1WX0 | Genus

Total Genus 82

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	82
sequence length	211
structure length	211
Chain Sequence	MELYLDTASLEEIREIAAWGVLSGVTTNPTLVAKAFAAKGEALTEEAFAAHLRAICETVGGPVSAEVTALEAEAMVAEGRRLAAIHPNIVVKLPTTEEGLKACKRLSAEGIKVNMTLIFSANQALLAARAGASYVSPFLGRVDDISWDGGELLREIVEMIQVQDLPVKVIAASIRHPRHVTEAALLGADIATMPHAVFKQLLKHPLTDIGL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
molecule keywords	transaldolase
publication title	Crystal structure of transaldolase from Thermus thermophilus HB8 rcsb
source organism	Thermus thermophilus hb8
total genus	82
structure length	211
sequence length	211
chains with identical sequence	B, C, D, E, F, G, H, I, J
ec nomenclature	ec 2.2.1.2: Transaldolase.
pdb deposition date	2005-01-19

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00923	TAL_FSA	Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1wx0A00

1OG0A 3W1RA 4LVAA 2WNQA 1KBIA 3W86A 1C29A 4GRSA 4JYEA 2FPTA 1GVOA 2FDSA 2CLMA 3DENA 1LLZA 7TIMA 3LLDA 3LRLA 1ZAJA 2Q8LA 3EXRA 5A8GA 5TIMA 2O7QA 2Y63A 1FX6A 1GG0A 3A5FA 3W72A 1OYBA 3LV5A 1U5JA 3M9YA 5I3FA 4JGDA 3C8FA 4O17A 3LHVA 4WJEA 3NQFA 2CW6A 4JYFA 4AH7A 3QSRA 4NX5A 1OK6A 3VE9A 4LVGA 1XXXA 1TV5A 3MJYA 1M7PA 2GOUA 5LKYA 1T0OA 2QDHA 1N55A 4ZQCA 3W9ZA 4MFEA 3UWWA 5G1TA 1GOXA 1L6SA 5DELA 2C3ZA 1BEUA 3LRKA 2JBMA 4LVBA 1H7WA 2QJHA 4MUZA 5A5WA 4R33A 4HSOA 1IF2A 1PHWA 3EX1A 4ADUA 2A7RA 3DXIA 3P5ZA 3W73A 3FA5A 3NVTA 3O15A 2CLLA 4YLWA 1OK4A 2E1DA 4HNUA 3GVGA 3N2MA 5I3IA 1QPOA 3T44A 5C6MA 1EPXA 1JCYA 1JUEA 1VRDA 3TJXA 4BWLC 5L9FA 1GEQA 3LX9A 3IIOA 5K9CA 3EWUA 1KFCA 5U4NA 3FYPA 1TIMA 1F5ZA 5LNVA 1H7XA 3NG3A 3W84A 5AC7A 4I7UA 1HG3A 5IBXC 4JX5A 2WOQA 1V7YA 3T7VA 2ZDRA 4UTJA 4LV4A 3W2LA 4MZ8A 3IGSA 5D2WA 4K39A 4IMCA 3ABRA 1DOSA 4UFKA 1ZAIA 4JTTA 1PE1A 2CU0A 3KAOA 5HWNA 3O63A 3JRKA 1QO2A 1GYNA 4FNPA 3TNOA 3N2XA 4LS0A 1SPQA 1A50A 1YPFA 2YW3A 3SY5A 2DZUA 2Q8ZA 3W3OA 3C3NA 4UTWA 4OV4A 2C15A 3FKRA 3RLVA 3GR8A 5ABTA 1H1YA 1EIXA 3JS3A 2VELA 3BVJA 3RU6A 4POCA 4GUFA 3MBDA 1L9WA 4YMZA 3S0CA 4HNTA 4WXYA 1OFOA 3HOJA 2DJLA 1W54A 4GXMA 3W7OA 1H60A 1UUOA 3G0XA 1VCVA 3HPSA 3OEXA 1TRIA 2FIQA 4LVFA 3UY8A 3F4NA 4ALDA 4QAIA 1MEWA 1FCBA 1OX4A 1UASA 3DI1A 3UZ5A 1LOQA 3QH2A 5DN1A 3KRUA 1W0MA 2GVGA 5F4XA 4R34A 3BLIA 3Q2DA 4MLRA 1KM0A 3TU9A 3W2NA 1JR1A 1K7EA 2YX0A 1W5MA 3KOFA 3TW6A 3QMSA 3FYOA 1JQXA 4IJBA 1YDVA 2C19A 4UNKA 4HPJA 3OG3A 3M1ZA 4GFSA 4O1DA 3W7EA 3NQGA 3NXFA 1GWJA 4RZ5A 1Z48A 3DFTA 2QJGA 3GB6A 3HGJA 4LV9A 2QEZA 3GAYA 4DEFA 5HR6A 3IVUA 5K2ZA 1RZMA 5DCDA 3CIXA 1ME9A 2J88A 3LXAA 3HMJG 2DZTA 1CX9A 1G7VA 3CEUA 3A22A 2BTMA 4FHAA 4E2DA 5EBUA 1TTJA 4UTHA 4DXVA 3G8RA 4IQLA 4AVFA 3O6DA 1ZHAA 3L67A 5HWMA 2TPSA 5HUOA 2NUWA 3KVKA 5AYZA 3OHIA 1W5NA 3QPZA 2X1RA 3C2VA 3LHYA 1L6YA 1K02A 3OVPA 1P0NA 1S5WA 1XUUA 4LRTA 3ABOA 1A5AA 4Z1CA 5K9DA 2VFGA 3FOKA 1VLIA 5AFDA 3IIXA 2V82A 1J4EA 4YWIA 4BR1A 4Y9AA 4I9AA 4PCFA 4WY0A 3M5YA 3UWYA 1FWSA 1YLVA 2RHGA 4K7YA 4W9TA 4Z1DA 4EWND 2GQ9A 5J5RA 3GXNA 3BGJA 5D2XA 3W75A 1W5QA 3T4CA 1OFEA 3GZ3A 3W87A 3GDKA 4D2JA 1C8VA 4NNBA 1RV8A 2J9YA 4IUOA 2QDGA 3BGGA 1FCQA 3TX9A 1LOSA 1H62A 3IVTA 3WFAA 1I2OA 4UTTC 3L68A 3H54A 2ZBTA 1Y0EA 5KZDA 4LVDA 2Q3OA 1WAUA 1UBSA 3H53A 5CKSA 2YGYA 4K8HA 2E6DA 5CGQA 3P8JA 1QFEA 5LNWA 1O94A 1PCWA 1D3GA 5AB3A 1F6PA 5CPMA 4TIMA 4LWWA 4GUJA 4LUJA 3HF3A 3G0SA 4AWTA 2DZWA 1NAL1 3W7CA 2NUYA 3WK1A 2LLEA 4MJZA 3LV6A 1KLZA 1LYXA 5KTLA 2V8ZA 4NXKA 4O10A 3NL5A 3Q37A 3HGOA 2BSLA 3KFTA 1TYGA 1XKYA 3LTSA 3I6RA 1G4EA 1GVSA 1VZWA 1XM3A 4HT3A 1KLYA 3TE9A 3PUEA 1TQXA 2G96A 1EP3A 4AF0B 3FS2A 2ATMA 3LCHA 3PUOA 1F7BA 4GUHA 3TAKA 2FQIA 2VEKA 5CZ0A 5D33A 1H51A 2GUUA 3BW4A 3VNDA 1N7KA 3PAJA 3V75A 1G4PA 2CZFA 3BG9A 1TRDA 1YTDA 5AOUA 1OF6A 2ZRVA 3A9IA 1JCMP 3TSMA 3NQ6A 1JJKA 1VH7A 3CEPA 1AMKA 3NAVA 3S5YA 1W5OA 2J9ZA 1HFBA 1WXJA 2CLHA 3W1AA 2I9EA 5CSRA 1FXQA 3RNDA 1LLWA 3THQA 2EAWA 3W2JA 5TQLA 3S8HA 5K3VA 3N34A 3W6YA 5HQEA 3MI6A 1EWEA 4JICA 1GQNA 2ZA2A 4YCPA 2B7NA 3B03A 3MYOA 2XN1A 3W7GA 3PY2A 1FDZA 4NVTA 1KW1A 4JN6A 1R47A 3QM3A 5F1UA 3GKAA 3UPBA 1KTCA 3F4WA 3G18A 1PL9A 3W1UA 2E5CA 5G2HA 1GVRA 1NSJA 2Y7DA 3WK2A 1SFJA 3SIZA 4YL2A 2CLIA 1SW3A 1WQ5A 2Q3RA 1IIGA 4UMBA 4Q32A 2CLEA 1FXPA 5K4XA 1Q3NA 3DBPA 2NV1A 1FWRA 1W1ZA 2H8ZA 2QCCA 4HN4A 3GDLA 3GR7A 5G4EA 3MMTA 2QUTA 1L6WA 3TC7A 3MHGA 2DU2A 3IGUA 4FF7A 4MKNA 2DZSA 1IXOA 1Q6RA 4FNRA 5DXYA 5E93A 3UXDA 2CLFA 1Q6QA 3W7HA 4IPJA 1SZNA 3EEGA 3C2RA 4JTIA 4O11A 3W07A 2ZCGA 3NPVA 4O19A 3I68A 3S1VA 3W76A 1KM3A 3HJZA 4O57A 3KXQA 2DZPA 1FUYA 3BLFA 1VR6A 4O0ZA 4OHQA 5BNKA 3W7IA 3LI0A 3C4UA 1SW0A 4EF8A 1OJXA 2QUUA 3W1XA 2FB2A 4IMDA 1FDYA 3LCIA 5I3JA 2ZTKA 1ZY9A 3Q94A 1VS1A 4PEKA 2FPYA 2F7FA 1H7OA 4NT0A 2B7OA 2JGQA 4YXGA 4JYDA 3GNNA 5TBOA 4QIUA 3EWWA 3P5YA 1XBYA 3AO0A 4ONVA 4AB4A 1EWDA 3L65A 3O8AA 3MHFA 4UTIA 4Z1BA 1YTKA 5G5IA 3RF9A 5CPLA 1ME8A 1X8FA 3NQCA 3BLEA 1VC4A 1Q6OA 1YADA 1TCDA 1GJPA 3B0UX 4BK9A 3RMJA 1JQVA 2E6YA 1GG1A 3LXBA 4FX7A 3LCLA 1LZOA 2A85A 2VEPA 1JUKA 1XFBA 4LC8A 4TR9A 3O6YX 4HSNA 4WOZA 3NO5A 2BWGA 4G1KA 5BMWA 1TV8A 1SU5A 4NZFA 3GX9A 3W7LA 5HMSA 4CCCA 3DHDA 3P81A 5EKYA 2F84A 3BW3A 4UFIA 3HPXA 3MUXA 3G1HA 4NQ1A 5D05A 1OYAA 2CWNA 3STCA 5AYXA 2VEMA 1UCWA 4KFNA 1YYAA 3B0PA 5LGXA 3M5VA 4UTKA 3C0JA 4UFLA 4M6QA 5D38A 3WJXA 3M16A 3G1SA 3I65A 5LSMA 1BKSA 3UWZA 3OA3A 3P82A 1ZJIA 4NJIA 4Z1AA 3ZR4A 2QCGA 3HGRA 3L0KA 3USBA 4KFOA 3W1QA 2DZXA 2WJZA 2C1HA 2QCDA 3E02A 3G22A 3C52A 3VFLA 1B57A 1EA0A 4LUIA 2DP3A 3NQVA 4NJKA 4RX0A 3T78A 2VFHA 4BI7A 1RQHA 3L5LA 3NM3A 1K3UA 5HULA 2ZRUA 2V81A 5FF7A 1R2RA 1LRNA 3GK0A 2J27A 2Z6JA 1TTIA 4PL2A 1PV8A 4QISA 3QFEA 1IIHA 1TPVA 2ISVA 1GT8A 3VI2A 2X16A 4CQAA 4DO4A 2G5WA 3FKKA 1TSIA 2BZNA 3IIVA 4L4LA 4ZMGA 5G2WA 4Y96A 2J6XA 1OX6A 1EUNA 4N9DA 2A7PA 1KFKA 3PULA 3PR2A 4M19A 4N9EA 5D03A 4QJ1A 4UFHA 3LB0A 5F2LA 3FLUA 2A6LA 5HJLA 1OX5A 3GKFA 1DORA 3NL6A 1K7FA 1TV7A 3VCRA 4NUWA 5K4ZA 5DBTA 4AXKA 5J5DA 3QYQA 3C56A 2QCEA 3P61A 4ZQMA 2HMCA 1VQTA 5F1VA 1XUZA 4XKYA 3R89A 3B4UA 5FF3A 5G1YA 3MYPA 3PB0A 5G2IA 4MIMA 4AMAA 3FJLA 2H90A 3O05A 6TIMA 1WBJA 4EOUA 2E6FA 2WV8A 3LI1A 4MVAA 4N6EA 4UR8A 1B4KA 1ZENA 3PSVA 3W22A 4S1FA 1VYPX 1H7PA 4O1BA 4C1LA 3WK0A 3K30A 3M0ZA 2E5DA 2ZA1A 3W7QA 1WYIA 1ADOA 3UQNA 4EF9A 3CTLA 1DHPA 1TJPA 4P2VA 3DKJA 4JIQA 3HG3A 3PF3A 2VXNA 3P67A 3SW6A 4O0KA 1ZCOA 1W31A 5EA9A 4HNVA 4IX0A 2DORA 3B06A 1V5XA 2RDTA 3LCGA 1JCLA 4OBTA 1L2UA 1O60A 5L6UA 2QAFA 4O28A 1X7FA 4L4MA 1B9BA 1IXNA 3AJXA 3NQ2A 4PFMA 2E5BA 2NWSA 2CLOA 1XBXA 3G1XA 2VKZG 2NWRA 3N19B 1QPRA 1EP2A 1H1ZA 4UIOA 4DELA 3EWZA 3W7PA 5LZLA 1H61A 3PS7A 4MFDA 1FCUA 1HUVA 1OF8A 3BPWA 4E0CA 4FNQA 2P1FA 4E2BA 4MY8A 1I2NA 4XWUA 4UTLA 1OX4B 3PM6A 4NX0A 4R53A 3L0NA 4HHPA 2PC4A 3W1TA 1O95A 1GZGA 1DJNA 3STFA 1A5BA 3TA6A 1XDLA 4P61A 4JR5A 3NPXA 3S42A 4C1KA 1PHQA 1XCFA 1K8YA 3EWXA 3E96A 4UTUA 2GQ8A 3I7QA 3B04A 2FTPA 2A0NA 1AW1A 1W3IA 1G7UA 3SGZA 2ABBA 2J9XA 3HG2A 2KZHA 3MBFA 4LT9A 4JTEA 4A22A 1ZAHA 1DVJA 4AHQA 4WOQA 4OU1A 5AHFA 5FI8A 5HR7A 3LERA 3M5ZA 5KZEA 1JVNA 1QOQA 1KTBA 1PVNA 1Z44A 2RKXA 3C61A 4IOTA 1QAPA 2DZVA 3BG5A 4IMGA 2TRSA 1MEHA 1TB3A 4MY9A 4A2RA 3NQMA 3TSDA 3NPWA 4Z0JA 3TK7A 1LBFA 2OJPA 3KX6A 3TQ0A 3TQVA 3DZ1A 1LP6A 3PBYA 2PRMA 3TDFA 1XL9A 3EWBX 1PIIA 2NV2A 3STEA 1HTIA 3ANYA 4WY0B 2ZZ3A 4ICNA 1Z41A 2A6NA 2WNNA 3KRZA 3S9YA 3CIWA 1P4CA 3YPIA 3BK0A 3TROA 3L0GA 1J2WA 4K7VA 4GE8A 5F2GA 4DO6A 2ZZ6A 2QUVA 2NX9A 3BARA 1KM1A 3U8GA 2YPIA 2C16A 1G67A 1T96A 3PC0A 1AL8A 3LRMA 3TKFA 3PB2A 1GTEA 3W2UA 2B0MA 4IXHA 4FNSA 1KM6A 4JS3A 5HUPA 1QPNA 4E38A 2VFEA 4JTLA 4AEOA 3DAQA 1F6KA 4JTHA 3NQDA 3W85A 2EPHA 3ABQA 4DF2A 1LRTA 4BF9A 2ZQ0A 5CZTA 1HL2A 1U83A 2OT0A 4ADSA 5KSWA 4ZQOA 5FF4A 3F1QA 3OIXA 4NNAA 1QPQA 4FXRA 2EKCA 4CLMA 2NXHA 5HWJA 4M5PA 5F2IA 2C13A 1ZNNA 2VOMA 3STGA 3W7MA 1RD5A 2PURA 2QKFA 4DO5A 3P7YA 4O54A 3LHTA 1KV5A 3WJSA 5EL1A 1BWKA 1YXCA 4UCGA 4DF1A 4KWWA 3DFNA 1H7RA 3TMQA 1S5TA 2V0TA 2HS6A 5LHEA 3KVMA 4XTDA 2A1YA 3L21A 1KBJA 3SZ8A 4K37A 4N2YA 3NL2A 3UZJA 3PUDA 1OFDA 4DBDA 5D2VA 4JTGA 2TYSA 4WZHA 4OGZA 3R13A 4OT7A 1M6JA 2EHHA 3CWOX 2GVLA 1JRCA 2PRLA 1E51A 2NXIA 4FX8A 1I2RA 3UWQA 1X1OA 3L2IA 5FEXA 3BW2A 4Y6GA 2ZA3A 4JTFA 3EKZA 3WJYA 4DBEA 2VFFA 4UTWC 2V5BA 3QMRA 3MW7A 5FESA 1GTHA 3GDRA 1YTEA 2Y88A 3THAA 3UD6A 4U4MA 1SO4A 3QZEA 1QCWA 3NPUA 1OVDA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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