3U7BA

A new crystal structure of a fusarium oxysporum gh10 xylanase reveals the presence of an extended loop on top of the catalytic cleft
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
327
structure length
327
Chain Sequence
AASGLEAAMKAAGKQYFGTALTVRNDQGEIDIINNKNEIGSITPENAMKWEAIQPNRGQFNWGPADQHAAAATSRGYELRCHTLVWHSQLPSWVANGNWNNQTLQAVMRDHINAVMGRYRGKCTHWDVVNEALNEDGTYRDSVFLRVIGEAYIPIAFRMALAADPTTKLYYNDYNLEYGNAKTEGAKRIARLVKSYGLRIDGIGLQAHMTSESTPTQNTPTPSRAKLASVLQGLADLGVDVAYTELDIRMNTPATQQKLQTNADAYARIVGSCMDVKRCVGITVWGISDKYSWVPGTFPGEGSALLWNDNFQKKPSYTSTLNTINRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords ENDO-1,4-BETA-XYLANASE
publication title The structure of a GH10 xylanase from Fusarium oxysporum reveals the presence of an extended loop on top of the catalytic cleft.
pubmed doi rcsb
total genus 134
structure length 327
sequence length 327
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2011-10-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3u7bA00
2JEQA 4WF7A 2G3NA 4H41A 4V27A 1C8XA 2GDUA 4GINA 4MNKA 4U5IA 3MO4A 3WNKA 1E72M 4W85A 2X05A 4H2CA 4CCCA 3EDKA 3CH9A 1MQQA 4NSBA 2CXGA 2J7CA 1KXHA 5A3HA 2JFEX 3RMEA 1LWJA 2QMJA 4F9DA 1V6VA 1V6YA 3TTOA 5FL1A 1GNXA 4ACYA 2GJRA 4ATLA 4HOWA 1RPKA 2VX7A 4Z2LA 3AJ7A 1EDGA 3GM8A 5CQ1A 1C92A 1W3JA 6TAAA 4CD4A 5A8PA 2FGZA 3AZRA 2QPUA 1NOUA 3EBVA 2ZUMA 3WEZA 4U33A 2X0HA 3RPMA 3THCA 4AD0A 1OIMA 1B3ZA 2WNWA 3EDFA 3UCQA 1UKQA 3IJ9A 4B16A 3QOKA 1QBBA 1WAWA 3QOMA 5EFFA 1ISZA 4M82A 1QHZA 3PZTA 3VIKA 8A3HA 3KZSA 5CG0A 3BXWA 2XTKA 1UG6A 1CXFA 5BXSA 2ZUNA 2YA1A 1QNQA 1UD8A 2V5DA 3WDJA 3UESA 1DWAM 3SEPA 3ZSTA 1E0WA 1UH2A 3ZT7A 2EPOA 3CBWA 5I78A 4W88A 2XFFA 2BY0A 5GPRA 4JFUA 1CGWA 5E0FA 5JIWA 3WMBA 3LPOA 2V5CA 3K8MA 1QI5A 2W92A 3WQ8A 2DIEA 4CU8A 1NP0A 2HVMA 1I1XA 5D8ZA 4CU7A 3SUTA 1XHGA 1BVZA 2G3MA 4FMVA 3EDDA 1SMDA 2J74A 3T09A 3WF1A 1KB3A 1D3CA 1KXTA 1NARA 4P8VA 5D4YA 1FA2A 1E55A 4FLRA 1GCYA 5HDRA 1F4HA 1GOKA 1Y7VA 2GDVA 2D23A 2TAAA 3DYMA 2E8ZA 1E6ZA 3APGA 4P7NA 3WQ4A 1J0ZA 1W3KA 2JIEA 4PMNA 4DUVA 1RP9A 1WDRA 5CXPA 3VTRA 1JZ2A 4W8BA 1H49A 1LLOA 2QPSA 1UD6A 3SUWA 4CN1A 1VBRA 4R27A 1J0KA 1QNRA 3ZMRA 3AIWA 4ZE4A 2QF8A 1E5NA 4NF7A 4LGXA 4AC1X 2ZICA 3VGBA 3GNOA 3KL0A 1VFOA 1ODZA 1OIFA 4OIFA 1GUVA 3DHUA 4A4AA 1H3GA 4FLQA 1WDSA 2WXDM 3ARZA 3OLEA 2WC4A 1EQPA 1CIUA 1W9BM 4BQ5A 1CENA 3VMPA 1C8YA 3ZJ6A 4IM4A 3KL5A 1EDQA 1LL6A 3A4WA 3KL3A 3AIRA 3VINA 2FGLA 1B3YA 1LL4A 2V3FA 3SUVA 4B3KA 1HKMA 3NYDA 3CHCA 3WD3A 2CYGA 3CHFA 2VCAA 4GIAA 4AZGA 4Z2KA 4D6FA 4HPGA 2BVDA 3VMOA 4JHOA 2VVNA 4ZE5A 5A8QA 3FNDA 4N42A 1OGGA 3W37A 3UEQA 5AYBA 4TUFA 2WSKA 1CTNA 3WNNA 3WD0A 4HA4A 2VO5A 4B3LA 2UWFA 4Z2JA 3OG2A 4H8VA 2FHCA 4HA1A 5ABEA 2BHUA 1Z32X 1QI0A 1RH9A 1U30A 1TR1A 4M29A 5A6AA 5A8NA 2DH2A 4JFSA 4BF7A 1Q6DA 4MJ4A 3T08A 2BY1A 4K68A 3L4UA 4CCEA 1UR9A 3SCVA 4UFIA 5AYIA 1VEMA 3VIFA 2YL8A 5A2AA 1KWKA 1ESWA 2JE8A 1X1NA 4F66A 3N15A 1XRVA 4C7GA 1EH9A 3WMCA 5JBEA 1OD8A 4JL1A 4AZ5A 1E70M 4CN6A 3W82A 3GH4A 4GKLA 5HPCA 5EMYA 2VQUA 1UKOA 3DHPA 2XVNA 1ISXA 5GNXA 1JF5A 4D6DA 2ZXDA 2ZUSA 3PBGA 1WB0A 2J75A 2D2OA 4ZFMA 3FHQA 3VGFA 1U33A 5IDIA 4B9ZA 4UTFA 2D24A 1UH4A 3WUGA 1C7TA 5LYRA 2X8RA 1HVQA 1KGWA 2BHYA 1B9ZA 3MUZ1 3WL1A 1CLXA 3VGGA 4OBRA 2RGLA 3WF2A 2XVLA 2J7DA 3VKKA 1XYFA 4QCEA 2WHLA 4AY1A 1X6NA 3SCTA 3ZO9A 4UQAA 3KWXA 3VM5A 1CZ1A 3HMCA 1CGUA 3AXIA 4AZCB 1VFMA 2FHFA 2WM0A 1DWIM 1OCQA 1UWRA 5LA1A 1G1YA 1KFWA 2E3ZA 1MXGA 2YLAA 4MDPA 2XVKA 5A6SA 2ZX7A 1E5JA 3AS0A 5KEZA 2A3AA 3RJXA 3OIHA 2WCSA 1WDPA 1DHKA 1BYDA 2FDMA 1CXKA 3HN3A 1BYBA 4J3TA 1MFVA 4UOZA 1ITXA 2DSKA 3WY1A 3T0DA 2GJPA 1EDTA 3BSHA 5A6JA 7TAAA 1HL8A 3ARQA 1HT6A 1E4NA 1ISVA 5GNZA 5FKYA 5DMYA 1HKIA 3L4YA 1LG2A 3D5HA 3SCQA 3SCNA 1V0NA 2Z1KA 3ARSA 3BAYA 1G0CA 1GJUA 2J25A 2J4GA 3W0KA 2J78A 2YBUA 2WC7A 1XGZA 3DC0A 2WZHA 1DWJM 3AYRA 1OSEA 3ZQ9A 1JXJA 3AS3A 1XSKA 1QOXA 2VR5A 3PN8A 1NWSA 2Y4SA 2BS9A 3A6OA 3CMJA 1FHLA 4WLCA 4XX6A 1ZBVA 3GDBA 3IJ8A 5CZKA 5JBFA 3AI0A 2DSZA 1EOKA 1PX4A 4AZCA 2E9LA 1MYRA 1V3IA 3A47A 4AD1A 1R7OA 1HL9A 3SCRA 1GQJA 1D2KA 4RE3A 4XZWA 1PZ2A 1E6SM 4LPCA 3K46A 4MNJA 2ZUTA 4JIEA 2CESA 3VD4A 5E09A 1DWFM 2D1ZA 3BAXA 4UQBA 4IISA 2WKLA 4ZXOA 3THDA 4HMCA 4BQ4A 4AWEA 1J12A 4WJXA 4W86A 4UFKA 5HXMA 5BXTA 4W8LA 2J7FA 1VIWA 4BS0A 1E0XA 5C71A 4KWUA 4HOXA 5TD4A 5M5DA 1UZ4A 3OBAA 3RDKA 1CWYA 4GI9A 1V02A 3DYOA 2D3LA 4C7DA 1HJQA 2VNCA 1J11A 2E0PA 3AHTA 2YL5A 4MNMA 1UR0A 2CKRA 2VR4A 1K9DA 1NWUA 4QLJA 4ATDA 4EKJA 2BHZA 1W9UA 5I3DA 3N9KA 2AAAA 1JZ4A 3GXDA 4OOUA 3W29A 4GI6A 1VFFA 3CHDA 3WENA 1M53A 4WKAA 1K9FA 2OYLA 3VD3A 2BXYA 4PN2A 1OGSA 4H7VA 1VBUA 3ZT5A 4PMUA 3AMLA 1KCKA 1IV8A 3VNZA 1NOWA 4HA3A 4DM1A 4AZBA 2J8FA 1EQCA 1KR1A 5CPSA 4AISA 1VAHA 4PMXA 3GBEA 4U2YA 4UQEA 1ZJBA 5I6SA 3AISA 4KRTA 1W9XA 4RL3A 5A95A 4J3XA 2V3EA 5ECUA 4UFJA 2UY2A 3W4RA 3AHYA 1E0VA 1B1YA 2XSBA 5I79A 3MUIA 3AS1A 1EGZA 4L4PA 3ZJ7A 2J7HA 1XV8A 5DFAA 3PTQA 2OYKA 1QI4A 2EPKX 3AMCA 3N13A 4WIWA 4Y7EA 4DWSC 1Q6CA 2WANA 3ZJ8A 1PEZA 2XVGA 2WLZA 4AD3A 3ARTA 3VMNA 3WD1A 4CGTA 1W1PA 3A4AA 4W5ZA 5D9PA 4JL2A 1JD9A 1W32A 1C3FA 2WHMA 4EE9A 2WMJA 2VJXA 1CXEA 1M04A 4W89A 1U2YA 4P7RA 2JALA 1C93A 3BSGA 4JFWA 2ZXAA 1VFUA 4XZBA 1E73M 2VX5A 3EYPA 2O9PA 1GOMA 2V3DA 1DTUA 3FAXA 4PMZA 4NRRA 1V0LA 3CUGA 3N17A 4GO9A 2XWEA 3WL0A 3AIUA 2J79A 4FK9A 2YBTA 3L4TA 4Q22A 1YHTA 2ZUVA 3NSXA 4W7WA 1EOMA 2VRQA 4HU0A 3O6AA 3CO4A 1R7AA 1HNYA 5DT7A 4PCTA 1GQIA 5I2UA 4GPNA 3LPFA 2VMFA 3GNPA 1FOBA 5D8WA 1JDDA 5CLWA 1NH6A 2ZX6A 1BAGA 4W7VA 9CGTA 5M17A 3W53A 2DGAA 2BVYA 2WWDA 1UD3A 2NT1A 4CKQA 3MSDA 2QMKA 3CUJA 1VJZA 1HKKA 2CHOA 2XWDA 1TVPA 1JZ3A 3SCWA 2YDRA 4UOJA 3WELA 3EDJA 2E9BA 1Q6FA 5IHSA 2VZSA 1FP9A 2FH6A 4BA0A 2W4XA 1WKYA 3AROA 5A2CA 2X09A 2UY5A 3MS8A 3OZPA 1IZKA 1ZS2A 2CITA 5CGMA 2G3JA 3MUY1 2WAGA 5D9OA 1SMAA 4PTVA 4MAZA 4QLKA 1QNSA 1UUQA 2J7GA 2QHAA 4S3KA 4GXPA 2PB1A 3CHEA 4NZCA 4ZENA 1E9LA 3AIEA 3PZNA 4OBSA 2OSXA 4JFVA 1ITCA 3CLWA 3BAIA 1UHVA 4OZOA 4MB3A 1XYZA 4H04A 4GZEA 2G4FA 3L2MA 2CBUA 2XUCA 4DUWA 4D6IA 3K4AA 4J3WA 2DT1A 1GORA 4CN4A 4LQ1A 3W38A 4GQQA 4RE2A 4R5EA 3VIIA 2XM2A 4EANA 1ZB5A 1E56A 5DEZA 5BCAA 3W24A 1NWTA 3ZM8A 1QW9A 2DH3A 1NOFA 3WNPA 1BHGA 1J10A 1E3ZA 1KR0A 3OZOA 1VENA 1H11A 1V3MA 2PBOA 1JGIA 2BXZA 4RE4A 3CUHA 3T2QA 3SIMA 5BYWA 3N18A 1PZ3A 1WNOA 4UNIA 4PMDA 4MPKA 1B90A 4H8UA 3NIYA 1FP8A 1GOOA 1V0MA 5C8BB 2EPLX 4TVCA 2DSWA 2JEPA 4YHEA 1UH3A 4JCLA 2VOTA 3G6LA 1XCWA 2XHYA 4JFTA 4XV0A 1OD0A 4BCEA 1PX3A 2WMHA 1CGTA 1JD7A 3WBEA 1QNOA 2NSXA 2BY3A 3F5KA 3LPPA 1JL8A 3EMZA 3WMSA 3WF0A 3GZAA 2V38A 4DWSB 2AOSA 1ZBCA 4A3HA 1PAMA 3OA5A 2DQXA 1OM0A 1CGVA 1J0YA 1GONA 4UZUA 3RM4A 1GHRA 4TOQA 1V6WA 1DWGM 1I1WA 1TA3A 5C70A 2ZUWA 5IFPA 4LYQA 4U3AA 3W28A 2DPEA 4P8WA 3VGEA 3VIHA 3MKKA 1H1NA 3T2OA 1UD2A 5E6YA 4F9JA 3CZEA 3U57A 3EMCA 3OLIA 1JNDA 5A8MA 2EEXA 2XFRA 3VIJA 1E15A 1HF6A 3K1DA 2F8QA 4DWSD 5BRQA 2DT3A 1UWIA 4QDMA 5DF0A 1ZL1A 1XH0A 1BG4A 2XIBA 3RO8A 1XH2A 3CZLA 4PTMA 3WDQA 3ARXA 1EIBA 2RGMA 4HZ7A 5IHRA 1RP8A 3ARPA 2PBGA 2V3GA 5CGTA 1IZJA 4W87A 2WPGA 1UWTA 1HJSA 3B9EA 5A6BD 2VL4A 3AMGA 3N1AA 1KCLA 1JG9A 1QBAA 1B2YA 3NJ3A 2CPUA 2EPNA 2VURA 3ARYA 3VPLA 3POHA 2ZX9A 1CXHA 7CGTA 1QHPA 1NWRA 7A3HA 1E3XA 3MMDA 4DWSA 2XGIA 2O9RA 2MANA 1E6NA 3CPUA 4AZIA 5AY7A 2A3HA 1JFXA 2WZIA 2HISA 2VCCA 1OT2A 2PI6A 4LX4A 4M56A 2Z1SA 3JUGA 2VRKA 3O9NA 3PTKA 1J9YA 1W91A 3VGDA 1M01A 4TVDA 1UR8A 1JXKA 2DT0A 1JI1A 2WVSA 1HN1A 4KGLA 3M46A 3WQVA 5A6BA 4KGJA 3WBAA 4AIEA 3CIVA 1Q6EA 3UR7A 1SYTA 4AXNA 4F8XA 3G6MA 1UD5A 1KWGA 3VUPA 1CPUA 1E4LA 3SCUA 2DSUA 1US3A 4J7RA 1US2A 2VRJA 1JYXA 2BNJA 3RJYA 3B9AA 5CSYA 4D71A 2YIHA 3WH9A 3AHVA 3TONA 2VUYA 2J7EA 4TTUA 3AMKA 3AZTA 3FXYA 4P7LA 3WDPP 1HP5A 4IUGA 2UY3A 1JAEA 2ZUUA 1GQLA 2EBNA 1R8LA 2JF7A 3MU7A 1FH8A 3VD7A 5M3WA 3ALFA 3RM8A 3RCNA 1GOWA 1C91A 1H0GA 2WYSA 1H4PA 1PIFA 1WZKA 3FAWA 2VCBA 3WEMA 3U7BA 2VVSA 1QHOA 4AYSA 1ISWA 3J7HA 1TUXA 4J27A 1JZ8A 2VX6A 4JKKA 4JKLA 1H09A 1R87A 2QLYA 3VD5A 3WH6A 4UZSA 1UWUA 1JYNA 3ARRA 3T0BA 4MTVA 3WDIA 1UOKA 4W7UA 1UYQA 2NW0A 1TZ7A 5F7UA 1UWQA 1B0IA 3VIPA 4LYRA 4FLSA 2OYMA 4S3JA 4UQ9A 3AZSA 1BGGA 1B3WA 2YA2A 3WIJA 1XD0A 4PRWA 1E4IA 4Z2GA 5EB8A 2GK1B 1HP4A 1QI3A 3FY1A 3PZMA 3SCSA 2W61A 2WLYA 1MW2A 4UFMA 4B15A 2O92A 3WD4A 2VTFA 1XH1A 1Q4NX 3WFLA 1VEPA 1XC6A 4CD6A 4M1RA 4PSPA 4UR9A 4DUXA 1BGAA 8CGTA 1JNEA 3PHAA 1UQYA 3CUFA 4X0NA 5LA2A 1JDAA 1CXLA 3T0AA 4AEEA 4AMCA 3SUUA 1V3HA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2JEQ A;  4WF7 A;  2G3N A;  4H41 A;  4V27 A;  1C8X A;  2GDU A;  4GIN A;  4MNK A;  4U5I A;  3MO4 A;  3WNK A;  1E72 M;  4W85 A;  2X05 A;  4H2C A;  4CCC A;  3EDK A;  3CH9 A;  1MQQ A;  4NSB A;  2CXG A;  2J7C A;  1KXH A;  5A3H A;  2JFE X;  3RME A;  1LWJ A;  2QMJ A;  4F9D A;  1V6V A;  1V6Y A;  3TTO A;  5FL1 A;  1GNX A;  4ACY A;  2GJR A;  4ATL A;  4HOW A;  1RPK A;  2VX7 A;  4Z2L A;  3AJ7 A;  1EDG A;  3GM8 A;  5CQ1 A;  1C92 A;  1W3J A;  6TAA A;  4CD4 A;  5A8P A;  2FGZ A;  3AZR A;  2QPU A;  1NOU A;  3EBV A;  2ZUM A;  3WEZ A;  4U33 A;  2X0H A;  3RPM A;  3THC A;  4AD0 A;  1OIM A;  1B3Z A;  2WNW A;  3EDF A;  3UCQ A;  1UKQ A;  3IJ9 A;  4B16 A;  3QOK A;  1QBB A;  1WAW A;  3QOM A;  5EFF A;  1ISZ A;  4M82 A;  1QHZ A;  3PZT A;  3VIK A;  8A3H A;  3KZS A;  5CG0 A;  3BXW A;  2XTK A;  1UG6 A;  1CXF A;  5BXS A;  2ZUN A;  2YA1 A;  1QNQ A;  1UD8 A;  2V5D A;  3WDJ A;  3UES A;  1DWA M;  3SEP A;  3ZST A;  1E0W A;  1UH2 A;  3ZT7 A;  2EPO A;  3CBW A;  5I78 A;  4W88 A;  2XFF A;  2BY0 A;  5GPR A;  4JFU A;  1CGW A;  5E0F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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