4H41A

Crystal structure of a putative alpha-l-fucosidase (bt_0435) from bacteroides thetaiotaomicron vpi-5482 at 1.80 a resolution
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
321
structure length
318
Chain Sequence
LESKLIVPKNNGLKITGTFLDEISHDIPHQNWGEKEWDLDFQHMKRIGIDTVIMIRSGYRKFMTYPSPYLLKKGCYMPSVDLVDMYLRLAEKYNMKFYFGLYDSGRYWDTGDLSWEIEDNKYVIDEVWKMYGEKYKSFGGWYISGEISRATKGAIDAFRAMGKQCKDISNGLPTFISPWIDGKKAIGKLTREDAVSVQQHEKEWNEIFDGIHEVVDACAFQDGHIDYDELDAFFTVNKKLADKYGMQCWTNAESFDRDMPIRFLPIKFDKLRMKLEAAKRAGYDKAITFEFSHFMSPQSAYLQAGHLYDRYREYFEIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords putative alpha-L-fucosidase
publication title Crystal structure of a putative alpha-L-fucosidase (BT_0435) from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 at 1.80 A resolution
rcsb
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
total genus 120
structure length 318
sequence length 321
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF14488 DUF4434 Domain of unknown function (DUF4434)
A PF17134 DUF5109 Domain of unknown function (DUF5109)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4h41A00
4HU0A 1CXFA 3NJ3A 1K9DA 1EO7A 1NARA 5FOOA 1S46A 3AS3A 2J25A 2DEPA 2X0HA 4PMXA 4W93A 4F8XA 1C7TA 3EDKA 4W85A 5CPSA 3L4XA 1KGUA 3ZJKA 3ZT6A 5A8QA 1MYRA 4CVWA 1B3VA 1V3LA 3VIFA 2W4XA 2WVSA 5I2UA 3AIUA 1HVQA 1UWIA 3OIHA 1H3GA 1W9XA 3WNOA 4D6EA 3WL1A 5DF0A 3WF4A 1QW8A 1MQPA 3NUKA 4MNMA 1W1PA 4UQDA 5A2BA 1GQKA 4J28A 3OGVA 2WW5A 3EBVA 4RE3A 1V6WA 4X0NA 5ABGA 2BVYA 3CUGA 2A3HA 4MB1A 3WQ4A 4DM1A 3VTRA 4WF7A 4HU8A 1CIUA 4F9JA 1OT1A 2FHFA 2VOTA 3MANA 3TTQA 2BV9A 3T0BA 2GK1B 4WJXA 1V3HA 8CGTA 1WDQA 5E6ZA 2V3EA 5FL0A 2XFRA 1EHNA 2Y2WA 3ARWA 2JALA 1WZLA 1VFMA 4Z2KA 2WHKA 2ZOXA 2JIEA 1V0KA 4PTVA 1VENA 5LYRA 3ZT7A 3AOFA 1UZ1A 3SCNA 1V6XA 2VZUA 4BF7A 3VMOA 2CKRA 2V5CA 2JIWA 3ARRA 1PX8A 1VBUA 3GDBA 3RM9A 4IPLA 1NP2A 1K9TA 3QOMA 4QLJA 2DSKA 5I77A 5C71A 4DM2A 1WZAA 1H0GA 2GJXB 3POCA 4AD4A 3SCRA 3M07A 4D6FA 1QHZA 2XM1A 1O6IA 1C93A 2E9LA 1C8QA 3GNRA 4D6GA 1JXJA 5FD0A 1SMDA 4HPGA 1G0CA 2J7FA 2EBNA 4W7VA 2YL8A 1OGGA 2TAAA 2XYLA 2XVGA 3EDJA 1IV8A 2XSAA 4PMUA 3T2PA 1GW1A 2BXZA 2ZXDA 4H41A 5HBFA 2BY1A 1UD4A 1JGIA 1H09A 4D1IA 3WD3A 3L4TA 3N04A 4P7RA 3MS8A 4IISA 1KCLA 4M82A 3ALFA 4MNLA 1JI2A 1UZ4A 2XGIA 5ECUA 3K46A 4LX4A 2WLZA 1KXTA 1W9UA 3CIVA 1H0IA 3L4ZA 4YHGA 1GOOA 4P8XA 1LF1A 5CGTA 4AZGA 1Y7VA 4S3JA 1H2JA 1QNSA 2VURA 1W32A 3AIRA 4F9DA 1B3WA 1TR1A 4W87A 2VZSA 2FDMA 3ARYA 3BLKA 5BCAA 1PEZA 3ZJ7A 1AQHA 1QHPA 2ZX6A 5D9OA 2QPSA 5IXEA 2FHBA 3MMWA 1V0MA 1TVPA 3SEPA 1HJXA 2JFEX 4UFHA 4C7FA 3NCOA 3AS2A 1CGVA 5JIWA 1BG4A 4BZYA 4CD4A 1JZ3A 3W6LA 1AQ0A 3PTMA 2WWCA 4LYRA 2QLYA 3N9KA 3CZJA 5FCZA 5A8NA 3BLPX 1FHDA 5BROA 3AMCA 3N1AA 4JZ5A 3ARQA 4JHOA 4D6JA 5A8OA 4W89A 4W7UA 1EH9A 4AIOA 2AMGA 1OBAA 3QHMA 4BQ5A 4CGTA 1R7OA 1W91A 1NWUA 2X1IA 1DEDA 3ARUA 4FK9A 5HPCA 4HMDA 1J12A 5BXTA 3WENA 2EPOA 2QPUA 4HMEA 2RGMA 2WZHA 1L8NA 1V0NA 3WNLA 4UZSA 3LPPA 3I3BA 2DH3A 4URIA 2WKGA 1B3ZA 2GJRA 3K1DA 5AYIA 2PWGA 3JUGA 3DYPA 3VOCA 4B3LA 3PZUA 1CENA 1RPKA 1XH2A 1JIBA 1HX0A 3WDQA 4AW7A 1ZBCA 1A3HA 4P7OA 1UH3A 1JZ7A 2DSVA 3WN6A 3EMCA 1US2A 3L4UA 3WIJA 4P7LA 1UR1A 1V3MA 3AICA 4PBGA 4CCDA 2OYLA 5ABFA 1CXEA 1HL9A 4GPNA 3AROA 3VIJA 1CPUA 2Y8VA 1HKMA 4C7GA 2CCRA 2J7CA 3CZ8A 2JEQA 3F5JA 4OZOA 4PCTA 4B16A 1R87A 1E70M 2X0YA 3PN8A 4UOJA 4RE4A 4MAZA 5D8WA 1H1NA 1CYGA 2J78A 5A8MA 4D1JA 3MUZ1 1BVNP 1TA3A 3O2LA 3UR8A 1ISWA 3VU2A 1U30A 1QBBA 1OT2A 2HISA 2C7FA 3CUJA 2XWDA 4PMNA 4EE9A 5DFAA 5GNZA 4ZE5A 3EDDA 1HKKA 2J75A 1CGYA 3RILA 3VD5A 1OD8A 3ZQ9A 4QLKA 2WM0A 3MUAA 4P7NA 3K8LA 4CU6A 2J77A 2UWFA 3W28A 2ZX5A 2VO5A 1DWIM 3WUGA 1GUVA 2OSXA 4MAVA 3RCNA 4UZUA 3MSDA 1M01A 1V3JA 3WMCA 1BSIA 1GZJA 4D6CA 2YBTA 2VRJA 3B9DA 3N11A 2Z1SA 3WL0A 1JYVA 1VB9A 4J3VA 4M1RA 4M8UA 4D6HA 4OBRA 2D1ZA 1G9HA 3T2OA 3NSNA 1PIGA 3F5KA 3AHVA 2PBGA 2V3DA 3WD4A 3ARPA 1J0IA 2EJ1A 6A3HA 4AIUA 4JFSA 4AD3A 1O7AA 2ZUNA 3UEQA 3SCOA 2C0HA 1DP0A 4ACZB 2WLYA 4MNKA 2PF0A 5BXPA 1MXDA 5E70A 4TUFA 1FOBA 4MB4A 2WHLA 5CLTA 1J9YA 4N0RA 4DWSC 1JDCA 3GBEA 1DWGM 1EQPA 1WZMA 4AZHA 5DT7A 3TTYA 3UESA 1MVYA 3WH8A 4DUVA 1RH9A 1UKTA 3WF0A 3OBAA 2ZX7A 5I79A 2ZXBA 2Y5EA 3WNMA 5A1AA 5EFDA 1HIZA 3WQVA 3EMZA 4PN2A 3GH5A 3QHOA 3BAIA 3W24A 5F7UA 1BYCA 4NSBA 2WVVA 2DIJA 3KL5A 3FAXA 1KWGA 2CERA 5AYBA 1UWSA 1DWFM 2YBUA 4H7VA 3OGSA 1W9BM 4GO8A 2UY2A 1XC6A 1CXKA 1QNRA 1UD5A 2DH2A 1EOKA 4WLCA 3CMGA 4B15A 4W5ZA 3WH6A 3AIBA 1CXHA 4Z2HA 1CGWA 4JFWA 2CIPA 2OLHA 1MWOA 4XZBA 4YN5A 2OWWA 5KEZA 3MO4A 2EEXA 4JIEA 1TMQA 1KBKA 1H4PA 1UD8A 2VQTA 3S6TA 1HVXA 3WEOA 2VCAA 3VIKA 4AIEA 5A6AA 1OSEA 3ZJ8A 1HXJA 3SCWA 2W67A 4ATWA 3CZGA 1LL7A 2EPMX 2WNWA 1OWQA 3SCQA 1CTNA 2DDXA 5IDIA 2FGLA 2J79A 1TG7A 2YKKA 3LPOA 1G5AA 4CD7A 3WUFA 1OGSA 3AZSA 4J3UA 1QOXA 1UD2A 1E4NA 5A6JA 3BMVA 2CETA 2G3IA 2D22A 1KR0A 2HVMA 3W53A 1UWQA 1WAWA 1G01A 3WD1A 2ZICA 2BNJA 3RM8A 1KXVA 1UOKA 5A6LA 4BCEA 3AS0A 3WQ6A 3SUWA 1GPFA 4ATDA 3VDCA 1HJSA 1E6NA 2PWFA 1OIFA 4FLQA 3WD0A 1WKYA 2XUCA 4GI6A 3U7VA 1EHAA 1ZJAA 1CNVA 4PTXA 5I3DA 2O9TA 3AS1A 4HOWA 3UR7A 3A4WA 1D3CA 3SUSA 1GVIA 5E0FA 4X9YA 2GSJA 2VQUA 2CITA 1R7AA 3KL0A 1B1YA 2E8YA 4W84A 4WKFA 4EKJA 1B30A 4DWSA 4FLRA 1RD6A 1HF6A 3CHFA 1E73M 2J74A 1XSKA 5D9NA 4GQQA 1WB0A 5CXPA 3SCPA 3N15A 3RM4A 3SUVA 1E40A 4TX6A 3UG3A 1H11A 1WNOA 1W3LA 4PMOA 1JZ4A 2Z1KA 2EXOA 3W38A 1JZ6A 1WDSA 4OKDA 3SCTA 1J0YA 3VD4A 2G3JA 1PX3A 1QI2A 1BLIA 4RL3A 4AD0A 2WHMA 4W88A 3WEZA 3PZ9A 3ZM8A 4OOUA 3FNDA 1KQZA 3VM7A 2A3BA 4AZ6A 4H2CA 3WFLA 3VIMA 1GQLA 4E4PA 4F66A 1KWKA 4PSPA 1XSJA 1GORA 3CBWA 5A6MA 3D3AA 4QP0A 4CN1A 3VDBA 3PBGA 1JAEA 5A95A 2CKSA 2D3NA 3MU7A 3VIIA 3TTSA 1HNYA 3T09A 4PEEA 3WH9A 2UY4A 3A3HA 1XHGA 4LXFA 3VPLA 5TD4A 1SR0A 3WNKA 2GFTA 2G4FA 5I24A 4PMYA 3A4AA 1JFXA 3AQUA 4CU7A 3AIWA 1V3IA 1UWTA 4GIAA 2VT0A 6TAAA 2VVNA 2YOCA 1MFVA 4W8BA 3WDIA 1J0ZA 1UR2A 4P7QA 1EIBA 2XM2A 1XD0A 3EDEA 5BXSA 3DYMA 5M5DA 3DC0A 3VILA 4AD5A 1CDGA 1UWRA 1EDGA 4AZCA 5ABEA 4YPJA 4J3XA 1NP0A 5FL1A 2CBIA 3KEHA 2VJXA 3WELA 1ISYA 2YL9A 4P8WA 3RJXA 1J0KA 2QMJA 2WMJA 3FN9A 3CHCA 3VX1A 5A6BD 2BVTA 3G6MA 2WCAA 3WDPP 1BGAA 3MUIA 1NWTA 3PZNA 3VUPA 1AVAA 2JEPA 3L2LA 1JD9A 4PRWA 1EXPA 3WDJA 1FA2A 1JZ2A 4B9ZA 3GZAA 3U5UA 1TA3B 3VO0A 4QLLA 4XB3A 1FP9A 3OB8A 1YQ2A 3N17A 3D5HA 1I1WA 1ESWA 3IK2A 2DT2A 4W5UA 4J3WA 4UTFA 1UKPA 2NT1A 1C90A 1UD6A 2CBVA 3GXMA 1E4IA 4J7RA 1EO5A 2ESCA 4QDMA 1UG6A 1D7FA 3NSMA 2O9OA 4P8VA 2WC4A 3W4RA 6CGTA 2YA2A 2JE8A 1DWHM 4MJ4A 5E0CA 5IHRA 1E55A 3N18A 1JAKA 2FH8A 1B2YA 4AZBA 1MQRA 2CHOA 1R8LA 1FH8A 2J8FA 5CG0A 4J27A 4M29A 1EGZA 2VX4A 1XSIA 1CGXA 1VFOA 2NSXA 4OJYA 1WE5A 1CLVA 4CCEA 3UERA 2UY3A 1OM0A 1ZJBA 3MV11 4U31A 4DUXA 1Q6FA 1GNXA 3BAKA 1M03A 3AZTA 3CMJA 3W25A 1DWJM 3VNYA 3IJ9A 5CQ1A 1JG9A 1BF2A 2EQDA 4C7DA 4JHZA 1BGGA 3WFZA 5CSUA 2W5FA 2VR5A 2VR4A 2V5DA 1M53A 4QCEA 3AYRA 3VINA 5E9AA 5E6YA 1HJQA 3HU7A 4R27A 2FGZA 2QV4A 2DSWA 3W6MA 3HN3A 2BVDA 5IFTA 3DHPA 2GK1A 1PIFA 1CXLA 1DTUA 2X05A 1OINA 3VGGA 1V6VA 3WUBA 5CJ5A 2VNCA 1E6XM 3QOKA 2WZEA 2VZOA 1BYBA 5DMYA 3WNPA 5I23A 3MUY1 5HNNA 2RGLA 1UKSA 2YLLA 4UNIA 1XGZA 4XUYA 4Z2JA 3AXHA 3WD2A 3O9NA 3PTQA 4MDPA 3ZO9A 5I78A 1ODUA 4GKLA 4M56A 1CZ1A 2D23A 3WSUA 2D3LA 4MPKA 2DSUA 2WVVB 1E0VA 1FH9A 3TOPA 3MMDA 1BYAA 1LL6A 1WP6A 1NWRA 2CBJA 1V3KA 4PCSA 1GOMA 1C7SA 3HMCA 1BYDA 1A47A 3AXXA 4TXEA 4WKHA 3W29A 4A3YA 5CSYA 3WEMA 1SYTA 1RP9A 5JIPA 4KH2A 1E15A 3BMWA 1VFFA 3QGVA 1E6RA 2DIEA 2WK2A 4EK7A 3BSHA 3UETA 1LL4A 3K8KA 4U3CA 5FIPA 2VL4A 2ZXQA 1OGBA 2YLAA 3MV01 3ZR5A 1PBGA 4AD1A 4H04A 1GHSA 4A3HA 5HDRA 2CYGA 4U5KA 4JKMA 1PZ3A 3IAPA 2E40A 1XYZA 3WNNA 1JNEA 7CGTA 2XJ7A 2YA0A 1CEOA 2ZWYA 3VMPA 1NOUA 4IUGA 2WAGA 4NZCA 1ITCA 1MW0A 2VX7A 3ARXA 4MADA 3VGBA 4D6IA 1UHVA 4UOZA 1HN1A 2J8GA 2X2YA 5HXMA 3CPUA 5EFFA 3CZLA 4B9YA 1UUQA 4M81A 3WF2A 2OYKA 1E72M 2CESA 1TZ7A 2OSYA 1NWSA 2ZX8A 2G3NA 4AEFA 3PZTA 2EPLX 1E1EA 1E5JA 1E9LA 2J47A 3AYSA 1UH2A 3SCVA 4GZJA 1DHKA 1C92A 2VMFA 3ECQA 3B8SA 3AXIA 4HZ8A 3CZKA 2VX5A 4H8VA 4X0VA 2CXGA 2IXVA 3AIQA 2VZVA 5E09A 3VNZA 1RP8A 3BAWA 4GI9A 3WH5A 1J11A 1V02E 1HP5A 5A6KA 3NIYA 4HP5A 1L0PA 3W0KA 3WQ8A 1KFWA 4NF7A 1W1VA 4Y7EA 1V0LA 3THCA 4JL1A 4H8UA 1J10A 2O9RA 3AMDA 3LPFA 3OA5A 1MXGA 3AHZA 4DWSB 2ZUWA 2ZUTA 5ABHA 3SCUA 1QNQA 3L4VA 1XH0A 2XG9A 2GDVA 4K68A 5A2CA 3OLEA 1PZ2A 3LMYA 4GZIA 2B31A 1E3ZA 2E3ZA 1NOFA 1WPCA 2G8ZA 3FAWA 1BG9A 2IUZA 4DWSD 3TONA 4UQAA 4NI3A 1ZBVA 1CBGA 1NOWA 3CUFA 1ZL1A 2EPKX 1C91A 3GYCA 3IAQA 3OZOA 3VD7A 1TE1A 1R85A 2J7GA 2ZUMA 2WCSA 4HMCA 4ACYA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4HU0 A;  1CXF A;  3NJ3 A;  1K9D A;  1EO7 A;  1NAR A;  5FOO A;  1S46 A;  3AS3 A;  2J25 A;  2DEP A;  2X0H A;  4PMX A;  4W93 A;  4F8X A;  1C7T A;  3EDK A;  4W85 A;  5CPS A;  3L4X A;  1KGU A;  3ZJK A;  3ZT6 A;  5A8Q A;  1MYR A;  4CVW A;  1B3V A;  1V3L A;  3VIF A;  2W4X A;  2WVS A;  5I2U A;  3AIU A;  1HVQ A;  1UWI A;  3OIH A;  1H3G A;  1W9X A;  3WNO A;  4D6E A;  3WL1 A;  5DF0 A;  3WF4 A;  1QW8 A;  1MQP A;  3NUK A;  4MNM A;  1W1P A;  4UQD A;  5A2B A;  1GQK A;  4J28 A;  3OGV A;  2WW5 A;  3EBV A;  4RE3 A;  1V6W A;  4X0N A;  5ABG A;  2BVY A;  3CUG A;  2A3H A;  4MB1 A;  3WQ4 A;  4DM1 A;  3VTR A;  4WF7 A;  4HU8 A;  1CIU A;  4F9J A;  1OT1 A;  2FHF A;  2VOT A;  3MAN A;  3TTQ A;  2BV9 A;  3T0B A;  2GK1 B;  4WJX A;  1V3H A;  8CGT A;  1WDQ A;  5E6Z A;  2V3E A;  5FL0 A;  2XFR A;  1EHN A;  2Y2W A;  3ARW A;  2JAL A;  1WZL A;  1VFM A;  4Z2K A;  2WHK A;  2ZOX A;  2JIE A;  1V0K A;  4PTV A;  1VEN A;  5LYR A;  3ZT7 A;  3AOF A;  1UZ1 A;  3SCN A;  1V6X A;  2VZU A;  4BF7 A;  3VMO A;  2CKR A;  2V5C A;  2JIW A;  3ARR A; 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 1TVP A;  3SEP A;  1HJX A;  2JFE X;  4UFH A;  4C7F A;  3NCO A;  3AS2 A;  1CGV A;  5JIW A;  1BG4 A;  4BZY A;  4CD4 A;  1JZ3 A;  3W6L A;  1AQ0 A;  3PTM A;  2WWC A;  4LYR A;  2QLY A;  3N9K A;  3CZJ A;  5FCZ A;  5A8N A;  3BLP X;  1FHD A;  5BRO A;  3AMC A;  3N1A A;  4JZ5 A;  3ARQ A;  4JHO A;  4D6J A;  5A8O A;  4W89 A;  4W7U A;  1EH9 A;  4AIO A;  2AMG A;  1OBA A;  3QHM A;  4BQ5 A;  4CGT A;  1R7O A;  1W91 A;  1NWU A;  2X1I A;  1DED A;  3ARU A;  4FK9 A;  5HPC A;  4HMD A;  1J12 A;  5BXT A;  3WEN A;  2EPO A;  2QPU A;  4HME A;  2RGM A;  2WZH A;  1L8N A;  1V0N A;  3WNL A;  4UZS A;  3LPP A;  3I3B A;  2DH3 A;  4URI A;  2WKG A;  1B3Z A;  2GJR A;  3K1D A;  5AYI A;  2PWG A;  3JUG A;  3DYP A;  3VOC A;  4B3L A;  3PZU A;  1CEN A;  1RPK A;  1XH2 A;  1JIB A;  1HX0 A;  3WDQ A;  4AW7 A;  1ZBC A;  1A3H A;  4P7O A;  1UH3 A;  1JZ7 A;  2DSV A;  3WN6 A;  3EMC A;  1US2 A;  3L4U A;  3WIJ A;  4P7L A;  1UR1 A;  1V3M A;  3AIC A;  4PBG A;  4CCD A;  2OYL A;  5ABF A;  1CXE A;  1HL9 A;  4GPN A;  3ARO A;  3VIJ A;  1CPU A;  2Y8V A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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