4PTXA

Halothermothrix orenii beta-glucosidase a, glucose complex
Total Genus 175
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
445
structure length
445
Chain Sequence
IIFPEDFIWGAATSSYQIEGAFNEDGKGESIWDRFSHTPGKIENGDTGDIACDHYHLYREDIELMKEIGIRSYRFSTSWPRILPEGKGRVNQKGLDFYKRLVDNLLKANIRPMITLYHWDLPQALQDKGGWTNRDTAKYFAEYARLMFEEFNGLVDLWVTHNEPWVVAFEGHAFGNHAPGTKDFKTALQVAHHLLLSHGMAVDIFREEDLPGEIGITLNLTPAYPAGDSEKDVKAASLLDDYINAWFLSPVFKGSYPEELHHIYEQNLGAFTTQPGDMDIISRDIDFLGINYYSRMVVRHKPGDNLFNAEVVKMEDRPSTEMGWEIYPQGLYDILVRVNKEYTDKPLYITENGAAFDDKLTEEGKIHDEKRINYLGDHFKQAYKALKDGVPLRGYYVWSLMDNFEWAYGYSKRFGLIYVDYENGNRRFLKDSALWYREVIEKGQV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords Glycoside hydrolase family 1
publication title Biochemical and structural characterization of a thermostable beta-glucosidase from Halothermothrix orenii for galacto-oligosaccharide synthesis.
pubmed doi rcsb
source organism Halothermothrix orenii
total genus 175
structure length 445
sequence length 445
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2014-03-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4ptxA00
2E3ZA 4PN2A 3W6LA 1UD6A 3WEOA 2WCGA 3VNYA 1ZJBA 3AXXA 2OLHA 1YHTA 4KGJA 1BQCA 5IHRA 4Q7NA 3AMGA 3GBDA 4PMZA 1V3MA 3AHVA 1PJ9A 4ATDA 1R87A 2FHCA 5BXPA 3BAJA 3FW6A 2EBNA 4GIAA 2VVNA 3W82A 3U57A 2QLYA 3PZNA 2EPLX 1CGTA 2D2OA 1H11A 2PWEA 4GZEA 4AZ5A 4MNMA 3WQ8A 3SCWA 1GHRA 1WKYA 3RM8A 4D1JA 4AISA 3ARRA 2ZX6A 1ZU8A 3EMZA 2XFRA 3ARXA 1UHVA 3AISA 4MJ2A 1OBAA 1QOXA 2G4FA 5HDRA 1HKKA 4F8XA 1B31A 1E6RA 1GOQA 4AYSA 4U3CA 2FHFA 4AMCA 1C92A 2WVVB 1TG7A 1JFXA 4HPGA 4NSBA 1H0GA 5IFTA 3NYDA 5A8QA 1KR0A 1JZ6A 1R7AA 2OWXA 3OGVA 1TUXA 3B9EA 2WBGA 4EE9A 3I3DA 1E1EA 2MANA 3AIRA 1F4AA 3QHMA 1JDCA 2W66A 2J7EA 5CPTA 3WSUA 3NDYA 3WBAA 4HMEA 4Z2IA 1GOWA 5D9OA 2WVSA 2O9RA 3PHAA 2CBVA 1MVYA 2AMGA 2UY3A 2WBKA 1VFFA 2ZOXA 1EGZA 4HOXA 3VDCA 2BY1A 3N9KA 1KWKA 3EDKA 1FH9A 1IT0A 1SR0A 3ALGA 1BF2A 1KXHA 1XCXA 1E6NA 1K9TA 3QR3A 3WEZA 3DHPA 1GHSA 3MV11 4UFIA 4D6JA 4MNLA 5I77A 3O2LA 1XH0A 1TVNA 4W93A 2WLZA 3APGA 1TR1A 4E2OA 4H41A 3VD3A 2DSUA 3CUIA 1V3HA 4PMQA 4M56A 1GUVA 1LLOA 2DSVA 2W4XA 2WW5A 2ZXAA 1FA2A 1TVPA 1UQZA 3MS8A 4XV0A 4Z2KA 3WL1A 2VX5A 2CIPA 4QFUA 2O9PA 3A4XA 3W6MA 3U5YA 1R86A 1J0ZA 3II1A 3L4WA 4U5IA 2ZUUA 3M6DA 2WSPA 1W3HA 7A3HA 1W3KA 3DYOA 4HU8A 5I78A 1XCWA 5D9NA 3AMCA 4LQ1A 2ZX5A 4UTFA 1UH4A 2PBGA 1GQJA 1WP6A 1JZ4A 3CHDA 3LPFA 5I24A 1C8QA 2YBTA 3TOPA 3HU7A 9CGTA 3OA5A 2UY2A 3UETA 4KMQA 1LQ0A 1FFRA 1OIMA 3N11A 5DF0A 2W92A 1US2A 2V3DA 1JL8A 4QP0A 1TCMA 5HPCA 1HF6A 2BY0A 3M07A 1LWHA 1H49A 1JF5A 2J25A 2EJ1A 1SYTA 2GSJA 3WH9A 5E6YA 3RDKA 3FHAA 1QI3A 2VZSA 1J0JA 4J3UA 4NF7A 3SEPA 2XPKA 3WH7A 4BQ2A 3VKKA 1JDAA 2E0PA 2J78A 4TX6A 2PF0A 4V27A 3MUIA 3ZJKA 2FGLA 4LXFA 1GQKA 3WDQA 4AWEA 4QAWA 1B3VA 5A8OA 3VD5A 1KQYA 5HOSA 1HVXA 2G3NA 4WJXA 1PZ3A 5CZKA 1B3ZA 4MNKA 4U31A 5EB8A 3CO4A 2E40A 4JIEA 1ISVA 1GVYA 3RILA 3UR8A 1ISYA 1B2YA 2W5FA 3T0AA 1BPLB 1W9XA 1UR2A 4K68A 1C90A 1OM0A 3GZAA 3GM8A 3WDRA 3DC0A 4XZWA 2V3GA 4W85A 3ZJ8A 1Q6DA 2E9LA 2GFTA 4F79A 5D9PA 1N82A 2WKGA 1UKQA 5A6MA 2CBJA 4ZE5A 5AC5A 2CBUA 2QMKA 3TONA 1BG4A 1VIWA 3G6LA 3L4UA 2TAAA 1FOBA 3WQ5A 2X1IA 3IAPA 4PTMA 5AY7A 3ARWA 3NUKA 4E8DA 1C8XA 4ZE4A 1C91A 3WUGA 5HBFA 3BAXA 3VGHA 4YHGA 1B90A 3ZR5A 4A3HA 3SUVA 4AD0A 2WSKA 3UG5A 1JYVA 3SCRA 3UR7A 1GQLA 2YL5A 1VFOA 3WQVA 4UQCA 3NIYA 5M3WA 3EBVA 1ITCA 2EPMX 3N18A 4UQDA 3PZVA 4PSRA 1BG9A 1W1VA 4PMRA 4B16A 1ZB5A 1RP9A 4BQ3A 1PEZA 1E40A 4MPKA 5CXPA 3ZQ9A 1BVNP 1JGIA 1QNPA 3VNZA 5BWFA 3BLKA 2Y4SA 3AXIA 1CEOA 3CMJA 3LPGA 4OKDA 2CCRA 1JXJA 2Y2WA 1CLXA 5HNNA 1QI0A 4FF5A 4L4OA 2J47A 3K8MA 1NH6A 1JD7A 1LL7A 3KWXA 4CD5A 3QHOA 4ML4A 4CU8A 1GNXA 4P7NA 3W27A 2ZWYA 2JIEA 3BMWA 3T2QA 5AC4A 1ODZA 3AYRA 4YHEA 4X0VA 1V3LA 4PUDA 1CNVA 5E9AA 4ZXOA 3VOCA 2GK1B 2BV9A 1CGVA 1JZ8A 3ZIZA 1YQ2A 1QBBA 4LYPA 3VPLA 4UFMA 2J7DA 3VIOA 1UZ4A 4QCFA 4D6IA 1HKJA 3EMCA 3VMPA 1BYBA 4XUYA 4R27A 3W25A 2ZUVA 2Y8VA 4AY1A 1UD8A 5FL0A 3CLWA 2E9MA 3AMKA 3ARPA 1E72M 2A3EA 4WF7A 5A6JA 4EK7A 3AIEA 2WB5A 4WSJA 3N15A 1OD8A 1Q6FA 3PZ9A 1DP0A 1V6UA 1KXQA 2WHMA 1JDDA 3OZOA 4J28A 1E56A 4GQRA 3MANA 1U30A 4Z2JA 3RPMA 5A1AA 1IZJA 2XVGA 3SUUA 1M03A 3WUEA 2V5CA 4DWSA 1E3ZA 3LPOA 2OWWA 1UUQA 4JAWA 2WMIB 2BXZA 2J75A 3AS1A 4CVUA 4AZCA 3M7SA 2XHYA 1A47A 6TAAA 5I6SA 1S46A 4GZIA 2VRQA 1W9UA 3WNLA 2DH3A 3CH9A 2X05A 1L8NA 4M24A 1G01A 1JF6A 4CD4A 2VX6A 4KH2A 5JBFA 4PYSA 3WDHA 4HOWA 1UOKA 2FH6A 2XYLA 1XD1A 3AICA 3A3HA 3NSXA 2OYMA 4Q22A 4MTVA 5A69A 3PZGA 1E43A 5I0DA 2ZUSA 2QV4A 3VGGA 1SFSA 1ODUA 5ECUA 2BFGA 3OGRA 4HMDA 2UY5A 1E4MM 2WHJA 1E4IA 4W8LA 2CETA 5GNXA 3POCA 1TA3A 1Q6EA 3UG3A 4GPNA 1DWIM 3GH5A 1CWYA 1V0MA 1BYCA 2V38A 4L4PA 3HN3A 1ZL1A 4W88A 4WIWA 5A2AA 2EPNA 2DDXA 2D1ZA 3A4AA 3WY1A 3SCQA 4ACZA 5A6AA 1EQCA 5JIPA 1V3KA 1EA9C 1HNYA 1H41A 4HA4A 2VI0A 5CSYA 3WUBA 3AJ7A 1VEMA 3BXWA 5JIWA 2DT3A 1JXKA 3CUFA 2WMJA 4WSKA 1V3JA 4P8XA 4MB4A 2O92A 3PTQA 2BHUA 1OGGA 3CIVA 7TAAA 1PX3A 2D0HA 3WMCA 3WUFA 2CNCA 3AHYA 3EDEA 2XGIA 3CZKA 1GOIA 3WEMA 4MB1A 4P7QA 2VR4A 1BFNA 2PBOA 4J3XA 3VD7A 4IPNB 1CIUA 1NQ6A 4TVUA 3VO0A 1TMQA 1QHZA 2J7GA 1PIFA 2J7FA 1QNOA 2WLYA 5HXMA 3CHCA 1BLIA 4JFSA 3GH4A 2VZTA 4M80A 5FD0A 3L2MA 2XGBA 3OLGA 1WDPA 2CBIA 3WENA 2Y24A 1O6IA 1BYAA 3W4RA 3ZT7A 3U5UA 2VJXA 2CPUA 5I23A 2YJQA 4P8UA 4AZHA 4PTXA 1HJVA 2WMHA 1XGZA 3GNRA 3WNPA 3RJXA 2OWCA 1EOKA 2D23A 2NT0A 1MW1A 1CDGA 1GOKA 1D2KA 1WO2A 2OYLA 3VMOA 1NWRA 5C8BB 1H09A 1I1WA 3AIVA 4JFTA 4CVWA 4D6DA 3BAYA 4H8HA 4E8CA 2HVMA 5ABHA 2ESCA 1RH9A 4W8AA 3WMBA 1R85A 4P8VA 1HL9A 3L4VA 2UY4A 2CYGA 1HJXA 1KWGA 4DUWA 5A8PA 1TFVA 1G5AA 4S3KA 1NOFA 1O7AA 3CTTA 1E15A 1CXEA 4D6EA 3WMSA 1HX0A 3MSGA 5D9MA 4NZCA 4AD3A 1HJUA 1MXGA 1LF1A 4HPHA 1EDGA 3WN6A 1UA3A 1EOMA 3WD3A 3WD1A 3T2PA 1KGXA 2GJXA 3E1F1 4HA1A 4MNJA 3GXDA 3GYCA 4B3LA 2OSYA 4PTWA 1PX4A 1K9DA 3VGDA 2FHBA 4ATLA 4FLSA 4BQ5A 3W0KA 2ZE0A 1NOUA 2ZWZA 3PZUA 1OD0A 1UR9A 4LX4A 1JIBA 3RMEA 3K1DA 3U7VA 3DHUA 1XH2A 3WF0A 2VCAA 2QF8A 2GJRA 3W24A 3LPPA 5CJ5A 4AZ7A 3AZTA 2GVYA 2ZX9A 2ZX8A 2ZX7A 3D5HA 3ZR6A 1EO7A 3I3BA 1TZ7A 4B3KA 2J7HA 1AVAA 1J18A 3K46A 4JKLA 1CZ1A 1OINA 5A6KA 1LL4A 5M17A 2FDMA 4OUEA 1J0KA 1V3IA 3TP4A 3MMWA 2D22A 4D1IA 5I3DA 2JALA 3U7BA 3TTQA 1BYDA 5GQBA 1B30A 3EDDA 3O9NA 4KWUA 4CD6A 1MQRA 1V02E 4M81A 4J3WA 1LG1A 5CQ1A 1AQ0A 3IAQA 4EKJA 1GPFA 2E9BA 3O6AA 1A3HA 1GONA 4N42A 4W7VA 5CPSA 4NI3A 4AEEA 1LWJA 3WF3A 2OSXA 2E4TA 1C93A 2FH8A 3BCDA 4AZBA 4J27A 3CMGA 1BGGA 2QMJA 2WM0A 3GH7A 2DSZA 3PZTA 1QHPA 1PZ2A 5KEZA 1ESWA 4CCDA 1J0HA 4OBSA 3VDBA 1CGUA 1GORA 2W67A 4JKMA 5I79A 5FCZA 1G94A 4PBGA 1FH7A 5DEZA 2G8ZA 1UD3A 3L4ZA 4W89A 2O9TA 3PZOA 2YA1A 2CERA 3ZO9A 2DT1A 3GNOA 4V2XA 5F7UA 3AHTA 4JZ5A 1IZKA 4OZOA 5BROA 3AIBA 2VNCA 3F5KA 5E09A 3ZM8A 1DHKA 1CGXA 3RM4A 1Q6GA 1MFUA 2PWFA 3L4TA 8A3HA 3CUGA 4E4PA 2HISA 1W32A 3AMDA 4MB5A 3FHQA 2FGZA 4D6HA 5CG0A 1G1YA 2VR5A 2JIWA 1QHOA 1UWIA 1WCGA 1EH9A 2UWFA 4HMCA 1V08A 2CITA 1XC6A 3CBWA 1MYRA 2YL9A 1NP0A 1NP2A 2BNJA 1KB3A 3CZ8A 1KCLA 1NOWA 4F9JA 5E70A 3NSMA 1OCQA 1QI2A 3VU2A 1JG9A 1QNSA 1ISXA 3MUZ1 4F66A 3G6MA 3W37A 3AI0A 4N0RA 1B3XA 3AIQA 4H2CA 2WZIA 3VX1A 1HJWA 3D3AA 4CN4A 1UKSA 3LMYA 4PCTA 2XVPA 3A6OA 2Z1KA 2XIBA 5EMYA 3RJYA 3VIPA 3SUWA 4GI9A 2EEXA 2V3FA 3N17A 2IUZA 1PAMA 1E71M 1QNQA 1DWAM 5I5RA 3W38A 1H3GA 3WD4A 3FNDA 1V0KA 1WDSA 2YDRA 1XRVA 3TTSA 4JHOA 2WHKA 2Y8KA 1E5NA 2WMKA 2RGMA 3GTNA 5TD4A 4W5ZA 1PX8A 3ALFA 3BLPX 4F9DA 2J7BA 3SCVA 2VOTA 1VJSA 3AFBA 4LYQA 3A47A 4D6CA 1EHAA 2DGAA 1JAKA 1LJYA 3JUGA 2E8YA 1KFWA 4HOZA 1IV8A 1QW9A 3W81A 3WNMA 4AZ6A 1LL6A 3ZSSA 3DYPA 2VX4A 1C7SA 1V0NA 4WKHA 4JKKA 3AQUA 1VB9A 1L0PA 1VENA 4EAMA 2CHNA 3AZRA 1H5VA 1VAHA 1W9VA 4GINA 1KQZA 3CGTA 1W2PA 2WWCA 3SURA 4BA0A 2D0GA 1UWSA 3SIMA 4AD5A 1WB0A 2J62A 1OB0A 4JFUA 3RO8A 3IJ9A 4IM4A 3MV01 4ZFMA 3ZJ7A 1HKIA 3VDAA 1PBGA 4CU7A 4HZ6A 3WL0A 3FXYA 1NWSA 4MDPA 2WZEA 5ABFA 1E6ZA 5EFFA 1W1YA 2XWEA 4HP5A 1EQPA 5CLWA 5CSUA 3NDZA 3A4WA 5DO8A 4R5EA 4XB3A 3W29A 3WQWA 1MWOA 3ARVA 3WNKA 4DWSB 2YIHA 4AZGA 2X09A 1M01A 3BH4A 4P7RA 3VIJA 5A6BA 4AZCB 4BQ4A 5BXSA 2WCAA 1X6NA 1VBUA 1GJUA 2D3NA 3WDJA 4FLQA 1FFQA 3W26A 4RL3A 2WZHA 3N12A 3SCOA 5CGMA 4DWSD 2C8NA 2IXUA 1WE5A 4C7GA 3CHFA 3WIJA 3AIWA 1QW8A 1V6WA 2DIJA 4MADA 3ARSA 1ZBKA 2BS9A 5DMYA 3VILA 2JF7A 4U2YA 1DWJM 2VT0A 4PRWA 3OLIA 1V6VA 5I2UA 3J7HA 4AD1A 1FP9A 2WVUA 3S2CA 5JBDA 2XTKA 3VD4A 5JUVA 1MQPA 4B9ZA 1TA3B 1MFVA 3T0DA 5D8ZA 3BC9A 5A8MA 1V02A 4U33A 3AMLA 3WFLA 3ARUA 1WAWA 4WLCA 1OWQA 4LGXA 4M29A 1WZLA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2E3Z A;  4PN2 A;  3W6L A;  1UD6 A;  3WEO A;  2WCG A;  3VNY A;  1ZJB A;  3AXX A;  2OLH A;  1YHT A;  4KGJ A;  1BQC A;  5IHR A;  4Q7N A;  3AMG A;  3GBD A;  4PMZ A;  1V3M A;  3AHV A;  1PJ9 A;  4ATD A;  1R87 A;  2FHC A;  5BXP A;  3BAJ A;  3FW6 A;  2EBN A;  4GIA A;  2VVN A;  3W82 A;  3U57 A;  2QLY A;  3PZN A;  2EPL X;  1CGT A;  2D2O A;  1H11 A;  2PWE A;  4GZE A;  4AZ5 A;  4MNM A;  3WQ8 A;  3SCW A;  1GHR A;  1WKY A;  3RM8 A;  4D1J A;  4AIS A;  3ARR A;  2ZX6 A;  1ZU8 A;  3EMZ A;  2XFR A;  3ARX A;  1UHV A;  3AIS A;  4MJ2 A;  1OBA A;  1QOX A;  2G4F A;  5HDR A;  1HKK A;  4F8X A;  1B31 A;  1E6R A;  1GOQ A;  4AYS A;  4U3C A;  2FHF A;  4AMC A;  1C92 A;  2WVV B;  1TG7 A;  1JFX A;  4HPG A;  4NSB A;  1H0G A;  5IFT A;  3NYD A;  5A8Q A;  1KR0 A;  1JZ6 A;  1R7A A;  2OWX A;  3OGV A;  1TUX A;  3B9E A;  2WBG A;  4EE9 A;  3I3D A;  1E1E A;  2MAN A;  3AIR A;  1F4A A;  3QHM A;  1JDC A;  2W66 A;  2J7E A;  5CPT A;  3WSU A;  3NDY A;  3WBA A;  4HME A;  4Z2I A;  1GOW A;  5D9O A;  2WVS A;  2O9R A;  3PHA A;  2CBV A;  1MVY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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