4P7LA

Structure of escherichia coli pgab c-terminal domain, p212121 crystal form
Total Genus 143
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
143
sequence length
357
structure length
357
Chain Sequence
EKSPQRIMHIDLDYVYDENLQQMDRNIDVLIQRVKDMQISTVYLQAFADPDGDGLVKEVWFPNRLLPMKADIFSRVAWQLRTRSGVNIYAWMPVLSWDLDPTLTRVKYLPTGEKKAQIHPEQYHRLSPFDDRVRAQVGMLYEDLAGHAAFDGILFHDDALLSDYEDASAPAITAYQQAGFSGSLSEIRQNPEQFKQWARFKSRALTDFTLELSARVKAIRGPHIKTARNIFALPVIQPESEAWFAQNYADFLKSYDWTAIMAMPYLEGVAEKSADQWLIQLTNQIKNIPQAKDKSILELQAQNWQKNGQHQAISSQQLAHWMSLLQLNGVKNYGYYPDNFLHNQPEIDLIRPEFSTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase
publication title Modification and periplasmic translocation of the biofilm exopolysaccharide poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli k12
total genus 143
structure length 357
sequence length 357
ec nomenclature ec 3.5.1.-:
pdb deposition date 2014-03-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF14883 GHL13 Hypothetical glycosyl hydrolase family 13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4p7lA00
4UNIA 1VBRA 1GHSA 4GO9A 4W5ZA 4MB1A 3SCOA 1JZ7A 4S3JA 2YOCA 4MAZA 1D2KA 4U31A 5TD4A 1PBGA 4MNLA 2J7EA 3AI0A 1V0KA 1E4LA 3IJ8A 4PMZA 2DPEA 2JF7A 3GXDA 5CSUA 3QHMA 3T08A 3L4ZA 4N42A 3CO4A 4AXNA 4QLJA 3TTYA 1MVYA 4IPNB 1W91A 2J4GA 3WL1A 1CZ1A 3VNYA 2A3CA 1V6UA 2PF0A 2XJ7A 1WPCA 4JFWA 3M6DA 2DSKA 3ZR6A 5HNNA 5A8NA 1C8QA 1E1FA 3M07A 1GONA 4F9DA 2CBJA 4XX6A 3VGFA 5D9MA 3T0AA 1R8LA 1C93A 4KRUA 5FL0A 3GXMA 2VL4A 2CKRA 3MSDA 3OIHA 3KL0A 4QLKA 3BGAA 3N1AA 5A6BA 5I3DA 3CBWA 3TTOA 4BQ2A 2YA0A 2ZE0A 2X05A 3N17A 1B9ZA 4QCFA 1UKPA 1KBBA 3AMCA 1OWQA 5A2CA 4UQ9A 4W7UA 3WMSA 3WDJA 3BSHA 1H0GA 2EPOA 3PN8A 1R87A 5EMYA 4CD8A 3OZPA 4GPNA 1C7SA 6A3HA 2PC8A 1Q6FA 4OZOA 4ACZB 3UCQA 4F9JA 4HU0A 3M7SA 1NOUA 1JZ6A 2XYLA 3SCNA 1JAEA 2AMGA 5AC4A 3OGSA 2J62A 4HOXA 3QR3A 4UFKA 2FGZA 3HU7A 4KRTA 4CU7A 1LF1A 1I75A 4P7RA 1D7FA 2PB1A 4UQEA 3WY1A 1EXPA 2PWEA 1UKSA 2J7DA 1OCQA 1EA9C 3VD7A 5KZ6A 4GINA 1H5VA 3PZIA 1US3A 1MQRA 4OBRA 1JZ3A 4QFUA 1ITXA 4MB5A 2CXGA 2A3HA 1Z32X 1V3IA 2DT0A 1XCWA 4DUVA 2YL6A 5I5RA 1TR1A 1XSIA 3A6OA 1C91A 1V02A 3OLEA 2XUCA 5I24A 4MJ4A 1XH1A 2PWFA 1EO7A 3WUBA 4HMDA 4AZCA 1CEOA 2CBUA 3AXXA 2J47A 1E9LA 1HJQA 2W4XA 2VCCA 2WCGA 4TUFA 5DEZA 5I23A 1HXJA 2ZOXA 1HJWA 1K9EA 1B31A 4MDPA 3W25A 1DP0A 3LPGA 2G4FA 2F2HA 3SUTA 5BXSA 1NP2A 3VX1A 4Z2IA 4HOZA 3AZTA 3L2MA 1QOXA 2WVVA 3WD2A 3WNLA 4AYSA 5HOSA 1M53A 4AY1A 5CPSA 4PRWA 4AD2A 5GNZA 4NF7A 1Y7VA 2WHKA 2WHMA 1KR0A 4OIFA 4WKHA 2JEPA 2W5FA 2X2YA 3BMWA 1KXQA 3K4AA 4S3KA 2Y24A 1AQHA 2B31A 4AISA 4X0NA 3VKKA 4B9ZA 1V6WA 4IPLA 1PPIA 4CVWA 1TZ7A 2BHUA 3QHNA 4WIWA 1GVIA 4D6DA 3BAKA 4TX6A 4BQ5A 1UR8A 4YHGA 3J7HA 3A4AA 1VJSA 2J79A 3EBVA 1J01A 3TOPA 4BZYA 1EOMA 2QLYA 3GZAA 2DSUA 1CXEA 1CECA 3IJ9A 5AYBA 1QVBA 4L4PA 2NT1A 5HBFA 4UFIA 4U3CA 4P8XA 4J3VA 2BS9A 4V2XA 3TTQA 1HJUA 4AZ7A 3BC9A 3DYOA 1MFUA 4A3YA 3ZR5A 3F5LA 1UD5A 2O9OA 4QCEA 1KQYA 2O9TA 1D3CA 5A6AA 1TFVA 3K4DA 1QNOA 3CUJA 1E71M 5IHRA 4CGTA 4EKJA 1NP0A 3EMZA 4ML4A 8CGTA 4PSRA 2W91A 5EBAA 1JYVA 2QMKA 4KWUA 1XRVA 2DQXA 1BG9A 2EEXA 3VGHA 2YA1A 1BGGA 1W9UA 3S2CA 3F5JA 2YDQA 3EDEA 2FHBA 3VDAA 1EHAA 3T09A 3BSGA 4U2ZA 2PWGA 1SMAA 3I3DA 1QI4A 4NI3A 3AZSA 2GJXB 2VUYA 4JHOA 1KCKA 3GNPA 2FHCA 4D6CA 5A6LA 3WEZA 1BLIA 4WK9A 1EDQA 1GOQA 4OOUA 3N11A 2WVUA 1R7AA 2J8GA 5A8OA 4AD1A 4PN2A 3RJXA 2XFRA 4D6FA 4ZEPA 1UZ4A 1HL8A 1JIBA 2PWDA 3G6LA 3AROA 1CXIA 1B3VA 3WMCA 1JZ5A 1VJZA 4H8HA 3WH8A 3CHEA 2XVNA 1WDSA 1QNQA 3VIMA 1KFWA 2VR5A 1HVQA 1HKIA 3CUFA 4UFMA 1K9FA 2WVTA 4H7VA 4J3WA 5JIPA 3NDYA 1PZ3A 1V3JA 3VIIA 4LX4A 1CNVA 1GQJA 2C0HA 2ZWZA 3A3HA 1CGWA 3W27A 1CGVA 4R27A 3ARXA 2BY3A 4OUEA 1LG1A 4PMNA 4EAMA 2DIEA 3KEHA 3MV01 3RMEA 5I78A 5D4YA 1QW9A 5HPCA 3SIMA 3MMUA 2BY0A 5JBEA 3GXIA 5FD0A 3FW6A 3WBEA 2VURA 2BV9A 3ZJ8A 2WHLA 1LL6A 3KWXA 4UZSA 1JZ4A 3HN3A 3AFBA 2WC3A 3OA5A 2XVGA 3WF1A 1XSJA 1TG7A 4DM2A 3VM7A 1OGBA 3VIHA 1C8YA 3L2LA 4D6GA 4AEFA 3T0DA 2YJQA 1E55A 2XM1A 3AMDA 1EGZA 1ZJBA 5A8QA 3EYPA 3KZSA 3POHA 2VVNA 2QF8A 4BCEA 5A3HA 3W4RA 3ZT5A 1LWJA 3K8LA 4HU8A 1GCYA 1RH9A 3ZJKA 5CG0A 1H0IA 1A47A 1DWFM 4HZ7A 2E9MA 2DH3A 2XWDA 1AVAA 1EOKA 1MW1A 1ZU8A 4LYRA 1R86A 1E4MM 3HMCA 2BVDA 1CPUA 1B3WA 1MYRA 2CKSA 2WK2A 2ZXAA 1XCXA 2GFTA 4LXFA 2VOTA 3TTSA 3VIOA 3WIJA 1CYGA 4D6IA 4CUCA 1UWUA 1GQKA 4PMRA 1ZBCA 5HPOA 4HZ8A 1ZJAA 4W85A 3WUGA 4ZXLA 2WLYA 4B16A 2WPGA 1BFNA 1S46A 2IUZA 1DWJM 4MNMA 5CPQA 5EB8A 3SCTA 1GOIA 3WEMA 1CXKA 4W8AA 1UA7A 4R5EA 1MQQA 3WF3A 1J12A 1E0WA 2OWXA 4MPKA 2WCSA 4DWSC 1J11A 1KB3A 2AAAA 4GO8A 3IK2A 1LQ0A 1UG6A 4P7OA 3ZSTA 3WENA 2W63A 3RDKA 5AC5A 3SUUA 4EK7A 2CBVA 4GZJA 3HJEA 1J0JA 5E6ZA 2VR4A 3WNOA 1ZBKA 2D0FA 4AC1X 1VB9A 1US2A 1EHNA 3VD3A 4AZBA 4MAVA 1UH2A 4JKKA 4DUWA 4KMQA 4BF7A 1HT6A 2GVYA 1XD1A 1G94A 2YL5A 2ZX7A 3AIBA 1WDRA 4D1IA 5GNYA 4CD6A 1HP4A 1RP8A 3WDHA 2UY4A 1GJWA 1VFUA 4F66A 1ESWA 4MNJA 1H4PA 2F8QA 4YPJA 3WNPA 4GQQA 3BH4A 3GH4A 4HPHA 1B1YA 1E6NA 4RE2A 3CUIA 4UQCA 4UOJA 4CU8A 3ARYA 2D1ZA 2WC4A 3NDZA 1UOKA 3VX0A 1CXLA 3WQ5A 4F8XA 3U7BA 3ZO9A 4NZCA 1UD3A 3AHXA 4PYSA 3OLGA 2ZUSA 4TVCA 2YDRA 3ZJ6A 2WWDA 2NT0A 1OSEA 4Q22A 3ZOAA 3AIUA 2UY3A 5M3WA 3RM9A 4CVUA 4AW7A 1XYZA 2ZX8A 1WCGA 4TTUA 2YL9A 1XSKA 4ZE4A 4Q7NA 1C92A 3F4VA 4GI9A 4CCCA 1XC6A 1HF6A 2BNJA 1J0HA 6CGTA 1QHZA 2J75A 1JG9A 2XFYA 3AIEA 2FHFA 1V3HA 1UWRA 2Y4SA 1GNXA 1P6WA 2PI6A 2UWFA 1BAGA 2DT2A 2WMIB 2EPLX 2DSVA 3UESA 3THCA 3OLIA 3WUEA 3II1A 1E4NA 3VPLA 1NWUA 3SCQA 1NARA 2Z1SA 3LPFA 3O9NA 3N13A 4AMCA 5M03A 3CH9A 3ZIZA 3A47A 4M24A 1I1WA 1HNYA 3VDCA 1K6AA 5D8WA 3VD4A 3BAIA 1JFHA 5A6SA 1JDAA 2VZUA 1LWHA 1U33A 3G6MA 1V0NA 1WNOA 4UFJA 3PZVA 3CZKA 1J0KA 1V3KA 3VO0A 2MANA 1XGZA 1W2VA 4U3AA 4UZUA 1UR0A 4K68A 3WQ4A 3U7VA 1E0XA 2CNCA 2V5CA 1JL8A 3CGTA 2VVSA 2ZWYA 1UD8A 1TA3A 2J25A 3PZQA 3SCWA 3ARWA 5D9PA 1TUXA 2WCAA 2ZXBA 4JIEA 1W3HA 4W84A 1KBKA 4Z2GA 1ITCA 1HN1A 2VRQA 4JFTA 4PMXA 1FHLA 3B9AA 5KEZA 2UY5A 1GOKA 1GVYA 1WKYA 3KE0A 3VM5A 3ZQ9A 4XZBA 1AQMA 1Q6CA 5F7UA 3WEOA 1M01A 1TVPA 3EDFA 3IJ7A 2VCAA 4F79A 3VDHA 2OLHA 4A4AA 1UWIA 3NSXA 2EBNA 4PUEA 2GSJA 1BYCA 1E73M 2JIEA 1UKQA 2PBOA 1BGAA 4QDMA 3VIGA 5A1AA 2XPKA 3VMNA 1FFQA 2Y2WA 4XV0A 2A3BA 1PX3A 4AIOA 2VCBA 2YBTA 1DEDA 2OWCA 4UQAA 2WWCA 2CIPA 1TCMA 4BA0A 1PJ9A 1GOWA 4ATLA 3L4WA 1DWHM 3EMCA 5DF0A 1A3HA 2IXUA 5E0CA 3TP4A 4NSBA 1ISZA 1CGTA 1L0PA 2BVYA 1UQZA 1CGUA 4AD4A 3GTNA 2VJXA 5A6KA 1KXVA 3VMOA 3D3AA 4WSJA 5CQ1A 4AZIA 4Z2JA 5BRQA 1JF6A 3ARVA 1PEZA 1Q6EA 1KGUA 1XH0A 2QV4A 2X1IA 3LPPA 3PZGA 2EO7A 1WZKA 2EPKX 3PTQA 1XYFA 2VQUA 4E8CA 1E3ZA 3L4TA 4MNKA 5ABGA 4B15A 2E9BA 2WC7A 1UR4A 1WP6A 4H04A 5IHSA 3W37A 1CIUA 1KXTA 4LQ1A 1B3YA 1W3KA 4J7RA 1KR1A 2WANA 5A69A 2WMHA 1VRXA 3FHAA 1HIZA 3N04A 2W62A 4PCSA 3NCOA 4B9YA 1E5NA 4YN5A 1V0LA 3IAPA 3ZJ7A 5LA1A 4OKDA 2V3GA 4PMUA 1HP5A 1YHTA 2F61A 4EE9A 1JGIA 2VZSA 2D20A 4CU6A 3BCDA 4B3LA 1BPLB 5JUVA 1B3ZA 3MMDA 5A6BD 1QHOA 1VEOA 4MADA 1WZLA 4PTVA 2CCRA 2WMFA 2YIHA 1E1EA 2WYSA 3WFLA 2BVTA 4AWEA 3GBDA 3CLWA 3W82A 4JZ5A 1E6PA 1L8NA 1CXHA 4AZCB 1VF8A 1ZS2A 3A4XA 3PZTA 2V3FA 1R85A 1E6ZA 3F5KA 3VIJA 2WMGA 1C90A 1FH7A 3AISA 3W38A 3KL5A 3VOCA 1W9XA 2Q8XA 2XGBA 4HOWA 5D9OA 3CHFA 2EXOA 1PIGA 1WAWA 2RGLA 3WD3A 1VFOA 2WVVB 4ZFMA 1VAHA 2J78A 4IISA 7TAAA 1GOMA 3SUVA 1JDCA 4P7NA 2BXZA 1FP9A 2GJXA 1UKOA 3FNDA 5CPTA 1DWIM 2CITA 4P7LA 3AIQA 4JL1A 2FDMA 1DHKA 1HVXA 4DUXA 3ALFA 4U2YA 1QI0A 3B9DA 7CGTA 4AD5A 2ZICA 2VI0A 2VX7A 3MUIA 4J3XA 3VGEA 4P7QA 3RIKA 5BXPA 2GJPA 3OGRA 1WZAA 3ARTA 1IV8A 1X6NA 1V0MA 1HJXA 7A3HA 3EDKA 3D5HA 2VMFA 3W53A 3I3BA 2JALA 2WLZA 2WW5A 3WL0A 4D72A 2DSZA 1KWGA 5I0DA 1JZ2A 3L4UA 2V3EA 4TXEA 1ISXA 1B90A 2UY2A 3NYDA 5EFFA 3ZSSA 1BYDA 2ZUMA 3AYSA 4M80A 1CTNA 3CZGA 1E0VA 3THDA 5JBDA 2EPNA 4GXPA 4WKFA 4BS0A 1UA3A 3NSMA 5LA0A 4U33A 3S6TA 1QI2A 1R7OA 4JCMA 4PMDA 1HJVA 3AICA 3MMWA 3WQWA 4HZ6A 5JBFA 4PMQA 2QHAA 3TA9A 2Y8KA 1MW0A 5IXEA 2CERA 2WBGA 5I2UA 4CN4A 1J18A 1CWYA 2E8YA 1KWKA 3BLKA 1PAMA 2X8RA 3RJYA 3AIVA 4UQDA 1GQIA 1GQLA 1OIFA 1FOBA 5EFDA 1IZJA 2DT3A 1H49A 4PMVA 1CGYA 1QI5A 1HKJA 3AMLA 3FY1A 1B3XA 5A95A 2A3AA 2JIWA 2GJRA 1ZBVA 1JNDA 3AXIA 3W6MA 4ATWA 1TMQA 3WDRA 4UR9A 4QP0A 1C8XA 2Y5EA 2GDUA 1GHRA 4A3HA 1OT1A 3VD5A 1BQCA 3WDIA 4WF7A 2OSYA 5LA2A 1OBAA 1ZL1A 1UYQA 3LMYA 4M8UA 1PZ2A 3W26A 1UWQA 4JFVA 3BLPX 1W3LA 1UD4A 2DT1A 3AQUA 4EANA 3GXFA 2JF6A 1V3MA 4FLOA 1H3GA 3ZM8A 5ABFB 1KXHA 2DEPA 5IFPA 1HKKA 4RE3A 2WSKA 3T2QA 3AHYA 1W32A 4M82A 2D3LA 1ZB5A 2VZOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4UNI A;  1VBR A;  1GHS A;  4GO9 A;  4W5Z A;  4MB1 A;  3SCO A;  1JZ7 A;  4S3J A;  2YOC A;  4MAZ A;  1D2K A;  4U31 A;  5TD4 A;  1PBG A;  4MNL A;  2J7E A;  3AI0 A;  1V0K A;  1E4L A;  3IJ8 A;  4PMZ A;  2DPE A;  2JF7 A;  3GXD A;  5CSU A;  3QHM A;  3T08 A;  3L4Z A;  4N42 A;  3CO4 A;  4AXN A;  4QLJ A;  3TTY A;  1MVY A;  4IPN B;  1W91 A;  2J4G A;  3WL1 A;  1CZ1 A;  3VNY A;  2A3C A;  1V6U A;  2PF0 A;  2XJ7 A;  1WPC A;  4JFW A;  3M6D A;  2DSK A;  3ZR6 A;  5HNN A;  5A8N A;  1C8Q A;  1E1F A;  3M07 A;  1GON A;  4F9D A;  2CBJ A;  4XX6 A;  3VGF A;  5D9M A;  3T0A A;  1R8L A;  1C93 A;  4KRU A;  5FL0 A;  3GXM A;  2VL4 A;  2CKR A;  3MSD A;  3OIH A;  3KL0 A;  4QLK A;  3BGA A;  3N1A A;  5A6B A;  5I3D A;  3CBW A;  3TTO A;  4BQ2 A;  2YA0 A;  2ZE0 A;  2X05 A;  3N17 A;  1B9Z A;  4QCF A;  1UKP A;  1KBB A;  3AMC A;  1OWQ A;  5A2C A;  4UQ9 A;  4W7U A;  3WMS A;  3WDJ A;  3BSH A;  1H0G A;  2EPO A;  3PN8 A;  1R87 A;  5EMY A;  4CD8 A;  3OZP A;  4GPN A;  1C7S A;  6A3H A;  2PC8 A;  1Q6F A;  4OZO A;  4ACZ B;  3UCQ A;  4F9J A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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