5D04C

Neisseria meningitidis 3 deoxy-d-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase val223ala variant regulated
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
346
structure length
346
Chain Sequence
HYPTDDIKIKEVKELLPPIAHLYELPISKEASGLVHRTRQEISDLVHGRDKRLLVIIGPCSIHDPKAALEYAERLLKLRKQYENELLIVMRVYFEKPRTTVGWKGLINDPHLDGTFDINFGLRQARSLLLSLNNMGMPASTEFLDMITPQYYADLISWGAIGARTTESQVHRELASGLSCPVGFKNGTDGNLKIAIDAIGAASHSHHFLSVTKAGHSAIAHTGGNPDCHVILRGGKEPNYDAEHVSEAAEQLRAAGVTDKLMIDCSHANSRKDYTRQMEVAQDIAAQLEQDGGNIMGVMVESHLVEGRQDKPEVYGKSITDACIGWGATEELLALLAGANKKRMAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
publication title Neisseria meningitidis 3 deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase Val223Ala variant regulated at 1.70 Angstroms resolution
rcsb
source organism Neisseria meningitidis serogroup b (strain mc58)
total genus 132
structure length 346
sequence length 346
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date 2015-08-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5d04C00
3AO0A 3W73A 4YCPA 3BG9A 2QJGA 2DU2A 1T96A 1S5VA 4OHQA 1XBYA 1X1OA 5CZTA 3LHYA 1TPVA 2P1FA 3NQ8A 3G1XA 5C6MA 3GXPA 2E77A 5CZ0A 1K8YA 4UMBA 3U6WA 3W7GA 4AMAA 3IIVA 2NLIA 4AWUA 3LV5A 4JEQA 3LLFA 4UR7A 5AHEA 3E96A 2BZNA 1OJXA 2TSYA 3PUDA 2VKZG 2O7SA 3M7WA 4AB4A 5J5RA 4BI7A 3IGSA 4Q4KA 3UWUA 5FEZA 4DO4A 3T55A 1FWWA 4NJKA 1U83A 2OJPA 4IX0A 1KTBA 3LX9A 4JTJA 4CCCA 4UTWA 5H91A 1Q45A 4NNBA 3MBFA 3TA6A 4ML9A 3B03A 4JTEA 1SO3A 5D38A 1XCFA 3VCRA 4IWWA 5HQEA 2VEIA 4I9AA 3S5NA 2QAPA 1JULA 1XXXA 4WOQA 3SFKA 3FS2A 2DORA 2VFGA 2YGYA 4NUWA 3W7DA 3NPXA 5D2XA 1RD5A 5G1TA 1B57A 4JTKA 2FPYA 2YX0A 2GOUA 4Y8FA 2E5BA 2J9XA 4UCGA 3N3MA 1PHQA 3NDOA 4S2CA 1YPFA 3LCXA 4HHPA 1DHPA 4J9JA 4WD0A 2A6NA 1DVJA 4JY9A 3N9SA 4UMAA 1YPIA 1TCDA 3FOKA 2ZRUA 3W88A 4UFJA 2BTMA 3TC7A 1EX5A 2BXVA 4RXGA 3TSMA 2V30A 2EHHA 3KAOA 4DBEA 2E68A 4KKXA 5D02A 2FTPA 1S5TA 4K7YA 4WZHA 3S5YA 1L6SA 2ZZ2A 4O17A 6TIMA 4FNQA 3DKLA 3PB2A 3I7SA 1VLWA 1M6JA 3A24A 1EP3A 3W7IA 5D04C 4BI6A 4NZFA 1TO3A 3G1DA 3W2NA 5HR6A 3T78A 5SWUA 2CZ5A 2FB3A 5AHNA 1EPXA 1SW7A 3TAOA 3HGJA 4NXKA 3CEUA 3TSBA 1FDZA 2A0NA 4UTKA 1I2OA 3QRHA 1O60A 3L0NA 3TC6A 2D73A 5E0KA 3UWWA 1WBJA 3DBPA 1W3NA 5HNRA 3RLUA 3N34A 2RDTA 3G1HA 1FWNA 3HOJA 4JTUA 4AHQA 5I3GA 3LDVA 4ZQCA 5KTLA 1VHNA 3U2OA 4AF0A 2Z6JA 4PFMA 3YPIA 5C55A 2DP3A 4WJEA 2TPSA 3DFTA 2Q3OA 1M7PA 3A21A 1XBXA 3W87A 2V2DA 1L6WA 2PRMA 2PRLA 4GC4A 1VH7A 1M7OA 4MIMA 4FNTA 3IIZA 1NAL1 2V8ZA 2ZTKA 1TPB1 3W76A 4PCFA 2WSRA 4O4VA 1KV5A 1L2UA 1VYPX 2ATSA 1YXDA 3GX9A 3IGXA 3EX6A 3O06A 3DI0A 1G4PA 1TQJA 3SGUA 3O6CA 1OYBA 1I2QA 1GWJA 3W7MA 1R2TA 2FFCA 5EMUA 1YDOA 1XUUA 3EB2A 3KVLA 3M5VA 4UTJA 4DPQA 1SZNA 1XBVA 2XN1A 3CIWA 3PBWA 5LHEA 1KFBA 4NNAA 3SI9A 3LM7A 3LCHA 1QFEA 3TMQA 3B0VC 1LOQA 4PEKA 5LNRA 2RDUA 5FEWA 1QDSA 1NSJA 3DXIA 1FQ0A 1TPFA 4Q32A 3O8AA 2VELA 1JUBA 5HINA 1MO0A 5AC6A 4LVFA 1Q3NA 1KBIA 2HSAA 4LUJA 3UD6A 3M16A 2CU0A 3GVGA 4XBSA 4N2YA 5A8GA 3PY2A 3P5YA 5IBXA 2GVLA 3EXRA 1C9DA 1JQVA 3MI2A 4MLJA 1KFLA 4OE7A 4IMEA 1KM6A 3C2OA 1FDJA 4Z0SA 3W2MA 3TUUA 2P0OA 2WKJA 5D30A 4E38A 3THQA 1KM0A 1OX4B 4RZ5A 3BW4A 3KVMA 5EYWA 1AK5A 1YTEA 4MYXA 1QMLA 1W5OA 3GYEA 3W7PA 1NF7A 1VHCA 1KFJA 3EWXA 3STGA 4GFSA 4MZ8A 3HPXA 4O57A 4WOZA 3W75A 4OV9A 1OABA 2R91A 4LW7A 5CPMA 4RKAA 2YYUA 4MLRA 1TPWA 4UUIA 5K4ZA 2YZRA 5HR7A 1KFKA 2QCGA 1WA3A 4P2VA 2I14A 3S6DA 4NZJA 3TR2A 1XC4A 4AEOA 1KTCA 2Y6ZA 3EXTA 2J27A 1VCGA 3L65A 4AAJA 1JCJA 2RFGA 1OVDA 5CZSA 5I3HA 1K8ZA 2VFFA 3HO8A 3BLEA 4DXVA 1TPC1 3PBUA 4JTFA 3WJWA 3C2EA 4QNWA 4FX8A 3LTYA 3TQVA 1OF8A 1GT8A 3PSVA 1SU5A 4K39A 5F4SA 4ADTA 3L2IA 4QSHA 2FQIA 2G5WA 3GR7A 4LV9A 3FEMA 1FY6A 1FWTA 2E09A 1HTIA 1UUOA 2YXGA 1EWEA 1LLZA 5F2IA 2Y70A 4K36A 1HL2A 2YFOA 5BRBA 3FA5A 4IPJA 5DCEA 4ZMGA 5F2LA 3PUEA 2QCLA 3TH6A 3VI2A 3NQ6A 1SFLA 3IVUA 1I45A 3TW6A 3SIZA 2CLLA 3NQGA 4BFAA 5FF2A 4EOUA 3TAKA 3W1AA 3LCFA 4O1BA 4Y90A 3CEPA 2YW3A 4TMBA 3RNDA 3SGZA 2R8WA 4ZQMA 5AYYA 3A9IA 4NVTA 1KLZA 1LOSA 1OFEA 1JUEA 2WSYA 3S1UA 1JCXA 2B4GA 3WFAA 3GXNA 1QPRA 3HPZA 3GXTA 1S3HA 4JTLA 4E2DA 2GJNA 3OEXA 4FXSA 4PH6A 2ZA1A 4RZ4A 5DY3A 3STCA 5HWMA 2VOMA 4N9CA 5L9FA 1DORA 3KOFA 3SECA 3DU0A 1OK4A 4JGDA 3NEVA 4YMZA 1F7BA 4RZ6A 4FHAA 3CWNA 3EXSA 1X6UA 4TU1A 4IOTA 4JY8A 4MYAA 5D2TA 5G2WA 3P61A 3NM3A 5DY2A 3UWVA 4O14A 4HT3A 1AW1A 4CNNA 4GXMA 4AWTA 3IGUA 2I9EA 3LI1A 1XFBA 3INPA 3PG9A 1F76A 4N9BA 3CQ0A 3W83A 1RQEA 3HQ1A 4O13A 3NL5A 4LC8A 5T26A 5GVJA 4GUJA 4XBKA 4MOZA 1G67A 1ZENA 3B4UA 3LXAA 3WJXA 1SPQA 4TR9A 3NQAA 4MJZA 4I7WA 2NX1A 3EWZA 1F6PA 1ZFJA 3DFOA 1RV8A 1GYLA 3TW7A 1LYXA 3W72A 3S9YA 4TO8A 5LHFA 1TTPA 3KVJA 4IJBA 3W1MA 2G97A 1Q6QA 3NAVA 5AOUA 3WJZA 2YFNA 5KINA 3DI1A 4O10A 2V0TA 1QPQA 1F74A 1EEPA 2ZRXA 1DJQA 3QW3A 4N9EA 2QKFA 4GRSA 2V9DA 1FCUA 1W5PA 3DGRA 1J5TA 4LC6A 3LRKA 4QISA 1KBJA 2DJXA 1XDMA 1H7PA 5DBTA 4ICNA 2E6FA 3QMSA 3PM6A 1PCKA 3Q94A 4OU1A 3VNDA 3GIYA 2E6DA 2C14A 5LNWA 2DZSA 2A21A 3L66A 1K8XA 1ME9A 1B4EA 3QC3A 2EKCA 1OX6A 3QQ0A 3N2XA 3FFSA 5TBOA 4U4MA 3WK1A 1OYCA 1A53A 1TV8A 2GUUA 3HIJA 2WNZA 2WO5A 1V7YA 3S1VA 4FEZA 1MSSA 3TQ0A 2CLIA 3MMTA 4FX6M 3I65A 4LRSA 5AFDA 3OVQA 3W1PA 3C3NA 1OYAA 3NQ2A 2QCEA 3KHJA 1W5MA 3W9ZA 5AHFA 1I4NA 4JTGA 3GB6A 4I7UA 3G18A 4R34A 4HSNA 4HSOA 3G8EA 4LS1A 2CLOA 4RLIA 4EF8A 1J4EA 3MHGA 1W0MA 4MY1A 2J24A 3M9YA 3JR2A 4YL2A 5F4WA 3PULA 4GNJA 5F2GA 4O50A 4JTIA 1YLVA 4XKYA 1UASA 3DFQA 3NGJA 2WQPA 3TK7A 3TKFA 3OVPA 1H7NA 4EF9A 2J6XA 3TDFA 2NV2A 2E5CA 1LLWA 1IXOA 5F2MA 5BMWA 4LNYA 4NQ1A 2GVGA 3UWQA 2GPTA 4AVFA 2DZPA 1N8FA 2E1DA 3EKLA 4X22A 5K3VA 4BWLC 3TIMA 5D33A 4JIQA 3O05A 2GQ8A 3G8RA 4EWND 2E6AA 1NEYA 3IV3A 3LHTA 2ISVA 4HPJA 3W6YA 3PAJA 1LROA 4OV4A 3C2FA 1HFBA 5IBXC 4MFDA 3F4NA 1P0NA 2FPVA 3LERA 4LOCA 4M7TA 3O6YX 2CLMA 3W85A 1LRQA 1TREA 5HULA 1IF2A 1JCMP 2ZRZA 1WYIA 1TQXA 3W22A 4X2RA 4EVZA 2NXHA 1SUXA 3SJ3A 2Y7FA 4O52A 4JXCA 3W74A 3NNTA 5DCBA 2HMCA 1TB3A 3O6DA 3BW2A 1W5QA 2C13A 3TNOA 4M6QA 5D2WA 3ZR4A 1DQWA 2C3ZA 4QM1A 3QSRA 3BVJA 1LM1A 2CLKA 2QDGA 1VCFA 2WNQA 3E49A 3HG2A 4AHOA 3GLCA 3BO9A 3L67A 4Y9AA 4CQ9A 3PG8A 4A2RA 1MEWA 3PVFA 1WOBA 4XQ6A 3O07A 4FO4A 3NZRA 1IIHA 2HS6A 3M5ZA 4IXXA 4RJEA 1YDVA 1K02A 5DXXA 2ALDA 5D37A 4WY0F 3LB0A 4JDBA 1ZCOA 4WY0A 3W84A 5I3KA 3UPBA 3LV6A 3U8GA 3JS3A 2TRSA 1K7FA 4JX4A 4IPIA 1MZHA 4NU7A 1CI1A 2I1OA 3BK0A 3HGRA 4CCEA 3ZS4A 7TIMA 5DBUA 2FLIA 3TQKA 2X2GA 4IUOA 4N02A 3OA3A 4P61A 1ML1A 2CWNA 4ZL1A 2W79A 4H4IA 3W1QA 3EWWA 1G4SA 4K37A 2J88A 3W7OA 2ZZ1A 3LXCA 1GPWA 2WPBA 1QCWA 1WBHA 3STFA 4O18A 3DKJA 3W7RA 5EPDA 2F84A 2E6YA 2XFWA 4MKNA 1GVRA 3CPRA 3H53A 1UUMA 3UY7A 2BLEA 3RLVA 1DKWA 2X1TA 4JTHA 3A5FA 4POCA 1HO4A 2A7NA 3RU6A 3P67A 4X3ZA 5C54A 3NPVA 3P5ZA 4FNUA 4UTMA 2AQWA 3W3OA 1BWLA 3DFPA 3Q58A 2CLHA 3Q37A 1LTDA 3E02A 1C8VA 4Z08A 5FI8A 1QOPA 3RF9A 5MHBA 2RH9A 3G1SA 4U28A 1VYSX 5EBUA 4KWWA 2P10A 2X1RA 5IM51 3P82A 4CQ8A 1TRDA 1W37A 1J2WA 4UC5A 3OBKA 3BARA 3UY8A 1ZJIA 2GQ9A 4CNOA 4UXDA 3W1TA 1JCYA 3SW6A 5EY5A 5HUPA 3NQ7A 3IIPA 1WV2A 4RV8A 3P62A 1W3IA 1T0OA 4TX9A 1AG1O 1GVSA 5AB3A 3QJAA 3R5EA 3C6CA 2QJHA 1EWDA 3AJXA 2YPIA 3NQDA 1UB3A 2QCMA 4JIPA 1W5NA 2Q3RA 3UNDA 2A6LA 1TSIA 1W31A 4I7VA 3GDMA 4BWLA 3NM1A 1VRDA 1G4TA 2C6QA 3OIXA 4YWIA 1LCOA 3CB8A 3W1UA 3EEGA 1VR6A 2NX3A 1TPEA 4RX0A 2EF9A 4DQWA 3P8JA 2A1YA 3GKFA 1MEHA 1DBTA 3MP5A 1JCLA 3HB9A 1LRNA 4UTIA 3L0GA 5AYZA 2NUWA 2OZ0A 1XKYA 1ZNNA 2ZZ5A 2NV1A 5DN1A 2A2IA 3KX6A 3M43A 1VCVA 2GJLA 1JRCA 3MBDA 5K7JA 3OG3A 1KM1A 2QUVA 2WNNA 3GKAA 3W07A 3UZ5A 2E5DA 4BR1A 3TCEA 5KZMA 2Z6IA 4O28A 3P84A 4QNEA 5LNVA 1C29A 1G7VA 3MWAA 3EX2A 3LI0A 1R46A 1X1ZA 4ORIA 1K3UA 2CFFA 5K4XA 1A5BA 3QYQA 2NXGA 4UIOA 1SR9A 3E0IA 3KXQA 4N9DA 2V5LA 3GK0A 3FYOA 4S1FA 2X30A 2QJIA 2JKEA 3S1XA 3UWZA 1YDNA 3F1QA 1PIIA 4Z0JA 3BPWA 3DHDA 4O16A 2H8XA 1GVQA 4PTNA 4JICA 3UXDA 4JYDA 1D9EA 4FXRA 2HS8A 3W7HA 2VFDA 4HN4A 2WV8A 3UZJA 4UTTA 1LDCA 2QCDB 4UMCA 5BNKA 3QM3A 1VLIA 5K2ZA 4TMCA 1XBZA 3LCIA 4ORMA 4IX2A 4DBDA 3NQEA 1QOQA 4ALDA 1ICQA 5LGXA 3L9CA 3W1XA 3S1WA 2QCHA 5D2VA 2V2CA 3EX1A 4OQVA 4LRTA 1TV7A 2PC4A 3O16A 3G1YA 5KSWA 1ZAIA 4E2BA 2NX9A 1EUAA 3R2GA 4FIQA 3T4CA 4UR8A 1FXQA 1LBMA 3CU2A 4AH7A 2Z0IA 4JYFA 2LLEA 3LHWA 1XDLA 2ZFAA 3CIXA 3M1ZA 4Z1CA 1TTIA 3JRKA 4FIRA 3A22A 4HNUA 1Z48A 1U5JA 2Y7GA 2R94A 3TFXA 3QF0A 4JTSA 3LBCA 5CZJA 5G2IA 4YXGA 2W6RA 1TTJA 4IQLA 2DZUA 5K9DA 3MUXA 4S2BA 2Y85A 3GAKA 4MPQA 3MYOA 4FF7A 1CW2A 2B7NA 4FB7A 4OWGA 3BLFA 4JN6A 1RQHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1NH6 A;  3UXI A;  7ENL A;  2DU2 A;  1T96 A;  5AYI A;  1AQ0 A;  1GGO A;  1R8L A;  2P1F A;  2R9R A;  1XX1 A;  4MF4 A;  3GXP A;  2E77 A;  1FWI C;  3W7G A;  4AMA A;  1YNP A;  1UUQ A;  2ODO A;  4QTG A;  3WYZ A;  3SCR A;  2PAJ A;  4LYK A;  2PDP A;  4Y9M A;  3PUD A;  2VKZ G;  4ZB0 A;  3RIL A;  5JIW A;  4HZM A;  1VF8 A;  2JAL A;  3T55 A;  8A3H A;  1KTB A;  4QS6 A;  4CCC A;  2CHR A;  5HOS A;  4ML9 A;  1XCF A;  4TOQ A;  1TWI A;  3S5N A;  2VEI A;  4QS5 A;  3P0X A;  3K4D A;  1EIB A;  3H22 A;  2PDX A;  3NPX A;  5G1T A;  1NDW A;  3R11 A;  4HMD A;  2FPY A;  2YX0 A;  2GOU A;  2E5B A;  4LYR A;  3JVA A;  4KRU A;  1V02 A;  3I3D A;  3A6O A;  2WMG A;  4HU8 A;  4J3V A;  3VYL A;  4GC3 A;  1DVJ A;  1EDQ A;  1QAS A;  3OBA A;  4OOZ A;  4JY9 A;  4X9Y A;  3H8A A;  3T09 A;  2BTM A;  4RXG A;  3K8M A;  4QG8 A;  2BHZ A;  3TSM A;  1ZBK A;  3KAO A;  3OLG A;  3TON A;  2GLK A;  5D02 A;  4K7Y A;  1L6S A;  3GG8 A;  2Y1H A;  5AZ1 A;  3CYV A;  1A47 A;  3PAO A;  1EP3 A;  3E74 A;  3AYS A;  3G1D A;  4O1F A;  3W2N A;  2UBP C;  1S5M A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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