3TCEA

Crystal structure of the complex of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with 5-hydroxylysine at 2.6 a resolution
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
291
structure length
291
Chain Sequence
TIQGSIVAIVTPMLKDGGVDWKSLEKLVEWHIEQGTNSIVAVGTTGEASTLSMEEHTQVIKEIIRVANKRIPIIAGTGANSTREAIELTKAAKDLGADAALLVTPYYNKPTQEGLYQHYKAIAEAVELPLILYNVPGRTGVDLSNDTAVRLAEIPNIVGIKDATGDVPRGKALIDALNGKMAVYSGDDETAWELMLLGADGNISVTANIAPKAMSEVCAVAIAKDEQQAKTLNNKIANLHNILFCESNPIPVKWALHEMGLIDTGIRLPLTPLAEQYREPLRNALKDAGII
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
publication title Crystal structure of the complex of Dihydrodipicolinate synthase from Acinetobacter baumannii with 5-Hydroxylysine at 2.6 A resolution
rcsb
source organism Acinetobacter baumannii
total genus 116
structure length 291
sequence length 291
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.52: Transferred entry: 4.3.3.7.
pdb deposition date 2011-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3tceA00
2YX0A 4CQ8A 4IOTA 3GXNA 1YLVA 3NGJA 5HWNA 1THFD 2WNZA 3ZFHA 2VFHA 1YPFA 1FWWA 5D2YA 1SU5A 1OABA 1S5VA 3A9IA 1D3HA 4ORMA 3L68A 2CWNA 4JY9A 1QPNA 5MHBA 3G1FA 1WX0A 3HB9A 1EA0A 4RK8A 4M5PA 1ZJIA 5EPDA 2XFWA 3WK2A 3W7KA 3GDMA 3MHGA 5KZEA 1TTPA 3PSWA 3FFSA 1AK5A 2V2CA 1C29A 4MLJA 3SR7A 1V7YA 5EA9A 1FX6A 4Y96A 2ZA3A 5G1YA 3TXZA 4WOZA 2DZTA 1TJRA 3I7RA 3CB8A 4Q4KA 1RD5A 3NPXA 3A21A 2QCFA 3G3DA 3IVSA 1ICPA 3ZWTA 4JICA 2VEMA 3W1QA 4BR1A 4K38A 4AMAA 4I7UA 2I9EA 4MFDA 2J9XA 3W1LA 3GAKA 1XI3A 3P8IA 1QPOA 1UJPA 3NQ8A 1FDYA 1G7UA 2FDSA 3LXBA 4MFEA 1RVGA 1S3HA 3HG2A 4BWLA 1GVQA 3TSMA 2Q8ZA 1H7XA 5A8GA 3LCHA 1MO0A 4HHPA 2G96A 3I7SA 3ZR4A 4JX6A 1TRDA 1VCVA 2OT1A 2Y7FA 1W0MA 4RKAA 5D04C 3P84A 1PVNA 1DOSA 2JKEA 3TQ0A 2RDTA 2OMAA 4TMBA 1H63A 1UASA 3IIPA 2VKZG 3IV3A 3L66A 5EMUA 5AHLA 1R47A 4ADSA 1G6CA 3P5ZA 3GIYA 1NEYA 1JULA 1TPB1 5DBTA 1U83A 5EY5A 5D33A 5D30A 1BTMA 3CEPA 1GVRA 3HO8A 1OFQA 4UTLA 2CLKA 3M16A 2I14A 4IQLA 4UTWA 2YCEA 2X1RA 5HWMA 1PL9A 2NZLA 2ZTKA 1TPWA 2V2HA 1O5KA 2BLEA 3TH6A 4MPQA 1LZOA 2GVGA 2B0MA 2CZ5A 6TIMA 4LS2A 3G24A 3CIXA 3S5YA 4E38A 1FWTA 1HO1A 1J4EA 3G1YA 4R53A 4TU1A 4KWWA 5I3IA 3LERA 1EP1A 2TPSA 3NO5A 5CPLA 1VCGA 3A22A 3VNDA 3NM3A 4FIQA 4NX0A 1DQXA 5BRBA 4D2JA 3E0IA 3P60A 3S1VA 3SGZA 2A5HA 1YTKA 3DGRA 4O11A 3N2MA 4OV9A 3VFLA 1GG1A 2A7PA 3CWOX 1FQ0A 1KLYA 3GXPA 4LOCA 3PBYA 1OX6A 2NUYA 1VRDA 4HKPA 5IBXC 5CKSA 1OFAA 4DPPA 4ALDA 4KFPA 1QNVA 2C13A 3R13A 1VHCA 3PS7A 4U28A 4UIOA 1UB3A 1SZFA 3B06A 3DI1A 3FYOA 3BLFA 1IXQA 3MYOA 4O12A 1RQBA 4ZQCA 1AG1O 3QC3A 3GKFA 3S6DA 2QCGA 3T4CA 3W70A 2R14A 3C3NA 4RCXA 3JS3A 4FNUA 1TQJA 2DZPA 4NJJA 3KXQA 4TX9A 3T78A 1JRCA 3NQ7A 4L4LA 4AHOA 3P80A 3I65A 2FPVA 3QEZA 3TJLA 2TRSA 2EF9A 3B8DA 1I2PA 1LCOA 1LYXA 1R2TA 4AWUA 1UBSA 3NL2A 3TKFA 4GUFA 3TC7A 4MKNA 1W3TA 4JYEA 3ATYA 4WY0B 2Q8LA 1OYAA 1F6PA 5GVJA 4XTDA 4K7VA 1XCFA 1R46A 4UTUA 2WKJA 3LHZA 2Y7DA 2BWGA 3OBKA 1H1ZA 3B0PA 5AC7A 2GQ9A 3LCWA 3CEUA 4UR7A 1XBZA 2NUWA 4JX4A 2R94A 4JTFA 4S2CA 2ZZ6A 1EWDA 4WOQA 1I45A 3G0UA 5KITA 3EX2A 1X1ZA 4B5NA 5D2VA 4HPJA 2VENA 2B7QA 2V8ZA 4ML9A 3SY5A 4CCDA 2X1SA 3N19B 5D05A 3EX6A 4LVGA 1GJPA 5DCEA 2VFGA 2YDAA 7TIMA 3PVFA 3HOJA 4I7WA 3HPSA 3S1WA 4N6EA 4KFNA 5F2IA 5EL1A 3W75A 3LDVA 3CC1A 2E6YA 4IXHA 4O15A 1M5WA 3ABSA 1K02A 1NF7A 4CQ9A 3CU2A 3GNNA 1IXOA 4ORIA 5LHEA 2R8WA 3QW4B 1EWEA 5C6MA 1OFDA 3NQGA 2YW3A 5TQLA 2QF7A 3HGRA 3IGSA 5HUOA 5IBXA 4OWGA 3NG3A 1TIMA 3OVQA 4JTIA 4S1FA 1Z48A 3W1TA 2ZZ1A 5D2WA 3UYCA 3TAOA 1A5BA 1Z44A 4GRSA 3WK1A 1X1OA 3EXRA 5D03A 4OV4A 1DKWA 4QSHA 3TSBA 4FB7A 2EGZA 2YR1A 4UFMA 3MP3A 4A3UA 1TJPA 3OG3A 3TX9A 3QMTA 3AO0A 3G8RA 3KFTA 4JTKA 5KINA 3PUDA 3INPA 3TE9A 1OHLA 4NUWA 4YCOA 2YZRA 3LHVA 4GUJA 3LRMA 3ZS4A 3P61A 4YMZA 4Y90A 1TCDA 1GTEA 2CLFA 1HO4A 1KFKA 4NQ1A 4UXDA 3DKJA 2DZWA 4MYAA 4O1AA 3HG5A 5DN1A 4ADTA 3MI2A 3LI0A 4CCEA 4EWND 1SZNA 3DFTA 3TQKA 1QO2A 2WNQA 2GOUA 4AWTA 4XUGA 3P67A 4ZQPA 4O0ZA 2JKPA 4LNYA 1VCFA 3GK0A 2F84A 1FY6A 4ZQOA 1FCVA 2FQIA 1A5AA 3W7EA 2E68A 1YXYA 2CU0A 5FF3A 4O16A 4GC4A 3C0JA 2VELA 2YPIA 2YSWA 2WSYA 3N3MA 3EX3A 4RXFA 4IX2A 2ZRUA 3G1SA 2PC4A 3CT7A 5FEPA 4R34A 3LLDA 1B3OA 5LNVA 5E0KA 3EX4A 4WQ6A 3W2NA 2FPYA 4M19A 1CW2A 4AHPA 4QNWA 1XUUA 4QQ3A 5C5YA 1BKSA 1GT8A 3DFQA 1FDJA 3IRDA 2CLHA 3W2LA 1XC4A 1YDVA 2V81A 1M6JA 5DCBA 2OX1A 2Y63A 3P8JA 4NXKA 4RR4A 4U4MA 3T7VA 1YYAA 1TPFA 4BI6A 3S8HA 4O57A 1EEPA 1LLWA 2A1YA 2QEZA 3MMTA 3HPZA 3NEVA 3EKLA 3UY7A 1YADA 5AC8A 4LVAA 4PODA 2A21A 1KV8A 4JTGA 3ATZA 4KKXA 3A5FA 3C6CA 4CNNA 1G4PA 3S9YA 5D32A 3BO9A 3O8AA 3IVTA 1TPVA 4WY0A 1GTHA 3W1NA 4IJBA 1FCBA 2QDGA 3QH2A 1WV2A 1SZEA 1ME8A 2VEKA 3G0SA 3L0NA 1ZCOA 5F2LA 1TB3A 1KM2A 4CNPA 2NX9A 3LB0A 4UTKA 3B0UX 1MXSA 3DFOA 1OFBA 3PY2A 1SO5A 3NZ1A 2EKCA 2XN0A 2RKXA 3N14A 3BV4A 5DLCA 5AYZA 2WNNA 2BTMA 5CZSA 4ZQRA 5EKYA 3TR2A 3DXIA 2VFEA 2F7FA 3BGGA 1KTBA 5AYYA 4O4VA 4PCFA 5LZLA 5DY2A 2DZUA 2Y7GA 2X1TA 4LS0A 1RZMA 5AYXA 4JS3A 2GJNA 3M7WA 3W1PA 2ABAA 4UFLA 3LCGA 3TUUA 4GJ1A 4RX0A 4C1LA 5K7JA 3QM3A 4BWLC 1SW3A 5DXXA 4E2DA 5F4SA 4JTEA 3R89A 1JCNA 1IIGA 3E96A 3EXTA 2ZZ7A 4JDBA 3WK0A 2AGKA 3OVPA 4WUIA 1HG3A 1K8ZA 1AL8A 2V30A 3BG5A 4K39A 3BG3A 1ZAHA 4KFOA 5FF7A 2DJLA 3QQ1A 1R2SA 1H62A 1LLZA 3LOTA 1PV8A 3YPIA 1XUZA 1KV5A 5G5IA 3IGUA 4O1CA 3O6DA 4Z0JA 1WYIA 1F76A 4UFJA 2Z6IA 2NLIA 3H53A 4AHQA 4JYFA 3SFKA 3G1DA 3B0VC 5AHIA 1GVOA 5HR6A 1TPC1 3O63A 2V0TA 3KRZA 1U5JA 3B4UA 3EWBX 4H4IA 2QUTA 3SIZA 3W87A 4LUIA 1N8FA 2CLOA 2B7OA 1TPEA 3GKAA 1TMHA 2H90A 3P5YA 1XBXA 3R8RA 1ALDA 3NR0A 4FHAA 4HSOA 3DZ1A 3THAA 1UUMA 3M0ZA 1G4EA 4O52A 1K03A 2EAWA 4FNRA 3C52A 4FX7A 4WZHA 5BMWA 2VFIA 3S1XA 3N2XA 1MSSA 3UWVA 5KSWA 1GYNA 2X2GA 3QMRA 4QJ1A 3FIGA 1XXXA 3W71A 3S42A 1HUVA 4M7TA 1LDCA 2HTMA 3ABQA 2QCEA 4FX6M 2ZDRA 4Z1CA 2PCQA 2E6FA 3MBDA 1T99A 3PAJA 4DELA 3QZEA 3PR2A 5F4XA 4AF0A 3U6WA 5KZDA 1VLWA 3I6RA 5CZTA 1N55A 4FXSA 2B7PA 3UWUA 4HIBA 3BG9A 4N02A 3QMSA 1OX5A 1E51A 1JCJA 1SQ7A 3B04A 4WD0A 2NV2A 5J5RA 3W1UA 2WSRA 2CFFA 3OVRA 2ZZ4A 2A6LA 4QITA 3LM7A 5K9DA 2NV1A 2CZFA 1KLZA 3I68A 5KTLA 4LV9A 3VKJA 2X16A 1YTEA 5FF2A 1I2QA 3DHFA 3GB6A 3G22A 5AB3A 4ICNA 2DZSA 3FLUA 4LRTA 2WJZA 4IWWA 3RLUA 4EIVA 4WX2A 3NQ2A 3S5ZA 2G5WA 5I3KA 1XM3A 4TO8A 5F1VA 1M7OA 1EUNA 1K8XA 4IMDA 1GYLA 3F4WA 4LVFA 1HFBA 1KW1A 1QFEA 1JJKA 3C61A 3GDLA 2E77A 1X7FA 3P62A 1H7NA 4Z0SA 1Q6OA 5LGZA 3WJYA 2JKAA 5L9FA 6ALDA 1ICSA 1DVJA 2RDUA 2Y88A 4OHQA 3BVJA 5E1QA 3M5ZA 1KFJA 1LOSA 1JCYA 1L6SA 1PHWA 2NWRA 3E12A 3BPWA 1TTIA 5CGQA 4LU0A 3L0GA 5G2WA 3G1AA 1KFBA 3Q58A 2ATSA 3W7GA 3ELFA 4NNCA 5FF4A 3RLVA 4RV8A 1O4UA 1WXJA 1F5ZA 4FXRA 1EX5A 3WJSA 2BX7A 3IIOA 4N9EA 2FLIA 3CWNA 3FKKA 2YYUA 1TPDA 4RXGA 3NQEA 1VHNA 1SSDA 3EX1A 4O14A 3G0XA 4JIPA 3SZ8A 1LROA 4GUHA 3T44A 2YXGA 4Z1DA 5AHEA 1ZENA 2DZVA 3M6YA 2QJHA 2P10A 3NM1A 5DXYA 3CM4A 5EBUA 3KVJA 2QCDB 5AHFA 2JK2A 1M7PA 3M43A 1QPRA 4NNBA 4M6VA 4EF8A 4GWEA 3DU0A 2GQ8A 4O8RA 1AW2A 1X6UA 3IIVA 1LOLA 1OK6A 3L5LA 3UWQA 3WFAA 3NNTA 3D0CA 3W7LA 3W1MA 4C1KA 2J6XA 1JUKA 1QWGA 4FIRA 3W85A 3LXCA 4NJGA 3EKZA 1F73A 3C2EA 3W7RA 3LGEA 2NXIA 1TRIA 2Y6ZA 3KVMA 1FDZA 3P7YA 4FEZA 2V5BA 1GG0A 2P0OA 1GOXA 1KM4A 1QDSA 3GR7A 4QM1A 4NT0A 3ABRA 4UNKA 2W79A 2EHHA 1A53A 3G1XA 5DY3A 4LVBA 4P2VA 3C2VA 1VPXA 4YLWA 3LHUA 2GUUA 2ZZ3A 3TSDA 3W2KA 4YCPA 3M1ZA 4XKYB 2HS6A 3O07A 3OA3A 1P5BA 2RFGA 4PL1A 3KX6A 1R2RA 4M7SA 4FNQA 4ZQNA 3UXDA 2C15A 2DJXA 3SECA 1TSIA 1GWJA 1LBMA 3M5XA 3SI9A 3THQA 1MEIA 3LI1A 5I3FA 1NVMA 4NXSA 1QPQA 3W7JA 5FEWA 3TW7A 4UTTA 5BW6A 3IVUA 4O10A 1ME9A 5LNSA 1NAL1 4LY8A 1K7FA 1O5XA 1OFPA 2A85A 3KVLA 2AQWA 5SWUA 1XL9A 4NX5A 4MVAA 4JEQA 1H60A 1L2UA 2PE4A 1KM6A 2B4GA 1QO5A 4X2RA 1G4TA 4XWUA 5I3GA 1YXDA 4HNUA 3G1HA 4O50A 4BI5A 3GXTA 2X30A 3G1VA 3QQ0A 4N6FA 5I3JA 1YDOA 3A24A 4Z08A 3CPRA 5F2MA 2NXGA 3W1XA 2VEIA 4I7VA 4NJIA 5D2XA 4GUGA 4O4WA 1JCMP 1WQ5A 3N73A 2JGYA 4UTIA 3PUEA 2DP3A 3FS2A 1O94A 1N7KA 4JTLA 4AVFA 5J5DA 2YGYA 4DO4A 3HG3A 1LORA 2ZRYA 1H61A 1EB3A 1FWSA 3PUOA 1OX4B 1RR2A 1FWRA 3OIXA 2A7NA 4R33A 1K7XA 3FA5A 2QAFA 4O1BA 3N34A 3IIZA 2TMDA 1OFEA 5U4NA 3RF9A 2Z2UA 5H91A 4XBKA 3LXAA 1OG0A 2V82A 3QSTA 3PG9A 4OE7A 4O28A 5CG7A 5G2IA 1TV7A 2ZBTA 2LLEA 1DQWA 2J27A 2EPHA 2NX3A 3BARA 4AEOA 4O18A 4AAJA 1F74A 4UMAA 3W7IA 1TTQA 1KTCA 3W7QA 1B57A 1H51A 1XDLA 3NPVA 2C16A 4UMCA 1HL2A 1W37A 1EUAA 2W6RA 2KZHA 1AW5A 3W88A 5C2XA 1OF6A 2J24A 4CNOA 3O16A 1AL7A 1AW1A 2E09A 2NXHA 2QR6A 3CLMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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