2RDUA

Crystal structure of human glycolate oxidase in complex with glyoxylate
Total Genus 142
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
142
sequence length
360
structure length
360
Chain Sequence
PRLICINDYEQHAKSVLPKSIYDYYRSGANDEETLADNIAAFSRWKLYPRMLRNVAETDLSTSVLGQRVSMPICVGATAMQRMAHVDGELATVRACQSLGTGMMLSSWATSSIEEVAEAGPEALRWLQLYIYKDREVTKKLVRQAEKMGYKAIFVTVDTPYLGNRLDDVRNRFKLPPQLRMKNFETSTLSFSPEENFGDDSGLAAYVAKAIDPSISWEDIKWLRRLTSLPIVAKGILRGDDAREAVKHGLNGILVSNHGARQLDGVPATIDVLPEIVEAVEGKVEVFLDGGVRKGTDVLKALALGAKAVFVGRPIVWGLAFQGEKGVQDVLEILKEEFRLAMALSGCQNVKVIDKTLVRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords Hydroxyacid oxidase 1
publication title Active Site and Loop 4 Movements within Human Glycolate Oxidase: Implications for Substrate Specificity and Drug Design.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 142
structure length 360
sequence length 360
ec nomenclature ec 1.1.3.15: (S)-2-hydroxy-acid oxidase.
pdb deposition date 2007-09-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01070 FMN_dh FMN-dependent dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2rduA00
2H6RA 3PM6A 2C0AA 1A5CA 3PB0A 3SGZA 4CCDA 3L0GA 4MFDA 3C52A 3N2XA 4AVFA 2QCLA 1MEIA 1SW0A 1DHPA 3VFLA 3W7IA 3GLCA 5AYXA 3LRMA 2I1OA 4O15A 3WJSA 1GVFA 1ME8A 3QJAA 3T4CA 2YR1A 4RXGA 3PF3A 1FQ0A 4AHQA 1W3TA 3TAOA 4GJ1A 4GNJA 4NU7A 5CSRA 3TKFA 2CLOA 1N8FA 3CQ0A 4QJ1A 4YCOA 5LSMA 3TX9A 2X30A 5AHEA 4ZQPA 3GK0A 1AMKA 2QJGA 1IXNA 2LLEA 2G5WA 3P74A 3TE9A 4MLRA 1I8JA 3QMRA 1O4UA 1J2WA 4UFMA 4AMAA 4JX4A 4UXDA 4MYXA 4QAIA 1H51A 2OJPA 3QF0A 2A5HA 1YXDA 3CB8A 1NFBA 1MO0A 1KM3A 2C15A 3IGXA 2ZRUA 1WV2A 3LCIA 1QMLA 1VGAA 2CLHA 4MVAA 3C56A 1LOQA 2WNZA 3NZRA 1KW1A 3N19B 3W6YA 4DELA 2QJIA 1XKYA 2DZUA 4NX5A 1SW3A 1RQHA 1SSDA 5I3HA 3A9IA 3P81A 4JTSA 3GDTA 3W23A 2ZBTA 5AYYA 3IGUA 3C2OA 3WK3A 3MP4A 2DZVA 3W3OA 1JCMP 3EXRA 2NWRA 1FDJA 3T44A 1QO2A 1X8FA 2ZZ4A 3I68A 4WD0A 4S1FA 2HSAA 4NT0A 1KTCA 4PTNA 3HQ1A 5KMYA 2Y6ZA 5F2GA 3DU0A 2XFWA 2CLFA 1VC4A 2ZQ0A 1GWJA 3FKKA 4O1DA 2H3BA 1EPXA 4CQ9A 4XTDA 5C55A 4M19A 4UR8A 2VEPA 4LU0A 1QNVA 1LCOA 1OFRA 2VFDA 3P8JA 1EWEA 4PFMA 3DKJA 3M44A 1XDMA 1I4NA 2B7NA 1OFOA 4RKAA 2ZZ7A 4CNNA 4DBEA 1H62A 3MO7A 1TPB1 3UQNA 1EB3A 1WBHA 4JXCA 4U28A 4ZQNA 3UYCA 1OYBA 3W7NA 1PVNA 4RLIA 3TW6A 3B8DA 5ABTA 2Y89A 5LHEA 3NL5A 4MIMA 1L6WA 3KFTA 3STCA 5HUOA 5LGZA 4BI6A 1O5KA 2NX9A 2ZA2A 4AHOA 3THAA 1G4SA 5DELA 4WOQA 4LTSA 2Y70A 2Q3OA 3NA8A 3P60A 4MLJA 1VCVA 4ADTA 3LV6A 3S1UA 2QUUA 1QDSA 1ME7A 2CLMA 3HBLA 1ZJIA 4N6EA 2E09A 3GX9A 2J27A 6ALDA 1WDWA 3I65A 3OIXA 2A7NA 1LDCA 4LWWA 5MHBA 3PR2A 1VRDA 1LOLA 3NXFA 3TQKA 5F2MA 4DEFA 3KRUA 1L9WA 3EX4A 2QUTA 4MFEA 2C18A 5G1TA 3B0PA 3UD6A 2GVGA 4MY1A 1WX0A 3CPRA 3IV3A 1EUAA 3O1NA 1O5XA 2ZDRA 3MHGA 5LHFA 4N6FA 4LVBA 1G4PA 3WFAA 4DQWA 3LI0A 1GG0A 1WA3A 2ZYFA 3NDOA 3BLIA 4RJEA 2DJXA 1FXPA 4X3ZA 5CPLA 1HG3A 3UPWA 1GTHA 2QR6A 1UJPA 5C2XA 1TIMA 3LCFA 4UUIA 5LNVA 1PS9A 2DORA 1YPFA 1H5YA 1H50A 3QRHA 6TIMA 1QPRA 5TIMA 3DKLA 1G4TA 5D04C 2VENA 3FJLA 3IVTA 3ZS4A 1J4EA 1VYRA 3HF3A 4LUJA 1IIHA 5K9CA 1MSSA 3R89A 4BI7A 1EUNA 2HTMA 5AFDA 3KVLA 1RV8A 3S5YA 4ADSA 4NNCA 4O57A 1ML1A 2WQPA 3DAQA 3L5MA 4GE8A 4DO4A 2WNQA 3SGUA 5K9XA 3OVPA 1J5TA 1LM1A 3LV5A 5FF3A 1B3OA 4JTUA 2ZRXA 2WJZA 3W7PA 1K7XA 2YPIA 3DI1A 1SR9A 4R53A 3ZR4A 4ZMGA 1M6JA 2NX3A 1EP3A 1W8SA 3P80A 4KWWA 5EYWA 5KINA 1CI1A 4POCA 2YFOA 4PODA 1JRCA 2GQAA 3BLEA 1G69A 2JGQA 4K37A 1EP2A 1AL8A 3ANYA 1MEWA 2BLEA 3TC7A 3R12A 1PCKA 3M1ZA 1R2SA 2QUVA 3QW4B 3HGRA 1P0KA 1TMHA 5AHFA 1MZHA 3N9RA 1I45A 2JKEA 2QCFA 3P5ZA 3ZWTA 3W87A 4LC8A 3JS3A 1NAL1 3LCWA 4O0KA 4X9SA 4RCXA 2VOMA 3W71A 1TTQA 3GKFA 3NQGA 2QAFA 3KHJA 4ML9A 2WSRA 4JTIA 4Y6GA 2RH9A 4TO8A 1SO5A 1G7VA 2CFFA 4H6KA 3GXTA 1THFD 4QIUA 5EA9A 3UWQA 4K36A 3E9AA 3OHIA 1TPWA 3NL2A 4UTWC 1XC4A 4CCEA 4C1KA 1H7WA 4JIQA 4ZQMA 3S9YA 1PHQA 5FEPA 1WQ5A 4GUGA 4LS2A 5J5DA 2RFGA 3E0IA 4BK9A 2FPTA 4LC6A 1VHCA 1SFLA 1DBTA 3UWYA 3W1MA 4JTHA 3LHVA 4O13A 5G5IA 1OFQA 1D3GA 2WOQA 4DPQA 1FWTA 2AGKA 2GQ8A 1OYAA 4H3DA 3W1PA 4M7SA 2NLIA 1K02A 1F76A 2VFEA 1OJXA 2H8ZA 4GBUA 3MI2A 3FYOA 4H4IA 2CLIA 4RXFA 2DZTA 3DI0A 1TPVA 2E6FA 1DORA 4K8HA 3R2GA 3CU2A 1H1YA 4WQ6A 5DY2A 2GVJA 4LNYA 3NPVA 5F2LA 4IPIA 1TTPA 1VS1A 1H7RA 1SZEA 1DQWA 5A5WA 3U8GA 3ZWSA 4AH7A 3HPXA 5CG7A 1A53A 2ATSA 1QPNA 3I7QA 2QDGA 4LW7A 4NNBA 5H2ZA 3NQDA 3F1QA 1JRBA 1KBIA 3P7YA 3QW3A 3W2KA 1IF2A 3TFCA 2Q8ZA 2D73A 2EGZA 5AB3A 1G7UA 1DJQA 3N9SA 4RR4A 4IGHA 1VJIA 4JS3A 4KWVA 4XTIA 4U4MA 1F7BA 2H90A 1Q6OA 4N9CA 3O05A 2YW3A 2V2HA 3CM4A 3CWOX 3H55A 5F4XA 4X2RA 4IX2A 4I7UA 4GUFA 5I3KA 2ISVA 4ONVA 1GZGA 1OYCA 4FIRA 3G22A 2YCEA 4YLWA 4N4QA 4O14A 3STFA 3U6WA 3NQ2A 5KITA 3V1PA 1OHLA 3DFSA 3ATZA 1T8XA 5IBXA 1VR6A 1B57A 3DFQA 4UFJA 1NEYA 3LOTA 4AEOA 1H63A 4UMCA 3CT7A 3MBDA 4IXXA 4TU1A 1LBFA 1QFEA 5FEZA 3DBPA 4HN4A 1R30A 3LGEA 4XWUA 3F4NA 3RF9A 4UTTC 2V30A 5CSSA 3NQFA 4EF9A 1TTJA 3LTYA 1XBZA 2CLKA 4FX8A 5KZMA 2YZRA 4NXSA 1CX9A 4O18A 4ZVJA 1JR1A 5HWNA 3LHUA 1W31A 1KTBA 4ZZ9A 3FIGA 3W2MA 1TRIA 3W7OA 4HNVA 4Y96A 2TPSA 2RHGA 3TSBA 3HG4A 4I9AA 2EF9A 4LOCA 5EPDA 2A1YA 1XBYA 1UBSA 1T96A 2QEZA 3W84A 1NF0A 1W56A 3FOKA 4AWUA 3I7RA 2OMAA 3C61A 4HHPA 2ZRWA 4O4WA 4M6QA 4LRSA 2F7FA 4XBKA 1TPEA 3HGSA 2FLIA 3LX9A 5L9FA 1OFBA 5LNUA 2V81A 3UNDA 4MUZA 2ZZ2A 4Z1AA 3EB2A 2DU2A 1VLIA 1OX4A 3EX1A 3NL3A 1ZY9A 3GDKA 2ZFAA 4UC5A 4UFIA 3W1RA 1ME9A 4UTMA 3RMJA 2ZZ3A 3LDVA 2W0UA 4YXGA 2Z6IA 3QEZA 1KM2A 3H54A 1K7EA 4ALDA 3WK1A 3M43A 3SZ8A 3A21A 4NJKA 3V75A 4ZL1A 4JTEA 1XL9A 3EWWA 4FNQA 4JTTA 1YYAA 2J88A 4XUGA 4I7VA 1HO4A 2FTPA 3SI9A 3WK0A 1AW5A 4K7VA 4EF8A 3TAKA 3MYOA 5I3IA 5HQEA 4O12A 2R8WA 1H1ZA 4UMBA 2JKPA 1K8ZA 2O7SA 3CEUA 3B4UA 5C5YA 3PUOA 2HS6A 2X1UA 2C13A 3KRSA 1KTNA 7TIMA 3EWBX 3W07A 4IOTA 3C2FA 4HKPA 5AHNA 2FB2A 3FJ6A 2Y7DA 3UY7A 1BWLA 1KFCA 3LHWA 3SECA 3M9YA 3DENA 3W7DA 3GDLA 3W22A 3YPIA 4JICA 3W75A 5CPOA 5EBUA 2EKCA 3S1VA 2F84A 2VEIA 1GT8A 1BWKA 2IQTA 2QJHA 3GIYA 2ZRVA 1UCWA 1R2TA 2TSYA 2QAPA 1Z41A 4LV4A 3E12A 1SU5A 2XN2A 3IIOA 1JUBA 1TPC1 3S5OA 1OX4B 1AW2A 5HULA 4RK8A 2H3DA 2VKZG 1SFJA 3FFSA 1Q6QA 1YDNA 2BXVA 1PHWA 3B0UX 5LKYA 4JY9A 3DFOA 2JKAA 5K9DA 4I7WA 4PC8A 3NQ8A 1GVRA 3TROA 3PULA 3PUDA 1G4EA 2Y88A 1K7FA 1H7PA 4TIMA 4FXRA 3UXDA 1DJNA 3G0UA 3L0KA 4Y90A 2OT0A 2CLEA 4Z1CA 3IIVA 4WOZA 3QSRA 1QO5A 1DKWA 1Q3NA 2E6DA 4DXVA 1C29A 2JGYA 2Y7FA 1QWGA 4ORIA 3GNDA 4L4MA 5F2IA 4OV9A 3DGRA 1SW7A 3USBA 2PCQA 4EWND 1Q6LA 1DVJA 4PEKA 3PG8A 1S3HA 2ZA1A 5LNWA 3DFPA 2EPHA 4PL2A 1DL3A 2PRMA 5DXXA 2ZRZA 5D05A 3S0CA 1OFDA 2ATMA 1JQXA 1RR2A 4IJBA 1ICQA 3BG3A 3MUXA 3BARA 5D2VA 1G67A 3PSWA 5G1YA 2OCZA 1Y0EA 5SWUA 4JYFA 5FEWA 2X1SA 2ISSA 5LZLA 4RX0A 5CZJA 2Y85A 4UFKA 3P8IA 4UTKA 1F74A 4WXZA 1OVDA 2WPBA 3C3NA 2QDHA 1ZENA 2CU0A 1T99A 4UNLA 1EWDA 4AWSA 4GUIA 4QSHA 4MZYA 2V9DA 3AJXA 1F2JA 3G1HA 3N3MA 3QPYA 2RDTA 4J9JA 4DF0A 1LROA 1GG1A 4WJEA 3R5EA 3CWNA 3LHTA 2C3ZA 4FB7A 3IIPA 3TFXA 1ZHAA 3G1DA 1OF8A 5DY3A 1IIGA 5BNKA 3DFTA 3S8HA 1QOQA 1KM5A 1HL2A 4EOUA 3NAVA 3O8AA 2NUWA 1SUXA 1V5XA 2PURA 3O06A 4P61A 3F03K 5E0KA 1K03A 4JDYA 3HIJA 2A21A 3M5VA 3FEMA 1DOSA 1FDZA 3HJZA 1Z44A 2WNNA 4LVGA 3T7VA 3PWAA 4JY8A 3S42A 3UXAA 4O52A 3TSDA 1TB3A 1TPUA 5EMUA 2E68A 2UV8G 3THQA 3TNOA 3KX6A 2PRHA 5BRBA 3IRDA 4UTHA 1UASA 1HO1A 1ONRA 1OK6A 4IMFA 2E5DA 3MP3A 3BK0A 5AC6A 2E5BA 4CNOA 3PY2A 4MOZA 1A5BA 1I2PA 2FPVA 2X1RA 2RDWA 2C19A 1RZMA 4KKXA 3GB6A 4AHPA 4PCFA 1W54A 3PBYA 4NQ1A 2BX7A 4OU1A 3P5YA 1A50A 4O53A 1UUOA 1OX6A 3WJXA 5AC7A 4OGZA 3LCXA 1QPOA 3VE7A 4Y8FA 3G1YA 3BW2A 3L67A 5IBXC 4A2SA 4ZQCA 2QCDB 4FO4A 2A7PA 4BWLA 1LZOA 1T0OA 2YSWA 1BTMA 3JR2A 4O17A 3BGGA 2Y61A 5D2TA 3MYPA 2A0NA 5D37A 3TH6A 4UMAA 2VFFA 4KFNA 3W1UA 1SO6A 5BW6A 5DBTA 3NQVA 2GJNA 3MP5A 4QISA 5CPNA 3B03A 5D2WA 5LGXA 3CTLA 1TREA 4YCPA 3NOEA 4Z1BA 4UFHA 1TPH1 3VI2A 1E51A 1ZAHA 2V8ZA 1GJPA 5DCEA 3TXZA 4AWTA 3NM1A 3TW7A 1KLZA 3STGA 2YXGA 3W7RA 4QQ3A 3MJYA 1LOSA 3F4WA 4A22A 3M0ZA 3W2LA 3QM3A 4WY0F 4HSNA 4IUOA 1JULA 4O1BA 1HFBA 1W5MA 5FI8A 3HG3A 4A3UA 4TX9A 4FX6M 3BW3A 1QOPA 2BSLA 3P61A 5U7SA 1ZAJA 5HWMA 3C6CA 4FNUA 1H7XA 3M47A 1LRNA 3OVRA 4AXKA 2Y63A 5CGQA 3LTPA 4Q32A 2J9XA 3M41A 1X1OA 4N4PA 2ABAA 3LBCA 1R47A 2GPTA 2Z0IA 3NEVA 2Q3RA 5DCBA 2GOUA 1KM6A 2V5LA 4A29A 1FWNA 3B06A 4PL1A 4CCCA 4NJGA 5D30A 1OG0A 4O8RA 3LXCA 2AAMA 1HTIA 4IMCA 2YX0A 5K4ZA 5E93A 2FDSA 4IWWA 1OFAA 1QPQA 1SZFA 2FPYA 2JBMA 3L0NA 1LLZA 3EKLA 4YMZA 4O50A 1EP1A 3I6RA 4MJMA 3QMTA 1EA0A 4IQLA 2Y7GA 5DLCA 4JDBA 1K3UA 3O6CA 2NV2A 1MEHA 5F1UA 3QQ1A 2NWSA 4IMGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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