2ZRXA

Crystal structure of sulfolobus shibatae isopentenyl diphosphate isomerase in complex with fmn and dmapp.
Total Genus 147
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
147
sequence length
364
structure length
364
Chain Sequence
DIVNRKVEHVEIAAFENVDGLSSSTFLNDVILVHQGFPGISFSEINTKTKFFRKEISVPVMVTGMTGGRNELGRINKIIAEVAEKFGIPMGVGSQRVAIEKAEARESFAIVRKVAPTIPIIANLGMPQLVKGYGLKEFQDAIQMIEADAIAVHLNPAQEVFQPEGEPEYQIYALEKLRDISKELSVPIIVKESGNGISMETAKLLYSYGIKNFDTSGQGGTNWIAIEMIRDIRRGNWKAESAKNFLDWGVPTAASIMEVRYSVPDSFLVGSGGIRSGLDAAKAIALGADIAGMALPVLKSAIEGKESLEQFFRKIIFELKAAMMLTGSKDVDALKKTSIVILGKLKEWAEYRGINLSIYEKVRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
publication title New role of flavin as a general acid-base catalyst with no redox function in type 2 isopentenyl-diphosphate isomerase.
pubmed doi rcsb
source organism Sulfolobus shibatae
total genus 147
structure length 364
sequence length 364
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 5.3.3.2: Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase.
pdb deposition date 2008-09-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01070 FMN_dh FMN-dependent dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2zrxA00
2GJNA 1BKSA 3U2OA 2Y89A 3NDOA 2VEPA 4O28A 2QCCA 8TIMA 2X16A 2P0OA 3M0ZA 5D2XA 1B4EA 4DPQA 1OFQA 3C6CA 3FEMA 2Y7DA 1JR1A 3BGGA 1OFPA 5F1VA 1YTEA 2DZWA 3W7GA 3PULA 2X1TA 5EMUA 1KTCA 1O95A 5F2GA 3QMSA 3B4UA 3C8FA 1SZNA 4YMZA 3FYPA 1JCMP 1XXXA 3TU9A 1EPXA 4K37A 4NX5A 4MVAA 4QSHA 3E49A 2BSLA 4Z1DA 4PODA 3F4NA 2GVGA 5F2LA 4MYAA 4UTWA 1IXOA 3W1XA 1W3TA 3UNDA 4UR8A 4FF7A 5AHFA 2FQIA 1F7BA 2ALDA 5FF7A 3TV8A 5D30A 1SUXA 3LOTA 3LTPA 4LTSA 4BWLA 5K3VA 2NLIA 3FJ6A 4BF9A 5CG7A 1ZAIA 1GTEA 2E6FA 4M6VA 4Q32A 4DO5A 1LTDA 3SGZA 1W5MA 3P81A 3DZ1A 1XUZA 3LB0A 2VENA 3NVTA 3EWXA 3NQGA 3S5YA 5KTLA 5LNRA 4LRTA 4ONVA 1QR7A 5G4EA 2VKZG 3B06A 1ME8A 1R46A 1KFJA 2Y7EA 4A21A 4ADTA 3UZJA 3EWWA 1GVFA 1EEPA 3P60A 3SY5A 3TQKA 4W9TA 1FCQA 4LVFA 4MIMA 1OFRA 3LV5A 4UTLA 3I7RA 3E12A 4RCXA 1GJPA 3O16A 3L67A 4JYFA 5I3IA 3W7RA 4UFLA 1K02A 4KFPA 2C14A 1P1XA 1TJPA 3STCA 4ZZ9A 2B4GA 4UIOA 3NL5A 5CPOA 3G1YA 1SO3A 1QDSA 2CLEA 3KOFA 1RVGA 1BWLA 4PCFA 2ZRVA 5H91A 3NOEA 4OE7A 2WNQA 2A21A 3UY8A 3NA8A 1Z41A 3HQ1A 3NM1A 2A1YA 2AGKA 2CFFA 5AC6A 4JICA 3CT7A 1PS9A 4JYEA 3HG3A 3DFTA 1SZEA 3G1AA 4CCCA 1FCBA 5F2MA 4XKYB 1FY6A 2NUXA 3UWQA 1OX4A 3LLFA 3TAKA 3N2MA 3L66A 5I3GA 1JCNA 2BLEA 3QZEA 1OABA 4IMGA 1F73A 3PSVA 1TV8A 1I2OA 1YXCA 4JTGA 4JYDA 1HUVA 3H54A 4YL2A 4WOZA 1G69A 1J2WA 1F05A 1I2NA 2H90A 3QM3A 1R2SA 4FX7A 3N19B 1G4PA 1JUKA 2DZUA 3WK3A 1NFBA 4CLMA 3W2JA 3U8GA 3O63A 4RJEA 3MW7A 4WY0B 2A6NA 1XFBA 2G95A 3CEUA 3GR7A 3TROA 4WXYA 1L6WA 2C15A 2HTMA 2ZRYA 1OX5A 4JN6A 3TXVA 4UTMA 2QDGA 5KINA 5C6MA 4IMCA 1DORA 1LOQA 3C2RA 3QPZA 3LCFA 3M47A 3NQFA 4N4PA 4UMCA 2I1OA 3RF9A 2FJKA 3FJLA 3G3MA 3R8RA 3M5VA 2ABAA 2A4AA 1TTQA 1H7WA 4UXDA 5FESA 3TUUA 3LRKA 3EX3A 1AL7A 1WA3A 3R13A 1FWTA 3HG5A 2Y85A 3DI0A 3W7OA 2TRSA 4ZMGA 1SPQA 1GVQA 1H1YA 4AWTA 4GUJA 2PRHA 3GAKA 3SR7A 2FFCA 1OFEA 2V81A 4Y96A 3P7YA 2R94A 3TC6A 4N4QA 5AYYA 3PG9A 1OFBA 4TR9A 3NNTA 3HB9A 3MMTA 4S2CA 3W84A 5LZLA 3BLIA 3B0PA 1KFCA 4CQ8A 1OX6A 1DBTA 3L68A 1R2TA 4TO8A 3HO8A 4RKAA 4K39A 4NQ1A 1Q6QA 3S0CA 1IXPA 2NX1A 1QPQA 1RD5A 3NPWA 3TR2A 5DCBA 2NV1A 1TTJA 4LV4A 2C0AA 3L9CA 3SZ8A 4YCPA 1VCFA 1CX9A 1K7FA 1H7RA 1H51A 1L6SA 5HWNA 4M5PA 4K8EA 3T55A 3LDVA 5HULA 1Q6OA 3ATYA 1QCWA 2WPBA 2ZTJA 3LCWA 1TV7A 3GXNA 5FF0A 2ZTKA 2VC6A 1B9BA 4IX2A 3W7KA 3G1FA 2GUUA 1UBSA 2QCNA 4WJEA 3W87A 2X1SA 4MFEA 1LRTA 1I4NA 3P84A 3TNOA 1KM2A 3P5ZA 1S5VA 1DJQA 1TRIA 5CPMA 3VFLA 3GDMA 5LGXA 5TBOA 3BLFA 4Z0SA 4JTKA 3W6YA 2HS8A 1KM3A 1PV8A 4NXKA 4JX4A 1BTMA 1KV5A 2Y62A 3PUEA 5A5WA 4QIUA 2WNZA 1F76A 2RDTA 3GYEA 1ICQA 3FKKA 4LNYA 4XUGA 2DP3A 1VHNA 1B3OA 2VEKA 1A5BA 3QSTA 4U4MA 3G18A 4GNJA 3NYZA 4E0CA 2HSAA 3KFTA 3UXAA 1OG0A 4R53A 3SIZA 3N9RA 3R5EA 3LLDA 3O07A 2B7NA 5D33A 1BEUA 1FDZA 2KZHA 5FEZA 3E0IA 4K6AA 3G8RA 3I6RA 1S3HA 4IX0A 3KHJA 3OBKA 1W0MA 2E5CA 2QCEA 3QFEA 3L0NA 3LCXA 1HTIA 1LBMA 3NPUA 3PR2A 3JR2A 3C56A 4S2BA 1KM1A 1VCVA 4U28A 1NVMA 2E09A 3B0VC 1TQXA 3RMJA 4RZ6A 3QW4B 4ORIA 4IMDA 5TQLA 3O1NA 4O54A 3ABSA 3PUOA 3WK2A 2W6RA 4WQ6A 1B57A 1YLVA 3OHIA 2FPTA 3O05A 3B8DA 4OV9A 4Z1CA 1WX0A 4LT9A 3NQVA 4ADSA 4BR1A 4N9DA 4JDYA 4RZ5A 1UCWA 2D73A 2R14A 3W71A 4O19A 3NL3A 4QISA 5BMXA 3LCGA 3I7QA 5AHEA 3HPXA 3W22A 1FWSA 1K7EA 3KVLA 5EYWA 4FO4A 4CQ9A 5IM51 4AXKA 1IIGA 3EEGA 1W5QA 4MJMA 4O18A 5J5DA 1A5SA 1H7PA 5DBUA 2B7QA 5I3JA 4AWSA 2V82A 1H62A 1H5YA 1Q6RA 4UCGA 1O4UA 3G0SA 3QEZA 2V8ZA 1M7OA 1P0NA 3M43A 3N73A 4O15A 3KVJA 5AOUA 4L4LA 5AN7A 1MEIA 3N3MA 1KM5A 3MHUA 5KZDA 3IRDA 3R89A 3M16A 1LRQA 2WOQA 3HPSA 3OVRA 3NQ8A 4CCDA 2QCDB 3WK1A 3W7JA 1XDMA 3W23A 2TYSA 4XTIA 4AHPA 3SJ3A 4JTFA 4O11A 4JIPA 5AB3A 2CLHA 3OIXA 2J9YA 5LSMA 4JTIA 3WK0A 2YXGA 3S8HA 2C18A 2C19A 4DBDA 1YXYA 4ZQCA 1K7XA 4DF0A 2V2CA 4O1BA 5DXXA 4LS2A 1J5TA 2QDHA 3MO7A 3GXPA 3B03A 3ZFHA 5F1UA 4NVTA 5BOOA 3W9ZA 5AFDA 4UFIA 3P8JA 3NO5A 5C54A 3NR0A 1ZHAA 5CZSA 4GBUA 2QR6A 2XN2A 4XQ6A 3BK0A 5CSSA 3O6YX 6TIMA 4AAJA 3PBWA 2NWSA 4DQWA 1LLWA 3MP3A 3THQA 2TPSA 3GVGA 4POCA 2NX9A 3JS3A 4JX6A 1VYRA 1VHCA 3NM3A 2Y70A 1ZAHA 2QCHA 4R34A 3MUXA 3SSJA 1VLWA 5AYZA 5C2XA 2ABBA 1XBYA 3AJXA 1OFOA 3V1PA 4JTLA 3W7PA 5K9CA 4G1KA 2ZZ4A 4RX0A 4AH7A 3IVSA 1A5AA 3KVMA 2JK2A 2CLLA 4FX8A 3LRLA 4YCOA 3TW7A 3L65A 4GJ1A 4XBSA 1W3NA 1AG1O 4FXSA 1AW5A 3C2EA 2C1HA 3M5XA 1ZFJA 1IGSA 5K4XA 4N9EA 1TQJA 1UASA 1K3UA 3DAQA 3N14A 1OHLA 4RXGA 4O0ZA 1XCFA 4UFHA 2DZXA 2P10A 2QJHA 2BXVA 1JRBA 3WJYA 4LVBA 5CZTA 5KITA 2EHHA 1JCLA 1MEWA 4CNNA 1AL8A 2Y7GA 2QJIA 4K7VA 1GWJA 2X1RA 3NQAA 4LS0A 1LM1A 1OJXA 4JS3A 4FX6M 1HO4A 2EGZA 4OU1A 4MLRA 3CHVA 5D09A 3RFAA 2OT0A 1KW1A 1FCVA 3ELFA 2R91A 1H50A 1GYLA 3L0GA 2G5WA 1OK6A 3W7HA 1WYIA 4WXZA 1FDYA 1OF8A 1TSIA 2OZ0A 5LKYA 2Y7FA 3H55A 3TQ0A 1N55A 4JXCA 3Q94A 5G4WA 1WV2A 3OA3A 2WKJA 5AC8A 2XN1A 2OX1A 4LY8A 3C61A 4MLJA 3FKRA 4TIMA 4I9AA 1P4CA 3MWAA 4LRSA 1TTPA 1QWGA 4K7YA 3A5FA 2VFEA 3EXSA 2CLOA 3GZ3A 4TMCA 1SZFA 3MHGA 3DBPA 2BZNA 1EWDA 2OT1A 3USBA 3PB0A 3S6DA 3B04A 3G1SA 5D2WA 2Q8LA 3MYOA 1P0KA 3C2VA 3LX9A 1MXSA 4MYXA 1MEHA 3W88A 3BG5A 2ZA2A 3O06A 5LGZA 3F1QA 3W2UA 4UTTC 2QCGA 4Q33A 4NZJA 2FPYA 3FA5A 3L5LA 3HGJA 3IEBA 3C0JA 2A7PA 1RV8A 2FPVA 4IJBA 3RLUA 3EKZA 3O6CA 3UYCA 4MZ1A 3G1HA 3PWAA 3QJAA 1YADA 3SFKA 2PE4A 4PFMA 2JKAA 4GUHA 2LLEA 3P74A 3CIWA 1PIIA 2J88A 4S1FA 1TREA 3EXTA 3UY7A 3RK8A 1A53A 3L2IA 5A8GA 3CLMA 3HJZA 2QCMA 1GYNA 4GRSA 3TJXA 1EP3A 2GOUA 2VFDA 4JTSA 1R47A 3NPXA 3W2NA 3IGUA 5KMYA 2H3BA 3LV6A 3GX9A 4TX9A 1VYSX 3W2LA 3FYOA 5D2VA 1PCKA 3W76A 4LWWA 4WX2A 3M6YA 3JRKA 1RQEA 5U4NA 1L9WA 2ZQ0A 1LP6A 3TK7A 4GC4A 4HPXA 1TPEA 4FXRA 3PBVA 3TW6A 4MFDA 2VXNA 2PRLA 3L21A 3PSWA 3IVTA 2ZYFA 1FQ0A 4WOQA 4WZHA 3UWWA 1T8XA 3A21A 1DKWA 1QOQA 1RR2A 5F4SA 4N6EA 4X3ZA 3RU6A 2DZSA 1GPWA 3MP4A 4O53A 1R30A 3VNDA 2CLMA 4JX5A 2QUTA 3B05A 5K9XA 1X1ZA 2CZ5A 5K7JA 2ZDRA 4P2VA 2NUYA 5C5YA 5MHBA 1DVJA 3TE9A 3UWUA 3LHWA 2ZRZA 3HF3A 4RR4A 1EIXA 1KFEA 1NF0A 4O50A 1Z48A 1HG3A 3DHFA 3QH2A 4ZL1A 4IPJA 1EUNA 2W0UA 1LOLA 2VFIA 5K2ZA 3EX1A 1H63A 3FOKA 5HR7A 2EAWA 1UUOA 4M6PA 2BX7A 5E1QA 3TSMA 2V2DA 3VCRA 2E5DA 4RK8A 5AHLA 4WY0A 1GTHA 3KX6A 1VQTA 4JD4A 4O14A 3HGSA 2A2IA 5F2IA 1W5PA 4O1DA 2XN0A 2J9ZA 4UNKA 4I7WA 1W31A 3KVKA 1I2QA 1V7YA 2QF7A 1T0OA 2WNNA 3W1QA 2FB3A 2DZTA 3UPBA 2YCEA 2I9EA 3GAYA 4LW7A 3TDFA 4OWGA 4M19A 3ABOA 3WFAA 4ZQOA 5CGQA 4NXSA 3GLCA 1UUMA 1SSDA 3IGXA 4OQVA 3LGEA 4Z08A 3W74A 2F84A 1WOAA 2BWGA 4UFMA 5HUPA 2OMAA 3G24A 1KA9F 2YX0A 1ZENA 3CC1A 1F2JA 4JDBA 3UWYA 3THAA 3QMTA 3PS7A 3ABRA 5J5RA 4FNSA 1PHWA 2ZZ3A 2CZDA 2GJLA 3OVPA 1EP2A 2C13A 3A9IA 2FDSA 4OBTA 2ZRWA 4Y6GA 1P5BA 4Y9AA 3LXAA 3IVUA 4KFNA 2YZRA 4O4WA 4ORMA 4GUIA 4XWUA 4L4MA 1OVDA 3S1WA 1JUBA 5LNSA 1QAPA 3S5ZA 4HKPA 4HPJA 4Z0JA 4NJHA 5TIMA 1IIHA 4A3UA 3W2KA 3P61A 5FF3A 4HSNA 2ZA3A 4JEQA 5EY5A 5U7SA 1EB3A 1OF6A 2WJZA 4BI6A 2YPIA 3DGRA 4JR5A 4DXVA 2ZRUA 1FUYA 3TKFA 4BFAA 4O0KA 4EWND 2E1DA 4XTDA 4BI7A 3PC0A 3QW3A 4FIRA 3LHVA 2ZBTA 1RQBA 4Z1AA 3QQ1A 3UQNA 2NXHA 3M5ZA 3ZWTA 1DL3A 3W1LA 1CI1A 1D3HA 2J24A 3W73A 2CZFA 2JGQA 1JVNA 1ME7A 5LNWA 4ALDA 3UWVA 4PL1A 3LHZA 1GT8A 1K03A 1LOSA 1N8FA 1QOPA 3LXCA 4UNLA 4JTUA 5H2ZA 4A22A 1ML1A 4FNUA 4IMFA 1Y0EA 2AQWA 3TAOA 1O60A 3OVQA 5LHFA 1JRCA 1PL9A 5DN1A 3KAOA 2Z0IA 1KFKA 2ZZ6A 1L2UA 4RXFA 2RDUA 5L9FA 1XBVA 4GUGA 2CLFA 1MO0A 1O94A 5AHMA 2VOMA 1SU5A 3H53A 3KRUA 4QNEA 4LUIA 1W1ZA 2ZZ2A 1N7KA 2GQ9A 3GDLA 2OJPA 5E93A 3FLUA 3EXRA 5GVJA 3LBCA 1H7NA 5I3FA 2I14A 1I8JA 2QAFA 3W1UA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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