1ZU8A

Crystal structure of the goat signalling protein with a bound trisaccharide reveals that trp78 reduces the carbohydrate binding site to half
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPKLKTLLSVGGWNFGPERFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTALVKEMKAEFAREAQAGTERLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNSDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSFTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKEKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein
molecule keywords Chitinase-3 like protein 1
publication title Crystal structure of the goat signalling protein with a bound trisaccharide reveals that Trp78 reduces the carbohydrate binding site to half
rcsb
total genus 109
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-05-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1zu8A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1zu8A01
3VUPA 3WN6A 4KGJA 1HVXA 5JBDA 4TTGA 3BAWA 3NJ3A 3A4XA 3CLWA 5JIPA 1UKQA 3AIRA 1CXFA 2E9BA 5A8OA 1Y7VA 1CXKA 2V3DA 1RD6A 2YDRA 5A6AA 1JZ2A 1Q6DA 1MQQA 3EMCA 4U2YA 1MQRA 2VMFA 2BY1A 3THDA 4BF7A 1GJUA 3PZMA 3FHQA 2CEQA 3VIIA 2A3AA 4HU0A 3AYRA 1NOWA 1ITXA 3T0DA 3GYCA 2WNWA 2FDMA 1VB9A 3GNPA 4UOQA 3WKZA 3CUGA 1L8NA 2IUZA 3CBWA 1G94A 1WCGA 2WMIA 3IANA 3WF1A 4OBSA 3W26A 2G3IA 1CXHA 4MB1A 1X6LA 2WHLA 4OJYA 3UETA 1W9PA 4QCFA 2TAAA 3EDFA 2HVMA 1KBKA 3SCNA 1QW8A 4ZE5A 1UG6A 2CXGA 3KE0A 2Y8VA 5D8WA 2PWFA 3BAXA 1R86A 1V0LA 2O9PA 1CGXA 1ZBCA 3BC9A 2WZHA 4Y7EA 1BGGA 2W63A 4IPLA 3WH8A 5A8NA 3TONA 1LG1A 2GFTA 4JHOA 5EBAA 3SIMA 4TVCA 4UQAA 3CPUA 3I3BA 1NQ6A 5BCAA 2CBJA 3WEMA 5A8MA 1UA7A 2VCCA 4IISA 4M1RA 4F66A 1CNVA 3CHFA 1J10A 5CSUA 3TTQA 1V3LA 1KGUA 3EDDA 4CCDA 1F4HA 2E0PA 4E8DA 1VEMA 1J0JA 1B1YA 2AOSA 2MANA 1MW0A 4JKMA 2D0FA 1PX3A 5I78A 4J3VA 2GK1A 2CERA 4AISA 4D6IA 1QBAA 1UD5A 1C7TA 2XHYA 4IM4A 2DEPA 1TVNA 1KQYA 4X0NA 5DFAA 1KXQA 1GHSA 4LGXA 5CZKA 1BG4A 5D9OA 2BHYA 4TX6A 2A3BA 4CD6A 1E5JA 3CO4A 4EKJA 4QDMA 4DWSD 5BRQA 4EE9A 1X6NA 4JFSA 3ZJKA 5I77A 3N1AA 2YA1A 3CIVA 3GNRA 3L2LA 1E70M 1CXLA 4JFWA 3ARVA 2PI6A 3B9EA 1CZ1A 4RL3A 1L0PA 1CLXA 5BXPA 3WF4A 1XGZA 1JFHA 5DT5A 3N15A 3SEPA 2WSPA 1F4AA 1LF1A 5DMYA 1FP9A 1G01A 4UZUA 1WDPA 3IJ8A 2WPGA 1J9YA 2J78A 4BCEA 2PBGA 4NRSA 3VPLA 3FXYA 2YIHA 2BY3A 2HISA 4AWEA 3AICA 4UOZA 1BVZA 4PBGA 1E6PA 1QW9A 4DUVA 1C3FA 2ZE0A 3WMBA 4W89A 1ZL1A 3QHOA 4QFUA 5CGMA 5JH8A 3AXHA 4MNMA 1JD9A 2VX5A 2IXVA 2VRJA 1M03A 4MB3A 3VIPA 2QPSA 1US2A 4CCEA 1ISXA 4W85A 2WZEA 3IJ9A 4YHEA 4PUEA 1BLIA 2BFGA 3RJXA 1OGGA 2PWDA 1XC6A 1GCYA 3N12A 1TZ7A 4ATWA 2WYSA 2WMIB 3PZGA 1UR4A 2WW5A 2V3GA 4Z2IA 3AOFA 3DHPA 2D2OA 5CPTA 5AY7A 1UHVA 2JF7A 1H49A 4PYSA 5I79A 1GQJA 1EQCA 1OIMA 2YOCA 1PIFA 1FHDA 2BV9A 1UH3A 2D22A 2ZUNA 2VZVA 2CIPA 5JBFA 1HJXA 1V0KA 4HOXA 2D20A 2IXUA 2CHOA 1B31A 1G1YA 5A69A 1XRVA 3IAPA 1BAGA 4K68A 2J7CA 4XZWA 3GXIA 4D1JA 2CBUA 3II1A 3MUIA 3CUJA 5E6YA 2ZX6A 3MSGA 3GH7A 4B16A 2GJXB 1XD0A 3VILA 5DF0A 3NUKA 3SCSA 3ZJ6A 3GZAA 5IHSA 3WQWA 4F9JA 2GUYA 4HZ8A 1CGYA 2YDQA 4E2OA 5HXMA 1GQLA 1XYFA 1NOUA 1O7AA 1W9UA 3QHMA 1HJVA 2NW0A 1HJUA 1E4NA 4NRRA 4Q22A 2CPUA 3HMCA 4F79A 2XGIA 2WKGA 2GJPA 4J3SA 2OWXA 1MFVA 3N17A 2ZIDA 1W91A 4A3HA 3VIMA 4MTVA 3I3EA 3UESA 5E9AA 1QHZA 5E09A 4R5EA 3A4AA 1E0XA 2JF6A 4TOQA 2CKRA 2A3HA 4KWUA 3CMGA 1W32A 4MPKA 1GHRA 1V03A 1JF6A 1SMAA 3OLEA 4JIEA 4P7RA 4C7GA 6CGTA 3CH9A 2J7EA 5CSYA 4UCFA 3CUHA 3VVGA 3FNDA 4WLCA 2DGAA 1FFQA 4W7UA 1LWHA 2E9LA 3WNMA 5F7UA 1EGZA 1QHPA 2DH3A 1UZ1A 3W24A 4PUDA 1ZBKA 3OLIA 4KRTA 5A6JA 3AQUA 1GQKA 2WMJA 4M29A 4PTWA 1QNSA 4BQ3A 5HBFA 3QHNA 2XGBA 1JAKA 2J7BA 4GXPA 4DWSC 1HXJA 1C8QA 1WNOA 2Y4SA 3WL1A 4CN1A 5HPOA 1NP2A 3AHXA 4HPGA 4J27A 4TTUA 5BRPA 2BY2A 2VL4A 3VMOA 2VZTA 2EEXA 4AY1A 1B0IA 1QOXA 4GI9A 1V0MA 4JCMA 3RCNA 1UR9A 1GOQA 4UFIA 5EMYA 3VDCA 3SCOA 2G3JA 4B3KA 3RMEA 4LX4A 2G4FA 1EHAA 3SCRA 2YL5A 3AIQA 3N9KA 3ZR5A 2W67A 3EDKA 2W4XA 2J77A 2VZSA 4QAWA 4YN5A 1FFRA 1GVIA 2NT0A 1W9XA 5C8BB 4UQ9A 3T09A 4GIAA 5E6ZA 1H41A 5LA0A 1BPLB 3WBAA 2J4GA 4CD8A 3T0AA 1KB3A 4HP5A 5FL0A 3WQ8A 4BS0A 3OLGA 4AZHA 4J3WA 1JDCA 3WQVA 3AMGA 3WQ4A 2CCRA 1C90A 1E6ZA 5BXTA 5LA1A 5D8ZA 3PBGA 2DSUA 2JIWA 4AZIA 3WD0A 3WNLA 3W25A 3BAJA 2D3LA 1ITCA 3WUBA 1UR8A 3KEHA 1E40A 5CGTA 4GO8A 4R27A 2BHZA 1LL7A 3N04A 2X2YA 1B3ZA 1UD4A 5CXPA 2BY0A 1XV8A 2AMGA 1W1PA 2BVYA 1LWJA 2XVLA 1CGUA 1BTCA 1J12A 1CGWA 4XB3A 3WUFA 4JHZA 3WF0A 3GH4A 7CGTA 3SUWA 2WB5A 1JYXA 4WF7A 4HZ6A 2WCAA 2AAAA 1O6IA 1HP5A 5A95A 1ECEA 1M53A 4M8UA 1HJQA 4UQEA 3A3HA 1E1FA 4J3XA 4H8UA 4P7OA 3MV01 1JI2A 4ACZA 4CU7A 4HU8A 4MAZA 3DC0A 3WUGA 1HT6A 3VIKA 4DUWA 5EFDA 3BLKA 3FW6A 4HA4A 3OGSA 2YBUA 2E4TA 3AIWA 4M82A 2YBTA 2PF0A 3U57A 1TUXA 5CPSA 2VI0A 3O2LA 3WL0A 1CENA 1NWTA 5A6KA 4UFLA 2DIJA 1UKPA 3MUY1 3M7SA 1EXPA 3VO0A 1TMQA 5ABFB 1XHGA 2XTKA 1C7SA 1BSIA 2OYKA 3BXWA 2WC7A 4GO9A 3SCPA 3VDHA 2CHNA 1UA3A 2G8ZA 2Z1KA 1LQ0A 1Q6FA 3G6MA 5IDIA 3BGAA 1J11A 1OT2A 1CXIA 1C8XA 1KCLA 1EO7A 4PSPA 4CVUA 3WH5A 1V6YA 1JZ6A 1XSKA 4TVUA 3OA5A 1TG7A 4WSJA 1CGVA 1GORA 2Z1SA 3BSHA 3UR8A 1LJYA 1M04A 2XVGA 4CD5A 1EIBA 2V5DA 3N18A 1E6NA 3JUGA 3ARTA 4WSKA 5GNXA 5AYIA 4UFKA 2A3CA 2VJXA 3NIYA 3WQ5A 3L4TA 1PAMA 1LL6A 1JZ4A 2DIEA 1WP6A 4NSBA 1HIZA 2V3FA 4L4PA 4C7FA 2XG9A 4MB4A 4QLKA 1HP4A 1KGXA 4W5ZA 9CGTA 1CECA 3VMPA 1H09A 4AC1X 1RP9A 3VGHA 3AJ7A 2CETA 1W3HA 1OD0A 4W7VA 5CJ5A 5JIWA 4KGLA 3PZQA 1OCQA 2WMGA 4LYRA 2WVSA 1WAWA 5I23A 2FGZA 1SFSA 3WQ6A 4HOZA 2DT2A 2QLYA 4V27A 3WY1A 1B9ZA 3A6OA 1CTNA 3S6TA 2DQXA 4W87A 2C8NA 4TVDA 3W81A 4WKHA 3WMCA 3NDZA 2QV4A 3EBVA 4AEEA 5HNNA 2G41A 2CNCA 3MV11 3WDHA 5KZ6A 3WDJA 2BS9A 1A3HA 2PWGA 4LPCA 3NCOA 3N13A 5CQ1A 4P8VA 3EDJA 1E4IA 4CU8A 4HMDA 3ZT5A 1GPFA 4WJXA 3VX0A 3L4YA 2X09A 2WMHA 2WAGA 3ARPA 4DUXA 1KXVA 2ZX7A 3U5UA 1UKTA 3T0BA 1XCXA 1QHOA 1CEOA 1DTUA 4PRWA 4U5IA 5C70A 3O9NA 5KEZA 3WIJA 4MDOA 1V08A 1R7AA 3MANA 2OSYA 1GOOA 3EYPA 3IJ7A 3UEQA 4HOWA 5A6BD 2EXOA 1R7OA 3SCVA 3CHDA 1EA9C 1VEOA 1VAHA 2XFFA 3POCA 1Q6GA 4AZBA 5M3WA 1UYQA 1DEDA 5GNYA 1XSIA 1E55A 2V38A 3OBAA 1Z32X 1WDSA 2ZX9A 2W5FA 1H0GA 4GI8A 1UR0A 1W3KA 2OYMA 3CZEA 3W29A 1EO5A 2FH8A 1NWRA 1VFUA 4PEEA 4URIA 1XH1A 2JFEX 3VD3A 3WD4A 3POHA 1OWQA 3LPGA 2D0HA 4X9YA 3K4AA 1KWKA 1ZJBA 1AQ0A 1PX8A 4Z2JA 3VD5A 2ZX8A 4JKLA 1PPIA 3WDPP 2VQTA 4EANA 5E0FA 2YL9A 3VKKA 3AS0A 1ODZA 1UKSA 4D71A 5EB8A 4ML4A 1MQPA 4CU6A 1OM0A 3WNNA 3SCQA 3CTTA 3OGRA 1V0NA 4H7VA 2W91A 1QBBA 2WLZA 5BWFA 4KH2A 2QMJA 1VRXA 3KL0A 1BG9A 1JAEA 3WELA 1MWOA 3PZUA 1BYDA 2YL6A 1GOMA 1X1NA 4WKAA 2XM1A 2OWWA 3WH6A 4PCSA 1G0CA 4BZYA 4GZJA 1D7FA 2ZUSA 2O9TA 5CLTA 2GDVA 1W9BM 4E4PA 3L4VA 3NSNA 6A3HA 3TTSA 3VIFA 7TAAA 4V28A 5HPCA 1PEZA 4P7NA 1EDGA 3WF3A 4OBRA 4AD2A 4OOZA 2WBGA 5HDRA 2VT0A 1GOIA 4RE3A 1WZAA 1H2JA 3L4WA 3DECA 1VBRA 2UY5A 2JALA 2DDXA 1ZB5A 1NWUA 3PZNA 5IFPA 4TXEA 1W1VA 1W1YA 2OLHA 1W2PA 3MUAA 1GUVA 1B3YA 1JD7A 3TTYA 1V6XA 4PMYA 1FP8A 1ZBWA 3CZJA 1QI5A 2F61A 1BYCA 3AISA 3WNOA 5M03A 2G3MA 2WANA 3PTKA 5CLWA 4PTMA 3BCFA 4B3LA 5DEZA 2DSWA 3NYDA 3RDKA 3ZT6A 1OT1A 2J7HA 5EFFA 3GXFA 3SCWA 3SUSA 4Q7NA 3WSUA 1E1EA 1PX4A 1VFOA 3PZVA 2FHBA 2J75A 5M17A 2WVVA 4H8VA 4UOJA 1TVPA 4AIOA 1V6WA 2WWCA 1UZ4A 3MMDA 1ZBVA 4H8HA 1NARA 1OIFA 3K8LA 5BXRA 4H2CA 4CCCA 1DWJM 4XX6A 2EPNA 2OYLA 3UCQA 4AZGA 4QLJA 2VO5A 3M07A 4DM1A 2A3EA 2ZOXA 1EOKA 2J8FA 2V3EA 2WK2A 1QI2A 1UH2A 4NZCA 2VRQA 4MJ4A 3ARZA 4PMQA 1E43A 4D6JA 3AFBA 2VRKA 2GK1B 3F4VA 4FF5A 3AYSA 2WCGA 4QLLA 3GXDA 5A8QA 1KFWA 3WH7A 3FHAA 2EJ1A 2FGLA 1H11A 1TFVA 3T2OA 3OLDA 3BSGA 5BXSA 3ZQ9A 2VVSA 3AS1A 3ARYA 2Y8KA 2DT3A 2ZXDA 3SCUA 2DPEA 2VURA 4FLQA 2W61A 5DO8A 4UFMA 4MNJA 1J0IA 3WFLA 6TAAA 1P6WA 3BAIA 5A8PA 1E73M 3A4WA 4MNKA 5GQBA 3M6DA 3PHAA 1I75A 5I3DA 2WKLA 4DM2A 3AMKA 3AHYA 1QPKA 3AS3A 2J25A 4HA1A 1K9TA 1FH9A 3AIUA 3CUFA 1VF8A 1JDDA 2DSKA 4AXNA 5I24A 2XFYA 1E0VA 2XSAA 1SMDA 5A6LA 4HZ7A 3VMNA 1C91A 4BQ5A 3MMUA 2F8QA 1B3WA 4PMVA 1GJWA 3ZO9A 4GKLA 3WD2A 4D6FA 1E6QM 5GPRA 4N0RA 3ECQA 4U5KA 1UWSA 3ZT7A 4MAVA 2RGLA 4WKFA 4NF7A 1J0ZA 3F5KA 5BROA 3MKKA 3VNYA 3AIVA 1WB0A 2WBKA 3ARWA 3VX1A 1VBUA 3W4RA 4ZEPA 3AI0A 2J7DA 1B3XA 1M01A 1DWIM 3TA9A 4LYPA 1HJSA 2EPOA 2DSZA 3SUTA 4ZXOA 1SYTA 2WHMA 2FH6A 1VENA 3U7VA 4D6EA 4JFTA 1YQ2A 3QOKA 4P8XA 1IV8A 2VUYA 3TTOA 1UOKA 1VFMA 1XD1A 2FHFA 4AYSA 3NSXA 2V5CA 1MW1A 2XIBA 3ZOAA 1ISWA 3SUUA 2WC4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4ICC X;  4YL2 A;  3W02 A;  1V02 A;  2OR2 A;  1EH9 A;  4PMZ A;  5G2H A;  2W92 A;  4GZI A;  4YJ5 A;  1A4L A;  4H9V A;  3QFW A;  1I6N A;  3MHU A;  4DJE C;  2VYO A;  3B4U A;  5G1M A;  4BQ4 A;  2OSX A;  3RX2 A;  3W1X A;  1XX1 A;  4IQL A;  1SQ7 A;  5C54 A;  3S5N A;  5FEW A;  3DER A;  4OFC A;  4QSF A;  2OVL A;  3PZO A;  2GVY A;  4PGL A;  2NV2 A;  2Y2W A;  1JYW A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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