4FX6M

Crystal structure of the mutant v182a.r203a of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
MDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGAGAQGGDPGETLRFADAIIVGASIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase/lyase inhibitor
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme.
pubmed doi rcsb
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
total genus 86
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence N
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2012-07-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4fx6M00
2VC6A 2ABBA 3W7OA 4K38A 2ZZ2A 1W5QA 1F05A 4O4VA 3G8EA 3G1XA 2DJLA 4H3DA 3S42A 5D02A 5FEXA 5AYXA 4IJBA 4MIMA 3S5OA 1B9BA 3C2EA 4AHPA 4IQLA 3PUOA 4NNAA 4NJIA 5AB3A 4BWLA 3FIGA 3W7PA 4BF9A 3C8FA 4Y8FA 3STEA 1GZGA 1K7XA 3B0UX 4KFNA 1RQBA 1VYRA 4ZVJA 4A29A 4PEKA 5FF0A 2JGYA 4UFLA 4IMGA 1SFJA 3UWYA 1YTDA 2QCDB 3HPZA 4MFDA 4K37A 3E0IA 4LVDA 3MP4A 1GEQA 2QEZA 3P62A 2WV8A 2G5WA 1TPB1 1HUVA 2XFWA 4GUGA 4AAJA 2Y7FA 3LB0A 2UV8G 4WXZA 1NF7A 4UTWA 3W1RA 4BWLC 3EX3A 2B7OA 3G1AA 1FWSA 3FA5A 4S1FA 3B8DA 1LLZA 2EF9A 1KM5A 3JRKA 1T8XA 2ZTJA 2QCLA 2A7NA 1B4EA 5AC6A 2Y88A 1QO5A 4HN4A 5FEZA 3QPYA 4QM1A 4FIRA 1OX4B 3PB0A 3S1VA 2V9DA 3W70A 1WX0A 2VFEA 2CWNA 5HJLA 4YMZA 5F2IA 1N7KA 5FEPA 3T4CA 3TW6A 4YLWA 3SJ3A 4UTWC 3WFAA 5FESA 2Q3RA 4S2CA 3LERA 5EPDA 3M41A 5EL1A 3C56A 5D04C 1XKYA 2IQTA 4GRSA 4Y96A 1A5AA 2Y89A 3MW7A 3PR2A 2HSAA 2PURA 3M1ZA 4AF0A 2J27A 2FJKA 3PF3A 1OYCA 3G0XA 1SZEA 2Z0IA 1DOSA 1HO4A 3C0JA 4NVTA 2CLLA 3A5VA 4JTFA 2CFFA 1R2TA 1TB3A 2GJNA 2YYUA 4LC6A 3W2NA 3RMJA 1OFQA 2C13A 4FHAA 4UCGA 1JCJA 1GVOA 3LX9A 4AWSA 3SR7A 4GUFA 5F2MA 2OT1A 2FDSA 2W79A 2DZUA 1D9EA 1FQ0A 5K9CA 1AMKA 2NV1A 3GKAA 1W5PA 3M9YA 3S6DA 3G22A 3WJXA 3NQ7A 3G1DA 1B57A 3OHIA 3U8GA 3E96A 5T26A 1RZMA 3CIXA 1M5WA 3TA6A 3S8HA 3IEBA 1W56A 4POCA 2FIQA 1C8VA 1QR7A 3LBMA 3HF3A 5CG7A 3N34A 4JNMA 4LUJA 5LHFA 3HG3A 4TU1A 2WSYA 3QZEA 1OFRA 1QWGA 5HWNA 3L65A 3STGA 1GTEA 1VH7A 2Y7DA 5D2XA 1TPWA 2VXNA 1HL2A 1RV8A 3W2UA 2NLIA 3CM4A 3ZS4A 1Q6QA 1KLZA 2H8XA 1OG0A 3S0CA 3M5YA 1SSDA 2DZXA 4WOZA 4N4QA 2QCHA 4PFMA 1G4TA 1LBLA 4FIQA 4HKPA 2DZPA 2JGQA 5LHEA 3TAKA 3S1UA 3SGZA 2Y85A 1EWEA 4LV4A 3WJSA 5CGQA 4YCOA 2C18A 2PRMA 3PB2A 4LT9A 3T44A 1LCOA 3B05A 1TREA 2TSYA 3NQCA 4GJ1A 2A7PA 4IX2A 1ZJIA 1TPFA 1A5BA 3NPXA 3GXPA 3KRZA 4NZFA 4N9EA 2WOQA 1LP6A 3L66A 1H50A 1TTJA 3DI1A 1TV7A 5U7SA 3TXVA 1KFBA 5LNWA 2NXGA 2YXGA 1S5WA 2E1DA 1NSJA 3P5YA 4DF0A 2R91A 5CZSA 4EVZA 3W2JA 1GYNA 1JRBA 5EYWA 2DZVA 4HIBA 1X8FA 4YWIA 2Y7EA 4M19A 4LC8A 5K4ZA 1EUNA 1H7OA 1P0KA 3CB8A 4MZYA 5G4EA 4GC4A 5I3IA 2ATMA 3F4WA 1OF6A 4L4LA 2CLKA 2YW4A 5D2YA 3GXNA 1NF0A 3TROA 1IIHA 1SZNA 3W83A 4NX5A 1GG1A 1O4UA 4FO4A 1TSIA 1SUXA 4O13A 3MP3A 1W3NA 3MHGA 4X2RA 4UTUA 3NQDA 1L6SA 3W84A 1B3OA 3HGSA 4OV9A 4WX2A 3VKJA 2V82A 4AMAA 2QCNA 2X2GA 4ZQPA 4HNTA 3S9YA 4WD0A 3TH6A 3AO0A 5LNUA 3UXAA 3W7RA 1JUKA 1S5VA 4ORMA 4Z1CA 3G1VA 1B4KA 2A2IA 5D38A 5FF4A 1H7XA 4JTTA 4IGHA 5BMWA 3GXTA 3HPXA 1YTEA 1JJKA 1NFBA 3B0VC 2J88A 1TMHA 6ALDA 5LZLA 4MLRA 2QCCA 2ZTKA 3QSTA 2E6FA 2V5BA 1L9WA 4UFJA 3PWAA 2O7QA 4NXSA 1WBJA 5K7JA 4ADUA 1UCWA 4P61A 3W1QA 4I7VA 5D03A 3MO7A 4JN6A 5EKYA 1GVSA 3SGUA 1G67A 3G0SA 1UASA 5C2XA 5LKYA 2OCZA 1MXSA 1JULA 3TMLA 4RX0A 4BK9A 1M7PA 3STCA 1VCVA 1SR9A 1OX6A 3W88A 4AHQA 1AW5A 5C54A 1DORA 1CI1A 4KKXA 2EGZA 4WUIA 2ALDA 4QISA 3W6YA 4XKYB 2C16A 3PY2A 5I3JA 4JTIA 5CZJA 1KTBA 3FJ6A 4O1CA 4GNJA 3G24A 3DFNA 2QJGA 2V0TA 1RR2A 4PC8A 5KSWA 3L0GA 1YDNA 1H7WA 1DQXA 5DBUA 3INPA 2ZZ1A 4H4IA 2ZRVA 4N6EA 3F1QA 4JTHA 4BI5A 1H7PA 2CZDA 3N2XA 3P80A 3SZ8A 1QAPA 4HSOA 5LGXA 1H7RA 2DP3A 1ZAJA 4G1KA 4R7JA 3MI2A 3KRSA 1QMLA 2NUXA 1AG1O 5J5RA 1W3TA 4CNNA 2PE4A 5BOOA 1KTNA 3P8IA 2ZZ4A 3A9IA 4S2BA 4C1LA 1VRDA 4U4MA 1O94A 3G1FA 4A22A 3G3MA 3CHVA 2V81A 2ISVA 3GDTA 4DF2A 4JGDA 1KM0A 4LTSA 5D37A 1QFEA 1V7YA 3DBPA 5GVJA 1XXXA 4PODA 4Q4KA 3U2OA 5KINA 4XTIA 3TCEA 2NWRA 3L0KA 3C52A 5D30A 3KFTA 2H90A 3LTYA 4UC5A 1XBVA 4ZQCA 4I7WA 3DFPA 3IIPA 2HS8A 3NL3A 2RHGA 1FX6A 2NXHA 4Q33A 1PHWA 1UB3A 3Q37A 3EX4A 4IX0A 3UD6A 4WJEA 3LGEA 5E1QA 2Z6IA 3VNDA 4MZ1A 1OFOA 1VYSX 4NJHA 1I2RA 3TFXA 1KFKA 1KW1A 5EA9A 1HFBA 2JK2A 3L68A 1YPIA 2BTMA 3ELFA 4LS1A 2OJPA 3CC1A 3TK7A 1EP2A 1AK5A 1U83A 2TPSA 4R34A 4NQ1A 4NXKA 1JCMP 2WQPA 4JTKA 3VE7A 3E02A 4OGZA 1ME7A 3EWXA 3ZFHA 3DKJA 3NDOA 4N9DA 3W1NA 3HG2A 1YXYA 3C61A 1W5OA 2FB2A 3M5VA 4ML9A 3M44A 5BNKA 4UTIA 4N6FA 2P1FA 4JY8A 4CQAA 3NGJA 3M7WA 2ZRZA 2ZA1A 4QIUA 1W37A 2AGKA 1WQ5A 4NJJA 3S1WA 4WY0F 4EOUA 4PL1A 5A8GA 1H63A 3W73A 3FS2A 1LORA 2X1TA 5LNSA 5HQEA 4QQ3A 2J6XA 1K7EA 3IVUA 4FNPA 2X30A 4GFSA 2BX7A 4ZL1A 4A3UA 3LCHA 4DPPA 1H7NA 1MSSA 4DBDA 2J9XA 2BZNA 3MWAA 2ZA3A 2E5DA 3W2KA 1VC4A 4JTEA 1IXNA 3O6CA 5AHNA 4N02A 4UTKA 3BPWA 5F1VA 2H3BA 3NPUA 4JD4A 3NQAA 4UFMA 3FOKA 2NX3A 2FFCA 1A53A 2FPYA 1C9DA 1L2UA 5H2ZA 2OMAA 3L5LA 5E0KA 4NNBA 4LRSA 5AFDA 1GQNA 4O53A 5L9FA 3TSDA 1TJRA 1XDLA 4LWWA 3Q58A 4OQVA 3GLCA 3M5ZA 3KVKA 1EPXA 2B7PA 3UXDA 2VFFA 4UXDA 3L67A 1BKSA 3W7JA 2E6YA 2ZZ7A 1ZFJA 3O15A 4DO5A 4OE7A 4NU7A 2VOMA 1G4PA 1FY6A 4Z1DA 1YDOA 1IGSA 2JKPA 4FXSA 1MZHA 1PL9A 3C2OA 1AL8A 4LVGA 5C5YA 1GOXA 3W23A 2JKAA 1FDZA 3HGJA 3BW4A 3BGGA 4FEZA 2VEKA 3EKZA 1K8XA 1BWKA 5DELA 1R47A 4HHPA 5FF2A 3L9CA 2YR1A 3VE9A 1EEPA 1EWDA 1F74A 1U5JA 4WY0B 3G3DA 5K3VA 5J5DA 1UUMA 3ANYA 1O60A 4E2BA 4JEQA 1GT8A 4UNKA 3R2GA 2JKEA 4IOTA 4R33A 3EEGA 4KWWA 3MI6A 1QOQA 3G0UA 3GYEA 2FLIA 5FF3A 4ZQOA 2CZ5A 4IMEA 4N4PA 2I1OA 1VQTA 3LI1A 3WJYA 2VEMA 4O8RA 1WDWA 4MYAA 4FNQA 2YCEA 3GR8A 1VLIA 2WO5A 5LSMA 1JQXA 1ZALA 4FXRA 1ZNNA 4HPXA 2YSWA 5HUPA 3ABSA 3B4UA 1IXQA 4OWGA 1L6WA 3RLVA 1H1YA 2G97A 3PSWA 3O16A 4GUIA 3UNDA 5K9DA 5I3KA 3GIYA 5DCEA 4E2DA 3M43A 2KZHA 3CWOX 3H55A 2Z1BA 2RDTA 3G8RA 5CPOA 4M7TA 3W1AA 3LXAA 3KAOA 4FNUA 2PRHA 3W74A 1ZENA 1RQEA 1ICPA 1FXPA 3QH2A 2AQWA 4ORIA 4KWVA 1H62A 2ZQ0A 3HJZA 4FNTA 3SSJA 1S5TA 4DXVA 5DXYA 1ZHAA 4AXKA 1XC4A 3TSBA 4Z1BA 2GPTA 2I14A 4UTHA 1TV5A 1FCBA 1I45A 2E5CA 3UQNA 1UBSA 3ZWSA 3DFQA 5F2GA 3NPWA 4AH7A 2B7NA 1FWTA 5CPMA 1SU5A 4LVFA 4PTNA 2QUUA 2A5HA 2E6DA 1JUEA 1PCWA 4ZQNA 3GX9A 4EIVA 3QW3A 2V2CA 1LBMA 3ATZA 3MBDA 5CZTA 4MJMA 1FCUA 4EWND 3E49A 1F2JA 3SW6A 1Z44A 2DU2A 3H53A 5F4WA 1GPWA 3HB9A 4LOCA 2WNZA 2XN2A 3GB6A 3LLFA 4NZJA 2A21A 2WSQA 3P60A 4FB7A 3MYPA 3O07A 4MPQA 3JS3A 2WSRA 5TIMA 3STFA 3KXQA 1TTQA 4JTSA 4UR8A 3GK0A 5FEWA 4QAIA 5EY5A 4M5PA 1OFDA 3R5EA 5BRBA 3S1XA 2QCDA 4JX4A 3BG3A 3IVSA 4Y9AA 4NT0A 1ICQA 1I2NA 4UMBA 5I3GA 1ADOA 3BARA 2GVJA 4RJEA 3GZ3A 4KFPA 3LRKA 3QFEA 1XUZA 1ZY9A 1W5NA 4QNEA 4XBKA 5D2WA 2JBMA 3SY5A 2H8ZA 3IVTA 4UR7A 5F2LA 3W72A 1IF2A 3QPZA 5U4NA 3UPWA 2Y70A 3LBCA 3NM1A 4O0ZA 4O10A 1F6PA 4O1DA 4CCDA 4O50A 1XL9A 3QMTA 3IIZA 3QM3A 5DCDA 1ZAIA 1VCFA 2TMDA 3PG9A 3UWVA 2WNNA 4AEOA 1IIGA 3LRMA 1G4EA 1TQXA 1OX4A 1SZFA 5ABTA 3C3NA 1G69A 1VS1A 3A24A 2YDAA 3ABRA 3BK0A 4O16A 1DQWA 2TRSA 4IXHA 3O1NA 3RU6A 2V8ZA 4HNVA 3OVRA 3H54A 1EB3A 3QMSA 4JTUA 5CPLA 3LRLA 4BI7A 4NJGA 2DJXA 5AYZA 3K30A 4RV8A 4O19A 3P67A 1A50A 4JDYA 3RK8A 1YDVA 5KZDA 1EX5A 1TPVA 4ADSA 3YPIA 3PM6A 1KM1A 5G2HA 3UZ5A 3A21A 3PS7A 4Y6GA 1OVDA 3GNNA 3HIJA 2FB3A 1D3HA 2OZ0A 2QCEA 3ZWTA 3B03A 2QDHA 1N55A 1WOAA 4AVFA 4UMAA 4JS3A 1C29A 3MP5A 2QCGA 4FNSA 1W54A 1THFD 4IPJA 2GJLA 1SW0A 1YPFA 2X1SA 3I7QA 2RDWA 4M7SA 5AYYA 3S5YA 1EP3A 1XCFA 4CCEA 2R14A 3W7MA 3EKLA 1O5XA 1F7BA 5FI8A 4BFAA 1F6KA 2F84A 5BW6A 3NQ8A 1HTIA 3PBUA 1XBYA 1UJPA 5AOUA 2DZTA 5EBUA 2YW3A 1H61A 4CNOA 4TMBA 3GDLA 2NUYA 4YXGA 1Q6LA 1SO3A 5KITA 3M0ZA 3LTPA 1LRTA 4XTDA 2CLEA 3EXRA 1VPXA 5HWMA 1FWWA 3PULA 1I2QA 3GDMA 4FF7A 4RK8A 3O8AA 3C4UA 1X1OA 2OX1A 3HGOA 1Z42A 4IXXA 5HNRA 1JQVA 4ALDA 4DEFA 4JR5A 3UWWA 1WA3A 4Y90A 1OF8A 3TUUA 2C3ZA 4K7VA 3WK2A 2ZRWA 1DHPA 3FJLA 1MO0A 4UTJA 1D3GA 2VEIA 3RLUA 3W71A 3TX9A 2R94A 3W87A 5K4XA 1AW1A 4GXMA 3WK0A 3PVFA 2NUWA 3W1XA 4LRTA 4N2YA 2Q3OA 3W7EA 3QW4B 1J4EA 1X6UA 4UTTA 3CEPA 3LTSA 3NL5A 1O95A 5H91A 3DKLA 3OEXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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