3STCA

Crystal structure of loop 7 truncated mutant of 3-deoxy-d-manno-octulosonate 8-phosphate synthase (kdo8ps) from neisseria meningitidis
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
266
structure length
249
Chain Sequence
MDIKINDITLGNNSPFVLFGGINVLESLDSTLQTCAHYVEVTRKLGIPYIFKASFDKANRSSIHSYRGVGLEEGLKIFEKVKAEFGIPVITDVHEPHQCQPVAEVCDVIQLPAFLARQTDLVVAMAKTGNVVNIKKPQFLSPSQMKNIVEKFHEAGNGKLILCERGSSFGYDNLVVDMLGFGVMKQTCGNLPVIFDVTHSLGRRAQALDLALAGMATRLAGLFLELHLLEDFLIRIKALDDLIKSQPIL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
publication title An Extended (beta)7(alpha)7 Substrate-Binding Loop Is Essential for Efficient Catalysis by 3-Deoxy-D-manno-Octulosonate 8-Phosphate Synthase
pubmed doi rcsb
source organism Neisseria meningitidis
total genus 82
structure length 249
sequence length 266
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2011-07-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3stcA00
3QW4B 1PV8A 1KM0A 8TIMA 4FNSA 3NPVA 4GUJA 4JN6A 3D0CA 1KA9F 3EWBX 3FIGA 5G2HA 3HG3A 4P61A 1AG1O 1W3IA 3PG8A 2X1UA 4UR8A 2ZDRA 1YPFA 3KVLA 1ADOA 2DZSA 2FB2A 3STCA 3O6CA 3NQVA 5LNUA 3P8IA 3P5ZA 5CZSA 3GAKA 5EPDA 1VPXA 3LCFA 4LC6A 4CCEA 3A23A 5EBUA 1M7PA 3KX6A 2VFDA 4HNTA 3UWQA 3NL6A 2ZRZA 3EX4A 3STEA 4DF0A 4BWLC 3KVJA 1EUNA 4MJZA 1RPXA 2WO5A 4L4MA 4UTLA 2QCNA 3DHFA 2I14A 3IIOA 3G24A 4JDBA 4Y6GA 4D2JA 1TV7A 5DY2A 2H8XA 1D9EA 3SI9A 3W7KA 1OHLA 1VGAA 1OFRA 3F1QA 3ZWTA 2A6NA 3DGRA 2HSAA 3DFTA 4UFIA 1KFJA 4UIOA 1ZJIA 4LC8A 4FX8A 1Z42A 1P0KA 4FX6M 3G0XA 4M7SA 3LB0A 3GVGA 3TW6A 5DY3A 4JIQA 1F2JA 2PC4A 2V81A 3BGGA 3OVQA 3P74A 4CNOA 4YCPA 1VHNA 4O11A 3O6YX 3DI0A 3SSJA 3G1HA 3G3DA 3FKRA 1LLWA 4QITA 3RFAA 4NU7A 1EWDA 3LV5A 3KHJA 4XWUA 3QM3A 6TIMA 1HL2A 2ZCGA 3RK8A 4PCFA 2XFWA 3B0VC 3RLUA 4WXZA 5HUPA 3EWZA 5EKYA 3V75A 1WA3A 3LCXA 4FNUA 3L68A 2YPIA 4JD4A 1FWWA 2JKEA 2Y7DA 3O07A 3C3NA 2VFHA 2ZBTA 3C61A 3PS7A 5DN1A 3DH7A 4O17A 4IMEA 3DZ1A 2NV1A 4JDYA 1XBYA 4AWSA 1W5MA 2NUYA 1F76A 5K7JA 3SJ3A 4HSOA 3MP3A 4O1BA 3QMSA 2QCDA 4FNQA 2QAPA 4L4LA 3JR2A 3F03K 4JX4A 3SGUA 4AF0A 3QPYA 4WD0A 1TIMA 4H3DA 3UWUA 2FIQA 1EUAA 3W1XA 3QEZA 1AL7A 2OX1A 4O1DA 3W86A 5CGQA 4ALDA 2V2CA 1IXNA 1OFOA 3W2KA 4NZFA 3HGJA 4X9SA 4QISA 2W79A 3ABQA 5G1TA 5TIMA 2ZRYA 3LV6A 5KITA 4CLMA 1M5WA 3PSWA 3W1RA 2ZZ5A 3W87A 3UY7A 2CLOA 3TQ0A 3S0CA 2FPTA 1WBHA 3TROA 3GXNA 2AQWA 1LOLA 2BSLA 2OMAA 3FOKA 2BWGA 4PL2A 1RQHA 1L2UA 2ISVA 3NAVA 1SZGA 3L5AA 3G22A 1S5VA 1QPNA 1FUYA 1GVSA 3CQ0A 2ATSA 4JTTA 1EP1A 2GVLA 4CNNA 4E2BA 3WK3A 3N2XA 4GUIA 1TQJA 3W07A 2QKFA 3W7HA 4IQLA 2P10A 3U8GA 3PSVA 4UR7A 4ZQMA 3NQ7A 3TFCA 1PCWA 2BXVA 2J27A 3S6DA 5FESA 3N73A 1GYNA 3UZJA 1EP3A 3IV3A 4CCCA 1AW2A 5LHEA 2JK2A 1XBZA 3QF0A 4FB7A 3VKJA 2YFOA 2A6LA 4WY0B 3TQKA 1DOSA 1OFAA 1G67A 2XN2A 1DORA 4N9EA 1FWRA 2NWSA 3SGZA 5AC7A 1OYAA 5CPLA 4KWVA 3VE7A 3PWAA 5FF0A 3GZ3A 5HWMA 3SECA 5FEXA 4UCGA 1TTIA 4AEOA 2UV8G 1SW7A 1VCFA 2YW3A 2CZFA 4S2BA 1KFEA 3DI1A 4NNCA 5LHFA 1EWEA 3WJYA 1M7OA 3HIJA 4N4QA 3SY5A 4O52A 3DBPA 3EEGA 1CI1A 3I6RA 3IGUA 4RXFA 3KVKA 3MBFA 1OFQA 1MO0A 1HO4A 3G1XA 3SR7A 5AN7A 3WJWA 2ZZ7A 3PR2A 4NJKA 4FIRA 5AYZA 1XL9A 3LOTA 3KRSA 4RV8A 4BK9A 1MEWA 5LGXA 1TPC1 2YCEA 1A53A 3TSMA 2A1YA 1G4TA 1LYXA 3HB9A 3U2OA 4A2RA 1OVDA 5HINA 4MY9A 4NJGA 4ZL1A 2QCEA 1ICSA 3DAQA 3L66A 3S5YA 3I7SA 3U6WA 4QM1A 3R5EA 4UFKA 4BF9A 3PUOA 3HGSA 4WUIA 2Z1BA 3BVJA 3G18A 1HFBA 1BWKA 4QQ3A 4Z1CA 3HQ1A 1FCUA 2GOUA 3MI3A 1VYPX 1FXPA 3OVPA 2PURA 2VFFA 4BR1A 2OCZA 3LTSA 4GC4A 3ATYA 3MJYA 3M44A 3GKAA 1OK6A 1OYBA 4N4PA 3A21A 1KLYA 4QAIA 1SO3A 1KV5A 4K36A 5D33A 4I7VA 2ZRWA 4OV4A 5BMWA 3M43A 1LDCA 4ICNA 1KM6A 3JS3A 2ZA1A 3TX9A 5D04C 3PF3A 3UPWA 1YTDA 2QAFA 3W2UA 2XN1A 1TPWA 3BPWA 2Q3RA 4HSNA 3NR0A 4NZJA 2QEZA 3M6YA 3TAOA 3LCGA 4A22A 3O6DA 2H6RA 4IX0A 3RF9A 5AYXA 4UFHA 4UC5A 1XBVA 3OVRA 1O4UA 3PVFA 1GJPA 4ADSA 4WX2A 4HPJA 3ABSA 5HJLA 2EAWA 4JTSA 2Q3OA 3QFEA 1OF8A 3IGXA 5FF7A 4CNPA 2BZNA 1G6CA 3FJ6A 2WSYA 1BWLA 2NLIA 4DO6A 4NQ1A 4IPIA 3E49A 4KWWA 3W7NA 5HWJA 3EX3A 1G7UA 4AAJA 1SO5A 2ISSA 1GOXA 5I3JA 3MBDA 1SO4A 3L65A 3HGRA 1JRBA 1OFEA 1Q6QA 4OV9A 2G96A 3HO8A 3LXCA 1OJXA 4MOZA 1GQNA 4RK8A 3WFAA 2WNZA 3CEPA 3TXZA 4TMCA 4ADTA 1A5SA 3LERA 5KZEA 1C8VA 2W6RA 3KRZA 1R2RA 4K8EA 4GXMA 1H7WA 5BW6A 3CC1A 1QOPA 5J5DA 4POCA 3UWVA 4GFSA 2C1HA 4RKAA 1W37A 3M9YA 4JX6A 4AHQA 4C1LA 4IPJA 1TREA 1TPVA 1T8XA 1IIHA 3EB2A 2QUUA 2B7NA 4BI6A 3S8HA 3BW2A 1RR2A 1GVRA 4AH7A 2KZHA 4XUGA 2R91A 4IGHA 3W7OA 2E5CA 4XKYA 5F4XA 4UTWC 3LHZA 4KFPA 5I3KA 3KVMA 2Z6IA 5J5RA 4N9DA 4TX9A 5LSMA 1U5JA 1H62A 4FNRA 4GWEA 4EF8A 1FCVA 2RHGA 2C3ZA 3BG9A 1UUMA 2GQ8A 3GK0A 1A50A 1QWGA 4M5PA 3T44A 5FF2A 1K8YA 3HPXA 1F7BA 4OWGA 5DCBA 4JICA 2F7FA 5EMUA 2PE4A 1K7FA 1TRIA 3IIXA 3B06A 4O14A 5D2YA 3HOJA 3TJXA 1UASA 1QMLA 3L21A 2DJLA 4LTSA 3B05A 3M5XA 1YTKA 1IXPA 1K3UA 2ISWA 3FJLA 1VCGA 2V5BA 1FQ0A 3B04A 1W5OA 3Q94A 4A29A 2B7QA 3G0SA 1DHPA 1GG1A 3QMRA 2E6AA 1JULA 2H8ZA 2NWRA 2JKPA 4Z0SA 2VEIA 2CLFA 1OFPA 4FHAA 1TV8A 1I2PA 5IBXA 5G1YA 2ZRVA 4AWUA 2TSYA 3TC6A 1FDYA 4O1CA 3NQ8A 4GUGA 3W1MA 3QQ0A 5D09A 5AB3A 3JRKA 1G4EA 2ZZ4A 2TRSA 1N55A 3T55A 2QJGA 3FFSA 3GLCA 4FEZA 5U4NA 4AWTA 5F4WA 4IXHA 3C0JA 3CIWA 3N9SA 4NUWA 4PFMA 3W3OA 3ZWSA 4YMZA 4S1FA 4R34A 1QDSA 1X6UA 1YTEA 3E12A 1B57A 1FY6A 2WNNA 3O8AA 2C19A 3W88A 3B0UX 2OT1A 2V82A 2ZA2A 1L6SA 3QMTA 3F4WA 2QUTA 2E5BA 3W2MA 5AHFA 5AC8A 4HNUA 5HUOA 1W54A 4NXKA 2V0TA 1FWSA 4OGZA 1TTJA 3BLIA 2QDGA 2Z2UA 3ZS4A 4OQVA 3FKKA 4MZ8A 4O50A 3QSTA 3S1XA 3OA3A 4HKPA 2I1OA 4TIMA 3USBA 3UWYA 4TO8A 1ICPA 1BTMA 3RU6A 3P8JA 3EXRA 5F2MA 3NXFA 5C6MA 3MUXA 1Q45A 1TTPA 2GVGA 4UMBA 1THFD 4YL2A 1SU5A 1SFJA 1RQEA 3NZRA 4UMAA 4OHQA 1FDZA 2J9XA 2ZZ2A 4RR4A 3Q2DA 4AMAA 1XDMA 1RV8A 2FDSA 1UJPA 3M0ZA 3E96A 3R8RA 1IIGA 2ALDA 1K7XA 3NZ1A 4LV4A 3TJLA 2B4GA 3LDVA 5HULA 2RDUA 3P80A 1JCYA 3B8DA 3HF3A 3CIXA 3UNDA 3EKLA 2RDWA 3CLMA 2GQAA 3UD6A 1EX5A 2C18A 3W2NA 3EX1A 1K02A 3C6CA 1YDNA 4PODA 4UTIA 5D30A 2ZTKA 3LBMA 4QIUA 3TA6A 3A24A 3QRHA 2VFIA 1ZAHA 3G1DA 2PRMA 4ZQNA 1QCWA 3LHTA 3VCRA 4IJBA 5KINA 1ZENA 5DBTA 3TCEA 3CWOX 4O13A 3AJXA 2E6FA 5F2GA 2CWNA 5D2XA 2TMDA 5C5YA 2F84A 2QCCA 3DFPA 3LRMA 3AO0A 3G8EA 2FFCA 3DFNA 1DQWA 2BTMA 4FO4A 1F6KA 4JTJA 2WKJA 4DPQA 3UQNA 2PRLA 2WSQA 3N14A 5LZLA 3THAA 3R2GA 2G95A 2R94A 1K8XA 5AHEA 3EX2A 3EKZA 1G7VA 2H3BA 4MJMA 3IVUA 1KM4A 1ZAIA 1Q6OA 4FX7A 2GJLA 1TJRA 3BG3A 4NXSA 1VJIA 1EPXA 1WAUA 2JKAA 3TSDA 4GNJA 3L0NA 4FXRA 1IF2A 1XKYA 4BI7A 4LS2A 3UZ5A 3WK2A 3HG5A 3LCLA 4Y90A 2NX9A 1SZNA 3BK0A 1DJQA 1KFKA 1TPDA 4IMDA 1JRCA 5HNRA 5SWUA 3MI2A 1YYAA 3W22A 4M6PA 1IXOA 3W74A 1MXSA 2NUXA 4QJ1A 1JVNA 3KOFA 2OJPA 4UUIA 3P61A 5LNWA 4NJIA 3S1WA 3N9RA 4MPQA 2E1DA 5K9CA 4XQ6A 4NNBA 4K7VA 2X1RA 4O1AA 3NM3A 4K39A 2VKZG 1KM5A 5FEZA 4HT3A 3DU0A 2WV8A 1MZHA 2QCFA 5F2LA 5C55A 1QR7A 1JQXA 1Q3NA 1EEPA 4XKYB 2QCMA 3M41A 4I7WA 1D3GA 2HTMA 1JUBA 1LBFA 3C2FA 1Q6LA 4ZVJA 2QJHA 5GVJA 2A21A 4MZ1A 2ABBA 4IOTA 4HNVA 3NQAA 1E51A 5H91A 3IVSA 2ZA3A 7TIMA 5U7SA 2YW4A 3HG2A 1S3HA 2A4AA 3OIXA 3TQVA 3T40A 1KLZA 1S5TA 4U4MA 1FBAA 3N34A 4BFAA 2X30A 4EF9A 1QPOA 2C13A 2GUUA 5D03A 1J2WA 3LHVA 4MVAA 1KM3A 1TMHA 4JY8A 2VFGA 3GNDA 2Z0IA 2TYSA 3BV4A 1O95A 2EGZA 1GVQA 2EKCA 1RQBA 2J6XA 3LXBA 1F6PA 2VEKA 1I2RA 4N02A 1K8ZA 1B9BA 3BO9A 1CX9A 4H6KA 2QUVA 1VLWA 3GDRA 1R2TA 4E38A 1H7OA 3IIVA 1HTIA 1OX4A 2E09A 5KZMA 3B4UA 4DF2A 1YLVA 1W56A 3H53A 5BOOA 2ZRXA 2C16A 1VLIA 3DFSA 3SW6A 1P1XA 3OEXA 2QCHA 5DXXA 2E6YA 3QQ1A 4I7UA 1NF0A 4GE8A 3C4UA 4ZZ9A 3GDTA 3GNNA 4LUJA 1JCNA 3FYOA 4LY8A 4CQAA 1V7YA 3GXTA 3L67A 1J5TA 5CZJA 2B7OA 1WQ5A 1LCOA 3NNTA 2RH9A 4X2RA 4UFMA 3O15A 4AB4A 3NPXA 2Y7EA 5AC6A 3NQFA 3DKLA 4LOCA 4O28A 3Q37A 1T96A 1UBSA 1VZWA 1YDVA 4FF7A 4MYXA 4WZHA 5LKYA 5BRBA 3W7JA 3PB0A 4LW7A 5DXYA 3GIYA 5CKSA 2VENA 2H3DA 2TPSA 3KRUA 2ZQ0A 1VC4A 3G1VA 1H50A 3MYPA 1X1OA 3BLFA 3LM7A 1UB3A 5LGZA 4JGDA 3M7WA 1JUKA 2CLEA 3P5YA 1F5ZA 3NA8A 1P0NA 4P2VA 2YDAA 1N7KA 3W7MA 1HO1A 3M5ZA 4Q32A 1HG3A 3W7EA 1W5PA 4ZQRA 3T7VA 3W1NA 4Z1BA 5CSRA 4LWWA 3RNDA 1K03A 5DELA 2HS6A 1XDLA 2DJXA 1TB3A 3CHVA 1ML1A 1DV7A 4HPXA 1ZFJA 4QSHA 3QZEA 1I2OA 1TSIA 2DORA 4O19A 4AHOA 2FPYA 4ADUA 2WOQA 1LORA 4RZ4A 3VFLA 3FLUA 5DCDA 1GVFA 1L6YA 3W70A 1DBTA 3P84A 4RLIA 5I3HA 3N3MA 3UY8A 1V5XA 3NQ6A 1UUOA 1OYCA 4TU1A 2Y63A 1YADA 2V8ZA 4NJHA 3C52A 2QCGA 2IQTA 1H63A 1QFEA 3BGJA 2V2DA 5D2TA 3A5VA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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