LCLA 5D2XA 1KM2A 3MYOA 2V30A 6ALDA 2G95A 1GWJA 1KFJA 2WKJA 4MFEA 3E0IA 5AHLA 4PH6A 5E0KA 2EHHA 3S5OA 2DZTA 1PV8A 3LI0A 3UXDA 3LRMA 3O15A 2W79A 1PCKA 5LZLA 1Q3NA 1JCXA 3TDFA 2ZCGA 2Y70A 2E6DA 4LVDA 2YYUA 1K7EA 4PEKA 3DU0A 3M6YA 3I7SA 3FA5A 3QW3A 1T8XA 4FIQA 1ZY9A 1R30A 4GE8A 3UPWA 4LVBA 2ABBA 4MZYA 4DO5A 1X7FA 1G7UA 2ZYFA 1Z41A 1K8YA 1LLWA 4LV4A 5T26A 4X22A 4Z1DA 1UUOA 3KRSA 4Y8FA 3L21A 2CLKA 1N7KA 3TROA 1SO6A 2YZRA 1TO3A 3NQCA 4N9BA 3G22A 2QCEA 1OFOA 3C61A 3KRUA 4O0ZA 5G2WA 1MSSA 4I9AA 4FEZA 4I7UA 2LLEA 5H2ZA 4WJEA 3TK7A 2CLOA 1QO2A 4LTSA 1H7OA 3UD6A 3W1MA 4WQ6A 5I3IA 3G0UA 2DZWA 1QMLA 3LX9A 3UWYA 3H54A 1H60A 1ME7A 1OK6A 4UFIA 3W85A 3W7PA 1EPXA 1F6PA 5FF7A 4WX2A 3F1QA 3QRHA 2FJKA 3QH2A 4IMDA 4IX2A 3R89A 3C2VA 4O1BA 3SECA 3HOJA 1OX5A 2V82A 5HMSA 3MJYA 2ABAA 2QUUA 3M44A 1QOPA 3LHUA 3S6DA 5HWNA 3GXNA 1W8SA 1KBIA 1I8JA 2FLIA 3S42A 1X1ZA 1DBTA 4R7JA 1JULA 3TW6A 5KITA 4QIUA 3DZ1A 2G96A 1VCVA 1UBSA 2PE4A 3G24A 4ORMA 3FYOA 2R91A 4N2YA 5D2TA 4ADSA 4LNYA 1G4EA 1AW5A 5LNWA 4MKNA 3TXZA 3DAQA 5BNKA 1KM4A 5DLCA 5CPOA 4MY8A 3YPIA 4FXRA 3OG3A 3DBPA 4UTKA 4HPXA 1OJXA 1JCNA 1WAUA 1W3NA 3WJXA 2E5BA 3Q94A 1G7VA 4GJ1A 2QUVA 1TPDA 4NZFA 5D2VA 5D2YA 4ORIA 2JBMA 3OIXA 3TIMA 4AHOA 3KRZA 1AW2A 3QC3A 1E51A 2NV2A 4A29A 3UXAA 2Z6JA 3G18A 2QDHA 3LDVA 5LHEA 4PL1A 3TQKA 1H5YA 3HGRA 3CEPA 3I7RA 3KVKA 3P62A 4HNTA 3I68A 3GNNA 2VENA 3BW2A 1W31A 1VPXA 1TTJA 3P5YA 4ZQMA 4WOZA 1QO5A 1SFJA 2HMCA 1TPH1 4YMZA 2ZRZA 1LRQA 1VYRA 4GFSA 1OFDA 1OYAA 5IBXA 3LCHA 1JUBA 1K7FA 4IQLA 5CSSA 3W7HA 4QNWA 1TV8A 5EKYA 3L0NA 5D02A 3TW7A 4NJJA 4AVFA 2D73A 4AWSA 1G67A 4WY0B 1DQWA 4BI5A 1QFEA 3HG2A 2ZRVA 4KKXA 2XN0A 2BSLA 4K8HA 5LGZA 3OA3A 1FDJA 4DEFA 3TSMA 4Z0SA 3W3OA 1OK4A 2YX0A 3QZEA 2QCHA 1H51A 1H7PA 4M7TA 3VE9A 3TJXA 2H6RA 4O1CA 2RHGA 3C2FA 4LS0A 1VC4A 1Q45A 1VZWA 5CZTA 4JGDA 3W7MA 2WSYA 4YXGA 1EEPA 2V2CA 1O94A 1WBHA 1OX6A 3V75A 2BLEA 1K8XA 3LCFA 3MHGA 4BI6A 3OVPA 3P84A 4HIBA 5KZMA 4O12A 4DO6A 4DBEA 3DI0A 4JR5A 4JS3A 1FWWA 4IOTA 1P1XA 1OFAA 3EX2A 2GQAA 1ZAJA 2WSQA 2VEPA 1YADA 1GG0A 2Q3OA 2QAFA 5K4ZA 4K39A 4CQ9A 3KVJA 3GKFA 5C6MA 2B0MA 2R8WA 4UR8A 4RXGA 2B4GA 1MEWA 1A5AA 2YW3A 3L68A 1YXYA 4EWND 4PFMA 1EX5A 3W87A 2GVLA 4S2CA 1VLIA 2JGQA 3QPZA 4JTGA 1HL2A 2HTMA 1SO4A 3ZWSA 4LS2A 4NNAA 3C2EA 3NL2A 3SI9A 3A9IA 1A5SA 3TFCA 4ICNA 2ZZ5A 1SZNA 3PULA 1FWTA 2QCDB 3G1SA 5D03A 3V1PA 3EXRA 4NXSA 3IVSA 1OX4A 3QQ0A 4Y9AA 4N4PA 4H3DA 3L9CA 1B4KA 3KX6A 3IIOA 1SSDA 3NL5A 3O63A 2DJLA 5G4EA 1EUNA 2P0OA 1JRBA 1I4NA 4QISA 4JTTA 4OV4A 1ICQA 4IPJA 5DXYA 4Q32A 4L4LA 4JTJA 3QMSA 2XN1A 5D30A 3QF0A 5KZDA 4NJIA 1KM5A 1JCLA 4XTIA 2ZZ7A 1SQ7A 3HMJG 1FBAA 4TMCA 3VNDA 5AHFA 4GC4A 2ZA1A 4O53A 3SFKA 5C55A 2WSRA 3BW3A 3L5LA 1JRCA 3PR2A 2Z1BA 4K7YA 4OT7A 3WFAA 4MVAA 5HR6A 3CWOX 3O07A 1IGSA 3IIVA 1GQNA 2Y7GA 1VJIA 5F1VA 1VS1A 2VFHA 3IIZA 4TO8A 4JX4A 1U5JA 2ATMA 4MOZA 4P2VA 1XDLA 1G4PA 4K38A 3IVTA 1DOSA 1C9DA 1W54A 3EKZA 3CTLA 1H63A 1NF0A 1TIMA 3FJ6A 4K36A 1MZHA 5FEWA 1IIHA 4RLIA 3ZS4A 1Z48A 3BK0A 3HPXA 5EL1A 3UY7A 1H50A 3ABRA 1GOXA 1W3IA 4JTSA 5CPMA 1DL3A 1K3UA 3PG9A 4HNNA 5F2MA 3S1UA 3LCGA 4FHAA 3EWXA 5EBUA 5D09A 3Q58A 4M6VA 4OQVA 4AWUA 1U83A 3S9YA 4FIRA 3NVTA 1A50A 5K7JA 2ALDA 3MBDA 4H6KA 4NUWA 1GVFA 4IMGA 1RVGA 1FCQA 3W7IA 5LKYA 4XBKA 3RK8A 4QJ1A 5CPNA 3S1VA 3N19B 1J2WA 2KZHA 3GDLA 3W7NA 3W1TA 4GUJA 4UFJA 1TCDA 2VELA 3GZ3A 3G1VA 2PURA 1EP2A 2PRMA 5GVJA 4FF7A 3SSJA 4PTNA 1SSGA 1R2RA 5AC6A 2ZTJA 4O1AA 3W83A 2C15A 2VKZG 4DPPA 2RDUA 4DF2A 4HSOA 3INPA 1YDVA 1LYXA 4GNJA 1RR2A 4OHQA 1HG3A 3M5YA 2DZXA 3G1XA 3S8HA 3G8RA 3USBA 1W37A 5AYXA 3B0UX 3LCIA 1KV5A 1LBLA 3THQA 1I2RA 3NPVA 4FX7A 3STCA 2QCLA 3BPWA 5D04C 3NAVA 4JY8A 1PHQA 2X30A 2J9YA 3M0ZA 1D9EA 4LY8A 2VEMA 3LV6A 3S5ZA 1IIGA 4N9DA 2I14A 3Q37A 3TX9A 5F1UA 5BW6A 5LNRA 2DP3A 5D33A 1OVDA 3ZFHA 4A2RA 1GPWA 3MHUA 1EP1A 1HUVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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