1AW1 | Genus

Total Genus 91

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	91
sequence length	255
structure length	255
Chain Sequence	RHPVVMGNWKLNGSKEMVVDLLNGLNAELEGVTGVDVAVAPPALFVDLAERTLTEAGSAIILGAQNTDLNNSGAFTGDMSPAMLKEFGATHIIIGHSERREYHAESDEFVAKKFAFLKENGLTPVLCIGESDAQNEAGETMAVCARQLDAVINTQGVEALEGAIIAYEPIWAIGTGKAATAEDAQRIHAQIRAHIAEKSEAVAKNVVIQYGGSVKPENAAAYFAQPDIDGALVGGAALDAKSFAAIAKAAAEAKA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
publication title	Triose-phosphate isomerase (TIM) of the psychrophilic bacterium Vibrio marinus. Kinetic and structural properties. pubmed doi rcsb
source organism	Moritella marina
total genus	91
structure length	255
sequence length	255
chains with identical sequence	B, D, E, G, H, J, K
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	1997-10-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1aw1A00

4JYEA 3TH6A 4O0KA 3LCXA 3TSDA 4UTTC 3R13A 1TPC1 5D2VA 2HTMA 3P62A 3CIXA 4A2SA 1EUAA 3LHUA 3G1SA 1OX4B 4O10A 3L0NA 1U83A 4CNNA 5HWJA 3P5YA 5HWMA 3LDVA 1KFCA 1UUOA 2IQTA 3DI1A 4JDYA 4HIBA 1UJPA 4M5PA 3WJSA 5E93A 1R46A 3DFPA 2WSYA 4AMAA 4RLIA 5F4SA 5KMYA 3DHFA 3P8JA 1T99A 3W1XA 5K4ZA 3EWYA 1YTEA 4FX8A 1M7PA 4MZ8A 5LGZA 1OHLA 4Z0SA 1YPIA 2DU2A 4WY0A 3W3OA 3G8EA 3N2XA 4M7TA 5H2ZA 1YDOA 4DEFA 1ZAIA 4MLJA 3QM3A 2J27A 1VYRA 1YXDA 4UTKA 3W7LA 4MJZA 1YLVA 1LLZA 4MYXA 1I45A 1H51A 4PTNA 3NPVA 1GTEA 4WJEA 4MKNA 3W72A 3G1AA 4JTLA 4FX6M 4JTIA 1ZHAA 2NV1A 5GVJA 3HG2A 4EWND 1D3GA 3LBCA 4J9JA 3HBLA 3DI0A 1I2NA 1ICSA 2ZZ4A 5D37A 1JRCA 3LHVA 5CPNA 3EX3A 3TROA 5DY2A 1H61A 1QDSA 2Y61A 1SFJA 4GNJA 1KM2A 1LYXA 1YDVA 3USBA 4G1KA 3E96A 3EX2A 1K8YA 3UNDA 2ISWA 2VC6A 3C8FA 3NQFA 3NG3A 2ZRZA 1VYSX 4FIRA 1GQNA 3EKLA 4N4PA 4O19A 1PIIA 4MIMA 4ZQMA 3RFAA 2DZXA 2Q3OA 3B8DA 2ALDA 1FQ0A 2YR1A 3F1QA 4GUIA 4IXHA 4JY8A 2FJKA 2G95A 3EX1A 3LHZA 3CU2A 4OGZA 3VNDA 2OJPA 3IGSA 5KINA 4UTHA 3W7OA 4TMCA 1OFOA 2Y88A 4NJHA 5AOUA 3HGOA 1I4NA 1I2PA 3TKFA 3MBDA 2ZBTA 5F2MA 4UC5A 3KOFA 4OU1A 5E1QA 4DO6A 4OQVA 5AHIA 4WY0B 5G2WA 2Q3RA 2V2DA 3NQMA 3P80A 3G1XA 1LOLA 5T26A 2G97A 4HNVA 2RDTA 1WX0A 1FWNA 1SQ7A 1W5OA 1TV8A 1H60A 3KVKA 1G4TA 1RV8A 1TQJA 4UUIA 2Z1BA 5CZ0A 5D02A 2WKJA 1JCJA 4LVGA 3RNDA 4FNQA 5F2IA 1I2OA 2NUYA 2ZRVA 1JCMP 1M5WA 2WQPA 1IIHA 2B7OA 4CNOA 4O1AA 1FX6A 3TR2A 2WPBA 2W0UA 3Q94A 2CLFA 4IJBA 1WXJA 3NM1A 1H7NA 2A6LA 4POCA 4S2CA 2QUTA 3LI0A 3K30A 4K7YA 2W79A 4HHPA 4XTDA 4AAJA 4LV4A 3S1VA 3SIZA 2X2GA 1JUEA 1JCXA 4M7SA 5DCDA 3VE7A 4PA8A 2NXGA 3W71A 1KM5A 5D2TA 3O63A 3G8RA 3BW2A 3LLFA 1XL9A 3RU6A 4DBDA 1KTNA 1ZJIA 3QSTA 4KWVA 5LGXA 3MP3A 2JKPA 2FLIA 2X1SA 3EWZA 3LTYA 4QM1A 1H7RA 1KFKA 1YPFA 1XBYA 1GVFA 3C2EA 3IIXA 3QZEA 4BWLC 5HR7A 3QMTA 1EIXA 2YW3A 3W7DA 2X1UA 3P84A 4O1BA 2YYUA 3W2LA 1I2RA 3TFCA 3W07A 3W23A 4KWWA 3LGEA 3LXBA 3W1UA 1F73A 3TE9A 4JIQA 1IXQA 4O57A 1IIGA 5KSWA 4IMDA 3G3MA 4MY8A 3O6CA 1YYAA 2CLLA 3O8AA 3QW3A 3UPWA 4BF9A 4AHQA 2DZSA 1KLZA 4K36A 2ZYFA 1B4KA 1WOBA 1QMLA 2NWRA 3S1UA 1RD5A 3GKAA 3BG9A 2YFOA 2EF9A 1DJQA 5LNRA 5AC7A 1OVDA 1GVSA 3E02A 1IXOA 4IX0A 4HSNA 5DBTA 1TPEA 4LY8A 4O13A 4O0ZA 2ZZ6A 5F1UA 1X6UA 4YL2A 3U2OA 5AHEA 3QMRA 1WBJA 4BK9A 1SZEA 3DFOA 4M6QA 1EP3A 1LRTA 3A22A 3T78A 4LVBA 3W87A 1KFEA 1SW3A 4PFMA 2V82A 4A21A 3IV3A 3DFSA 3O1NA 1VQTA 1WBHA 5CPLA 4Q32A 2WJZA 1PV8A 2EGZA 3UWVA 2X1RA 3NL5A 1ZALA 4IX2A 1DOSA 1K8ZA 1E51A 1C8VA 3PSWA 4FX7A 1JQXA 1H7PA 1W3IA 2VOMA 1WAUA 1JUBA 4UTJA 5HR6A 4CQ8A 4C1KA 2C3ZA 2A7PA 3B4UA 4FXSA 4O50A 4LNYA 1AMKA 3PUEA 3ABRA 1Q6RA 2WO5A 2XN2A 5C54A 1M7OA 2VXNA 4RZ6A 3TXVA 3SZ8A 3M41A 3IVTA 3UD6A 3TC6A 4M6PA 1KFJA 1N8FA 1MZHA 1TJRA 2VFHA 3EKZA 1JCYA 3B03A 3GAKA 3W7HA 4L4LA 1SZNA 4N9CA 1PCWA 3ABSA 3GXTA 3NO5A 3IVSA 3QFEA 3IIPA 4NNAA 3KXQA 3FKKA 2FQIA 3R2GA 3CWOX 3FS2A 4X3ZA 5KZDA 4N9BA 3NQ7A 2GUUA 2QAFA 4ADTA 3A24A 7TIMA 4DPPA 1AW5A 5BNKA 3QC3A 1H62A 4HPXA 4FF7A 1H50A 3LCHA 3W2MA 3KX6A 4JTHA 3PAJA 3ATZA 4QSHA 1RR2A 3BG3A 1TRDA 3VE9A 4H3DA 3E12A 1AW2A 3YPIA 1LOQA 1VC4A 4R34A 3N9SA 1ADOA 3LB0A 1Z41A 4R53A 3QEZA 3BGJA 1XM3A 3O07A 3PSVA 5A8GA 3EWWA 1TCDA 1GVQA 4O8RA 1FXQA 2E6AA 2QCGA 1EB3A 2E1DA 2Y70A 3M5VA 3PM6A 3IRDA 5F2LA 4Q33A 5AC6A 3L21A 4Z1DA 3G0UA 2P10A 2CLHA 2JGYA 3S1XA 4AF0A 1H7WA 1QAPA 1XDLA 4Z08A 4TMBA 3G1VA 4YCOA 2TRSA 3NGJA 3T44A 2Y7FA 1F7BA 4NX0A 3NR0A 1QNVA 1NEYA 3TJXA 3CWNA 2VFIA 4K39A 3W7MA 4K8EA 1OFEA 4DO4A 3W7NA 1W5NA 1EWDA 4AWUA 4LVAA 4FO4A 3GX9A 3A21A 1G67A 3W1LA 3MBFA 3LRLA 4EF8A 3MI2A 3BV4A 2ZFAA 1A5CA 3LTSA 5FI8A 4NZJA 1IGSA 4MJMA 5F4WA 1LBMA 4AWTA 4LC6A 4UIOA 4BI5A 1A5BA 4DXVA 2NUXA 4P2VA 3TAKA 3CTLA 3DKLA 3GVGA 4TX9A 1DKWA 1RPXA 3V75A 1F74A 4DO5A 1OF8A 3IGXA 1YDNA 2OX1A 2E6YA 4I7VA 1VLIA 4JXCA 4IQLA 4ORMA 2X16A 5D2YA 3W1NA 3I65A 1I2QA 5I3IA 4LRSA 3W2JA 4AXKA 3GDMA 3MP5A 1H7OA 1TPWA 2DZTA 2QJHA 1SSDA 3W84A 2NXIA 1FWWA 4UFJA 1EPXA 5D33A 3N34A 2PE4A 4ZQRA 4OHQA 4RXGA 1VHNA 1K02A 1KFLA 1S3HA 5AYZA 1TTJA 5AC8A 2C19A 4LWWA 3TDFA 1GPWA 4YWIA 2H8XA 5I3HA 4GUGA 1ME9A 4JIPA 5AHMA 4W9TA 1FWTA 1GG1A 2Y89A 3FYPA 1G69A 3CIWA 4IMCA 4DELA 3TNOA 5D03A 4GXMA 4YXGA 2FIQA 3NQ8A 3WK1A 1VJIA 5LNUA 4QIUA 3G3DA 3THQA 1WYIA 4HNUA 3H54A 1ONRA 4XUGA 3TQ0A 5CZSA 5K4XA 1FUYA 3W7CA 5K9CA 1NSJA 5FEZA 2ZZ3A 1MEWA 2KZHA 2GVJA 4RV8A 5FF4A 3MHGA 2H6RA 4PL2A 3S5YA 3GDKA 2RDWA 1AW1A 1TYGA 2VELA 3RMJA 5K3VA 1EUNA 5FF2A 5D38A 2YSWA 1Z44A 2H3BA 4NVTA 1QR7A 1GEQA 4JD4A 2DJLA 1GT8A 2RFGA 5CPOA 4UTWA 1SO5A 3N9RA 5L9FA 1K7FA 2B7QA 4XZ9A 5D09A 4FNTA 2D73A 2GQAA 4IWWA 5HUPA 2VENA 3W7IA 3UY7A 3CB8A 4MY9A 4N6FA 2QCLA 3RK8A 4EVZA 1J2WA 2RDUA 2YX0A 3G0XA 4Y9AA 3D0CA 4RJEA 2FPYA 2BWGA 2R94A 3HO8A 4I7UA 2JK2A 4X9SA 2O7SA 5IBXA 1O5XA 3ANYA 3BK0A 3C3NA 4ZQNA 1KV8A 3LCFA 1VZWA 5AHFA 3NOEA 4H4IA 3M6YA 3NA8A 4Y6GA 3KVLA 2E6FA 1FDYA 4HN4A 4TU1A 3IIZA 3LRMA 5SWUA 3W7KA 3P61A 4IMGA 5DY3A 4X22A 3TW6A 3HGJA 3LERA 4WOQA 1SUXA 3N2MA 3G18A 3C52A 1Q3NA 4ZQPA 3QQ1A 1ZNNA 2PRLA 4B5NA 3W1AA 3S8HA 1MO0A 3L65A 4UMAA 1MSSA 4LVDA 2E5DA 2J9YA 4JX6A 4ZQCA 4O1CA 4UCGA 2DZUA 3HGSA 3DKJA 1QFEA 1EP2A 5KTLA 3QYQA 3M5ZA 1H63A 2W6RA 3WFAA 3I7SA 3TU9A 2I14A 4RCXA 2QCNA 2VFEA 5FF0A 3TAOA 2CZDA 3SW6A 3W70A 1HO1A 2R91A 1KBJA 2ZRWA 1PL9A 3STFA 3HMJG 1U5JA 2C15A 3I68A 2PRHA 4JTUA 1GVRA 3KRSA 3W76A 5I3KA 1M6JA 4XBSA 4HNTA 4WD0A 3BVJA 3P8IA 4LV9A 1CX9A 1OYAA 2VEMA 1Q6LA 3GDRA 3A5VA 6ALDA 2DP3A 3N19B 2CWNA 2ZTJA 3MW7A 4K6AA 4MZYA 1FDZA 2ZDRA 3PG8A 1EP1A 3ATYA 2QJGA 4DF1A 4ZL1A 1DBTA 3LCWA 4QAIA 5DBUA 1OX5A 2ZA2A 4DF0A 1MXSA 4LS0A 1LZOA 4XKYB 1S5TA 4UNLA 4U4MA 5E0KA 1W5QA 5I3FA 3L5MA 1TIMA 3STCA 3LXCA 1QO2A 4Y90A 1TMHA 6TIMA 3EXRA 4DF2A 3C2OA 1Q6QA 4GBUA 4AEOA 3LBMA 5G1YA 3UYCA 5LNVA 3HGRA 3NPWA 1G4PA 3N73A 3S1WA 4NJIA 4HSOA 2CLKA 2E09A 3QH2A 1RQBA 3CEUA 2C14A 2FPTA 3G24A 3W7EA 1T8XA 3R8RA 3W1QA 4UTMA 1TQXA 4JDBA 1AL8A 4BI6A 1GOXA 1JRBA 3NQ6A 4ALDA 2WOQA 3H55A 2ATSA 1OABA 4O52A 4NUWA 1TTQA 1WOAA 2QDGA 4N4QA 4PCFA 5CGQA 2EKCA 3LCLA 3RLVA 3UWUA 2Z2UA 2CZFA 3O6DA 1TTPA 4S1FA 4OE7A 1XXXA 2CLIA 2BX7A 1OFAA 4NJGA 2RHGA 2OZ0A 4HNNA 1QPQA 3M44A 3CEPA 3GIYA 2HS6A 5F4XA 2JKAA 5HJLA 2WNZA 1NVMA 1X1ZA 4BI7A 4U28A 4A22A 5C5YA 2GJNA 1WQ5A 3A23A 4LRTA 1OYBA 3MHFA 2A7NA 3O6YX 3QRHA 4O11A 2H8ZA 3HB9A 1BWKA 3TSBA 3MMTA 5K9XA 3TXZA 4M19A 3SECA 3KRUA 3T7VA 3STGA 5J5RA 3SGUA 1XKYA 2PURA 3L2IA 1QPRA 2I9EA 1VCGA 1SW0A 4ICNA 4EIVA 5BOOA 4IPIA 3I6RA 1DVJA 2BZNA 3FFSA 3HG5A 4FHAA 4XTIA 4LOCA 1RQEA 2QDHA 4OWGA 2QCHA 4OT7A 1KW1A 3M0ZA 3GLCA 1FBAA 1VHCA 4UFLA 3NL3A 1C9DA 1SZGA 3IIOA 5CSSA 3W88A 1N55A 1Q6OA 5G2HA 5C55A 5L6UA 3P67A 4JTSA 1TREA 1TPUA 2CZ5A 4LU0A 3EWBX 3THAA 1KM0A 1LLWA 1D3HA 1LROA 4NZFA 2YFNA 4GJ1A 5F1VA 3JR2A 1QO5A 4JX5A 5KITA 4R7JA 4Z1CA 4MY1A 1HL2A 4AVFA 2C0AA 4UMCA 3MP4A 1XBZA 2QJIA 2V9DA 2H3DA 3PB0A 1W1ZA 3QJAA 2DJXA 2I1OA 1SSGA 2HMCA 2FDSA 3DFTA 4OBTA 1KM1A 4WQ6A 5D05A 1OJXA 3FYOA 3G1FA 2Y63A 5DN1A 4O16A 1SO4A 3NPUA 3TK7A 3DENA 3EWXA 3OVRA 1W0MA 2NZLA 3B0VC 3U6WA 4UTLA 2J9ZA 3U8GA 5G4EA 3JS3A 2E68A 3S5NA 1V7YA 3SY5A 3NQVA 4N2YA 3TMLA 2A85A 3P5ZA 1CI1A 3GK0A 3CHVA 4JS3A 3GZ3A 3KVJA 1G7UA 2R8WA 2Z6IA 1Y0EA 5FEPA 5D30A 1TO3A 3LM7A 5LHEA 2YPIA 1FDJA 2TSYA 3LI1A 4N02A 5BRBA 5KZEA 3CQ0A 2WSRA 4Z1AA 5MHBA 2QCCA 1JCNA 3BG5A 4CNPA 1O95A 3I7RA 4WOZA 3P7YA 5EY5A 2NV2A 5AN7A 1ZAHA 4JGDA 4YLWA 3M16A 5G2IA 1EX5A 4H6KA 3S0CA 3KHJA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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