1ICSA

Crystal structure of 12-oxophytodienoate reductase 1 from tomato
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
363
structure length
353
Chain Sequence
QVDKIPLMSPCKMGKFELCHRVVLAPLTRQRSYGYIPQPHAILHYSQRSTNGGLLIGEATVISETGIGYKDVPGIWTKEQVEAWKPIVDAVHAKGGIFFCQIWHVGRVSNKDFQPNGEDPISCTDRGLTPQIMSNGIDIAHFTRPRRLTTDEIPQIVNEFRVAARNAIEAGFDGVEIHGAHGYLIDQFMKDQVNDRSDKYGGSLENRCRFALEIVEAVANEIGSDRVGIRISPFAHYNEAGDTNPTALGLYMVESLNKYDLAYCHVVEPRTESLVPMRKAYKGTFIVAGGYDREDGNRALIEDRADLVAYGRLFISNPDLPKRFELNAPLNKYNRDTFYTSDPIVGYTDYPFL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords 12-OXOPHYTODIENOATE REDUCTASE 1
publication title X-ray structure of 12-oxophytodienoate reductase 1 provides structural insight into substrate binding and specificity within the family of OYE.
pubmed doi rcsb
source organism Solanum lycopersicum
total genus 126
structure length 353
sequence length 363
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.3.1.42: 12-oxophytodienoate reductase.
pdb deposition date 2001-04-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00724 Oxidored_FMN NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1icsA00
1TB3A 2FB3A 4O4WA 1W5MA 2FLIA 3MBDA 3CWOX 4W9TA 3KVJA 5LNUA 2C13A 3L9CA 3G0UA 4A22A 3W1PA 3TW6A 4LOCA 3DFNA 3CPRA 5AYZA 1GYLA 5K4ZA 1G7UA 4UR8A 6TIMA 3UPWA 5EA9A 4ADUA 4EF8A 3L67A 1JRCA 3I68A 1PL9A 4UTTA 1P0KA 1PCKA 2J9YA 3I7QA 3KX6A 3HG4A 2V2DA 2NUWA 2A2IA 2ZZ3A 1F05A 2YDAA 4ADSA 4NX0A 4I9AA 1LRTA 4M7SA 3BLFA 5FI8A 5I3FA 1ALDA 1K02A 1W56A 3PAJA 5DBTA 3DXIA 1EX5A 2DP3A 1HUVA 3LLFA 3FYPA 3ATYA 3GLCA 3W7PA 4MZ8A 2JKPA 1OX5A 4O19A 4JTHA 1OFBA 3R5EA 3BGGA 4HPJA 2GQ9A 5LHEA 3BG5A 1VPXA 2ABBA 3DZ1A 4JYDA 4LVBA 1GVSA 1KA9F 2JBMA 2ZCGA 1TPEA 2ZRUA 3M5ZA 4LS0A 1VQTA 3PC0A 3TMLA 4UTTC 1ZAIA 1IXOA 4PCFA 3W87A 4WY0F 2O7QA 3BW3A 3STEA 3QW4B 3CIXA 3C2EA 4E2BA 3IVTA 5K9DA 3LXCA 4JGDA 3LXAA 4E38A 3C3NA 1OF6A 1SW7A 1VH7A 3GDLA 3M5VA 2B7NA 1G6CA 3MP4A 4WQ6A 5F1UA 1OFDA 4OV9A 5K9XA 1GJPA 4HIBA 4LVDA 2ZZ1A 4XBKA 1I4NA 5D2WA 3T78A 3UYCA 3GXPA 4JXCA 2Y89A 1A50A 2PRLA 1Q6OA 2ZZ7A 3PR2A 3LERA 4HHPA 1NFBA 1AL8A 2DZWA 2ZYFA 3BO9A 5HINA 4BWLC 1AG1O 2HMCA 4FEZA 1EUNA 4K36A 5J5RA 5A5WA 5D2TA 4LS1A 1TMHA 2E68A 1OX4B 3T55A 2EPHA 1KTBA 3ABSA 4NJHA 1QOPA 4ORIA 1K8ZA 4ALDA 1WXJA 1DHPA 1SO6A 1YDNA 4IQLA 1OK6A 5CPNA 5HULA 1YTKA 3QMTA 2Q8ZA 3HG5A 4N2YA 4AH7A 1FY6A 3C61A 1VYRA 2E1DA 3R12A 3CTLA 3L5LA 5IBXA 3UWUA 5LHFA 3O16A 3HG2A 1SO4A 5IM51 1I2PA 3O6CA 3HQ1A 4IUOA 3L0NA 1OVDA 4UNKA 1D3HA 1W5OA 3P60A 4GBUA 4DBDA 2C15A 2VFDA 3L66A 1FWRA 2H6RA 5FEWA 1KFJA 3SY5A 3WK1A 2QF7A 2G95A 1I8JA 3QEZA 1KW1A 2GJNA 3NQDA 1ZENA 5C2XA 4CQ9A 4LTSA 1EIXA 2ZRZA 3WK3A 5CSRA 2ZZ4A 1XUUA 5T26A 4N9BA 3V75A 4A29A 1SW3A 4YXGA 5FF0A 3E9AA 5LGZA 1VC4A 3GZ3A 4GFSA 2H90A 4M19A 4AEOA 2C18A 3L68A 1RQEA 1RVGA 2XN1A 2B4GA 4K8HA 3U6WA 1KFLA 2J9ZA 2UV8G 5A8GA 3VFLA 3HIJA 1EP1A 1GZGA 2QCDB 1X7FA 5H91A 5TBOA 1VZWA 1TIMA 5AC7A 4P61A 4ZQRA 1Z44A 5E1QA 4RXFA 4M5PA 3FEMA 4POCA 3DI1A 3S1UA 1DOSA 2DJLA 3W1NA 4PTNA 3GXNA 2DZTA 4UTMA 5D02A 4Q32A 1KM1A 1OFQA 2YZRA 2G5WA 4NXKA 2WJZA 2EKCA 4QM1A 3TH6A 1Z48A 1L6SA 2YSWA 5CZTA 2ZRXA 2QKFA 1XBVA 3TU9A 2Y88A 2ZDRA 2A7NA 3M7WA 4IPJA 3HO8A 1XBXA 5EL1A 3W74A 3M1ZA 3RU6A 3W88A 1JUKA 3EKZA 5ABTA 1AW1A 1W1ZA 3TKFA 2ATSA 2YGYA 4XTDA 5EKYA 3G1YA 2O7SA 3PM6A 2F84A 2QDHA 3DHDA 1H1YA 1A5CA 3IGUA 5CSSA 5DELA 5AFDA 2HS6A 4G1KA 1JRBA 1YTDA 3OVPA 3IEBA 1ME8A 3PWAA 5D30A 2V30A 3NO5A 3PSWA 3TV8A 1ADOA 1KM5A 3WJSA 2ZTKA 4IOTA 1N8FA 1O5XA 2JGQA 1XKYA 1H50A 4GRSA 4HNVA 4X3ZA 2QJGA 4JTJA 3RF9A 1NF7A 2V8ZA 4NX5A 3TXZA 4ZQCA 3QMRA 3KVMA 1IGSA 1JQVA 2YX0A 2NX3A 1Z41A 2YFNA 4U4MA 3BLIA 1UBSA 3QSRA 3S5ZA 3W85A 3VCRA 3M16A 2GUUA 5I3HA 4A2RA 4AF0B 4MY1A 1JCMP 4R33A 1FDZA 2QJHA 5EPDA 4KKXA 2A85A 1GEQA 3P82A 3TFXA 4OWGA 4CCDA 3EWWA 4UTKA 5TIMA 2QAFA 4UFMA 3HPZA 5E93A 1TPH1 2GJLA 5K2ZA 1YPIA 4MJZA 4JTEA 5CPMA 3N19B 5D37A 4JYEA 3W07A 2V2HA 5G4EA 1VCFA 3GR7A 4JY8A 3IVSA 2Y62A 3LV5A 4UTLA 3SFKA 2CLIA 3PUDA 2QCFA 2CW6A 1I2OA 4UTJA 3DH7A 4UMCA 1C9DA 2DORA 3LRKA 3TC7A 4XUGA 1QO5A 4IMCA 2X1RA 3P8JA 3CLMA 1O5KA 1PIIA 4BK9A 3TK7A 3G3MA 2PRMA 4HSOA 4K38A 1XXXA 5D05A 1TPUA 5FF7A 3LTSA 1KFCA 4RZ6A 3C2OA 1LBMA 3NPWA 3NGJA 3NZRA 1JCJA 5K9CA 3G8EA 3HMJG 1FXPA 1TV7A 4UCGA 3W70A 5AHLA 4JTFA 3G24A 8TIMA 1XUZA 1LP6A 3SGZA 1B9BA 5FEXA 5DCEA 1DL3A 3GIYA 4NU7A 1EWDA 2C1HA 2V0TA 4UFLA 3W1AA 1OFOA 4NNCA 1XC4A 3NOEA 4HNTA 2WKJA 1GYNA 1F6PA 1QWGA 1RQBA 1HG3A 2VFIA 4FO4A 1SUXA 3SR7A 4Z0JA 3QZEA 3GDTA 2JGYA 1NEYA 3PULA 3CHVA 1JR1A 2Z0IA 1G67A 3IRDA 1X8FA 3Q58A 2CLLA 1EA0A 1TCDA 3M5XA 3NDOA 1KFBA 1OX6A 1OYAA 1M7OA 4DELA 4L4LA 3DENA 3EX3A 1DQXA 1KV8A 2I14A 1KBIA 1VGAA 3LHZA 4O16A 2NUXA 1VRDA 3LCXA 3W71A 1LRQA 2YPIA 1SZFA 2Y61A 2NLIA 2QCEA 3O1NA 3TJLA 4O1DA 3MI2A 2J6XA 3LI0A 3P8IA 1DBTA 1TV8A 3S5NA 1R2RA 5AB3A 3S5OA 1GVOA 2X1UA 3E02A 1K3UA 3N2XA 3R2GA 7TIMA 3EXTA 3ANYA 1F73A 1PHWA 4Q4KA 1UB3A 4Y6GA 1W0MA 1FWTA 4IXXA 3EXSA 3S6DA 3A21A 4IMDA 5BMXA 3W2UA 2X16A 3M6YA 1EWEA 1XI3A 1M5WA 4ZVJA 4MFEA 1X1OA 3ABRA 2B7OA 1GQNA 4I7WA 5LNSA 4NJGA 3L21A 3LCIA 1H51A 4WY0A 5AHEA 4NUWA 1GPWA 1MZHA 1DQWA 1P1XA 2HSAA 3QYQA 1CW2A 2YR1A 3W7CA 3BPWA 1HTIA 2AQWA 4NZJA 4WXZA 2CLFA 4CNPA 4H3DA 1RQHA 1Q6RA 3NA8A 3NQVA 1QMLA 3KXQA 2WSQA 2DZUA 2ISVA 1B3OA 5F4WA 4UNLA 3QFEA 1U5JA 3ZR4A 3M47A 5U4NA 4LV9A 4TR9A 3CB8A 1MEIA 2C0AA 1GT8A 5FEPA 1O4UA 3PVFA 4N4QA 4AWUA 3GAKA 1OFRA 3HG3A 3LXBA 1GVRA 3G1VA 1TTPA 3VE7A 1GTHA 4Y8FA 3NXFA 3MP3A 4C1LA 3N3MA 3M41A 4DEFA 2RKXA 2V5LA 1TPFA 1Y0EA 2GVLA 3SI9A 1KM6A 1FWSA 3F03K 4X9SA 4IGHA 3W3OA 1KLYA 4FIQA 1W54A 1H60A 3N2MA 2FQIA 1NAL1 1AK5A 4NJKA 3RFAA 2XN0A 1L2UA 2WPBA 4AHQA 3O06A 4DO6A 4HNNA 4XZ9A 1IF2A 3RMJA 4UR7A 1UUMA 1VS1A 1LTDA 3B06A 5F2IA 1S5WA 1J5TA 5AHFA 2FDSA 1H7NA 3WFAA 1P4CA 3H55A 3IIVA 3OVQA 4WOZA 1LOQA 2CU0A 3BV4A 2RDTA 4OV4A 1OG0A 1PVNA 3LI1A 2QCHA 4OQVA 1GG0A 1TPVA 3DHFA 4CCEA 1G4EA 4GUGA 4N6EA 4N9CA 3TX9A 1TRIA 3C6CA 4OU1A 1QCWA 3UY8A 2X1TA 1HO1A 3L5AA 4O54A 1FWNA 2QCLA 5FEZA 3TQKA 5LKYA 1D9EA 1YLVA 2YW4A 1H7OA 4PL2A 2NXHA 3SSJA 3DI0A 3W86A 3CC1A 2FFCA 4BI7A 4BWLA 4IX0A 1SR9A 1FDJA 2YXGA 2E77A 4JX4A 3W23A 3EWUA 2FPVA 3GDRA 5LZLA 5KZDA 1IIHA 1W3NA 3F1QA 3GKAA 4XKYB 1KV5A 1WV2A 3CEPA 1CI1A 3FLUA 1SO5A 1YADA 1A5AA 5DLCA 4JDYA 3L2IA 3M9YA 4FNSA 4GUFA 3TQVA 4EVZA 2CWNA 3B8DA 4JTUA 2C16A 1W5NA 4MLRA 1THFD 5LGXA 2Y6ZA 3LLDA 2I1OA 4FX7A 4DF0A 3PB0A 3QF0A 1WA3A 1W37A 2NUYA 4O13A 3TC6A 3LHVA 1A53A 1L6YA 5HMSA 1VCGA 4UMBA 3LHTA 3KAOA 4RX0A 4DXVA 2C6QA 5C6MA 4CQAA 1S3HA 4ORMA 1KTNA 3MI6A 3B04A 4PODA 1GOXA 3AO0A 3KVKA 1L9WA 3BW4A 4RR4A 1VCVA 3MMTA 5BNKA 1W3IA 5HNRA 3O07A 3G1AA 4QSHA 1XM3A 2ZZ6A 3GDMA 1ZY9A 4O0KA 1QDSA 3C8FA 1KM0A 2A1YA 1JCYA 2FB2A 3C52A 1LDCA 5EBUA 4A3UA 3NQAA 4FB7A 2JK2A 4GNJA 3NR0A 2A6NA 2V5BA 4CLMA 1BKSA 3U2OA 1RD5A 1A5SA 1W3TA 5I3IA 4UTUA 1WOBA 3IIPA 2R94A 2E6DA 4AHPA 4UTIA 3E96A 2ZQ0A 2EHHA 1O60A 3SGUA 4YL2A 1ICQA 3CT7A 3FKKA 2R91A 3I7SA 4UFJA 4UTHA 3CWNA 3NPXA 3MP5A 1FCUA 3G1DA 5K3VA 1SFJA 4X2RA 5DCBA 2GPTA 2Z6JA 3SW6A 3V1PA 3EKLA 2Z2UA 4QAIA 2W79A 3LGEA 2ZRWA 2NWRA 2X2GA 2YYUA 2E6FA 5SWUA 3EB2A 1TQXA 1IIGA 2YW3A 1C29A 2ISWA 4UTWA 1Q6LA 3U8GA 3JR2A 4O0ZA 1LYXA 5CZSA 3LX9A 1O95A 3A9IA 1N7KA 2C14A 2E09A 3IGSA 1QAPA 3C2RA 2HS8A 3QH2A 3FJ6A 4M6VA 2CLOA 4FF7A 1P0NA 2WO5A 4TU1A 4NVTA 3LCGA 4LVGA 5DY3A 2VEPA 1TJPA 4LVAA 3N14A 5HWJA 3TNOA 1ZCOA 3PG9A 4IMGA 1OFEA 4JTKA 4E0CA 1B57A 3QRHA 1WAUA 3I6RA 3MHUA 3QQ0A 4KWWA 2Y7DA 4O1BA 2RDUA 4OHQA 3TW7A 1QPRA 3LTPA 2NX1A 4UTWC 1JCNA 1NF0A 3R89A 3TFCA 2QCNA 3FYOA 4DBEA 5D04C 4ML9A 4NT0A 4O17A 2E6AA 3HGOA 2VOMA 5I3GA 1PCWA 3GYEA 3PS7A 3CQ0A 2W6RA 4ICNA 4N4PA 5KZEA 3HF3A 5CG7A 3TA6A 1A5BA 1ME9A 3ELFA 3DFTA 4EF9A 2J9XA 3N34A 4O1AA 1OX4A 3LM7A 3QW3A 4GWEA 3P61A 5F1VA 1QPQA 4C1KA 2F7FA 4GUIA 5D2VA 5AHIA 3FIGA 2A7RA 3LBMA 3GKFA 3UD6A 4DF2A 3A5FA 3N73A 5HWMA 3CM4A 3GAYA 3C56A 3NEVA 3S1XA 1IXQA 3DFPA 1HFBA 2A21A 3CU2A 4Z1BA 3G8RA 4BF9A 5D33A 2NXIA 4WUIA 4PA8A 5I3KA 1SZEA 3C4UA 4FNRA 3S8HA 1DORA 3PB2A 4MZYA 2CZ5A 3HPSA 4FNPA 1HL2A 1MXSA 3UZ5A 5BRBA 1DKWA 2G97A 2B0MA 1TPWA 4O57A 4KFNA 3ZWTA 1HO4A 2EAWA 3G1HA 1ZAHA 3TSDA 5TQLA 1XBYA 3THAA 4LUIA 2D73A 4ZQPA 4HNUA 1JULA 5HR7A 1BWLA 4LY8A 3W7MA 3P80A 3W7GA 4BI5A 4JR5A 4BR1A 3LHUA 4QQ3A 1LM1A 3FS2A 1FX6A 1VHCA 2ZA2A 4KWVA 4O15A 4QNWA 3LDVA 3TAOA 4BI6A 1OABA 1F5ZA 1TO3A 3T4CA 4FX8A 3LBCA 3Q94A 3HBLA 4O18A 3YPIA 2FPYA 4ONVA 3NM1A 3NZ1A 4LS2A 4YCOA 5D09A 3MYPA 1RPXA 4S2BA 5KZMA 1ZJIA 4J9JA 2EF9A 3M43A 3W9ZA 3WJYA 3HB9A 3NM3A 2QCDA 2DZPA 4TMBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1UH4 A;  2FLI A;  1R86 A;  3A4J A;  1ISY A;  3O7U A;  4RUB A;  4A22 A;  3VIJ A;  2XSB A;  4AFY A;  3DFN A;  3CPR A;  1J2B A;  1G7U A;  6TIM A;  5AVN A;  5EA9 A;  1HKJ A;  4EF8 A;  3PJW A;  2PFH A;  4C6L A;  4UTT A;  3M6D A;  1P0K A;  1BLI A;  2FMN A;  2J9Y A;  3EYP A;  1S2A A;  4OBS A;  3HG4 A;  2A2I A;  4WSJ A;  2ZZ3 A;  4ACY A;  3OB8 A;  2YDA A;  4ADS A;  4NX0 A;  4I9A A;  3OZY A;  4HU8 A;  3E2V A;  1K02 A;  4M1B A;  3VC6 A;  3OHM B;  2DP3 A;  1HUV A;  2E8Z A;  3BL3 A;  3GLC A;  4MZ8 A;  5C2G A;  3PJT A;  3IJ7 A;  4JTH A;  4O19 A;  3U3H A;  4DXX A;  4HPJ A;  2ZC8 A;  5LHE A;  4F0L A;  3MAN A;  2ABB A;  3VGE A;  4JYD A;  3B9D A;  4BQ2 A;  1GVS A;  4HYV A;  3VOH A;  2ZCG A;  1TPE A;  2ZRU A;  1XII A;  3M5Z A;  4LBR A;  3NZP A;  1ZAI A;  1IXO A;  2XUC A;  4WY0 F;  4WKA A;  1PKM A;  3C2E A;  3IVT A;  1R7A A;  3C3N A;  5C7H A;  1CPU A;  3TWB A;  3LU2 A;  1G6C A;  3MP4 A;  2QUN A;  4WQ6 A;  3XIM A;  5K9X A;  3IJL A;  1U1J A;  4LVD A;  1I4N A;  3T78 A;  4HJF A;  2D0F A;  2QV5 A;  4MDO A;  4JXC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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