1VHCA

Crystal structure of a putative khg/kdpg aldolase
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
212
structure length
212
Chain Sequence
SYTTQQIIEKLRELKIVPVIALDNADDILPLADTLAKNGLSVAEITFRSEAAADAIRLLRANRPDFLIAAGTVLTAEQVVLAKSSGADFVVTPGLNPKIVKLCQDLNFPITPGVNNPMAIEIALEMGISAVKFFPAEASGGVKMIKALLGPYAQLQIMPTGGIGLHNIRDYLAIPNIVACGGSWFVEKKLIQSNNWDEIGRLVREVIDIIKE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural genomics, unknown function
molecule keywords Putative KHG/KDPG aldolase
publication title Structural analysis of a set of proteins resulting from a bacterial genomics project
pubmed doi rcsb
source organism Haemophilus influenzae
total genus 70
structure length 212
sequence length 212
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 4.1.2.14: 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase.
pdb deposition date 2003-12-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01081 Aldolase KDPG and KHG aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1vhcA00
4HT3A 3B8DA 2EAWA 3UWWA 4LNYA 3QPZA 1XL9A 1YADA 3QW4B 1OFDA 4Y8FA 4D2JA 4M6VA 5CZJA 1SW0A 1GTHA 4AHQA 1TB3A 5K4ZA 2E5DA 3LXAA 4ICNA 4LVFA 3G8EA 5K4XA 3BW3A 4RJEA 1GJPA 5AOUA 1GYNA 1LBMA 1H1ZA 1WXJA 1I2QA 3NZRA 1N55A 2A2IA 3W1QA 1RZMA 2C6QA 4GUFA 3G1DA 2CU0A 5KZDA 2FPVA 2WQPA 3USBA 1K3UA 1LRNA 4TMCA 4U28A 1TQJA 2H3DA 5F2GA 3LLFA 3SIZA 1UUOA 1OYCA 1VCFA 2GQAA 3BG5A 1YXDA 4UR7A 4MYXA 5FESA 3JRKA 5IBXA 3ZWTA 2QJIA 4ML9A 1J5TA 5FEPA 4AF0A 2DP3A 4ZQNA 3QRHA 4JR5A 1SO3A 5LNUA 3EX2A 4WXYA 2A6NA 2ISSA 3W1NA 2G97A 1SW3A 3UNDA 4PL2A 5EY5A 1W0MA 3T44A 1YPFA 1D3GA 1OABA 3BGJA 3L5LA 3S42A 3LV6A 2WNZA 4LT9A 5AHFA 2VFEA 4X9SA 3PULA 3M47A 1JCNA 3OIXA 4O17A 3C2OA 1ZALA 1MSSA 4MUZA 5AFDA 2QAPA 2I1OA 3EKLA 3NQMA 5AC8A 3S1XA 3W7OA 5LHEA 2PCQA 5EYWA 3TSMA 1VJIA 1TPUA 3HMJG 4DBEA 5F4WA 3W7JA 4MZYA 4UXDA 3P62A 1QPNA 4WY0B 5HUPA 2CLHA 3UQNA 1F76A 4N6EA 4Y6GA 3NPVA 3W7RA 4YL2A 2NXIA 3INPA 2JKAA 2ZTJA 3SGZA 3B06A 4AXKA 4DO5A 4JDBA 4XUGA 2WNNA 1LOQA 4MJZA 5E93A 1CX9A 1QOQA 1TYGA 3L5MA 1O4UA 2NWRA 3MW7A 2Y63A 1H62A 1EX5A 4YWIA 1IXQA 3NAVA 4JX6A 3UZ5A 4O12A 3T7VA 3O16A 4AWTA 1QFEA 1WOAA 3GAKA 1EB3A 3CT7A 1VR6A 3HPXA 3D0CA 4R33A 5T26A 4A22A 4JTLA 1VLIA 2TRSA 1C9DA 3S1VA 1KBJA 4FNPA 4ZZ9A 3SGUA 5DCDA 3BARA 1SU5A 3MP5A 1EA0A 4N9DA 1TPDA 4W9TA 2ZA2A 1XBXA 4FXRA 3PAJA 3VE9A 3C4UA 3MI6A 4GWEA 4O19A 1IIGA 3AJXA 4S2BA 4JTSA 5AHIA 4GXMA 1HG3A 4KFPA 2OMAA 3MP3A 3W71A 4JTIA 3UPBA 3NQ7A 4UFKA 5FF0A 3PUDA 4JD4A 1G4EA 2A21A 3HPSA 1OF8A 3B04A 1JQXA 1O95A 3TV8A 1LLWA 3MMTA 2QDGA 3W7PA 3P82A 1EP3A 3R8RA 3IIOA 2FTPA 1DJNA 3NQAA 2QCNA 5AYZA 1JCXA 2A4AA 2WSYA 1NVMA 1SFJA 3SW6A 2VENA 2GQ9A 2ZRZA 5U7SA 3NPXA 1YYAA 4WJEA 1OK6A 5IM51 3LXBA 4IMEA 1ICPA 5CZ0A 1ME8A 3EWBX 3O07A 3RLVA 3GNDA 2YDAA 4ZQPA 2PE4A 2Y88A 4WY0A 3RFAA 4IPJA 1QPQA 3T78A 3LHUA 3WJZA 1SFLA 5LGZA 4DELA 3WK2A 5IBXC 3IEBA 3G1YA 3W2MA 1NSJA 1W56A 2WKJA 5D2TA 2YCEA 4XKYB 3PF3A 4Q33A 4K38A 3LCIA 1H5YA 4PH6A 3NQCA 4UFHA 3U8GA 1JRBA 3DGRA 1TPEA 1LROA 1GZGA 1H7WA 1WA3A 3S5YA 5CPNA 5HMSA 4H4IA 1BTMA 1DBTA 2B7NA 5G4WA 1ZHAA 5EMUA 4S2CA 4KKXA 3G22A 3PUOA 3G18A 1GG1A 1B4KA 4OGZA 4UTTA 1OYAA 3LBCA 3R5EA 1PE1A 1TPB1 1KFLA 2DZPA 4YCPA 3GVGA 4LWWA 4JTGA 3DI1A 2JK2A 2CLIA 3W22A 1VHCA 4E2DA 2YXGA 1FDYA 2C1HA 4C1KA 1SSGA 4O15A 1DL3A 3KVMA 3P74A 4PL1A 4LRSA 5G1TA 3NR0A 5BW6A 3GZ3A 3S9YA 2VEPA 4JN6A 5HJLA 3NQ2A 5H91A 3CLMA 3STGA 4MFDA 4N9BA 1ME7A 1SZEA 1XFBA 3I68A 1LDCA 5ABTA 3NPWA 2HMCA 3FLUA 1SUXA 1F73A 6TIMA 2Z0IA 4E2BA 5AB3A 1VZWA 1B57A 3UWVA 1TJPA 1IGSA 2CLKA 1KA9F 4O14A 5G5IA 5I3IA 1AL8A 2QJGA 1JVNA 4JDYA 3S5OA 4XKYA 3GDMA 4O4WA 1DOSA 1KLYA 1GQNA 1F05A 4L4LA 3W72A 3UZJA 2YZRA 1AW5A 3LXCA 4BR1A 3PBWA 4ALDA 5FEXA 4JIQA 1GTEA 3L2IA 4IJBA 1TTJA 2DZXA 2ZRXA 3CC1A 2J88A 1DHPA 1THFD 1FQ0A 3NO5A 2DZWA 4OBTA 1YDOA 3FOKA 3LCLA 4E38A 1KFKA 3GXNA 2JKEA 3S1WA 3PSWA 5DY2A 1YTKA 3QYQA 5DELA 3TX9A 1NF7A 4KFOA 3L0NA 2ZTKA 4CCEA 7TIMA 3NOEA 4MOZA 1PIIA 4JGDA 4BWLA 3QSTA 2J9XA 3E02A 1OFRA 4JY9A 3W2NA 3CQ0A 4PEKA 5AHLA 5DY3A 1GWJA 2OCZA 1ICSA 1TSIA 3M5YA 1H7XA 4FHAA 1M7OA 4FF7A 5LNRA 3I7QA 2HS6A 4EOUA 5DXXA 3IGSA 4NU7A 1HFBA 3KOFA 3C0JA 3G1AA 1M7PA 3P5ZA 3TR2A 3JR2A 4UNLA 4HN4A 5LGXA 3RF9A 3G0XA 3QMRA 4QIUA 3TQVA 4HSNA 2VELA 1GPWA 4IMFA 2Y7GA 4JTUA 3LBMA 3W74A 4IOTA 4WXZA 3DXIA 2FPYA 5HWNA 3LHTA 2V9DA 5AYXA 4JTJA 3QMSA 3EWUA 4FO4A 2Q3RA 3PBVA 4UTTC 4NX0A 5G1YA 4K8EA 3FIGA 2BX7A 2YYUA 5HINA 3L67A 3H54A 5AHNA 3B05A 4UIOA 4LW7A 4AAJA 1VYSX 2NXGA 4ADTA 3L9CA 2J9ZA 1VCVA 2X2GA 1B9BA 1KM5A 1ZJIA 2FQIA 3A5VA 1YDNA 5F4SA 4RLIA 3C2RA 1KFCA 2VEKA 3CM4A 2DORA 3KHJA 4DO6A 1LBFA 3QH2A 2Y85A 1LYXA 4FIQA 1JCYA 2DU2A 4RZ4A 2GJLA 4LUIA 3Q37A 3G1VA 1N8FA 3MHFA 3P84A 2C0AA 3C56A 3TH6A 3E12A 1KM3A 2E6DA 3T4CA 1D9EA 1SO5A 4A29A 1TREA 5K2ZA 1EPXA 3QF0A 3VI2A 4LV4A 3W7HA 1EWEA 3OVRA 1FCVA 3ATYA 1VRDA 1FDJA 1M5WA 2RDWA 1VLWA 3DKJA 1FWSA 2QR6A 2ZZ7A 1XBVA 1B4EA 3PBUA 2LLEA 1Q6LA 3CPRA 5C55A 1FCBA 4IUOA 2B4GA 3SR7A 1KM4A 1RD5A 3K30A 3STCA 4A3UA 4AVFA 5FEWA 1YXYA 6ALDA 4NZJA 3F4WA 4PFMA 4LVDA 1OJXA 3TMLA 2E6YA 4CNNA 4B5NA 3P81A 2CLEA 1MXSA 4RZ6A 4X22A 1SO6A 2Q3OA 5KTLA 3WK1A 5G2WA 1D3HA 5CG7A 3O63A 4LVBA 5C6MA 3GNNA 4O18A 2JGQA 4JX5A 1FWNA 5F1VA 5H2ZA 2ZZ3A 5D05A 5G4EA 3UWUA 2GJNA 3M41A 1W5QA 2ZFAA 4POCA 3CIXA 1BKSA 2Y7EA 3FFSA 1U83A 2V81A 1P5BA 4WZHA 1TPFA 1KV5A 1G4TA 2YGYA 3GK0A 4FIRA 1BWKA 4FNRA 2XFWA 4LV9A 1GOXA 4BWLC 1OF6A 3FKRA 3LCFA 1O94A 4NJIA 4KWWA 3TDFA 3ABOA 2W79A 3CEUA 2QF7A 3KVKA 4BFAA 1LP6A 4LRTA 2G5WA 1K03A 3LRKA 3O15A 1YLVA 4QISA 3W1LA 1YDVA 4CNPA 4MLJA 2JKPA 1ZAIA 4MZ8A 1PCWA 3NQFA 3W7EA 3BK0A 3P60A 5BNKA 5FF3A 5LNSA 5D30A 3W7MA 3TSDA 1AMKA 1TTIA 1LLZA 3TE9A 3TC7A 3R13A 3M0ZA 1LBLA 4I9AA 4RXGA 1YPIA 3R12A 2NX9A 1I2PA 1DV7A 3HGJA 1KLZA 1LRTA 1QWGA 2VFHA 3G0UA 3TQ0A 4O1DA 4IMCA 3GB6A 3C2EA 2WNQA 4K8HA 3G1HA 3GDRA 3BLEA 5AC7A 2TMDA 4I7VA 4MZ1A 3MO7A 4MIMA 3UD6A 5AHMA 1R30A 3LRMA 3P5YA 4N4QA 4IWWA 3M5XA 1NF0A 2QEZA 3W84A 2QKFA 3HG3A 1R46A 5A5WA 3G0SA 2YR1A 3C2VA 2HSAA 1TCDA 3H53A 2ZA3A 5BMWA 2NV2A 1OX6A 1R47A 1X6UA 5HR7A 4K39A 4NT0A 3N73A 3QPYA 1FXQA 2FIQA 2PURA 3BG9A 3MYPA 3OVPA 4IX2A 2HS8A 3RMJA 2VFIA 2ZA1A 4IMGA 5GVJA 3GDKA 2ZZ2A 3E9AA 1MEIA 5CSSA 2J24A 3NL5A 3KFTA 2RFGA 5CGQA 4Z0SA 1JJKA 1SQ7A 1WDWA 2A7NA 1GG0A 1YXCA 3EB2A 4ORIA 4WY0F 4HNVA 1W5OA 3W7GA 4GE8A 4NZFA 3R2GA 1O5KA 4ZQCA 2QUTA 3B03A 4DPPA 1L6SA 2EGZA 1A53A 4GUGA 4UTHA 1I8JA 2QCLA 2TYSA 2GVJA 3W2JA 2C3ZA 2ZZ4A 1V5XA 3SECA 4XQ6A 3L65A 3LERA 2PRMA 2XN1A 1TTPA 2HTMA 4FNQA 2A7RA 2AGKA 3V75A 1UJPA 2ZRWA 5FF2A 5AC6A 1UUMA 1QOPA 4JTEA 1W3TA 4WQ6A 1QMLA 3A21A 2NWSA 5F1UA 2CLOA 3LCHA 2Z1BA 1FCQA 3NPUA 1EP2A 3LGEA 1B3OA 1IF2A 2ZZ1A 3C52A 3NZ1A 3RLUA 1W5NA 1IIHA 3LDVA 1XKYA 4NJHA 3IIXA 3IGUA 1L9WA 3W7QA 2YYTA 4QQ3A 3L66A 4O50A 2V5LA 1TPC1 2A7PA 3W07A 2F7FA 2V30A 1G7VA 4WUIA 3M5ZA 1XBYA 3TW6A 3SFKA 5CKSA 1TPWA 4TO8A 5CSRA 1A5AA 1S3HA 4U4MA 4RV8A 3IIZA 2VFDA 4K6AA 4IXHA 2C18A 4JYEA 3BLIA 3QC3A 3PWAA 1H63A 3W2KA 3O1NA 1H51A 2RKXA 3G8RA 3W1AA 3UYCA 5MHBA 1LTDA 4JS3A 4EWND 1KTBA 2FDSA 3OA3A 1K7XA 1GEQA 1VYRA 3W7KA 4TIMA 2WV8A 1X1OA 1HTIA 4K36A 2H90A 1KTNA 1SZFA 3LI1A 5KSWA 4PTNA 2R94A 2QCHA 3NQ8A 3W1MA 2Y61A 1PVNA 1LOSA 3HOJA 5FI8A 3ABRA 5F2MA 2BSLA 3G3MA 3LCWA 3EX6A 3UWQA 3GAYA 1LZOA 3A22A 3PSVA 4EVZA 3N19B 1GVOA 4LC8A 3L21A 1SZNA 2QCEA 4WOZA 5TIMA 1YTEA 4UTUA 3B0UX 3DFSA 2W6RA 3MYOA 2QDHA 1W3NA 3T55A 3ABSA 4YLWA 4QM1A 3WK3A 2F84A 5K9XA 1XXXA 1KM0A 2E68A 1UB3A 1QPRA 4AWSA 1TTQA 3UY7A 3IGXA 4I7UA 3E96A 1TPVA 5D2YA 3ZWSA 4AWUA 4YMZA 4HNNA 3RU6A 4LS0A 1G7UA 8TIMA 5FEZA 3M7WA 1SO4A 2PRLA 1RVGA 2A0NA 1G69A 2X1UA 2WO5A 3NL2A 1EUAA 3W1PA 1AW1A 3STEA 3W75A 4HPXA 3Q94A 2AAMA 4LTSA 1DKWA 3ZFHA 2JBMA 4YXGA 3BPWA 3ABQA 4QNWA 4N02A 4O52A 2XN0A 3L0KA 2O7QA 3OHIA 2NLIA 4NJKA 1G6CA 1Z48A 3PBYA 4HPJA 3HG5A 1OHLA 1QNVA 4AEOA 2OT0A 2C16A 1HO4A 4BI5A 1TRDA 4FNTA 2B7QA 4LS1A 4UUIA 3DHDA 4JICA 3OEXA 1C29A 4JTHA 4Q32A 2YSWA 5LHFA 3PY2A 1W1ZA 1VPXA 3DENA 4JTTA 1ADOA 5L9FA 1KBIA 4LVGA 3CU2A 3EKZA 3NEVA 1NAL1 3HJZA 1VHNA 1JQVA 1EUNA 3M6YA 3UWYA 1M6JA 1EEPA 3HGSA 1L6YA 5HQEA 3W7LA 3IVSA 1P4CA 2CFFA 1HO1A 1K8XA 5TBOA 3THAA 2VEMA 1ZNNA 1QAPA 4JIPA 1SW7A 3NG3A 2EF9A 3NQEA 5C5YA 5AN7A 1QDSA 1WBHA 4EF8A 4HHPA 3G1FA 2WSQA 1GVFA 3IVUA 5FF4A 2ZRVA 3C3NA 2C19A 2R14A 2V5BA 4AH7A 1SR9A 3WJXA 5DBTA 1TV7A 1KTCA 1JR1A 3I6RA 1T0OA 4LS2A 4LVAA 4DF2A 1S5WA 2VFGA 5EL1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2EAW A;  3UWW A;  4LNY A;  3QPZ A;  1YAD A;  3LG3 A;  2X42 A;  1GTH A;  4P7L A;  3JZU A;  1FOB A;  3B8S A;  3MUC A;  3FAW A;  3G8E A;  4J35 A;  3VGF A;  3H24 A;  2PI6 A;  4TOQ A;  4PUW A;  1LBM A;  5AZ1 A;  1O1Z A;  1YIX A;  3WF2 A;  1XPY A;  3AYR A;  3ARR A;  2C6Q A;  4J4K A;  3TN4 A;  2VD8 A;  1UWQ A;  2ACU A;  1R3W A;  3ARQ A;  2CU0 A;  5KZD A;  4TMC A;  2DIE A;  4U28 A;  1TQJ A;  4AIE A;  2F2K A;  3PTD A;  5F2G A;  3LLF A;  5JUV A;  3DER A;  4UR7 A;  1UD4 A;  3GXM A;  3LK6 A;  3WQD A;  3JRK A;  3ZWT A;  1PWL A;  4F2B A;  3RG6 A;  1ZUA X;  5EBA A;  3F4D A;  4GAB A;  4Q8Q A;  2FZD A;  4DJD C;  4JR5 A;  1XLD A;  2VZS A;  2OO0 A;  1VFF A;  5LNU A;  3EX2 A;  1CDG A;  4PSR A;  2A6N A;  1SW3 A;  1YNY A;  3BH4 A;  3VOG A;  5IHR A;  2PDU A;  4HMN A;  4E2V A;  4YN5 A;  1KGW A;  3B8V A;  4CN1 A;  2VM8 A;  1E5N A;  2NVC A;  3UGR A;  1JCN A;  4GZ7 A;  3D3A A;  5E0C A;  5D4Y A;  4O17 A;  5AFD A;  4H9V A;  2DV0 A;  3EKL A;  3S1X A;  5A3H A;  4K8G A;  2Y8U A;  5EYW A;  1W1B 1;  3RDK A;  3HMJ G;  4W7V A; 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