2WMF | Genus

Total Genus 206

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	206
sequence length	555
structure length	555
Chain Sequence	VQMRTTINNESPLLLSPLYGNDNGNGLWWGNTLKGAWEAIPEDVKPYAAIELHPAKVCKPTSCIPRDTKELREWYVKMLEEAQSLNIPVFLVIMSAGERNTVPPEWLDEQFQKYSVLKGVLNIENYWIYNNQLAPHSAKYLEVCAKYGAHFIWHDHEKWFWETIMNDPTFFEASQKYHKNLVLATKNTPIRDDAGTDSIVSGFWLSGLCDNWGSSTDTWKWWEKHYTNTFETGRARDMRSYASEPESMIAMEMMNVYTGGGTVYNFECAAYTFMTNDVPTPAFTKGIIPFFRHAIQNPAPSKEEVVNRTKAVFWNGEGRISSLNGFYQGLYSNDETMPLYNNGRYHILPVIHEKIDKEKISSIFPNAKILTKNSEELSSKVNYLNSLYPKLYEGDGYAQRVGNSWYIYNSNANINKNQQVMLPMYTNNTKSLSLDLTPHTYAVVKENPNNLHILLNNYRTDKTAMWALSGNFDASKSWKKEELELANWISKNYSINPVDNDFRTTTLTLSGHTGHKPQINISGDKNHYTYTENWDENTHVYTITVNHNGMVEMSI

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
molecule keywords	FUCOLECTIN-RELATED PROTEIN
publication title	Differential Recognition and Hydrolysis of Host Carbohydrate-Antigens by Streptococcus Pneumoniae Family 98 Glycoside Hydrolases. pubmed doi rcsb
source organism	Streptococcus pneumoniae
total genus	206
structure length	555
sequence length	555
ec nomenclature
pdb deposition date	2009-06-30

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF08306	Glyco_hydro_98M	Glycosyl hydrolase family 98

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.60.220.10	Mainly Beta	Sandwich	Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3	Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal	2wmfA03
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2wmfA01
3.30.2330.20	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	arginine biosynthesis bifunctional protein fold	family 98 glycoside hydrolase	2wmfA02

3LPPA 2DEPA 2EPOA 4DUXA 4UQBA 1UKSA 1EOMA 2JF6A 3N9KA 1W91A 4CU8A 1E1FA 2GVYA 5ABFA 2GFTA 4WIWA 1F4AA 4CD5A 2J4GA 4PYSA 2MANA 3WENA 1ISYA 1SYTA 1EQPA 1J11A 1YQ2A 3ARWA 4HOZA 1GVYA 3PTKA 1G94A 1LWHA 2VUYA 3AROA 2YDQA 2X2YA 2WMJA 2EJ1A 3SCVA 3VNZA 5D9MA 4W7UA 4PMYA 3WD4A 2PWGA 4W85A 4HMCA 2W91A 1WDPA 3ZJ8A 4D71A 4U2YA 4AIOA 5D9NA 1HKJA 1GZJA 3W53A 3GH7A 1EIBA 2BHUA 2V5DA 3AOFA 2BVYA 1K9TA 2E40A 2O9PA 2A3HA 1I1WA 2OLHA 3K8MA 1EDGA 1KGUA 1XSKA 1HXJA 4FK9A 5A6BA 3RJXA 3WFLA 2YA0A 3BC9A 3OLIA 1ZB5A 2D2OA 3OLEA 4CCDA 3ZQ9A 1HMUA 1KCKA 3RM8A 3HMCA 3WQVA 3WEMA 1VEPA 1ZL1A 1CWYA 1UZ1A 1QBAA 4V27A 1TMQA 1I1XA 3SCNA 4MB5A 3WUGA 4Z2GA 3DHUA 2UY3A 3N15A 4UFJA 3NSXA 4LPCA 2DSUA 2G8ZA 4WJXA 1PZ2A 1H11A 2D20A 4TUFA 2YDSA 4F9DA 3HJEA 1JYWA 4AW7A 2PBGA 1E43A 4H41A 1E71M 3U7BA 2CITA 2WHKA 4WK9A 1L0PA 4W93A 2HVMA 3BSHA 2WWDA 2VZTA 3VD7A 1RWCA 1OM0A 2XWEA 3F4VA 5CQ1A 1VBUA 4N0RA 4J3SA 3DC0A 3KL0A 3AZTA 2Y4SA 1EXPA 5A6JA 1EDQA 2PWHA 4U5IA 2TAAA 2Y8VA 2CKRA 1CLXA 2GUYA 2A3AA 1OGSA 1US3A 3AIQA 1W1PA 5I78A 4D6EA 1JD9A 3AISA 1NWUA 1NH6A 1NOWA 1SFSA 3TOPA 3OB8A 1V02A 3CBWA 1WB0A 5FL1A 3WF4A 3MUAA 3D3AA 1HM3A 4PMRA 3QHMA 2ZX8A 1JAKA 1BFNA 2YL6A 4AZHA 4MNMA 2BVTA 1KXTA 3W6LA 4W87A 4DUVA 3WF2A 4D6HA 1K9DA 5CGTA 1ISZA 1RP8A 4M29A 5I0DA 3UG3A 3THCA 5A95A 3L4XA 4H8HA 4AZCB 2FDMA 1UKPA 5CJ5A 3IK2A 3M7SA 2RGLA 3FN9A 1E4MM 1H3GA 3VGEA 1CENA 2NW0A 1OT2A 1N7RA 3WD2A 1V0MA 3WQWA 5DT7A 1M7XA 2D3NA 1W32A 3T2OA 1V0KA 1OJPA 2GJXA 1H5VA 2EPKX 2NT0A 1LQ0A 1HVQA 1WZKA 4UOZA 1BGAA 1X1NA 1XSJA 4MNLA 4F9JA 4MNJA 2DT0A 1V03A 4GIAA 4GZJA 3OGSA 4RE4A 3HU7A 4GQRA 4DWSD 4AZ5A 4UQDA 2Y24A 1H1NA 2VI0A 1XH2A 3IANA 2OSYA 3VKKA 1BYBA 1W9BM 2J75A 1UR0A 3VIIA 3B9AA 1VEOA 3DECA 3ZJ7A 1AVAA 2ZWYA 3VMNA 3NYDA 1U33A 5HNNA 3SEPA 1JL8A 4IM4A 2GK1B 4PMNA 1UA3A 2JIWA 3WNNA 4EAMA 3VIKA 3VNYA 3MANA 4YHEA 4ZE4A 3WQ4A 2EQDA 3PZ9A 2YJQA 2Z1SA 1V3HA 1G1YA 3W6MA 4W5UA 3AS0A 2DGAA 1BYDA 3WNPA 3MUY1 2J7EA 3CZKA 1GOMA 1H0IA 1N82A 1ODUA 3ARPA 3WBEA 1UKTA 2ZXBA 1VFMA 1GQLA 3KZSA 1GUVA 4AD3A 2OSXA 3PZUA 1V6UA 5ABHA 1JF5A 5JIPA 3VDCA 1WKYA 1IV8A 3PZMA 3VGGA 3BAWA 2WVVB 2X05A 3TTSA 3VMPA 4HU8A 1DWFM 2C7FA 4WKAA 5HPOA 1LOHA 3VD9A 4S3JA 3WNOA 2XHYA 3ARTA 3O2LA 5EB8A 2G4FA 3A4XA 1JD7A 4TTGA 1C92A 2EBNA 3IJ8A 3GNOA 2VC9A 3CPUA 3GNPA 4A3HA 2DSVA 1JZ7A 5IFPA 3CHDA 3SCUA 2PBOA 1E6NA 3WH7A 3WH9A 1GORA 3AYSA 3WIJA 5BXPA 1R7AA 1N7OA 4P8VA 1UD6A 2Y8KA 1E73M 4JL1A 4JZ5A 4HZ8A 2G41A 4AD0A 4P8XA 1Q6CA 3FNDA 1PJ9A 3T2PA 3W25A 5CSYA 5TD4A 4CD6A 4UQCA 3RILA 3ARXA 4HOWA 4Y7EA 4QLKA 4GO9A 1GW1A 1UQYA 5CPQA 4QCEA 1EGZA 4PTMA 2ZICA 3G6MA 3SUWA 1ISVA 2BXZA 1JXKA 1UUQA 4UFMA 1FP8A 2D1ZA 6A3HA 2WKGA 4JHOA 1E6RA 2CIPA 1X6LA 3CZEA 2OWCA 3NSNA 4XUYA 4L4OA 4W5ZA 9CGTA 1MQQA 4CCCA 1QI0A 4DWSB 3ZSSA 5A8OA 1ISWA 3WDJA 5IFTA 4PMZA 3WNMA 1UWTA 5GNXA 1JFHA 1HIZA 2ZX9A 4ZFMA 1DWGM 3MS8A 4D1IA 1NOFA 3AHYA 4ML4A 2ZX6A 2PWEA 1XSIA 1E56A 4MPKA 4JIEA 4AWEA 1BLIA 2FHFA 3A4AA 4EKJA 1R7OA 4GQQA 3EDJA 3MUIA 1GVIA 4GZIA 1GONA 1E6SM 3AXHA 3OLGA 4B9YA 1GOIA 1OT1A 4DUWA 2WHMA 1JG9A 4DWSC 3KWXA 2VVSA 2A3EA 1CTNA 3AXXA 4GKLA 1W9VA 3MUZ1 1GOWA 1QNRA 2WSKA 2CESA 1KR0A 2FHCA 2ZUSA 1CXFA 3WQ5A 4J27A 3U5UA 4HU0A 1MXDA 3OGVA 1HJXA 3PBGA 5JBEA 3AS3A 1QI5A 1CXKA 5DEZA 3ZT7A 4BCEA 3N12A 2ZWZA 1Q6GA 3AMDA 1VJZA 2VRQA 2XPKA 3BMWA 4DM2A 2WCGA 4WF7A 3CZGA 3CZ8A 1IZKA 1WZLA 1RPKA 1BHGA 2YOCA 4UTFA 2CCRA 2EO7A 1CXIA 3VGHA 4U5KA 2W66A 2PWDA 5A6AA 2BNJA 2E8ZA 4TVUA 4IPLA 4UR9A 5I5RA 3ZSTA 2YLLA 2XGBA 1XCXA 2DQXA 4MTVA 1NP0A 1B3XA 4W84A 4GI6A 5LA2A 1KWGA 1KR1A 1TZ7A 5BXTA 3A47A 3FHAA 4V2XA 1JI2A 5BYWA 1HJWA 1FH7A 4P7QA 1ISXA 3VGFA 3WDHA 1DWHM 3ALGA 1C7TA 4H2CA 4TXEA 3BMVA 3WD3A 2QMJA 1TVPA 1MQPA 4JFWA 1CEOA 2WWCA 1UWIA 4QDMA 4AZIA 1W9PA 3MO4A 2VX5A 5AYIA 4LYRA 3PZQA 2CHNA 3GH4A 1CPUA 1NOUA 1HL9A 3WMBA 1NP2A 5AY7A 3ECQA 4WSKA 1MWOA 5A3HA 1TVNA 3VINA 4KGJA 1UH4A 3SUUA 1JFXA 2VOTA 2WVTA 3BGAA 1HKMA 5JBFA 1UWRA 5D9PA 1GJWA 2YIHA 5IDIA 3AIVA 2W5FA 1C7SA 1WO2A 4X9YA 3CUGA 1FHLA 4AEFA 2IUZA 3NJ3A 4HA3A 2E22A 3GM8A 3VIJA 2XFFA 4GI9A 2WK2A 4HZ6A 3W81A 7TAAA 3VM5A 2VX7A 4NZCA 3VU2A 3WMSA 5I2UA 4UFLA 3GNRA 2QMKA 4LQ1A 1KXVA 1J0KA 3EDDA 4AZ7A 5A1AA 5F7UA 3K4AA 4UZUA 1QOXA 3CTTA 3WH5A 2UY4A 2VT0A 5KZ6A 5DO8A 1UR1A 3EDKA 3CUJA 4M1RA 4UFIA 3UERA 1BSIA 2BHYA 4OOZA 3TTQA 5EBAA 3ALFA 1OBAA 1CYGA 3BH4A 4BQ3A 1B3WA 2YL9A 4ATDA 3POHA 4U33A 5AC5A 1WDRA 4CGTA 2DSKA 2ZUWA 2YL8A 5A8PA 5GQBA 1WDQA 3KEHA 4XB3A 4PTVA 3I3BA 1JZ4A 2E9LA 4ATWA 2E4TA 1FH8A 1SMDA 3POCA 4JFVA 4E2OA 2BY1A 1XYZA 3ARQA 4AZCA 3PHAA 4AD5A 3N11A 2QHAA 4JHZA 2W67A 3W24A 1E4NA 1VF8A 3OZOA 5C70A 1JZ3A 4HA4A 5D8ZA 4AC1X 3ARYA 4J3TA 2WZHA 3FHQA 1RWFA 3GXDA 4D6CA 3W38A 4ATLA 3WNLA 3N17A 1B1YA 2V3GA 3ZOAA 1Q6DA 4QLLA 1JYVA 1CBGA 4J3XA 3SCSA 2XSBA 3SCWA 3UR8A 3BCDA 1CXEA 1E6PA 1FOBA 1X1IA 1OINA 3SCTA 2E0PA 6TAAA 2VCBA 3MV11 4KRTA 3W29A 3WMCA 4BF7A 4UQ9A 2PWFA 1W1YA 4CD8A 3T0DA 4AEEA 1MQRA 2PF0A 1N7QA 4OOUA 4TOQA 2VMFA 3KL5A 1ZBCA 1VB9A 2WMFA 2J7FA 4D6FA 2WC3A 4R27A 3GZAA 1UWSA 2OWXA 2XSAA 1PPIA 4W88A 2GK1A 2J7BA 3MKKA 3AI0A 3F5KA 1TG7A 3OLDA 2WXDM 2X8RA 1XC6A 5I3DA 3A3HA 4Q22A 4QFUA 1CGXA 1LL4A 4V28A 4H8UA 2D0HA 2BRVX 1E4IA 1WDSA 2OWWA 3M07A 1MFUA 4ZXLA 1V0NA 2AOSA 4LX4A 1OB0A 3WF1A 3WDPP 1RWAA 4PRWA 2VX4A 2J7CA 1HKIA 3GBEA 1HMWA 2WM0A 1UA7A 4FLRA 2VQUA 1J0JA 1LG2A 2G3MA 1VFFA 1KXQA 3BAKA 3L4VA 1QW9A 4AISA 2O9OA 2WVVA 5I24A 5ABGA 2WVUA 1UR8A 5A6SA 3VIFA 1QW8A 4UOQA 5BRQA 4AIUA 2FHBA 3RDKA 1J10A 3SCRA 4N42A 5A6MA 1JNDA 4FMVA 2JEQA 3CMGA 1E15A 1WE5A 3NDYA 1OD8A 2DT1A 4CN4A 5JIWA 4P7LA 4NSBA 1WPCA 3ZT6A 2PI6A 3CLWA 3VVGA 5ECUA 1FFRA 1RD6A 3SUSA 2FH6A 3VX0A 3UESA 3AJ7A 4JFTA 4X0NA 2BVDA 3CHFA 4YPJA 4JL2A 4HZ7A 2FGZA 4M81A 3AXIA 2ZXQA 2F2HA 3AHZA 1VBRA 2XIIA 2BRPA 4W7VA 4ACZB 3L4WA 3ARZA 1UHVA 1B3ZA 2J8GA 4OKDA 2EEXA 1JIBA 2WBGA 2ZXAA 4KMQA 4RE3A 4ZENA 3AHVA 4UQEA 3AIBA 2WMIB 1UOKA 3ZJKA 4AXNA 5GPRA 3AHXA 3N1AA 4UQAA 1KQYA 2XIBA 3UG4A 1E6XM 3L4ZA 3PZTA 4BS0A 1QNQA 2PB1A 4WKFA 5D9OA 1X6NA 3AFBA 4IISA 3BLKA 3O6AA 2HISA 2W92A 4AD4A 4B9ZA 4D72A 4XX6A 3WH6A 4W7WA 4DWSA 1GQIA 1FHDA 4B15A 4U3CA 4Z2LA 2XVLA 5M5DA 4CVWA 1XGZA 4J3VA 1UKOA 1XD1A 3AIEA 3WQ6A 3EMZA 5A2AA 1E5JA 1GHSA 1W2PA 3AMKA 4E8CA 1J01A 3NDZA 3VM7A 1W9UA 2X0YA 3A4WA 2AMGA 1JNEA 3II1A 2J79A 1DWAM 1R85A 2OYMA 2XVKA 3ARSA 1W3HA 2X1IA 1UKQA 1EHAA 3WH8A 1MYRA 5DT5A 4C7DA 3WF0A 2Q1FA 2J77A 1C93A 1JYXA 5C71A 1WAWA 2ZUUA 5LYRA 2YA2A 4D6IA 1WP6A 1H09A 1TUXA 2WBKA 1PIFA 4J3WA 2V3EA 4QCFA 4WSJA 4MB3A 1GQKA 2J7DA 2YLAA 4A4AA 1BAGA 4IUGA 3WD1A 3ZMRA 5A94A 5CGMA 1JZ8A 4NRSA 5EMYA 2YBTA 1BG4A 1PAMA 4FLSA 2J7GA 3CZLA 3ZR5A 3SCPA 2V3FA 3QR3A 1DWJM 1CGVA 3TTYA 5EFFA 4CN6A 2WMHA 4J3UA 1E40A 4J28A 3E1F1 1W3LA 4AZGA 4PUEA 1V6YA 2JF7A 5LA1A 2CKSA 1QBBA 2DIJA 1B30A 1JAEA 1LXMA 1W3YA 3VGBA 2VR5A 2J7HA 4LYPA 5LA0A 1Q6EA 2VURA 2VNCA 4HP5A 2VCAA 4HA1A 3OG2A 1NWSA 2NSXA 3W4RA 1PX4A 1OIMA 2YL5A 3CUIA 3F5LA 1N7NA 3CIVA 2DIEA 4GPNA 5FKYA 1KGWA 2VRJA 1V3KA 1C82A 3RM4A 1HT6A 3ZJ6A 3ARVA 2BHZA 3UG5A 2UY2A 2JE8A 1VRXA 1WZAA 2ZX7A 4ZE5A 3VDHA 4H7VA 3AZRA 4PN2A 1UYQA 1H41A 1HP5A 3WKZA 2J62A 2WHJA 1WCGA 4PMOA 4MADA 4J7RA 1G9HA 4D6DA 1NM9A 2UY5A 1QI2A 2F8QA 3L4UA 2QPSA 4RE2A 3EMQA 1KFWA 1TCMA 5CG0A 3M46A 3JUGA 2CBVA 3LPOA 2ZUVA 1UD4A 3W28A 4XZBA 4E8DA 5HXMA 1HF6A 3FW6A 1UQZA 1PX3A 5BCAA 2VJXA 7CGTA 4UOJA 3UCQA 1W2VA 3WELA 1KCLA 4F8XA 1ZBWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4BQ2 A;  3IJ9 A;  1HX0 A;  2ZUM A;  3WSU A;  2VZV A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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