3PF3 | Genus

Total Genus 91

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	91
sequence length	256
structure length	252
Chain Sequence	PARRPFIGGNFKNGSLDFIKSHVAAIAAHKIPDSVDVVIAPSAVHLSTAIAANTSKLRIAAQNVYLEGNGAWTGETSVEMLQDMGLKHVIVGHSERRRIMGETDEQSAKKAKRALEKGMTVIFCVGETLDERKANRTMEVNIAQLEALGKELGESKMLWKEVVIAYEPVWSIGTGVVATPEQAEEVHVGLRKWFAEKVAAEGAQHIRIIYGGSANGSNEKLGQPNIDGFLVGGASLKPEFMTMIDILTKTRT

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
molecule keywords	Triosephosphate isomerase
publication title	Determining the molecular mechanism of inactivation by chemical modification of triosephosphate isomerase from the human parasite Giardia lamblia: A study for antiparasitic drug design. pubmed doi rcsb
source organism	Giardia intestinalis
total genus	91
structure length	252
sequence length	256
ec nomenclature	ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date	2010-10-27

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3pf3A00

5DN1A 1F73A 4ALDA 2E5BA 3UZJA 1SW0A 1AW2A 2BSLA 3W2JA 3NQMA 1OX4B 3LCXA 5J5RA 3EEGA 4UFIA 3W7MA 4KFOA 4N6FA 2HS8A 3LTSA 2A5HA 3S42A 4LVFA 2OMAA 3I65A 4R34A 5K4ZA 1UUOA 2A6LA 2B7PA 4FB7A 3G8RA 4CLMA 1ME9A 2H90A 3TUUA 2V2DA 3L0KA 3PF3A 6TIMA 4HKPA 3NZ1A 1B57A 1LZOA 2VEMA 8TIMA 3W75A 5IBXA 4S2BA 2GQAA 1TB3A 2X1SA 2WV8A 4MIMA 3FS2A 1Q6LA 4UMAA 1OX5A 1H7RA 3QF0A 1TPH1 4MKNA 2ABAA 4IX0A 3RLUA 5I3HA 4UIOA 3M41A 4MJMA 1M6JA 1GJPA 1TYGA 4AMAA 3KHJA 4AXKA 3QYQA 3NOEA 2CLLA 4JTFA 1TPUA 3B03A 1KM1A 5F2IA 3TKFA 3STEA 4GUFA 4O10A 1BEUA 3TSDA 4TIMA 1OFDA 2HSAA 3LXBA 1VCVA 4ZQPA 4UXDA 3GYEA 1G4EA 5AHLA 4WZHA 1THFD 4TU1A 1NSJA 2VC6A 3S6DA 2EF9A 1G4TA 2A1YA 2ZDRA 4MPQA 1H50A 2P0OA 4MY8A 1DV7A 4QSHA 3DBPA 2A0NA 2Y7DA 3G0XA 4AWUA 1ADOA 4JTUA 3GXPA 5BMWA 4AAJA 1FUYA 3INPA 1VYSX 3W2UA 3NL2A 3AJXA 4E0CA 4O17A 1UUMA 2WQPA 1HTIA 3OHIA 2J88A 4BI7A 3LTPA 3OVPA 1DQWA 2YW3A 1K7FA 1FY6A 1P0NA 4JTSA 1W56A 4O4WA 3N9SA 3GNDA 2A7PA 1P0KA 1YTKA 4O54A 1EUAA 3P62A 3WJZA 5EYWA 4Z1DA 1KFBA 5LHFA 5FF4A 2HS6A 2CZDA 3W1TA 4HNUA 3UD6A 1VR6A 3TQKA 2PRLA 3W1LA 3HGRA 1QAPA 5D32A 3K30A 4LU0A 1EUNA 4PTNA 1GVSA 1SO6A 1T0OA 1ME7A 4IJBA 4O52A 2XFWA 5AC8A 3M0ZA 3R5EA 2WNNA 4UTWA 3S9YA 2FPVA 3LRKA 3PB2A 4MY1A 5G4EA 5AFDA 3S1VA 3STGA 4NJKA 1TIMA 4HNTA 3W7IA 2ZTJA 3NO5A 3MYPA 4NNCA 4WX2A 1SFLA 4WXZA 1YDOA 1OHLA 1KFLA 2V5BA 3LB0A 3EX4A 3R8RA 2QUTA 2ZZ3A 5CZ0A 5CPNA 4MJZA 1FDJA 4K38A 3NL3A 5FF0A 1DKWA 3MHUA 2RDUA 4LY8A 1YPIA 3NQEA 5CZSA 1D9EA 4UFKA 2YDAA 1IIGA 5AHEA 2QF7A 5LNVA 3GXNA 1O60A 2CLHA 3VFLA 1JRBA 4IOTA 3HGOA 2DZVA 3PG9A 2GVLA 4K7YA 3LHUA 3LRLA 3ZFHA 1VRDA 1GTEA 4O11A 4RZ5A 3MHFA 3PM6A 3MI6A 1K3UA 4LVAA 4JR5A 1G4SA 4GE8A 1VH7A 3PG8A 1H60A 3SGZA 1Z48A 3LLFA 2EGZA 3TIMA 1K02A 1S5VA 4JICA 3H55A 4WOZA 1TO3A 2I9EA 3WJXA 2G95A 3WK2A 3ANYA 3G18A 1TTQA 3W1MA 3GZ3A 4ZQOA 3LCHA 4FNTA 2EKCA 4O16A 1GYLA 3KRSA 4Z1BA 4DBDA 2FFCA 1KFJA 3JRKA 4UFMA 3RFAA 2W6RA 3EWBX 5K9DA 2X30A 3LX9A 1L6SA 4UR7A 4O12A 2ABBA 3LOTA 7TIMA 1PL9A 1CW2A 1QDSA 3QQ0A 3TE9A 3KVJA 3L67A 2ZRXA 4E38A 1FWTA 4NZJA 1TJRA 4JX6A 1MSSA 3SECA 2DORA 3MP4A 3WK3A 3STFA 1FCVA 1SZFA 4UTHA 2CW6A 2A4AA 3W70A 2ZRYA 2VEIA 3BPWA 1B9BA 3FLUA 5KSWA 4YMZA 1LOSA 4QQ3A 3NQVA 5DCBA 2VFFA 4PA8A 4DO6A 1JVNA 4KKXA 1F76A 1KM2A 4UTJA 1JUEA 3EX1A 3W84A 1QPQA 1FXQA 4GWEA 4MLJA 3G1SA 6ALDA 4UTWC 4IXXA 4JDYA 2VENA 4O53A 3O05A 4UCGA 2PRHA 1NFBA 3UZ5A 3STCA 5KZEA 3E02A 2PCQA 3I7SA 3DHDA 1S5TA 5F4SA 3OVQA 2WSYA 4MYXA 4ZZ9A 2GUUA 4O14A 5CSRA 2X16A 5AHNA 1QPOA 2QUVA 3O07A 3C2EA 3T7VA 5HQEA 4KFPA 3TH6A 2XN2A 5HJLA 3W1UA 3NQFA 3NM3A 1P4CA 3W9ZA 5D37A 4XWUA 3QSRA 3E0IA 4FXSA 4JTKA 2A85A 1RV8A 5BNKA 1RVGA 1GVFA 2Y6ZA 3LM7A 2GPTA 4PC8A 3TJLA 1DORA 3A23A 4QITA 1BKSA 3HPZA 3ABQA 5DLCA 3HG4A 5LNRA 1SU5A 4QAIA 5LZLA 4X22A 4XBKA 3W1XA 3NQAA 2OCZA 5HULA 2FPTA 4Q32A 4QJ1A 3CEUA 4POCA 3NQ2A 2P10A 1WX0A 2B7NA 1XKYA 1YXDA 4I9AA 3QW3A 1L9WA 3FKKA 2VFGA 3GX9A 3QZEA 2WNQA 4L4LA 3SY5A 4UTTA 1B3OA 3WK0A 4R33A 5EL1A 1VYPX 1DVJA 3KFTA 3TROA 3TU9A 2DZSA 1H7WA 5F4XA 1VPXA 3TMQA 2Y61A 4NT0A 3TNOA 3NQ6A 2ISWA 3QPZA 2PE4A 1QO5A 4JTJA 4FNQA 1R2RA 3G8EA 1GG1A 4HPJA 3LLDA 1VCFA 3S5ZA 1KFEA 5F2GA 1LP6A 1JQVA 1VC4A 1W3IA 3MP3A 4UFHA 2AQWA 3S1WA 3P8IA 1N8FA 1A5CA 4BI5A 1TMHA 5HUOA 4PL2A 3QJAA 2ATSA 4FEZA 1LTDA 3T78A 2QDGA 4JN6A 1YADA 1I2NA 3BW2A 3LXAA 4NJGA 1GPWA 3BV4A 4LV9A 5DBTA 4IMEA 1L2UA 1KM5A 2FJKA 3L0NA 1O95A 5AYYA 3GXTA 1DL3A 1K8XA 1VHNA 3M6YA 4FO4A 3MMTA 4AF0B 1AL7A 5HNRA 1X1ZA 1XBZA 3NPXA 3QRHA 1KTCA 4EOUA 5D2TA 5D2VA 5U7SA 4CNPA 3LCGA 2WPBA 3W1NA 3TAKA 3NNTA 2ZZ6A 3W76A 4JYEA 5CGQA 1AL8A 1HO1A 2YW4A 2C1HA 2NZLA 3U6WA 3O8AA 3W7HA 3EXTA 3P74A 3BW4A 3V75A 2B7OA 2C6QA 4J9JA 4U28A 1BTMA 2X1RA 4JYDA 3W7KA 2EPHA 2FLIA 3NZRA 1I8JA 5KMYA 3ATZA 3BLEA 3GK0A 2YZRA 5CPMA 2GQ9A 5K4XA 1SPQA 1DQXA 1EP2A 2XN0A 3GNNA 2TSYA 4TX9A 3NXFA 3DI1A 5K2ZA 3BK0A 2TRSA 3EWYA 1PIIA 4TMCA 2H3BA 3CB8A 5U4NA 3EX6A 2Y62A 3NPVA 4LC8A 2DZUA 1Z44A 5F2LA 3HIJA 2OT0A 1XFBA 1EB3A 3NPWA 3L21A 3DI0A 2GVGA 2FB2A 1GVQA 1R2TA 2JK2A 3HG2A 3HGJA 1KW1A 4GUIA 4UTTC 2TMDA 4RR4A 1O5KA 1FCQA 3OBKA 3R89A 2Y70A 3CLMA 1TREA 2WSQA 4MOZA 4UMCA 1F6PA 3IVTA 1B4KA 3HPSA 4RJEA 3BLIA 1NVMA 4RZ4A 2HTMA 3VI2A 4MZYA 2QCNA 3UWYA 3PBWA 2X2GA 2VFEA 3TC7A 1PHQA 3G3MA 4ZMGA 4N2YA 2Y85A 3NGJA 4GFSA 5LNUA 2Z2UA 1DJQA 5DXXA 1E51A 1I45A 3W7OA 4LS2A 2CFFA 1GEQA 4OBTA 2ZA2A 1KM6A 4O4VA 4P61A 3QPYA 3L65A 2D73A 5G4WA 5BMXA 1H1YA 3TDFA 4BK9A 4UFLA 1GYNA 5FEPA 1K7EA 1C9DA 3N9RA 1S5WA 4LNYA 3A21A 2V2CA 4S1FA 3KVMA 4Y8FA 3PBYA 1SW3A 2YPIA 1TPDA 5K9CA 3EWXA 3THAA 3TXZA 4N6EA 4QNWA 3M5VA 3QEZA 3KAOA 3E9AA 3L5MA 1GOXA 2BLEA 3LTYA 1YLVA 2CLKA 2NV1A 3I7QA 2RH9A 3QSTA 1H1ZA 1TRDA 2CLOA 4UTIA 1KFKA 3GDLA 1PCKA 3PVFA 3IGXA 3R2GA 3NQCA 1FCUA 1O4UA 2DZXA 4ZVJA 1W5MA 2NUWA 2Z6IA 1OYBA 5CG7A 1HG3A 1QCWA 3L0GA 1G6CA 5DCDA 4XKYB 3S8HA 4Z1AA 3UYCA 5LNWA 3CPRA 3P60A 3KVLA 1SSDA 2H8XA 1KM0A 3F03K 2W79A 2YXGA 3RK8A 3DFSA 2NLIA 4IPIA 2YFOA 3D0CA 3W2MA 2IQTA 1F6KA 1LORA 1QOQA 3TFCA 4CQAA 1ZNNA 4UTMA 4LS1A 1WOBA 1HL2A 3DFNA 1YXCA 4NXKA 2ZZ5A 2QJIA 4PEKA 4NJHA 1GT8A 3T40A 4YLWA 5AN7A 2CLIA 2NX9A 1JCJA 3SJ3A 5HWNA 3HBLA 3CIXA 2QDHA 4NVTA 3MBDA 2VFHA 3MUXA 5CPOA 5EKYA 4HIBA 3C61A 4ADTA 4NX5A 2ZZ7A 4OU1A 1LROA 5BRBA 2JGYA 2ZRZA 4TO8A 4Y9AA 1QFEA 1I2RA 1IXQA 2V30A 2BXVA 4A22A 2C3ZA 3DGRA 4P2VA 1OFEA 1EWDA 1Q3NA 1VCGA 1YDNA 3P81A 1L6WA 5I3IA 3M44A 4EVZA 3W2NA 3M1ZA 1RQEA 1SO4A 4OV4A 1W5QA 2WO5A 4ZQCA 4R7JA 2DZTA 3PS7A 4FX6M 1MEIA 2NX3A 3M5XA 4WY0A 3GVGA 3C2RA 1F5ZA 4IMGA 5EA9A 2FIQA 2OT1A 4DELA 1SO3A 5EPDA 5T26A 3KVKA 5I3KA 3DZ1A 4O57A 1AW5A 3VE7A 5A8GA 1IGSA 3O6DA 3PULA 3KRZA 4LVGA 4A21A 1FX6A 3BARA 4QM1A 5BOOA 4OWGA 1W5NA 2GVJA 1LLZA 2ZQ0A 4O8RA 4BWLC 3TW6A 3W23A 3IVSA 4TMBA 1NAL1 4C1KA 3SW6A 2ZRUA 3P80A 2YX0A 3LBMA 5D04C 3G1VA 2E6YA 1JCYA 5SWUA 4PL1A 3LHZA 2EHHA 1XBVA 2QCLA 3NL5A 3TX9A 3W7CA 4ADSA 3N3MA 4MUZA 3R13A 1PVNA 3TQ0A 3PBVA 4WY0B 5AC6A 4CQ9A 4UR8A 2VKZG 1EX5A 2V5LA 1YTDA 4IXHA 3NL6A 2WJZA 4GXMA 4ORMA 3LRMA 1ICPA 5D30A 2V0TA 1H63A 1QR7A 1W0MA 4B5NA 1EIXA 1SR9A 4X9SA 2Y63A 3CQ0A 3EXRA 4Q33A 3W83A 1OABA 5D05A 4AHOA 1F05A 4JIQA 1BWLA 3BG9A 1GVRA 2VXNA 4GBUA 3OA3A 3FEMA 1W5OA 4EIVA 2TPSA 2Y7GA 3EWUA 3S1UA 5G2HA 3S0CA 2ZZ2A 1A5BA 3NDOA 3C6CA 4UTLA 4N9EA 3CWNA 2NXHA 2QCGA 1LBMA 4I7UA 4M7SA 3EX2A 2E5CA 1QWGA 3M5YA 3FOKA 3PUDA 5D2YA 1L6YA 4AHPA 3W7JA 5TBOA 3LBCA 1KA9F 3P61A 1A50A 1OK6A 2R91A 3N34A 1MXSA 5J5DA 5I3JA 1K7XA 4RKAA 1FXPA 3IVUA 2UV8G 3I68A 2C0AA 3NQDA 2H6RA 3O6CA 3M7WA 4LWWA 2ZTKA 4OHQA 1NF7A 3WJSA 1H7PA 2QUUA 2B0MA 3UPWA 3ELFA 3TV8A 4AWSA 1QMLA 5L6UA 1ICSA 3P5YA 1T96A 1LYXA 1KBIA 4RLIA 3UY8A 1TTIA 1YPFA 4GC4A 3IGSA 3QMTA 2NUXA 1SUXA 3MO7A 4WJEA 3VKJA 3YPIA 3W3OA 4FHAA 4LVDA 2FTPA 2CZFA 1NEYA 1S3HA 3LCWA 2Y88A 3RU6A 3DH7A 3MI2A 1D3GA 3UQNA 2AGKA 3B04A 5C5YA 2ZRVA 1AMKA 1OFPA 1OF6A 2XN1A 1OYCA 1WXJA 3UWQA 1VLWA 1T8XA 1DJNA 3P67A 2ZZ4A 3EB2A 5EY5A 3GDTA 1XUZA 1M7PA 5K3VA 4ONVA 1W8SA 3NYZA 1OFRA 2PURA 4ZQMA 2QCDA 5HR6A 4CCDA 2X1TA 3C2OA 5AYZA 3SFKA 4DF1A 3FIGA 1GG0A 3B0VC 4M19A 5C54A 4O19A 2RKXA 5D33A 4IPJA 2C14A 3CWOX 4K7VA 1ZHAA 4IMDA 1SW7A 4YCPA 3KX6A 3FFSA 3G1FA 2DZWA 4FIQA 5AHFA 4ZQRA 3OVRA 3IV3A 1Q6OA 1ALDA 1O94A 3LI0A 3ZWSA 2C19A 3CHVA 1SFJA 2RHGA 1OVDA 4N9CA 3B0UX 3LERA 5G5IA 2BZNA 3BO9A 4CQ8A 1JUBA 5KITA 2BTMA 1UCWA 5D38A 2E09A 1LBFA 4LUIA 2JBMA 4ZL1A 3EKLA 3G1YA 1UJPA 4BFAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3PF3A

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