4PMD | Genus

Total Genus 127

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	127
sequence length	329
structure length	329
Chain Sequence	TVSLTEKYKEFFKIGAAVTVKDFEGIHGRILTKHFNSLTPENDMKFERIHPKEDFYNFEATDKIKDFALKHNMQLRGHTLVWHNQTPEWVFRDNDKEAPKELVIERLREHIKTICTRYRDVVYSWDVVNAAVEDKTDVLLRDSKWRRIIGDDYIKIAFEIAKKYTGNGKLFYNDYNNEMPYKLEKTYKVLKSLLEEGTPIDGVGIQAHWNIWDKNLIDNLKRAIETYASLGLEIQITELDISVFEFEDRRTDLLEPTEEMVELQAKVYEDVFRVFREYRDVITSVTLWGISDRHTWKDNFPVIGRKDWPLLFDIDGKPKKAFFRIIDFL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
molecule keywords	Endo-1,4-beta-xylanase
publication title	Crystal structure of CbXyn10B from Caldicellulosiruptor bescii and its mutant(E139A) in complex with hydrolyzed xylotetraose rcsb
source organism	Caldicellulosiruptor bescii
total genus	127
structure length	329
sequence length	329
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	2014-05-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4pmdA00

2PWEA 1HKMA 1PEZA 1GJUA 1C92A 1R86A 1US3A 3ZSTA 5CZKA 1E43A 1NWTA 2WMJA 1WB0A 3OBAA 4TXEA 1WO2A 4B9YA 3TTQA 3BC9A 1KCLA 2J75A 1KR0A 1KGWA 3VKKA 4ZENA 1UH2A 1CNVA 2VCCA 3FAXA 2UWFA 5KEZA 4PTXA 1KGXA 2VNCA 2VC9A 2XGBA 1DWIM 3CGTA 1WNOA 1EXPA 4J7RA 1CENA 3CLWA 3VD4A 1D7FA 1WZAA 3WMCA 1WCGA 2PBGA 2NSXA 5JIPA 2Q8XA 2XHYA 3A3HA 3U5YA 2EEXA 3CZGA 3W6MA 3MUZ1 3ARUA 4IM4A 1Q4NX 4KRTA 4JAWA 2V5DA 3OGRA 3OGVA 1D2KA 4YHGA 1QI2A 4ACZA 1W3KA 3FHQA 3WELA 3WNNA 2CBUA 3VMNA 2CKRA 2CNCA 1WP6A 5M3WA 3EMQA 2BXZA 4JFSA 3RDKA 1HJWA 1OT2A 1OD0A 3FXYA 4HA1A 3ARQA 4CD7A 2OYMA 4D6IA 4EKJA 4F66A 1BQCA 3UCQA 3RM4A 4CU6A 3K8KA 4JIEA 1GOOA 3UETA 4P8VA 3ZJKA 3AFBA 4UQCA 2YLLA 2BHZA 4IPNB 3PZOA 5C70A 4PCSA 5DFAA 4UQEA 3N9KA 2FGLA 1VBRA 1W9XA 2JIWA 3AHVA 1VFFA 3CZEA 1JYWA 3L2MA 5A1AA 2YDQA 2EO7A 2W4XA 3SCQA 1UR1A 3WUBA 2BNJA 1W3HA 2GSJA 1QHPA 4MB4A 3ARRA 3CUJA 3VM5A 4AZIA 2VZTA 2WLZA 6A3HA 4WKAA 2VRKA 5BXRA 1KFWA 2OLHA 5D9PA 2G8ZA 1HVXA 1C3FA 2J62A 1UWTA 2DIEA 3W6LA 2WZHA 3ZM8A 2V3DA 3F5LA 3ZQ9A 1VENA 1X6LA 3CH9A 1YHTA 2YIHA 1HL9A 2WMKA 2D0FA 3K8LA 3F5KA 4J3XA 1V3HA 2QPUA 2JFEX 3GNRA 5CLWA 4KH2A 5E70A 4AW7A 3SUTA 5FIPA 1KXVA 1HJSA 3ECQA 2VURA 2VCBA 1E5NA 4MJ4A 2E9LA 2X0YA 3T0AA 5DEZA 3L2LA 4X0VA 1K6AA 4EE9A 2YDSA 2W61A 3T2PA 1H11A 1E0XA 4BF7A 1AQ0A 2WC3A 4ACZB 4GQRA 1XD0A 2WNWA 1C91A 1JDCA 3WD0A 2ZUUA 1VFOA 1J0YA 2YA2A 3BAXA 1V6YA 1Q6FA 4GIAA 3PBGA 1PZ2A 3KL5A 2XVLA 2AOSA 5HXMA 5C71A 4UTFA 2DT0A 3BAKA 1FHDA 3PN8A 2A3AA 2BVDA 4H8HA 2VT0A 1DHKA 3PZVA 4DWSD 4H04A 3AJ7A 5CG0A 2VX6A 1QHOA 5EBAA 3SCRA 4MDOA 1CGVA 2ESCA 2Y4SA 3SCUA 1NWUA 3ARZA 2GFTA 4HP5A 1JI2A 3GBEA 2V3GA 1V6WA 2YL9A 5D8WA 5CGMA 1W1VA 3GNOA 2FH8A 3DYOA 1VBUA 5A69A 1SFSA 5BYWA 1IT0A 3BMVA 2Z1SA 4MAZA 4P7OA 4RE4A 4CU8A 3ZR5A 3CZKA 3VIGA 2ZUTA 5E09A 1Q6DA 3WNKA 1FH7A 3A4XA 3GXFA 1E1EA 1CDGA 1VFUA 4CVWA 2OYLA 1UKQA 5HDRA 4MB3A 3ARSA 1DP0A 4PEEA 2YA0A 1QI5A 5CSUA 4WIWA 1G0CA 3ZMRA 2DEPA 2XJ7A 4HTYA 1OIFA 2WCGA 3IJ9A 3GH4A 3SUWA 4C7DA 5A6AA 4JL1A 1W9DM 3HN3A 7TAAA 1WZKA 4BA0A 2VX5A 4H2CA 1HP5A 1JIBA 3TOPA 3WUFA 4QAWA 1U2YA 5DT5A 2C8NA 2XGIA 2ZXQA 1DWGM 4HZ6A 1E4NA 3CUIA 3NSNA 3QR3A 4H8UA 4QCEA 3MUY1 5FKYA 1MW1A 2DH2A 3VU2A 4AD3A 2XUCA 3B9AA 3MV11 1HT6A 1CTNA 1IV8A 2D24A 2OSWA 2O9TA 3WEOA 2J47A 3WH9A 1C7TA 1QNPA 4IISA 2D2OA 4QFUA 1PBGA 1UG6A 3HMCA 3RPMA 3VMPA 3N04A 1ZBCA 2BY1A 3O6AA 4JCLA 4CVUA 2G41A 1B3YA 5BWFA 1AVAA 1CGYA 1PAMA 5I78A 3E1F1 1MXDA 2W91A 3ZSSA 3NSMA 1JD7A 4CUCA 4YHEA 1JZ3A 2WBKA 3VIMA 1M01A 5CJ5A 5DMYA 3AMCA 3SEPA 1LG2A 5ABHA 1E71M 3RO8A 1W3JA 1JYVA 5A6SA 4B3KA 1UR9A 4LX4A 1NM9A 1XHGA 4AZCB 4W8LA 2JE8A 3WDHA 1KWGA 3UR8A 3IAPA 5GNYA 1VRXA 1IZJA 2GK1B 2ZXDA 1KXHA 2CHOA 2DPEA 1JDAA 2MANA 2O92A 3ARTA 1V3IA 1HKJA 3U5UA 4HOZA 1ZBVA 5FOOA 4PTVA 3TTOA 4C7FA 3F5JA 3O9NA 2GDUA 1XV8A 3T2OA 5A6BD 5A6JA 1GHRA 4DUXA 1F4AA 2XIIA 5D8ZA 2EPMX 1EA9C 1JG9A 1GOIA 1V6VA 4MJ2A 2CCRA 3VIPA 3WH5A 3VDCA 1E15A 3VIKA 1FH9A 1TMQA 1DWFM 5M5DA 3FN9A 4URIA 2F61A 3WBAA 1CYGA 5HPOA 1UR4A 1LQ0A 4LYQA 3WMSA 1UA3A 4JFUA 2UY2A 1UD4A 1W9UA 2BHYA 3IANA 5IFPA 4JHOA 1NWSA 3DYPA 4RE3A 1QVBA 4CD8A 1Y7VA 9CGTA 3N11A 1BF2A 2QHAA 2YA1A 1MFVA 2E4TA 4DUWA 1A3HA 4ZXLA 3MS8A 1GORA 3WN6A 1OCQA 3VGEA 1BYBA 3BCFA 2ZX5A 3CMGA 1CXIA 3AS3A 2GVYA 4D6GA 1I75A 1JNDA 1SYTA 3CUHA 2XVKA 5JBEA 3APGA 4W88A 4AD4A 1FHLA 5E6ZA 3GM8A 3G6LA 5C8BB 3VO0A 1BFNA 5M17A 3T08A 4AZ7A 1RD6A 3OLGA 3IK2A 1XSKA 1XYZA 2WYSA 1JZ7A 1JYNA 1V03A 5BRPA 3T2QA 4QLLA 1J0HA 3CHFA 1QNOA 3T09A 4AD2A 1GCYA 1U33A 3SCWA 2DSWA 4W89A 5HOSA 3RILA 1HJXA 4M1RA 4M56A 3ZJ6A 3EDEA 5AC5A 2WB5A 5I3DA 2CHNA 5CXPA 3ZT5A 1K9EA 1MQRA 2DSKA 2GJRA 3AS2A 4TVDA 3MMUA 1V02E 4R27A 5JUVA 3L4YA 4F8XA 2XYLA 2NT0A 4PSPA 5BXSA 1KBBA 1GNXA 2WMIB 1LG1A 1KQZA 5GNXA 3AXXA 4R5EA 3SCVA 2DGAA 3KL0A 4CKQA 1X1NA 3RM8A 4HA3A 3PZ9A 3K4DA 4HU0A 7A3HA 4NRSA 4QLJA 2W66A 3RJXA 1JAEA 1B3XA 1J0JA 2VOTA 3TP4A 5D4YA 1GOQA 4CCEA 4AMCA 2UY4A 3VX0A 3PTKA 4EK7A 4W8AA 3SCTA 5LA2A 2D0GA 2JEQA 1W32A 4HZ8A 1UYQA 4P7QA 3SUUA 3VPLA 1H41A 1BVZA 4RL3A 2PWDA 2D23A 2YKKA 1V08A 4D6DA 2WC4A 1UD2A 2WCAA 2YL6A 1OINA 1VJZA 4TX6A 5M03A 2JEPA 4J27A 1J12A 3POHA 3M46A 1U30A 4M80A 1CGWA 4W87A 2DSVA 2WVUA 3VIJA 2WKGA 2V5CA 2JALA 2WLYA 3WD4A 3KE0A 4OUEA 5A2BA 2PI6A 4Z2GA 1UKPA 3BAIA 4NSBA 3BSGA 2WWDA 3BSHA 3HJEA 4W8BA 2JF6A 1B0IA 1ISZA 4PYSA 4N0RA 2DIJA 4N42A 3N15A 4AIOA 1WPCA 1UWUA 5AY7A 4AYSA 2ZX6A 4MNJA 1V3MA 3ZJ7A 3GH5A 1A47A 2VCAA 1XSJA 3WUGA 4K68A 4S3KA 1R85A 4GZJA 4EAMA 3U57A 3GH7A 2EQDA 2B31A 3SURA 3M6DA 1FFRA 3OLDA 1R7AA 4HA4A 3EDKA 1MW0A 1H09A 5I79A 4JKKA 4ATLA 3D5HA 3BLPX 4UNIA 1OM0A 1TFVA 1J0KA 3GBDA 5HBFA 4PMDA 1PJ9A 3JUGA 4PTMA 1UWIA 2PBOA 2XFRA 1KXTA 2WMHA 2X0HA 2XPKA 1BGGA 2CESA 3WDPP 4ZFMA 3WENA 1WAWA 3HU7A 2EXOA 2C0HA 1LL6A 2VR4A 4PMNA 3OIHA 1LL7A 1OB0A 2G3MA 4IUGA 2WMFA 1HKIA 3NCOA 1B1YA 4U3CA 3K8MA 2FDMA 5CPSA 2CKSA 3L4UA 1VFMA 4AEFA 1TCMA 2QV4A 4U5KA 4PBGA 4Y7EA 1TVPA 3AIQA 3WIJA 5GNZA 1JGIA 1NH6A 2FH6A 4CN4A 1CECA 2VRQA 2VR5A 2OSYA 3FW6A 2ZUMA 1RP9A 3II1A 4HMDA 5CGTA 5A2AA 4XV0A 4PSRA 1PX8A 4YN5A 1CLXA 2YDRA 2O9OA 1X6NA 1E4LA 1TZ7A 1B3ZA 4AIEA 1JF5A 1ODUA 2CERA 1WDSA 1MQQA 3LPFA 3GNPA 1UD5A 1EO5A 5FL0A 4LYRA 5AYIA 3LPGA 4A4AA 4PMYA 4CD4A 3J7HA 2FHBA 2VUYA 1HJVA 2XG9A 1Z32X 1MW2A 3T0BA 3DHUA 3W4RA 1EDQA 1E0VA 4M81A 5A94A 2EBNA 1EDTA 4GXPA 5DO8A 1VAHA 3SCNA 1CLVA 1VF8A 2RGMA 2W62A 5EFFA 1KBKA 1M7XA 3BMWA 4B9ZA 1NOFA 1CBGA 1EDGA 5IXEA 1WDRA 5A6MA 1GONA 3OB8A 4W84A 1V0MA 2DQXA 5A8MA 2E3ZA 1XC6A 2CBJA 1XH1A 2FGZA 2XVGA 1W2PA 1V0LA 8A3HA 2QPSA 3FHAA 3FY1A 5I23A 4J3TA 3PHAA 3BAWA 1EHAA 3AICA 1M53A 3AZTA 2RGLA 4W7UA 2J25A 1MQPA 1BYAA 2WC7A 2O9RA 1CIUA 3VD7A 3WY1A 2XM2A 4W5UA 3PZMA 2PWGA 5A95A 1GQJA 1OGGA 4OKDA 1BYCA 1L0PA 1LL4A 3EMZA 1UWSA 1TR1A 1QBAA 2GUYA 4ACYA 4D72A 2WHKA 1HP4A 2ZIDA 1GOKA 5A8OA 1TVNA 5CSYA 4UR9A 3BH4A 3W82A 4ATWA 1UD6A 1JFXA 1C90A 5IHSA 1EOMA 2E9MA 4AZHA 2DSUA 3GXIA 5JBDA 1DWAM 5E0FA 3OG2A 1E9LA 4UCFA 4AZ5A 3W81A 3ZJ8A 1UR2A 4AZCA 1LWHA 1CZ1A 1GUVA 4IPLA 1G9HA 1ZL1A 2VJXA 2GK1A 4MTVA 5A8NA 4TOQA 2EPLX 2G3NA 3NUKA 2VI0A 3MO4A 4UFKA 3A47A 1ZJBA 1E0WA 4D6EA 3OLIA 1YQ2A 3ALGA 5TD4A 1JAKA 1J0IA 2J74A 3VDHA 3S6TA 1UH4A 4FMVA 5IDIA 4MPKA 1H4PA 2J7HA 4WK9A 2PWHA 4A3HA 3VDAA 4OZOA 3VGHA 2WMGA 4H8VA 1KGUA 1B3VA 1UKSA 3CPUA 4Z2KA 4Z2LA 3M07A 4P7LA 2QLYA 5A8PA 4OIFA 3B8SA 2WVTA 1NP2A 3QOKA 4D1JA 1CXHA 3TA9A 5FCZA 1SMAA 3CMJA 2G3IA 4D71A 2QF8A 3WNPA 1HX0A 2WHLA 1WKYA 1RP8A 2X8RA 4F9JA 4HMCA 3THCA 3IJ8A 1V3JA 2BY3A 2X1IA 1BTCA 1UZ4A 4UFIA 5ABEA 1US2A 4PMQA 2CEQA 2JF7A 2WM0A 1SMDA 3AZRA 2J4GA 2WAGA 1KR1A 4NRRA 1CGUA 4XZWA 4CCDA 3VNZA 4J3VA 4A3YA 1FFQA 3PZQA 1CXEA 4W7WA 3WNLA 1NOUA 5BXPA 4CGTA 5AYBA 3D3AA 3AS0A 1Q6EA 3CHEA 1I1XA 4GKLA 1EOKA 3PZGA 3NDYA 5FL1A 2E40A 1C8YA 1FA2A 4UFLA 1HNYA 1JXJA 3VIOA 3O2LA 1W2VA 3AMGA 2G4FA 3BGAA 3MV01 3N18A 3MUAA 4WSJA 1J01A 4W5ZA 2J78A 1GOWA 3W26A 4WSKA 1KB3A 1QW8A 2GJXA 2WHMA 3WNMA 2OWXA 3WQ6A 4PMVA 2WMIA 3CZ8A 3IJ7A 1KXQA 5A8QA 1E6XM 2XFFA 1UD3A 4AXNA 3VD5A 3NSXA 1ISXA 4E2OA 1C8XA 1VB9A 3L4XA 4J3SA 1BHGA 1V6XA 1VIWA 3QGVA 2YL5A 2NW0A 1JZ2A 1J11A 2E8ZA 4CU7A 8CGTA 3N13A 1CXLA 3FAWA 4PRWA 4LGXA 4Z2IA 3WD2A 1LJYA 3WF0A 2DT3A 4HOXA 3ARPA 3AMKA 4B15A 2YJQA 1W9BM 3AYRA 5D9OA 2F2HA 3W28A 1PIFA 5LYRA 3W29A 1E72M 3CZJA 4L4PA 1UR0A 2XTKA 3I3EA 2YL8A 2J7DA 3WF1A 4GQQA 3SCSA 1R7OA 1KCKA 4M29A 1VEMA 1HJQA 1TE1A 1WDQA 4QCFA 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1JZ5A 1M03A 4UQBA 5A2CA 4EANA 3OZPA 1UWQA 1E70M 1HXJA 2BS9A 1Q6GA 1MW3A 4PUDA 4U5IA 4J28A 3VX1A 1BLIA 2J7FA 3K46A 3F4VA 1QNSA 5F7UA 4LPCA 2X2YA 1B3WA 3MANA 3UG5A 4RE2A 1UWRA 1E56A 4CN6A 1E6RA 3B9DA 3W0KA 4V2XA 2DT1A 4FLSA 1EHNA 7CGTA 2OWCA 4PUEA 1CEOA 1B31A 3WF4A 2VO5A 3AI0A 5I6SA 5CPQA 1DWJM 2Y5EA 3W53A 2A3CA 2J79A 4AZBA 2WVVB 5ABFB 4U3AA 4GO8A 1XCWA 4KRUA 4GINA 1JDDA 3RJYA 2J7CA 4GI9A 1MFUA 1K9TA 2BV9A 2ZX8A 3AXIA 2YLAA 2EPKX 3GYCA 3SCOA 3W38A 3MSDA 5BXTA 1J9YA 1UR8A 2V3EA 4Z2JA 2WCSA 2Y8VA 1W3LA 4UZSA 2AAAA 3PZUA 3AYSA 5I2UA 3KEHA 3N1AA 1QNRA 4F79A 1ECEA 3DHPA 3VD3A 1B9ZA 2GJPA 1PIGA 4DM2A 1H5VA 2CYGA 2WW5A 1RH9A 3K4AA 1I1WA 1LWJA 3VGGA 2BHUA 2J7GA 3L4VA 4UFHA 3WDRA 1BPLB 1Q6CA 2YOCA 2PC8A 3VUPA 3WFZA 3AIVA 4D6JA 4HU8A 4UFJA 2J8FA 3PZNA 1PZ3A 2AMGA 3GXDA 1SR0A 3UEQA 1MYRA 1K9FA 4LXFA 1CGXA 4H7VA 3WH7A 3DC0A 1OGSA 2Z1KA 3VIFA 3AIWA 3CO4A 2WBGA 1UOKA 1VJSA 1NWRA 3MMDA 1OSEA 4FLOA 5LA1A 3TTYA 3UG3A 1LLOA 1EQPA 5I0DA 4BQ2A 1QPKA 3M7SA 4F9DA 3WQ5A 1IZKA 3DYMA 4TTGA 3I3BA 5BROA 3POCA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2YBU A;  2WAN A;  4V27 A;  4Q22 A;  1H0I A;  2DSZ A;  2VZS A;  4Q7N A;  3WD3 A;  3WQ8 A;  1BVN P;  1GQL A;  3L4T A;  1V3K A;  3AOF A;  1XYF A;  3AIE A;  1WZM A;  1W1T A;  1H49 A;  2WVV A;  3WKZ A;  1GQI A;  2W67 A;  2DH3 A;  1ISW A;  1ZS2 A;  4BZY A;  4QDM A;  1JXK A;  3QHO A;  4UOZ A;  3L4Z A;  3ARX A;  4M8U A;  2BVT A;  1C8Q A;  3WFL A;  1ISY A;  3NDZ A;  1WE5 A;  3TON A;  3BLK A;  1EIB A;  4U2Y A;  3RCN A;  3KL3 A;  1R8L A;  2ZWZ A;  2Y8K A;  3CZL A;  3WDJ A;  4PCT A;  2XWD A;  5CPT A;  1DWH M;  4HPG A;  2CXG A;  5I77 A;  3B9E A;  4P8X A;  3W27 A;  1C7S A;  1UA7 A;  2E9B A;  1GW1 A;  1GVY A;  2OYK A;  4U31 A;  1E4I A;  4YPJ A;  5KZ6 A;  1BSI A;  3K1D A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4PMDA

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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