3PC0 | Genus

Total Genus 85

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	85
sequence length	219
structure length	219
Chain Sequence	VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYSGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase
publication title	Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: importance of residues in the orotate binding site. pubmed doi rcsb
source organism	Methanobacterium thermoautotrophicum
total genus	85
structure length	219
sequence length	219
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2010-10-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3pc0A00

3TR2A 3PUDA 1MXSA 5F4XA 2VEKA 3MHUA 1RQBA 4ALDA 3SGUA 1TPB1 3PWAA 2Y7GA 2Y62A 4N02A 3DFPA 3W6YA 3STEA 3HOJA 3JRKA 4ZQMA 1W5NA 3UXDA 1T0OA 4CLMA 4MFEA 4YCOA 1SSDA 3W1NA 1M5WA 1KM2A 5ABTA 1KM1A 3RK8A 4JTUA 4CNNA 3QEZA 1THFD 1YTKA 1EP2A 3QPZA 3OIXA 1BKSA 4G1KA 2A7PA 3GNDA 3W83A 3NG3A 2E1DA 2TRSA 1VJIA 3SECA 1F6KA 3MO7A 4O53A 4RCXA 4A22A 3GDLA 1BEUA 1LOQA 4BWLC 5H2ZA 2DORA 2JBMA 1G67A 3E12A 1LBLA 3DKJA 3V1PA 3EWZA 3UPBA 3EWXA 4RV8A 4P2VA 4O1AA 3W74A 1QPRA 3DFTA 2HS6A 3UZJA 3W23A 4FO4A 1W5MA 3BVJA 2NXIA 5AC6A 1GT8A 3W87A 5F2GA 5BMWA 1QR7A 3GZ3A 4FHAA 3GK0A 3VE9A 3MP5A 2H6RA 1WA3A 1ALDA 2CFFA 3GVGA 2GVJA 3L21A 1ZCOA 2ZRZA 3LV5A 5A8GA 1P4CA 3G1XA 5D2TA 3THQA 5EKYA 1Z44A 5LNVA 1FWRA 4FNUA 1W3TA 1XC4A 4LT9A 1D3HA 1O95A 2BLEA 2VFEA 4K7VA 1SZGA 3P7YA 2PC4A 3S5NA 4QAIA 3IGSA 2QAPA 3CU2A 3HPXA 3TCEA 2Y70A 1PCKA 4XBKA 3CQ0A 1I4NA 4OQVA 4S2BA 3RLUA 3TA6A 2VFGA 1XCFA 1CX9A 2Y7FA 1YLVA 3MHGA 4JIPA 3B4UA 3O05A 1VCGA 4DQWA 5DCBA 5C5YA 3Q2DA 5HWMA 1FCUA 3F4WA 1MZHA 3BGJA 1TQJA 3EX3A 4LVAA 3M9YA 1H62A 2DZPA 4E38A 3W73A 3W7LA 3EWBX 1FCBA 1AG1O 3LCXA 4N4QA 1G4SA 3IGXA 3MUXA 3N3MA 4JTIA 4O4VA 3VCRA 3RF9A 2QKFA 4POCA 4NZJA 1XUZA 1LZOA 3W7CA 3W7PA 5HUOA 3LBCA 4RR4A 4GWEA 1LRQA 5KMYA 1X7FA 4MY9A 4LVFA 1GTHA 1TJPA 4TO8A 1B4EA 2PRLA 5H91A 4M7SA 1K7FA 1EA0A 4MZ8A 4EOUA 3W86A 3NQAA 3PSVA 1J4EA 3TNOA 5KINA 3GR8A 3R8RA 2YZRA 5G5IA 3A21A 5EBUA 5D30A 2OT0A 1SW0A 4XQ6A 2CLMA 4L4LA 3LBMA 4WJEA 2ALDA 3P81A 1ZAJA 2TPSA 5AHFA 3QZEA 5AHMA 3G22A 1TPWA 4DO5A 5T26A 4FNRA 3LXBA 4JDBA 3FLUA 1KTNA 4RXGA 4IJBA 2YCEA 1FX6A 1TPH1 2R91A 4BWLA 3H53A 1JR1A 3G1VA 1OX6A 3TFXA 4KFPA 3S0CA 1UCWA 2KZHA 4O19A 4GXMA 3S1WA 2DZXA 4O4WA 4ZL1A 3QMTA 4IX2A 3C6CA 2DU2A 1KBIA 1EP1A 1AK5A 1LM1A 1K8XA 2QR6A 1AL7A 1LYXA 2C14A 4LVBA 1PS9A 4DEFA 3SGZA 1Q45A 3S1VA 1I2PA 3PBYA 4JY8A 3W88A 2QUTA 1H1YA 1SO6A 5HINA 1XKYA 4NNBA 1HO1A 4M5PA 4Q33A 1FWTA 1GEQA 4UMAA 1C29A 5KZDA 3VNDA 2H3BA 2PCQA 4QSHA 3PUOA 1JCMP 3TH6A 2ZRYA 1ONRA 3PBUA 4NZFA 3HG2A 4NU7A 4UTTC 3B0UX 2VELA 3HF3A 1MEHA 1E51A 3GYEA 4DXVA 1YTDA 5AC7A 3S6DA 1OF8A 1KM4A 3RFAA 4AVFA 2CW6A 2PURA 4FF7A 3SIZA 2E6FA 1FWWA 1H63A 2B7NA 2JKAA 3C3NA 4YL2A 3TC6A 4OV4A 1GVQA 4O1DA 5F1VA 1JRBA 5BOOA 4RZ5A 1ICPA 5F2LA 3G24A 3EX1A 3NO5A 1GVRA 2EPHA 2VEIA 4JNMA 4TIMA 3HMJG 5F4WA 3KVMA 2FQIA 1GZGA 4O16A 1ZAHA 3ANYA 3B04A 1T96A 3NXFA 4LRTA 3IIOA 5HJLA 3EKZA 4TMCA 2FPTA 3GIYA 3PG9A 1QPNA 3SZ8A 1P1XA 4FX6M 3BPWA 1M7PA 1DJNA 3UWYA 3W3OA 5EMUA 4K36A 1IXQA 1G4EA 3ZR4A 3PULA 1IXNA 1SUXA 1UB3A 2WKJA 1PV8A 4JS3A 4UTWC 2UV8G 2ISVA 1OYCA 4IMEA 2OCZA 3EXTA 4ZQNA 3MBDA 3E02A 3LHTA 3M7WA 2GPTA 3NYZA 4ONVA 4XKYB 2QCHA 2Y7EA 2VFFA 4GUHA 4ADSA 3N2XA 4NJHA 4JTGA 4JTTA 3C4UA 1RPXA 1AW5A 4JTKA 5TQLA 3T4CA 4K37A 1SZFA 3JR2A 1N55A 1IIGA 3CEUA 3GXNA 1N7KA 1XBXA 1XBVA 1W31A 4MZYA 4LV4A 3QSTA 3C61A 2V2HA 2CLIA 5AHEA 1DHPA 1SFLA 4AHOA 2WQPA 3WJZA 5BW6A 5BNKA 4O0ZA 1VLIA 2Z6JA 1VPXA 3PSWA 2NUWA 2X30A 3W7HA 4H4IA 3L68A 3TMLA 5EL1A 3NQ6A 4O57A 3LTPA 3U2OA 1AL8A 1AW2A 1ME8A 1OX5A 3C2FA 2JGQA 4MUZA 2C16A 1NEYA 4B5NA 5FF3A 3KAOA 3A23A 4JDYA 4O1CA 3TROA 3GXTA 1W3NA 3Q37A 5D38A 2ZZ2A 2OJPA 4DPPA 4N9DA 4UTTA 2VFHA 3BW2A 3MI6A 4LNYA 4A29A 2NV1A 5GVJA 4BK9A 1K8YA 1OVDA 1EB3A 4FB7A 2RDTA 2P10A 3P61A 1JCNA 2VFIA 4XTIA 3IEBA 2GQ8A 3DFSA 1J2WA 3E96A 5DY3A 3FS2A 1BWKA 3TQ0A 1LRNA 2Y88A 1JRCA 3W9ZA 2B7OA 4OE7A 3NPUA 3G8RA 1Z42A 4M19A 5F2MA 4NUWA 2G96A 4A2SA 1KFLA 4ML9A 3NQCA 2Q3RA 1RV8A 1GQNA 2V81A 4OHQA 3SI9A 1OFBA 3BLFA 3MHFA 1I2RA 2NV2A 1TCDA 3BK0A 2QCLA 3KFTA 3WJSA 3WJWA 1W3IA 4JTSA 3L67A 1J5TA 3TK7A 4FEZA 1F73A 3P62A 3R12A 2HMCA 2H3DA 3R13A 1JCXA 1XUUA 2NWSA 4O11A 3TW7A 4HIBA 2WJZA 1FXQA 1TYGA 1B57A 2BTMA 3M16A 2QUUA 3QMSA 1SQ7A 2R94A 1P0KA 4UTWA 4QITA 2X1UA 5CPLA 1OX4A 5AB3A 3RMJA 3W75A 1L6YA 2O7SA 1H51A 4JY9A 4EF9A 4JTJA 4ZQRA 4KFOA 1XDLA 2ATSA 3WK1A 4NQ1A 2P0OA 3KOFA 3TXZA 5KZMA 1YPFA 2ZA3A 1QAPA 2A7NA 4U4MA 4M6PA 1K3UA 4WZHA 3T78A 1KBJA 3W70A 4UNLA 1L9WA 3I7SA 4JD4A 1TQXA 4GE8A 3W7MA 2V0TA 1U5JA 5G4EA 4LWWA 1ME9A 2EHHA 3LGEA 3P60A 3R5EA 4MYAA 4XTDA 3NEVA 2DP3A 5DCEA 4HPXA 3P80A 2CLOA 2E5DA 3P5ZA 2G95A 5DCDA 3WJYA 3QFEA 4LS0A 1Z48A 1W56A 4OT7A 1K8ZA 1O94A 4FNQA 4EF8A 3MI3A 1EUAA 3R2GA 3G1HA 2AAMA 2YW3A 3NNTA 4O50A 1PIIA 3CEPA 1TPDA 4HT3A 1TRIA 4AF0A 1FUYA 3L2IA 1C8VA 5G2IA 4IXHA 3RLVA 3OEXA 1Q3NA 3C56A 4JTLA 2E6DA 3LHWA 3NQMA 4IMCA 4O18A 1Q6QA 2YYTA 2H8ZA 4HHPA 1W5OA 4HN4A 4S1FA 5K9CA 1TV7A 3M41A 4L4MA 3GB6A 2C18A 3FEMA 2YDAA 4BFAA 3W2KA 5BRBA 2WSRA 5D04C 3LB0A 4K8EA 2X1TA 1WBJA 1TV5A 2WNQA 2ZTKA 4D2JA 1XXXA 5AHIA 4HNTA 4UR8A 3O07A 2NX3A 5LNSA 3P82A 2GQAA 4NJGA 4ADTA 1RD5A 3LCWA 2ZZ1A 1B3OA 1SO5A 3LCFA 3DHFA 3LXAA 3W7IA 5K2ZA 5E1QA 3SR7A 2OT1A 5LGZA 2H90A 4PEKA 3VI2A 3PVFA 1RQEA 2I14A 3DAQA 5A5WA 1G7VA 5I3HA 5IM51 2QJIA 4OU1A 2VENA 3F1QA 5I3JA 1H7RA 3IIVA 5CSSA 5D02A 3GR7A 2EKCA 3PR2A 2G5WA 4K7YA 4R34A 3VE7A 2WSYA 2GJNA 5LNWA 3HG5A 4RX0A 4WY0A 3EX6A 1YYAA 4IX0A 4LUIA 3W7RA 3G1SA 3O16A 3GDTA 4NVTA 3STCA 2ZA1A 3HPZA 2TMDA 1LOLA 3UY8A 3C0JA 4U28A 4RK8A 3S5YA 4DELA 1H61A 4LVGA 4AWSA 2QJHA 2A7RA 2YFOA 3FYOA 3W1AA 3O6CA 2Y7DA 1DQWA 4ORIA 4Z1CA 4NJIA 1JCLA 1QWGA 5AYYA 2QCNA 3W1QA 4IUOA 4R53A 1SSGA 1ZJIA 4AMAA 4I7UA 1UUMA 4R33A 1YXYA 3GAKA 2V2DA 1FDZA 4DPQA 3KXQA 1F74A 3LRKA 3F4NA 3S5OA 2CZDA 4HSNA 1R47A 3W1XA 3MBFA 1LBMA 5FEPA 1PL9A 2FPYA 5FEZA 5J5DA 1OYBA 5D2WA 4LOCA 1QCWA 2ZRXA 2AGKA 2J9ZA 4TR9A 4K39A 5DBTA 4FX7A 1TRDA 4EWND 3O15A 1LCOA 2C3ZA 5CPMA 1YDVA 3N2MA 4JIQA 4KWWA 3RNDA 3MYPA 4WY0F 3FFSA 2OX1A 2WPBA 1TPC1 3G0UA 5D33A 3NA8A 7TIMA 5K4XA 4PC8A 1L6SA 3TAOA 3L9CA 1L2UA 5HWNA 3FOKA 4ZQOA 4Z08A 3S1XA 2CU0A 1TB3A 1XBZA 3NL6A 2ZFAA 2YW4A 3LV6A 4FNPA 5AHNA 4N2YA 2ZZ5A 3TE9A 4JN6A 3PAJA 3CWOX 4RXFA 2YX0A 4KWVA 4CNPA 6ALDA 1I45A 5KZEA 4MLRA 3M5ZA 1OK4A 2Y61A 1W5PA 1XL9A 3BARA 2ZCGA 2CLEA 4JTEA 4M7TA 4RLIA 2WV8A 5U7SA 4JTHA 5I3GA 2WOQA 4FXRA 1F6PA 2VXNA 4BF9A 4ZMGA 2ABBA 4N4PA 3NQ8A 1RR2A 5CGQA 3INPA 4LRSA 3W1RA 4IGHA 1SO3A 2YR1A 3W72A 1PE1A 5E93A 3I7QA 5J5RA 4WOZA 5LNUA 4QIUA 1JCJA 1QOQA 1YDNA 5HR6A 3NDOA 1ME7A 1GTEA 5EYWA 1ML1A 3DHDA 5LHFA 3ZS4A 1XFBA 3TFCA 2JK2A 3QYQA 3ABRA 2X2GA 3NQVA 3TIMA 1PVNA 1KFBA 3ELFA 3CC1A 4LTSA 3CHVA 4O8RA 1GVSA 2C0AA 1NF7A 3LLDA 3LLFA 3GKAA 3QMRA 1KW1A 3W7JA 3OG3A 2ATMA 3L66A 1X1OA 1SPQA 4UFLA 4GFSA 3LERA 1GG0A 2BSLA 3G3MA 3M1ZA 1R2RA 2QCDB 4A21A 2E09A 3T40A 3MJYA 4PCFA 1JVNA 1UUOA 1GOXA 2CLFA 3UQNA 3CM4A 3MW7A 3M5XA 4WXZA 3SSJA 4Y96A 1KLYA 2NWRA 4PTNA 4XUGA 1HTIA 2QDGA 2DZUA 3TXVA 3QPYA 3ZFHA 4FX8A 2ISWA 4I9AA 1LRTA 3CWNA 2RDWA 2CZFA 2RHGA 3QC3A 3PBVA 4QQ3A 2P1FA 1U83A 1FWSA 1WAUA 4LS1A 1B4KA 1R2SA 1SW3A 5G2WA 4IMFA 4X2RA 3HGOA 3PF3A 4JX4A 1RZMA 3CPRA 4JYFA 3NQ7A 4P61A 3DGRA 3S42A 5DN1A 1FDYA 4Z1DA 4GJ1A 3THAA 1WDWA 3KVLA 3NL3A 1D3GA 1OABA 3N9RA 1EP3A 1I2OA 3C2EA 4Z0SA 5K9DA 1ZENA 1GVFA 3LTSA 4DO4A 1DL3A 1LLWA 4UXDA 3UNDA 1AMKA 3ATZA 4E2DA 4AEOA 5AYXA 2W6RA 3W22A 1H7NA 1OFOA 2ZZ4A 4LW7A 3NZRA 3BV4A 4QJ1A 1UASA 3Q58A 3W76A 1MEWA 3EB2A 3UWWA 1F2JA 4PH6A 2VC6A 3CTLA 4H6KA 1FWNA 1WOAA 2QF7A 1BWLA 1T8XA 2TSYA 1T99A 1ZY9A 3N34A 2GJLA 3GDMA 1H7XA 3G1AA 4UFMA 1PHWA 1K7EA 1JCYA 3MWAA 4XKYA 3CB8A 4X9SA 1BTMA 3NPWA 3NPXA 1W0MA 5AFDA 2PE4A 5D2XA 3M5VA 2ZRWA 3FA5A 4FXSA 2ZZ3A 3OBKA 1P0NA 3STGA 3W1PA 2CLHA 3DENA 3H55A 3HQ1A 1YXDA 1A5CA 2GVGA 1WYIA 1QFEA 1H60A 2Z0IA 2YPIA 1W37A 2FTPA 4ZZ9A 3KRZA 3ABOA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3PC0A

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