3LDVA

1.77 angstrom resolution crystal structure of orotidine 5'-phosphate decarboxylase from vibrio cholerae o1 biovar eltor str. n16961
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
231
structure length
231
Chain Sequence
AMNDPKVIVALDYDNLADALAFVDKIDPSTCRLKVGKEMFTLFGPDFVRELHKRGFSVFLDLKFHDIPNTCSKAVKAAAELGVWMVNVHASGGERMMAASREILEPYGKERPLLIGVTVLTSMESADLQGIGILSAPQDHVLRLATLTKNAGLDGVVCSAQEASLLKQHLGREFKLVTPGIRPAGSEQGDQRRIMTPAQAIASGSDYLVIGRPITQAAHPEVVLEEINSSL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title 1.77 Angstrom resolution crystal structure of orotidine 5'-phosphate decarboxylase from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961
rcsb
source organism Vibrio cholerae o1 biovar el tor
total genus 78
structure length 231
sequence length 231
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-01-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3ldvA00
3EKZA 4MLRA 3G22A 3IVTA 2EPHA 4OV4A 4JGDA 2J9ZA 2Z2UA 2E09A 3RF9A 2YGYA 3NL2A 1DKWA 3M0ZA 2VC6A 1VCGA 1OF6A 3QSRA 4GUIA 1KTCA 1UB3A 3MI6A 1FCUA 3LDVA 1MEIA 2JBMA 1GVQA 3F4WA 5AHIA 2VXNA 2TYSA 4MVAA 3W1UA 4X3ZA 2V0TA 1EUNA 2V2DA 2ZDRA 3QPYA 4FNSA 3A24A 1UUMA 2ISWA 1I2OA 2YFOA 2GOUA 4DPQA 1ICPA 4RLIA 3OEXA 4HNNA 2P10A 3DKLA 4O1AA 3M44A 3KAOA 3W7EA 1L9WA 1OHLA 3STCA 1DBTA 3R8RA 3HO8A 5EL1A 4POCA 5HUPA 1YXYA 1JCLA 1BWLA 3A5VA 4O28A 1OX4B 2Y7FA 2E6YA 2WSRA 4LVGA 3DFTA 2DZUA 2JKPA 1G67A 3M5ZA 4X2RA 4N6EA 1OYAA 3RFAA 1OYBA 4K36A 2A7PA 2QKFA 3PUOA 1SZFA 1TJRA 1SSDA 4Y6GA 2Y89A 2Q8ZA 2CLEA 4TIMA 3O07A 2ABAA 4CCDA 5AYZA 4TU1A 2FJKA 1UASA 4UFHA 1XUUA 1X1ZA 3LCFA 3B05A 3UD6A 1P5BA 3RLVA 3I65A 2PE4A 3UYCA 1RD5A 3W72A 3B4UA 3EWYA 3I7RA 3TSBA 3TQ0A 3TIMA 3KVMA 2CZ5A 3WJWA 4JYFA 4YMZA 5KZMA 4DO6A 2X16A 4UTTC 4H3DA 3E49A 1KM6A 4JY8A 1A5SA 2CLKA 2WNNA 3Q94A 5G5IA 4R7JA 1DJNA 1KLYA 4NXSA 5E0KA 4NQ1A 1LM1A 3W1RA 1W31A 1PVNA 2AAMA 3LCWA 3EX2A 2ZTKA 1Z41A 5DY2A 1OFPA 1TSIA 3MP3A 1NVMA 5D30A 1VLWA 2HMCA 4IPIA 4LVAA 3LTYA 1XCFA 3NPXA 3HMJG 2I1OA 1SFLA 3DHDA 3FOKA 3PB0A 1F6KA 1CW2A 1F7BA 1GJPA 2RKXA 1VHCA 4TR9A 4I7VA 4QAIA 1PE1A 3B04A 2CW6A 2G5WA 5KSWA 3PUEA 3D0CA 3QFEA 5AC8A 1VR6A 4GWEA 3PY2A 2XN0A 1JQVA 1SUXA 1JR1A 1ZENA 4R33A 3TDFA 1ME7A 4XUGA 4GUFA 2VEMA 4IUOA 1R30A 2OMAA 2RHGA 3KOFA 3BG3A 3S1VA 4JX6A 2Z0IA 3GIYA 3HJZA 4K39A 5HMSA 1FWNA 4QITA 5FEWA 3Q58A 1TPWA 1WBJA 1OFDA 3NL3A 4LS1A 5G1TA 5IM51 1GVOA 1OFOA 3HBLA 4M6VA 5DCBA 3IGUA 4M19A 1X1OA 1MO0A 1G7UA 2DZVA 3UY7A 1CX9A 4UTJA 5D32A 1GYNA 5KINA 3TC7A 4BI5A 2ZZ3A 4AWSA 2X1UA 1QPNA 3E96A 4LOCA 2ISSA 3TAKA 1T8XA 4S2CA 1G4SA 2QAPA 3FA5A 3P8IA 4FNUA 1JULA 4NVTA 4QSHA 4FF7A 4AMAA 3NVTA 1I8JA 1KM1A 4JDYA 3EXRA 4R34A 3QH2A 3QW4B 3K30A 4NZFA 1EP1A 3EB2A 3M5XA 3GNNA 3PBVA 1KLZA 5D2WA 4NZJA 3ABQA 2QR6A 1ZAIA 4KFPA 2I14A 2RDTA 4CLMA 3O16A 5FF4A 3MHFA 4X9SA 1YXDA 5DCEA 2NUXA 1SO5A 1ZY9A 4H6KA 2VFEA 3LB0A 3CU2A 3NQMA 2CLHA 3N2XA 2QCHA 3NQCA 3HGRA 1P4CA 4N9CA 4O17A 3THAA 2GUUA 4ZMGA 1LCOA 3C2OA 5D2VA 2PURA 2PCQA 3MP5A 4WJEA 1LBFA 1KTNA 3LCIA 3EWWA 1H61A 2NX9A 4DF0A 1SPQA 4ADTA 1RQHA 3WFAA 5DXYA 4M5PA 3G1FA 3S1UA 4L4LA 4UFLA 1MSSA 1YDNA 4K7VA 3STGA 3PWAA 3N2MA 3G0XA 1VZWA 2NX1A 1VYSX 3FEMA 4FB7A 3KVLA 4ORMA 5D38A 2O7SA 3G1VA 2DZPA 4KFOA 1LDCA 4CQ8A 4O16A 4Z1CA 4LS2A 4WQ6A 1B3OA 4ONVA 1X8FA 3NNTA 2V5LA 2GVJA 3LBMA 1GPWA 4YWIA 2CU0A 3WK3A 4JICA 4JTIA 2RFGA 3FS2A 5AHLA 3DI0A 3LCLA 1SR9A 3QF0A 1EB3A 3KVKA 5H91A 4WX2A 3FJLA 4PTNA 3P60A 2H3BA 5HULA 4K6AA 3EWUA 3IGXA 1H7NA 5AC6A 1TPDA 4FNPA 4GUGA 4O4VA 5G4EA 2C6QA 3WJXA 3ZFHA 2ALDA 3GR7A 1DVJA 2C0AA 3WK0A 3LLDA 4I9AA 1SW3A 3DFPA 4QQ3A 5CG7A 1U83A 2YCEA 3NQ2A 1JQXA 1BTMA 1LBLA 3BG5A 1RR2A 4IJBA 4N6FA 2GQ9A 2X1RA 1KFCA 3OBKA 3MP4A 4WY0B 5K2ZA 5CGQA 2QF7A 3CIXA 4WOZA 4GC4A 3DHFA 3YPIA 3W83A 1P1XA 2W6RA 3G18A 2A7RA 2DJLA 1GZGA 3HB9A 5F2IA 4RXGA 3W76A 3SSJA 2V81A 4QM1A 1VYRA 3PBUA 3LERA 1U5JA 3QMTA 5EA9A 1KM3A 1F2JA 1H51A 4DBDA 5KITA 1W3NA 1ICQA 1N7KA 1FWSA 1YPFA 1OG0A 3PB2A 3S5ZA 3EWXA 3LRKA 1MXSA 1F05A 4O15A 1FQ0A 3PSWA 1G7VA 4PC8A 5IBXC 1TIMA 1Y0EA 3GR8A 1FY6A 3NQDA 2Q3OA 3HGSA 3S1WA 4LC8A 4FIQA 2CLIA 4N2YA 3W7CA 5BMWA 3BW2A 5K9XA 3MMTA 1K03A 3NQFA 4UTWA 4Z0JA 4GUHA 1WBHA 3W1TA 3BW4A 2B7NA 4PCFA 3AJXA 3W7PA 5FEPA 1PS9A 4PL1A 1E51A 1DORA 1I2NA 5C54A 1QO2A 3LCXA 4Y9AA 5G2WA 3S8HA 1O5XA 1F6PA 3F03K 4UUIA 3NL5A 5K9CA 3L5AA 4NX5A 1CI1A 3GB6A 1XDMA 4WOQA 4A3UA 3MO7A 1VH7A 2ZRWA 4FX6M 2Q3RA 2VKZG 3LTPA 3M7WA 5D2XA 1WX0A 2J9YA 3KHJA 4LV9A 3IV3A 6ALDA 3G1XA 4RZ4A 4CNPA 1ONRA 2NXHA 4NJGA 4JYDA 5F1VA 2EKCA 4NT0A 4RCXA 3G0UA 4IWWA 3KRSA 3MBFA 4MUZA 3VFLA 5AYYA 1UUOA 2OJPA 1QNVA 3C6CA 3P80A 4PFMA 1RQBA 3DAQA 3MYOA 4FNRA 5DY3A 4ADSA 5FF3A 1OJXA 1SU5A 3NO5A 4XQ6A 3S5YA 1H7WA 2YW4A 4MZ1A 4Y96A 1VQTA 5I3IA 2FLIA 1LYXA 2ZRZA 2A5HA 2DZXA 4GE8A 2E6FA 3TNOA 4BI7A 4AWUA 1PV8A 4LVFA 2EF9A 3QQ1A 3BVJA 1GG0A 3UPBA 4M6PA 3LXBA 1A5AA 3E9AA 5CZSA 1LLZA 3N19B 4N9EA 5AHFA 2XN2A 3SJ3A 4AXKA 1EX5A 4XBSA 4OHQA 4JY9A 2QUTA 4UMBA 4RR4A 4PEKA 4XZ9A 3T40A 4QISA 2RH9A 3DU0A 4PL2A 3MBDA 1HL2A 2BXVA 3W73A 3SFKA 4FXRA 1NFBA 3GZ3A 3KFTA 3KXQA 5CPLA 5LGZA 3IVSA 3PF3A 1W5QA 3F4NA 3SW6A 1TPH1 2J88A 1O60A 4O1BA 3THQA 2WOQA 2P1FA 4O13A 2X1TA 3NQEA 2FQIA 1ZAJA 4LUJA 3UXDA 3CC1A 2A85A 3TFCA 1IXQA 4ALDA 5HWJA 4NU7A 4O11A 2QUVA 3C2VA 4TMCA 2FFCA 2PC4A 3I68A 3CLMA 1EP3A 3VE9A 2Y63A 3NPWA 2V30A 1OF8A 3CWNA 4E38A 3TH6A 3L9CA 4MKNA 1QPQA 1TPB1 4O4WA 2ZA3A 1TO3A 2Y62A 1TREA 3VKJA 3CIWA 2G97A 5C55A 5EMUA 1GT8A 2RDUA 1KTBA 1S3HA 4P61A 1TMHA 4JIPA 4JTFA 4TX9A 1VRDA 1AW1A 1KFLA 4DQWA 3GYEA 2YW3A 1TTIA 3C4UA 4AHQA 2E5DA 3PBYA 2UV8G 3VI2A 1S5WA 3PAJA 4JTGA 3FYPA 2ISVA 2E68A 3T78A 5AHNA 2C19A 3M5YA 4L4MA 3QMRA 2WV8A 3CHVA 3V75A 3HPSA 4YL2A 2P0OA 1A50A 5T26A 1GOXA 4Z1AA 4OWGA 1GVRA 2WSYA 2ZZ7A 3A21A 4NJHA 3OIXA 4UCGA 1YDOA 3T7VA 4BF9A 3PG8A 1HUVA 3GXPA 4MFDA 1D3HA 2TPSA 4WD0A 1QOPA 1JCNA 3MYPA 2VFGA 1KFEA 3CTLA 3S5OA 2G96A 3U2OA 2NLIA 4YLWA 5TBOA 4FHAA 2A6LA 4O50A 2HS8A 4JX4A 1KA9F 3IEBA 4FIRA 1HO4A 3ATZA 3DFNA 3W07A 3DFOA 4LRTA 3U8GA 3G3MA 1OK4A 3P7YA 5F2LA 3TKFA 5I3GA 1JCJA 4X22A 3W74A 2HTMA 2ATMA 2YR1A 4J9JA 4Y8FA 2WKJA 3A23A 4KWVA 2V9DA 2G95A 3QQ0A 3UNDA 3LV5A 4AHOA 1YYAA 5KZEA 3GDRA 4A22A 3TE9A 1SW0A 3UQNA 1OFAA 2F84A 3NG3A 1AW5A 1MEHA 3W1QA 3GXTA 3TSDA 4GBUA 1H7XA 5D2YA 3TMQA 3WJYA 1KBJA 3FIGA 2ZZ5A 3GVGA 4JTHA 5DCDA 1H62A 4O0KA 3TSMA 3C8FA 1W3IA 3S1XA 1RVGA 2X2GA 3GXNA 4ZQPA 4RKAA 1VLIA 4NXKA 1KFKA 6TIMA 3CM4A 3A22A 3DENA 5K4ZA 1IGSA 4UTUA 2ZZ2A 4EF9A 2QDHA 1AL7A 3QZEA 4M7SA 5EKYA 1SO6A 3W7GA 2TRSA 1VGAA 4XKYA 3B0UX 2JK2A 2H8ZA 5KZDA 4IXHA 1QDSA 5FEZA 3L21A 3LXCA 2HSAA 1TRIA 1X6UA 4AAJA 4O57A 3O6YX 3NYZA 1L6WA 1KFBA 5FEXA 2E5BA 1TPVA 1H7RA 1FUYA 1KW1A 3G1DA 1L6SA 3QRHA 3W3OA 4RX0A 2DJXA 2WSQA 3H54A 2GPTA 5F2MA 3V1PA 2VEKA 2FDSA 2Z1BA 4BK9A 2CZFA 2FPVA 4FX8A 5LKYA 1W5PA 2H3DA 3SECA 1WOAA 2H6RA 1GTHA 3EXTA 3W70A 3GLCA 3M16A 4UNKA 3W7OA 2YYUA 4DELA 1SO4A 4O18A 3HG4A 1I45A 3JS3A 1G6CA 1TTJA 1FWWA 3LXAA 4MZ8A 5I3JA 4Q4KA 3R89A 3W1AA 3FLUA 3P67A 5CPOA 2ZA1A 4B5NA 1ZCOA 4IMDA 4UTIA 1S5TA 2GVGA 3ABOA 4TMBA 4O52A 3UWQA 4ZVJA 5A5WA 3NQAA 3TW6A 1DOSA 3LV6A 4ML9A 1TPC1 1AW2A 1R2SA 2BTMA 1TCDA 1EWDA 4N02A 2ZZ1A 3ATYA 2FTPA 3KVJA 4K8HA 1JCYA 3EX1A 3OVPA 2TMDA 4ZQCA 3W2JA 4QNWA 1RZMA 2Y88A 3W7LA 2ZQ0A 3LRLA 4HPXA 3LTSA 1LROA 1LLWA 2QCCA 4AH7A 3DXIA 3NGJA 4JNMA 3TU9A 1H5YA 4JD4A 4OBTA 3W2LA 2B0MA 4DF1A 4OU1A 1EPXA 3LHUA 4N4PA 3MI2A 5D05A 1A5BA 4OV9A 1OX4A 5KMYA 3TJXA 4LC6A 2Z6IA 4NNCA 1LRQA 3OHIA 3W23A 4BI6A 1AL8A 2WNQA 4FXSA 3O6DA 2QCEA 1AMKA 2ZFAA 2XN1A 3TCEA 2C3ZA 3G8RA 1DQWA 3MWAA 1B4EA 5LNSA 1PCWA 3W84A 1W56A 4UR7A 2NXIA 4A21A 3EXSA 4AWTA 2ZRXA 3UWWA 1WDWA 3HG2A 3N34A 4AF0B 4UTMA 1GEQA 1OFQA 3C2FA 1WAUA 1RPXA 3PUDA 4UTTA 4JTJA 1HO1A 3GDLA 5G1YA 3W2MA 4N9DA 3PG9A 3W7JA 3IIXA 4MY9A 3GX9A 3LHZA 4IMFA 3G1HA 4A2SA 1OK6A 1IIHA 2QCDA 3I7QA 3PC0A 3LHTA 1Q6LA 3L0NA 2CFFA 3GAYA 1ZFJA 4C1LA 1XKYA 2OT1A 4U28A 4MFEA 2Y7EA 4BWLC 4QJ1A 3C52A 3C56A 4MJZA 4JEQA 5FF0A 5FESA 4M7TA 1JRCA 4OGZA 4JIQA 3UZJA 1XC4A 3DKJA 2QCMA 5L9FA 2CLMA 3O1NA 2YX0A 1SO3A 2Y70A 1IXNA 1XBYA 4LWWA 1T99A 4CCEA 4IX2A 4UFMA 2EGZA 3W1XA 3NDOA 3M41A 2R8WA 2A6NA 1RQEA 1XDLA 4DO5A 1N8FA 1TJPA 4GFSA 1KV8A 2NUWA 2VOMA 3FFSA 3LGEA 1K3UA 4LW7A 4AVFA 4IX0A 3GKFA 3CWOX 1XUZA 5HQEA 3ZWSA 1B9BA 5AHEA 4ZZ9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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