1P4C | Genus

Total Genus 125

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	125
sequence length	353
structure length	353
Chain Sequence	NLFNVEDYRKLAQKRLPKMVYDYLEGGAEDEYGVKHNRDVFQQWRFKPKRLVDVSRRSLQAEVLGKRQSMPLLIGPTGLNGALWPKGDLALARAATKAGIPFVLSTASNMSIEDLARQCDGDLWFQLYVIHREIAQGMVLKALHTGYTTLVLTTDVAVNGYRERDLHNRFKIPPFLTLKNFEGIDLGKMDKANLEMQAALMSRQMDASFNWEALRWLRDLWPHKLLVKGLLSAEDADRCIAEGADGVILSNHGGRQLDCAISPMEVLAQSVAKTGKPVLIDSGFRRGSDIVKALALGAEAVLLGRATLYGLAARGETGVDEVLTLLKADIDRTLAQIGCPDITSLSPDYLQNE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
molecule keywords	L(+)-Mandelate Dehydrogenase
publication title	High Resolution Structures of an Oxidized and Reduced Flavoprotein: THE WATER SWITCH IN A SOLUBLE FORM OF (S)-MANDELATE DEHYDROGENASE pubmed doi rcsb
source organism	Pseudomonas putida
total genus	125
structure length	353
sequence length	353
ec nomenclature	ec 1.1.3.15: (S)-2-hydroxy-acid oxidase.
pdb deposition date	2003-04-22

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1p4cA00

3K30A 3W7CA 1RQEA 4UFKA 3FJLA 2CLLA 4CNPA 1SPQA 3QSRA 2WV8A 3TIMA 1W5NA 2BX7A 2YX0A 3M9YA 1J2WA 4K38A 2FB3A 5D2XA 5AHIA 5F4XA 3GIYA 1LCOA 3GKAA 3QW3A 4O50A 3CLMA 4JYEA 3OEXA 1S5WA 2NX1A 1GOXA 1MEIA 4R33A 5CPLA 5E1QA 3KVKA 3GK0A 2YFNA 3WK0A 1DQWA 1KFBA 5T26A 4UTIA 2EAWA 4LT9A 3LRLA 1OVDA 4CCCA 3G1VA 1OFPA 1ZAHA 3TE9A 5CZJA 3HGOA 3NQMA 1M6JA 1NF0A 1D3GA 3RMJA 5EA9A 4HNUA 3L5AA 1GVOA 3L9CA 1KM5A 3W7OA 3MI6A 4UXDA 2GVJA 2CZDA 1K8YA 3LHUA 1TPVA 3W2UA 3N34A 1KFCA 5LNWA 1J4EA 2RDWA 1SW7A 4NZFA 5FEPA 2QCDB 4IGHA 1VHNA 1U5JA 3M5XA 2RH9A 2AAMA 4WXYA 1YXCA 1B9BA 3IIOA 4JTLA 1QNVA 3LCFA 2YGYA 4EF8A 2ISWA 4PFMA 1TQJA 4UTWC 1KM6A 3TUUA 1K03A 3SGUA 3OVPA 3UPBA 3EWYA 2Q8LA 3W7JA 4O54A 3FYPA 3W1XA 2C0AA 3B0PA 5C5YA 3G1FA 1HTIA 4AXKA 2JKPA 3NAVA 3KRUA 3F4NA 5G1TA 1QCWA 3SW6A 3LLFA 3WJWA 1DJNA 3UWZA 1ICPA 3EWBX 3R8RA 3PBYA 3M16A 3WFAA 4AF0B 1P5BA 2A7NA 4AMAA 1O95A 2OZ0A 3W22A 4JD4A 3I68A 1GWJA 2A7RA 3UWWA 3W7QA 2FDSA 1O60A 3NGJA 3L0NA 2YYUA 4UUIA 2ABBA 1QMLA 3PG8A 3P60A 2VEPA 3IVTA 3RFAA 2C3ZA 1MEHA 2NUXA 4NJHA 2HSAA 3DENA 2V8ZA 2DZTA 4ZQMA 1BKSA 1DBTA 1EWEA 1EUNA 3ATYA 3W72A 4NJGA 1R2SA 4CNNA 1I2PA 1OFOA 1W3IA 2Y7EA 5BOOA 4R34A 3BW4A 2ZRVA 3S5NA 1KM4A 2ZZ6A 3G3MA 4UTTC 3QRHA 2QUTA 1WX0A 3PUDA 4HNNA 3DAQA 1KLYA 1JCXA 2PCQA 2ALDA 1ML1A 4HSOA 3NA8A 3USBA 3A5FA 3ZWSA 1W37A 3N9SA 1RQBA 2QAPA 2ZZ7A 2V2CA 1G4PA 2E6DA 1DHPA 1T99A 1D9EA 1GVFA 4ICNA 3RNDA 2B4GA 1Z48A 3EX6A 3QM3A 2ISSA 1VQTA 2ZZ1A 3EEGA 5D38A 3O16A 4UTMA 2RKXA 2P0OA 2WJZA 5F1UA 2V9DA 1YTKA 3S5YA 4C1KA 1NVMA 4CCEA 3LXAA 4RK8A 3ZFHA 4O57A 2VFFA 5DCDA 1I2QA 4RKAA 1Q3NA 4XBSA 4NNCA 4QAIA 4E0CA 3NG3A 3EXRA 3NPWA 3GXNA 1A53A 5KZEA 3PUOA 4O18A 3WK1A 1EWDA 4N6FA 1YDOA 3TX9A 4XTDA 3PB2A 4FNQA 4JXCA 4LS0A 4MFDA 1VYRA 2QJHA 3TAOA 4LUJA 1EA0A 3O1NA 4N9DA 4JDYA 4JTSA 3STEA 1KTNA 3C8FA 1TPH1 3HBLA 2NX9A 1F05A 3G1AA 3NQCA 3W1MA 2J24A 2NWSA 1KV8A 3TQKA 3DKJA 4IOTA 3CWNA 4E38A 4QIUA 1KM1A 3R13A 1GG1A 1KTBA 1L6WA 4ZQNA 5EPDA 1DVJA 1KM2A 2ABAA 2VKZG 2V2HA 4O4WA 5BMXA 1MO0A 1JRBA 4BI5A 3KAOA 4DEFA 1GVSA 1EIXA 1FCQA 3IGUA 3EXSA 5AFDA 2CZFA 3W2KA 3W7KA 4YXGA 1GEQA 3MI2A 4J9JA 1W5OA 1KFJA 3GR8A 2C15A 2X16A 3EXTA 1W56A 4IMGA 4LVBA 3STFA 3Q2DA 2ZRWA 4KKXA 1B4EA 4IQLA 3O15A 1SO3A 2DZVA 3MHFA 3DFPA 1H62A 1UBSA 1TQXA 2BSLA 2B0MA 4UMCA 3UWYA 1YLVA 3S1XA 2WO5A 3QJAA 5HWNA 4WOZA 1WYIA 3O8AA 3O07A 1PV8A 4JEQA 2OT0A 4YWIA 4MY8A 1A50A 2A5HA 3HQ1A 3NQGA 4IUOA 1MEWA 1ZFJA 1OF6A 5U7SA 3QYQA 5AOUA 4N02A 1K02A 3TV8A 2R94A 3LXCA 1JCMP 3QMSA 1KFEA 4GC4A 4HPXA 1TRDA 1ADOA 3MYOA 3M5YA 4FXSA 4QJ1A 3KOFA 1OFDA 2QCFA 3OA3A 4JTJA 3W1NA 5EKYA 2J9YA 4R53A 2QAFA 3S42A 3GZ3A 3DFNA 4UR7A 3SR7A 4NX5A 3GAKA 3U2OA 1GG0A 5G5IA 4QITA 3TROA 4WQ6A 3FEMA 3M1ZA 5J5RA 1DOSA 1H51A 4JN6A 4KFOA 1PCWA 3W88A 1I2NA 4GUFA 2A6NA 2E5CA 3VE9A 3NR0A 2I14A 4JTFA 3GKFA 4MUZA 4RZ4A 4UCGA 5LHFA 1OFAA 3I7RA 1KA9F 3CC1A 4CQ8A 3IGSA 3W1UA 2C6QA 3GDLA 1G7VA 4WUIA 5F4WA 4FXRA 4Y6GA 1XDMA 3A22A 1P0NA 1ICQA 1RR2A 3NQFA 4DBEA 4O1CA 3S1WA 2ZA3A 4A29A 4EOUA 3NM3A 4JTKA 3HMJG 2TSYA 1I45A 1W3TA 3NL6A 4KWVA 1P0KA 4IXXA 4TO8A 3UY7A 1VCFA 2V30A 1PVNA 1U83A 1XBYA 4N9CA 3TR2A 4GUGA 4Y9AA 2CLMA 2WPBA 4JR5A 3INPA 2B7QA 4H6KA 4Z08A 1FCUA 3I65A 1TPWA 3V1PA 3M7WA 2G96A 3CM4A 3TH6A 4U28A 4X3ZA 1XUZA 3G8RA 3T40A 4QNEA 1D3HA 4OHQA 4O8RA 2F84A 1SSGA 5HJLA 3LV5A 3TMQA 2X1SA 3G3DA 1FWTA 1SSDA 4JGDA 7TIMA 3E9AA 1TTJA 4JICA 4QISA 4ADSA 5HUOA 3HPXA 2E77A 2NLIA 2GOUA 1RV8A 4IPJA 2TPSA 1M7OA 5FF7A 5TQLA 4FIQA 3G1DA 1WOAA 1FCVA 4ZQPA 1FWRA 3TXZA 1A5SA 2F7FA 1W5MA 4ZVJA 1XBXA 4QSHA 1PHQA 4BWLA 2V5LA 4ZQCA 3U6WA 3NL2A 1UJPA 3HO8A 4WY0B 3PM6A 4MLRA 2JKEA 3S6DA 4A22A 3H55A 2GQAA 4WY0F 4Z1BA 4AWSA 3PAJA 3IV3A 3RU6A 3UY8A 3F03K 4M19A 4RJEA 3B0VC 4HIBA 4AHQA 1LZOA 3CPRA 1FY6A 1YDNA 2VFDA 1EEPA 1IXPA 3PSWA 3NZRA 2RDTA 1JR1A 2I9EA 4GFSA 2C16A 3ZWTA 3MWAA 2CZEA 3NO5A 4JNMA 3B04A 1AW5A 3G1XA 3BLIA 1QOQA 2YSWA 2BTMA 3ABQA 2ZRUA 4TMBA 2C18A 4LNYA 3C61A 5D32A 4TMCA 2QCGA 3M43A 3LTYA 2NUYA 2V5BA 1L6YA 4MVAA 1TMHA 1ZCOA 5FF0A 1J5TA 5I3JA 4UFMA 4OV9A 3JR2A 1XBVA 2CLKA 2EHHA 1DV7A 5F4SA 5KZMA 5U4NA 4K7YA 1OK6A 2H3DA 5K7JA 1CX9A 4N6EA 4D2JA 4AEOA 4RR4A 5E0KA 3E96A 1TIMA 5I3IA 1G4EA 3GYEA 4O10A 4EIVA 1VCVA 3LCXA 2Y7DA 1VS1A 2WSQA 3C2OA 3C2EA 5F2LA 1TV8A 4ONVA 3S1UA 4Z1CA 4ZZ9A 1EP3A 3DXIA 1FWWA 2PRMA 3SY5A 3ABRA 1DKWA 3W87A 4FX6M 1TPFA 1YTEA 1ZENA 1S5TA 4X9SA 1C8VA 1X1ZA 4N4QA 5G2IA 5F2GA 3GDTA 2XFWA 4UTTA 1ZJIA 5DBUA 1IXOA 1SW0A 2YDAA 3P81A 5HQEA 4NXSA 1H7XA 4JIPA 4FNRA 3P8IA 4JTGA 1PHWA 2ZZ2A 3OVRA 4R7JA 5I3KA 2NUWA 4NT0A 4AAJA 4IMFA 4YMZA 1GZGA 2X1TA 1HFBA 3LX9A 4K39A 1WXJA 3DU0A 3CEPA 1BWKA 4LV4A 2CLHA 4K36A 3EB2A 3AJXA 2Y7FA 3VKJA 4Q4KA 1W8SA 4RZ5A 4M6PA 5I3GA 3C0JA 4PTNA 2Y88A 4LWWA 3GVGA 3GX9A 4O1AA 3W73A 1N55A 2ATMA 3NPXA 1FXPA 2VXNA 2X1UA 3E49A 3G1HA 3JS3A 1IIGA 4KWWA 5HWMA 5KMYA 1OX4B 5LNUA 1LORA 5DCEA 2XN2A 3GXPA 2C19A 4UMBA 1XUUA 2QCLA 1IIHA 4BWLC 2QCEA 3PULA 5KZDA 3UXAA 2FPVA 2DU2A 1I4NA 4CNOA 4EF9A 3CEUA 3WK3A 3P84A 4JTIA 1LDCA 3SFKA 2E6FA 1F6PA 3TU9A 5LNVA 3B06A 4DF2A 1GVQA 1UASA 2QJGA 1QFEA 2V2DA 3UWUA 4QM1A 1NEYA 4G1KA 2JKAA 4I9AA 1WV2A 3HGSA 4HNTA 1LRTA 2J9ZA 4NUWA 1F73A 5K4ZA 1TTPA 1UUMA 1K8XA 2LLEA 5CPMA 4K6AA 5D2VA 4S2CA 1QR7A 2DZPA 2FPYA 2QKFA 1F76A 5EY5A 3VI2A 4DO4A 4HT3A 2FFCA 3LHZA 4IJBA 2VC6A 2YW3A 3TAKA 3R12A 3GNNA 4OQVA 4S2BA 4A3UA 1MXSA 3P7YA 3UPWA 3F4WA 3W1QA 4ML9A 5FF3A 3N3MA 3GR7A 1SUXA 3FKRA 4JYFA 2ZRZA 4GUIA 1VHCA 3W76A 1DQXA 2DP3A 3SI9A 5CSSA 1T8XA 3T78A 1WAUA 3UWQA 1GYLA 3QEZA 3W1AA 1XFBA 1THFD 4FX7A 1LOQA 5AC6A 5G1YA 1TPC1 3HJZA 5F2IA 1WDWA 3T7VA 3JRKA 1G6CA 3DKLA 3L65A 2VOMA 1TREA 2GJLA 5BMWA 5AHLA 3LBMA 4RXGA 1IXNA 2RHGA 2DORA 2GJNA 2GQ9A 1H1ZA 1QPNA 3TW6A 4TR9A 3ATZA 1MSSA 1QDSA 3S8HA 3MUXA 3GNDA 2V81A 1EX5A 3CU2A 4AH7A 3KX6A 3W23A 4ZQOA 1T0OA 2ZYFA 4EVZA 3W07A 3UWVA 3SIZA 3W7IA 2O7SA 4O52A 3B05A 3G1SA 3BW2A 4O4VA 2E6YA 3C6CA 2GVGA 1VPXA 3W7DA 3LI1A 1ICSA 4O11A 3HG2A 4NQ1A 2FPTA 3CT7A 1TJRA 4MJMA 2EGZA 5IBXA 3W2LA 3W7HA 4N4PA 3G24A 5K3VA 2JK2A 5CGQA 2G95A 5HNRA 2A7PA 4NNBA 2CLFA 5AYZA 5D33A 3MP4A 1F74A 1ME8A 4P2VA 1I2OA 1FWNA 1SZEA 2QUVA 5D02A 1FWSA 1W5QA 3NQ6A 3STCA 3SJ3A 1TPB1 4QNWA 3TQVA 2V82A 3G18A 1VCGA 1RZMA 1SR9A 3ZR4A 1F5ZA 4AB4A 3LI0A 5KITA 1Z41A 4QQ3A 2YZRA 3MJYA 3FOKA 1PS9A 4MOZA 1WQ5A 4Y90A 3C3NA 3QH2A 1AG1O 3EWZA 2IQTA 5K2ZA 3LCLA 1WBHA 1FDJA 4BI6A 4GBUA 4FX8A 5LHEA 4C1LA 3LXBA 5AB3A 4FB7A 4M7TA 2FTPA 4RX0A 2BWGA 2ZDRA 1H7PA 2OT1A 3HOJA 2E09A 4PEKA 5LNRA 2QCCA 3M5VA 5DY3A 5HR7A 3O05A 4JIQA 3WJZA 4ALDA 1JVNA 1YXYA 1YXDA 1PL9A 5FI8A 2Z2UA 3W70A 2XN1A 3FLUA 3DI0A 4NU7A 4FF7A 4XKYA 3THAA 5CZTA 3NZ1A 3S0CA 1H1YA 2ZRXA 1JUKA 3S1VA 3G0SA 2PURA 1SZGA 2NWRA 1SQ7A 3UZ5A 3EKZA 2W0UA 3B03A 4RZ6A 5CZSA 3MW7A 3KRSA 4TIMA 1I8JA 3WJSA 3OG3A 3TKFA 1K7XA 3NPVA 4LW7A 2Y63A 1G4TA 3NEVA 2X1RA 2YXGA 1RVGA 1QAPA 1ME7A 4HHPA 2YCEA 1G69A 4OWGA 1LBMA 3SSJA 1LROA 4JTHA 4JS3A 4MIMA 1LRQA 2QR6A 2NX3A 1AW2A 4LS2A 2AQWA 4UTLA 2J6XA 4ZQRA 4IWWA 3ABSA 3TSDA 5CPOA 3LCIA 1GJPA 3SZ8A 1HO4A 4HSNA 5DXXA 1UUOA 4JTUA 3SECA 1H61A 3ELFA 2Z6IA 1XM3A 1TV5A 3BO9A 3W7MA 1R2RA 1T96A 4LOCA 1ZNNA 5G4EA 3FFSA 2V0TA 3BK0A 3BLEA 5LKYA 3PF3A 1R30A 3GLCA 2A2IA 4LVDA 4MY9A 4ZMGA 3KVLA 3MO7A 1X6UA 5IBXC 1CW2A 4PL2A 1P4CA 3W71A 1GQNA 3U8GA 5LGZA 1QWGA 4YL2A 2FJKA 3NYZA 3QMTA 3LRMA 4MZYA 5AC8A 4JX4A 1W0MA 4Y96A 1QO5A 2X2GA 5CZ0A 2JGYA 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3EX2A 3W1PA 3HIJA 3PB0A 5G2HA 3I6RA 5D03A 2DZUA 1ZY9A 2W6RA 1OFEA 4JTTA 2CLIA 4MY1A 2BLEA 2ISVA 3PC0A 4CQ9A 3P61A 2Z1BA 5FF2A 5CKSA 1NF7A 5AN7A 3NQAA 4MPQA 4GJ1A 2XN0A 2E5BA 2C13A 3NXFA 3O6DA 1TTQA 2QF7A 4LC6A 3MHUA 4LY8A 5ABTA 5FESA 3KHJA 1SFLA 3P67A 5DBTA 4Q33A 1HG3A 1FDYA 2TYSA 1OFRA 2CLEA 5D09A 1VYPX 3HGJA 4MZ1A 3O06A 2NV1A 1O5XA 3LTPA 3C4UA 4K8EA 3KVMA 4LVFA 1LLWA 3RK8A 3M44A 3KRZA 2Y70A 4MFEA 4RLIA 3NPUA 2HS6A 4MJZA 1OG0A 2YYTA 4BFAA 4UTHA 2NXIA 5AHMA 3ZS4A 3VNDA 3Q58A 3W85A 1P1XA 4POCA 4UMAA 4E2DA 1FX6A 5K4XA 5F1VA 2VELA 3TFXA 3TC6A 3BV4A 5C54A 4RCXA 3QPYA 3BLFA 3CTLA 3N2MA 4TU1A 1OK4A 3P74A 3MBFA 4UIOA 5K9DA 3P5YA 4GUHA 5AHFA 3PBWA 3V75A 1H7NA 2GQ8A 1VLWA 4NNAA 1B4KA 3GB6A 3TCEA 2NV2A 4MZ8A 4CLMA 4O14A 4IX2A 1XXXA 2A4AA 3NM1A 1C9DA 1KTCA 4OT7A 4W9TA 2WNZA 2D73A 3HG4A 4YCPA 4UC5A 3L2IA 4A21A 4O12A 1SU5A 4AHOA 2QCHA 4O1DA 3MMTA 4NXKA 2WSRA 3W9ZA 3TMLA 2ZCGA 4E2BA 2NZLA 2ZBTA 3LCHA 3S5OA 3W86A 3HGRA 1SO4A 2VFHA 3W7EA 3HF3A 3W7RA 3E0IA 2R14A 3PVFA 1QPQA 4N9BA 2DJXA 5HUPA 3EWWA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1P4CA

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