5CZS | Genus

Total Genus 127

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	127
sequence length	346
structure length	344
Chain Sequence	HYPTDDIKIKEVKELLPPIAHLYELPISKEASGLVHRTRQEISDLVHGRDKRLLVIIGPCSIHDPKAALEYAERLLKLRKQYENELLIVMRVYFAKPRVGWKGLINDPHLDGTFDINFGLRQARSLLLSLNNMGMPASTEFLDMITPQYYADLISWGAIGARTTESQVHRELASGLSCPVGFKNGTDGNLKIAIDAIGAASHSHHFLSVTKAGHSAIVHTGGNPDCHVILRGGKEPNYDAEHVSEAAEQLRAAGVTDKLMIDCSHANSRKDYTRQMEVAQDIAAQLEQDGGNIMGVMVESHLVEGRQDKPEVYGKSITDACIGWGATEELLALLAGANKKRMAR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
molecule keywords	Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
publication title	Structure of Neisseria meningitidis 3 dexy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase Glu98Ala variant at 2.42 Angstroms resolution rcsb
source organism	Neisseria meningitidis serogroup b (strain mc58)
total genus	127
structure length	344
sequence length	346
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date	2015-08-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5czsA00

3NQ2A 2ABAA 2YCEA 5BNKA 5LHEA 3MP5A 1O5KA 3B0UX 3KHJA 4HHPA 1L6SA 3W7DA 5E0KA 4Z0SA 3ANYA 1OVDA 3NQEA 4Q4KA 2ATSA 4O0KA 1AG1O 5D2XA 2PURA 2J88A 2EAWA 2NV1A 3MI2A 5DN1A 4BI6A 3ABSA 3EXTA 4WY0F 1LBFA 1JUEA 3LX9A 3R12A 4JTGA 1EA0A 4FNPA 1F5ZA 2FJKA 2JGYA 5D2YA 2CZFA 4LT9A 1L6WA 1U5JA 3W22A 3LHTA 2ZA2A 3W85A 4JIQA 3GXTA 4N9DA 4GUFA 3LCWA 1HO4A 2QJIA 2VFFA 3W1AA 1N8FA 3P5YA 3C2FA 1EP2A 5F4WA 5AYYA 1EEPA 3BARA 3PSWA 4P2VA 1I2QA 2Y62A 2QCMA 4QAIA 3QC3A 3G1FA 2QJGA 1HFBA 2JKAA 2DZTA 2DZUA 2Y70A 3GAYA 4O17A 2E6DA 3M47A 1Q6RA 2E1DA 3W2KA 3ABRA 3N34A 2J6XA 3PBYA 3QRHA 3M9YA 4UTJA 3VE7A 4CNPA 4ML9A 5KTLA 4XBKA 3THQA 3LHWA 3QFEA 5AHIA 2KZHA 3TA6A 4AMAA 3IVUA 4MJMA 4KWWA 1LYXA 4ADUA 3A5FA 4RKAA 3W7JA 3T78A 1RPXA 1LOLA 2WV8A 4QQ3A 4DXVA 1OFDA 2TPSA 1F05A 5LNWA 3HGJA 3M41A 1O60A 1EWEA 2DORA 2V2CA 1FXPA 5H91A 3NZ1A 1Z41A 1OF8A 2I1OA 3R13A 5G1TA 3W7CA 5LNRA 3S5OA 3S5NA 5LNSA 3STFA 2Q8LA 2X1SA 5F1UA 4Y9AA 1QPQA 3MI3A 5AYXA 2C0AA 1G4PA 4MKNA 3LM7A 6TIMA 4DQWA 1QAPA 1B57A 2Z1BA 2VELA 5TQLA 3HPSA 4JYEA 4IXHA 5IBXC 1W5PA 2CW6A 4U28A 1LLWA 4MYAA 1JJKA 3N3MA 4NNBA 3W7PA 1WAUA 1P1XA 3S5ZA 3TCEA 4H4IA 5HULA 1Z44A 2TSYA 3WJYA 5F2GA 1NSJA 3HGRA 1J5TA 4K7VA 1K8ZA 2QCEA 2V0TA 5CZJA 1SW0A 3LTPA 1VR6A 4UTTC 2TRSA 5CPLA 1KTBA 4AF0B 2GQAA 4LRTA 4UMAA 5AC8A 5AOUA 1GWJA 2CU0A 3W1XA 1QDSA 2QCDA 3JS3A 4UMCA 4Y96A 1H7PA 4NX0A 2CLEA 1TPWA 4UNKA 4X22A 1Z48A 5D04C 4BR1A 5LZLA 4ZQNA 4CNNA 3GB6A 4LTSA 1GYNA 5LNUA 4GRSA 4QSHA 3DKLA 3IIXA 2FPVA 4JS3A 2BXVA 3M5XA 3TXVA 1L9WA 3EWZA 3M7WA 1DKWA 1T99A 1TREA 4N9EA 2V2DA 5FI8A 2GJLA 3MYPA 1MEWA 2QAPA 4HPXA 3W73A 1K7EA 1JUBA 1LOQA 4DPQA 4GJ1A 3E12A 1W54A 1WBHA 3M1ZA 4CCCA 5T26A 4LWWA 3G3MA 4QITA 3DHFA 3E9AA 3ZR4A 3LHVA 3SIZA 2P1FA 3DBPA 4I7UA 4OWGA 2HS8A 4UIOA 1RZMA 3G24A 3HG4A 1OK4A 4FHAA 4UCGA 3O06A 1TB3A 3G18A 4BI5A 3A22A 3NAVA 4O19A 5BOOA 3IRDA 1ZJIA 3PSVA 4IPIA 3IGSA 1C8VA 1DBTA 1DHPA 3MHGA 4K38A 3PR2A 1PHQA 1SO6A 4N4PA 1ZHAA 2YZRA 1ICSA 1TPUA 1QPOA 3PC0A 3SGZA 3NQGA 1FCUA 1LDCA 5D33A 4MZ8A 3GXPA 2A6LA 3LHUA 1YYAA 2EKCA 3HJZA 1TPB1 3OBKA 1THFD 3G0SA 3TH6A 1UUMA 1RQBA 3DH7A 3W88A 1MO0A 4CCDA 2JBMA 2YGYA 2PRMA 3IGXA 3AJXA 3BVJA 3QMTA 5AHLA 1FBAA 3ZFHA 1TPFA 2FTPA 3NO5A 3WJSA 2A4AA 4OE7A 2CLIA 1VHCA 3GDLA 3QQ1A 3L9CA 1DQXA 1OYBA 4UFHA 3INPA 1OFOA 2E6FA 3S8HA 1SR9A 2Y88A 4Y8FA 3BGGA 2A1YA 4AHOA 2Y63A 4MUZA 3WFAA 3NPVA 1FCBA 2ZDRA 3M6YA 4AWTA 2HSAA 4JDYA 4L4LA 4LUIA 1YXDA 2NXGA 3Q58A 3BG3A 1X8FA 1I2OA 2GJNA 3C3NA 4EF8A 1QOPA 3UNDA 1SFJA 3MI6A 1AL8A 2QDHA 3W23A 1OFAA 2Q8ZA 4UTWC 1FWRA 1FWNA 1PIIA 5EA9A 3MW7A 2OX1A 4GNJA 4PEKA 4EWND 2A85A 3S9YA 2ZZ2A 4ZVJA 1AL7A 4POCA 3ZWTA 4JTHA 4OBTA 5HMSA 5U7SA 4LU0A 2J9XA 2XN0A 1QOQA 4PL2A 3NQ8A 3Q94A 4YLWA 4HSNA 3I65A 4DBEA 1SZNA 3C2OA 3FYPA 1W5OA 1PS9A 4O4VA 1LTDA 2FLIA 3HOJA 2QCGA 4JICA 4ADSA 3IIOA 1G6CA 5EY5A 1ALDA 3UPBA 1FY6A 4M6PA 4LY8A 4S1FA 3RFAA 1CI1A 3MP3A 1K8XA 4HKPA 4IGHA 3GK0A 2QCDB 1G7VA 2YSWA 3N9SA 1B4EA 4LVGA 2NX3A 3USBA 1MZHA 4O28A 1JQXA 3LOTA 1C29A 1OFPA 3RLVA 5HWMA 2YYTA 2C3ZA 4EOUA 4CCEA 4WJEA 1VH7A 1K7XA 2GVJA 1XM3A 2H8ZA 3GVGA 1FQ0A 3NXFA 3OVQA 3LRLA 4KWVA 1GVOA 1VCFA 2ZFAA 2VXNA 2PE4A 2QCFA 2GQ9A 1A53A 1PE1A 2WNQA 3TNOA 3EB2A 3KRSA 4ZQCA 1TQJA 2FFCA 2ZBTA 1KM2A 5LKYA 1FCVA 2QCHA 4UTUA 1X1ZA 3HIJA 3P80A 3O1NA 3R2GA 1AW5A 1VCGA 1UASA 1H63A 1NF0A 2B7OA 1O94A 3CHVA 2FB3A 1W3NA 3G3DA 2ZRWA 1OK6A 3LCXA 2VEPA 1W3IA 1K02A 1RVGA 2NX1A 4O1AA 5K3VA 3CB8A 2ZRVA 3FJ6A 3GX9A 1SZGA 4JYFA 4JTEA 1KV8A 4QNEA 2YYUA 1RQHA 3BGJA 2AGKA 1OF6A 1AW2A 2FPYA 1M7PA 3DFOA 2QUVA 3YPIA 3NQ6A 3DAQA 3VCRA 3A21A 4NNCA 5DCBA 3QF0A 3PWAA 3H53A 4XBSA 5CSRA 3P61A 3PUEA 4NXKA 1X7FA 3F1QA 2D73A 1F76A 3BO9A 2E77A 3UWYA 1FWTA 3B05A 3TQ0A 3FEMA 3W84A 4MFDA 3EX1A 1N55A 4TX9A 1G4EA 4IMEA 2C6QA 3G1YA 1QWGA 1WA3A 1TCDA 1TRDA 2R8WA 2DJLA 1BTMA 3F4NA 4JY8A 4PA8A 4RZ6A 5F4XA 4DF1A 3UYCA 4AHQA 4PH6A 3UPWA 2WSRA 3NOEA 4CNOA 4W9TA 3P81A 4FXSA 1SO5A 4DEFA 3W7HA 4M19A 4NZFA 1BWKA 1F7BA 4Q32A 1DJNA 3BW3A 4NJGA 3DHDA 3W07A 1W5NA 3T40A 3W87A 2A21A 4EVZA 4AF0A 3DFTA 1KM6A 2CLHA 4PTNA 1A5AA 1OX5A 1I2PA 2H3BA 2NWSA 3L68A 2E6YA 1KBJA 3G1DA 4IMDA 3L0KA 3N73A 4RK8A 1TV8A 4UFIA 4Z0JA 3LTYA 1PVNA 3MHFA 2Y61A 1GT8A 1FXQA 3TAOA 2V8ZA 1LP6A 2Z0IA 4LRSA 4IQLA 1QPNA 1W8SA 4HIBA 4IWWA 1ML1A 2Y85A 3NQFA 3W2LA 5DELA 1B3OA 1G7UA 3W75A 4NZJA 3EWYA 1IF2A 4MZ1A 3PS7A 3KVKA 1KA9F 1V7YA 1KLZA 3QW4B 1OFBA 2NV2A 1LZOA 2E68A 4NJHA 3W1NA 3LCIA 3HPXA 1ZY9A 4LW7A 4J9JA 1IXPA 4RXFA 5CZTA 2Y6ZA 4UUIA 3TFXA 5HWNA 1P4CA 1GG0A 1G67A 1GJPA 3C6CA 3TR2A 4O57A 1B4KA 4RR4A 4M7TA 4IOTA 3LBCA 1TPVA 4O52A 1EX5A 1I2NA 1E51A 4I7VA 1Q6OA 2QCCA 1XDMA 4JTLA 5F2LA 3S1UA 1H7NA 3IIZA 4JN6A 5G2HA 3HO8A 4WUIA 4JTKA 4UNLA 3TSDA 2H6RA 1X1OA 3G0UA 3UZ5A 4TO8A 4UTMA 5D2TA 1D3HA 3DXIA 1KFCA 3LTSA 4XWUA 3DI1A 3BW2A 5U4NA 3GYEA 5KITA 4FIQA 1YPIA 4DF0A 3LXCA 4O10A 2YFOA 5KSWA 5LNVA 2V30A 5LGXA 3MHUA 3H54A 3DZ1A 3E0IA 4UC5A 4N6FA 1TV5A 1JCMP 3NEVA 5CZ0A 4HNUA 1SW3A 3HG5A 3NM1A 4A21A 3GKAA 5C2XA 3E96A 3KRZA 3LV6A 4L4MA 3DKJA 1H5YA 3N2MA 3HGOA 1QO2A 2OJPA 4GE8A 2R14A 5D38A 2VEMA 4JY9A 3HF3A 3V1PA 2DP3A 3W7MA 3KVJA 5F2IA 4NJIA 5FEZA 3BPWA 3FYOA 5SWUA 3UQNA 1YXYA 5CGQA 4FNTA 3M43A 2F84A 4YL2A 1LRQA 2Y7GA 5G4EA 3EX4A 1GVSA 1TIMA 2VENA 3PUOA 4N4QA 5GVJA 2CWNA 4NXSA 2YPIA 3EEGA 4GWEA 4M6VA 3O8AA 4E2BA 2QJHA 3G1XA 1G69A 2ZYFA 4ZQRA 2W6RA 3W1TA 1ICPA 2Q3RA 1T8XA 4O15A 4XQ6A 1GEQA 1NF7A 3OVPA 5F2MA 1P0NA 1H1YA 3FKKA 1P0KA 1KFBA 1XBYA 4Q33A 3TSBA 1KBIA 4HT3A 4C1KA 1JCJA 5C5YA 4O14A 1SFLA 5FF0A 3LDVA 1NFBA 1O5XA 3L67A 1I8JA 2DJXA 5K4XA 1J4EA 1YTDA 3A23A 3ABQA 4QJ1A 5G5IA 2OZ0A 3GKFA 3QYQA 3NQDA 1RR2A 4NX5A 4K39A 1F2JA 4KFOA 1XDLA 1IIGA 1QO5A 1F6PA 4NU7A 4R33A 3SECA 1R2TA 1PCWA 1VC4A 2V5BA 3UWZA 1AMKA 5HJLA 2QCNA 5IBXA 4JIPA 3KXQA 3OHIA 1Q6LA 3TAKA 3LI1A 3CEUA 2R91A 3W1RA 3TW6A 3HG3A 3GR8A 1A5SA 4LVFA 2QEZA 3ELFA 3TW7A 3W3OA 1T0OA 2QF7A 4PCFA 4RZ4A 5AHFA 3NQMA 3PBVA 1VLIA 1WOBA 2F7FA 3HB9A 2E09A 3UWVA 4B5NA 4UTTA 1D9EA 2NUYA 4CQAA 3U6WA 5FESA 4AB4A 1YDVA 4N9BA 3OA3A 2OMAA 3TIMA 3B8DA 3DI0A 4LV9A 5A8GA 3SGUA 1U83A 1JULA 3NYZA 5DBTA 3G8EA 3L2IA 1KM0A 1QNVA 5E93A 3TJXA 2PC4A 2G96A 3QZEA 4MFEA 4AEOA 5G4WA 3UD6A 3GIYA 3MBDA 4WX2A 3C8FA 3O63A 4R7JA 1TJRA 4YWIA 5HINA 3Q37A 3I7SA 1VZWA 4NUWA 5HUPA 3B04A 2ZZ4A 3NR0A 3ZWSA 1H62A 3IV3A 1HL2A 4IMFA 3JR2A 5F1VA 3LERA 3G8RA 4NQ1A 1GYLA 2ISSA 4TMCA 1XBVA 3KOFA 2E5CA 3TJLA 2CLLA 5KZEA 2PRHA 5FF2A 4ONVA 1BEUA 5KINA 2O7QA 3L0GA 3TROA 1FDYA 5FF4A 4BI7A 1VQTA 3MP4A 2WJZA 2ZTJA 3PBUA 4FXRA 5HWJA 1GVFA 4I7WA 3UXAA 2NXIA 4AAJA 6ALDA 1M5WA 5D09A 2Y89A 2ZRYA 2NLIA 4C1LA 3W72A 5D30A 4UR7A 3QMRA 1VGAA 2C1HA 1F73A 2A5HA 3NPXA 3W1QA 1PV8A 3DFNA 1EWDA 4UR8A 3C56A 4Z1CA 2V82A 4YCOA 3G1VA 3CIWA 3W2JA 2ZZ7A 4RV8A 1K8YA 4JTSA 4N02A 3RLUA 2EPHA 4HSOA 2DZSA 3BV4A 5C6MA 3TX9A 1FWSA 4Z1AA 5BW6A 3W86A 4QIUA 5AFDA 5TIMA 4E38A 1WBJA 3I68A 3M16A 5D2WA 2CZDA 1C9DA 4UXDA 2RDTA 3T4CA 4NJKA 2NX9A 2BX7A 4XUGA 2Z2UA 2X30A 5G2WA 4R34A 2AQWA 1VHNA 1VRDA 2C19A 2JK2A 4A2SA 1IXQA 4JEQA 3W74A 1N7KA 5CG7A 3BG9A 3N14A 1RD5A 1UUOA 3QM3A 2B7QA 2JGQA 3W7KA 5HR6A 4JR5A 3IGUA 2CLFA 2ABBA 4NT0A 4MJZA 5I3HA 3W6YA 2VEKA 2ALDA 2CLMA 4UFKA 1TSIA 3NL5A 2QAFA 1YPFA 3MMTA 2DZXA 4IPJA 2FIQA 3CU2A 4LS0A 1NAL1 3EX3A 1GQNA 4UTWA 4DO5A 3UWUA 3W1MA 1UCWA 3W7QA 2YW3A 1R47A 2A7PA 3S0CA 4O0ZA 3B06A 2VOMA 4JNMA 4BFAA 3W1LA 4OHQA 4JTTA 5L6UA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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5CZSA

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