4PUD | Genus

Total Genus 153

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	153
sequence length	371
structure length	371
Chain Sequence	KPHISALNAPQLDQRYKNEFTIGAAVEPYQLQNEKDVQMLKRHFNSIVAENVMKPISIQPEEGKFNFEQADRIVKFAKANGMDIRFHTLVWHSQVPQWFFLDKEGKPMVNETDPVKREQNKQLLLKRLETHIKTIVERYKDDIKYWDVVNQVVGDDGKLRNSPWYQIAGIDYIKVAFQAARKYGGDNIKLYMNDYNTEVEPKRTALYNLVKQLKEEGVPIDGIGHQSHIQIGWPSEAEIEKTINMFAALGLDNQITELDVSMYGWPPRAYPTYDAIPKQKFLDQAARYDRLFKLYEKLSDKISNVTFWGIADNHTWLDSRADVYYDANGNVVVDPNAPYAKVEKGKGKDAPFVFGPDYKVKPAYWAIIDHK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
molecule keywords	Endo-1,4-beta-xylanase
publication title	Extracellulr Xylanase from Geobacillus stearothermophilus: E159Q mutant, with xylopentaose in active site. rcsb
source organism	Geobacillus stearothermophilus
total genus	153
structure length	371
sequence length	371
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	2014-03-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4pudA00

4AZBA 4U2ZA 3NSXA 2CYGA 3WD3A 1OCQA 4UOJA 1V0NA 2V3GA 3VIPA 1UA7A 1E56A 3MSGA 1J0KA 3UG5A 3VGHA 4AZ6A 3NSNA 1FH7A 2EJ1A 2G3IA 1HJUA 3WBEA 3TTQA 5E0FA 1WZMA 2J78A 5JIPA 3VIKA 1CLXA 1CEOA 3VVGA 3WBAA 2ESCA 3W38A 4QLJA 2W63A 2E3ZA 1JD7A 1CYGA 3VUPA 1ZBVA 3KWXA 1OWQA 2ZX8A 3VILA 4MJ4A 3W25A 1UD6A 1IZKA 1EDQA 1RP9A 1BGGA 1C7TA 4UFIA 1E71M 3FHQA 1K9FA 1G94A 3IANA 1Z32X 1W9BM 1XV8A 1DTUA 2W91A 2AMGA 4D6IA 3K4DA 3AXIA 4QFUA 1GNXA 4X0VA 2BVYA 4E4PA 4OUEA 5IXEA 3CZEA 1KR1A 5I3DA 4PMQA 4ATDA 3MUAA 2O9PA 1NOWA 4IPNB 1E72M 2VTFA 3VKKA 5CQ1A 1LQ0A 3RM8A 2XVNA 3WELA 4P8UA 1GQKA 3MMWA 3GXMA 4KGJA 2VVNA 3OZOA 3MMUA 2RGLA 4OJYA 5CSUA 1DWJM 3WN6A 1PZ3A 2W66A 2V3EA 1XGZA 1UKQA 2WVTA 4GXPA 3TONA 3RJYA 2VCCA 4U5IA 1E3XA 1FH9A 3U5UA 4JCMA 1XRVA 5A6LA 3VIGA 4XUYA 5AC4A 3VINA 3T0BA 1HVQA 3DHUA 3GZAA 1UR1A 2VRJA 1ZBCA 4AD4A 2YBUA 1EQCA 5CGTA 4C7FA 4U33A 1OGBA 3BLKA 4GI9A 1NWRA 3RM4A 3B8SA 4IUGA 5DEZA 1JYWA 2XG9A 3N18A 5EB8A 2WW5A 3RMEA 3ARZA 2ZOXA 1QI3A 2ZUSA 1VBUA 3FN9A 4D1IA 2EPLX 3W82A 3WH5A 1K9TA 1BYAA 4W7VA 1G9HA 2O9RA 3N9KA 4AZHA 5LA2A 3VIFA 4HOWA 3L2MA 5GPRA 4MNKA 1WKYA 4UQBA 1EIBA 3WF3A 1H0GA 2FHBA 5CG0A 3U7VA 1V02E 5FOOA 5E6YA 1EXPA 1WDPA 3PZGA 2V38A 2WWDA 2NW0A 4PMUA 1S46A 1WB0A 1UD2A 3WDHA 1VFFA 4S3JA 4J3VA 1C7SA 3HJEA 4GI8A 4XV0A 3VD9A 4Z2KA 1MW3A 1E6PA 4UFKA 1WDSA 1ITXA 1UR8A 1MW0A 2AOSA 3RM9A 4Z2LA 4LPCA 3ARXA 1ZBKA 3NUKA 1G5AA 1Q6EA 2DT3A 2FH6A 3NJ3A 1UD5A 1O6IA 3VDCA 4M8UA 2E40A 1ISVA 1ZBWA 4B3KA 3D3AA 3OG2A 2XM1A 4C7GA 2CBJA 2NT1A 4BQ4A 2DT1A 2XIIA 2WLZA 3ZJ6A 2OSWA 3I3EA 1E6XM 2ZUNA 1JZ3A 2C7FA 2YLAA 1M04A 1C90A 2A3CA 5D9PA 5I6SA 1EOKA 5JBFA 1V0KA 1XYFA 2VR4A 4D6EA 4AC1X 3N11A 3GNRA 2WMGA 3OGRA 5FL1A 3AHXA 3WEOA 4PCTA 4WF7A 2WCSA 2VZTA 3WDIA 4NZCA 4MJ2A 1KCKA 1V3HA 5HPCA 1LWJA 5M17A 4WJXA 2CKRA 1HP4A 1OD8A 4J3SA 3VIOA 2VJXA 5AC5A 2DDXA 3CO4A 1E1FA 2YDRA 4AYSA 1OIMA 2BS9A 3OGVA 1UQYA 2WANA 1QBAA 5CGMA 4CD6A 4W88A 2WNWA 3RPMA 1US3A 2ZXDA 1KFWA 3AIQA 1FP9A 2DIJA 1KXHA 2WK2A 1RP8A 2QHAA 1EDTA 4WKAA 2JFEX 1UZ4A 2VRQA 1W3JA 3CHCA 3O6AA 4OOZA 1B31A 2B31A 3S6TA 4BCEA 2IUZA 1JDCA 4J3WA 3SUSA 1MQQA 4QLLA 4V28A 5D9NA 3RIKA 4CCEA 3OB8A 4AW7A 4CN4A 4W8LA 4DWSB 2XJ7A 4HA1A 4ZENA 1GOKA 3LMYA 2G4FA 5A8MA 5E9AA 1G01A 3WNMA 1H3GA 3OGSA 3LPGA 2DH3A 3AISA 2ZXQA 2WLYA 3CZGA 3SUUA 3OA5A 1LL7A 1WNOA 4AY1A 1RPKA 2BY0A 1VENA 2JEPA 2X0HA 2Y24A 1E70M 1EO7A 2J7CA 4MNMA 4OBRA 3TTSA 3WD2A 3ALGA 1ODZA 3RDKA 2WMKA 4CD5A 4RL3A 3WEZA 4ACYA 1MQRA 4AWEA 3WH6A 4UQCA 2DSUA 2OWXA 4KWUA 1HT6A 5I23A 4LXFA 4HTYA 1BYCA 3AHYA 4P8XA 2DSZA 3UG4A 3W27A 1W9UA 4DWSD 1H2JA 4W8BA 1Q6DA 2XYLA 4CN6A 3L4VA 4WSJA 3WD0A 3WY1A 4AD0A 3WFZA 5DT5A 2YBTA 3CHFA 3M46A 3J7HA 1Q4NX 2WVUA 3EDJA 4F66A 3AIUA 2JE8A 2BFGA 2YLLA 3LPPA 1X6NA 2Z1KA 3GXIA 1KXQA 2A3HA 2VZOA 1LG1A 4TTUA 3WH9A 2PWEA 3FY1A 1HL8A 3AZSA 5DFAA 3AMLA 4PMDA 3CUHA 1MFVA 2PWFA 1GQJA 3HU7A 3VD4A 4AZCA 3UG3A 3ARYA 4IPLA 3FHAA 3IJ9A 1DWGM 1TUXA 2XSAA 3WUBA 5HNNA 5A2AA 4DM2A 2Y2WA 2E0PA 1O7AA 3CPUA 4BF7A 1GPFA 2XFFA 5IFPA 5HPOA 2WVVA 3VPLA 5BXRA 3PTQA 2F61A 1W1TA 2ZX7A 2DGAA 3W6LA 3K8MA 5KEZA 2ZICA 4MAZA 4W8AA 2DT2A 4TVCA 5C8BB 3BSHA 5FCZA 3DECA 1CECA 1ZB5A 4ML4A 1JZ6A 3SUWA 3UETA 5I77A 1N82A 3FNDA 1YHTA 4ATLA 4TTGA 1V6UA 1CXEA 2VZUA 1ESWA 4P7RA 2WBGA 4LYQA 2NT0A 4JFWA 6CGTA 3CZKA 3GH5A 4JL2A 1EQPA 2NSXA 1C8YA 1XD1A 2VX5A 4PMXA 2V3FA 2XTKA 1VIWA 2F2HA 4FMVA 1CGYA 1PX4A 1LL4A 1QPKA 2WM0A 4IISA 1GHRA 5A6KA 4HPGA 1CXFA 3SIMA 4U31A 2GSJA 3U5YA 4AIEA 1FA2A 4LYRA 2D24A 1Q6GA 3MS8A 4WSKA 1K6AA 4JHOA 3CUJA 3BCFA 2EBNA 5HOSA 4DUXA 1UA3A 3ARQA 2O92A 1J10A 1GOMA 1OSEA 2VZSA 3QOKA 3W4RA 2WVVB 1MVYA 2WVSA 3F4VA 3OLEA 4L4OA 5I5RA 1V3IA 2WHMA 4AEFA 1L8NA 2UY2A 1V3MA 4UZSA 5E0CA 5ABFA 1GOOA 1KWGA 2ZWYA 4Q22A 1KBKA 4YPJA 5DMYA 1SFSA 2D2OA 1H41A 1UD4A 1BYBA 1ZU8A 2GK1B 3L2LA 3BH4A 2EPKX 3CUGA 5D8ZA 2GJXA 1EGZA 3AIBA 3ARVA 2YL9A 2CCRA 3BMVA 4V2XA 4HMDA 1HKMA 2ZUWA 4AXNA 3G6LA 5FIPA 2YA2A 4A3YA 2VVSA 1JIBA 3SCSA 1P6WA 2C8NA 2J7BA 3K8LA 4HU0A 3RILA 1JNDA 2QMKA 3WNPA 1TA3A 4D71A 3QOMA 4XZWA 4BA0A 2J7FA 4M1RA 2G41A 5A6JA 5LA0A 2EO7A 5C70A 4CCCA 4P7QA 3BCDA 2WKGA 4H8VA 4MB4A 2VCAA 1UWIA 4JFSA 4TXEA 3EBVA 3CIVA 4TX8A 1CXKA 1NM9A 4A4AA 1XHGA 4ZE4A 2BVDA 1NOUA 1WZAA 4BQ3A 3ZR6A 4R27A 4ZFMA 3AXHA 1BG9A 3CZ8A 4MAVA 2G3MA 2GJXB 3ARSA 1X1NA 3KL5A 4AISA 3HN3A 4QDMA 2VZVA 3OLGA 4B9ZA 5IHSA 4D6FA 4WIWA 1DEDA 5FD0A 4AZIA 3AOFA 3BAWA 4GO8A 2D0GA 2JEQA 2EEXA 1IV8A 3PZOA 4B3LA 3A3HA 1QVBA 4MB3A 1G1YA 5A8OA 1HJVA 1NARA 4Z2IA 1U2YA 3ARPA 3WF1A 1TA3B 1VFOA 1E4IA 2CERA 3B9DA 1U30A 4ZEPA 1CNVA 2WZIA 1C91A 4JCLA 2W67A 4E8CA 4KGLA 3VMPA 1F4AA 4CCDA 5M3WA 1E6NA 1PIGA 1V02A 1UQZA 4PMYA 3RCNA 3OLIA 4AIOA 1AQMA 2CNCA 1EO5A 2XWEA 1QI2A 1B3YA 3MSDA 2PBGA 4D6JA 1UKPA 4J3TA 4TVDA 2OWWA 1KGUA 5FL0A 4NF7A 3VDHA 5BWFA 4DUWA 2YIHA 1KGXA 2PWDA 4JHZA 3TP4A 1Y7VA 1XSJA 3IJ7A 3AHTA 1XCWA 3AFBA 1E3ZA 4GKLA 2QMJA 1W3HA 2PI6A 3SEPA 1Q6FA 4GPNA 4IM4A 1UHVA 2QPUA 1GCYA 2E9MA 1WO2A 3T2OA 4B9YA 4MADA 4M81A 5I79A 2OWCA 4WK9A 5EBAA 1E9LA 2D20A 4NI3A 2VRKA 4C7DA 4JKKA 3WQWA 3PZUA 4CU7A 1E73M 4WLCA 5F7UA 1JI1A 3GNPA 3AS2A 3QHNA 1QBBA 5M5DA 1XD0A 1UR9A 1MQPA 2A3BA 5A6AA 4Z2GA 3S2CA 1QW8A 1H49A 3MV11 3PZVA 4AZGA 2WB5A 3VGGA 2DSKA 3WEMA 1E5JA 2W62A 1KXTA 1W2PA 2OYMA 1KXVA 1BTCA 1XSIA 2J25A 2VR5A 3GYCA 2J79A 3WQVA 1DHKA 3NDZA 1QNRA 2QF8A 2GFTA 1V3JA 4PMNA 4JZ5A 1FH8A 3CUFA 1B90A 1GW1A 3WNLA 5A8PA 1R7OA 3VD7A 4UQ9A 2OSXA 2CPUA 3THCA 3VOCA 3WQ6A 1C93A 1GHSA 3VGDA 4H7VA 2D3LA 4HP5A 5IDIA 5D9OA 2JIEA 4CVWA 5IFTA 1W1PA 2CESA 3VIHA 1JF5A 3D5HA 1BF2A 3II1A 4OOUA 3AQUA 2A3AA 2Y4SA 3FXYA 1E0VA 1NP2A 4UCFA 1KWKA 4AD5A 1NP0A 2BHUA 1CXHA 1LF1A 2XGIA 3DYMA 4OZOA 3VU2A 2YDQA 3ZO9A 1JZ4A 2CHOA 3MANA 1GONA 1UD8A 3ALFA 2D23A 3PHAA 5M03A 1KQYA 1JL8A 1PIFA 2BHYA 4QCFA 3VD3A 3WNOA 4U2YA 1JD9A 3TOPA 3MMDA 4DM1A 3UEQA 1WZLA 1UWRA 2J7EA 1OT1A 3B9EA 2PF0A 7A3HA 4PSRA 2D1ZA 4LX4A 4XB3A 2GDUA 3N1AA 3ZT5A 3N15A 2WCGA 3UR8A 1HL9A 4UFMA 5AYIA 1K9DA 4HA4A 1FHLA 2FDMA 4D6DA 3OBAA 2QLYA 4PMRA 1QW9A 5HBFA 1UG6A 3POCA 1JYVA 1R85A 1AQHA 4PBGA 2JF6A 3ARUA 3VGFA 1NWTA 5A69A 3IAQA 5EMYA 1W9VA 4EANA 5I0DA 4PMZA 3GDBA 3SCWA 4UTFA 4D1JA 2VCBA 2WCAA 2J7DA 3GXDA 1KB3A 4CD8A 3K46A 3T09A 3AICA 3NDYA 1R8LA 3CHDA 3ZT7A 1CDGA 1RH9A 2VL4A 2OYLA 3BMWA 5ABHA 1VEMA 1C8QA 2HVMA 5BYWA 3PTMA 3AMGA 1V0LA 1MW2A 3EDDA 2WMIA 1J18A 5CZKA 3ARRA 3ZJ7A 3QHMA 3AIRA 4JL1A 2VQUA 3DYPA 3CTTA 1OGGA 4KMQA 3QGVA 2A3EA 2WBKA 2VOTA 3PBGA 2FGZA 4MPKA 4J3UA 1J11A 1TR1A 4QLKA 2IXVA 4PMOA 1KR0A 4E2OA 1H0IA 1UOKA 1JYNA 3ZQ9A 1B0IA 1D3CA 1V6YA 1QHOA 5CLTA 1MXGA 4RE4A 2UY4A 3L4TA 4JFTA 5BROA 1HNYA 3A4WA 1J0IA 2DT0A 2J8FA 3BLPX 3BAIA 4GINA 1JF6A 2YL6A 3WDPP 4CD4A 4TOQA 1KCLA 4B15A 3BAYA 5A6BA 1B9ZA 5AYBA 1SR0A 4CU6A 3SCVA 2UY3A 2WMHA 2EPOA 2W61A 4J7RA 3ECQA 4H04A 3TA9A 4CUCA 4GZEA 4PTWA 4H41A 4HU8A 3M6DA 2X2YA 7TAAA 2WMIB 4AD3A 4U5KA 3W81A 4GQRA 1F4HA 3L4YA 2OSYA 3PZIA 1QNQA 2OLHA 2J7HA 2TAAA 4UZUA 4LQ1A 3W6MA 3WSUA 4U3CA 4ZXOA 1JZ5A 4EKJA 4HOZA 1LL6A 1DWIM 3EMZA 3FW6A 3TTOA 2E4TA 4MDPA 1H09A 2XWDA 4Z2JA 2D0HA 3PZQA 3WDJA 4NSBA 1E0XA 2WHLA 5GNZA 1JZ8A 1HJQA 4CGTA 5HXMA 1KBBA 1CIUA 2J74A 2RGMA 3AJ7A 4P7LA 1E40A 3W37A 1WCGA 3VGBA 2WC3A 1E6RA 3WD1A 1HX0A 1JFHA 4BQ2A 4RE3A 4ZE5A 4MNJA 1CGXA 2DEPA 1GOIA 2BY2A 1MW1A 2J8GA 1WDQA 2XVKA 5DF0A 1CTNA 5GQBA 1UH3A 1BG4A 1UR4A 4L4PA 2J4GA 5A6SA 2X09A 4X0NA 2D0FA 4UFLA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3L4U A;  4QCE A;  1UWU A;  1BPL B;  2ZUM A;  3WUF A;  4F9J A;  5JIW A;  1JAK A;  3T0D A;  4JKL A;  5BRQ A;  1E5N A;  4YN5 A;  1GOQ A;  1PX8 A;  4MB5 A;  3THD A;  1JGI A;  1MFU A;  3AHV A;  1H4P A;  4GI6 A;  1A3H A;  3E1F 1;  1W3L A;  4JFU A;  2CBI A;  4PUD A;  2FGL A;  3VIJ A;  4MDO A;  2ZUV A;  3SCQ A;  4GZJ A;  2YOC A;  3FAW A;  2V3D A;  1EH9 A;  4PCS A;  4CVU A;  1DWH M;  2O9T A;  3SCP A;  1B3X A;  3G6M A;  3KZS A;  3SUV A;  3OLD A;  2CBV A;  1JAE A;  1CGT A;  3L4W A;  3O2L A;  1WE5 A;  2GDV A;  1UD3 A;  5JUV A;  3ARO A;  2J75 A;  3AZT A;  1QHZ A;  3WF2 A;  2GK1 A;  4WKF A;  2IXU A;  4ACZ A;  1VJZ A;  2W4X A;  6TAA A;  7CGT A;  3WDQ A;  1LG2 A;  4B16 A;  5ABG A;  2DQX A;  1KGW A;  4UFH A;  1GZJ A;  4MTV A;  1JYX A;  1U33 A;  1LLO A;  1OT2 A;  1E43 A;  1V0M A;  3KE0 A;  3DHP A;  3DYO A;  2WC4 A;  3KL3 A;  2PWH A;  3BAX A;  1B1Y A;  2XPK A;  3BAK A;  3BGA A;  4OBS A;  1TG7 A;  2XM2 A;  4OKD A;  4NRR A;  3PZT A;  3WNN A;  4H8U A;  2BVT A;  2GJP A;  3NSM A;  3WUE A;  2WKL A;  5BXP A;  1EA9 C;  4UOZ A;  5I78 A;  1C92 A;  3ZMR A;  3BSG A;  1GOW A;  4URI A;  3ZT6 A;  3M07 A;  3ZIZ A;  3SCO A;  2JF7 A;  4ZXL A;  1JXK A;  2VT0 A;  4W87 A;  3WQ8 A;  1JI2 A;  4UQA A;  1PPI A;  2O9O A;  3WH7 A;  2G3J A;  4D6G A;  3QHO A;  1IZJ A;  1E55 A;  2DSV A;  2WYS A;  4F9D A;  3JUG A;  3WH8 A;  2E8Y A;  3CH9 A;  3GBD A;  2CXG A;  4FK9 A;  1E0W A;  5A1A A;  3UR7 A;  1WAW A;  4U3A A;  1WDR A;  4ACZ B;  1EOM A;  4UNI A;  1CPU A;  4EAM A;  3MUZ 1;  2OYK A;  4A3H A;  4M29 A;  4AMC A;  2G8Z A;  2CEQ A;  2QPS A;  3ART A;  1G0C A;  2XVG A;  4UOQ A;  3IJ8 A;  3WFL A;  3CBW A;  1GVI A;  2Y5E A;  4HME A;  1GJU A;  3AIV A;  2EPM X;  1XH2 A;  5HDR A;  1V3K A;  3CLW A;  4YHG A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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4PUDA

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Chord Diagram

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