1SSDA

Understanding protein lids: structural analysis of active hinge mutants in triosephosphate isomerase
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
247
structure length
247
Chain Sequence
APRKFFVGGNWKMNGDKKSLGELIHTLNGAKLSADTEVVCGAPSIYLDFARQKLDAKIGVAAQNCYKVPKGAFTGEISPAMIKDIGAAWVILGHSERRHVFGESDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKAIADNVKDWSKVVLAYEPVWAIGTGYSLTPQQAQEVHEKLRGWLKSHVSDAVAQSTRIIYGGSVTGGNCKELASQHDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords Triosephosphate isomerase
publication title Understanding protein lids: structural analysis of active hinge mutants in triosephosphate isomerase
pubmed doi rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 87
structure length 247
sequence length 247
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date 2004-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1ssdA00
2ZZ2A 4PCFA 3BK0A 3NM3A 3RMJA 3KXQA 3F1QA 3W7HA 2DZSA 1C9DA 3C2FA 2Z0IA 3W7QA 3UD6A 3R12A 1ZY9A 1OFAA 3L5MA 2PCQA 3UPBA 4S2BA 5DELA 3TH6A 1ADOA 2E6AA 4K7VA 5EMUA 1AL7A 5L9FA 2FPTA 1SPQA 2HTMA 5FEXA 3HMJG 4O1CA 3THQA 4AXKA 5MHBA 4S2CA 1YDOA 4B5NA 2A5HA 2F84A 3W83A 2PRHA 3C2EA 3LCWA 1W56A 1RPXA 4UFJA 4K8EA 4K38A 4O28A 2HS6A 3KRUA 2FB3A 1QNVA 1IIHA 4ML9A 3A5FA 4LVGA 3O6YX 1H1ZA 4K8HA 3LOTA 4OE7A 3NL3A 1QR7A 1W8SA 4AB4A 2VFIA 4K36A 1XXXA 3V75A 3IRDA 5L6UA 1ZHAA 1HFBA 1LROA 3TFXA 1M5WA 1WBHA 5AHEA 4PH6A 4BFAA 1H7WA 1OFQA 4LRTA 4E0CA 4O12A 1GTHA 3UY7A 3A5VA 2E6DA 1F74A 2G5WA 1S3HA 2Y6ZA 2B4GA 3BGJA 3PAJA 3L0NA 2YFNA 1YDVA 1T99A 1G4PA 3MBDA 2C14A 4RCXA 4YL2A 2B7NA 3BLFA 1W3NA 1QDSA 1QO5A 3W1LA 2ZDRA 2CFFA 3W74A 3MI3A 4YCPA 5AFDA 4RV8A 3W73A 3U2OA 3MI6A 1H7XA 2TSYA 3L0GA 3UWWA 2CWNA 3SZ8A 5DBTA 4K37A 1M7OA 1OFEA 2Y85A 4MJZA 2WNNA 3G3DA 4UTMA 3LV6A 1B4EA 5SWUA 1HTIA 4NZFA 1XBZA 2Z6IA 5D09A 4GJ1A 4LVDA 2ZRWA 5BNKA 5LGXA 1T0OA 2WSRA 1D9EA 2H3BA 3UWZA 5AC7A 1Z48A 1EB3A 3E02A 3QJAA 4IXHA 1UCWA 1KFEA 3UWYA 4OV9A 3S5NA 3W85A 1VGAA 1H1YA 3GIYA 4WY0A 4A3UA 3HB9A 1JCYA 1KM1A 5E0KA 3C2OA 2CZ5A 3A21A 5A5WA 1G4SA 3FKRA 3MW7A 3SGZA 3D0CA 4N9EA 3P5YA 1FWTA 1SSGA 3DH7A 4CQAA 3PM6A 4CNNA 3QZEA 4A22A 1L6WA 3DKLA 4JNMA 1TTIA 1JQXA 3EXSA 4K7YA 3S1XA 3W6YA 4NJGA 1H61A 1SO3A 1SZNA 1Z42A 4CQ8A 3GAYA 2OT1A 3FYPA 4UTHA 1ONRA 3MWAA 4IPJA 2YYUA 5BOOA 2YCEA 3LRMA 3QM3A 2Y7FA 3S6DA 1XUUA 1KLYA 2EPHA 1UASA 5LNSA 3S1UA 2A4AA 4UTTA 3HF3A 1W5OA 2YYTA 3OHIA 3AO0A 2NUXA 4JICA 5LKYA 1P1XA 3DFOA 1SR9A 4R53A 5LGZA 3N9SA 2JGQA 2P0OA 5LNWA 3OG3A 2PRLA 4AF0B 1KM3A 1P0KA 4M6PA 4GXMA 1H7OA 2VKZG 2V81A 3K30A 3DFSA 4IUOA 4O1BA 1H7RA 3WJWA 2JBMA 4JTHA 5HULA 4Y6GA 2XFWA 2J9ZA 1B57A 1OX6A 3QMTA 1RQEA 1PV8A 3RF9A 3RU6A 3C2RA 2JKEA 2ZA3A 3R8RA 5I3HA 2WV8A 2B7PA 4NXSA 5U4NA 3H53A 1AW2A 1RQHA 3A23A 3L0KA 5LHFA 1LCOA 4Z0SA 1FDJA 4MY9A 4AHQA 1LRNA 2YZRA 3RLVA 1F73A 3BLIA 4PODA 3W1XA 2ZZ4A 2KZHA 3QRHA 4FIRA 4NT0A 1YPFA 1XDLA 3QSRA 4AWUA 3VNDA 2QCGA 5H2ZA 1EA0A 4IQLA 3CHVA 3W22A 1THFD 4IGHA 1QPNA 1O5XA 4JTJA 3W7DA 4UTJA 1VCFA 3W1MA 2Z1BA 3I7SA 5CZ0A 4A2SA 4JYEA 4L4LA 5HWNA 4MFEA 3IVTA 3F03K 4FHAA 3FJLA 1WV2A 3W86A 5U7SA 1FDYA 1N7KA 3EXRA 1IIGA 3GDKA 1G6CA 5FEZA 4O4VA 3G3MA 3W88A 2ZA2A 3NL6A 3F4WA 3G1AA 5CKSA 1VPXA 1M6JA 4MFDA 5C55A 1MZHA 5I3KA 1GVRA 1KM0A 1XFBA 3GKAA 4P61A 4RJEA 1H62A 5K2ZA 4HNUA 3HPXA 1O5KA 2NV1A 1KM5A 1F2JA 5AYXA 1YTKA 5T26A 3W7CA 1IF2A 3RNDA 2QJIA 5E1QA 3TC7A 1TV8A 4ZZ9A 4OU1A 3EX6A 4UUIA 1EWDA 3NOEA 5AN7A 3LTSA 4LWWA 4JN6A 3CIXA 3EEGA 4TR9A 2VEMA 3MP3A 1PCWA 3HOJA 1GYNA 2B7QA 2V82A 4NX0A 5CG7A 1FY6A 1KBJA 4UC5A 4RKAA 2V2HA 1MO0A 3SI9A 3RK8A 3YPIA 1QPRA 5EBUA 4AMAA 4AVFA 5D33A 3LHUA 1JVNA 2ATMA 5AB3A 5CPLA 4NXKA 2BTMA 5FI8A 4O0KA 1LYXA 3I65A 1O60A 1W1ZA 4JTTA 5HUOA 3W9ZA 1EPXA 3L5LA 4HSOA 3MI2A 4ZQOA 5HWMA 3R13A 4AWTA 3A24A 2FIQA 4LV9A 4FB7A 3CM4A 4Z1CA 1JCNA 7TIMA 4DO4A 3VKJA 4MZ1A 4XBSA 3DU0A 1QAPA 5TIMA 1ICQA 2ZYFA 4MLJA 1ME7A 1RD5A 4LOCA 3UYCA 3W2KA 1MSSA 4TU1A 1O95A 3ABQA 4LNYA 3O6DA 3W7RA 3LRLA 3I6RA 4W9TA 5DXXA 4O10A 2EHHA 3E9AA 3NPUA 2ZRYA 3TE9A 5D02A 5BW6A 4GBUA 1QWGA 4RLIA 3Q2DA 1I2OA 3LDVA 5AHMA 3WFAA 3P61A 2H8ZA 3W75A 5CSRA 1GVFA 1FWSA 1DKWA 4QAIA 1JUEA 4UTIA 1SZFA 5G5IA 1R46A 3CQ0A 1NF7A 2RDUA 1WXJA 4LVAA 3NQCA 5IBXA 4UXDA 2F7FA 3DXIA 3GAKA 3W2NA 3N14A 3UWQA 1YPIA 5KZMA 1I45A 3NXFA 5G1YA 5C2XA 3I7RA 3T55A 2P1FA 5TBOA 6ALDA 2Y89A 1K03A 3LI1A 3P8IA 4HKPA 1TIMA 3M43A 3R5EA 3TAOA 4EF8A 1AL8A 3W7IA 3TSMA 4ADTA 3G1XA 2TYSA 3WK3A 3KVKA 1WA3A 3WK1A 1AG1O 1GTEA 3W1UA 4DPQA 3ELFA 3LM7A 3SW6A 1VCVA 1F7BA 2FJKA 3BVJA 1J2WA 4PL2A 5C5YA 2C13A 3LGEA 1QO2A 5HUPA 1L6YA 1Q3NA 4UNKA 1PVNA 4HNTA 1OFPA 3UXDA 3PSVA 3NPWA 2V8ZA 5EPDA 3FJ6A 4NJHA 4R34A 3UZ5A 3CEPA 3BPWA 4ZL1A 2TPSA 4RZ6A 4O57A 2NXGA 2ZZ5A 1HL2A 1F5ZA 4XUGA 2NX9A 1G7VA 4IXXA 2VOMA 5FF2A 3W2MA 2ZRVA 1UB3A 5KSWA 4QSHA 1TTJA 3MJYA 3N19B 1C8VA 3UWVA 3P5ZA 5EYWA 3LHTA 3G1SA 1OYAA 5AHLA 4NJKA 3DZ1A 2FLIA 2GJLA 3P62A 3G18A 2NZLA 5J5RA 3LBMA 5EL1A 4E2BA 1VH7A 4FEZA 4I9AA 4UMBA 1K7XA 3DENA 2DORA 1J4EA 3CTLA 3HGOA 2DJXA 4IJBA 3ATYA 4PEKA 4NJJA 3SFKA 4M6VA 1P4CA 1K3UA 3NAVA 3B0PA 1MXSA 1VRDA 2QDHA 2C19A 3HPZA 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1TPDA 3V1PA 4WD0A 3WJYA 3PBUA 4XKYA 3S5ZA 5KINA 4UTWA 5F1UA 5D03A 4TMCA 5DCBA 2I14A 1LBMA 1ZAIA 4U4MA 3GKFA 4QQ3A 5CZTA 5ABTA 5F4WA 5DN1A 2ATSA 1DL3A 3QW3A 3GDLA 4A2RA 2C3ZA 1TV7A 3GXTA 2QCFA 3W1TA 2J9YA 3W1AA 2I9EA 2Q8LA 1YDNA 1DBTA 4WZHA 5F2IA 2AAMA 1XKYA 1LZOA 1KM4A 2DZXA 1H60A 1TPB1 1XBVA 4JDBA 3HBLA 4HNNA 2DZWA 1OF8A 3LCIA 1OX5A 4YMZA 2X2GA 3S42A 2GPTA 4ZQMA 4O18A 5F2MA 1LLZA 3QEZA 3FS2A 3TSBA 3KOFA 5FESA 2YPIA 3QF0A 4WXYA 1B9BA 1GVQA 1LOLA 1DVJA 4N4PA 4YXGA 1R47A 3QFEA 3TFCA 1FBAA 3GYEA 1SZEA 3GK0A 4LVBA 4XTDA 3W84A 2OT0A 2PRMA 4LU0A 5FEPA 2VEIA 3VI2A 3PR2A 3TJXA 4CLMA 1RQBA 2YR1A 5EA9A 3QH2A 5D2WA 3MMTA 3O15A 3LHVA 1QOQA 2EKCA 2GVGA 2RKXA 1NF0A 4JDYA 4FIQA 3TSDA 1GJPA 1FCVA 5IBXC 1G67A 1RR2A 2RH9A 4EIVA 2WO5A 1H7NA 3G0XA 4GE8A 2NXHA 3GXPA 1HG3A 1OK4A 1GQNA 1SW7A 3W7JA 3G1DA 3MBFA 5FF4A 3I7QA 3SY5A 3NVTA 3LHYA 3G1HA 5CSSA 1GWJA 3NL2A 4MKNA 5F2LA 1OFBA 1U5JA 2WPBA 5KMYA 4NVTA 3W72A 1TCDA 2RDWA 3P8JA 4TIMA 3E49A 5D38A 4POCA 1WBJA 4JTKA 4I7WA 2Y88A 3LCHA 1R30A 1FDZA 3NQ2A 4RX0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3WQE A;  4J2P A;  3G3D A;  4A05 A;  3LV6 A;  5SWU A;  5HMD A;  3LK6 A;  2BVT A;  5LIX X;  1DPM A;  4HOW A;  5BNK A;  1W91 A;  1D9E A;  2C0H A;  3UWZ A;  1Z48 A;  2OZ8 A;  3AU2 A;  3KBN A;  1EB3 A;  4C60 A;  3QJA A;  1F07 A;  4OV9 A;  2VZS A;  1XPY A;  1VGA A;  4ZO6 A;  1ADD A;  3GIY A;  3KBJ A;  1VJS A;  1R3W A;  2O4Q A;  1QI4 A;  3HB9 A;  1PKN A;  3WLQ A;  5E0K A;  3C2O A;  2ACQ A;  4LAZ A;  1EIB A;  4DLF A;  2ZWZ A;  1XQL A;  2VWT A;  1UOK A;  3P5Y A;  2XTK A;  1UKT A;  3KL3 A;  4CNN A;  4CQA A;  5A6L A;  3D5H A;  2P50 A;  2DY3 A;  4I6V A;  1IQ8 A;  3NSX A;  3S1X A;  3AUO A;  4QS6 A;  3B8U A;  1J79 A;  2Q6Z A;  2WXD M;  4DXK A;  1SO3 A;  2D2H A;  3GAY A;  1ONR A;  2PPG A;  2YYU A;  3H12 A;  1QK0 A;  2ZUN A;  3A4J A;  3GO2 A;  3VO0 A;  1BSL A;  3LRM A;  3FN9 A;  1XUU A;  3WD3 A;  2A4A A;  4UQE A;  4UTT A;  2YYT A;  3AO0 A;  2NUX A;  4L56 A;  5FA5 A;  4R53 A;  5CAH A;  1LL6 A;  1E0T A;  2JGQ A;  2P0O A;  5I7G A;  3L4W A;  4CKQ A;  1KM3 A;  1IZC A;  2F9R A;  1V8E A;  2JBM A;  2OFJ A;  2J9Z A; 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