2C13 | Genus

Total Genus 123

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	123
sequence length	333
structure length	331
Chain Sequence	FTPANRAYPYTRLRRNRRDDFSRRLVRENVLTVDDLILPVFVLDGVNQRESIPSMPGVERLSIDQLLIEAEEWVALGIPALALFPVTPVEKKSLDAAEAYNPEGIAQRATRALRERFPELGIITDVALDPFTTHGQDGILDDDGYVLNDVSIDVLVRQALSHAEAGAQVVAPSDMMDGRIGAIREALESAGHTNVRVMAYSAYASAYYGPFRDAVGSASNLGKGNKATYQMDPANSDEALHEVAADLAEGADMVMVPGMPYLDIVRRVKDEFRAPTFVYQVSGEYAMHMGAIQNGWLAESVILESLTAFKRAGADGILTYFAKQAAEQLRR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	DELTA-AMINOLEVULINIC ACID DEHYDRATASE
publication title	Probing the Active Site of Pseudomonas Aeruginosa Porphobilinogen Synthase Using Newly Developed Inhibitors. pubmed doi rcsb
source organism	Pseudomonas aeruginosa
total genus	123
structure length	331
sequence length	333
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.1.24: Porphobilinogen synthase.
pdb deposition date	2005-09-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00490	ALAD	Delta-aminolevulinic acid dehydratase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2c13A00

1VPXA 1FX6A 1W5NA 3W7EA 4K36A 2RHGA 1D9EA 2DORA 3W9ZA 2YX0A 3O06A 3MI2A 1XBYA 2QAPA 2W0UA 4UFHA 3G3MA 1GYNA 2GPTA 4UTKA 3N34A 1KTCA 3GDLA 3TW7A 3NPUA 2QDGA 3PF3A 1KTNA 5K4ZA 3NQ7A 4JR5A 1TPVA 4IGHA 3B06A 3S8HA 5HQEA 4UR7A 5FF2A 2Q8ZA 4MZ8A 2DU2A 2X1SA 1JCNA 3VI2A 3W73A 4YCOA 3FKKA 3P60A 3QF0A 1VYPX 4DELA 2C16A 2NLIA 4JTHA 4E2DA 3BW2A 3C6CA 3W7IA 4N02A 3BPWA 5DBUA 1MSSA 4O57A 4H6KA 3EXTA 4UTWA 3UNDA 3TXVA 3LV6A 5HWNA 2NXGA 1NEYA 1TPH1 3EXSA 4BI6A 3IGUA 4MUZA 3WFAA 3KRUA 1FXQA 2JGQA 1IGSA 3C2FA 4UTHA 1HFBA 4BFAA 3RMJA 2FTPA 4RCXA 4AWUA 3NG3A 3UWUA 3R12A 2XFWA 1RVGA 1TB3A 1OFQA 5KZMA 2ISVA 4K38A 1TMHA 3ZS4A 4QISA 3NQGA 2ZZ2A 4AHOA 4ADSA 3PY2A 3UWWA 3THAA 2RFGA 1JCYA 1Q6OA 4AWTA 2NWRA 2J24A 3ATZA 3TJXA 3IVUA 1KM1A 1ME7A 1VH7A 1H50A 1C29A 1OFAA 2XN2A 4HN4A 2RKXA 2R94A 4HSOA 3N19B 3GDTA 1XBZA 2J6XA 3QRHA 2QJHA 4LRSA 1TTPA 4JD4A 2E1DA 1UUOA 3IVSA 5CSRA 3R5EA 5CPMA 1EIXA 2BZNA 5FEZA 3L5MA 3UXAA 3KAOA 3AJXA 3WJYA 3C3NA 3FKRA 4ZQPA 4MOZA 1ZAJA 4RZ5A 2FB3A 3GYEA 1ADOA 3F03K 4N6EA 1FCBA 3DFPA 4JN6A 2ZTKA 3G1FA 4FNSA 1OG0A 4U28A 4KFPA 1K03A 1FWNA 3IIOA 4Z0SA 4DF1A 4NJHA 1YXYA 3NDOA 3W1XA 1JCMP 5K2ZA 1L2UA 2QUVA 2FPYA 3O63A 3KVMA 3BARA 2LLEA 3CWOX 1RPXA 3FOKA 1CX9A 5BNKA 1KM2A 2X1TA 3BVJA 1YDNA 1UB3A 5G2HA 1XL9A 1QDSA 4MIMA 3JR2A 4WJEA 2VKZG 5HULA 3HPXA 1SZFA 3DFNA 1WA3A 4Q33A 2AAMA 1F76A 3GVGA 3G22A 4MVAA 4XZ9A 2PURA 5D30A 2HTMA 2GUUA 3Q2DA 4MZYA 1VCGA 3LHWA 4OWGA 3T7VA 1U83A 5F2IA 1WBJA 5G5IA 2QDHA 1FWSA 4MPQA 5FEWA 3HG4A 2VEPA 2E5DA 1Z42A 5BRBA 3MP3A 3EKZA 4ZVJA 2UV8G 4JIQA 2HMCA 1IXQA 1TTIA 2Y7GA 1T8XA 4GBUA 5HUOA 3PULA 1QOPA 1LOSA 2ALDA 4O28A 2QCDA 1LBFA 5H91A 1QPNA 1FQ0A 3DBPA 5F2GA 5EMUA 2QF7A 2WSQA 3TKFA 3LXAA 4JTEA 1V7YA 3MYOA 2J27A 1FDYA 1KFLA 2BLEA 3BG5A 1QCWA 4M6VA 3EWWA 2OX1A 5D09A 4LRTA 5KSWA 3HMJG 4OHQA 3TC7A 4WY0A 2X30A 2WKJA 2J9YA 4QJ1A 3IRDA 3N2MA 3C2VA 2WV8A 4NUWA 1QR7A 4JX5A 5AYYA 1O5XA 4DXVA 1QWGA 2VEKA 2ZYFA 3IV3A 3L65A 1VC4A 2Y85A 1HL2A 4PEKA 1DOSA 3L0GA 3LHZA 1H7NA 2NUXA 5DELA 4LNYA 5AB3A 5I3GA 1AW5A 4JTGA 4FX7A 2V9DA 1TREA 3WJXA 1EPXA 1KBIA 3LRLA 1LROA 3M44A 4UTMA 2W79A 4WOZA 1W54A 4GUJA 2TPSA 3KRSA 3OIXA 2TRSA 2AGKA 5K3VA 2ZRZA 4RJEA 4BI5A 3HPZA 1EUAA 2DZVA 2QCMA 2I14A 1LORA 3BW3A 3GXNA 1S5VA 5BOOA 3M1ZA 1TJPA 1YPIA 3MUXA 2ZRVA 3FFSA 4WZHA 3YPIA 1LLWA 3N9RA 3LI0A 2C13A 4OV4A 2JGYA 2VC6A 1JCXA 4N9BA 2PCQA 3G1HA 1K7XA 4UNKA 3IIVA 3HF3A 1Z48A 1A5AA 3PAJA 1WAUA 4I9AA 4JTIA 3ANYA 1HO1A 1PS9A 3N9SA 1OVDA 4FHAA 1F73A 3STCA 1GJPA 3LXCA 1JUKA 1SW7A 2GVLA 2Y7FA 3VCRA 3VNDA 1XDMA 3U8GA 3W72A 4IPIA 1GTEA 2ZZ6A 3SECA 2VFHA 1A5BA 5FF0A 3TFCA 2C1HA 2O7SA 3MHFA 1M7OA 5D2VA 5AHFA 1R47A 1GVRA 4HIBA 3WJWA 4FB7A 2Y63A 3W87A 2VFGA 4FNTA 4MY9A 4I7WA 3W23A 1I2QA 2ABAA 5AYXA 1OFRA 1OX4A 4ZL1A 5DBTA 3W7OA 3PBWA 3D0CA 3I65A 4WQ6A 3W1PA 5D33A 1UJPA 1H7OA 3LCIA 5G2WA 1GG1A 4YCPA 1BWKA 2V2HA 1TYGA 3G3DA 4QAIA 5I3FA 3HBLA 2VFDA 3LTPA 4O4VA 3M5YA 1IF2A 4N2YA 3MW7A 1D3HA 3NNTA 1OFBA 2E6FA 1OF6A 1G4EA 3W75A 1PCKA 3QEZA 1F6PA 1VCVA 4JICA 4RR4A 2NUYA 4M7TA 3LDVA 3M0ZA 4L4LA 2BTMA 4O8RA 1GYLA 3GX9A 3DAQA 1TQJA 4FIQA 1LOQA 5HMSA 3W85A 4KKXA 1DKWA 3LRKA 3W2NA 5DCEA 4OV9A 4RZ4A 3LM7A 2QEZA 1OFEA 5D2YA 3PSWA 1GVQA 1KLZA 5DXYA 1GEQA 2A4AA 4DO6A 2DZPA 1CW2A 1KTBA 4E2BA 4Z1AA 5LGZA 5G1YA 3DZ1A 4H4IA 4K6AA 1PL9A 1G7VA 1KFCA 2GOUA 5G4EA 2H8XA 3MP5A 2PC4A 3UPWA 2YCEA 4M5PA 5CG7A 3N2XA 2WOQA 5FF3A 3SZ8A 1IXOA 4M6QA 3KOFA 2V30A 5EPDA 2F84A 3MHGA 4OE7A 4L4MA 3L0KA 2Q3RA 3FEMA 2EF9A 5LNRA 4WOQA 1Q45A 3LTSA 5MHBA 4NVTA 3UWQA 1KFBA 1WX0A 2TSYA 1OJXA 1R2RA 4ADTA 2CLMA 3LBCA 3A23A 3GAYA 5C2XA 1FCVA 3CEPA 4E0CA 2ABBA 1BTMA 4W9TA 3HGSA 1VRDA 1XI3A 4LS2A 4O14A 4LW7A 1M6JA 1QNVA 3N73A 3HGOA 5CSSA 4UTUA 2ZRYA 4EF9A 4PL2A 3H53A 5DXXA 3BLIA 3OEXA 3VKJA 3T40A 2W6RA 2QCGA 3O15A 1AW2A 2QCCA 3VE7A 3NQFA 4A2SA 5D02A 2TMDA 4ZZ9A 2G97A 3LBMA 1PHQA 2Y88A 3GNDA 3LX9A 4Z0JA 4WXZA 2HS8A 1XFBA 1T0OA 1KFKA 3W7MA 5LSMA 4JY9A 3W74A 3W07A 2FPTA 1FDJA 3C8FA 2H6RA 3NPVA 3MBFA 5CZ0A 3CLMA 1Q3NA 5AFDA 3NQ2A 1NFBA 3TMLA 3LLFA 1TPWA 1UBSA 4O19A 2CLEA 4IMGA 1I45A 3NZRA 3CB8A 3G0SA 1LM1A 3SIZA 2V0TA 3W1UA 5KTLA 2GQAA 3L66A 2QKFA 3NPXA 2X1UA 1EUNA 2EGZA 1QO2A 5HNRA 1RD5A 3QW4B 3TXZA 4MLRA 3C2RA 2JKPA 4K7VA 1QOQA 4R33A 2E5BA 3SI9A 5I3IA 1WV2A 4O1AA 3UZJA 1UCWA 3O1NA 3W3OA 2ZZ4A 4MYAA 4P2VA 2YFOA 2H8ZA 4MZ1A 2VOMA 5IBXC 4PL1A 3UZ5A 1RV8A 3B05A 3DKJA 1OX5A 1L9WA 1WYIA 1AL8A 3W7RA 1TV7A 3W7PA 2PRHA 4UTIA 1BWLA 1HG3A 4MFDA 1TIMA 3PG9A 4GXMA 1AL7A 3Q58A 3TQVA 1RQHA 5D2XA 4EIVA 3G0UA 5HUPA 3SSJA 1B9BA 2OJPA 3LTYA 5F4XA 5ABTA 4NNCA 2C19A 3NAVA 5D05A 3E02A 3W7GA 4UIOA 2CZFA 4EOUA 2HSAA 5HWMA 3PSVA 1NVMA 4IX0A 1W5OA 1F74A 4C1LA 3PM6A 3R13A 4ONVA 4Y8FA 4B5NA 1G7UA 4N9DA 3M43A 4O0KA 3B03A 2EKCA 3DI1A 3TDFA 5KMYA 4NZJA 2F7FA 1JCJA 3W1QA 2R91A 2ZA2A 2P1FA 3BV4A 1KM5A 1PV8A 1ZY9A 2FQIA 2Q8LA 3G1SA 4IMCA 1W3NA 3NVTA 2CZ5A 4YLWA 3W2JA 2R14A 3KRZA 2J9XA 1R46A 1VCFA 1QO5A 3W1MA 1I2OA 4IXHA 1ZHAA 1L6SA 1YTDA 4PODA 3G1AA 4X22A 4EVZA 2NXIA 5AYZA 3R89A 1P1XA 2A0NA 1FUYA 1LYXA 5AHLA 2B7PA 3SGZA 3M41A 3NQDA 1EWEA 3TFXA 4WXYA 1SR9A 3S1VA 2CZEA 1OYBA 2ZA3A 1F6KA 1R2SA 4OU1A 3C2EA 4JGDA 1M5WA 3LHYA 1O94A 2QR6A 3Q94A 4O18A 5I3HA 4KFOA 1LCOA 3PUEA 5U4NA 1FCQA 1OFOA 1ME8A 2NX9A 4JTFA 2NWSA 3VE9A 2R8WA 5G4WA 1DVJA 5GVJA 1TTJA 4ZQNA 4HNTA 1PE1A 3SW6A 1MEWA 1B57A 1RR2A 3STFA 3LCXA 4FNPA 1S3HA 3GDRA 4LU0A 5AHEA 7TIMA 3O6CA 4PC8A 2ZTJA 3QYQA 2C14A 3MO7A 1WOAA 1KM6A 1L6YA 1N55A 4UTJA 2YZRA 5BW6A 4O16A 1DBTA 4RXGA 4LS1A 3LV5A 2RDWA 1EP3A 1QPRA 3OVRA 3M5VA 5G2IA 1KW1A 3BK0A 3MBDA 3GK0A 3GKAA 3N14A 4PTNA 4C1KA 1W8SA 3LCWA 2Z6JA 5F1UA 1K3UA 4RXFA 3TR2A 3IGXA 3INPA 1HUVA 2V2DA 3WJSA 4O0ZA 3S42A 2YGYA 2GVGA 3TSDA 3UXDA 2G96A 3W83A 1ZENA 4M19A 4X2RA 3P5YA 1NSJA 2ZRXA 3PUOA 4IWWA 2QUUA 4ICNA 3W2UA 1I4NA 1YLVA 1W5QA 1YDVA 4EWND 3ATYA 3TE9A 4AMAA 4O1DA 4NX5A 4RK8A 4HNVA 3QW3A 3MI6A 3BG9A 3H54A 2P10A 3USBA 1DV7A 2PE4A 3NQ6A 3WK1A 3GKFA 5DY3A 1WOBA 3WJZA 3P62A 4O10A 5U7SA 3GZ3A 4UXDA 3ABQA 3NQ8A 3P61A 1IXNA 1XUZA 3L5AA 1JULA 1H1ZA 3EX2A 2FIQA 3O16A 3LCLA 4Q4KA 4DBDA 5F2MA 4LUJA 1DQXA 3CEUA 4DPQA 2H3DA 1IIHA 3QSRA 3CU2A 2VELA 3PVFA 2AQWA 4HSNA 1IIGA 4NQ1A 4NJKA 4JDYA 3C52A 3M9YA 2OT1A 4Y6GA 2HS6A 3DFSA 2VEIA 4JIPA 1GZGA 2QAFA 1A53A 2EAWA 5CGQA 3TSBA 1KM0A 4MFEA 1AG1O 1YTKA 1J2WA 3T4CA 1AW1A 1X7FA 1I2NA 4NXKA 3B4UA 1DQWA 2A7PA 4DO4A 4JDBA 3C4UA 3ZWSA 4O15A 2GVJA 5TQLA 2ISSA 2Y89A 1SFJA 2C0AA 2Z1BA 2ZZ1A 4ORIA 5LNVA 4UNLA 3O6YX 1EP2A 3G24A 2DZUA 3EKLA 3ABRA 4FEZA 1TPEA 2ZDRA 3G8EA 3P80A 1W3TA 1X6UA 3E49A 3DHFA 1TPB1 3PR2A 1JQVA 3R2GA 5TBOA 4DQWA 1ZCOA 1XKYA 3UWYA 1B4EA 5LZLA 5C54A 5CZTA 3BLFA 3QZEA 1FXPA 4JYFA 2DZSA 3L21A 3GXTA 1ICQA 4CQ8A 5HR6A 3STGA 4LTSA 4BK9A 1SO6A 4O11A 3G1YA 2Y6ZA 1ZAHA 2E6YA 4O12A 3BO9A 4NNAA 3TUUA 1F7BA 4O54A 4LVAA 5KITA 3U6WA 2NV2A 5E1QA 1JRBA 1P5BA 3A24A 3HG2A 3IEBA 5DCBA 4ORMA 4XTDA 1W1ZA 1PIIA 1I2PA 1LZOA 3OBKA 4CCDA 1ZFJA 3S5YA 1DJQA 4TO8A 1Y0EA 4A3UA 3PUDA 3EB2A 1XCFA 5TIMA 1OF8A 1GVSA 1JUBA 1K8YA 1T96A 2FFCA 3I68A 5AHMA 3B0UX 3L2IA 5D37A 3PS7A 1SO5A 3IIXA 4YXGA 4WY0F 2H3BA 4K8HA 4O1CA 1GTHA 3KXQA 3HOJA 4R53A 4Y90A 1GVOA 4ADUA 1LDCA 4GUIA 4XUGA 1QFEA 4O50A 3W7CA 8TIMA 3LERA 1K8XA 3M5ZA 5D32A 1LOLA 4JX4A 3TAKA 3LGEA 2V82A 3HQ1A 3NA8A 2B4GA 3QMSA 1AMKA 1ONRA 2NZLA 1K7EA 4AB4A 2FJKA 3DHDA 2QCEA 3NM3A 3DGRA 4DBEA 1G4TA 4BWLC 1R30A 3W71A 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4N6FA 1DHPA 4UFKA 3NO5A 3U2OA 3KVKA 2YSWA 4YWIA 3UYCA 3P84A 4RKAA 5IM51 3NPWA 3QJAA 2E5CA 3TC6A 1YDOA 2NXHA 2NUWA 4AAJA 1LLZA 2E6AA 4KWWA 1K8ZA 4RX0A 4FIRA 5AOUA 4GJ1A 4OQVA 5E0KA 1F5ZA 1WQ5A 3HG5A 3UD6A 3P82A 1RZMA 2DZTA 5K9CA 1XDLA 3THQA 3TAOA 1EEPA 4QNEA 2A1YA 1GQNA 4LOCA 4I7VA 1YADA 2C18A 3QMRA 3W70A 1Z41A 2C6QA 1P4CA 2RDUA 3DH7A 1VJIA 4JEQA 1MZHA 4DEFA 1LRTA 3W6YA 4GNJA 1P0NA 3KHJA 3KX6A 4U4MA 2B7NA 3LHVA 1XXXA 1VHCA 2OZ0A 3MP4A 1PVNA 3UY8A 4LV9A 3GXPA 3OA3A 3N3MA 3P8IA 5D03A 1G6CA 3ZWTA 3W1LA 2Z0IA 4S2CA 3GIYA 3S5OA 4ZQMA 3NL2A 4AHQA 1S5WA 4PCFA 3M47A 2ZBTA 5F4WA 4JTTA 4AXKA 4MLJA 3CT7A 3FLUA 4HKPA 1K02A 4UTLA 4NT0A 3G18A 4BI7A 4FXSA 6ALDA 1THFD 3CWNA 4XTIA 2CLIA 4GUGA 2OCZA 1VQTA 3QPYA 4DF0A 1H7PA 3G1XA 1M7PA 1SO4A 3W76A 5K9DA 1JJKA 1HTIA 2OMAA 4CCCA 1H7XA 3C56A 5EA9A 4GRSA 4JS3A 2YYTA 3E0IA 2CU0A 2XN1A 4N4PA 1H1YA 4MKNA 3M16A 4AHPA 4XQ6A 5HWJA 3QH2A 4XWUA 3BGJA 5C6MA 2WQPA 4LVGA 1V5XA 4H3DA 2CFFA 5LHFA 2H90A 1C8VA 1W37A 4I7UA 4UTTC 3PBUA 3NQVA 2YPIA 3HG3A 2JK2A 3TX9A 5G1TA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2C13A

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