1NWTA

Crystal structure of human cartilage gp39 (hc-gp39) in complex with chitopentaose
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
362
structure length
362
Chain Sequence
YKLVCYYTSWSQYREGDGSCFPDALDRFLCTHIIYSFANISNDHIDTWEWNDVTLYGMLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNFGSQRFSKIASNTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKQHFTTLIKEMKAEFIKEAQPGKKQLLLSAALSAGKVTIDSSYDIAKISQHLDFISIMTYDFHGAWRGTTGHHSPLFRGQEDASPDRFSNTDYAVGYMLRLGAPASKLVMGIPTFGRSFTLASSETGVGAPISGPGIPGRFTKEAGTLAYYEICDFLRGATVHRILGQQVPYATKGNQWVGYDDQESVKSKVQYLKDRQLAGAMVWALDLDDFQGSFCGQDLRFPLTNAIKDALAAT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein
molecule keywords Chitinase-3 like protein 1
publication title Crystal structure and carbohydrate-binding properties of the human cartilage glycoprotein-39
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 126
structure length 362
sequence length 362
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-02-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1nwtA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1nwtA01
1MXGA 3WH7A 5BRPA 7TAAA 2YL8A 1F4HA 3ZM8A 1BGGA 1CXHA 2WHKA 2VZVA 1W1TA 2F2HA 4EE9A 3L4XA 2YA0A 1TE1A 3W53A 1GQLA 4EK7A 1WZKA 1NP0A 3T0DA 4BQ2A 3A4XA 1B1YA 2VCBA 4Z2JA 3PTQA 4U5IA 2VX5A 2WZIA 3ECQA 4JHZA 5I3DA 5AYIA 1Q6GA 4H2CA 3WQ8A 1XD1A 2WC3A 3N11A 4FF5A 3L4VA 1EHAA 1XGZA 3AXIA 4ZENA 5M3WA 4WF7A 1I1WA 1JZ5A 2WHJA 3ZT6A 1B3XA 1N82A 1CIUA 3ZJ6A 4FLRA 3SCTA 1WDPA 1NOUA 3VPLA 2VX4A 2ZXAA 1TVNA 3AFBA 3WFLA 4J28A 2X05A 2NW0A 2ZWZA 1B3ZA 1U33A 4HU0A 1MQQA 1M01A 4LYPA 5BXSA 1LL4A 3OGVA 3WNMA 2FHCA 4MNJA 4QDMA 4F8XA 4CUCA 2BNJA 2W62A 1AQMA 1V0LA 2V3GA 5C71A 2D0FA 3VDHA 1XRVA 3FN9A 2ZUTA 1HP5A 3WQ4A 4JCMA 5LA2A 5GPRA 2ZX9A 3UR8A 2DT1A 4LGXA 2VO5A 5FKYA 3VIFA 2XHYA 1UD6A 2YDSA 1JI1A 4PMNA 4HA1A 4PMRA 3MANA 4AD1A 1W3KA 2RGMA 1H4PA 4PTXA 5JBDA 2E9MA 4MNKA 1R7OA 1V3MA 1K9EA 4GI6A 1CGVA 3WBAA 1OGGA 5EMYA 3WNPA 1EH9A 3FNDA 4V2XA 5CXPA 5EFDA 2OYKA 3ARYA 4AD4A 1S46A 3GH4A 1B3WA 1HJSA 3W6LA 2VQUA 3OB8A 3WNLA 1NM9A 2WZHA 5A2BA 1PIGA 2W67A 1OM0A 4PUEA 2A3CA 2V3FA 4TVCA 1E6ZA 3AS3A 3AIEA 1LG1A 3GDBA 1UD4A 3GYCA 4M8UA 1E0XA 3ZJKA 5BCAA 3WNNA 3WL1A 4JAWA 5HPOA 1JNEA 4UTFA 2JIEA 2XUCA 2CYGA 2A3AA 4DWSB 1TZ7A 1XHGA 2OWXA 3AMLA 4DWSD 3BAWA 3FXYA 4KGJA 1JYVA 5IFPA 2YA2A 3CZLA 1JDAA 1JDDA 1B9ZA 4LYQA 3AMGA 1WO2A 1E4MM 4CD6A 2ZUUA 2BVDA 1C3FA 2BY0A 2D24A 3W37A 5A6AA 1C91A 1DTUA 3SUWA 1V3LA 1JDCA 2CNCA 3IJ8A 3NCOA 3L4WA 2DQXA 1C92A 1ISVA 3WL0A 1R8LA 4D6FA 1KR0A 1SMAA 1H49A 2DT2A 1GJUA 2D2OA 4W5UA 1HNYA 3GXDA 4E8DA 1KBKA 3NSXA 2CCRA 3B9AA 5CLTA 1ISYA 4MB3A 1X6NA 5CLWA 2CESA 4D6CA 1JZ4A 5AYBA 4R27A 3WQWA 1GOMA 4RE2A 2C8NA 1WAWA 3F5KA 5D9OA 5I78A 3SUVA 2G3IA 1KFWA 3RM4A 3WBEA 3GXMA 4W85A 5A8MA 1IV8A 3I3DA 2OLHA 4XB3A 2YOCA 3WQ6A 1R85A 1O7AA 4NI3A 2WMFA 3AOFA 2WPGA 2O92A 4YPJA 4J7RA 3AHTA 4Z2HA 4UOJA 3UR7A 3SCWA 1MW0A 1CGTA 2JF7A 1CLXA 2O9OA 2XVGA 1NP2A 1KXQA 1QNQA 1EOKA 4TX8A 3ARVA 3GNPA 2E8ZA 1LLOA 3G6MA 3K8MA 2WHLA 2VURA 3KL5A 1W1PA 1CLVA 3K46A 4TVDA 5HXMA 4J27A 4FLOA 3WSUA 2QMKA 2DSKA 3AZRA 4DWSA 1F4AA 1JXKA 4M81A 1WZMA 5JBFA 1RP9A 3MU7A 4FK9A 3WDRA 3DHUA 2WVVB 3AJ7A 3HU7A 2C7FA 4UOZA 4AXNA 3UG5A 1JFXA 2XM2A 5HOSA 3WUFA 5FOOA 1MVYA 1JL8A 3A3HA 3DECA 1I75A 3ZSSA 1ODZA 3UESA 4P7RA 2ZE0A 3KL3A 4UQAA 2VMFA 1W1VA 3VD3A 3E1F1 3FW6A 4GPNA 4CKQA 4D72A 5LA1A 1BFNA 1DWGM 4RE3A 2D0GA 1QHOA 1E70M 3AXXA 3VGDA 2ZX7A 2YL9A 5IFTA 4OBRA 4OBSA 4LXFA 1XC6A 1TR1A 3CLWA 4QFUA 5IDIA 5BYWA 1C7SA 2GJXB 2VR4A 3SCQA 2WMJA 4TX6A 4BF7A 4UCFA 1HVXA 1HN1A 3EDEA 1VFUA 1ZBKA 5JIWA 3RO8A 2XFRA 1ISWA 2QLYA 3AIWA 1D3CA 1GVIA 2ZWYA 1J0KA 2YIHA 1CTNA 1TA3B 2EO7A 1KXTA 1GUVA 3VO0A 1UKTA 1J18A 1JXJA 4QAWA 4S3KA 2HVMA 2W5FA 2JALA 1NH6A 4X9YA 4WIWA 1B0IA 1XSJA 4L4PA 2CHNA 5KZ6A 3VGEA 1G0CA 2VL4A 1GVYA 3NDZA 1SFSA 4UR9A 4AMCA 2PBOA 3W28A 3WQ5A 5CPSA 1U30A 2J7BA 3CHDA 1XH1A 3A6OA 3GXIA 4J3SA 1V02E 4PMZA 3N9KA 1JGIA 1A47A 4ZEPA 2FHBA 3VINA 1C7TA 3CHCA 1JZ3A 2YDQA 4AIOA 3QHOA 1JYXA 1E6NA 1IZJA 3QGVA 1HKJA 2WMGA 4Y7EA 3U57A 1EXPA 2CKRA 2WVVA 4PMVA 1UHVA 1OT2A 4FLSA 2EQDA 4KRUA 2ZUNA 1XYZA 2VR5A 3RJXA 3TOPA 1BSIA 1GOWA 1V6WA 3SUUA 1CECA 4H41A 2XVLA 3ARQA 1V6VA 2ZUWA 1EQPA 2VVNA 4Z2IA 3SCPA 1JZ8A 2XSBA 1PX3A 4A3HA 1E40A 3CTTA 2CETA 4H8VA 1OSEA 3TONA 3CHFA 2JEQA 4MAZA 1Q4NX 1Q6FA 3VILA 4MTVA 2PWDA 1UD2A 5DF0A 1NWUA 1LWHA 2GJXA 2WNWA 4JZ5A 5E9AA 3BMWA 3NJ3A 2D1ZA 3CIVA 3WD0A 1PPIA 3ALFA 3BAXA 5E0FA 2BVTA 5JUVA 3F5LA 4AWEA 1FH7A 1M03A 2IUZA 1MQPA 3D5HA 3W26A 1X1NA 2VOTA 1VBRA 4PSPA 3VIKA 5I77A 1DEDA 1TA3A 1CYGA 5BWFA 3M46A 5I79A 2Y2WA 3T0BA 3IAPA 4B3LA 3VX1A 4DM1A 1OD0A 1HP4A 3II1A 4AZHA 5M03A 1C90A 1VJSA 5JBEA 3OA5A 1FP9A 4URIA 2QPUA 3OLGA 4NZCA 1FFRA 1GORA 1CGXA 1GNXA 3VD5A 3MUIA 1VB9A 4CU7A 2CXGA 1GHRA 5A2CA 3VGHA 2EJ1A 2UWFA 3MUAA 1E1EA 3K8KA 1OWQA 1WP6A 4MNLA 1QHZA 1JZ6A 1VFOA 1WPCA 5I24A 2J25A 2G41A 3W29A 3MV11 1LG2A 2D0HA 2E9LA 3WDHA 1OIFA 4PMQA 4Q7NA 1C8QA 3J7HA 3ZQ9A 5A8NA 4IPLA 4F79A 3VIHA 3VIPA 4PTMA 2VT0A 3BAKA 3ZT5A 3T2QA 1QBAA 1C93A 1W9DM 2PWEA 1CBGA 3K8LA 2PWHA 3KEHA 3QHNA 4WKFA 4CD4A 1G9HA 3KWXA 5E0CA 5CQ1A 3N13A 5A8OA 3VVGA 1E6RA 3I3EA 4IISA 2G3NA 5A8QA 2FGZA 4JFVA 1B90A 3GH5A 2Y5EA 1O6IA 1UR8A 4D6DA 1YHTA 3VIMA 7CGTA 3AIUA 1OGBA 2WANA 2CBIA 4GQQA 1CPUA 1XSKA 3OGSA 2V3EA 4P7LA 2X8RA 4NSBA 3GZAA 1H0GA 4N42A 3WEZA 4AD0A 4LYRA 4P8VA 3CH9A 4Q22A 3W4RA 2XM1A 3SURA 3BAYA 2O9PA 2DSUA 1QOXA 4XZBA 3ZO9A 8A3HA 1G94A 4AC1X 4HOXA 3WEOA 5ABHA 3SUTA 1MW3A 4W7UA 1PX4A 4W87A 1E73M 2YDRA 5GNZA 2XPKA 2BVYA 3L4UA 3RM9A 4LX4A 3O2LA 3ARXA 3MS8A 2VRJA 3EBVA 1UWIA 1V0MA 3HN3A 2E0PA 3L4ZA 4ACYA 5A6BD 3SCVA 3AIQA 4KRTA 4QP0A 3WD3A 3U5UA 1D7FA 3ZJ8A 1DWHM 3W27A 5FL1A 5BXRA 1CEOA 1D2KA 1UZ1A 3BCFA 4W93A 1DWAM 2YBUA 3UG3A 3BAIA 4MDOA 4LPCA 4X0VA 3VDBA 3VIJA 3VNYA 2YJQA 4KWUA 1KXHA 3VIIA 4WSKA 1JD7A 4AD3A 2BXZA 3UEQA 1UQZA 4MNMA 1KGXA 2EEXA 3ALGA 4MDPA 1KWKA 1H1NA 3CMJA 5A6MA 1EO7A 2O9RA 4GZEA 1ZBVA 1UWQA 5AC4A 1DHKA 1NWRA 4TXEA 3ARSA 1J0JA 3L4TA 3OIHA 2XFFA 2EBNA 4PMXA 5CPTA 1EO5A 3T2OA 3GBEA 2DT3A 4PCSA 4UQBA 1HVQA 1UA3A 1ZBWA 4WJXA 3N1AA 1BG9A 1W3HA 3IK2A 4QLLA 1JFHA 4ATDA 4UFKA 4EANA 3LPFA 5A94A 4GIAA 5DT5A 3WH9A 2J7GA 3CBWA 1GJWA 1HKMA 4B3KA 5CZKA 4GI9A 1UQYA 4BQ3A 3WMBA 1UOKA 3MO4A 3LPOA 5BRQA 3WF1A 2GUYA 1QNPA 2J8FA 1NWTA 1JAKA 2D3LA 1R86A 4JKLA 1M53A 5A6JA 1GONA 3DHPA 3EMCA 2QF8A 1QI5A 2WSKA 1JF5A 2OWWA 2DGAA 3PZMA 1TMQA 3RPMA 3K1DA 5IXEA 3AICA 2WBGA 4W7WA 1TUXA 3SCSA 3CZKA 3RDKA 4M24A 3IAQA 5A6BA 1E9LA 5HPCA 4GXPA 4HTYA 1K9FA 2WLYA 2WZEA 1J0IA 1WB0A 3GXFA 4ML4A 1QBBA 2CBJA 5FD0A 4NRSA 1ZL1A 1ISXA 4PTWA 4HA3A 4ZFMA 3T2PA 3WENA 1QW9A 2VCAA 5D4YA 1GW1A 4CU6A 1HJVA 5ABFB 4D6GA 3WF4A 1PIFA 2XJ7A 1V6UA 4WSJA 1GZJA 1QI0A 5C70A 1TVPA 3MUZ1 4CCCA 1QHPA 5ABGA 5CG0A 4HOZA 1UR9A 2G3JA 2MANA 4AYSA 4OUEA 2E8YA 4CD8A 1BAGA 3LPGA 2E40A 1ODUA 3POHA 3VD7A 4W5ZA 4MB5A 1W9PA 1BVNP 1AVAA 1W1YA 4UQCA 1K9TA 2OSYA 4CN6A 2W63A 2J8GA 3G6LA 3RM8A 5I23A 1KGUA 2E4TA 3AZSA 2QMJA 3NIYA 4TTUA 3ZJ7A 2OSXA 1H09A 3U7BA 5M5DA 2DPEA 1FHLA 2FGLA 1BYCA 4HZ6A 2YLLA 5E09A 2B31A 3WH5A 3W24A 2XYLA 2BHZA 4MJ4A 2WXDM 5CJ5A 2XSAA 1NQ6A 4B16A 1Q6EA 2ZUSA 4W86A 2IXVA 3QOMA 4V28A 3AHZA 4B15A 4RL3A 3BSHA 3K4AA 4C7FA 2EPLX 2VX6A 2Y8VA 2DIJA 2ZX8A 5A8PA 1UWRA 2WCAA 4KGLA 4AZCB 4U2ZA 1BPLB 1US3A 3MUY1 4PUDA 1MFUA 1NARA 4MJ2A 2O9TA 4MB1A 4TTGA 1Z32X 1GOQA 3PTMA 1LJYA 1BLIA 1UWSA 4P7NA 3PZGA 1C8YA 3ZR5A 1VENA 1PZ2A 2VZTA 4XUYA 3IJ9A 1UH3A 1HXJA 5HNNA 1H2JA 3W82A 3AI0A 3PZIA 4P7QA 3DYOA 4L4OA 1BYDA 2WMKA 4H04A 4Z2KA 1V6YA 3GTNA 1UH4A 1H0IA 2X0YA 4BCEA 1E43A 1LQ0A 3CHEA 1EQCA 1ITXA 1HJQA 1OINA 1HJXA 2G4FA 3MMDA 4GZIA 2Y8KA 4ZXLA 1MFVA 3QR3A 4DWSC 3S2CA 5E70A 2VZOA 2J79A 2VQTA 4MADA 5CPQA 1XV8A 1WKYA 2JE8A 5ABFA 3N17A 2FHFA 3WF0A 1V3KA 4JL2A 3AROA 2DH3A 4GQRA 1E3ZA 3VM7A 1J12A 2WWCA 4BZYA 1M04A 2IXUA 1NOFA 1JD9A 4HMEA 3ARRA 3NSNA 4M29A 4XV0A 1V6XA 5JIPA 1UKSA 2BV9A 4HMDA 3AS2A 3MSGA 2WVTA 3VKKA 2WKGA 3AYRA 5JH8A 1EGZA 1W3JA 4AZIA 4BQ5A 4HU8A 1K6AA 1V08A 3EMZA 4W84A 4JKKA 3WH8A 4NF7A 3CUGA 1TFVA 4UFLA 1P6WA 1G1YA 1A3HA 4QLJA 2WVSA 3RJYA 2WB5A 4C7GA 1E72M 1WE5A 1E55A 2GK1B 3DYPA 2WSPA 4CCEA 3CUIA 1RP8A 2DIEA 4MPKA 4E8CA 1ZU8A 1BVZA 2WLZA 6TAAA 2EPNA 1DP0A 4AZCA 1CGYA 3NYDA 3WDPP 1VEMA 5LYRA 4MAVA 2FH6A 2D22A 1KXVA 3AZTA 4QCFA 3W81A 3VDCA 3L2LA 2NT1A 1GCYA 4WLCA 4F9DA 7A3HA 5A6KA 4CGTA 5KEZA 3F4VA 1KQZA 2BY3A 2XIBA 2VRKA 2UY2A 4U31A 1FH8A 4UQDA 1LL6A 1V0NA 3BH4A 1XSIA 1UD5A 1QI4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5BRP A;  4JY9 A;  3N2B A;  4DLF A;  3ZM8 A;  1W1T A;  4EE9 A;  5AHE A;  3W53 A;  4L64 A;  2CWX A;  2E5B A;  3LHU A;  2VCB A;  3EXT A;  4U5I A;  5I3D A;  5EPD A;  3W3O A;  2XFW A;  2G97 A;  1XD1 A;  4FF5 A;  3N11 A;  4RZ5 A;  4B2D A;  3AXI A;  3H2C A;  2VFI A;  4LCS A;  1CIU A;  4GC4 A;  3SCT A;  3VPL A;  3PNU A;  2VX4 A;  3HG4 A;  4DPP A;  2ZXA A;  3WLR A;  3V1H A;  3FJ6 A;  4J28 A;  4H9V A;  2X05 A;  4YCP A;  1U33 A;  1EBH A;  1MQQ A;  1M01 A;  4LYP A;  5BXS A;  1NEL A;  3RLU A;  2FHC A;  1NY1 A;  2PP3 A;  1EJS C;  2FMO A;  2BNJ A;  2YBV A;  3L21 A;  1V0L A;  2R82 A;  3TCS A;  3LLD A;  3B9N A;  2D0F A;  3VKD A;  1XRV A;  1LLZ A;  2ZUT A;  4WX2 A;  1FKR A;  1D6O A;  5GPR A;  3O5D A;  2IPW A;  4NAF B;  1ZAI A;  2X41 A;  2PLM A;  1X7I A;  5JBD A;  1TPB 1;  4RXG A;  3O5L A;  4ZR8 A;  4TQT A;  4GI6 A;  3E96 A;  4ODO A;  2OFJ A;  5EMY A;  4IQC A;  2I9E A;  2PLJ A;  4O57 A;  3ARY A;  1FHV A;  4NZF A;  3JYJ A;  3GH4 A;  1EEX A;  2GGI A;  3W6L A;  2VQU A;  3WNL A;  1NM9 A;  1XKJ A;  3FV9 A;  3ANU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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