3STE | Genus

Total Genus 79

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	79
sequence length	276
structure length	250
Chain Sequence	MDIKINDITLGNNSPFVLFGGINVLESLDSTLQTCAHYVEVTRKLGIPYIFKASFDKANRSSIHSYRGVGLEEGLKIFEKVKAEFGIPVITDVHEPHQCQPVAEVCDVIQLPAFLARQTDLVVAMAKTGNVVNIKKPQFLSPSQMKNIVEKFHEAGNGKLILCERGSSFGYDNLVVDMLGFGVMKQTCGNLPVIFDVTHSLAGGRRAQALDLALAGMATRLAGLFLELHLLEDFLIRIKALDDLIKSQPI

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
molecule keywords	2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
publication title	An Extended (beta)7(alpha)7 Substrate-Binding Loop Is Essential for Efficient Catalysis by 3-Deoxy-D-manno-Octulosonate 8-Phosphate Synthase pubmed doi rcsb
source organism	Neisseria meningitidis
total genus	79
structure length	250
sequence length	276
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date	2011-07-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3steA00

4TMBA 4LRSA 2YXGA 3DFQA 1T0OA 2Y7GA 3MP3A 3HPZA 2CWNA 3N34A 4UNKA 1PHQA 4GRSA 2E5BA 3TMQA 1EP2A 3L66A 3MHFA 1TRIA 4FB7A 2E6FA 1I2NA 4N2YA 3CEPA 3TXVA 5D03A 1ADOA 1KFCA 3HB9A 3INPA 1OX4B 1Q6RA 1OK4A 4RKAA 1JRCA 5AHIA 3PY2A 1Z42A 3W72A 4QIUA 1K7FA 3THAA 3ATZA 4LC8A 2PRLA 3NR0A 4RZ5A 4DPPA 3PM6A 1OX5A 5TIMA 3LCGA 2QKFA 4XZ9A 5KZEA 5KSWA 4ORMA 4WQ6A 4TX9A 3QPYA 1TTJA 3RLVA 1IIHA 4HPJA 5K2ZA 1GTEA 1DV7A 1KM4A 2B4GA 1LOQA 5HJLA 1G67A 2GJNA 1J2WA 3HBLA 1VGAA 1VCFA 3Q58A 1FCVA 5G2HA 4ORIA 1MO0A 1F5ZA 2E5DA 3GDTA 2CFFA 4M6QA 3W86A 4O13A 3NG3A 2X2GA 3PS7A 2VC6A 3PULA 1LORA 2RKXA 5DXYA 1H7XA 2QF7A 3VCRA 2X30A 3MUXA 2C15A 1P4CA 1B4KA 4S2BA 5F2MA 5CSRA 2VFDA 2WSYA 3NQ8A 3I68A 1PCWA 3CB8A 4NNAA 3LCWA 1W5PA 1AK5A 3W7EA 2NX3A 4LNYA 2WNQA 4ADUA 5D2WA 3G0SA 1KLYA 1FWRA 1BKSA 2J9YA 3WJXA 4FNPA 1H60A 2J6XA 4PEKA 2WV8A 2OZ0A 3KFTA 2ZZ5A 4BI6A 1VZWA 3RU6A 3N2XA 4X22A 5KZDA 2A7NA 4AWSA 1NFBA 4XTIA 2R91A 4Y90A 2R14A 2D73A 1IF2A 3PWAA 2F84A 2V30A 1RR2A 4G1KA 2GPTA 1WX0A 4LT9A 2VKZG 1DJNA 2ZRWA 1YDOA 1TPDA 3DAQA 2ZZ1A 3STFA 1FWNA 4NX0A 4AWTA 1KFJA 3FKRA 1QMLA 2JKEA 4O19A 5D2TA 1YXYA 1CX9A 1K7EA 2CLOA 3C8FA 1I2RA 3PBYA 1EP1A 3PG8A 1HO1A 3U6WA 4L4LA 4OWGA 3TNOA 1ICSA 5T26A 2OX1A 3R13A 1JR1A 1U5JA 2QUUA 4HNTA 5F4SA 4YLWA 4UTHA 1ZAIA 1JJKA 1QOPA 1XL9A 4FF7A 2QCGA 5D37A 4XWUA 3S9YA 4YXGA 4X2RA 1XI3A 1JQXA 3A5VA 3NQEA 5EBUA 5I3KA 1IGSA 4CQ8A 4DBDA 3B0UX 1GPWA 3W2NA 4AVFA 4IMFA 2Z1BA 4NX5A 3ATYA 3C2OA 2YW3A 4O18A 3E96A 4Q33A 4BK9A 2HS6A 2ZTJA 1OFBA 4AMAA 1F6KA 3TW6A 1YXCA 3G8EA 3LHTA 3NQ2A 4POCA 1KTCA 5HWNA 1YTEA 5EKYA 1MEIA 1NSJA 1UB3A 3MJYA 2V82A 2QDHA 1W3TA 3ABRA 3UYCA 5CKSA 2Q8ZA 4BI7A 4YCOA 5L9FA 3F4WA 5K9DA 3P5YA 4WX2A 3TH6A 3IIVA 4UFJA 1QWGA 3HG4A 4LV9A 3WFAA 2XN2A 4GBUA 1H50A 1I4NA 1CW2A 3W1PA 5HWMA 3F4NA 3G0XA 3BARA 3ABOA 2C0AA 2NLIA 5EY5A 2F7FA 1TB3A 2JGYA 3M5XA 3LRMA 1T99A 4TU1A 2Y7EA 4CQ9A 4Z1BA 2P1FA 1TPB1 5D32A 1G4EA 4EIVA 4RV8A 2CZFA 3G1VA 4A22A 1SQ7A 5KITA 2ALDA 3GR8A 2C18A 3STCA 2QCMA 2NZLA 2DZUA 3DH7A 1SZEA 5LNUA 1IXNA 1SO3A 3GXNA 3LHVA 3C2VA 2CLLA 3UWVA 2A2IA 2A6NA 1Z44A 2QAPA 1AMKA 5D2YA 1X7FA 3BGJA 4ZZ9A 5K9CA 1SO4A 5U4NA 3ELFA 3I6RA 3P84A 4M6VA 4U4MA 2OJPA 2ABAA 3G22A 3H53A 4O12A 4RXFA 1VCVA 1W5QA 4LRTA 2YR1A 3EEGA 1XBVA 2E5CA 4AAJA 4JS3A 4IXXA 1JCMP 5SWUA 2X1UA 3LOTA 4QITA 4BF9A 2EGZA 1KFKA 2AQWA 3OVRA 3WJYA 3M6YA 3KVJA 4IPJA 1P0KA 3O07A 2VEIA 1C29A 3EWWA 1WBHA 1JVNA 5K4XA 2J27A 1J4EA 3A22A 3PUDA 4O53A 1G7VA 2ISWA 2X1SA 4K8EA 3LCFA 1JCXA 2V5LA 5F2GA 2A1YA 4K39A 1K8ZA 2VXNA 3NQGA 4FNRA 4IMEA 1ZAHA 2Y70A 2Q3RA 1KBJA 3TC6A 5CZJA 2ZRYA 4QNEA 5FF7A 4FNTA 4N4PA 3EX4A 1FCUA 3HF3A 3NL6A 3VE7A 3MP5A 1KV8A 4DO6A 2HS8A 1UUMA 2I1OA 1GZGA 3LDVA 3QM3A 1PVNA 2HMCA 1O60A 4QSHA 3KRSA 3SSJA 3HJZA 4FX7A 3W22A 5EMUA 1OFPA 1TPVA 3RFAA 1DQWA 1S5VA 4DEFA 3I7SA 1TRDA 3M5YA 4LV4A 3THQA 1SW3A 2CLIA 2NX1A 4HT3A 5LNVA 1VHNA 1DJQA 3LXAA 3QQ0A 3W7RA 3G8RA 2TMDA 1W8SA 4Y8FA 1OYBA 1TPC1 3W1AA 3NGJA 2JGQA 3TA6A 1SR9A 5FESA 1LCOA 3A23A 1LOSA 3G1HA 3FEMA 3TC7A 4IX2A 2ISVA 4UMCA 3L21A 4FX6M 5F2LA 5MHBA 4O0KA 4Y9AA 3O1NA 2J24A 3A24A 1IIGA 1ME9A 1GVSA 5AYZA 4LU0A 1UCWA 3PBWA 5AFDA 1Z41A 3LLDA 2ATSA 3IIOA 5G4WA 5LNRA 1TV8A 1SO6A 3PBUA 5G1YA 3S5YA 1U83A 1YDVA 3G1AA 1IXQA 1I2QA 3W1TA 2QDGA 5CPLA 2VFFA 3M9YA 1F76A 4QISA 1PE1A 3S1VA 4O16A 5AC8A 4Z0JA 4Z0SA 5DBTA 3M5VA 5LZLA 3G3MA 3A5FA 5DBUA 2DZSA 4MJMA 2QJHA 2ISSA 4OQVA 1ZFJA 3G1XA 4OU1A 1VHCA 5BOOA 3RF9A 2CZDA 2NUXA 1P0NA 1ZCOA 4IUOA 1LBLA 4JY9A 1UASA 2ZQ0A 5LHFA 1P1XA 3C52A 1KBIA 1HG3A 1UJPA 1XDLA 4PTNA 4ZQMA 3W7IA 5DXXA 1TJRA 1R2TA 4AEOA 3W7GA 4PL1A 4ONVA 2QAFA 5I3IA 3ABQA 3SW6A 4PC8A 3M43A 2OCZA 3P8IA 4QNWA 5DN1A 4E2DA 5G2WA 3C61A 1K8YA 4JTTA 5K7JA 3MBDA 4WUIA 4UC5A 3M41A 1SUXA 4JDYA 2P0OA 1H51A 4N9CA 1ZAJA 3KRUA 2PCQA 5FF3A 3W23A 3R5EA 3TROA 3LHZA 2X16A 2ZRXA 3DENA 2HTMA 2ZZ4A 2DORA 3OBKA 2XFWA 3O05A 4FIRA 4Y6GA 3SGUA 2X1RA 2PURA 3BG9A 3EWYA 3ZFHA 3O6CA 5D05A 3NPVA 4JGDA 5D09A 2QEZA 3MI6A 2FB2A 1XDMA 3GB6A 3GDMA 3IGXA 2UV8G 4O1BA 4NJKA 3GXPA 1VYSX 2QJGA 4JICA 3QPZA 2CW6A 1KV5A 1FCQA 3TKFA 5I3JA 5FF4A 2I14A 5ABTA 3E12A 3DKJA 5AN7A 3UZ5A 2JK2A 2G5WA 4I7UA 1LOLA 4IMDA 5D2VA 2B7PA 5DCEA 1FQ0A 2VFGA 4JTFA 2NXGA 2A0NA 4UTIA 3Q37A 3NQMA 3ZR4A 3FKKA 2VOMA 1D3GA 1OF8A 4QJ1A 1DORA 5A8GA 1HL2A 1XKYA 3NQVA 1GVRA 3V1PA 4UR7A 1TV7A 1KFBA 5AHLA 5G1TA 2PRHA 1FDZA 2Y7FA 1TPWA 4IJBA 1AW5A 2X1TA 1O5XA 3LV6A 3H55A 3DGRA 3NDOA 4A2SA 1WQ5A 4M5PA 2Z2UA 1DBTA 1WDWA 2CLEA 4A29A 4DBEA 3KX6A 3LCIA 2Z6JA 3LTYA 4O10A 4NXSA 1YADA 3KVLA 2TSYA 4LVFA 1NVMA 3KRZA 4KKXA 1XUUA 1Q6LA 4I7WA 4ZL1A 5FF0A 4U28A 3WJZA 4XKYA 5HNRA 1VLWA 5D30A 3NAVA 3TFXA 4UTWA 2CLFA 2YDAA 4A2RA 3DBPA 4CCCA 1DOSA 4Z1DA 1GVQA 6TIMA 4IXHA 4KFOA 1HO4A 1WXJA 1FWTA 4GUIA 1GVOA 3QSTA 2A85A 3FJ6A 4JTEA 1NF0A 4LVAA 2DU2A 2VENA 4NJIA 4LWWA 1L2UA 4TMCA 3N3MA 4LS0A 2YZRA 3I7QA 4UTTC 3NM3A 4K7YA 3WJWA 3G0UA 3S1UA 2A4AA 3KAOA 5CSSA 3HGRA 4FEZA 3TIMA 5BMWA 4DPQA 2V81A 3HOJA 4UFIA 5IBXC 4JEQA 5IM51 5HULA 3NPWA 4RR4A 1GYLA 2OT0A 4O50A 4LC6A 1VRDA 5DY2A 5CPNA 4IOTA 3W83A 1W37A 3BW3A 4UMBA 5G4EA 1G4SA 5I3HA 1LLZA 3W7LA 1B57A 1G4PA 4DQWA 3IRDA 5EYWA 1H7NA 4M7TA 1IXOA 2ZDRA 3W3OA 2B7QA 4ZQPA 1TV5A 2ZRUA 2B7NA 3SIZA 1ZJIA 4LOCA 1QPOA 3LI0A 2FQIA 2Y62A 3P74A 2Y85A 3TQ0A 1VCGA 3OHIA 2V8ZA 5LKYA 4Q32A 1OYAA 2GQ8A 1OK6A 2FIQA 1TTPA 1GG0A 4UFLA 4JIPA 3C2RA 3UXDA 3GVGA 4OHQA 3QSRA 3SI9A 4E2BA 3TK7A 4DELA 3N19B 3EX2A 3W7PA 5CZSA 3LHWA 2V9DA 5F4WA 2DZXA 2YSWA 2FDSA 1RPXA 2NUWA 3P80A 3PSVA 2A7PA 3W73A 1RZMA 3M5ZA 3TSDA 1EWEA 4NUWA 3C2EA 5CZTA 1OFEA 5AYYA 3DI1A 4DF2A 4HSNA 4UTLA 1FY6A 3LI1A 1BWKA 1YLVA 3BW4A 3OVQA 3TUUA 3L0NA 1L6YA 3CLMA 1M7OA 3W2KA 1MEHA 4KFNA 3S8HA 2CZ5A 3TR2A 1QO2A 3HO8A 3W2JA 4HNUA 3P81A 2QUVA 1B3OA 1BWLA 3VFLA 4EOUA 2R8WA 3EX6A 4I9AA 4OBTA 1N7KA 2A21A 5U7SA 3STGA 3QFEA 4TIMA 5G5IA 3BPWA 1RD5A 1RV8A 3U2OA 1W5OA 3NVTA 2OMAA 1SW7A 4DO5A 5J5DA 3JS3A 4JTLA 4ZQRA 1EUNA 3N9RA 1I2PA 4JTUA 3A9IA 2J9XA 1WYIA 2H90A 3W2MA 3IIXA 3RK8A 4R33A 3GDKA 1VS1A 3I7RA 3R8RA 1M6JA 4AWUA 1SSDA 3W7MA 1B9BA 1O95A 3Q94A 1W5MA 3TDFA 3P67A 3S1WA 3LRKA 4WOZA 1FX6A 2G96A 2I9EA 3M47A 4FXRA 4M19A 1EA0A 4RZ6A 2QCHA 1W3IA 3GR7A 3OEXA 4XKYB 2Y7DA 4TR9A 4KFPA 4YWIA 1R2SA 3O6DA 4S2CA 3O06A 4OV9A 2E6YA 1EWDA 4OE7A 1QOQA 1TTQA 2GVJA 3WK1A 2VFIA 3PSWA 2DP3A 4XBSA 2Y61A 1H7OA 3ANYA 4NU7A 5J5RA 1RQHA 4FXSA 5HQEA 1VC4A 4CNPA 3IVUA 3RMJA 1KTBA 2EF9A 4OGZA 1XFBA 1OFDA 2NUYA 3TQVA 3HG2A 4ZMGA 2WNNA 2DZWA 1WBJA 4IGHA 3GNNA 3F1QA 2E09A 3W9ZA 3W88A 1E51A 1ZNNA 4GWEA 3SZ8A 4N4QA 4JTSA 5HUOA 2KZHA 5LGXA 1TPEA 2WQPA 5D38A 3VE9A 4E38A 1LDCA 3QZEA 3NOEA 4P61A 1C8VA 3C2FA 3FS2A 1KFLA 3CWOX 1O5KA 3O16A 2CU0A 1KLZA 1CI1A 6ALDA 3TX9A 4PODA 3DFPA 2DZVA 3QMRA 4HHPA 3KHJA 4GUJA 1GOXA 5BRBA 1PHWA 3EKLA 2VEMA 3UY8A 1EPXA 1VJIA 4XBKA 4PL2A 5KMYA 2FPVA 3LBCA 5D04C 3GDRA 3NPUA 4N02A 4BWLA 1UBSA 2GQ9A 2TYSA 3L5AA 3UPWA 1F74A 1EP3A 2QCLA 3B0PA 1JCJA 3P5ZA 3VNDA 2GVGA 1OHLA 4XTDA 5C54A 3GKFA 3F03K 3MHGA 4JN6A 2JKAA 1W1ZA 1S3HA 1DQXA 5EL1A 3W1QA 2E6AA 4AHQA 3V75A 4IQLA 1ML1A 2DZPA 3T44A 3BV4A 2BZNA 1FDJA 4AB4A 4ALDA 1TQJA 1XBZA 2ZZ7A 1BEUA 3LHYA 3NZ1A 5E0KA 4AXKA 3GIYA 2H8XA 4JX5A 3E9AA 5AHMA 2C6QA 1R47A 2NWRA 1SU5A 3AO0A 5GVJA 4O4WA 5CGQA 1EX5A 3PR2A 4MKNA 3TQKA 4JYDA 3E49A 4UTMA 2CLKA 3L5LA 2DJXA 1F7BA 3MBFA 2NX9A 5A5WA 3USBA 3TW7A 3I65A 5TQLA 1FBAA 3UY7A 3B05A 1H7PA 3NZRA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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