5A8GA

Crystal structure of the wild-type staphylococcus aureus n- acetylneurminic acid lyase in complex with fluoropyruvate
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
291
structure length
290
Chain Sequence
KDLKGLYAALLVPFDENGQVNEQGLKQIAQNAIETEELDGLYVNGSSGENFLLNTEQKKQVFKVAKEAVGDKVKLIAQVGSLDLNEAIELGKYATELGYDALSAVTPFYYPFTFEEIRDYYFDIIEATQNNMIIYAIPDLTGVNISIEQFSELFNHEKIVGVYTAPNFFLLERIRKAFPDKLILSGFDEMLVQATISGVDGAIGSTYNVNGRRARKIFDLARQGQIQEAYQLQHDSNDIIETVLSMGIYPTLKEILRHRGIDAGLPKRPFKPFNEAHRQTLDQLIAKYDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords N-ACETYLNEURAMINATE LYASE
publication title Evaluation of Fluoropyruvate as Nucleophile in Reactions Catalysed by N-Acetyl Neuraminic Acid Lyase Variants: Scope, Limitations and Stereoselectivity.
pubmed doi rcsb
source organism Staphylococcus aureus subsp. aureus nctc 8325
total genus 121
structure length 290
sequence length 291
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date 2015-07-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5a8gA00
1GZGA 1FDZA 3LX9A 1QDSA 1EP2A 3TDFA 4AWTA 4HSNA 4BR1A 4MZ8A 2LLEA 3EB2A 3G0UA 4GXMA 1EA0A 1PVNA 1L6WA 3O07A 1WQ5A 1N7KA 5G2HA 2X2GA 4S2BA 3LHWA 4LC6A 2OJPA 4LV9A 3BW2A 4JXCA 3W1LA 3NQMA 1SW7A 1QMLA 3GIYA 4LU0A 4JDYA 2ZZ5A 3TCEA 1UUMA 3NVTA 5G4WA 3ABOA 2EF9A 3OVPA 1SR9A 3W7PA 4RXFA 2C0AA 4M7SA 3HGSA 4O54A 1OFDA 2JGYA 1LCOA 2A7RA 1RQEA 3UZ5A 1KM3A 4QSHA 1F73A 4XBKA 3HG4A 3KVJA 3A23A 4ZQNA 2C1HA 3OG3A 4GJ1A 1G7UA 3T4CA 3U6WA 3LRLA 2D73A 5CSSA 5D09A 3C2OA 1T0OA 3S5YA 1R47A 1VQTA 1YTDA 3MHFA 4AEOA 4IXHA 4JTSA 4BI6A 3C6CA 5AYZA 4O18A 3W2KA 2FJKA 1S3HA 1C9DA 3N73A 3BG3A 3IIZA 1G4TA 3W70A 3C0JA 3DFNA 3DI1A 1P4CA 2DP3A 3L68A 3S1VA 1OK4A 3N2XA 4IMFA 3EX6A 1LRNA 2QJIA 3T40A 5KZEA 1GJPA 1OHLA 3H54A 2ZRUA 1G4EA 2QAFA 4ORMA 4HNTA 3GKFA 1A5BA 4FNQA 4BWLC 4RR4A 4LV4A 1YXCA 1H50A 1JQVA 1QPQA 3NO5A 5DXYA 4G1KA 1NF0A 4MPQA 3GDKA 3KRZA 3BV4A 3M1ZA 4NUWA 1MXSA 2DZSA 3DXIA 2V0TA 1IIHA 4A2RA 4O52A 4I9AA 1S5VA 2A2IA 3SGUA 1TQJA 5AHLA 2DZPA 3EX1A 3ZFHA 3HGRA 3QJAA 3IIPA 1L6SA 5I3GA 1DORA 2I14A 1S5TA 3A22A 4TR9A 2FPYA 1W5PA 5CSRA 1ZY9A 2BLEA 2A7NA 3HJZA 4RCXA 2VFIA 3RFAA 4XKYA 4HHPA 1WYIA 1KTCA 5D30A 3HG2A 4FIRA 3EXSA 3B06A 4DEFA 3MWAA 2ZFAA 3LRMA 2E5DA 3G22A 5TQLA 1LRTA 4Z1BA 4GUGA 1XL9A 3L66A 3UXDA 1BEUA 3IIXA 3PC0A 3ABSA 1QWGA 4UTWA 5BOOA 1VGAA 4QQ3A 3EWXA 4M7TA 2ZDRA 4LUIA 3HMJG 1BTMA 3KRUA 4O4VA 2ATMA 3TU9A 1A50A 2J88A 5FEPA 3TR2A 4D2JA 1O60A 1DV7A 2A6NA 1F6KA 1SO3A 1KV5A 4AF0A 3UWZA 1RPXA 4E38A 5IBXC 3LCIA 5F2MA 4ZMGA 3HPSA 4HT3A 5LHEA 1W5NA 1OVDA 3FFSA 1MEWA 4IX0A 3LXBA 3QZEA 4JTTA 2PRHA 3LGEA 4JYEA 4JD4A 4NJIA 1OABA 5DELA 2Y7FA 1T99A 2WSQA 4DQWA 4EF8A 3P84A 1ML1A 4DBDA 1CW2A 5CPNA 1X7FA 5KZMA 4GWEA 4XUGA 1TQXA 4Q33A 4JGDA 3HOJA 1TSIA 2V2HA 3S1XA 4UTHA 1CX9A 3EWBX 1GVFA 2E1DA 4JEQA 3W7NA 1OG0A 4UTIA 4XQ6A 2HSAA 3FYPA 2TSYA 3G1AA 1T8XA 1ZALA 3F4WA 3WK1A 2DU2A 3O1NA 1TTPA 4CQAA 3MP5A 1AW2A 3ABRA 4WY0A 2FFCA 2Y89A 2XN1A 5G1TA 4LVBA 1W5MA 3N2MA 4K37A 3GAYA 4MJZA 2YZRA 3IIOA 1I8JA 4M5PA 1GEQA 3THAA 5LGZA 4JTUA 2YYTA 4GRSA 3TQKA 4OV4A 4UMAA 4NX0A 5K9XA 4LS1A 3S5NA 2TMDA 1EWEA 1P0NA 4LW7A 3T78A 4HNVA 1N8FA 2YDAA 3B05A 1YTEA 3A9IA 5MHBA 3W2LA 4ICNA 2VFDA 2YYUA 2FIQA 2NXGA 1X6UA 4OHQA 3C56A 4N9CA 2WQPA 1FXPA 2B4GA 4MY1A 3MHUA 4ADTA 3BW3A 3C61A 1FQ0A 2H90A 4UR7A 5FF4A 3CEUA 1HTIA 1SSDA 3ANYA 1Z48A 2GQ9A 4I7WA 4FNRA 2V2DA 3PR2A 3STFA 3V75A 1NAL1 2CLOA 4H4IA 1WDWA 3A5FA 5D02A 5AOUA 2OCZA 2V2CA 3NPVA 1XM3A 2FTPA 1ME7A 3GYEA 5F1VA 3BG9A 1QPNA 2G97A 3NQEA 1K02A 4AHPA 4LS0A 4CLMA 2X1RA 4UFMA 3TIMA 4AHOA 1VRDA 4LVAA 4GC4A 4UTUA 4FNTA 4CQ8A 1VCFA 5I3KA 3MI2A 3N9RA 1A5AA 1HL2A 4N02A 2CLLA 5TBOA 1K7FA 2Y6ZA 2WO5A 3EX4A 2QCGA 1J2WA 4UTLA 4MZYA 3L9CA 3T44A 1UBSA 2VEMA 3LV6A 1H1YA 3WJZA 3GZ3A 2WKJA 2R91A 4O1BA 4S2CA 5EPDA 1OFPA 3Q94A 3PBVA 4O57A 1JCXA 3OVRA 4C1KA 1PE1A 3UZJA 4TMCA 3HQ1A 3S1WA 5AC8A 1G7VA 5G4EA 3W7JA 3LB0A 5KTLA 2J9ZA 1GYNA 1JUEA 2EHHA 4LWWA 1EUNA 2DORA 2YFOA 2IQTA 4KWVA 3AJXA 3GXNA 4NXSA 2EPHA 1RD5A 1KM4A 2KZHA 2JKEA 1GWJA 1TV7A 3W7DA 1TRDA 3LHYA 4MY9A 2Y62A 2OZ0A 1KBIA 4O16A 3B0VC 3HPXA 1TTQA 1RQHA 3G8EA 4JR5A 3W7IA 3L5AA 4K8EA 4FHAA 3DHFA 1KA9F 5AB3A 4M6PA 1FBAA 3ZS4A 1EWDA 3KAOA 3QW3A 4QITA 3SW6A 1TPC1 3W7HA 2CLHA 3W7OA 5AHIA 1QPOA 4UTJA 2CLEA 2PE4A 4JYDA 4JX5A 3CLMA 4JY8A 2H8ZA 2WPBA 3W75A 4O10A 5D04C 3NA8A 3BGGA 1R2TA 3H53A 4YMZA 4AXKA 4O14A 1DKWA 3L2IA 2RDUA 3LTYA 3UQNA 5CKSA 1BWLA 1LORA 3CT7A 2DZUA 3G24A 3GR7A 1VH7A 4EF9A 2EGZA 1YXYA 2JK2A 3IGSA 5G2IA 1XC4A 2AAMA 3TAKA 4FXRA 3TAOA 1TTIA 3G1HA 4GUHA 4HN4A 3EX3A 3LCHA 4FEZA 2VEPA 4WJEA 3M47A 4ZQRA 3FKKA 5LGXA 1YTKA 3PAJA 3SY5A 2V8ZA 1OYBA 3P81A 3MO7A 4MFEA 5C5YA 4QAIA 3W1XA 3C2RA 5KSWA 1UJPA 3DKJA 4TU1A 2GQAA 3TXVA 1J5TA 2OMAA 2VOMA 2ZZ2A 1SU5A 3P67A 3QQ1A 3LBCA 3FEMA 1QCWA 3NQCA 2VFFA 4RZ5A 1TJRA 1NSJA 5C54A 5D2TA 2WSYA 4Y9AA 2P1FA 2QCCA 2CWNA 4CCDA 3G0XA 3WJWA 3AO0A 1QOPA 3N3MA 3W7LA 4P61A 2NX9A 1P0KA 5CZTA 4NJGA 5A8GA 5HWNA 1G67A 3GKAA 4Y90A 3UPBA 4PH6A 1LBFA 5AC6A 4JTEA 1RV8A 3WK0A 4R34A 2QUTA 4OGZA 3WK2A 4JTLA 3W2JA 4JICA 3NQ8A 4AWSA 1L6YA 5D2VA 1FDJA 4NZFA 3CPRA 4OQVA 1ZNNA 3DKLA 3INPA 3IVTA 3EWUA 1GVSA 1HG3A 3STCA 3UWQA 1TV8A 3TV8A 3HG5A 3KVMA 1YDOA 1VYSX 1JR1A 1WBHA 4LVDA 1K3UA 5FESA 3C2VA 3U2OA 2Y7EA 1FCUA 3FKRA 4OE7A 1B57A 1IXPA 1SSGA 3P62A 1MEHA 4LVFA 4RKAA 3SFKA 4DO5A 1H63A 2W0UA 4ZZ9A 4RJEA 3W2MA 1IF2A 1IXQA 3K30A 3MUXA 4ML9A 3W1QA 1VZWA 1SW0A 3LRKA 1YPFA 2YW4A 3HG3A 4AB4A 5DXXA 2QEZA 3G1XA 4O8RA 1VYPX 1PHWA 4NNCA 3QMRA 3KX6A 1X1OA 3FS2A 5LNUA 1MZHA 2HMCA 1TPVA 1A53A 3PG9A 3TA6A 3IRDA 3N34A 3C8FA 3E0IA 3LLFA 3G3MA 1BKSA 4UIOA 1ZCOA 1OF6A 4UTWC 2B7OA 1JCYA 2ZRZA 1UCWA 3B4UA 2JGQA 1GYLA 1ONRA 1JUBA 3W1UA 3PY2A 1SQ7A 4IOTA 1WXJA 2WSRA 3ATYA 4OWGA 1GVOA 4MKNA 1FCQA 2YX0A 3BLIA 5D37A 4WUIA 2ZYFA 1AL8A 4LC8A 3S5OA 4JTGA 2ISSA 2H8XA 4UR8A 4RLIA 1YDNA 3O6YX 1SO4A 4NX5A 2QKFA 2Y61A 4JNMA 3FLUA 1XI3A 4GUJA 1KM0A 2QCDB 4FNSA 2WNQA 1TB3A 2X1SA 4O4WA 2I1OA 1KW1A 1GTEA 4ADUA 5BMWA 1JCLA 1B4KA 3BK0A 1JQXA 1W5OA 2E6YA 5U7SA 4N9DA 4Z1DA 4J9JA 4X2RA 4CNPA 2QDHA 1OX5A 1N55A 2C6QA 6TIMA 2FDSA 1TPB1 4X9SA 1IXNA 3G1VA 4O0ZA 1DVJA 1VHCA 1SZEA 2GJLA 4JTHA 1KM2A 5AHFA 5KMYA 4AMAA 3W2UA 2NV2A 3EX2A 1KFBA 8TIMA 2XN0A 5FF0A 1FDYA 4FX7A 1PCKA 3LTPA 1O4UA 1VLIA 3A21A 2VELA 2WJZA 4CCCA 1DQWA 5E0KA 5I3FA 1I2OA 4WX2A 1GQNA 2O7QA 4Z1AA 2VKZG 1ME9A 4TMBA 2VEKA 3NR0A 3CEPA 4UTKA 1GVRA 3SI9A 2NUXA 3NOEA 1PHQA 4TO8A 4GUFA 3CWOX 7TIMA 3EXRA 4Z08A 1Z41A 3TSMA 4PL1A 1FX6A 2PC4A 3W22A 1LROA 2A4AA 3MYPA 1C29A 2R94A 1TPFA 4UFJA 1BWKA 4N9EA 1DJNA 2R8WA 1TPH1 1YYAA 3WJSA 2Y7GA 3HO8A 4MIMA 5FEXA 1TV5A 1SPQA 3MMTA 3GB6A 4X22A 3O6CA 2GUUA 1OJXA 3W7GA 5K3VA 3C2FA 3B8DA 3EWWA 1NFBA 4KFOA 1Q6OA 5AYXA 3CWNA 2FPVA 2QAPA 3UXAA 4JY9A 3PB0A 1FUYA 2Q3RA 5G2WA 1XUUA 4WZHA 3HGOA 1PV8A 2TYSA 1ZAIA 2F84A 3M9YA 2ABAA 3DFQA 1DJQA 1OF8A 4NJKA 4YWIA 1H7XA 4ZQOA 4I7VA 2A85A 4UTTC 3UNDA 3W71A 4IPIA 2H6RA 5G1YA 4K6AA 1O94A 3TXZA 3CHVA 3QPZA 5KZDA 4UMCA 5LHFA 3W1TA 3LCLA 4DF2A 2VENA 5EY5A 4O0KA 4DO4A 3UY8A 5LNRA 1MO0A 3DFPA 3QC3A 4LTSA 4IXXA 4QNEA 1W37A 3E12A 2QCFA 4A29A 3NQFA 1LTDA 3MI6A 1XBYA 1LRQA 5DCBA 3W1RA 3PUOA 2CW6A 4TIMA 2P0OA 1SO5A 3LCFA 5D32A 2QCNA 2CFFA 3NYZA 2Z0IA 2ZQ0A 2Y70A 5BMXA 3DENA 1F2JA 3O06A 2QCEA 3RLUA 3M43A 3USBA 1GTHA 4HPXA 5FI8A 1KLZA 4MLRA 4N4QA 4O28A 2GOUA 3P5YA 3PUDA 3BO9A 4IMEA 3E96A 4JDBA 4Y6GA 3TH6A 2E6DA 2CZ5A 3PB2A 3RU6A 2HS6A 1ADOA 1XBZA 3FOKA 1JULA 5DBTA 4MLJA 4IMDA 3PULA 3G1FA 3N14A 2GJNA 1HFBA 3GVGA 5EKYA 4LS2A 4KKXA 1F7BA 3OA3A 1TO3A 3H55A 3LLDA 4UFKA 2QJGA 1K03A 4A21A 2QCHA 1W3TA 4R33A 2A21A 2G95A 3NQAA 3IVUA 3R2GA 3HF3A 3O16A 1KTBA 2EAWA 2Z2UA 3KOFA 1H60A 4KFNA 4O50A 2YR1A 2CZEA 5K4XA 1QO5A 5E1QA 3SZ8A 3GLCA 1QAPA 3TUUA 1TPUA 3Q58A 3T55A 4FO4A 4E2BA 1KV8A 1LLWA 3DHDA 1VPXA 1O5KA 1XFBA 2PCQA 1FWWA 2GVGA 4GUIA 4WXZA 1XUZA 1L2UA 3FYOA 1K8XA 3NZ1A 1VS1A 1TTJA 1I4NA 1W8SA 4HKPA 3M5XA 2X1UA 4JIPA 3PUEA 3W72A 1G4PA 1M7PA 1F6PA 2C3ZA 3SIZA 1OX6A 2WNNA 1AMKA 5DN1A 4O1DA 2ZA3A 2XN2A 4QIUA 2YW3A 3JS3A 3WJYA 3PG8A 3M44A 1OK6A 2BXVA 3MP4A 3NL2A 2GVJA 2Y85A 4RZ4A 5K7JA 4IQLA 4YXGA 1Y0EA 5HMSA 5HR7A 4UTTA 3G3DA 4XTDA 4L4LA 1W5QA 1JCNA 1VYRA 1Q6LA 3ATZA 1EEPA 1WOBA 3I68A 5LNVA 5HQEA 2A1YA 1FWNA 2BX7A 3LV5A 1KLYA 3BLEA 4BF9A 4PL2A 2CU0A 3W7KA 1I2QA 1KM6A 1AG1O 1EX5A 1K8ZA 4HPJA 3P82A 1F05A 5AC7A 4E0CA 3QW4B 3I7SA 3MHGA 1UASA 2V5LA 2VC6A 4UUIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GZG A;  3F2D A;  3T9P A;  3LX9 A;  1QDS A;  3TDF A;  4ZST A;  1B90 A;  1XLH A;  4S3K A;  4EAM A;  1EA0 A;  1PVN A;  4AEF A;  5FJR A;  2BVD A;  2FGL A;  2X2G A;  4AX6 A;  3LHW A;  4PUU A;  4R9O A;  4KWU A;  3R8G A;  2QT3 A;  2IUZ A;  3TTE A;  2OZ8 A;  1ITX A;  4JDY A;  2ZZ5 A;  3TCE A;  4KS0 A;  3NVT A;  3MKC A;  2EF9 A;  1SR9 A;  4JQ4 A;  4RXF A;  2UY5 A;  2C0A A;  3HGS A;  1ISZ A;  1UWT A;  4PTV A;  1LCO A;  4QE5 A;  2FMN A;  1GVY A;  3VDA A;  4JCM A;  3WMB A;  1C93 A;  2G3J A;  1ONW A;  3KVJ A;  1UC5 A;  1G7U A;  3HTW A;  4G56 A;  3WH8 A;  1UPM B;  3C2O A;  1W1P A;  4AEO A;  4IXH A;  4QEH A;  4JTS A;  4ROP A;  1TFV A;  1XIF A;  2FJK A;  3T2P A;  4KRU A;  1S3H A;  1K9F A;  1WDS A;  3IIZ A;  1G4T A;  2YCL B;  3DI1 A;  3SO7 A;  1P4C A;  3S2M A;  3L68 A;  4INF A;  2GGJ A;  2OLA A;  2UBP C;  3EX6 A;  4IIF A;  1GJP A;  1A5M C;  3H54 A;  1ECQ A;  3ALF A;  3KZS A;  1Y5V A;  3EMZ A;  4HNT A;  1U2Y A;  1V6U A;  3WBE A;  3CUZ A;  2BY3 A;  2BNJ A;  1YXC A;  3RPT A;  5DXY A;  4AZB A;  4LEQ A;  1CLX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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