2Q8XA

The high-resolution crystal structure of ixt6, a thermophilic, intracellular xylanase from g. stearothermophilus
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
NSSLPSLRDVFANDFRIGAAVNPVTIEMQKQLLIDHVNSITAENHMKFEHLQPEEGKFTFQEADRIVDFACSHRMAVRGHTLVWHNQTPDWVFQDGQGHFVSRDVLLERMKCHISTVVRRYKGKIYCWDVINEAVADEGNELLRPSKWRQIIGDDFMEQAFLYAYEADPDALLFYNDYNECFPEKREKIFALVKSLRDKGIPIHGIGMQAHWSLTRPSLDEIRAAIERYASLGVVLHITELDVSMFEFHDRRTDLAAPTSEMIERQAERYGQIFALFKEYRDVIQSVTFWGIADDHTWLDNFPVHGRKNWPLLFDEQHKPKPAFWRAVSV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords intra-cellular xylanase
publication title Structure-specificity relationships of an intracellular xylanase from Geobacillus stearothermophilus
pubmed doi rcsb
source organism Geobacillus stearothermophilus
total genus 132
structure length 330
sequence length 330
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2007-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2q8xA00
3F4VA 5KEZA 3AIBA 4MB3A 2WVTA 1W3JA 1H2JA 4Z2HA 1VAHA 3AIVA 3ZMRA 5I79A 2FH8A 3RPMA 3SCNA 4PCSA 4OBSA 1UYQA 2W63A 2WCGA 1XGZA 1Q6GA 5FD0A 1JFXA 3ZJ8A 1KCKA 2XGIA 1DWHM 4WIWA 2A3AA 3VDHA 1J0JA 2FHCA 4CD7A 3BCFA 3VGHA 1UG6A 2ZXAA 5LYRA 4KRUA 2J7CA 3GH4A 3ALGA 2W4XA 2EPKX 4BQ2A 1HP5A 2X05A 3OBAA 5A6SA 1HJQA 2DSVA 4JCMA 3WUFA 4FLRA 4PBGA 3MMUA 2JE8A 4E8CA 2D1ZA 4W5UA 4ZXOA 3OGRA 4ATWA 1E3XA 4WF7A 3QR3A 2DSKA 1ODUA 4U2YA 5A2CA 3AXHA 4JHOA 1QNRA 4E2OA 3SCTA 2X0HA 2YIHA 4DUVA 1QPKA 4JL1A 3NJ3A 1OGSA 2BY2A 7A3HA 4PEEA 3AMDA 4D6GA 4ZEPA 1JDCA 4Q7NA 3WD2A 4JFUA 2D23A 3WDJA 3DC0A 4W7VA 4E8DA 3AFBA 3O9NA 1E6PA 3W53A 2V38A 5C8BB 1DWAM 4F79A 1E6RA 2VX5A 3N9KA 5I23A 2EPMX 3WD3A 1VJSA 1ZJAA 4JKKA 3KEHA 1D2KA 4GPNA 2ZX6A 1P6WA 3PTQA 5CSUA 4RE4A 2NT1A 4A3YA 1XCXA 4LPCA 1OSEA 4UQDA 3VD9A 1J0ZA 1GQKA 3PBGA 1MQRA 4BA0A 1G94A 1PIGA 2ZXBA 2C0HA 2XYLA 1OD0A 1R87A 2WBGA 4OKDA 4AIOA 2YA0A 4Y7EA 4DM1A 2O9OA 4AWEA 2QPSA 1JIBA 1PX4A 4V27A 4QCFA 2D2OA 2YA2A 4H8VA 5A3HA 2E40A 1H5VA 2WVVA 3ARYA 3BMVA 5CLTA 1W9DM 4C7DA 3WH8A 3L4TA 2V3DA 1NARA 3ARZA 6A3HA 1E6NA 2HVMA 5EFFA 3U7BA 2HISA 1RPKA 4CN1A 3GBEA 3AHVA 1MW1A 2ZXQA 1YHTA 1QVBA 1XSIA 3WH9A 1QW8A 3VGFA 1JD9A 4W88A 3VKKA 4D1IA 5CPSA 3WELA 1HX0A 1V6UA 1G01A 3OGVA 1DWGM 1VF8A 5HBFA 4Q22A 1NWTA 4JFSA 2XUCA 4GQQA 1XCWA 3MO4A 4TVUA 3MUY1 4TX8A 2Y8VA 3NDZA 3EMQA 1FH9A 3WY1A 1QNPA 3UETA 3L4WA 3T08A 4B3LA 4U31A 2VI0A 4UCFA 4J3VA 3DHPA 5M5DA 3PZUA 4P8VA 1Q6FA 2YOCA 2D3NA 1X6LA 1Z32X 5DT5A 4J3WA 1FHDA 3N13A 1Q6EA 2DH2A 4CCCA 3ZJKA 3MSGA 5CPQA 4QLKA 1GHSA 3T09A 1JZ4A 3VIHA 1NM9A 1B3ZA 1JDAA 4Z2IA 1JI2A 1LG2A 4B9YA 3UESA 3ZR5A 5DF0A 4CVUA 4WKAA 1MQQA 2WLZA 3TTYA 3AIWA 3WDRA 1C8YA 1E4IA 5IFTA 3CUGA 5A6JA 2UY4A 4JL2A 2BVDA 1MW3A 4WLCA 3EDFA 5A6LA 1LL6A 1XRVA 3UERA 2VZOA 4MNMA 5I77A 2VRQA 2VOTA 3WH5A 4R5EA 2F2HA 3CUIA 2CERA 3PTMA 2VZSA 4UFKA 3VX0A 4AZIA 1MWOA 1IZJA 1U33A 2XM2A 1ITCA 3WF2A 5HPOA 5A8NA 3CO4A 1B3XA 2YL8A 3WUBA 3WN6A 3MMWA 1J18A 4UNIA 1C7SA 2DSUA 1NWSA 5CGTA 1ECEA 4PMRA 2WZEA 5FKYA 3GXDA 2FGLA 1OGGA 2DT2A 3W28A 2DH3A 1C7TA 1PEZA 3EBVA 1CDGA 4Z2LA 3SCRA 8CGTA 2ZX5A 3QGVA 2O9TA 4KH2A 4PUDA 3G6MA 5A6MA 4S3JA 3WH7A 1E55A 4MAVA 3HU7A 4HZ6A 3VMOA 4CU8A 4HA3A 1HT6A 4W7UA 3RM4A 4AZ5A 8A3HA 1CYGA 3WQWA 4W93A 3W6LA 3VD3A 3N1AA 3THDA 5GPRA 1JGIA 4XB3A 2OWXA 4IPNB 3VIOA 3GH7A 1Q6CA 2ZUSA 2XPKA 1W91A 3FNDA 2V5DA 5FCZA 1UR0A 2Z1KA 2E9MA 3VD4A 3DECA 2Y8KA 4CD4A 2OYMA 1WO2A 2XJ7A 1K6AA 5BXTA 1OBAA 3MUZ1 3N18A 2WC3A 4W89A 1TE1A 6TAAA 1C92A 3K4DA 3WENA 2Y4SA 1VEMA 4X9YA 3TOPA 2J7EA 2X1IA 3U57A 4PMVA 1CGVA 5IHRA 3CZKA 4PMNA 4AIUA 1WP6A 2GJXA 1ZBKA 5E6ZA 4D6FA 1KXVA 5TD4A 4BQ3A 2CEQA 4FLQA 2VL4A 4QP0A 1PZ2A 4NRSA 2VVNA 2GJXB 4HA4A 4BQ5A 1GHRA 3WNOA 1CGTA 4DUWA 4N42A 1EDGA 1KGWA 1TMQA 1KWGA 3WQ4A 3OB8A 2PC8A 4MPKA 1W9VA 4BS0A 1CGYA 1V3LA 2AAAA 5FL0A 3BSHA 4WJXA 1E73M 9CGTA 3CUHA 5AY7A 1M53A 2O9PA 1LQ0A 1GQJA 1AQHA 2OSXA 1TUXA 2DSWA 3AZRA 1VEPA 4PUEA 3SUSA 2IUZA 3W6MA 4CUCA 1PZ3A 3ZIZA 4J28A 4F9DA 2YL6A 3AHXA 3UR8A 4H04A 1JZ7A 4P7NA 1WE5A 3N15A 2J7DA 3PZMA 4AISA 1G1YA 2VQUA 1ISXA 1ZL1A 3AZTA 2CHNA 1LJYA 5CG0A 2W61A 2EBNA 3RJXA 5CJ5A 1WKYA 1QI0A 3GTNA 1E70M 3VU2A 1ZBCA 1B2YA 1TCMA 1G0CA 3BGAA 3OA5A 2J74A 4P7LA 2E9BA 1HL8A 3PZ9A 5IXEA 4JZ5A 3W4RA 1J0IA 3SUVA 4IM4A 1JAEA 1V0MA 4MJ4A 1H0GA 3WMCA 5A2AA 3AS3A 1OGBA 2PI6A 1V3JA 2ZUWA 1EGZA 4YHEA 4CCDA 1JAKA 1LF1A 2J7HA 1EQCA 2ZWZA 2XIBA 4HA1A 3TA9A 1V6XA 2WKGA 3AXXA 1BG9A 2D22A 3J7HA 4GINA 1KWKA 4WKHA 1KB3A 1X1NA 2IXUA 4P7RA 1W32A 1ITXA 2WSPA 5A1AA 3IAPA 1JXKA 3AISA 2Y24A 3OGSA 2VT0A 2WHMA 3MUIA 1HJUA 4BQ4A 1TA3B 1DP0A 2IXVA 4WSJA 1UR8A 3RM9A 3RJYA 1WDRA 4AZ6A 2YDSA 4F66A 1TVPA 2XVLA 3CMJA 5E0CA 3AXIA 4GKLA 3CZJA 4W7WA 5E70A 1CZ1A 1JF5A 2WMIA 1JD7A 4PTXA 4MNKA 1E72M 2WSKA 2YA1A 1OT1A 1C90A 4IPLA 3S6TA 1B1YA 2WKLA 4J7RA 3CH9A 2YKKA 4JFTA 3UG4A 1XYZA 3SUTA 5D9OA 3EDEA 2AOSA 5GQBA 4QLJA 2VJXA 4AC1X 3RCNA 5I2UA 4M81A 3BLKA 2JEPA 3F5LA 3OG2A 3AYRA 1MFVA 2JIEA 4BZYA 3KL3A 1K9TA 1HKMA 3BH4A 3T0AA 4HMDA 1W9PA 1CPUA 3IANA 1JZ2A 1HJSA 2UY5A 1E1FA 2BHYA 3T0DA 2XHYA 1E4LA 1WCGA 5D9NA 2JALA 2XG9A 3WBAA 2J4GA 3JUGA 2WWCA 1MXDA 3SCPA 1E71M 3WNPA 5BYWA 1FHLA 1JYXA 2WZIA 2DIEA 3NCOA 1R8LA 1W3LA 1E6XM 4Z2JA 1EIBA 1GOKA 1OD8A 2CKSA 3MV11 5F7UA 1JYNA 3TTSA 4DWSB 1MYRA 4B9ZA 2VR4A 2J25A 4MTVA 2Z1SA 3W82A 1HVXA 1HJWA 2CKRA 5CQ1A 1FFQA 1WZKA 3A3HA 4A4AA 5JIPA 3VGGA 4LQ1A 3BCDA 1UQZA 3OZOA 4PSPA 2WC7A 1RP8A 3DYOA 4D1JA 5AYIA 3M46A 3N17A 1L0PA 5C71A 1CGWA 3HN3A 1E56A 1VEOA 2ZIDA 3D5HA 1TFVA 3FXYA 3IJ7A 4AXNA 3PZTA 1J0YA 1XD1A 3VD7A 3MU7A 3TTOA 4KWUA 4KGLA 2ZXDA 3EDJA 2QMKA 1B90A 4AIEA 5JBFA 1MQPA 2G3JA 3W0KA 2G3MA 5A8MA 1PBGA 1NP2A 3BAYA 1VENA 1B30A 4URIA 1UKQA 2G3IA 1JYWA 1CLXA 1WAWA 2AMGA 5E6YA 3PZOA 3A4AA 2D24A 1GNXA 3N11A 5M03A 4NZCA 1XV8A 2VURA 3GYCA 1O7AA 1ESWA 3FHQA 3WIJA 5A94A 3N12A 1UD3A 1EA9C 1C3FA 4P7OA 2E0PA 3VIGA 4C7GA 1JF6A 4UZUA 3CZEA 2EEXA 4IISA 2FH6A 1BYBA 3IJ8A 3VNZA 2CITA 2YBUA 3WKZA 3ARXA 1UD6A 2WM0A 3II1A 4UQ9A 1E3ZA 3SCWA 3AOFA 3W26A 5HOSA 1GOWA 3GXMA 3GBDA 2CESA 4LGXA 3DHUA 4WK9A 5M3WA 1BTCA 3L2LA 1N82A 1V3IA 2WPGA 5JBEA 2XVPA 2BXYA 2WHJA 5EBAA 3AS2A 4EKJA 1Y7VA 1UH2A 4H7VA 5ABFB 4KMQA 2V3GA 3U5UA 1V02E 3PZIA 4CGTA 1CIUA 4CD5A 3SCUA 4F9JA 3FAWA 2MANA 4PN2A 1JZ3A 2BY1A 4PYSA 4NI3A 1JZ8A 1PAMA 1E5NA 2EQDA 4OZOA 1V3KA 2EXOA 3BSGA 1ODZA 1QBAA 2ZICA 3VDCA 1H41A 1U2YA 4FK9A 5GNXA 2DDXA 5CSYA 2G41A 3WQ5A 1KXTA 2DT0A 2CBIA 3A47A 3VDAA 1RH9A 3KE0A 1M7XA 1FP8A 3WF3A 1OIFA 1HXJA 1JFHA 4DWSD 4AEFA 4HMEA 1I1WA 1D3CA 4PMQA 1FP9A 3RM8A 4JHZA 1VFMA 1JI1A 1E5JA 5ABGA 1HKIA 1EXPA 4CU7A 1WDSA 5HDRA 3ZO9A 1ZBWA 3FHAA 3M7SA 1GOOA 2PBGA 4C7FA 4CKQA 2UY2A 4NRRA 4U33A 3U7VA 1B9ZA 2J8GA 1JNEA 3WD4A 4EAMA 4TOQA 4D6DA 2BVTA 3KZSA 3CHFA 1OWQA 4JKLA 3AJ7A 3ECQA 2JF7A 1QBBA 4GZEA 3TONA 1R7OA 1ISYA 2F8QA 3ARVA 5ABHA 4UQEA 1LLOA 3FAXA 1V6WA 1J10A 3WEMA 3K8KA 5HNNA 2DIJA 2WMFA 4AEEA 2QLYA 2WMJA 1EDTA 4S3KA 3BXWA 3CUJA 4GO8A 1VBUA 2WMKA 3WL1A 1DWJM 1DWFM 1LWHA 1GW1A 1ISVA 2D0HA 4CD8A 1QI5A 1W1PA 3L4UA 1QI3A 3I3EA 5BCAA 2XVKA 1H4PA 4LYPA 3EYPA 4UFIA 4CN6A 5DMYA 5LA1A 1BQCA 1MFUA 1A47A 1ZS2A 3WEOA 3SUWA 1B3WA 2GUYA 2VRKA 1EO7A 5LA0A 1WDPA 3DYPA 4HP5A 1JYVA 5JIWA 4AZ7A 2ZUMA 1CWYA 2W62A 2E4TA 1CXFA 3BAWA 1GPFA 3NSMA 3W24A 2WANA 2WMHA 4W8AA 2WWDA 4PRWA 2PWHA 4U5IA 1UR2A 2NSXA 3VTRA 5AC5A 3W81A 1E0VA 1DEDA 2C8NA 3RILA 3GDBA 3POCA 1BG4A 3I3BA 4FLSA 4MDOA 2F61A 1CXLA 1OCQA 1UZ1A 3BAJA 1BVNP 1WZLA 4QAWA 3VNYA 3VGDA 1IT0A 3CBWA 1H49A 4D71A 2A3HA 5A8PA 1GVIA 1UR4A 5A69A 3CHEA 3WUGA 1VFFA 1H0IA 4R27A 2J7GA 1E0WA 3W38A 1M04A 1RP9A 4U3AA 2PWDA 1TG7A 3L4YA 1J01A 3CUFA 3PN8A 3QHOA 1GJWA 2O92A 2ZUUA 4YPJA 3LMYA 5AYBA 1UH3A 2GVYA 2CCRA 3VIIA 4UQBA 1C8XA 1UWUA 3ZSTA 3L4VA 4QDMA 3WDIA 4ATLA 5CLWA 2UY3A 2X09A 1NOFA 3RMEA 1WB0A 2RGMA 2WHKA 2BV9A 4UOQA 1BF2A 1SMAA 1XSKA 3WQVA 1QNQA 1CLVA 1I1XA 5A6KA 5BRPA 2PWEA 1AQMA 4AD5A 4M24A 5C70A 2BS9A 4K68A 4PMYA 5D9MA 2J77A 5I24A 1JZ6A 1NP0A 2DEPA 1W2PA 4AY1A 2FGZA 1GORA 4J3TA 3U5YA 3MMDA 1XC6A 2BHUA 1E6QM 2BY3A 4KGJA 4QLLA 1ISWA 1KQZA 1CGXA 1KR0A 4HMCA 1OIMA 5FIPA 5DFAA 1EQPA 2G8ZA 1XH1A 2CPUA 3GXIA 4J3SA 1ZB5A 1KFWA 2J7FA 5A6AA 4H8HA 4PMOA 3O6AA 4OUEA 5DO8A 4B16A 4CU6A 2GSJA 1V3HA 1BAGA 1KXQA 1UOKA 3F5KA 3OZPA 4GI9A 1NOUA 1BFNA 2WVUA 2CNCA 2VTFA 2YDRA 5D8WA 4H2CA 3WSUA 2WZHA 3CGTA 4W85A 3TP4A 1FH8A 2WXDM 3WDPP 5FL1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3F4V A;  5KEZ A;  3AIB A;  4MB3 A;  2WVT A;  1W3J A;  1H2J A;  4Z2H A;  1VAH A;  3AIV A;  3ZMR A;  5I79 A;  2FH8 A;  3RPM A;  3SCN A;  4PCS A;  4OBS A;  1UYQ A;  2W63 A;  2WCG A;  1XGZ A;  1Q6G A;  5FD0 A;  1JFX A;  3ZJ8 A;  1KCK A;  2XGI A;  1DWH M;  4WIW A;  2A3A A;  3VDH A;  1J0J A;  2FHC A;  4CD7 A;  3BCF A;  3VGH A;  1UG6 A;  2ZXA A;  5LYR A;  4KRU A;  2J7C A;  3GH4 A;  3ALG A;  2W4X A;  2EPK X;  4BQ2 A;  1HP5 A;  2X05 A;  3OBA A;  5A6S A;  1HJQ A;  2DSV A;  4JCM A;  3WUF A;  4FLR A;  4PBG A;  3MMU A;  2JE8 A;  4E8C A;  2D1Z A;  4W5U A;  4ZXO A;  3OGR A;  4ATW A;  1E3X A;  4WF7 A;  3QR3 A;  2DSK A;  1ODU A;  4U2Y A;  5A2C A;  3AXH A;  4JHO A;  1QNR A;  4E2O A;  3SCT A;  2X0H A;  2YIH A;  4DUV A;  1QPK A;  4JL1 A;  3NJ3 A;  1OGS A;  2BY2 A;  7A3H A;  4PEE A;  3AMD A;  4D6G A;  4ZEP A;  1JDC A;  4Q7N A;  3WD2 A;  4JFU A;  2D23 A;  3WDJ A;  3DC0 A;  4W7V A;  4E8D A;  3AFB A;  3O9N A;  1E6P A;  3W53 A;  2V38 A;  5C8B B;  1DWA M;  4F79 A;  1E6R A;  2VX5 A;  3N9K A;  5I23 A;  2EPM X;  3WD3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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