2C18A

5-(4-carboxy-2-oxo-butane-1-sulfonyl)-4-oxo-pentanoic acid bound to porphobilinogen synthase from pseudomonas aeruginosa
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
333
structure length
332
Chain Sequence
FTPANRAYPYTRLRRNRRDDFSRRLVRENVLTVDDLILPVFVLDGVNQRESIPSMPGVERLSIDQLLIEAEEWVALGIPALALFPVTPVEKKSLDAAEAYNPEGIAQRATRALRERFPELGIITDVALDPFTTHGQDGILDDDGYVLNDVSIDVLVRQALSHAEAGAQVVAPSDMMDGRIGAIREALESAGHTNVRVMAYSAKYASAYYGPFRDAVGSASNLGKGNKATYQMDPANSDEALHEVAADLAEGADMVMVPGMPYLDIVRRVKDEFRAPTFVYQVSGEYAMHMGAIQNGWLAESVILESLTAFKRAGADGILTYFAKQAAEQLRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Lyase
molecule keywords DELTA-AMINOLEVULINIC ACID DEHYDRATASE
publication title Probing the Active Site of Pseudomonas Aeruginosa Porphobilinogen Synthase Using Newly Developed Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Pseudomonas aeruginosa
total genus 121
structure length 332
sequence length 333
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.24: Porphobilinogen synthase.
pdb deposition date 2005-09-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00490 ALAD Delta-aminolevulinic acid dehydratase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2c18A00
4GUGA 4N6EA 4ZMGA 5K9XA 3S1UA 1P5BA 3KRSA 3HG3A 1W3TA 1ADOA 4EF9A 3B8DA 1AW1A 3P8IA 3S6DA 1HG3A 3THAA 1I2RA 3W7OA 3KX6A 3PULA 1D9EA 2PE4A 3P7YA 4MY1A 3W2KA 2VFEA 3W76A 3TH6A 3TROA 3M7WA 4NJIA 2E77A 4U28A 2H8XA 3IIXA 7TIMA 1YXYA 1RQHA 3LDVA 2YGYA 2WQPA 4HNNA 4BK9A 3L68A 2GPTA 3C4UA 3EX3A 3W75A 1P0NA 1JUKA 2QCGA 3TC6A 2BTMA 3OHIA 1TPDA 1SPQA 4K6AA 1B9BA 1FDZA 1KBIA 2Z0IA 5G1TA 2YCEA 4NNCA 1QOPA 5DY2A 2E5DA 1NF0A 3EWYA 5D2VA 3MP5A 3S1VA 3HPZA 1QDSA 5AYZA 4MLRA 4UR7A 2NXGA 2WKJA 4GUIA 4UNKA 1VLWA 3P67A 3H55A 2Y85A 4O8RA 4JN6A 3GYEA 3L21A 3P60A 2A85A 1KA9F 3GB6A 1WYIA 3E02A 4GUHA 4TR9A 4AHQA 3L5AA 2JGQA 4DO6A 1OFDA 1J2WA 4AMAA 1ICSA 2R91A 2ZZ4A 1K02A 2A1YA 2BSLA 3DENA 4GXMA 4WJEA 1ZHAA 1I2QA 2OMAA 4BR1A 8TIMA 3DHFA 5ABTA 3W1LA 2CLMA 1SZGA 3EWWA 4O54A 4RK8A 5CKSA 4I7WA 1A53A 1YDNA 3C6CA 3P5ZA 4NUWA 3W2NA 1DHPA 1LTDA 4G1KA 4X9SA 1EPXA 3IIZA 4AEOA 5LGXA 3SJ3A 3MUXA 4FNPA 3W1MA 2FIQA 4DELA 2GQ8A 1H60A 2ATSA 3C2OA 3EKZA 1LBLA 1QWGA 3EB2A 3MJYA 1WXJA 5DCEA 5HWNA 2X1RA 3LHYA 3V75A 1EUNA 3U8GA 3QMSA 2Y7FA 2NZLA 4IPIA 4NXKA 4NNAA 5EBUA 1M5WA 2C14A 2Y61A 3I7RA 4ZQMA 3DFSA 2P10A 1H7NA 4OE7A 2VXNA 2EGZA 3GVGA 4RV8A 3IEBA 3PR2A 4LW7A 2GOUA 2ABBA 2C15A 2NX3A 1JUBA 2DJLA 4WY0A 3TK7A 3PC0A 3NQFA 4UC5A 3STFA 1W56A 4NJKA 3NQ8A 5LHEA 1ZAJA 2I1OA 3PUEA 3TCEA 4OGZA 3E0IA 1K7XA 3B0VC 2ZDRA 4ALDA 3LXBA 5AHEA 4AWUA 3UWZA 3C52A 4K8HA 5LZLA 3FS2A 2RKXA 3LRMA 2H8ZA 4L4MA 4NQ1A 1DQWA 2QCMA 3NQ2A 3W83A 1OF6A 2FJKA 3TSMA 4RZ6A 3RLUA 3LI0A 5FEZA 1VHNA 3RU6A 5AHNA 3G0XA 1TV7A 4FNTA 1N7KA 4E0CA 3WK2A 4N9CA 3NXFA 4PA8A 1NFBA 1KW1A 1CI1A 3NZ1A 3CIXA 3M47A 4GJ1A 3WJWA 3QF0A 3PBWA 4ONVA 1VCGA 4IUOA 3G1DA 5FF0A 4O4WA 4FO4A 2R14A 1H62A 4UCGA 2IQTA 4JX4A 3KOFA 4CQAA 2BWGA 3O6CA 1PIIA 4BF9A 3NYZA 3CM4A 1LRTA 4GBUA 1KLYA 4HHPA 1IF2A 2RH9A 5L9FA 4N2YA 3TUUA 1ZNNA 2VFFA 4Y8FA 3LRKA 4Z08A 3LV6A 3ABQA 2PCQA 3GXPA 2YX0A 1UUOA 3S5YA 4UFIA 1HL2A 4UTJA 3W7QA 4PL2A 1IXOA 1VGAA 3PS7A 4JEQA 5CZSA 5EPDA 3HGOA 1LOLA 3W7NA 2V0TA 4KWWA 2V82A 3L0KA 2EPHA 3TDFA 1CX9A 3EX4A 3PBUA 2PRHA 4ORIA 3SFKA 2PC4A 4CCCA 5GVJA 2V2HA 4DO4A 1HUVA 2C13A 2E6YA 5K7JA 4JTTA 5AOUA 1LLZA 3THQA 3W9ZA 3NZRA 3G8EA 3PBYA 2BLEA 5LNVA 4JTHA 2J9YA 4LVDA 3G22A 3W7MA 1F6PA 2I14A 3G1YA 3W7KA 1G7VA 3P74A 3G1FA 1WBHA 5CSSA 5K4ZA 2DU2A 3PBVA 5FEXA 3A9IA 1OFAA 4LS1A 3G0SA 1RQEA 1P4CA 3IIVA 3S1WA 2B0MA 1G4SA 1SO3A 1GJPA 3W2LA 3CT7A 3MI6A 3DAQA 1JUEA 3NGJA 4XTIA 1VCVA 4HNTA 3GNNA 1JCXA 1O95A 1IXPA 3P84A 1JCLA 3HG4A 3EWXA 4P2VA 3NL2A 2CLHA 1EWDA 3EX2A 1A50A 2ZZ2A 1TSIA 3MP3A 3A24A 1LRNA 5BMWA 1PE1A 1VHCA 3WK0A 4O28A 3GXNA 2QDHA 1MO0A 2EAWA 3BPWA 3SIZA 1N55A 1BWLA 4GC4A 3O16A 1QCWA 2OJPA 3QW4B 2GUUA 1TTQA 1GVQA 1EUAA 1DJQA 1P0KA 3GNDA 1LCOA 3ABSA 3VE7A 4RKAA 2YR1A 5FEWA 1C9DA 1FWWA 1QO2A 2NXIA 5A5WA 4TMCA 5H2ZA 1KM2A 3LCHA 3LCGA 4O11A 1XBYA 2VOMA 4KFNA 4X3ZA 5HQEA 3B04A 2E6FA 1RD5A 3KVLA 2NUXA 3MI3A 1KFCA 1SUXA 5CZJA 5D05A 1YLVA 3MHGA 1H7RA 3DFNA 4GUFA 4HSOA 3TR2A 3M16A 3L65A 4UR8A 1OHLA 2GVLA 1X1OA 4I7UA 5AN7A 5F2GA 1YDVA 2WNQA 2VEIA 3W7IA 3HQ1A 3DKJA 1H7WA 2Y7DA 3PSVA 4O0ZA 4RZ5A 5I3IA 1TQJA 3P82A 1XM3A 3RK8A 4LUIA 1VS1A 3ATZA 3N9SA 3IGSA 4BI6A 4FX7A 5D09A 1OABA 1LP6A 3G3DA 3KRUA 2ALDA 2CWNA 3HJZA 4AWSA 5L6UA 5H91A 3TAOA 1GOXA 5K3VA 1G69A 1AW5A 3OBKA 3R2GA 3C61A 2JGYA 4TO8A 4PTNA 1IXQA 2NUYA 2Q3OA 4O19A 1KFKA 1QO5A 1RQBA 2HS6A 3N19B 4IJBA 3B05A 4JS3A 4EWND 5LNUA 5D02A 4JTLA 1CW2A 1QMLA 6TIMA 4UTIA 2ATMA 2A6NA 2FTPA 2QAFA 2A7RA 2F84A 4LUJA 3SW6A 2X30A 4EF8A 5FEPA 2R94A 4BFAA 3CU2A 5DELA 2TSYA 2ZTJA 1KFEA 3L5MA 2WV8A 3NL3A 4LVFA 1SO4A 5F4SA 1OK4A 1FXQA 3BW4A 1UCWA 4JIQA 3W72A 4IX2A 3M1ZA 2WO5A 1GVSA 2HS8A 1E51A 2Y88A 5AYXA 4NJHA 3DFOA 1H5YA 4WY0B 1EX5A 2WSRA 3NAVA 3QM3A 1KTNA 3LHWA 5DLCA 3RFAA 2QCFA 4IQLA 1OJXA 2V2DA 1TIMA 1VR6A 2Y63A 1SR9A 4OQVA 1KM5A 4M7TA 5I3JA 1QPRA 2Q3RA 1T99A 4OBTA 1H1YA 2Y62A 1ZAHA 1TYGA 2HMCA 1VJIA 1UUMA 1D3GA 2E5CA 2EKCA 2QCEA 1EEPA 1V5XA 2ZA1A 3LCLA 3CPRA 1Q45A 4UTWA 2VEPA 2G96A 3GX9A 1AG1O 3QMRA 4X2RA 4IMEA 1KM6A 1DOSA 4LT9A 3UWUA 3NOEA 4JXCA 1GEQA 3O06A 4RLIA 4JTGA 3QRHA 1KBJA 3L67A 3OIXA 1KM4A 1W54A 4CCDA 2CZEA 3TX9A 1XBVA 4AAJA 5HNRA 3PB2A 4QIUA 1PHQA 2E1DA 1SQ7A 3SGUA 4WX2A 1XBXA 4E2DA 3STEA 4LRSA 2Q8LA 3NVTA 1T0OA 3OVQA 4UTKA 2V81A 3TFXA 3W1QA 3NQMA 4O1CA 1FQ0A 1KV8A 3A5VA 4IXHA 3VI2A 4ADSA 4EOUA 2ZZ6A 1X1ZA 4ZQOA 2YPIA 3UZ5A 1Q6LA 3LHTA 1OF8A 1SSDA 3N2XA 1JRBA 2ISSA 3LBMA 4A2RA 3NQ7A 3UD6A 4XQ6A 2NWSA 2ABAA 4FHAA 2V5BA 3QFEA 4K7YA 1LRQA 5C2XA 1XUZA 2P0OA 2ZA3A 3M9YA 2WSYA 2CW6A 5DBTA 1JJKA 2E09A 2A4AA 2C18A 4UTWC 1YADA 4Q33A 5IBXA 3LX9A 5C55A 5J5DA 2Y6ZA 4QM1A 2J27A 4WXYA 4MUZA 1HO1A 1FWTA 2PURA 5HULA 1TPC1 1N8FA 4CNOA 4DPQA 2KZHA 1IIGA 3M0ZA 3DFPA 1L6SA 2FDSA 4IMDA 1K8ZA 3WJZA 2XN0A 3CIWA 4UMBA 1PHWA 2YW3A 1TPH1 3HF3A 1Q3NA 3O6DA 1W31A 4XBSA 4UTLA 5F2MA 5AYYA 1J5TA 1JULA 1F05A 3NQEA 4UUIA 3QPZA 3NQ6A 4LNYA 3GDTA 3I68A 4LV9A 4K7VA 1G4PA 1SO6A 3NQCA 1PCKA 1TV5A 4JTKA 3SECA 1VH7A 1M6JA 2DZVA 2J9ZA 1WOBA 5CZTA 4AVFA 1DV7A 3S8HA 5G4WA 1OFQA 3PF3A 3Q37A 4O17A 3W7LA 3K30A 3KVMA 2VEMA 3S0CA 1FCBA 4JD4A 4TMBA 3HG2A 3C3NA 4BWLC 2J9XA 2YFNA 2EF9A 5IBXC 2Y70A 4FX8A 2PRMA 4JYDA 3C8FA 3W73A 4KWVA 3TFCA 4UFHA 4Q32A 1OYCA 3LXAA 4N9BA 3BLFA 1YTDA 3LTSA 3G1VA 1MEHA 4YWIA 1SZEA 1O60A 3CHVA 1THFD 4DO5A 3NPWA 2QDGA 3BLEA 5I3HA 3TJLA 3QEZA 4RR4A 3W88A 6ALDA 1I45A 4FXSA 2ZTKA 5U4NA 3RNDA 4TIMA 3FJLA 2ZYFA 4UIOA 1XC4A 1GG0A 4A3UA 2TMDA 3B06A 2VC6A 4HN4A 2D73A 3BW3A 2CLKA 1MSSA 3I7SA 3O8AA 5LGZA 1TJRA 2VFDA 1KM3A 4OV9A 4ZQPA 3LXCA 4MOZA 2TYSA 3Q2DA 5CPLA 3INPA 2Z1BA 4FIRA 1TREA 3MBFA 4QJ1A 2CZ5A 3S1XA 4NJGA 4HT3A 5D04C 4D2JA 1C8VA 4LV4A 5AHMA 2G5WA 2C0AA 1TTPA 4GUJA 3HGRA 2ZRVA 3MMTA 4CCEA 1S5WA 1XDMA 3U2OA 3MWAA 4RXGA 4DF1A 4JTUA 5F1VA 3NL5A 2QCLA 4EVZA 3SY5A 1AL8A 4RCXA 5AHFA 3TKFA 1FWNA 1JQXA 4C1KA 5EMUA 2QKFA 1VYPX 3HBLA 1TPWA 3MYOA 4WUIA 2AQWA 1FDYA 1TTIA 2ZZ1A 3EWUA 3NM1A 2H3BA 4UFLA 3A5FA 4MJMA 1LBFA 3EXTA 3GDRA 3TMLA 3NPUA 3TQKA 3W87A 4MJZA 4GFSA 5G1YA 2YSWA 4AHPA 1LBMA 4M6PA 3NDOA 5D33A 5EYWA 4AF0B 3P81A 2YW4A 1KFLA 4JR5A 3W1RA 3LV5A 4B5NA 1W3IA 4L4LA 3GK0A 3RF9A 1Y0EA 1TCDA 1ALDA 3LOTA 3V1PA 1ZALA 4JYFA 1VLIA 2C16A 4WD0A 4LY8A 5HR7A 1U5JA 3HO8A 1LZOA 5KITA 3QC3A 2JBMA 1FCUA 2WPBA 1GVRA 1W5OA 5AHLA 2OT0A 4JGDA 4LVBA 4W9TA 4QNEA 1LDCA 4A2SA 1MXSA 4XZ9A 1YTKA 2NXHA 3NEVA 2ZRUA 3MI2A 1VPXA 3LRLA 1O5XA 5D03A 5DCDA 3T44A 2NV1A 2RHGA 2VEKA 4O10A 4O57A 5DXYA 1X8FA 3BO9A 2GVJA 5D37A 2GJNA 1AL7A 1OFRA 2V2CA 1FUYA 1ZFJA 3MHUA 4AXKA 2HTMA 1Z44A 3T55A 3A22A 3GIYA 2X16A 3PY2A 3I6RA 3G1SA 2J88A 2QCDB 2X2GA 4HNVA 4JX5A 3TW6A 1SW3A 4CQ9A 4YCOA 2CU0A 3HOJA 5LHFA 4O13A 5FF4A 4GWEA 1DBTA 5J5RA 4ADUA 4NVTA 5LSMA 1FXPA 4JTEA 5FI8A 4FNQA 3IVTA 2NX9A 1H7XA 4WY0F 1Q6RA 4NT0A 2V9DA 3GDKA 1OFPA 1BWKA 4PODA 2XN1A 5FF7A 1XCFA 1OG0A 2AGKA 1T8XA 5D2YA 1Q6QA 3BW2A 1EP1A 2PRLA 3ANYA 1A5CA 4Q4KA 2HSAA 3W70A 3ELFA 5FF2A 4ZQNA 5KTLA 1EB3A 1XBZA 5I3FA 1V7YA 2B4GA 3W7HA 3ABOA 3PVFA 5KMYA 1H50A 3P5YA 3MYPA 4BI7A 4FX6M 2ZFAA 4NJJA 4HPXA 2J6XA 3W07A 1FCVA 1TPVA 3B4UA 3B03A 1XDLA 4NU7A 4QAIA 3MHFA 3OG3A 3TSDA 3UY7A 1I2NA 3WFAA 5E0KA 3HPSA 2A2IA 2A7NA 4NX5A 1GQNA 4ORMA 5LNSA 4Y90A 3L9CA 3PG9A 5DXXA 4Z1CA 4JTIA 1TJPA 3QH2A 3WK1A 2Z6IA 1LLWA 5F1UA 3W7DA 1ICPA 2C3ZA 3F4WA 3GXTA 2BXVA 3PAJA 4IMFA 5D38A 3TNOA 2QUTA 4K39A 2GQ9A 3E49A 1LOQA 1NEYA 4H6KA 1B4KA 3C0JA 4S1FA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HKI A;  3FA3 A;  3N6H A;  2Y8U A;  1ADO A;  2WLY A;  4W89 A;  1KCL A;  3U9I A;  3HFY A;  3SUS A;  1HG3 A;  2XIM A;  4W4Q A;  2PDJ A;  3PUL A;  1BSL A;  3AHX A;  3AZT A;  3CUZ A;  3EDE A;  3P7Y A;  2ACU A;  2WCS A;  4ERA A;  1IQ8 A;  4LPC A;  2VFE A;  1QI4 A;  1GQJ A;  1U5V A;  4CCZ A;  7TIM A;  4JEJ A;  1VFL A;  4HNN A;  2GPT A;  1GYM A;  4DJE C;  4ZR8 A;  2MAN A;  2QCG A;  3T07 A;  3FV9 A;  2BTM A;  3E0V A;  1RD6 A;  1FDZ A;  4UOQ A;  5G1T A;  2YCE A;  4NNC A;  2E5D A;  3KDN A;  1NF0 A;  2JEP A;  3PZG A;  3S1V A;  4GX8 A;  1QDS A;  4MLR A;  4MGG A;  1XRS A;  3VD3 A;  2CER A;  5M17 A;  7REQ A;  1R6W A;  4MJ4 A;  3SCS A;  3R0D A;  4O8R A;  1P0E A;  4JN6 A;  2HVM A;  1E56 A;  3L21 A;  1S1P A;  2HVO A;  3P60 A;  4L61 A;  1KA9 F;  1VFM A;  3L5A A;  1J2W A;  2R91 A;  3W26 A;  2ZZ4 A;  4L1X A;  1K02 A;  2A1Y A;  2BSL A;  3GTX A;  3H12 A;  4ECL A;  3W1L A;  3SRH A;  3RU8 X;  1BGG A;  2CLM A;  4O54 A;  2DSW A;  3C6C A;  4NUW A;  3W2N A;  1LTD A;  1EPX A;  3IIZ A;  4ROQ A;  3SJ3 A;  4FNP A;  1UQZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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