5DBUA

Crystal structure of 2-deoxyribose-5-phosphate aldolase (1-220) from streptococcus suis
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
211
structure length
211
Chain Sequence
MKLNKYIDHTILKPETTQEQVEKILAEAKEYDFASVCVNPTWVALAAESLKDSDVKVCTVIGFPLGANTPAVKAFETKDAISNGADEIDMVINIGALKTGNYDLVLEDIKAVVAASGDKLVKVIIEACLLTDDEKVKACQLSQEAGADYVKTSTGFSTGGATVADVALMRKTVGPDMGVKASGGARSYEDAIAFIEAGASRIGASSGVAIM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Deoxyribose-phosphate aldolase
publication title Structural insight for substrate tolerance to 2-deoxyribose-5-phosphate aldolase from the pathogen Streptococcus suis
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus suis gz1
total genus 76
structure length 211
sequence length 211
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M
ec nomenclature ec 4.1.2.4: Deoxyribose-phosphate aldolase.
pdb deposition date 2015-08-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01791 DeoC DeoC/LacD family aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5dbuA00
5D03A 3U6WA 5KTLA 1JUBA 2A85A 3QW4B 2CZ5A 4PH6A 3W7DA 1GPWA 2RFGA 1SZGA 2Y7FA 2E5CA 1RR2A 1FUYA 3NL6A 3KAOA 3W1TA 4PEKA 1XI3A 3HGRA 3LCHA 2ZRXA 3DHDA 1KLZA 3NO5A 1KM3A 1L6YA 1KFBA 1GTHA 1BKSA 2QCDB 3SJ3A 1ZHAA 3CPRA 1E51A 3NG3A 3C8FA 2NLIA 3WK3A 1VGAA 4H3DA 5I3FA 3PBWA 3P5YA 2C18A 1SO3A 4AF0B 1AL8A 3O8AA 1JCYA 3G8EA 4GNJA 4O15A 1M7OA 4OQVA 3W1QA 3GAYA 4QM1A 2DZPA 1DQWA 4KWWA 3M9YA 5K3VA 1PHQA 5D2TA 2Y61A 2VFGA 3EWBX 1KFEA 3NZRA 1ML1A 5KMYA 1LBLA 2V30A 3M41A 4JTGA 1T99A 4HT3A 1DV7A 3C6CA 3LI0A 3EXRA 5BMXA 4LWWA 1SQ7A 2OZ0A 4WUIA 3W2LA 1JCLA 4AEOA 1U5JA 4DQWA 4Q32A 3DBPA 2QKFA 2QR6A 1G4PA 2H8ZA 4IOTA 3NXFA 3LCWA 2ZZ2A 2BWGA 3SECA 2Z0IA 3NPWA 1WX0A 1OG0A 3MBDA 2VC6A 3ATZA 3F03K 3IIVA 1I45A 3BPWA 4HSOA 4TX9A 1W8SA 3TSDA 4NNBA 3OVPA 1FWRA 1FXQA 3DFTA 1LLWA 3KRZA 3EWYA 5GVJA 3O15A 5E93A 4K39A 5E0KA 2A21A 1CI1A 1O4UA 3LV6A 5AC7A 3MP5A 1ZENA 3NQ6A 3W7OA 1SZEA 5TBOA 1LBFA 3MHUA 4O16A 3KX6A 4LOCA 5D2YA 3G1XA 5BOOA 3UWYA 3NAVA 3GLCA 4JY8A 4JDBA 3P80A 4LV4A 4CQAA 1P4CA 4LRTA 2QJIA 1A50A 3H55A 3DHFA 3PY2A 4GUIA 2QDHA 2H3BA 3T55A 1GEQA 3PM6A 2CFFA 4L4MA 8TIMA 2NV1A 3ZR4A 2E5BA 1ICQA 3IIZA 2ZYFA 1YADA 3HG2A 3WJYA 3PB2A 3KVLA 4GE8A 2QUTA 5LHFA 3I65A 3LHWA 3W2NA 1R2RA 3PUEA 2YR1A 2QUUA 1HO1A 3N34A 4RLIA 3H54A 4FNPA 3STGA 1TJRA 3P7YA 4M19A 3QZEA 4PL2A 3LHUA 4R7JA 5DY3A 4UTWC 1PL9A 4QSHA 3W86A 1ICSA 3LBMA 1GVRA 2PRLA 4FF7A 4NXSA 4CNPA 3NVTA 1I2QA 4POCA 1LRNA 4LNYA 1GZGA 2YSWA 4N4PA 3P82A 1JJKA 4AVFA 3DXIA 4E0CA 4LV9A 3C3NA 2HMCA 2VFDA 1YPFA 1EEPA 3TXVA 5FF0A 4YLWA 1XCFA 4I7VA 2QEZA 5KITA 1A53A 1JCJA 4X22A 4UTJA 2Y62A 4JYDA 2Y63A 1S5TA 2G95A 5D33A 3EXTA 1TTPA 4H6KA 2Z2UA 3TQKA 1I2NA 3INPA 1IIGA 3W75A 3GXPA 4UTIA 5LNUA 5LZLA 2Y70A 1OJXA 3QMRA 2V2CA 1I4NA 1UUMA 3LCLA 1H7PA 3BO9A 3C52A 5G5IA 5DCBA 4XQ6A 2ZZ7A 2FPYA 4LVBA 3GYEA 2WNQA 2X1UA 3LLFA 4UTTA 2ZQ0A 2G96A 1QPQA 3D0CA 4RK8A 3QM3A 5D32A 3DENA 3EXSA 7TIMA 4YXGA 1W3IA 3RU6A 3VE7A 1JQXA 3RMJA 4NJGA 2C6QA 3N3MA 1TPWA 4FNSA 1DKWA 4JTIA 1FWSA 3TQ0A 4MYAA 2LLEA 3W9ZA 3W7EA 2E6AA 3MO7A 4RV8A 1FCQA 3B4UA 3CHVA 4UMCA 1GG1A 4FO4A 2E6DA 4IMEA 3W1UA 3LCIA 5TIMA 1ME9A 4E2BA 3IIPA 1XFBA 2DZUA 3AJXA 3BG5A 4N9CA 3NL2A 2X1SA 1OK4A 1OF8A 1X1OA 2FFCA 3MHGA 5D2VA 5EBUA 5A5WA 3W7HA 2VELA 4GUGA 3HGSA 3P74A 4M5PA 5CZTA 4LRSA 5EKYA 3E9AA 5F2GA 3DI0A 1K03A 3O07A 3C56A 3G24A 3S5NA 3HGJA 2JGYA 3M6YA 2A7NA 3NA8A 4JTSA 1QFEA 3O6YX 2A4AA 5DY2A 3SY5A 5G2IA 1PVNA 2Y7DA 4MJMA 3WJSA 1GVFA 2WSRA 5G4WA 2VKZG 1EP2A 2C13A 1H7RA 3EX2A 1PCKA 2Y89A 3FLUA 2Q3RA 1QR7A 3M16A 1AW5A 2Q8LA 3B0VC 3NL3A 1XUUA 4LS1A 4IPIA 4O53A 3BG9A 3G0SA 4UC5A 4S2BA 2VEKA 4YCOA 3Q58A 3NQ2A 2FIQA 4OHQA 3W1RA 1YTEA 3LERA 4OGZA 1C8VA 3HGOA 4R33A 4RZ4A 2VOMA 4B5NA 4UNKA 5I3KA 3W73A 2JGQA 4I9AA 3IGUA 1R47A 3W7PA 4JIQA 5FEWA 4NT0A 4JGDA 1CX9A 3TW6A 3S1VA 3LXCA 2V82A 3PBVA 5HQEA 5AB3A 1GJPA 3SW6A 1LDCA 2CLKA 3NQ8A 2CLOA 3THAA 3WK2A 5CPOA 3U2OA 1NFBA 3LHYA 2Y88A 4TR9A 3CWNA 3UQNA 1K02A 3OBKA 3OVRA 3G0UA 4XTIA 1VZWA 4U4MA 1P1XA 4HNNA 1SW7A 1VRDA 4ORIA 2ZZ3A 5G2WA 3P61A 3NNTA 5L9FA 3NQMA 3B06A 1H5YA 3OIXA 4TMCA 4Q33A 1OFOA 2EKCA 4FNRA 1TMHA 3TFXA 5C55A 2WPBA 2WJZA 4O19A 3M0ZA 3TAKA 3G1YA 3GDLA 3NQEA 2DZSA 4M6QA 4HKPA 2C19A 4ZQPA 2ZFAA 5LGXA 4ADTA 4RR4A 3SSJA 1N8FA 2JK2A 4X9SA 4WX2A 4GJ1A 3MUXA 3VCRA 3EWUA 3W7GA 3LRKA 3K30A 1XM3A 3TMLA 3L0NA 2NX3A 3UZJA 3JR2A 3HPZA 3W72A 1YXDA 3MWAA 5CKSA 4Z1CA 3DFPA 3SGZA 5D02A 4QJ1A 3QMTA 5K4ZA 1ZY9A 1FDYA 1O94A 1SZNA 1X6UA 3F4WA 3PR2A 5AC6A 3IVSA 1F7BA 3LI1A 3DKJA 3HQ1A 3PBUA 4R34A 2X1RA 1RVGA 2OMAA 5HJLA 1OYBA 1EUAA 1QO2A 1YDNA 1YLVA 1YXYA 3NQGA 4KWVA 5AHLA 3HJZA 1B9BA 4ONVA 3HB9A 1LOLA 1V5XA 3NZ1A 4QIUA 4RJEA 4EIVA 1SO6A 4O1DA 2YGYA 2Y6ZA 4DBDA 1MEHA 4I7WA 4JTJA 3A5VA 4O17A 2WSYA 2B7OA 4GUHA 2DJXA 2E6YA 4YMZA 2GQ8A 1QOQA 1ONRA 2A7RA 2PRMA 2PURA 2ZRUA 4BWLA 4OE7A 4JTEA 4A3UA 3KVJA 4DELA 1WDWA 1KM5A 5K2ZA 3W2MA 1XBZA 4NNAA 3PSVA 4QAIA 3G1FA 4FIQA 1FXPA 3TJLA 5C2XA 1G7VA 5AYXA 1RQEA 5KINA 1GVOA 1AL7A 2CLFA 3W71A 3UYCA 5AOUA 3M43A 3PAJA 5DN1A 4NJJA 2ZZ6A 2J6XA 2A5HA 5G1YA 1ADOA 3L5LA 4Z1AA 1EUNA 3N9RA 1VCVA 5I3GA 4LTSA 4O11A 3GK0A 3M5VA 4LVFA 3IIOA 4LS0A 1A5BA 1TPDA 2JKPA 1IF2A 1TPEA 2ZRYA 3QQ1A 3L68A 2VFEA 4NX5A 1X7FA 4NQ1A 5U4NA 5F2LA 4NUWA 1OFBA 4N02A 4ZQMA 3ANYA 3L0KA 5KZMA 1TV5A 4O18A 4BI5A 3A24A 1QO5A 3GNDA 4GC4A 4ZQRA 4OV4A 4JXCA 4L4LA 3W84A 4M7SA 3LTSA 2V9DA 2C15A 3QYQA 3CU2A 3GAKA 2WV8A 1DBTA 3S1UA 3O6DA 4LT9A 3EX4A 5CZ0A 5U7SA 1QDSA 4LUIA 3Q37A 5F4WA 5F4XA 4JX6A 1VQTA 3C2VA 1W31A 3NPVA 1M5WA 3CB8A 3CQ0A 5LNSA 3QH2A 5C5YA 1DL3A 4QQ3A 5TQLA 1PS9A 3WJWA 5FF3A 1KLYA 2A2IA 3B8DA 1CW2A 2PRHA 3VNDA 2ZCGA 1SSDA 1TIMA 3W7MA 5LNVA 3VE9A 3PG9A 2X2GA 1W54A 4JD4A 1EX5A 3L9CA 4S2CA 1JVNA 4UMBA 4WXZA 1I2RA 5IBXA 4EOUA 1W5QA 1WQ5A 2EHHA 1SU5A 4YL2A 4IMCA 3P81A 3PB0A 1P5BA 3T44A 4DEFA 3A23A 5I3JA 1IXPA 2F7FA 4QNWA 2QJGA 3LDVA 4R53A 2EPHA 1X1ZA 4WZHA 3LLDA 3ATYA 1ZAIA 2J88A 4GUFA 2GQ9A 3W23A 2G5WA 1YDOA 1LTDA 3RF9A 3MW7A 4LUJA 4FNQA 1FBAA 3DU0A 3GXNA 1H7XA 3M5YA 1QAPA 4IXHA 4PL1A 4UMAA 4JTKA 5CSRA 2RDWA 5F2MA 3LCGA 4XKYB 3ZS4A 2ATSA 1SFJA 3SI9A 3W3OA 1NF0A 1HUVA 5HR7A 5K7JA 3MHFA 4GBUA 2NWSA 3L5MA 1SUXA 3N2MA 1LLZA 5E1QA 2VXNA 3E49A 2J27A 4MY8A 5CPMA 3NDOA 4UIOA 3QMSA 4NJHA 4WJEA 1G4TA 3O1NA 5DXXA 4Z1BA 3UXDA 4MZ8A 1MXSA 1KBJA 3F1QA 1SR9A 3FS2A 1OF6A 4O13A 3GDTA 4OWGA 2V5LA 1EWDA 2O7SA 3I7RA 3W2JA 3THQA 1PIIA 4ZL1A 3E02A 1Q6LA 3ELFA 3TIMA 5BW6A 4UR7A 2ISSA 1AK5A 3FJLA 4H4IA 1JRBA 1VH7A 2BZNA 2HS8A 1W56A 3L65A 4U28A 1FCBA 3O6CA 1YDVA 3WJZA 3BK0A 3N14A 5AHNA 1W5MA 5EPDA 2ALDA 1TPFA 2CLEA 3QRHA 1H62A 1DJNA 4JTHA 4JTFA 4CCCA 1KFJA 2CLHA 3QSRA 3NQVA 1W5PA 1QCWA 3S1XA 3PUDA 4DF0A 2PE4A 3TMQA 4LVAA 2GOUA 3W6YA 3W1XA 2E09A 1JUKA 1YTKA 3HG4A 3DFQA 5D30A 2JKAA 3R89A 1PHWA 3BGJA 4O10A 4UTUA 2A6NA 2CW6A 1LP6A 4ORMA 3O06A 5A8GA 4LVGA 4YWIA 3ZFHA 4PTNA 2V5BA 5CPLA 1IXOA 1GT8A 5AHFA 4EWND 1OX6A 3S1WA 4ADUA 4P2VA 1G6CA 3EX3A 2QCEA 3LM7A 3PWAA 4X2RA 2FDSA 1V7YA 4AHPA 3EWXA 5FF2A 4A2RA 3UWWA 1Q6QA 4K36A 3RLUA 1XBYA 4A29A 4DO6A 1BWKA 3W70A 3MJYA 3FIGA 4FXRA 2TYSA 3C2RA 1OABA 2R14A 5D38A 1UASA 3HMJG 4PA8A 5HNRA 4O1CA 1NF7A 4Z1DA 5HWJA 3I6RA 4JN6A 4FIRA 4XZ9A 4C1KA 1KM0A 1TRIA 3A5FA 1XL9A 5HMSA 4BI6A 1JCXA 2DZVA 3I68A 4Z0JA 5H91A 1TRDA 4MIMA 3FA5A 3P8IA 4WY0F 4UFHA 1SPQA 3W74A 3IRDA 3QJAA 3TXZA 4UTHA 1DVJA 6TIMA 1UB3A 1NEYA 2QJHA 4HNUA 3W85A 3G0XA 3IVUA 1RZMA 3NEVA 3PF3A 2VFFA 4HIBA 1OHLA 2H90A 4IGHA 5HUPA 1TREA 3PBYA 1H7WA 3P60A 4IMDA 2NUXA 3WFAA 2B0MA 3S5ZA 5H2ZA 2YPIA 2AQWA 2Q3OA 1FWNA 1G4EA 1H50A 2R91A 3N9SA 3DAQA 3SR7A 2YYTA 2CZDA 5T26A 2P0OA 4UFMA 3TX9A 3UPWA 2A1YA 3G3DA 3DI1A 2GVGA 1W37A 3CWOX 3FYOA 3Q2DA 3TNOA 2HTMA 5DCEA 3S5OA 1TPH1 3T4CA 1WXJA 1DQXA 3NM1A 4EF8A 1AW1A 1X8FA 3H53A 2J9XA 4LC6A 3TC6A 4DO4A 4BF9A 4IMGA 2GQAA 2H3DA 3NM3A 1MZHA 1BTMA 2WQPA 2BXVA 2FB2A 1RD5A 3G1DA 2VEPA 4O4WA 4IX2A 5DLCA 4Y9AA 1OFDA 1C29A 1NSJA 4HSNA 2I14A 3PUOA 3LXBA 1O5KA 1FCVA 2CWNA 2YXGA 4N4QA 2CLLA 1B4KA 3W7LA 4MLJA 4AHQA 4O50A 1TB3A 3S42A 2R94A 3B05A 4DO5A 3FEMA 4CCEA 2TPSA 1WOBA 4CNOA 1QOPA 1ME7A 3HOJA 1KBIA 4J9JA 4A21A 1XXXA 3N19B 1DHPA 5DBTA 4K8HA 1M6JA 3U8GA 3T78A 5BMWA 3T7VA 4CQ9A 1OX4A 2H8XA 2FB3A 1VLWA 4MFDA 1OVDA 1S5VA 3SFKA 3T40A 3HG3A 1Z42A 1OX5A 4UCGA 2DJLA 1EB3A 1GQNA 2ZZ5A 3RNDA 1F74A 1VLIA 4OBTA 3BW3A 1AMKA 3W1AA 4Y90A 2WO5A 4AHOA 5D09A 3IEBA 4Y96A 4IJBA 5AYYA 4RXGA 3GDRA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3H7U A;  5D03 A;  1JUB A;  2CZ5 A;  3VO0 A;  2FHC A;  1HGY A;  1TWW A;  1YRR A;  4GQG A;  4RE2 A;  1M68 A;  4DIA A;  3H2O A;  3CV2 A;  1J0J A;  1XI3 A;  3LCH A;  1KFB A;  1GTH A;  1UD3 A;  2QCD B;  3MDU A;  3C8F A;  4YU1 A;  2NLI A;  1Y8B A;  1TZ9 A;  3PBW A;  2C0H A;  2POT A;  3UA4 A;  2C18 A;  1SO3 A;  1XH2 A;  4H6R A;  3BCJ A;  5GNY A;  4WJ8 A;  3HV9 A;  4HB7 A;  2PPG A;  4DAI A;  4MWA E;  2REQ A;  3PHA A;  2WMK A;  2V30 A;  3M41 A;  2VX6 A;  3R7M A;  2CKS A;  3SUS A;  1IR1 A;  3ARU A;  2OB3 A;  3C6C A;  3LI0 A;  4Q8M A;  1KXH A;  3EXR A;  5BMX A;  2OFJ A;  3GTI A;  5DMM A;  1VFO A;  4AEO A;  3UJF A;  1CGW A;  3UPM A;  1GJU A;  4XV0 A;  3HA1 A;  4IUG A;  4GG9 A;  2QKF A;  4UQD A;  2QR6 A;  1G4P A;  3NXF A;  4JIH A;  5BOE A;  2BWG A;  2BVY A;  4LUT B;  3IIV A;  3EZ4 A;  3M07 A;  3VIG A;  4M29 A;  3BPW A;  3GVV A;  4HSO A;  1PZ3 A;  1J01 A;  2X42 A;  3O15 A;  4MDP A;  4K39 A;  3ITG A;  5XIM A;  1ONW A;  1GZ1 A;  5GPR A;  1XYZ A;  3LV6 A;  3WDQ A;  3NQ6 A;  2E8Y A;  1JZ7 A;  3TYE A;  5TBO A; 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