3R89 | Genus

Total Genus 110

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	110
sequence length	289
structure length	289
Chain Sequence	SNAMKIIDKLYEKVSKNGFVCIGLDSSIDYIPENMKAGKSVSEALFSYNKEIIDQTYDVCAIYKLQIAYYESYGIEGMIAYRDTLSYLREKDLLSIGDVKRSDIAASAKMYAKAHFEGDFETDFITLNPYMGMDSIEPYEEYIEKGDKGVFVLLRTSNPGAKDFEVLPVDGEEFFYKVGDKMRELNEKYIGKSGFGPIGLVVGATHSEEVEKIRKRYDKMFFLIPGFGAQKADSMNVYKLLEGLNGGVVNSSRAILKNWQNYEDGSEKVGYYARKKAIETYEEIKANEV

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title	Crystal structure of orotidine 5'-phosphate decarboxylase from Anaerococcus prevotii DSM 20548 rcsb
source organism	Anaerococcus prevotii
total genus	110
structure length	289
sequence length	289
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2011-03-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3r89A00

4PFMA 2JKEA 3MWAA 1K8YA 4QJ1A 1LM1A 4TO8A 1R2RA 3EX3A 1P4CA 4O0KA 1XBXA 2Q3RA 5CZ0A 2QUVA 2CLMA 3W1NA 2A1YA 3TSBA 3I7SA 5F2GA 5F4SA 1U83A 3T7VA 5I3IA 2CZEA 4HNNA 1M6JA 4U4MA 4JTHA 3TU9A 5CPMA 3FA5A 4UFKA 1A5AA 1NEYA 2E6YA 5LSMA 3PBYA 2H8XA 5D30A 1L6YA 3IIZA 1ONRA 5H2ZA 4O54A 2ZA3A 4DBEA 1VR6A 5EBUA 3G1YA 3PUEA 3B0PA 4N02A 1EP2A 1OFPA 2G5WA 4JX4A 1HL2A 3BK0A 3LDVA 3MJYA 1F2JA 4IXXA 4NNBA 4A29A 3W2KA 5K2ZA 2C19A 2ZZ1A 2NX3A 3IRDA 4M19A 1PL9A 4UTMA 2Q8ZA 1WAUA 3S1XA 5G2IA 1KFEA 3EKZA 3EWXA 1W3NA 4C1KA 3T44A 5HJLA 4Z0JA 1XDLA 5FEZA 3LXCA 3ATYA 4ADUA 1SW3A 2C16A 3LERA 4ZVJA 1HTIA 2HS6A 1FY6A 1H7RA 3LCWA 1EEPA 2B7OA 5CZTA 1SZFA 2YSWA 3RMJA 1OG0A 2FJKA 3PUDA 2DORA 4N9DA 3S5OA 4K6AA 4N9BA 2OX1A 2BZNA 2V2CA 4IPIA 5CZSA 4ALDA 1QO5A 1Q45A 1NSJA 2QCHA 5I3HA 1X1ZA 3UZJA 1GVSA 1KM5A 4XWUA 2OZ0A 3LCFA 4B5NA 1QOQA 5DCBA 2GQ9A 2J27A 3LBCA 2J9YA 4E38A 2V8ZA 4O1CA 3PB0A 4UC5A 4UNKA 3FOKA 3W7HA 1UUMA 4IGHA 4XTIA 2C14A 3EEGA 2PRLA 3GVGA 3HBLA 3GDMA 1W5MA 4ADSA 1QO2A 4UR7A 4JYDA 1OVDA 1L2UA 2A7RA 4K36A 1WV2A 3L9CA 2NLIA 3EXTA 1OJXA 3D0CA 3W1UA 2VFDA 3OBKA 3GZ3A 2YFNA 1DQXA 3C2FA 4RKAA 4A3UA 1JCXA 3W74A 1TRIA 4GC4A 3S8HA 3L65A 4NXKA 3EX4A 4L4LA 4MOZA 3HOJA 1NAL1 2ZZ2A 2ZZ5A 2R8WA 4PTNA 2VELA 3W7MA 3QC3A 3TC6A 1BKSA 3E02A 2EKCA 1SR9A 5FF2A 2LLEA 3LRMA 1LBMA 1TTIA 4NUWA 2RKXA 4L4MA 1EIXA 3GXPA 3EX2A 4LVGA 4ML9A 1W37A 2QJIA 5AYYA 4FIQA 4GUHA 4LS1A 2JGQA 4O15A 1TTPA 3GB6A 3M6YA 1ME7A 4WJEA 1QMLA 2PURA 2NV2A 4HN4A 3L5AA 3G0XA 1VHCA 1TQJA 4O57A 1L6SA 1VPXA 1JULA 2CWNA 3QFEA 1S5VA 2BSLA 4A22A 3HG3A 1GVRA 3KRSA 3R89A 2Y63A 2DZVA 3W7GA 4DF0A 1X6UA 2Y7DA 3UWQA 3TQKA 3O07A 1IF2A 3EXRA 3GXTA 5HUPA 2RDWA 5AHMA 3INPA 2NWRA 5AHNA 1O95A 2X30A 5A5WA 1DORA 5DXYA 4PC8A 1NF0A 3O8AA 4O19A 5J5RA 2CW6A 1VYSX 4EWND 3WJXA 1W54A 1SSDA 3H54A 3UD6A 1DKWA 3KXQA 1RD5A 1A53A 3N73A 2EPHA 4UIOA 3HGSA 1FCBA 4OBTA 5HULA 1J4EA 3MI6A 4LVFA 4JYFA 3M5ZA 3BG9A 1TV7A 1AW2A 3PSWA 3W22A 1BWLA 4NJJA 4JDBA 1OK6A 5TIMA 3TX9A 2WO5A 3P5ZA 4R34A 1TJPA 5L6UA 1D3GA 3KHJA 2VXNA 3UY7A 3IIXA 5G4EA 3TV8A 2VFGA 4KFOA 1DJNA 5FEPA 1VCFA 3VE7A 4LC6A 4TU1A 2V9DA 3EKLA 3N2XA 3TSMA 1SFJA 2WJZA 3Q94A 1I2PA 4UCGA 3GXNA 4E2DA 5HWMA 3CIWA 3I7RA 4FF7A 1QNVA 1AL7A 1HUVA 3SZ8A 2X1SA 2GQ8A 3VE9A 3WJYA 1H51A 4NZFA 4N6FA 3JRKA 4FX7A 4XUGA 4NU7A 3P81A 1H50A 2BX7A 3W86A 1WX0A 3AO0A 1TPB1 4UTUA 1QWGA 3W84A 1W56A 1XI3A 4N4PA 3Q58A 1YADA 5CG7A 4JIQA 5LNVA 4JEQA 3VNDA 3W7KA 2A7NA 1KFCA 3HGJA 3STFA 1XCFA 3W1LA 3SFKA 3LHWA 5AYZA 1T8XA 5L9FA 2DJXA 2TRSA 4UTWA 1QAPA 1ML1A 3TAKA 1YPIA 4AXKA 3W73A 1TMHA 4YCOA 4UUIA 3LI1A 5EKYA 1OYBA 3B0UX 4O1DA 1VHNA 2ISSA 4K8EA 4FNRA 3GAYA 1FWTA 1SUXA 2X1UA 3CWOX 1GZGA 4IMDA 5AFDA 5G2WA 3NM3A 5BNKA 4FXRA 5BW6A 2A4AA 4KFNA 4RV8A 1SU5A 2YR1A 3QZEA 3BV4A 1K8ZA 4MKNA 5DXXA 1M7OA 3M5VA 3PY2A 5DBUA 2GOUA 1S5WA 4UFJA 1P0NA 4YL2A 3TMLA 2BXVA 4D2JA 2J9ZA 2C0AA 2Y6ZA 5AB3A 5AN7A 2WKJA 3HIJA 1R47A 4UFMA 4DBDA 3MP4A 3MYOA 4PODA 5I3FA 1YXYA 3W7PA 1TPEA 2Z1BA 4IMCA 1D3HA 3QW3A 4NXSA 1GPWA 3DAQA 1J2WA 4PL1A 2NUXA 4BK9A 3USBA 4K7YA 4WXYA 3G8RA 4LC8A 4TX9A 3W7QA 1YXCA 3PSVA 2P0OA 1RV8A 2QR6A 4IQLA 3TXZA 3LHZA 1GT8A 1LLWA 3W07A 4NNAA 1OX6A 1YDNA 4JTKA 3QEZA 3U6WA 4ZQPA 1VRDA 3NQ6A 4X2RA 3W1QA 3FYOA 4JY9A 3UY8A 3G3DA 4UFHA 1ZENA 2AAMA 1T99A 2DZUA 1FX6A 4BWLA 5C55A 4BI5A 1G6CA 3BGGA 3DFSA 4GUFA 2Y88A 3W3OA 4O1AA 2DZWA 4N9CA 5GVJA 1RPXA 3RLUA 3O15A 3C2VA 1KM0A 3NQAA 1H60A 2W79A 3P8IA 2Y7GA 1K3UA 3O06A 5D2XA 4ZQMA 3QF0A 3PM6A 4JX6A 3M47A 4OU1A 5LNRA 4G1KA 3HPSA 1TPWA 1J5TA 2QEZA 3W2MA 1W3TA 3ZFHA 1LTDA 1S3HA 1WBJA 1SQ7A 2E77A 1Z44A 2ZZ6A 4Y9AA 1RVGA 3LCGA 3HB9A 3IV3A 1GTHA 1ZAIA 2H90A 4LRTA 4I7VA 3QPYA 4AWUA 4DELA 3QMSA 2ISVA 3G0SA 1H1ZA 5D33A 2QCGA 3W75A 1GVOA 4UTTA 4TR9A 3W1MA 1GG0A 1JUEA 4I7WA 2C1HA 3A5FA 3BW3A 1OX4B 1ZY9A 1JRCA 3TFXA 1LOLA 1AG1O 2GJLA 4O4WA 3NQVA 4HIBA 2ZFAA 4JYEA 5IBXA 1AW1A 4GXMA 4NJKA 3LCLA 2DZPA 5D38A 3UWUA 1OX4A 4XZ9A 4MZ1A 1U5JA 1G4PA 1FWWA 2OJPA 3R5EA 4LOCA 2EHHA 3HQ1A 2C6QA 3L21A 4RLIA 1LDCA 1C29A 5AHLA 2GVLA 1VH7A 1X8FA 1DVJA 2JKAA 5CPNA 1UCWA 3GAKA 3W1RA 3OVPA 3W2UA 1JCNA 1SO3A 1XFBA 2CFFA 4GRSA 1H7WA 3DGRA 3MBFA 4NQ1A 3TSDA 2OT0A 4GFSA 3FFSA 4NX5A 3CTLA 3F4NA 2Y62A 3NEVA 4FNUA 1CW2A 4O52A 5BMWA 1H61A 2NZLA 4MY9A 4JS3A 3S1UA 4JGDA 5C6MA 1VCGA 1XBZA 5AHFA 1TTQA 2VFIA 2H3BA 1O5KA 1ZJIA 3N9SA 1OHLA 1AMKA 5K3VA 3LGEA 1H1YA 1VCVA 3A9IA 3ZS4A 2CLEA 1QOPA 3IGXA 3HG2A 2VEPA 2A21A 5D03A 2Y85A 1JUBA 2CLOA 4HPXA 3E0IA 4UTLA 3B04A 4UTIA 3DHFA 1NFBA 1H7PA 1FDZA 3VKJA 3G1VA 3TJLA 3WK1A 4O50A 3E12A 2VFHA 3MMTA 3L0GA 1TRDA 5IM51 3L5MA 1OYCA 2YDAA 3QW4B 2NX9A 2IQTA 1ICPA 1PHWA 2C13A 4FXSA 4MVAA 3LTPA 4PH6A 5LNSA 1OF8A 1LP6A 2NXIA 3HF3A 1MO0A 3LOTA 4JXCA 3W7JA 4YMZA 3UZ5A 1OFBA 3SIZA 4WQ6A 1TPUA 5FI8A 4AH7A 4FNQA 3TNOA 3B03A 3LCXA 4CCEA 1A5SA 1F76A 3L5LA 2KZHA 3KAOA 2GPTA 1FWRA 3GDRA 1BTMA 5D2TA 2JGYA 2JKPA 2V81A 4QAIA 1KFJA 1B3OA 4EOUA 2FPTA 3DH7A 2WQPA 2YPIA 4CLMA 3NO5A 2P1FA 2I14A 4CCDA 1EPXA 1ZNNA 3FLUA 1F6PA 1ZAJA 1KM3A 1H63A 3QQ0A 1TPH1 4GUGA 4E0CA 2J6XA 3SI9A 2A7PA 1TREA 1QCWA 1F7BA 1SFLA 2XN2A 3W6YA 3CHVA 1KM1A 3B4UA 1AW5A 3THAA 4WD0A 4PA8A 4PCFA 1JCLA 2CLIA 1OYAA 3C8FA 1LRTA 5U7SA 1IIGA 3O1NA 2G95A 4HPJA 4HNVA 1JCMP 1LROA 5DLCA 3WJZA 1W5OA 4W9TA 3LRLA 4Y90A 1H7NA 4ZMGA 4YCPA 3DU0A 2E68A 2HTMA 4R53A 4R33A 4Z1BA 3SR7A 4ZZ9A 3DI1A 1Z48A 3NL6A 1TPVA 1THFD 3NPVA 4ZQCA 4AAJA 3G0UA 1GYLA 1YLVA 2J88A 3W1TA 1ICSA 3GNDA 5BOOA 3IVUA 1P0KA 2NUYA 3NZRA 3E49A 3W2JA 2ZRWA 3E9AA 3GKAA 5G1YA 3NL2A 1A5CA 3C6CA 7TIMA 3W9ZA 2V5BA 4WY0B 2QCCA 3I68A 1K02A 4KFPA 1KLZA 3A22A 4WXZA 1GOXA 1R2TA 2FLIA 2PC4A 2NX1A 3P5YA 1V7YA 5HMSA 3C0JA 3P8JA 5LKYA 5K9DA 5TBOA 2VKZG 4WY0A 4YLWA 3S5ZA 4DO6A 1VC4A 3TAOA 3EWZA 2NXGA 5EPDA 4ORIA 3QJAA 2CU0A 2WSRA 1TB3A 1TSIA 4LVBA 2DZSA 1W31A 4TIMA 4QNWA 4AHQA 2V82A 1O60A 3CB8A 1K7XA 1SZEA 5BMXA 2VC6A 2VFEA 4UXDA 1PHQA 3JR2A 3NGJA 4E2BA 1XC4A 4MPQA 1MEIA 5K7JA 2J9XA 3DFTA 1I8JA 3UPWA 1KV5A 2A2IA 3L0NA 3R13A 2R91A 4CNPA 1OX5A 4JTEA 5C2XA 3O6DA 3OVRA 3W1AA 4AHPA 5U4NA 1XUZA 3V1PA 2TMDA 3G1HA 4O4VA 4IPJA 3TXVA 1LYXA 5F4XA 3TK7A 1TCDA 2ZRVA 5D09A 2ZYFA 1H62A 2X1RA 4N6EA 4A2SA 3NPXA 2QCMA 3NQDA 4LW7A 1G4TA 4ZQOA 5I3JA 1W5PA 2E5DA 3LV5A 3M44A 1VYRA 2YW3A 1KFLA 1FDJA 1TYGA 2FFCA 1MXSA 1MZHA 4LU0A 4OHQA 1RQEA 3I6RA 1SO5A 4LWWA 2GVGA 4GNJA 2QCLA 5E0KA 2DP3A 3LI0A 3W7EA 2W0UA 3STEA 4CQAA 3W88A 5ABTA 2DU2A 3KVLA 4EF8A 3BG3A 5KITA 1YDOA 3LTSA 2YCEA 3NZ1A 4JX5A 1ME8A 1GVQA 2GQAA 2UV8G 1XM3A 3ABRA 3FYPA 3LRKA 4QSHA 3CWNA 1DL3A 4HSNA 2V30A 3CQ0A 2YW4A 4AVFA 3W70A 2FPVA 3G22A 5LGZA 4LUJA 2Z6IA 1VYPX 4NJHA 4JDYA 1FQ0A 2QF7A 3FKRA 4LY8A 3PBWA 2C18A 2ATSA 4JTFA 1E51A 1AK5A 1N7KA 2VEMA 4QQ3A 4HT3A 4NZJA 3Q37A 4Z08A 5H91A 1T0OA 4UTJA 3NPWA 1PS9A 5FF3A 5HQEA 3NQGA 1Q3NA 1OFEA 1ZAHA 4NVTA 5CKSA 3BVJA 4OV4A 2VEKA 1OFRA 2C15A 2WSYA 1QR7A 3W7DA 1IGSA 3EXSA 1FCUA 3DHDA 4NJIA 5T26A 3TKFA 1B9BA 1RQHA 4ZQNA 4X9SA 3NXFA 2FB2A 5DCDA 5DCEA 3W23A 4QNEA 4WY0F 1YYAA 5CSRA 4IXHA 3NQCA 1KFBA 5EL1A 1EX5A 1M5WA 2RHGA 2ZZ3A 4MFEA 3P60A 3P80A 2EGZA 4Y96A 1SW7A 2R94A 3EWYA 3NDOA 3W7RA 1XDMA 1EUNA 1Z42A 4WUIA 3M5XA 4N4QA 1W3IA 3EWWA 5CPLA 5LHEA 1KLYA 2V2HA 1N8FA 3HMJG 5K4ZA 2Y7FA 4JTTA 3DBPA 1D9EA 3FJLA 3C61A 4WOZA 4O14A 3LLDA 2V5LA 4UMAA 3GX9A 5FEXA 5KZEA 4O1BA 4GJ1A 1OFOA 4A21A 1W5QA 4IUOA 2YYUA 2RH9A 3RK8A 3SJ3A 1VJIA 3PULA 4DF2A 3EX6A 3UWZA 3H55A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3R89A

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