3PAJ | Genus

Total Genus 103

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	103
sequence length	302
structure length	302
Chain Sequence	YFQSNAMKETHNSQDRLAYLKQQLPADITRSVIDTLKEDLGGTLDPAADITASLIPADRISTATIITREAGVFCGQLWADEVFKQLGGQVSIEWHVQDGDTLTPNQTLCTLTGPARILLTGERNAMNFIQTLSGCATATARYVQELKGTQCRLLDTRKTIPGLRSALKYAVACGGGYNHRIGVFDAYLIKENHIIACGGIRQAISTAKQLNPGKPVEVETETLAELEEAISAGADIIMLDNFSLEMMREAVKINAGRAALENSGNITLDNLKECAETGVDYISVGALTKHLKALDLSMRFKS

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
molecule keywords	Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase, carboxylating
publication title	2.00 Angstrom resolution crystal structure of a quinolinate phosphoribosyltransferase from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961 rcsb
source organism	Vibrio cholerae o1 biovar el tor
total genus	103
structure length	302
sequence length	302
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.4.2.19: Nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating).
pdb deposition date	2010-10-19

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01729	QRPTase_C	Quinolinate phosphoribosyl transferase, C-terminal domain
A	PF02749	QRPTase_N	Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3pajA02
3.90.1170.20	Alpha Beta	Alpha-Beta Complex	Aldehyde Oxidoreductase; domain 3	Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal domain	3pajA01

1FCBA 1IXOA 1LYXA 1AW5A 1XM3A 3GDLA 3CWNA 1W5QA 3W85A 3NXFA 4LW7A 1A5AA 3PM6A 1OF6A 1K7FA 4IWWA 1RQBA 3NO5A 5DN1A 1AW2A 1K8ZA 2BWGA 3LTPA 4B5NA 3HPZA 2NWSA 5KINA 1QPNA 5D09A 2ZRVA 4NXKA 3RFAA 3IIPA 2E5CA 2YCEA 3SZ8A 4RV8A 3U2OA 5AHLA 1EP3A 1KBIA 1M5WA 2J9XA 4NJGA 3W07A 5I3HA 3LERA 1KM2A 4IMFA 1QWGA 3QZEA 1ZALA 3IGSA 4AWUA 2ZDRA 3H54A 3DH7A 4O28A 3DFOA 3KXQA 3LRMA 2XN1A 4LT9A 4HPXA 4ALDA 2E68A 3A5VA 5DY3A 1OX4B 2WPBA 3BG5A 1JRCA 4RR4A 1GWJA 4CCDA 2F84A 3S0CA 4OWGA 2FPVA 3NYZA 3TE9A 1K7EA 1V7YA 1OABA 4HNTA 3BO9A 4N2YA 1WAUA 1KFLA 4CNPA 3LV5A 3UWVA 1KFEA 2CLLA 3HG2A 4LWWA 3GR8A 1KFBA 3S5NA 2Q3RA 4O15A 5DXYA 1EB3A 5CPNA 3QPZA 4UFMA 1LLZA 3UWYA 5KZMA 5EA9A 1ZENA 4GUJA 1ZY9A 1TPFA 4R7JA 3NQVA 2YFOA 2B7QA 1AL7A 1S5TA 2ABAA 4FNTA 2YYUA 1DL3A 1L9WA 4KWVA 3UY8A 1MEHA 3W7NA 4MFDA 4CNOA 3W70A 2QDHA 2I14A 3DKLA 3BV4A 4O4VA 2NV2A 3SW6A 1SW7A 3MW7A 3W75A 3WJXA 1JQVA 1X1ZA 4CQAA 3B04A 3HGRA 3WJSA 3KVLA 4L4MA 1OFRA 1KA9F 2ZRZA 3NQ7A 5C55A 2Q8LA 2ZZ1A 3WFAA 2P0OA 3WK2A 3P80A 1P0KA 3L0NA 5DCBA 1OFPA 2YZRA 2RH9A 4OHQA 1RR2A 3Q58A 1QDSA 4WJEA 3TFXA 3W7HA 4NNBA 1VS1A 3O07A 4EIVA 1H51A 2V82A 4A29A 1K3UA 2F7FA 4CQ8A 3MBFA 2CLEA 3DENA 4QM1A 4E0CA 2TYSA 1W5NA 1JR1A 4DXVA 2FTPA 4OBTA 3TSBA 4GUGA 5HQEA 1H50A 3CM4A 5D37A 3IRDA 2YW3A 1W0MA 3W74A 4MYAA 4XBSA 5AC7A 1DQWA 1G4SA 2H8ZA 1KV8A 4WD0A 2QCDB 5CG7A 1VHNA 4IXXA 5DBTA 5HJLA 5LSMA 2ZRXA 2EHHA 4XKYA 4LVGA 1HO4A 4PH6A 4JTGA 5C2XA 5K3VA 1VCVA 3NL2A 4C1KA 4S1FA 1JCXA 4O13A 4ZVJA 2BTMA 4JTJA 1A53A 3L67A 3HPXA 1MXSA 4I7VA 5LGXA 4IQLA 2CZEA 4NJJA 2JKAA 1PL9A 4XWUA 3QW4B 4W9TA 3PG9A 2J9ZA 4UTWA 4XUGA 4Z1BA 3MYPA 1TRIA 3BLFA 4TR9A 1U5JA 3TR2A 3YPIA 1DQXA 4LNYA 3C56A 8TIMA 2QCLA 4CCEA 4UFHA 4UTTA 1EX5A 3ATYA 3M1ZA 4LUJA 3VCRA 3IGUA 3GR7A 1PHQA 1K8XA 2J9YA 3EWBX 4KFPA 4POCA 1Y0EA 2JKPA 5DBUA 4UMCA 3HG3A 4AHQA 2Y7DA 3LXAA 3Q37A 1AK5A 1JRBA 2Z6IA 1LRNA 1GVQA 1SUXA 1DOSA 1GTHA 2DZWA 3FKKA 3GK0A 3TFCA 4MYXA 4UIOA 2V2DA 3EWZA 4X9SA 1C29A 2A7RA 3GAKA 5CPMA 1WA3A 3C52A 4I7WA 3CTLA 1XDMA 4DF0A 3GLCA 3OVPA 3NQCA 4M6PA 3W1LA 2X30A 2E6AA 2Y89A 1QPRA 1FWRA 1R2RA 2FIQA 3UPBA 3GAYA 1L6WA 4JTEA 1I4NA 1N8FA 3CEUA 1H7NA 3PSWA 1L6YA 4UMBA 3OA3A 2Y7EA 4ADUA 1FCVA 4PC8A 2GUUA 4NZFA 2BSLA 2DP3A 4DF2A 1G4TA 1XKYA 3QRHA 3A24A 1EUNA 2A7PA 1TQXA 3IIXA 2CLHA 2R8WA 3NZ1A 5FEZA 3CLMA 2FJKA 1W5PA 4JX5A 3BLIA 2FFCA 1NAL1 1LDCA 1P5BA 3A21A 1HTIA 3KRUA 3FKRA 3NQFA 3UZJA 1LORA 3BW2A 3BK0A 1T96A 2J88A 2V0TA 2YXGA 1LRQA 4AF0B 1H5YA 3MP5A 2EF9A 1SZFA 4O1AA 3ZS4A 2W79A 2Y6ZA 1SZEA 1Q45A 3EKLA 4KFNA 3KRSA 1SSDA 3LRKA 4GNJA 1IIGA 1YXDA 3R8RA 2WSYA 5F4XA 3GNNA 5EMUA 3MWAA 2BXVA 4EOUA 1A50A 5D04C 1TV7A 3M0ZA 4DBEA 5TIMA 4QISA 4ZMGA 3EWYA 4O17A 1JJKA 2ZTKA 1W3NA 3UWUA 2WSRA 4EVZA 4IGHA 3MUXA 5CSSA 3C2FA 3UZ5A 5F1UA 4ZZ9A 1R47A 3QQ0A 4UNKA 2PRLA 1QOQA 2A21A 3T40A 3TAKA 3IIOA 1RVGA 3UYCA 3NDOA 1FWWA 1H1YA 3ABQA 4A21A 1W37A 2NV1A 4FX7A 1RV8A 2E6DA 4BI6A 3B8DA 2CLIA 2YDAA 2ZZ6A 3TC7A 4JICA 3M5VA 5CSRA 4N4QA 4TMCA 2B0MA 2ZRWA 4M6QA 4UXDA 2CU0A 1QO5A 3N9SA 1YDNA 2E77A 1W54A 3M9YA 4JNMA 5D03A 5MHBA 4JDBA 3GXNA 1ALDA 5CZJA 5AHEA 5F4WA 1D9EA 3I7QA 4GFSA 3PR2A 2R91A 4UTKA 3WK1A 2GVGA 3L9CA 3E49A 1HL2A 3HGSA 1ME8A 1DBTA 3LCHA 1MEIA 1H7XA 2ZFAA 2V2CA 4K38A 5HWNA 5FF3A 3MYOA 3E0IA 4RX0A 3NEVA 2DORA 3NPWA 4RZ5A 2HMCA 3LI1A 3NG3A 1UCWA 3N19B 3B03A 1IGSA 4MY8A 1OFAA 3NQMA 1N7KA 1SQ7A 1YADA 1L6SA 3PG8A 5KMYA 3W22A 1AG1O 5FI8A 3NR0A 3MP4A 2E5BA 3P84A 1KW1A 4O14A 3LDVA 1CI1A 1H61A 1OX6A 1TQJA 4PODA 1KTBA 4E2BA 4Q33A 3LX9A 3S5YA 4IUOA 3EX2A 3W1AA 2I9EA 3W23A 2H90A 4H4IA 1TPC1 4ICNA 1W8SA 3RLVA 4JR5A 4N02A 4UUIA 1A5SA 2B7NA 2ZA3A 1JQXA 1KM6A 1LROA 3GZ3A 2QCCA 3CEPA 1B9BA 1FWTA 3Q94A 4AWTA 3FLUA 3G8EA 3M5ZA 3LLFA 1SFJA 1T8XA 5J5DA 4E38A 3RLUA 2JBMA 5KZDA 1NSJA 3G1DA 3OVQA 4LVFA 4WOQA 3ABRA 2VXNA 4EWND 3QMRA 3FA5A 3PY2A 5I3FA 3NQDA 3O6YX 3DI0A 2P1FA 2E5DA 1WBHA 4PCFA 4O4WA 5I3JA 3BGJA 3M44A 2QEZA 3KVKA 4K37A 1TPUA 1NF0A 1K03A 1WV2A 3W83A 2C16A 1KFCA 2OZ0A 3GDRA 4UTWC 3G1XA 2FQIA 3FEMA 4I7UA 4ZL1A 3CT7A 2Q3OA 3GIYA 3W1RA 1H7RA 4MKNA 4RJEA 3V1PA 4K36A 1XC4A 1I2PA 3G22A 1YXCA 3HIJA 1QO2A 4RCXA 2GQ9A 4DBDA 4O8RA 3EXTA 3PUEA 1PCKA 3TCEA 4WX2A 5KITA 3HG4A 4YLWA 1Q6QA 3NL5A 4H3DA 2C18A 3PB0A 1HUVA 1G6CA 4IPJA 4LU0A 1EPXA 1I2OA 4FIRA 5E0KA 3G24A 4X3ZA 5DELA 1PIIA 1OFBA 4YCOA 3L5MA 1ICPA 3W1TA 2WO5A 4JS3A 3L5LA 3LHYA 4RKAA 4LOCA 2W6RA 1SPQA 1RQEA 3S42A 4TO8A 3ELFA 4JGDA 4YWIA 2Y7GA 4HSOA 3UQNA 2QCHA 2YPIA 3GX9A 4UC5A 2C15A 3M5YA 1LZOA 2FPYA 4DPPA 3W7LA 4GXMA 4X22A 1H60A 4GJ1A 4OE7A 4O10A 4JYFA 2AAMA 2QCMA 3R13A 3I7SA 2CZFA 3W7MA 4JY8A 1B4KA 3PWAA 3TROA 3QJAA 3C2RA 3TKFA 3W2LA 1G7VA 5D30A 1VYSX 5AC6A 1NEYA 2HSAA 2Y7FA 4YMZA 4O50A 3G1YA 3SECA 1Q3NA 5AN7A 3GNDA 3QF0A 3HG5A 3TW7A 2XN0A 1AW1A 5G2HA 4HHPA 3EWUA 4LV9A 1FDZA 2J6XA 1NFBA 2C6QA 3IEBA 2VENA 3LHTA 3PSVA 3HPSA 4CNNA 5CKSA 1KFKA 1VZWA 5D33A 1YTDA 4FO4A 1C8VA 1U83A 1FWSA 4JDYA 1ZNNA 3TXVA 4S2BA 3MP3A 4QQ3A 5J5RA 1GVRA 4Y8FA 3LOTA 3USBA 4Z1AA 1E51A 2XN2A 2ALDA 2EGZA 3CHVA 3FJ6A 4GE8A 1UBSA 2A1YA 4KKXA 3DKJA 3EX6A 2IQTA 3I65A 2VFHA 1H7WA 3VKJA 5DCEA 5D32A 1VC4A 1GTEA 1ML1A 4UR7A 3KVJA 3G1AA 4FEZA 4JIQA 4UTLA 3W84A 3P67A 1N55A 4DO4A 1AMKA 4JEQA 4A3UA 3DHDA 3QPYA 1GQNA 4XBKA 3FJLA 1QR7A 3LI0A 5HUOA 2P10A 5I3KA 3HMJG 4ML9A 3AJXA 3UD6A 3FIGA 2EPHA 2ZCGA 3DFPA 1O95A 2WQPA 5CPLA 3CC1A 1GOXA 5LNWA 4HSNA 3TIMA 1LOSA 5LHFA 1ICSA 5DLCA 5FEPA 5AHFA 4NT0A 3SGZA 2LLEA 3P5YA 4AMAA 4Z1DA 1Q6LA 3W7PA 2BZNA 3LHVA 5IBXA 3KFTA 1WX0A 1XUUA 1GG1A 2PE4A 3LCIA 3LHWA 1OK4A 4O12A 4N9DA 3R2GA 2WNQA 5H91A 4XKYB 1YTKA 2G96A 1WOBA 4JN6A 1OX5A 3W2MA 3CB8A 2E6FA 1KM3A 3L66A 4U4MA 2CW6A 2JK2A 4U28A 2ZRYA 1XBXA 4O1DA 4CQ9A 1OK6A 5KTLA 5HR7A 4UTHA 2VFEA 5G5IA 1WOAA 3W88A 3M41A 3LB0A 3LGEA 4ORIA 3TMQA 2OMAA 3BARA 1ZCOA 3D0CA 4Q4KA 1ME7A 4K8HA 3P5ZA 4ADTA 2UV8G 4LS0A 2O7QA 1UUMA 2C14A 1Z42A 3I6RA 4MJMA 4XZ9A 4Z08A 5GVJA 1DV7A 5I3GA 1X6UA 3G0UA 3C2EA 1J4EA 4K8EA 3CIXA 2FLIA 1MO0A 1F76A 5IM51 4N9BA 5FF0A 1H62A 1J2WA 1UASA 1VH7A 4MOZA 3NNTA 4L4LA 4BR1A 5BW6A 4JIPA 1YXYA 4QJ1A 4P2VA 4LVDA 1YPIA 4LUIA 1DHPA 1FCQA 2X1SA 2Z1BA 3FFSA 2QCFA 1B3OA 3NQAA 4PTNA 4FIQA 6ALDA 5AB3A 1FY6A 2QJIA 3W7OA 3W86A 3L0GA 4ZQOA 5LKYA 3CIWA 3TQVA 4CLMA 4ONVA 1UB3A 2GJNA 5G4WA 1LLWA 2YGYA 1TMHA 1KM0A 3O63A 4RXFA 3CPRA 3MHUA 4BFAA 3LCWA 4NJKA 1D3GA 3L65A 2ZZ5A 2VEIA 3EB2A 2PC4A 4NJHA 3ZWSA 5D2XA 3NVTA 3G3DA 1RD5A 4JTHA 5D38A 3OVRA 1IXPA 3S9YA 1A5CA 1TPVA 4RXGA 3E9AA 4C1LA 5E93A 3G18A 2Y88A 3NPVA 3W7CA 4AEOA 4LRSA 4JTFA 3W7GA 1MSSA 3KHJA 3P62A 1C9DA 3FOKA 3MI6A 3W1PA 3WJYA 2ISVA 5D2YA 3W73A 5AHMA 4Z0SA 5FF2A 4LC6A 1IF2A 3IVUA 3EXRA 3TAOA 1DJQA 3GDMA 3SI9A 4Z1CA 4AAJA 3LTSA 4WZHA 3O6CA 3R89A 3MHFA 3VNDA 3C8FA 1GYLA 4X2RA 1M7PA 2ZYFA 3C2VA 3GDTA 1OYBA 4FNRA 4WQ6A 4BK9A 3C0JA 3TMLA 3W7JA 3C61A 4FNPA 4O1BA 4NXSA 3BW4A 3S1WA 2VEKA 4UNLA 3LCGA 1A5BA 1LP6A 4Y6GA 2RDTA 3ABOA 2GQ8A 2C13A 3W2NA 4FHAA 5D02A 2ZZ4A 2Y63A 3W1XA 2ZTJA 2V5BA 2NX1A 1KM4A 4AHOA 1GG0A 5BNKA 3DI1A 3P7YA 2B7OA 4JY9A 3W71A 1ZAHA 4O1CA 2JKEA 1J5TA 1ZFJA 2WNZA 4DF1A 3SSJA 2VC6A 1OF8A 1LOLA 4TIMA 4HKPA 3EKZA 5TQLA 4O11A 3AO0A 4MZYA 2I1OA 4M7TA 3CWOX 1TB3A 4RZ4A 1QAPA 2WJZA 5AFDA 4XTIA 3F1QA 1GVFA 3TUUA 2GJLA 3L0KA 5F2MA 2PURA 3TXZA 1O5KA 3W2UA 1TTPA 5F4SA 2QJHA 5KSWA 3P8IA 1G67A 1KTNA 1TTIA 2C0AA 1HG3A 3HF3A 1F5ZA 1I45A 2OT0A 2H6RA 1T0OA 4NX0A 2Z6JA 3PBUA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3GBD A;  2ZRU A;  4Q3M A;  4DEF A;  3M0M A;  5HQM A;  1M6J A;  3B0U X;  4Q32 A;  4AVF A;  1X8F A;  4XZM X;  1LRT A;  1FA2 A;  1ITU A;  2WZI A;  3MB9 A;  2PDJ A;  3NVD A;  4IID A;  1RHC A;  3FA3 A;  3IIV A;  4H6K A;  4XIM A;  1HZY A;  2E09 A;  3W1U A;  2J7B A;  3VE7 A;  3JRK A;  4UOJ A;  1EF3 A;  3N9R A;  3NQ2 A;  4RPP A;  1ECQ A;  1H7O A;  1ZGD A;  3R94 A;  4RZ6 A;  1VDV A;  3D3F A;  1EBH A;  2HDJ A;  3QW3 A;  3AS0 A;  3NOE A;  2WMI B;  1JCN A;  1P48 A;  3NFU A;  1W32 A;  3V0U A;  3LPO A;  1BRL A;  3AMZ A;  3GXP A;  3MMD A;  5EU9 A;  2XSA A;  1OM0 A;  1L6G A;  4B9Z A;  1E70 M;  4R88 A;  4M6V A;  3QLD A;  4IMC A;  3ZMR A;  3CAK A;  4LUY A;  2OB3 A;  3THA A;  3LRL A;  2IPG A;  5FL1 A;  4HZ8 A;  1FX6 A;  3EX3 A;  1YYA A;  5F2L A;  1FIQ C;  4OTK A;  5CGT A;  3LNM A;  1KCX A;  5CLT A;  5KZE A;  1SIJ A;  4EX4 A;  3RK8 A;  1H0G A;  1E1F A;  1GJU A;  4IF2 A;  4US5 D;  4UOZ A;  4H9U A;  2VWS A;  2G3I A;  6REQ A;  2VX5 A;  4LUT A;  2WVT A;  3TEV A;  4OU1 A;  5JBF A;  1RSC A;  1NH6 A;  4JBR A;  1FBA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3PAJA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations