2DT2A

Crystal structure of the complex formed between goat signalling protein with pentasaccharide at 2.9a resolution
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPKLKTLLSVGGWNFGPERFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTALVKEMKAEFAREAQAGTERLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNSDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSFTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKEKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
publication title Carbohydrate-binding properties of goat secretory glycoprotein (SPG-40) and its functional implications: structures of the native glycoprotein and its four complexes with chitin-like oligosaccharides
pubmed doi rcsb
total genus 122
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-07-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 2dt2A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2dt2A01
4W85A 4HTYA 1CWYA 5BRQA 4K68A 2J7DA 2YOCA 4JFSA 5A8PA 3AZTA 3OB8A 3AIRA 5CG0A 4JCMA 2VVNA 3AMGA 3OGSA 2X0HA 1NH6A 1GNXA 2A3BA 2YJQA 1J10A 1JD7A 2CHOA 4RE3A 4GI8A 1XH1A 4GXPA 4Q7NA 3A4XA 2BY2A 4F79A 4UCFA 1JI1A 1R8LA 3CPUA 3QR3A 2OWWA 4ATLA 2V3FA 4HPGA 5A1AA 5FIPA 1GUVA 1QNOA 1K9DA 1E15A 1JAKA 1XH2A 4B16A 5E0CA 4PMRA 4DUXA 3K8LA 2X05A 5EFFA 1TE1A 1V3LA 1AVAA 4CD5A 3VIJA 1DP0A 4IISA 4CN4A 1JYXA 2VCBA 3MUY1 3U5UA 2W63A 2ZX8A 4PMUA 1AQMA 1J01A 3GNOA 1UWIA 3PTMA 5A2CA 5A6MA 1NWTA 4PN2A 4PBGA 1B3WA 1DWFM 4JKMA 2WC4A 3OLDA 3W28A 4B9YA 3CMJA 3WNNA 5C71A 5EFDA 1DWIM 5D9PA 3N04A 4WSKA 4D6JA 4UQEA 4UQBA 1OT2A 3M7SA 1M04A 9CGTA 1EO7A 3TP4A 3RM9A 2Z1KA 1KCLA 4J27A 4KGLA 2DIEA 1OCQA 5CJ5A 2QF8A 1UKPA 2UY4A 1H2JA 3GNPA 4FLSA 4H7VA 1HKMA 1SFSA 5A6JA 4W7VA 2WHMA 2Y4SA 3SCRA 1C7SA 5I77A 4UFMA 1GOOA 1Q6CA 4P8VA 3VGGA 2CETA 2PWEA 3BAYA 1VIWA 3D5HA 3VMNA 2WBKA 1AQ0A 3NSXA 3VIIA 4C7GA 4L4PA 2AOSA 1LG2A 3BAWA 6CGTA 2ZXBA 4E2OA 4DWSD 2CXGA 2YA1A 1UR4A 3NDYA 5BYWA 2WZIA 2XM2A 1GOWA 3WQ8A 1CYGA 1I1WA 3ARSA 1DWJM 2UY5A 4MADA 4LYPA 4U5KA 1VFUA 1J0IA 1MW0A 4PMOA 3WEOA 5CSYA 1LWHA 2XTKA 3VGHA 4A3HA 2CEQA 4D6IA 1Z32X 2J7BA 2TAAA 4TTUA 1O6IA 2YL6A 1GOIA 2CYGA 1W91A 2FHFA 4W5ZA 2GK1A 3GYCA 2NW0A 4P8WA 1HP5A 5HOSA 5JUVA 2WK2A 1ZBVA 1M01A 1W3HA 1QVBA 3VD5A 1KQYA 3PZTA 1BQCA 1WZAA 4BF7A 4YN5A 4BQ3A 2JEPA 4NZCA 3MSDA 3UCQA 1CPUA 3LPFA 5DFAA 1KXTA 4Z2HA 1UR1A 5ABHA 1HNYA 1QBAA 1JG9A 5A6SA 4AZ6A 3DHUA 1VENA 3WF1A 2VT0A 3I3EA 4MTVA 3W25A 4JZ5A 1JD9A 3CIVA 2XVLA 5A69A 2EBNA 1UA7A 4AIUA 1E6RA 4M81A 2X2YA 1JF5A 3AFBA 1BF2A 5D9NA 4FMVA 1V3HA 1BAGA 1J0KA 4RE4A 3AIVA 4AY1A 2D3LA 2OWCA 1JNEA 2G3IA 1YHTA 4UQCA 1XCXA 3T2OA 2YL8A 4ATDA 8CGTA 4GQRA 2WVVA 1FP8A 4JAWA 3UESA 1TCMA 4EE9A 1UR8A 2NT0A 1PZ3A 2DIJA 5HBFA 4GO8A 1ISVA 2JF7A 2VMFA 4WKFA 4MAZA 3THCA 3VNYA 3W0KA 5JIPA 1X6LA 1ZJAA 3A6OA 5CPTA 5BWFA 2VVSA 4PMDA 1JYWA 4X0NA 3G6MA 4J3SA 5GPRA 5D4YA 1B1YA 1J12A 3CGTA 1VJZA 3CHEA 1QI2A 1PJ9A 1KGXA 4A3YA 5AC4A 4W8LA 1J18A 1DHKA 4W87A 2QHAA 1CXHA 2OSYA 4ACZB 5A6BA 4AZ5A 2D1ZA 3RM8A 1GVIA 2W5FA 4HOZA 4OIFA 3AIBA 3W24A 3PZVA 4F66A 4B15A 3WMSA 4LQ1A 1CBGA 1XH0A 1HF6A 4WJXA 5AY7A 4OUEA 3AMLA 3WL1A 5HPOA 2DSVA 1SYTA 3NDZA 3ARXA 5BXRA 1DWGM 5HPCA 2YKKA 1IT0A 1LG1A 4GPNA 3RIKA 4R5EA 2ZX9A 1EDQA 2O9RA 3MMDA 1E1EA 2V3DA 1NM9A 4D6FA 1C90A 4BZYA 3N17A 3HMCA 3AHZA 4AD1A 1E6QM 3KL0A 3L4TA 1TVPA 3M6DA 3VKKA 3TTOA 3OIHA 3THDA 2XFYA 3MV11 1V6VA 4PCSA 4D6DA 2D20A 3CH9A 3ZJKA 3SCPA 4UFIA 4GQQA 1NOFA 4U2YA 1W32A 4MJ4A 1ISWA 2V38A 2WMKA 2Q8XA 2WKLA 4MAVA 2OYMA 2OSWA 1PPIA 2GK1B 4PSPA 5D8ZA 2ZX7A 1CGWA 2CESA 4M82A 3JUGA 3AXXA 4MNLA 1GVYA 5D9OA 1OIMA 5FOOA 1Q4NX 3L4YA 1OIFA 1UG6A 2WB5A 1PBGA 2UY3A 3B9DA 5I5RA 3T2PA 2VJXA 2WZEA 2GVYA 4M56A 1XV8A 4BQ5A 1QW9A 3CZJA 4H8HA 3BAJA 3UG5A 3ZMRA 2WWDA 3A4WA 2NSXA 3WBAA 3ARWA 1UHVA 3SCTA 7A3HA 2WSKA 4MNJA 2WZHA 4V2XA 4CCCA 5ABFA 1EOMA 4OKDA 1H4PA 1B3XA 4HU8A 2ZUSA 5A2BA 2WCGA 2J75A 3BSGA 4ZXOA 2WVVB 3CUGA 1MW3A 1G9HA 2E8YA 1NARA 5BROA 5EMYA 2YL5A 4AZBA 1BYDA 2WANA 1K6AA 1WP6A 1UD5A 4P8UA 4JHOA 1E72M 4DWSB 1QHOA 5CZKA 4CD8A 2XSAA 3MSGA 3MO4A 3WUGA 3GNRA 3PZQA 3BC9A 1EH9A 4JFTA 4PMVA 3WH8A 1CEOA 3EMQA 2VR4A 3RPMA 3AJ7A 4E8CA 3QGVA 1E0WA 3WUBA 2J4GA 3WF0A 4IPNB 5A6AA 4N0RA 2PWGA 2CKRA 1QI5A 2BHZA 4UFLA 3ZIZA 3K4DA 3U7VA 4ACYA 2XIBA 2GJRA 4MJ2A 4IUGA 1GHRA 1R87A 2C8NA 1V0KA 1XCWA 2BFGA 5LA0A 1FFQA 1TR1A 1B0IA 1VB9A 3AS1A 1CLXA 4HZ6A 3VMOA 2E9BA 4GINA 1E5NA 3AYSA 3CLWA 2J7FA 1HP4A 1GONA 2A3AA 3PHAA 1C8YA 2Y8VA 2WPGA 3CHFA 1C8QA 3I3BA 1E0VA 1DTUA 4M24A 1HKIA 3AHVA 4H04A 4FF5A 3ARQA 2XGBA 3W29A 1WE5A 1MW1A 3T09A 4W7UA 3VGDA 5I78A 1D7FA 3II1A 5I0DA 3T0DA 4QP0A 1U33A 4QDMA 1ITXA 1D3CA 1WZMA 2OSXA 2CBVA 4PRWA 3MMUA 1I1XA 3OLEA 1LL7A 1WO2A 5M3WA 4CD4A 4EANA 2ZIDA 3QHNA 3WMCA 1OGBA 1L8NA 2ZXQA 1HN1A 1UD2A 1UKSA 1QNPA 1GCYA 2GJXA 3NSMA 5I23A 4H2CA 3OG2A 1V02E 1V3MA 4GI9A 2E9LA 1KR1A 2YDRA 1LWJA 2RGMA 2XM1A 3OZOA 2WMIA 3OZPA 3QOMA 3AOFA 3KL3A 1BYAA 2ZWZA 4WIWA 2JF6A 3OLGA 1LL4A 2BHYA 3N18A 4XV0A 3VDBA 5IHRA 1UH4A 5FL1A 1CDGA 2WMHA 5A94A 3WDIA 3SCNA 2X8RA 4DM2A 4U3CA 4ATWA 2A3HA 1BG4A 2V5DA 3VILA 3WDQA 4DWSC 3SUTA 1W3KA 1AQHA 1JDAA 1EO5A 2VRJA 2GSJA 3SCWA 4ZXLA 1H1NA 3SCOA 3VD7A 1W3JA 3OGVA 4AZ7A 1KXHA 1TZ7A 3WKZA 2XVGA 1FP9A 4MB5A 3WFLA 5M03A 4L4OA 2DT0A 1DWAM 4OBRA 1CXKA 1OD8A 3I3DA 3TA9A 4J7RA 2GFTA 3POHA 3U57A 1HJQA 3PZOA 4D6EA 5A8QA 4B3KA 2Y24A 1KFWA 2WCSA 2WSPA 2G3JA 3RILA 2J78A 1JGIA 1UOKA 5ABFB 4B9ZA 2GDVA 2MANA 5JBDA 5D8WA 1US2A 2W92A 1PIFA 2J47A 5GNZA 1V6YA 3SURA 3GH5A 4AMCA 3O2LA 1E0XA 4HP5A 2PWFA 3WQ5A 4BCEA 1EDTA 2QPSA 3F5LA 4AZHA 3WSUA 1JIBA 1A3HA 4F9DA 1XRVA 3GXIA 1BGGA 1BSIA 2Z1SA 3QHOA 4BS0A 4HMEA 3AMCA 3POCA 1F4AA 1GJUA 4X9YA 4Z2IA 1IV8A 1H09A 2HVMA 3SCQA 1A47A 1JZ2A 4XZBA 2VUYA 4UZSA 3SCSA 1OBAA 2AAAA 2FDMA 2JIEA 4JHZA 4TVDA 5IFTA 1H41A 2JE8A 2VTFA 3FN9A 1JI2A 3O9NA 1G0CA 2WMJA 1OT1A 1GZJA 5I6SA 3FY1A 3WQ4A 3VGBA 1ODUA 3VDHA 1J0YA 1FHDA 4QFUA 2XVNA 4JFVA 3SUWA 4AZCA 1LF1A 1V0NA 1M53A 2WC7A 2WVTA 1FHLA 1OSEA 3PZNA 1E5JA 3DYOA 4AC1X 3CZ8A 1QNQA 1NOUA 1TA3A 3GDBA 1C7TA 3K1DA 3WNKA 3WD1A 5ABEA 1IZJA 2PF0A 2XGIA 3UETA 1BGAA 3SCVA 2BXZA 3AS0A 5A3HA 6A3HA 1JAEA 2BS9A 5DT5A 5E70A 4S3KA 1UYQA 1UZ1A 1KBBA 4P7RA 2VRKA 4BQ4A 2O9OA 3IJ8A 2FGZA 4LYRA 3N9KA 5GNXA 2DH2A 1Q6GA 3ARRA 5A6BD 2GJXB 2EPMX 1W9XA 2EXOA 4PMXA 1MQPA 2VX6A 3S2CA 4AZGA 4ML4A 2ZUWA 3WH9A 1BVZA 2UY2A 4U31A 3BGAA 2PC8A 1ESWA 3VTRA 1E56A 1G94A 1B90A 3FHQA 2XWEA 4NRSA 1F4HA 3T0BA 3KE0A 2X09A 4CN1A 1UWQA 2DSKA 3MS8A 5JH8A 2O92A 4NSBA 1KXQA 2E3ZA 3BMVA 3ZJ7A 2G41A 3VD3A 4Z2JA 4JKKA 3SIMA 1QOXA 1EXPA 2PBOA 3OLIA 1ISYA 1O7AA 2W62A 1UKQA 2ESCA 3NCOA 4S3JA 3EBVA 4Q22A 1MWOA 1BTCA 1E70M 5JBEA 3BLKA 2CITA 2YLAA 5CPSA 1E1FA 4M29A 4AXNA 2YDSA 1J11A 1JFHA 4QCFA 5E0FA 1E73M 1V6WA 3WDRA 1HKKA 3GXDA 5A8MA 4UOZA 2JIWA 3AIWA 4UQDA 3VUPA 1BPLB 1M03A 4QAWA 1TFVA 1JXKA 4J3WA 2DT2A 2E0PA 4HZ7A 1J0JA 5DEZA 1ZJBA 3WD4A 4J3VA 1V02A 1CXLA 3NSNA 3WFZA 4PTMA 3VDAA 4WF7A 3TTSA 4MB3A 4UFKA 1E55A 4CU8A 2OWXA 2DT1A 3RJYA 5M17A 5M5DA 1WB0A 5DO8A 2D23A 1ISZA 4IM4A 3IAPA 4TOQA 3UG3A 1GQLA 3A3HA 1QNRA 4CCEA 3RMEA 3KZSA 1XYFA 3U5YA 3LPPA 3O6AA 3W81A 1XD1A 4GI6A 3NIYA 3N15A 4MB1A 4MB4A 5E9AA 4UQ9A 5IFPA 4CKQA 1XYZA 2WCAA 4LPCA 1CGXA 4PMYA 5I2UA 2XUCA 1V6UA 2V3EA 4QLJA 1CECA 4HZ8A 2VC9A 3VO0A 2WVSA 4JFUA 3AZRA 3VNZA 1QNSA 3VD4A 3RDKA 3AIEA 1WNOA 1NQ6A 4Z2KA 4DUVA 1PX3A 2XVKA 3MV01 4W7WA 4AEEA 4AZCB 2CHNA 1ECEA 1B31A 5LA2A 1D2KA 1PIGA 2OYKA 1Q6FA 4J3UA 1PAMA 1HVQA 4NI3A 2WNWA 1VFMA 3RO8A 2Y2WA 3BXWA 2YA2A 3W6MA 2EPNA 1XSKA 3PTKA 5TD4A 3UR7A 4UR9A 2ZOXA 4W5UA 1QW8A 4OJYA 4P8XA 4AIEA 4GZIA 1H0IA 1W9UA 1FH8A 2NT1A 3ZO9A 4YHEA 1FH9A 3AYRA 1QI0A 3SCUA 2YBTA 2GUYA 4CU6A 1TUXA 2OYLA 1BYBA 1E4LA 2ZUNA 3N11A 1VF8A 1ZBWA 4PEEA 4A4AA 4FLQA 2DDXA 3TOPA 5BXTA 2F61A 3FAWA 2GJPA 1Y7VA 3ALGA 3K8KA 3SUSA 4UZUA 2BNJA 1N82A 3CZGA 4HA4A 1HXJA 1B3VA 2EJ1A 2EEXA 3KWXA 5CLWA 1J0HA 1UUQA 4PYSA 4LX4A 2ZUTA 4UQAA 1EGZA 2DQXA 3BAKA 1E4NA 3WD3A 4V28A 1ZBCA 2VCAA 4PMNA 3RJXA 4WSJA 3VVGA 1U2YA 3RM4A 1UKOA 2XPKA 2O9PA 4UFJA 3N1AA 1WDRA 3CUFA 1CTNA 5CQ1A 5I79A 4CD7A 1J0ZA 1E43A 2VX4A 1KR0A 4TTGA 4AW7A 4CVUA 4MNKA 2PB1A 1WDSA 5KEZA 2VZVA 1NWRA 1GOKA 1OB0A 3T0AA 4W88A 1P6WA 4Y7EA 4PUEA 4AD3A 3DYPA 2DGAA 2W66A 2VRQA 5FKYA 4KRTA 5GQBA 3VGEA 1KB3A 4M80A 3DHPA 3GH7A 1B9ZA 1UH3A 3WF4A 5A8NA 2WBGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3WDH A;  4U2Z A;  2DSZ A;  3MUI A;  1IZK A;  2VOT A;  4CN6 A;  4CVW A;  1W1V A;  3UEQ A;  1L0P A;  3AZS A;  3WD2 A;  5JBF A;  4YPJ A;  5A8O A;  4PSR A;  2G8Z A;  2VCC A;  3UER A;  2WHK A;  1W2P A;  3AMK A;  4D6C A;  5F7U A;  1ODZ A;  1GW1 A;  2EPL X;  1EOK A;  1W9P A;  5I24 A;  2WXD M;  2VX7 A;  4D1I A;  5FD0 A;  5LYR A;  2F8Q A;  2EPO A;  1CGU A;  4GZJ A;  3HJE A;  1V6X A;  4ZEN A;  3WH5 A;  1H5V A;  1H11 A;  3B8S A;  4AEF A;  2ZXD A;  4J3T A;  1UA3 A;  3W4R A;  2J77 A;  3U7B A;  4C7D A;  1ZS2 A;  3F5J A;  4AD0 A;  3OGR A;  2VQU A;  5I3D A;  4AYS A;  1VRX A;  5HNN A;  1W1P A;  4V27 A;  3MKK A;  1E4I A;  1RD6 A;  3WNO A;  2WW5 A;  1SMA A;  1WCG A;  1V3I A;  4AD5 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2CET A;  1XYB A;  3BK0 A;  3VMN A;  3RND A;  2Q3R A;  1AQ0 A;  1K77 A;  3NSX A;  2PDU A;  1KO0 A;  1C9H A;  2ZXB A;  4LNY A;  1NDY A;  2A85 A;  4QE1 A;  3PUD A;  3NO3 A;  1UR4 A;  5FJO A;  3G22 A;  4C02 B;  3IJQ A;  3WQ8 A;  1EUN A;  1AFS A;  5C7H A;  3NGF A;  2UY5 A;  4PB4 A;  2VDI A;  3S4T A;  1T0O A;  1EBH A;  5I3F A;  1TV8 A;  4X60 A;  4U5K A;  1C9D A;  1ML1 A;  1GVS A;  2BLE A;  1YDN A;  1QDS A;  3VGH A;  4MFD A;  3S1G A;  4BEU A;  4S23 A;  2YFN A;  3USB A;  4WZH A;  2V9D A;  2YL6 A;  5D30 A;  3W2M A;  1FBA A;  2XH4 A;  3W70 A;  3JZU A;  1A5S A;  5HOS A;  1ZBV A;  4RV3 A;  3ABZ A;  1RZM A;  4ODK A;  4KR0 B;  1WZA A;  4EF8 A;  3STG A;  3S2L A;  4NNA A;  3ZWS A;  1AH0 A;  4Z2H A;  1HNY A;  3O7U A;  1FWE C;  4IQJ A;  1JG9 A;  3U2C A;  1TVL A;  4I3G A;  1VEN A;  4O1D A;  3GNX A;  4GE8 A;  2UBP C;  1RBO B;  1XG4 A;  3B0Y A;  3NQD A;  5K4X A;  2P10 A;  5A69 A;  3C2E A;  2TPS A;  4GIR A;  3VKC A;  1E6R A;  3I6T A;  3GK0 A;  3UVA A;  5EU9 A;  1JF5 A;  4FOU A;  4C6D A;  4H4I A;  1U83 A;  4J4O A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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