1OFRA

Crystal structure of the tyrosine-regulated 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase from saccharomyces cerevisiae complexed with phenylalanine and manganese
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
350
structure length
349
Chain Sequence
EEDVRILGYDPLASPALLQVQIPATPTSLETAKRGRREAIDIITGKDDRVLVIVGPCSIHDLEAAQEYALRLKKLSDELKGDLSIIMRAYLEKPRTVGWKGLINDPDVNNTFNINKGLQSARQLFVNLTNIGLPIGSEMLDTISPQYLADLVSFGAIGARTTESQLHRELASGLSFPVGFKNGTDGTLNVAVDACQAAAHSHHFMGVTKHGVAAITTTKGNEHCFVILRGGKKGTNYDAKSVAEAKAQLPAGSNGLMIDYSHGNSNKDFRNQPKVNDVVCEQIANGENAITGVMIESNINEGNQGIPAEGKAGLKYGVSITDACIGWETTEDVLRKLAAAVRQRREVNK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE
publication title Substrate and Metal Complexes of 3-Deoxy-D-Arabino-Heptulosonate-7-Phosphate Synthase from Saccharomyces Cerevisiae Provide New Insights Into the Catalytic Mechanism.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 122
structure length 349
sequence length 350
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date 2003-04-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1ofrA00
5HINA 1CX9A 4RR4A 5FEPA 3W7JA 3QJAA 1G6CA 1OX4B 3Q94A 1K8ZA 2Q8LA 1LBFA 3KVMA 1HO1A 3N9RA 4UCGA 4O0KA 1WX0A 3EEGA 3DU0A 4FNPA 2FB3A 1Q6RA 1QAPA 3S1VA 1K7FA 5D30A 3CU2A 4A2RA 2YFNA 3QMSA 3M5ZA 4XTDA 1NF0A 5D32A 4AHOA 2ZZ2A 1YXDA 3IEBA 1B57A 3TQKA 2BLEA 4P61A 1WA3A 3O07A 2NUYA 2Q8ZA 3W71A 3NL2A 1LYXA 2B7QA 3VKJA 3TAKA 3LCLA 1FDJA 2FIQA 4I7VA 3THQA 3BG9A 3PR2A 2WSRA 2YPIA 2AAMA 1L9WA 4IGHA 2QJGA 3E12A 3CWOX 1OG0A 1O95A 5HMSA 1JQXA 3SIZA 3B8DA 3NDOA 3G0XA 3VCRA 1ZHAA 4RV8A 2JGYA 1I8JA 1O5KA 2QCDB 3M44A 4QAIA 3NG3A 4PL2A 5BOOA 4IMGA 2P1FA 3UWUA 1G4SA 3HGRA 4FIQA 5HQEA 1TPUA 3C6CA 5T26A 4PH6A 5I3GA 4JTSA 1JCMP 1N8FA 3PF3A 4LU0A 5LGZA 3EX3A 5DCBA 3WFAA 3B0UX 3W87A 4UTIA 2C13A 1EEPA 3FS2A 4KFOA 2Y70A 3NZ1A 3MJYA 4MLRA 3HGJA 3BVJA 2G97A 1FQ0A 3DBPA 3B0PA 2V2CA 1ME7A 3S5ZA 3LERA 2ZCGA 3U8GA 4DF0A 4YWIA 2GJLA 4JXCA 1IIGA 3QPYA 3G8RA 3TU9A 4RCXA 3TE9A 4RZ6A 2YSWA 4ZQCA 5H2ZA 3C2VA 4CLMA 8TIMA 2ZA3A 5HWMA 2CLEA 1FCUA 3K30A 4IX0A 2QEZA 3LB0A 4K7VA 4RXFA 4O12A 1H7XA 3GXTA 5H91A 3L0KA 1PV8A 3NL5A 5D03A 1OFAA 3G8EA 5HWJA 4LVDA 4JN6A 1UUOA 3N19B 3L21A 4Z1CA 4AF0B 3DHFA 3G1HA 4GUJA 5AOUA 4AWUA 3W72A 4NZFA 2FJKA 5DXYA 4O52A 1LROA 3MP3A 4FX6M 4HIBA 4UTMA 4IMCA 2QUVA 4OT7A 4LUJA 4LS1A 2HMCA 4CNNA 5D37A 3EX2A 3UQNA 1TPWA 3PBYA 3C2FA 1SR9A 2YFOA 1OK4A 4A22A 1SPQA 4CQAA 1W56A 3QM3A 1WOBA 3JS3A 4MY9A 4UIOA 1SZNA 3LXCA 2CLMA 3GKAA 4DF1A 4FNUA 4JY9A 1H5YA 3GXNA 3G1SA 3TW7A 3A24A 3NQ7A 1YDNA 4PTNA 3W7LA 3BW4A 4WQ6A 2CLOA 1R30A 3W9ZA 1K02A 3TK7A 1UUMA 4LS2A 5EMUA 1X1ZA 3PSWA 1XDMA 2ATSA 1LORA 5IBXC 2R14A 1PCWA 3S8HA 2WJZA 3QSTA 2ZRXA 3WK0A 4M5PA 2E1DA 1T8XA 5A5WA 2RDTA 3NEVA 2B7OA 3P80A 3IGSA 2ISVA 2HTMA 4EWND 3LHTA 3STGA 3FIGA 3W75A 1XL9A 1UB3A 3W84A 5IM51 4R33A 4YL2A 2BSLA 3T40A 1MEWA 1F73A 1W54A 4HNTA 1O5XA 5D38A 3SY5A 5HR6A 4L4MA 4HNNA 5BRBA 5K4ZA 1H1YA 1AL7A 1SZFA 2TRSA 5EYWA 2ZRZA 3VFLA 2ZZ3A 1NFBA 3LXAA 3O06A 1PHQA 5LNUA 4N9BA 2DZTA 3L9CA 3HBLA 1VLIA 3IGXA 2JKPA 1DQXA 2ZRYA 1A53A 1R2TA 1ALDA 1O4UA 3W1UA 4JTHA 4BFAA 3EWUA 1D9EA 1VHCA 1EUNA 5D2XA 3BLEA 4GUGA 3SGUA 3GYEA 4Y8FA 3UZ5A 2QUUA 2Z6JA 4XBKA 5DBUA 1JUBA 5CG7A 4XWUA 3P81A 4BWLC 1VGAA 3A22A 4UFMA 1ICQA 5BMWA 1AL8A 1WOAA 2H3DA 2H6RA 3IVTA 1VJIA 2Y85A 1TTIA 3TV8A 4LOCA 1RZMA 4MPQA 4HPJA 4JDBA 2J9ZA 3W22A 5ABTA 5BMXA 4O4VA 1H51A 1LLZA 3FJLA 4XTIA 3M7WA 1HL2A 2H90A 4N6FA 4TO8A 1HFBA 4ADSA 4UNLA 3TSDA 1G4PA 3C2OA 3QMRA 2NX3A 4OU1A 2A7RA 1YTEA 3YPIA 1I2NA 1FX6A 5I3JA 6TIMA 5KITA 5KZEA 4A3UA 2VEMA 1JCJA 3HPZA 4JTTA 3E0IA 3CM4A 4ZQMA 1KV8A 2QDGA 3ELFA 2NWRA 2PRHA 1NSJA 1GYNA 3C3NA 3B4UA 3NXFA 4UR7A 2F84A 2J27A 2QR6A 3LM7A 4UMBA 3U6WA 3NPXA 5CZTA 1QCWA 1X8FA 4AHQA 1EP3A 1CW2A 5K2ZA 4K6AA 3F03K 3TW6A 4QISA 1QOPA 2FFCA 2VFEA 4AVFA 1XFBA 3LI0A 3LX9A 4JIPA 2NUXA 1BKSA 4PFMA 3QW4B 1F7BA 3AO0A 5DBTA 3BW2A 4DF2A 3IIVA 2FPYA 5KTLA 4JS3A 1TPB1 1GQNA 2D73A 4MZYA 1VYRA 2GVJA 3B04A 1N55A 4Y96A 2RH9A 3S0CA 2ZZ4A 3E96A 2FPTA 3IIPA 1TRDA 2ZQ0A 7TIMA 5K7JA 1OF6A 4LRSA 1QPQA 2JK2A 1TO3A 1XC4A 2X1RA 3F4NA 5DCDA 4OBTA 3HIJA 1DJNA 5IBXA 4ZQOA 1Y0EA 2OJPA 4QNWA 4QSHA 2WNZA 3UXDA 4CQ8A 4O1DA 3LCIA 5K4XA 4UTKA 3FA5A 2ABBA 3GXPA 3A21A 2WOQA 2HS8A 3QZEA 1W5PA 4N9EA 1FCQA 4FX7A 3KVKA 1W0MA 4RX0A 2F7FA 3CT7A 3LCHA 3OHIA 4BK9A 2YW3A 3GDTA 3W07A 1HG3A 2VEPA 3OG3A 1VC4A 3TC7A 1G4EA 3HF3A 3HG5A 4NZJA 2Y7FA 1LBMA 1VQTA 3O15A 2PE4A 1H7NA 5FI8A 3MWAA 3EXRA 5GVJA 3UWYA 2OZ0A 1KFKA 4IXHA 4JTKA 5F2GA 3OVRA 1ADOA 1SQ7A 1LRNA 5CZ0A 2CFFA 4WUIA 3LRKA 4FO4A 3KFTA 5G5IA 3S5OA 2UV8G 3LHZA 3WK2A 4O8RA 3UXAA 2Y61A 3GVGA 3GR8A 1GG0A 3EXTA 3W7NA 3I7RA 1W1ZA 4RZ4A 3VI2A 1VR6A 2WQPA 3W23A 3TSBA 1I4NA 3GDMA 5D05A 4P2VA 3GX9A 4BWLA 3HGOA 5A8GA 5FEXA 3TJXA 4PC8A 3ATYA 2B7PA 3CQ0A 4JYEA 1XBZA 2E6AA 2VC6A 3ATZA 3N3MA 3PBWA 5AFDA 2A4AA 1R46A 1OHLA 1RPXA 2QCNA 3L67A 4O16A 2GQAA 1QR7A 2XFWA 1U5JA 3FLUA 5AN7A 1RD5A 3BW3A 1W3IA 3LRLA 3ZWSA 4UTHA 4QQ3A 4LW7A 4IMEA 3G1XA 2PURA 1F2JA 2Z0IA 2QCGA 3PULA 5G1TA 3PB0A 3LGEA 1LBLA 3PC0A 3B05A 3S1WA 1TV8A 3TH6A 4WY0B 3P60A 2QCDA 1RQBA 1KFCA 1LP6A 3I7SA 1SZGA 3LOTA 1I2QA 3OBKA 5BNKA 1X6UA 1KFEA 3LCXA 4NJIA 4O15A 2R91A 3QC3A 2I9EA 3W7CA 3M9YA 3BLIA 1M7PA 1J2WA 1MZHA 1CI1A 4LY8A 2VFFA 4OHQA 2E68A 4H6KA 2NV1A 4AXKA 5AB3A 1EA0A 4UFJA 3CHVA 1OYCA 3MP5A 2VOMA 4WD0A 4Z08A 3G24A 1H7RA 3C56A 3TROA 2ZTKA 3IVSA 3LCFA 4UUIA 1K8YA 4NJKA 1GVQA 1JCXA 3IIXA 3NQFA 3RLVA 5AC7A 5LHFA 3N9SA 4JNMA 3LHWA 1M5WA 5E93A 4CCEA 2C1HA 5AC6A 3W7HA 3TR2A 3SJ3A 4UMCA 1GPWA 2XN1A 1T96A 1FWRA 1H60A 3SGZA 1DQWA 2A5HA 3G18A 2DP3A 1XBYA 1C8VA 3MO7A 2Z1BA 2EPHA 2EHHA 4GE8A 4K39A 1XUZA 3MHFA 3QQ0A 4LV9A 1JQVA 2CLIA 1ME8A 1EP2A 2B4GA 3LV5A 2FB2A 1F6KA 3NQMA 3UWZA 2QAFA 2J9YA 4NX0A 1I45A 2Y7EA 1G67A 3NPUA 3DHDA 3RMJA 4O53A 4O0ZA 4EIVA 4AAJA 1I2OA 4JX6A 4FXRA 5LSMA 1TQXA 2ZFAA 3TMQA 5KZDA 3W7EA 1L6SA 2ZZ1A 3LTPA 1FXPA 1D3GA 2QCFA 2YCEA 4LRTA 4ZL1A 1QDSA 3C2RA 4DBEA 1FBAA 1NVMA 3EWZA 3R5EA 3GDKA 1O94A 4RZ5A 3W70A 1VCVA 2BXVA 1QPNA 3ZFHA 3M1ZA 3CTLA 4TX9A 1FDZA 4M6QA 5F1UA 1IGSA 1SFJA 2FDSA 5EKYA 5AHFA 2ZA2A 2Q3OA 4UR8A 5D33A 4IX2A 5HUOA 3GNNA 2QCLA 4MUZA 3ABRA 5CSRA 4C1KA 1JCYA 3GAYA 2RHGA 2CU0A 3G1AA 3MI2A 3FKKA 2GPTA 5HR7A 4ZMGA 2PCQA 2ZRUA 1WBJA 2A21A 1BWKA 3L5AA 3EWYA 1OYAA 1SW7A 3MW7A 3Q37A 1RR2A 2FLIA 1YYAA 2Q3RA 4R53A 4UNKA 2NLIA 1OFOA 1D3HA 4BI6A 3W2MA 1EIXA 1DORA 3G3DA 4RKAA 2H8ZA 1JVNA 3LBMA 1AK5A 4GFSA 2YXGA 3W7QA 2WSQA 1SU5A 3UD6A 3ABOA 2FPVA 4MFDA 1YTKA 1W5OA 4MY8A 3HPSA 2E09A 2ZBTA 4FF7A 3W3OA 1IF2A 2H8XA 1LOLA 3NL3A 2DORA 1WXJA 2R8WA 4GNJA 4E2DA 3WJWA 4A2SA 5KSWA 3OVQA 4QM1A 3USBA 4RJEA 1FWTA 2QKFA 1IIHA 1XUUA 1SSGA 1LRQA 2ZZ7A 3C2EA 2NUWA 3Q58A 5G2HA 2EAWA 2J6XA 4PCFA 1KM4A 1TV7A 1XXXA 1IXQA 1RQEA 2JKAA 4CQ9A 3FYPA 4IWWA 3R89A 3HQ1A 3S6DA 3HGSA 1YADA 4BF9A 1GVSA 1DOSA 5C2XA 1SO3A 3W1NA 5LHEA 3HG4A 3NQCA 3W1TA 4OWGA 1H62A 3NYZA 3LHUA 3O63A 1SO6A 4TIMA 1HO4A 3N34A 4DQWA 1TV5A 4MJZA 4JEQA 3L68A 2BWGA 1SW0A 3O8AA 4GJ1A 4I7WA 1UASA 1QWGA 1TPH1 2OMAA 4JYFA 1W5MA 3TQVA 2XN0A 5L6UA 4HKPA 3NPWA 4IUOA 1GVFA 3NQ6A 2W79A 4O13A 1B9BA 2DZXA 4MYXA 3KRSA 4GUIA 1ZCOA 5LZLA 3B03A 3EX1A 3G0UA 2G95A 2TMDA 4LC6A 2BZNA 3W7GA 3ABQA 1G69A 3PAJA 4JTUA 3EWBX 4HT3A 4MJMA 1WV2A 1AW2A 3W7OA 1I2RA 2YYUA 3U2OA 3QRHA 3W2NA 1TPEA 3LHYA 5LNVA 1VRDA 3TMLA 2Y89A 3RNDA 4KKXA 2V2HA 1QOQA 4A29A 3W88A 3O6DA 1Z48A 3W7IA 3EXSA 4K7YA 2G5WA 4M6PA 2H3BA 5K9XA 3MHGA 1OK6A 2GVGA 1F76A 3QSRA 2G96A 1JJKA 1TJRA 3NOEA 3HG3A 1VLWA 3LI1A 3MBFA 2WPBA 5CPOA 4FEZA 4XUGA 3G3MA 2PRMA 4LUIA 2ISWA 1F5ZA 4XKYB 1QNVA 3IRDA 4HNUA 2CLHA 1XI3A 1EP1A 1LOQA 5AHMA 1I2PA 1LDCA 5AYZA 3HPXA 3T55A 2GQ9A 4RK8A 4GXMA 3R8RA 1A5SA 3LXBA 5AHNA 3LDVA 1KM0A 1GVOA 1RQHA 3W2KA 1KM1A 3PG9A 2ZTJA 4YLWA 3W1QA 1SO5A 3UYCA 2V5LA 1SO4A 4CCCA 1JUKA 1W8SA 1QO5A 2E6YA 2AQWA 1FCVA 1YXYA 4K37A 3PG8A 4JDYA 2QF7A 3N2XA 3W2JA 3MUXA 2GQ8A 5CPLA 1TTPA 3G1DA 2E5DA 3FJ6A 3H53A 4M6VA 2EGZA 4UC5A 3LCWA 4DXVA 4YMZA 3TXZA 1FY6A 3W85A 4PODA 5KMYA 1H7WA 4K8HA 4KFPA 4M7TA 4ORIA 4PEKA 4LVAA 3N14A 2I14A 1AMKA 1SFLA 3BARA 5F2MA 4AWSA 1F05A 1RVGA 2DZPA 3LBCA 3ANYA 1LCOA 1W31A 4X2RA 1HTIA 3NQAA 1OFQA 1VCFA 1KW1A 1ONRA 3PM6A 5DY2A 3N2MA 3TCEA 3TA6A 3PUEA 4MZ8A 3W7RA 3GDLA 2E6FA 2QJIA 3LHVA 1KLZA 4J9JA 3W1AA 3IIOA 5EA9A 2C3ZA 1Z42A 3SECA 4N2YA 3DFTA 5F4SA 1MEIA 3FOKA 4OQVA 5DLCA 1EWDA 2ZZ6A 4IOTA 4Y9AA 2P10A 5DY3A 2C15A 4X3ZA 3FKRA 1Q6OA 4MVAA 3GLCA 3CC1A 3GZ3A 3BG5A 1WYIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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