4D1JA

The structure of the gh35 beta-galactosidase bgl35a from cellvibrio japonicas in complex with 1-deoxygalactonojirimycin
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
539
structure length
539
Chain Sequence
APLPELLSNNGKHALMVDGAPYIILGSQTNNSSNYPDALKDVWPSMEKMGANTLSIPVAWEQIEPVEGQFDFSFVDVLLKEARQRKVRLVLLWFATWKNNAPHYAPAWVKLDNARFPRVVKEDGDTLNSLSPLGQNTLAADKKAFVELMKYLAKRDKDHTVIMVQVQNEVGTYGAVRDYSPMAQAVFNAAVPDDLIQKLQLKPGTWSQVFGRDADEFFHAYQIARYCDEVTVAGKAIKNLPMYVNVALRNPFNPGLPGQYSSGGGTDNVLHIWKAAAPNIDLIAPDIYFRDYKTVSKVLELYTRPDNALFVAEIGNDQPFARYLFPTLGKGGIGFSPFGMDDTDYTNYPLGAKVYNDETIEQFAQVYRLVNPMMREWARLSYQGQVWGVAEPLDSTTETQKIWNAEATPEEKEQHKKDRASALTQQLDLGLWDAEVTYGRPMFWVTPPEGNTPAAGGALIAQLDDNEYLVTAYKARVEFKPSQELAGKKFMIERVEEGRFEKGKWVMERVWNGDQTDWGLNFTDRPHLLRVKMASYSVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-GALACTOSIDASE, PUTATIVE, BGL35A
publication title A Complex Gene Locus Enables Xyloglucan Utilization in the Model Saprophyte Cellvibrio Japonicus.
pubmed doi rcsb
source organism Cellvibrio japonicus
total genus 177
structure length 539
sequence length 539
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 3.2.1.23: Beta-galactosidase.
pdb deposition date 2014-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02449 Glyco_hydro_42 Beta-galactosidase
A PF18120 DUF5597 Domain of unknown function (DUF5597)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.220.20 Mainly Beta Sandwich Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 putative beta-Galactosidase from caulobacter crescentus 4d1jA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4d1jA01
1EDTA 1Q6CA 1Q6EA 4MB3A 2WVVB 3ARWA 3BAWA 3GZAA 4IUGA 4AY1A 1A47A 2XFFA 2JEPA 3IJ7A 1LL4A 2J7FA 3WNNA 1FP9A 3WF2A 1GPFA 2WM0A 2EXOA 3VMPA 3CHCA 3FN9A 1ZL1A 1XD0A 3KL3A 3UEQA 1JZ5A 3NDYA 3AHTA 2XM1A 2XVNA 2WAGA 1OB0A 3BAIA 1LWJA 5F7UA 1TFVA 4H8UA 1AQ0A 3ZJ6A 3VKKA 4EKJA 4CN1A 4ZXLA 1CGUA 4AD0A 2YA2A 1CXFA 4QFUA 2AAAA 3K1DA 2XGIA 3THCA 2OSYA 4H7VA 2Y8VA 1E0VA 1WKYA 4F9JA 5M5DA 5A94A 2BY3A 3WSUA 1BFNA 2D24A 4JFUA 1G9HA 2V3DA 4D1JA 1Z32X 5BRQA 1GQJA 1CTNA 3AS3A 1E6PA 1DEDA 4LYQA 2W66A 5JBDA 1OD0A 1GHRA 1UD6A 3ZJKA 1JYNA 1B2YA 1FFRA 3KL0A 3II1A 2YLLA 2O9RA 3SUUA 1HKMA 3ARZA 4P8XA 5I23A 3A4XA 1QI2A 4GQRA 1WNOA 1YQ2A 3M7SA 1D2KA 3T0DA 1BHGA 4WJXA 3NIYA 4A3YA 1O7AA 3WDQA 3OLDA 1ISVA 1UA3A 4GZEA 3DECA 4MB1A 2BNJA 2XWDA 1PBGA 4J3VA 1KWGA 5FL1A 4HPGA 1DHKA 4F9DA 2E0PA 4JKMA 4DWSD 4N42A 1XRVA 2WHMA 4OOZA 1MYRA 1V0MA 1V0LA 2WXDM 4AZ6A 7CGTA 4CCCA 1WAWA 2HVMA 2WVVA 4XZWA 3CHEA 4GI9A 2OSWA 1CGVA 4ATLA 1JDCA 3ARQA 1C3FA 1TA3B 1W3HA 1G1YA 3SCRA 4QCFA 2YDQA 3WMBA 4OBRA 4F66A 1ZB5A 3QOMA 4QAWA 2JIWA 1W3KA 1E0XA 4HP5A 3CGTA 1KQYA 1AQMA 1TR1A 4JZ5A 1HJVA 1J0ZA 2XVLA 4PN2A 2WCGA 3ZSTA 2VJXA 4D6JA 1FH7A 1FP8A 5BXTA 4P8WA 3GNOA 1JD9A 4OIFA 4FK9A 4JKKA 2BV9A 3OGSA 5I3DA 3BCFA 3OZPA 1GJUA 4DWSC 1E5JA 1GNXA 2FGZA 1E55A 2J47A 4S3JA 1XD1A 3ARXA 1KWKA 2WMFA 4MADA 1QI5A 3WNLA 1W9VA 2VL4A 3W26A 4BZYA 1DWAM 2XWEA 4AD2A 1NWUA 1UKSA 4CVWA 4AZBA 4NF7A 1GW1A 3AFBA 3ZR5A 1LF1A 3CO4A 4PMRA 1E4MM 1OGBA 2WMJA 4W87A 1BG9A 1QNQA 4PBGA 1MQPA 2XUCA 3ALGA 3OGVA 1VF8A 3EDDA 4ATDA 2XVKA 1HN1A 1TCMA 1BSIA 5AYBA 5ABHA 3POCA 4M8UA 1HP5A 2J7GA 2CHNA 5LA1A 4BA0A 4MDOA 1CGXA 4AISA 5D9MA 1C7TA 1PX8A 1H49A 3W38A 1XHGA 3M6DA 3UG3A 4Z2LA 4BQ4A 4HTYA 2ZUUA 3VDBA 3WQWA 4GQQA 1HKJA 2VRKA 6CGTA 3I3BA 1EXPA 3A3HA 2WKLA 3FY1A 5C8BB 1FH9A 1SFSA 2DSUA 3ALFA 1NQ6A 1M7XA 1EOKA 1JFXA 1QI4A 1JI1A 5EBAA 2XYLA 1HL8A 1NOFA 2ZXQA 4HA1A 2MANA 3QHNA 1HJXA 4M56A 1XCXA 3WDRA 3K8LA 3KEHA 3ARSA 4E2OA 3MV11 1KB3A 4U31A 5HBFA 4AZGA 4PMYA 1VFUA 2V3FA 5C71A 3ZQ9A 1OM0A 4YHGA 4ACZB 1JZ8A 1CXIA 2Y4SA 4UZUA 2J79A 2DPEA 5HDRA 1B0IA 1HJUA 1N82A 3WF1A 1VIWA 1JZ2A 1J01A 4M82A 2PC8A 1RD6A 1JIBA 1KXQA 3KL5A 3BSGA 1CWYA 2ZOXA 3T0AA 1F4HA 2DSVA 2YL9A 3VD4A 3AYSA 1V02E 1QI3A 3T08A 1WDQA 3NJ3A 4U5IA 2WMIB 4C7FA 5JBEA 4PTXA 5HPOA 3QHMA 3TTYA 2ZUNA 1E5NA 4M80A 2YLAA 1BAGA 1FH8A 1B9ZA 1J12A 3VIKA 3A4WA 3WUFA 1KFWA 3AQUA 5I0DA 1HJSA 3WEZA 2PWFA 3WNOA 1WP6A 4H04A 4QP0A 2WBGA 4W8LA 1I1WA 4TTGA 4D6GA 4X0NA 4UTFA 4E4PA 2X2YA 3TTQA 4HMDA 2XGBA 1UG6A 2G3MA 3AZTA 4KGLA 1UD3A 3AXIA 2G41A 1O6IA 2AOSA 3AHZA 4Z2IA 1L8NA 3VDHA 2A3HA 4D71A 2BHUA 1GQKA 4MAVA 3PTMA 1US3A 4AIUA 2VZUA 4J28A 2YIHA 1H5VA 3MUAA 5JIPA 3ARYA 4JIEA 3WENA 5A6JA 2E8ZA 5GPRA 2FHBA 5A8PA 1EO7A 5DO8A 3L2LA 2DDXA 1PX4A 4CU8A 4PUEA 4DUXA 1G01A 2VX6A 3N13A 7A3HA 1XYZA 4HMCA 3VGFA 3DYMA 2VUYA 4WK9A 3VTRA 4J3SA 1OCQA 3WH8A 1EA9C 3VGBA 4FLQA 3AIWA 2ZICA 4UCFA 3THDA 2BHZA 2BHYA 1OIMA 1UR0A 2V38A 1CENA 3AISA 1C8XA 3GXMA 3SUWA 2DT1A 3AYRA 3WNPA 2CESA 3BSHA 1BYBA 2X09A 3MV01 1MFVA 4HU0A 1QNPA 1WZLA 3T2QA 2ZIDA 1WDRA 4UFJA 1B3VA 1J0JA 2XVPA 2FDMA 1QI0A 2OYMA 3AHYA 1EIBA 5A8QA 2WMIA 2NSXA 1JG9A 3LMYA 3WQ6A 3BAJA 1J18A 4PMZA 2J25A 4CCDA 1H41A 4TTUA 1ECEA 4J3TA 3VD5A 3GBDA 3WH9A 3SCNA 4MAZA 3TA9A 3NSXA 1RPKA 1ISXA 1CEOA 3OLIA 4EK7A 1BTCA 1UR1A 1JYVA 4AWEA 3CUFA 5JUVA 3VIJA 4C7GA 3QR3A 2XJ7A 5A6BD 1BG4A 4LQ1A 3SIMA 1VFOA 4W89A 1R8LA 5KEZA 2A3CA 5BCAA 3UG5A 3WFLA 3PZOA 3TONA 1E6NA 2YL8A 3BCDA 1B90A 2GUYA 1SYTA 1TMQA 1UWSA 5IFPA 2C8NA 2DIJA 2EPLX 3CMJA 3ECQA 4PMOA 1V6UA 3SCWA 1R7OA 2CEQA 3EMZA 4GO9A 4CKQA 3AJ7A 1E0WA 3T0BA 4XB3A 3FNDA 1UWTA 3MMDA 5FL0A 5EFFA 2JF7A 3QGVA 1VB9A 1ITCA 3NSNA 4D1IA 3AMGA 1MQQA 5A2BA 2DQXA 4V27A 3VU2A 4D6CA 1W3LA 1KR0A 1VAHA 3UESA 3WF4A 3MANA 3GXDA 2G4FA 2VZTA 1V03A 3AHXA 2WPGA 3SUVA 1VEPA 3UCQA 1JF6A 3BH4A 4A3HA 2JE8A 4P7NA 2EPNA 1D7FA 1WCGA 2V5DA 4WKAA 2YOCA 1H11A 2J7EA 3JUGA 1LJYA 3VDAA 4WLCA 3PZVA 4M81A 4W88A 4UFHA 4CN4A 3WDHA 4MDPA 2PWHA 2EQDA 2BY2A 2CCRA 3TTSA 1UR4A 5EB8A 2WK2A 3AI0A 4CUCA 1MXDA 5CGTA 3EDEA 2BVTA 2CKSA 1UOKA 1C8YA 3VIMA 4TVCA 1E4IA 1J10A 2VZOA 3MKKA 5HNNA 3CHFA 5GNZA 3VMNA 4LYRA 2VX5A 2BFGA 1ODUA 2QPSA 2XSAA 1PJ9A 1WE5A 1ZJAA 5D9PA 1SR0A 5BXRA 2V3GA 1UQZA 1PX3A 4MB5A 1KR1A 4UZSA 2HISA 3K4DA 4CCEA 2GJXA 2YL6A 3HMCA 3RILA 4KWUA 4CD8A 1DWHM 3GTNA 2EJ1A 3PZUA 1BYAA 2QMKA 2W92A 2ESCA 2ZUSA 3WD3A 2VCCA 3ZJ7A 5BXSA 4D6DA 2VOTA 5AY7A 4IPLA 1ISZA 1KXVA 5ECUA 3LPGA 4KH2A 4W7UA 1JAKA 3UG4A 3APGA 3GDBA 1NP2A 1GOOA 3SCUA 2BY1A 5E0FA 3W29A 4MNKA 1V3JA 4LX4A 1HP4A 1Q6FA 1V3IA 2IXUA 4PTVA 3CZEA 1V3HA 5ABEA 3WQVA 2FHFA 2V5CA 1M01A 1A3HA 5C70A 3GH4A 5BXPA 1PEZA 2WC4A 2RGMA 3CTTA 1PPIA 4MNLA 1UWUA 3GM8A 3OLEA 4JKLA 3U7VA 1CXHA 1CGWA 1CLXA 3K4AA 3ZJ8A 2E9LA 1IZJA 1JL8A 1QOXA 4UQ9A 2DH3A 3AXXA 2CBVA 2D22A 3WNKA 4CD5A 4B9YA 4FF5A 1E73M 2ZX9A 4B3LA 4JAWA 1ESWA 5ABGA 1CIUA 5E6YA 3WQ4A 1DP0A 1J11A 1V6VA 1SMDA 2YKKA 1QHOA 3WF3A 1XH2A 1R7AA 2VVSA 1MW3A 3SCOA 3BAKA 1MWOA 4MPKA 5CPTA 4AD5A 3VNYA 2DSWA 3O9NA 1E15A 1VFMA 2VNCA 2W4XA 1UA7A 3NDZA 1JZ6A 3O2LA 1GHSA 1WZAA 2GJRA 2WMKA 3UERA 2EEXA 1B3XA 2ZXBA 2WZHA 2X0HA 1OGGA 1HVQA 3PZMA 5CPQA 4PTMA 4XX6A 1NOUA 1UR8A 3W24A 4DWSB 4Z2KA 2XIBA 1OGSA 3AZSA 1E72M 1U2YA 2GFTA 3WEOA 5I2UA 4Q7NA 1B3WA 1NWRA 3VMOA 3W4RA 1UD2A 2WVUA 2YDSA 3AIVA 1NWSA 1QNRA 3WH7A 5A3HA 5E0CA 3RM4A 4ML4A 4Z2JA 1MW1A 2W63A 4P8VA 4Z2HA 2JFEX 1VBUA 1BF2A 5D9OA 2C0HA 2DSZA 3AROA 4HOXA 3RJYA 4HOWA 3WNMA 1GUVA 4DUVA 1EO5A 1Q4NX 3M07A 2W91A 2D0HA 2DGAA 1UH2A 1KBKA 3WEMA 1E3XA 2F2HA 1BQCA 1E70M 5HPCA 4CD4A 1E40A 5M17A 1UR9A 2PBOA 2GDVA 2DIEA 3A6OA 2XPKA 5GNXA 1UKPA 1ZJBA 2XFRA 1W2VA 4ACYA 3L4YA 4UOJA 3F5KA 2BVDA 4F79A 3CZGA 3LPPA 4HA4A 3VX1A 3AIBA 4W5UA 1E6ZA 3WBEA 3WDJA 1B31A 5CXPA 3EDKA 1FOBA 4X9YA 3AMCA 5TD4A 4L4OA 1NARA 5LYRA 2UY2A 1W32A 1G94A 5BROA 4U3AA 3POHA 1C92A 1B1YA 3M46A 1UZ1A 3U57A 5DMYA 1TA3A 3GBEA 1WB0A 1W91A 1JDAA 5IFTA 1EDGA 3VPLA 1J0KA 1JXKA 4UQCA 5IHSA 5LA0A 3WD0A 1QW8A 5I5RA 1CNVA 3WMCA 3N12A 1B3YA 5CQ1A 2GK1B 3FW6A 3OB8A 1JYWA 1NP0A 1XYFA 1OIFA 3VVGA 1UQYA 4AZCB 3WIJA 3RM9A 3GXFA 3AIRA 4HZ8A 3N17A 2A3BA 3OBAA 3ZOAA 4XV0A 2BVYA 4AXNA 4WF7A 1C8QA 2OWWA 1JF5A 1HF6A 3ZT5A 4NI3A 2E8YA 4V28A 1CXKA 3ZT6A 4V2XA 1H09A 3ZSSA 1C91A 5A6LA 1MQRA 3WELA 1V08A 3IK2A 3RDKA 5M3WA 3KZSA 2ZE0A 4AYSA 1LQ0A 1E1EA 3O6AA 4RL3A 2PBGA 1CYGA 3FAWA 2NT0A 1UWIA 4TVDA 5A95A 5DFAA 6TAAA 1NOWA 4QCEA 4W85A 1UHVA 4TX8A 1MVYA 2NW0A 4DM1A 4ZE4A 3ZR6A 4PUDA 1M03A 2B31A 2JALA 3TOPA 1K9TA 5CGMA 1R87A 4KRUA 4OUEA 2VI0A 4F8XA 3W27A 3W37A 2EBNA 1W1YA 2OSXA 2CHOA 2CYGA 4B15A 1HXJA 2EO7A 2WKGA 4CU7A 3VD3A 1GJWA 1FA2A 1CBGA 1J0HA 3AIQA 1XV8A 1EHAA 1H4PA 3A4AA 3VGDA 1UWQA 2BY0A 2PWDA 2UY5A 2YL5A 5A2CA 4PEEA 3W25A 3OIHA 5M03A 3EBVA 3IAPA 2WVSA 1W9UA 4EAMA 4PSRA 5E70A 3CUHA 3F5LA 1CLVA 2A3AA 1E71M 1GORA 7TAAA 4AIOA 3AZRA 3IJ9A 1E1FA 3G6MA 1W3JA 4W93A 3DHUA 2GK1A 4AD3A 3WDPP 2GSJA 4KMQA 4ACZA 4WKHA 3PN8A 3DYOA 4LGXA 1AVAA 2VMFA 4HZ7A 4UFIA 4AZCA 1M53A 1OD8A 2J78A 4URIA 4HZ6A 3VDCA 1ODZA 3WQ5A 4GI8A 4U5KA 5CJ5A 1JYXA 3OLGA 1XSJA 1HIZA 3PTKA 5A8OA 4PSPA 4NRRA 1EQPA 3DC0A 5AYIA 4A4AA 3VILA 3BAXA 3RJXA 1BYDA 1EOMA 2CPUA 3VINA 1W9XA 3I3DA 4NRSA 1V0KA 3AXHA 1MXGA 3QHOA 1H1NA 4AZ5A 2WB5A 2Z1KA 2D3LA 2TAAA 3B8SA 4BQ3A 4OJYA 3WUBA 2GJPA 3MUZ1 4BQ2A 4UNIA 1BGGA 3PZIA 1UKOA 1XH0A 2YJQA 1NM9A 1U30A 4LPCA 1IV8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1EDT A;  1Q6C A;  1Q6E A;  4MB3 A;  2WVV B;  3ARW A;  3BAW A;  3GZA A;  4IUG A;  4AY1 A;  1A47 A;  2XFF A;  2JEP A;  3IJ7 A;  1LL4 A;  2J7F A;  3WNN A;  1FP9 A;  3WF2 A;  1GPF A;  2WM0 A;  2EXO A;  3VMP A;  3CHC A;  3FN9 A;  1ZL1 A;  1XD0 A;  3KL3 A;  3UEQ A;  1JZ5 A;  3NDY A;  3AHT A;  2XM1 A;  2XVN A;  2WAG A;  1OB0 A;  3BAI A;  1LWJ A;  5F7U A;  1TFV A;  4H8U A;  1AQ0 A;  3ZJ6 A;  3VKK A;  4EKJ A;  4CN1 A;  4ZXL A;  1CGU A;  4AD0 A;  2YA2 A;  1CXF A;  4QFU A;  2AAA A;  3K1D A;  2XGI A;  3THC A;  2OSY A;  4H7V A;  2Y8V A;  1E0V A;  1WKY A;  4F9J A;  5M5D A;  5A94 A;  2BY3 A;  3WSU A;  1BFN A;  2D24 A;  4JFU A;  1G9H A;  2V3D A;  4D1J A;  1Z32 X;  5BRQ A;  1GQJ A;  1CTN A;  3AS3 A;  1E6P A;  1DED A;  4LYQ A;  2W66 A;  5JBD A;  1OD0 A;  1GHR A;  1UD6 A;  3ZJK A;  1JYN A;  1B2Y A;  1FFR A;  3KL0 A;  3II1 A;  2YLL A;  2O9R A;  3SUU A;  1HKM A;  3ARZ A;  4P8X A;  5I23 A;  3A4X A;  1QI2 A;  4GQR A;  1WNO A;  1YQ2 A;  3M7S A;  1D2K A;  3T0D A;  1BHG A;  4WJX A;  3NIY A;  4A3Y A;  1O7A A;  3WDQ A;  3OLD A;  1ISV A;  1UA3 A;  4GZE A;  3DEC A;  4MB1 A;  2BNJ A;  2XWD A;  1PBG A;  4J3V A;  1KWG A;  5FL1 A;  4HPG A;  1DHK A;  4F9D A;  2E0P A;  4JKM A;  4DWS D;  4N42 A;  1XRV A;  2WHM A;  4OOZ A;  1MYR A;  1V0M A;  1V0L A;  2WXD M;  4AZ6 A;  7CGT A;  4CCC A;  1WAW A;  2HVM A;  2WVV A;  4XZW A;  3CHE A;  4GI9 A;  2OSW A;  1CGV A;  4ATL A;  1JDC A;  3ARQ A;  1C3F A;  1TA3 B;  1W3H A;  1G1Y A;  3SCR A;  4QCF A;  2YDQ A;  3WMB A;  4OBR A;  4F66 A;  1ZB5 A;  3QOM A;  4QAW A;  2JIW A;  1W3K A;  1E0X A;  4HP5 A;  3CGT A;  1KQY A;  1AQM A;  1TR1 A;  4JZ5 A;  1HJV A;  1J0Z A;  2XVL A;  4PN2 A;  2WCG A;  3ZST A;  2VJX A;  4D6J A;  1FH7 A;  1FP8 A;  5BXT A;  4P8W A;  3GNO A;  1JD9 A;  4OIF A;  4FK9 A;  4JKK A;  2BV9 A;  3OGS A;  5I3D A;  3BCF A;  3OZP A;  1GJU A;  4DWS C;  1E5J A;  1GNX A;  2FGZ A;  1E55 A;  2J47 A;  4S3J A;  1XD1 A;  3ARX A;  1KWK A;  2WMF A;  4MAD A;  1QI5 A;  3WNL A;  1W9V A;  2VL4 A;  3W26 A;  4BZY A;  1DWA M;  2XWE A;  4AD2 A;  1NWU A;  1UKS A;  4CVW A;  4AZB A;  4NF7 A;  1GW1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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