1D9EA

Structure of e. coli kdo8p synthase
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
284
structure length
266
Chain Sequence
MKQKVVSIGDINVANDLPFVLFGGMNVLESRDLAMRICEHYVTVTQKLGIPYVFKASFDKANRSSIHSYRGPGLEEGMKIFQELKQTFGVKIITDVHEPSQAQPVADVVDVIQLPAFLARQTDLVEAMAKTGAVINVKKPQFVSPGQMGNIVDKFKEGGNEKVILCDRGANFGYDNLVVDMLGFSIMKKVSGNSPVIFDVTHALQRAQVAELARAGMAVGLAGLFIEAHPDPEPSALPLAKLEPFLKQMKAIDDLVKGFEELDTSK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Lyase
molecule keywords 3-DEOXY-D-MANNO-OCTULOSONATE 8-PHOSPHATE SYNTHASE
publication title Structure and mechanism of 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate synthase.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 81
structure length 266
sequence length 284
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 1999-10-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1d9eA00
3CPRA 3GDTA 3FKKA 3TW6A 4M6VA 3TROA 1TPFA 2R14A 3TKFA 1K3UA 1ZFJA 4JX4A 4RJEA 1XXXA 3DHFA 2GJLA 3Q58A 3WJYA 3M1ZA 3O16A 1J4EA 5LHFA 5HULA 5DCEA 4MFEA 5HQEA 1XDLA 2QJHA 4MJMA 3W7DA 3EWUA 5E0KA 4QQ3A 3TK7A 3DZ1A 1SQ7A 5EBUA 2J88A 3IIZA 4K7YA 3CC1A 4LS2A 3DHDA 5LGXA 1SSGA 1TPC1 2ISWA 3W1LA 1KTCA 3W07A 2O7QA 3THQA 2DU2A 3UWVA 5HWMA 3CHVA 1GVQA 3S1VA 1KV5A 3ZFHA 2PE4A 1DKWA 1L2UA 3AO0A 3CWOX 4XWUA 4P61A 2V8ZA 4Z1BA 4O28A 2OCZA 2Q8LA 3LHUA 2V0TA 1MEIA 1Q6OA 3NQGA 1TTPA 2J24A 4O1AA 4OHQA 5L9FA 2BZNA 4JTFA 3GKAA 2ATMA 3BGJA 4BI7A 4MY8A 1YDVA 3KXQA 5K4XA 5EY5A 3W7GA 3IIVA 4Y6GA 5A8GA 3TUUA 1QPOA 5F1VA 4DPQA 1B57A 4OBTA 2P10A 3C56A 4GE8A 3GYEA 4MZYA 4QNWA 2Y7EA 2PRMA 2O7SA 4JYEA 3TE9A 3RLUA 2X1SA 3LCIA 3TA6A 2ZZ3A 4BI5A 3CIXA 1ME9A 3DKLA 4O13A 4FX6M 4DF0A 3N9RA 3UXDA 4UTWC 3BG3A 3EKLA 1R46A 1VYRA 1QMLA 3WJSA 2H8ZA 1PIIA 5CPMA 1XKYA 1V5XA 1T8XA 4RX0A 4OT7A 4M7TA 3TMLA 1X1OA 1H7OA 1NF0A 2FDSA 2TRSA 3MYPA 5DXXA 1W0MA 1QNVA 1OG0A 4UNKA 1LP6A 4A3UA 3KX6A 2GJNA 1OYCA 3W2KA 4LUIA 3O05A 3STGA 3MJYA 1LDCA 4NJJA 4E38A 3TDFA 3P61A 2YX0A 1B4EA 1ML1A 1M5WA 2E5BA 3ZWSA 5SWUA 4ADSA 2FIQA 2XN0A 1SZEA 3NZRA 3G0SA 2WOQA 1F76A 3NPVA 4K8EA 4DBEA 4RV8A 2DP3A 4AHPA 2TSYA 3SFKA 4BWLC 1IIGA 3KRSA 3KRZA 4MZ1A 2A7RA 2XFWA 1L6YA 1G4TA 3GAKA 5E93A 2H8XA 2V9DA 5AFDA 3P80A 5FESA 4OGZA 3QQ1A 2YR1A 1P0KA 4YWIA 3CWNA 4WOQA 4Y96A 4C1LA 2B4GA 4O14A 4DO5A 3NXFA 3UPBA 1K8XA 3R13A 3W7MA 3LCHA 4JX6A 5FEWA 1RQHA 3L2IA 4ZQPA 5HR7A 1FDYA 3VE9A 4O0ZA 4OU1A 3NQFA 1EEPA 2H3DA 3T7VA 2YPIA 3C2FA 3NL5A 1FQ0A 3S6DA 3OIXA 1TO3A 2QCGA 1OK6A 3QJAA 5G4EA 5LKYA 1TRDA 4LT9A 2JKEA 1O5KA 2ZRWA 3RF9A 2WNNA 1IXPA 5FF3A 1SO5A 1SPQA 1DORA 2Y6ZA 3UWZA 1ZCOA 1OFBA 3PM6A 1HTIA 3LERA 3LX9A 2RDWA 3M5YA 3TSMA 4FXRA 1IXQA 2R94A 3GAYA 1F74A 3NQCA 3STFA 5LNRA 5KSWA 1L9WA 3TAKA 4FO4A 3SGZA 3W7EA 4WJEA 1S5WA 4LVGA 4O4VA 5CKSA 1WDWA 4DXVA 1A5BA 5HJLA 3C2OA 3G24A 4HSOA 2ZA3A 6ALDA 1AL8A 2CLMA 3LCWA 1BTMA 4YLWA 3W2NA 1HG3A 1ZJIA 2TPSA 4KFOA 1TV5A 1YDOA 5AN7A 3IIOA 3M0ZA 4LS0A 3USBA 4AWSA 1OF8A 2F84A 2CLHA 3G1SA 4LVAA 3LV5A 3MBFA 3EEGA 3TU9A 4KKXA 3UNDA 4FB7A 2Y63A 3EX1A 4QAIA 3UZ5A 2NXHA 1ZHAA 4JTJA 5J5DA 1VYSX 4DO4A 4HN4A 2QCMA 1EPXA 1Q6QA 4QSHA 2RHGA 1EP1A 3TQVA 3S5OA 3GDLA 3EWZA 1TB3A 3LGEA 4HPJA 3W7RA 1BEUA 3NQ6A 3PS7A 1YXCA 3GZ3A 1M6JA 4N2YA 3T4CA 4EF8A 1SU5A 1PHQA 5FI8A 4FIQA 5DY2A 3S8HA 3BW2A 1J5TA 3MP4A 3W74A 1O60A 2ZZ4A 3O07A 3TFXA 3BK0A 4NX5A 1DHPA 3M7WA 1GVFA 3L67A 4H4IA 1GEQA 1K7XA 3NZ1A 1JQVA 4GUJA 1PL9A 4XTIA 3SR7A 3IGUA 3DXIA 3MHUA 1QO5A 4IGHA 2E6DA 2QCLA 2HS6A 3NR0A 1ICSA 2JK2A 2V2HA 3LLDA 2PURA 1W37A 4N9CA 4RZ5A 3F4NA 4FNPA 3SZ8A 2NLIA 3W9ZA 4M7SA 2FPYA 5CZSA 4AF0B 1LRQA 3FJLA 4ALDA 1TJRA 2DORA 1WOAA 3UWWA 1ICPA 2E5CA 1LLZA 2Y61A 1PS9A 1KFJA 5EPDA 4M5PA 5AYXA 1WBHA 3TFCA 3WJWA 1YTEA 2J9YA 3C4UA 4C1KA 3BPWA 3DFQA 4YCOA 4XBSA 4CQ9A 2ZYFA 2Q3RA 5C54A 4ORIA 2JGQA 1ZAJA 1B9BA 1F73A 3DH7A 3M5VA 4LW7A 3TW7A 1CX9A 2Z6IA 1JCLA 4XZ9A 3PF3A 1AW5A 3PBYA 5LGZA 3G1AA 1J2WA 2QAFA 2ZZ6A 1HUVA 3H55A 4UFJA 2QCEA 3BW4A 4UTWA 3STCA 3W1AA 4WY0B 1IIHA 1KM5A 5TQLA 4Z0SA 1OVDA 3G1VA 2W79A 3T78A 4PL2A 3NG3A 4W9TA 3KVKA 3EXSA 4TU1A 3WFAA 2FJKA 3W23A 2TYSA 2QJGA 3L65A 5F2IA 3W73A 1Z44A 2ZFAA 3O8AA 1OFOA 4JR5A 4B5NA 1Y0EA 4POCA 3BVJA 5LNVA 2AAMA 3CU2A 2NUYA 3FIGA 4E2DA 4EIVA 1TPDA 3UYCA 1VC4A 3L5LA 2G97A 3L0NA 2X1RA 3PWAA 5LNSA 2D73A 1PHWA 2YDAA 3V1PA 2ZA2A 1K8ZA 2FLIA 3W1MA 2C0AA 2J9XA 1G69A 2ZQ0A 4GBUA 1XI3A 1XM3A 1OX4B 1M7OA 3GNDA 1Q45A 1B3OA 1FWSA 1GOXA 2Y7FA 3GR7A 3NL2A 3LTYA 4XQ6A 3LHZA 4AB4A 4NZFA 4YL2A 2ABBA 1FWTA 5G5IA 1EUNA 2CLOA 5MHBA 2P0OA 1AG1O 1YYAA 1H7PA 1C9DA 2RFGA 5D2YA 3L68A 4JTEA 2X1UA 4LV4A 3MW7A 4MYAA 1LCOA 2ZZ7A 2C19A 3BARA 5D33A 3LDVA 3FS2A 1VCGA 4JTHA 1EUAA 3C6CA 1DL3A 4CQAA 1E51A 4UMBA 1W5MA 3SY5A 4ICNA 4IMGA 2CZEA 1F05A 3W86A 4NQ1A 1TV8A 3BV4A 2YCEA 3RU6A 4AEOA 1HL2A 4MVAA 1G7VA 2I9EA 3O6CA 4DELA 3B05A 4DF2A 1NEYA 1H7NA 2ZTKA 1VYPX 1F2JA 2A7PA 3H53A 3DFTA 3HJZA 4UNLA 2CLKA 2A0NA 1OFQA 3U8GA 4NJHA 3QC3A 3QZEA 1H1YA 5TIMA 3LCGA 3M41A 3RK8A 3RMJA 1DQXA 1SFLA 4TO8A 4YMZA 1TQXA 3TMQA 2J9ZA 1X1ZA 1MSSA 2YW4A 3C2EA 5LSMA 2VC6A 4WX2A 1GPWA 4LC6A 2QF7A 2CZDA 4WD0A 3V75A 3W1TA 4Y8FA 3PC0A 4N9DA 1GWJA 3MP3A 4Z1DA 1YPIA 4MY1A 2RDUA 4CNOA 4J9JA 3QSRA 3VI2A 4YXGA 1JCNA 3MO7A 4IQLA 5I3HA 5AYZA 3P5ZA 2C13A 4MFDA 4N9BA 1W56A 1QOPA 4UTMA 2V82A 3C0JA 1FDJA 3S5ZA 5CPOA 4JTGA 4A2SA 1W54A 3W7NA 1KLYA 3CB8A 3O06A 3G18A 1FWWA 4JTSA 4L4LA 3BG9A 3GDMA 3C2RA 4RKAA 4S2BA 1KTBA 3N14A 1MEWA 5F4SA 3PVFA 2QCDB 2ZRVA 3LV6A 1JVNA 2DZUA 4GJ1A 4GUIA 5CPLA 2QCFA 1ME7A 1EP2A 3TXVA 3FYOA 3I7SA 3U6WA 3L21A 1SZGA 4HT3A 3B0UX 4JIQA 3M5ZA 2Q8ZA 3G8EA 4LWWA 5CSSA 1DJNA 2Y62A 5G2HA 4TMCA 1EX5A 2A2IA 1T99A 5G2WA 1XBXA 3LCFA 3DFNA 2WSRA 3UY8A 4UTIA 3WK0A 1Q6LA 4MY9A 3HOJA 4IXXA 3G1FA 1Q6RA 3NNTA 3S9YA 2FB2A 4LVDA 3CEUA 4NUWA 1DJQA 4K39A 2C15A 5BRBA 2GOUA 4JY8A 1BWLA 4XKYA 4I7WA 3I65A 2OZ0A 3LI0A 3NQ8A 3QQ0A 1N55A 3NVTA 4M6QA 3O63A 4MLRA 3WK2A 1A5SA 1MZHA 4UFKA 3NPWA 5AYYA 2OJPA 1G4EA 3AJXA 1QAPA 2VOMA 3EX3A 4DBDA 2AGKA 1H1ZA 3HPZA 3HGOA 1VHCA 3TJXA 3EXTA 1W5PA 4MLJA 1RQEA 1GVRA 4ZVJA 2QUUA 1ICQA 4FXSA 3SGUA 2G95A 3NPXA 1W1ZA 1G4SA 3GX9A 5KZDA 3W7CA 5CGQA 2C14A 1K7FA 4R33A 3KVMA 3N2MA 2YXGA 3UWYA 4A29A 3GXTA 4Y90A 4AXKA 3A21A 1Z42A 1LZOA 4YCPA 3CEPA 4AVFA 4NX0A 3EX6A 1KFBA 3W85A 3DI0A 3N9SA 5F2LA 2WO5A 3FYPA 3QMSA 3QPYA 2VEIA 5I3GA 4QIUA 4LV9A 1KM2A 4ZQCA 3LRKA 1NSJA 3BW3A 3W7LA 4IUOA 1P5BA 4TR9A 4G1KA 4PFMA 5IM51 4ADUA 3OHIA 1QPRA 2IQTA 3QYQA 2VEKA 1KM6A 1PVNA 1BKSA 1TPVA 3RNDA 3UY7A 1EB3A 1F6KA 2CZFA 4IJBA 5HNRA 1XBVA 4ZL1A 5IBXC 5G1YA 1KW1A 1DVJA 2GQ9A 3S1UA 4JDBA 5H91A 3VFLA 2NWRA 3W2LA 3SW6A 5AHFA 3EXRA 3EWXA 4UTJA 3UQNA 3DU0A 3KRUA 3TV8A 2B7OA 4GUHA 3UWQA 2UV8G 5HR6A 4AH7A 5H2ZA 4AHOA 3LTSA 2EPHA 4ZQNA 3SI9A 1KBIA 3CTLA 4LRTA 4PH6A 5LZLA 5HUOA 2X2GA 4WZHA 5AC6A 3EWBX 4R7JA 3LTPA 3EX4A 3GXPA 3B03A 4KFNA 2DZPA 4GRSA 5EKYA 3P7YA 3TSDA 3N3MA 4Z1CA 1UUOA 3NEVA 2F7FA 1QCWA 1QOQA 2ZRYA 3QMRA 3MBDA 4MPQA 1DQWA 2V5LA 1TREA 2LLEA 3ABQA 1GVSA 3PG9A 4O8RA 5KINA 2BLEA 4CLMA 1AL7A 4S1FA 2GUUA 2Q3OA 1LYXA 3JRKA 1XUZA 2DZTA 1RPXA 2BX7A 5AB3A 2BWGA 1EWDA 3GNNA 4DPPA 2DJXA 2GVJA 3B04A 1I45A 1ZNNA 3GVGA 3IVSA 1MXSA 1F5ZA 3ZWTA 1SO6A 1AMKA 5KTLA 3LXAA 4MIMA 3Q2DA 3P81A 1EP3A 3W1QA 2WPBA 4LNYA 4E2BA 2CLLA 1SW7A 2FPVA 2VXNA 4HIBA 4JTIA 2KZHA 3N34A 4O4WA 4X3ZA 4FX8A 3QF0A 2HSAA 3VCRA 3LRLA 7TIMA 3HPSA 2ALDA 5AC8A 3Q37A 3OVRA 4JIPA 3TC6A 4O16A 1JUBA 1VZWA 3DKJA 4JD4A 1ZENA 4NNAA 4CNPA 3B8DA 1QFEA 3GKFA 5GVJA 4BK9A 2R91A 1R2SA 1H50A 5LNUA 1I2OA 4JGDA 3MHGA 4OQVA 3A22A 2A21A 4GNJA 2OT0A 3OVQA 1A5CA 3LB0A 3LM7A 1D3HA 3M9YA 4LU0A 1R30A 3RFAA 5KZMA 1W5QA 4LUJA 1WA3A 3P8JA 1OX6A 4K38A 1GYNA 3GIYA 1W3TA 1AW2A 4H3DA 4HPXA 1TRIA 3A23A 5BOOA 2WNQA 2ZTJA 3R8RA 5HUPA 1W3NA 2QCHA 1TCDA 4UC5A 4K37A 4ORMA 3MUXA 3R5EA 4RZ6A 4DF1A 3MP5A 5G1TA 1BWKA 5I3FA 1C8VA 1JR1A 1RZMA 2NZLA 2ISVA 2ZZ5A 1FX6A 1YPFA 5D38A 4AAJA 1TTQA 4HKPA 3LRMA 3ELFA 2HS8A 1WYIA 2YFNA 4FX7A 4D2JA 2JKPA 2V30A 1LM1A 3FEMA 4Q32A 1LOSA 5CPNA 5FF7A 1KFEA 3P60A 3G22A 4LC8A 1H5YA 4WUIA 3TIMA 2Y85A 3UPWA 1KA9F 5AHNA 4HNVA 3G8RA 3O6DA 3PULA 5DBTA 2YZRA 1LBLA 4IWWA 4UTHA 1W5NA 3IV3A 4I9AA 2EGZA 3W76A 4JN6A 3LCXA 4JS3A 3IEBA 4NVTA 1OYBA 2EAWA 4UMAA 3PBUA 5K4ZA 3A24A 1KM0A 1R2RA 4S2CA 1WQ5A 3G1HA 4JTKA 3M44A 3CLMA 4O54A 1VS1A 4FHAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CPR A;  4MJ4 A;  1TPF A;  4R85 A;  1WCG A;  3TKF A;  5CAH A;  2ZUM A;  4RJE A;  1DJI A;  1XXX A;  3MDW A;  1R9Z A;  1EHN A;  1IE7 C;  3UBP C;  3WG6 A;  3T6C A;  4PE8 A;  5DCE A;  4JTR A;  5EGR A;  4ILS A;  2L5H A;  1XDL A;  5HQE A;  4FP1 A;  1CXF A;  1LWJ A;  2QJH A;  4MJM A;  3EWU A;  5E0K A;  4E6M A;  3OZM A;  3VYL A;  2WKG A;  1SQ7 A;  3DZ1 A;  3IIZ A;  1W3J A;  3W1L A;  1KTC A;  1GVE A;  3THQ A;  1RAK A;  2QDD A;  1OC6 A;  2QQ6 A;  1X38 A;  3BSG A;  4O28 A;  2OCZ A;  3F2C A;  2PD5 A;  1R7O A;  1MEI A;  1UZ4 A;  1Q6O A;  5I09 A;  4O1A A;  3DCP A;  4OHQ A;  1DWI M;  3T8Q A;  4BI7 A;  2EPO A;  3ES7 A;  1R3R A;  1IHI A;  3W7G A;  4Y6G A;  3WEM A;  5A8G A;  1BSI A;  3BSM A;  1XLA A;  2PRM A;  1XIH A;  4X2P A;  3WLS A;  7PTD A;  4WKF A;  4RDV A;  1A4L A;  2X1S A;  3LCI A;  1AH3 A;  2F6X A;  2A79 A;  4C90 A;  3VGH A;  2XH2 A;  3DKL A;  2QDE A;  4GYP C;  1XLF A;  5HOS A;  4QGC A;  3EKL A;  1R46 A;  3WJS A;  1QML A;  2H8Z A;  5CPM A;  4HVX A;  1RJQ A;  1E6X M;  2NV9 A;  1JND A;  3M0H A;  4QEE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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