3S8H | Genus

Total Genus 106

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	106
sequence length	292
structure length	292
Chain Sequence	MIAGSMVALVTPFDAQGRLDWDSLAKLVDFHLQDGTNAIVAVGTTGESATLDVEEHIQVVRRVVDQVKGRIPVIAGTGANSTREAVALTEAAKSGGADACLLVTPYYNKPTQEGMYQHFRHIAEAVAIPQILYNVPGRTSCDMLPETVERLSKVPNIIGIKEATGDLQRAKEVIERVGKDFLVYSGDDATAVELMLLGGKGNISVTANVAPRAMSDLCAAAMRGDAAAARAINDRLMPLHKALFIESNPIPVKWALHEMGLIPEGIRLPLTWLSPHCHDPLRQAMRQTGVLA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Dihydrodipicolinate synthase
publication title	Structure of dihydrodipicolinate synthase complexed with 3-Hydroxypropanoic acid(HPA)at 2.70 A resolution rcsb
source organism	Pseudomonas aeruginosa
total genus	106
structure length	292
sequence length	292
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date	2011-05-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3s8hA00

3DBPA 3TW6A 4Y6GA 4EWND 1BWKA 1O95A 4I9AA 5KTLA 1QAPA 4Z1DA 3P80A 3HJZA 4DF0A 4O15A 2ZZ6A 4O8RA 2BLEA 1CX9A 4JTKA 3M9YA 3DFOA 1JCMP 5D30A 1TO3A 1OF6A 1OG0A 3PF3A 5D03A 3RMJA 3W1PA 3MUXA 1ONRA 1Q6OA 4ADSA 4JTUA 1TPDA 1WX0A 1YDNA 1GEQA 3CTLA 3N2MA 4JYEA 1GOXA 1Q3NA 3UXAA 3CWNA 4LU0A 3MBDA 1KM4A 3HOJA 2ZTJA 4QQ3A 3MI3A 1O5XA 1Q6QA 2HS8A 5U7SA 1OYAA 4JD4A 1F76A 3FKKA 4NXSA 4Z0JA 4RLIA 1DORA 5EBUA 2WQPA 1ADOA 1IIHA 1TV7A 4NNBA 4C1LA 4GUFA 1TTQA 4O0ZA 4NNCA 3SJ3A 3BARA 4RZ5A 3W1MA 3OG3A 3UY7A 2QJIA 1GT8A 3FLUA 4O14A 4DXVA 2NXGA 1H1ZA 3UZJA 4RK8A 2QEZA 3TCEA 4BWLC 3W86A 2DJLA 4EF8A 3HIJA 4AB4A 2OCZA 2PC4A 2DZPA 5J5RA 4UMBA 3G8RA 3W1AA 3W1LA 1FWTA 2H90A 3GDRA 1KM5A 2GVGA 3T44A 4O52A 2ZBTA 3GDTA 3R13A 3R89A 3MMTA 4M19A 5DXXA 4LRSA 1KM0A 3VE7A 3TFCA 1GZGA 2ZRWA 2RH9A 5LNWA 4I7VA 3W70A 2AQWA 1FWSA 3THAA 4NNAA 3DENA 4UFJA 4CNNA 3N3MA 1KFLA 4NXKA 1L9WA 3AJXA 1KTBA 3HGOA 4FF7A 4P61A 1RQBA 4I7UA 4N9BA 3QSTA 4ONVA 5G4WA 2V81A 1SO6A 1ZFJA 4E38A 4JEQA 4H4IA 3B0PA 5D2XA 2CLMA 4R53A 3BLIA 4DO5A 3JS3A 5AC8A 1EWEA 3W7RA 1LLWA 3L65A 3BG5A 3FS2A 2E6FA 4WY0A 4UFHA 5I3JA 4LWWA 4UR7A 4UTTC 3G1HA 1MZHA 3IVSA 3NDOA 1A5AA 2NX3A 2QCEA 2Y6ZA 1GTHA 4UTKA 4M5PA 1G7UA 3C2RA 1Y0EA 4Q32A 1I8JA 4UTTA 3GR8A 3SECA 4MVAA 5FF4A 3LXCA 4EIVA 2C16A 3HG3A 1K8ZA 1FCUA 5D32A 5DBUA 2V2CA 3UXDA 4AWUA 1H50A 5DELA 1TMHA 3G24A 1FXPA 3DI0A 3LCWA 5T26A 2EF9A 4O50A 4YLWA 2X16A 1X1ZA 2WNQA 4DELA 3TA6A 4AEOA 4AXKA 3TV8A 7TIMA 1LORA 1UJPA 3TAOA 2JBMA 4B5NA 4N6EA 2Y70A 3E12A 5HJLA 2ZZ3A 4IPJA 3GNDA 3C8FA 1T8XA 3RLUA 4ZZ9A 3CM4A 2Y7GA 5AHIA 5FF0A 5F4SA 4PH6A 2V9DA 4O53A 3IGUA 4K7YA 4UCGA 1OX4B 1WDWA 1K02A 2J27A 2TSYA 2ZRYA 3LCFA 1WAUA 3UPWA 5K7JA 1PCWA 1GYNA 3THQA 1KTCA 3NYZA 2OT0A 3S1UA 3B0VC 2X1SA 4Y90A 2ZRZA 4IWWA 2V0TA 5K9DA 1JUKA 1RD5A 4M6PA 3NPXA 1YXYA 5EPDA 3QMSA 3NA8A 3TMLA 3W84A 5SWUA 5HMSA 4GUIA 3IIOA 3W6YA 1TCDA 1J4EA 1VC4A 3M41A 1H7RA 1I2QA 2G96A 1TB3A 4DF2A 4CLMA 2PRHA 2ZRXA 1AG1O 3W2JA 3NQVA 2ZA1A 1OABA 4LOCA 5FEXA 3LRLA 1GWJA 3W7QA 4JY8A 3W76A 1JRCA 1PS9A 1HTIA 2NUWA 2FB3A 1EWDA 2QAPA 3W1TA 2Q8ZA 3HPZA 3BVJA 3UWVA 1X7FA 2OMAA 3ANYA 1KA9F 2Y63A 1XC4A 2CU0A 3KVLA 4AAJA 2A6LA 3G1SA 1PIIA 3LV5A 1LTDA 1UBSA 1EUNA 4JICA 2DORA 4O18A 1L6SA 5IBXC 3HB9A 3DFNA 3LTSA 3NL5A 5C2XA 5AC7A 3HF3A 1C9DA 4N6FA 2PRMA 5IBXA 1XDLA 1I2RA 1JCXA 3CHVA 4ADTA 3LLDA 1RVGA 2VKZG 3ABRA 3TIMA 4FIQA 4O54A 1UASA 3G3MA 4BK9A 3L68A 5BMWA 3KVKA 3PWAA 1GG0A 1W8SA 3UY8A 1KM2A 5DCDA 3LX9A 2ZDRA 1ICSA 5D04C 4O4VA 2V5BA 2ZZ1A 4ADUA 3NQDA 3DAQA 5L9FA 5CSRA 3W7IA 2ISWA 4O17A 5I3HA 1FCQA 1LRNA 4N4PA 3W74A 2QCGA 4N9EA 3C52A 1QOPA 3C56A 3BW2A 5FEPA 3L9CA 5G4EA 1KV8A 4RXGA 5HUPA 4ZQMA 1EPXA 4FO4A 4UFIA 1OHLA 2V82A 3QPZA 1TPUA 4DBDA 4K6AA 4IMDA 4O11A 1MSSA 3PSWA 4AHPA 2B7NA 3QQ0A 2VOMA 4JTEA 3T40A 4Y9AA 3ZS4A 4QSHA 1W37A 5AHFA 1VH7A 3G8EA 2B0MA 2J88A 1L6WA 3STGA 2WV8A 4LRTA 4XUGA 5BOOA 1AL7A 5BNKA 2X1TA 5E93A 5EA9A 4X22A 4HSOA 1TJPA 3KVJA 4RJEA 3S8HA 1LDCA 4Z1BA 4XBKA 4GBUA 3Q94A 2NWRA 1QO2A 1TRIA 2E5BA 5L6UA 2Y62A 4QISA 3HGJA 4DPPA 1OX4A 1FWNA 1MO0A 5H91A 1JQXA 3CU2A 4KFPA 4LTSA 5LZLA 1KM3A 5LNUA 1XUUA 1F05A 1TPWA 3CIXA 4X3ZA 5AYXA 2YR1A 5DLCA 3HO8A 1J2WA 3O06A 3S42A 1FWRA 1QR7A 4IJBA 3S5OA 1I2NA 1K03A 3W2NA 5HQEA 1P5BA 2QCNA 4UFLA 1N8FA 1YTEA 4O13A 1KLYA 1DQXA 1R2SA 1DBTA 3RF9A 3TW7A 5KINA 1WV2A 5EL1A 4MYXA 3TUUA 4MZ8A 2DJXA 3UQNA 1DQWA 4TMCA 3C2EA 1K7FA 2ZFAA 4WJEA 5DXYA 5A8GA 1FDYA 3TXVA 4OBTA 1XXXA 1NF0A 3TE9A 3WK2A 2FQIA 4HKPA 4MY9A 4RXFA 2WO5A 4GC4A 5AYYA 1MXSA 5TIMA 4JX6A 1OFOA 3C6CA 4GWEA 3A24A 3DU0A 3W85A 1TQXA 3MHGA 1FUYA 3MP5A 2C1HA 1LROA 3PG9A 4R34A 3A9IA 1MEHA 3IIVA 2GQAA 4UTMA 2VFFA 1ME9A 3BW3A 3NQ7A 4NU7A 3MYOA 1T96A 1SUXA 5K4XA 1J5TA 4CQ8A 1YDOA 5GVJA 1XFBA 2GQ8A 3LCXA 1AW5A 1M6JA 1KM1A 4IXHA 2CW6A 2RDUA 1LBFA 1QPNA 5HUOA 3M47A 2HMCA 2RKXA 4Z1AA 5F2GA 4UFKA 2W79A 1K7XA 5KSWA 3LDVA 1ZENA 3NQMA 1TQJA 1KV5A 1GPWA 1C29A 3P8IA 1PHWA 3P84A 4J9JA 5HWJA 1QCWA 1KM6A 4JR5A 5TBOA 1GYLA 4MY1A 2FFCA 4QNEA 4X2RA 3EWUA 2QJHA 3GB6A 5HR6A 1JCNA 3UWWA 3FKRA 3INPA 2JKAA 4IPIA 3TR2A 5FF3A 2V2HA 3W2MA 1K8YA 4KKXA 5MHBA 5EY5A 3G0XA 2A4AA 3MI2A 1XI3A 3NGJA 3V1PA 5EMUA 4O1AA 4JIQA 4ZQNA 5KITA 4O19A 5HINA 3LHVA 1LM1A 4ZQPA 1DVJA 2Y85A 4IX0A 1VR6A 3KRSA 1GJPA 1M5WA 3UZ5A 1YADA 4JDYA 4RKAA 3UNDA 4GUGA 1SW3A 1LRTA 1I2PA 1M7OA 3PUDA 4FX6M 1SR9A 3OHIA 4WXZA 1P4CA 5FF7A 3FA5A 2ATSA 1XCFA 4LVDA 5C55A 3O8AA 3USBA 5AHMA 3LOTA 2JK2A 3QW3A 4WUIA 4BF9A 3L5AA 2JGYA 1H62A 3DGRA 4A2RA 3NL2A 1Q45A 5D2VA 1H7OA 3OEXA 1F6PA 1TPEA 3MP4A 3DKJA 4O16A 5LHFA 3PY2A 3MHFA 4AVFA 3LGEA 5FF2A 1R47A 4O4WA 4UNKA 3LTYA 3W2LA 4NJHA 1PHQA 4O1CA 4A29A 3A5FA 3LV6A 2XN0A 3EX6A 3TQVA 1IXOA 3PB2A 2B7QA 3E02A 3EKLA 5K4ZA 3HPSA 1FDZA 2P1FA 3GXTA 5DY3A 1VPXA 2H8XA 1SW0A 4YMZA 4OU1A 1OYBA 1W5NA 1X1OA 3MP3A 4C1KA 3GDKA 2E6DA 2J9YA 2YFNA 4E2DA 1NAL1 3UWYA 4L4LA 2FB2A 3BGGA 1YTKA 3NQCA 4OV9A 1VYPX 1SSGA 3DFSA 3IGXA 4LV9A 3CB8A 4BWLA 4K38A 2A85A 4K8EA 4UIOA 3I65A 2G97A 2ISVA 3MJYA 3G1YA 1OK6A 1SZGA 2QCMA 1DV7A 3O05A 1OFRA 3WK0A 3W87A 4K36A 2C18A 1ML1A 1P0KA 3W1QA 5F4XA 1RPXA 1RV8A 1VGAA 2YW3A 1LYXA 3GXPA 6TIMA 3O6DA 1H5YA 3LTPA 4MYAA 3PBUA 1TPFA 1SZFA 3W7OA 4IXXA 1S5TA 2ZQ0A 5G1YA 3SZ8A 1IXPA 1YPIA 5KMYA 3UYCA 3L0KA 3RK8A 3AO0A 2V2DA 4N4QA 2ISSA 4UMAA 1G4SA 1G4EA 3JR2A 3G1AA 3IIPA 2D73A 2CLHA 4ML9A 3HBLA 1EP1A 3G0SA 5F1UA 4CQ9A 4WD0A 2VELA 2YZRA 2QCLA 5CPMA 3ABQA 3F03K 3M5VA 1PCKA 1RZMA 2VC6A 4BI7A 2KZHA 1G7VA 3NNTA 3W7CA 4BI5A 1ICPA 2CZDA 5HWNA 3L21A 3DFPA 1W56A 3H54A 1OFPA 1S5WA 2Q3RA 3MI6A 1KFBA 3R12A 3EKZA 1E51A 4DF1A 3L2IA 3N9RA 1IXNA 3EXRA 4A2SA 3CIWA 4LNYA 3M5ZA 3L66A 3C2VA 2DZVA 3EX3A 5AHEA 2WPBA 3U8GA 4YWIA 1KFCA 5F2MA 4WOQA 1EIXA 2J24A 4U4MA 1H60A 1XDMA 3LCLA 1HG3A 5AHNA 1JULA 4IMCA 3L5MA 1H51A 1HO4A 4GE8A 1KFJA 1ZY9A 1F7BA 1VLWA 4LVAA 3W72A 4OE7A 5EYWA 1ALDA 4S2BA 3STFA 4KFOA 4OT7A 4DBEA 5LKYA 4MUZA 3M43A 5I3KA 3TNOA 4NZFA 1PV8A 5K3VA 4RR4A 1H7WA 4EOUA 3WK1A 1JCJA 3L5LA 1QDSA 4IGHA 4UTHA 3BG9A 3NQ2A 2ATMA 3TSDA 5HNRA 3PBVA 2C13A 1UUMA 4YCPA 3TFXA 1LRQA 4WZHA 2RFGA 1EUAA 2DZUA 3Q37A 3SIZA 5FEWA 5C6MA 1DL3A 2OX1A 1BWLA 1T0OA 4WX2A 4M7TA 2FJKA 3TC7A 1VHCA 2VEPA 4MOZA 1A5BA 2FPTA 4ICNA 4JTIA 1B4EA 1H7PA 4O1DA 3S5NA 3B0UX 1SO3A 3GXNA 4LS1A 1R2RA 2FPYA 4N2YA 5LNVA 5F2IA 1AW2A 3VE9A 2CLIA 1D3HA 1FY6A 4IMGA 5LNRA 5K9XA 1FCVA 3P8JA 1DOSA 2NX1A 2RHGA 4MY8A 3W7GA 3DHFA 3TJXA 1W5QA 1B4KA 2NUYA 4MFEA 4FX8A 3B8DA 4HIBA 4UTLA 1W5PA 4FNPA 5ABTA 3GKFA 3IGSA 3G1DA 2V8ZA 1ME7A 2TYSA 3S0CA 2J9ZA 4HPJA 3QW4B 2WOQA 3L67A 1TTJA 1K3UA 1JUBA 2GPTA 2BSLA 2E77A 2YFOA 2WSRA 4OV4A 2YX0A 5FEZA 2GVLA 4HT3A 4GJ1A 4NX0A 1QWGA 3QC3A 3RNDA 4CNOA 2V5LA 3NM3A 3STEA 2C15A 1SZEA 2DZSA 3KAOA 3H55A 1QPRA 3O63A 3P74A 1KLZA 1ZALA 4MZ1A 5K2ZA 3QQ1A 5AOUA 3N19B 4DO6A 1TV5A 1LOLA 3QYQA 2NLIA 5KZEA 4UUIA 1SFLA 2GVJA 3WJSA 1K7EA 2IQTA 2CZEA 1GTEA 2QCDA 3I7RA 4M6VA 1XBZA 1ZAIA 5LSMA 3TK7A 1EA0A 2J9XA 3GDMA 3DFTA 1KFEA 3P7YA 2OZ0A 1I4NA 4HNVA 1F6KA 5DCEA 1TPVA 3F4WA 3GAKA 3KX6A 3IIXA 2R91A 5CPOA 3SI9A 1SQ7A 5CGQA 3QMRA 3E0IA 3M0ZA 3FJ6A 3JRKA 2QDGA 3CEPA 2P0OA 3LCHA 2H6RA 1XBVA 1WOBA 3EWWA 2NX9A 4Z08A 5LNSA 2DZWA 2P10A 3NEVA 1OFDA 4DO4A 2DZTA 4PL1A 1LLZA 4PC8A 2E68A 4TO8A 3I7SA 3Q2DA 3DHDA 3LERA 3G18A 3NQ6A 2Z2UA 5A5WA 1B9BA 3FYPA 2Q8LA 1U83A 3W7NA 2A7RA 3GAYA 3IEBA 1EB3A 3NQGA 1TV8A 4IX2A 2ZA3A 2JKEA 3GZ3A 1HL2A 1VYSX 3M44A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3S8HA

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