4WOZA

Crystal structures of cdnal from clostridium difficile in complex with mannosamine
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
290
structure length
290
Chain Sequence
TDMKGIYSALLVSFDKEGNINEKGLRQIIRHNIDVCKVDGLYVGGSTGENFMLSTDEKKRIFEIAKDEVKEEIKLIAQVGSVNLKEAVELAKFTTDLGYDAISAVTPFYYKFDFEEIKHYYNTIINSVDNRLIIYSIPFLTGVDMSLDQFGELFENEKIIGVKFTAADFYLLERMRKTFPNKLIFAGFDEMMLPATVLGVDGAIGSTFNVNGVRARQIFELTKNEKISEALEVQHVTNDLITDILGNGLYQTIKLLLEEQGVEAGYCRQPMKEATDEMKSRAKEIYRKYF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords N-acetylneuraminate lyase
publication title Crystal Structures of CdNal from Clostridium difficile in complex with mannosamine
rcsb
source organism Peptoclostridium difficile
total genus 125
structure length 290
sequence length 290
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date 2014-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4wozA00
3IIPA 3P60A 3HOJA 3UWYA 2H8ZA 4DPPA 2VOMA 1Q6OA 1TMHA 4WQ6A 2Q8LA 1G7VA 4M6QA 3CEUA 2ZZ7A 1L6WA 4Z1BA 1TPFA 5FEWA 1AL8A 3UD6A 1R2TA 1F73A 4QAIA 2TMDA 3V1PA 1I2PA 5FF0A 3LCFA 4JYEA 3QPYA 1LORA 2E68A 3W7KA 3OVQA 1XFBA 3LHZA 1FDZA 1XBZA 3I7RA 5E93A 1EWDA 4ZQRA 3ABOA 3TAKA 4R53A 3G1YA 4UIOA 3KRSA 3PC0A 1JCXA 4K8HA 3KFTA 1FXPA 3NL3A 3STGA 3W86A 4LS0A 5FEXA 5G5IA 4QNEA 3TE9A 3MP4A 3G0SA 4AVFA 2PRHA 1IIGA 1VCGA 1C29A 3NQEA 4O15A 3JS3A 1W37A 4UMCA 1QCWA 3LOTA 3VNDA 5F2MA 1ICPA 1FWRA 4GUHA 1KM1A 1SR9A 4D2JA 3EKLA 4CNNA 3M9YA 4FF7A 3DENA 2VKZG 2IQTA 3ANYA 2WSYA 2R94A 3EX4A 2NUXA 2C13A 3I68A 5HWJA 1QPNA 4WD0A 2ZRWA 3MI3A 1LOSA 3W7QA 1DVJA 1HO1A 2J9ZA 4FIRA 4QIUA 3QFEA 1FWSA 3MI2A 4HSNA 4O8RA 3FKRA 4PEKA 3O05A 4WJEA 3W2JA 1JQXA 2W6RA 3O06A 1PCWA 2QEZA 4JX5A 5KMYA 2CW6A 5AHFA 3W1MA 1W31A 3NQ8A 3NZ1A 3W85A 5I3GA 4JTSA 1J2WA 1ONRA 3N2XA 1XM3A 4H6KA 3SIZA 1AG1O 1LTDA 3IGXA 3VCRA 4YCOA 4OHQA 1N55A 1GVSA 1ME8A 3RLVA 1SUXA 4N4QA 1O94A 5DCBA 3KX6A 3U6WA 5J5DA 3BG3A 2RDUA 1YTKA 3LCXA 4MY9A 4U28A 3HG3A 1R2SA 1UUMA 2GVJA 3O07A 4IQLA 3NM1A 2BZNA 4NJIA 3GXNA 3DFQA 1FWWA 1KW1A 3C8FA 3C6CA 1ZNNA 1B4KA 1XDMA 1RV8A 4WOQA 5I3KA 1K8XA 3L5AA 2Y62A 3DI0A 1HTIA 4UMBA 4B5NA 1EPXA 3PS7A 2GVGA 3CC1A 3EWZA 1F2JA 2E6AA 3R2GA 3GDRA 2FPTA 4ZQMA 4A29A 1JRCA 1X1OA 1DJNA 3FLUA 1KFLA 1GTEA 3T4CA 2C16A 5E0KA 1SO5A 1I2QA 4ONVA 4UFIA 2DZWA 1F5ZA 2JK2A 3GVGA 1H7OA 5KINA 5HJLA 2E5DA 2BSLA 3LDVA 1EX5A 1Z44A 1H7RA 4JNMA 3TC7A 2FFCA 3PB0A 7TIMA 1GG1A 2ZZ4A 3FYOA 4O19A 5LNUA 4FO4A 5DY3A 3PWAA 3LX9A 1KTCA 1JQVA 1EUNA 5CPLA 2X30A 3C3NA 4TR9A 5AHMA 2FB3A 4IMGA 3W2MA 1VLWA 1R30A 2ZYFA 4R33A 3OIXA 5BRBA 4QJ1A 3EXSA 1VYRA 4XBSA 3W1PA 1CW2A 4M19A 1EWEA 4XTDA 2JKPA 3NQ7A 2CU0A 2HMCA 1OK6A 2RDTA 1B4EA 3H53A 3S1WA 4E2BA 3HMJG 4HSOA 4XBKA 3CT7A 2V2CA 2XFWA 3W2KA 4A22A 3PG9A 3TMLA 3EWUA 5G2HA 1BKSA 3MYOA 4JS3A 3WJZA 1LCOA 5KSWA 2VELA 3NL5A 3FFSA 4UFHA 4KWWA 3EB2A 2WNQA 2V82A 1AW5A 4N6FA 2WQPA 3KVJA 1L6SA 1H60A 4W9TA 5BOOA 1UJPA 1F7BA 1FCVA 1KM2A 1KM5A 2G5WA 2F7FA 3SZ8A 5H2ZA 3W1RA 1YPIA 3SGZA 5L9FA 4HNNA 3TNOA 1KFKA 3NPXA 2FLIA 5KZDA 1I45A 3CIWA 1YDNA 1OJXA 6ALDA 3M5YA 2TSYA 4GBUA 4IMCA 4LTSA 5IBXA 2NX9A 4IX0A 1TPWA 1WAUA 4FIQA 1F6KA 3LHWA 3G18A 3UQNA 1JCYA 4HT3A 4O57A 1AW2A 3BK0A 3SR7A 4IPJA 5HULA 1XUZA 3O6YX 2A7RA 5A8GA 1P0NA 3S5NA 3PR2A 1RPXA 2QR6A 5K3VA 4L4MA 3M1ZA 4AAJA 1DQXA 2Z6JA 3TMQA 5AHLA 3MP5A 3R5EA 3G24A 2WV8A 4JX4A 2WJZA 3C2OA 3W7CA 3TAOA 1WYIA 4XQ6A 1LM1A 1HFBA 1JCJA 2RHGA 4Q4KA 3NA8A 3KVKA 6TIMA 1ZALA 2CZFA 3TIMA 3CM4A 1TJPA 4JR5A 3LM7A 1GYNA 3F1QA 5HR6A 3HQ1A 3QQ0A 4O52A 1X8FA 1XCFA 3GDMA 4KKXA 1W5QA 4JTLA 5DN1A 1OF6A 1P1XA 2QDGA 3C2RA 3EWWA 5AOUA 2C6QA 1LOQA 3CTLA 2NWRA 3M44A 1DORA 4JDYA 2A0NA 3A5FA 3DZ1A 3T40A 1OFBA 1THFD 4UR7A 5CKSA 2ISSA 3W76A 1H1YA 1C8VA 3QM3A 1G69A 3MUXA 4PCFA 4K37A 3NPWA 2NWSA 4K7VA 1DKWA 5HWMA 2GPTA 3G22A 3P82A 2W79A 1IXOA 4IOTA 1OFDA 1QR7A 4JN6A 3GAYA 3M7WA 4JY8A 2ABAA 5L6UA 3THQA 1M7OA 2CLIA 2YYTA 3GAKA 4M7SA 4Z1DA 2WO5A 4PH6A 5KTLA 4IMEA 4A21A 3NDOA 3L2IA 4JTHA 3HGJA 1QMLA 1RZMA 4MIMA 3TQ0A 4EF8A 3OVPA 4UNKA 3EX6A 4OGZA 2PCQA 2TRSA 3SY5A 5G2IA 1KM6A 2QCHA 4LW7A 1BWLA 5HNRA 2Y70A 4JTEA 5EYWA 4UTKA 2OX1A 2VFFA 5F2GA 2I9EA 2BTMA 1VHCA 2QAFA 3DHDA 4LWWA 2ZZ6A 4HNVA 1KA9F 2TYSA 1W54A 5HINA 2DZXA 4ZQOA 2A5HA 3W07A 3QSTA 3GX9A 1U5JA 4GUJA 3UWQA 1OFOA 3F4NA 1FCBA 4QITA 3DH7A 3RF9A 3W70A 5K7JA 3LCGA 2CZ5A 1ZY9A 3KAOA 4OU1A 2BXVA 5G1TA 4TO8A 1G67A 3LXAA 5LHFA 2C3ZA 2E6FA 1G4SA 5TIMA 3S6DA 2GJNA 3W83A 4EIVA 2ATSA 3EX2A 4JTFA 4LC6A 2GVLA 3IVTA 5D32A 2ZFAA 3FIGA 3HJZA 5U4NA 2Y7FA 3HPXA 3TXZA 4QSHA 1WA3A 1OK4A 3IVSA 2V0TA 4TMBA 1AK5A 3QSRA 2FPVA 4LRSA 4UMAA 3GR8A 2QCGA 5E1QA 1UB3A 2D73A 1O4UA 3SFKA 5FF4A 3F4WA 4OBTA 2BWGA 3P61A 4MUZA 5DCDA 3QMSA 4TU1A 1S3HA 1TTQA 4BF9A 2JGQA 3W74A 1FCQA 3PG8A 2QCNA 1Q6QA 5EL1A 2E6DA 4AF0A 4E0CA 3EWXA 1I2RA 4LY8A 3W7IA 1Q45A 2RFGA 4JTGA 2NUWA 2P1FA 3MBDA 3LCHA 3P8JA 4MYXA 4O50A 3G0XA 4NNCA 3GK0A 4PA8A 1M7PA 2YPIA 3BV4A 4DBDA 3STCA 3G1DA 3DU0A 1K03A 3TJXA 3C56A 5LNSA 2YZRA 2DU2A 3A24A 4UTIA 2A4AA 4AHPA 3NAVA 4GUGA 1QNVA 1LOLA 4AXKA 1ZCOA 4KFNA 2DZVA 4LNYA 1VS1A 2H90A 1H62A 2GQAA 5IBXC 3S8HA 3FEMA 2Y61A 5I3HA 1ZENA 1VRDA 1WDWA 3N14A 4NVTA 2VEMA 3MHFA 4FEZA 3MHUA 3M41A 4N9CA 3LTSA 4Q33A 4LS2A 1LROA 4JTJA 3PY2A 4IXXA 5D2TA 5HQEA 4WZHA 1OYCA 2DJLA 5DY2A 5D03A 5LNRA 3NXFA 5DBUA 3W7PA 3GNNA 3GB6A 3GZ3A 3TV8A 4GUIA 4ZMGA 3QC3A 4PTNA 4H3DA 1JJKA 4YMZA 5FEZA 1H51A 3LRMA 3IIXA 4WXZA 3QEZA 1ZHAA 4EVZA 1PS9A 2JKAA 2DORA 3BG9A 3GNDA 1F6PA 4ALDA 4UXDA 4JICA 2A7PA 4DXVA 5EMUA 5AHNA 3FKKA 4FNRA 3WJYA 1XDLA 1OYAA 4LT9A 4YXGA 1TPB1 2EPHA 2ZZ2A 4R7JA 1SSGA 4RXFA 4LVBA 3BGGA 4CQAA 4O14A 1EIXA 2RKXA 4M5PA 1BWKA 5D05A 4GE8A 3LLFA 2GQ9A 3HPSA 3LHUA 3B4UA 5I3JA 4DBEA 1JCLA 1LZOA 3HGOA 4KFOA 3S9YA 1SFLA 1GVQA 4LRTA 4DF1A 3W71A 5CPNA 2A85A 1QWGA 2PE4A 5ABTA 4MVAA 3LGEA 1KBIA 4RCXA 3O16A 3R89A 5EY5A 5K4ZA 4JTKA 4BK9A 2QUTA 1H50A 3TSMA 1ME9A 2NV1A 2BLEA 4QNWA 5A5WA 1O60A 1VZWA 4R34A 4NJGA 3PBYA 2J6XA 5LSMA 4O0ZA 1A5BA 4WXYA 1KV5A 4TMCA 2DZTA 2V30A 1MO0A 2YW3A 3R13A 4DO5A 1RQHA 3ZS4A 4DF2A 3GDTA 3MJYA 4O1DA 5HWNA 5F1UA 3G3MA 4P61A 3LHYA 4RXGA 3TX9A 1S5TA 2NXGA 3PUDA 5FF7A 1W5NA 3G1SA 3L0NA 3TFXA 3LERA 2CLHA 3SJ3A 1FY6A 1TSIA 1DQWA 5HUOA 4LU0A 1OFQA 3N9RA 2H3BA 2E5BA 3WK3A 5BW6A 3KVMA 2C1HA 1G4TA 4MLRA 1Q6LA 3BW2A 5LKYA 2G97A 3LCIA 3S1XA 3LV6A 3N73A 3OG3A 1YXYA 1DBTA 4ZQNA 5AN7A 1Q6RA 1J4EA 2VFDA 4GXMA 1LLZA 4NZJA 3MW7A 1B57A 3FJLA 1LDCA 1SW0A 3UXAA 1IF2A 3LHTA 4HNUA 2ZBTA 3B05A 1XUUA 3NQ2A 3QMRA 5LNVA 3C61A 1IXPA 1RR2A 1SSDA 3G0UA 2QKFA 1JUBA 3UWZA 3P84A 5D30A 4IMDA 3THAA 1SO6A 1TPUA 1W56A 1K7FA 3P81A 4JEQA 2A2IA 3QMTA 2J88A 3WK1A 1H61A 1QO2A 4Z1CA 2Z0IA 1YTEA 4WUIA 1K3UA 4AF0B 1DV7A 2C19A 4GC4A 3G1FA 1UASA 4NJKA 2B4GA 1DOSA 2A6NA 3MP3A 1GWJA 2R14A 1DHPA 2E5CA 3DGRA 3W72A 5D2YA 5K4XA 1W3NA 1GJPA 4LOCA 2Q3RA 3IIOA 4FX8A 2EHHA 1WBHA 1TPVA 3Q37A 4UFMA 2F84A 4ADUA 1YLVA 2NLIA 1LBLA 3NL6A 1TYGA 3RU6A 1W8SA 3CHVA 1G4PA 1TO3A 1W3TA 3VKJA 3W7JA 4CCDA 1L2UA 2QJHA 3IGUA 4NUWA 2DP3A 2J27A 3SI9A 3IV3A 3PBWA 3NVTA 3ABQA 3HGSA 3W3OA 3TA6A 2QCDA 4A2RA 1P5BA 2FTPA 2ZZ5A 2EKCA 3W73A 4BI5A 2QAPA 4NXKA 4UUIA 1ICQA 3L0GA 3D0CA 4RLIA 3QF0A 4YL2A 3B8DA 4GNJA 3DXIA 1OYBA 3M5VA 4K36A 2FPYA 5T26A 4PODA 2PRMA 1EB3A 5CZ0A 3PF3A 1SW7A 2WNNA 1A5AA 4DF0A 2GOUA 4L4LA 4Y9AA 2X16A 1SPQA 5F2LA 1ICSA 4Y96A 5F4SA 1H63A 1KTBA 2X1TA 1YXCA 3BPWA 2Y7EA 1GOXA 2OCZA 3W7NA 4JX6A 2ZRVA 5KZEA 1GVRA 3NGJA 4NX5A 1NVMA 1KFJA 1PE1A 1H7NA 4UTWC 4CQ9A 5D2WA 2YGYA 2VC6A 5FF2A 2WSQA 3KRUA 4K8EA 4UFKA 4BWLA 3BW4A 1GEQA 4LVDA 3RMJA 2EGZA 3CPRA 3NQMA 5DCEA 3B03A 3NOEA 2YFOA 1I4NA 3W7LA 3DFSA 4I7WA 1FXQA 3W1LA 3L21A 3IIVA 4ZL1A 3O1NA 4PL2A 4UCGA 3B0VC 4FB7A 2C14A 2V5BA 5KITA 3LRLA 1I2NA 2X1UA 3HF3A 1L6YA 1JUKA 5C54A 3TH6A 3O63A 4BR1A 4OV9A 1TV5A 3BO9A 5AFDA 1IIHA 4LVGA 3CIXA 3CQ0A 1KFEA 1DJQA 3GYEA 3I7QA 1G4EA 1XBVA 3WJWA 3S5OA 4Z1AA 1F74A 1GT8A 3NR0A 2X1RA 5AC7A 4MY8A 2TPSA 1OX4A 5I3FA 1TQJA 1FCUA 5BMWA 2YYUA 5LGXA 4LVFA 1QOPA 2JBMA 2J24A 3UNDA 2GQ8A 4E38A 4HIBA 1SU5A 1BEUA 1XBYA 1K8YA 1ZAIA 3LI1A 3C0JA 3NQDA 1G7UA 4X3ZA 2Z2UA 2YFNA 2Y63A 5C6MA 3L66A 1ZAJA 4PC8A 3NQ6A 2P10A 1X1ZA 3AO0A 3NM3A 3EXRA 3S5ZA 5CZSA 1NFBA 3PUEA 3RK8A 2QUVA 3T55A 5K2ZA 1H1ZA 1LLWA 2V2HA 3LRKA 4CNPA 1YPFA 3TK7A 1FUYA 4FNQA 3S5YA 4HN4A 4FXSA 4YLWA 4LVAA 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 5D38 A;  2PRL A;  1PL9 A;  5D02 A;  3MYP A;  3PAJ A;  3TW6 A;  5F1V A;  4X9S A;  1H7P A;  3FS2 A;  4BFA A;  2E77 A;  3G8R A;  5G1Y A;  3E12 A;  1ML1 A;  3C2E A;  1YAD A;  5FES A;  4MJZ A;  3RFA A;  3WK2 A;  1JRB A;  5EA9 A;  1VYP X;  1FWT A;  1A50 A;  4S1F A;  4UC5 A;  4O1A A;  4AB4 A;  3NG3 A;  1R46 A;  2R8W A;  2ZA2 A;  3LXB A;  1YXD A;  4UTJ A;  5DBT A;  3A23 A;  3SW6 A;  2WPB A;  3DKL A;  4O17 A;  4NXS A;  3GLC A;  2G95 A;  1SZE A;  1X7F A;  4RKA A;  4GWE A;  3BAR A;  4ZVJ A;  2ALD A;  3P74 A;  3ZR4 A;  3OVR A;  3DFN A;  2WKJ A;  2OJP A;  3GDK A;  2VFE A;  2XN0 A;  4JY9 A;  2H6R A;  4P2V A;  4UTU A;  1KV8 A;  4NJH A;  1LBM A;  2OT1 A;  2XN1 A;  1T96 A;  2QDH A;  2A7N A;  4X22 A;  4MJM A;  3PSV A;  3W1N A;  1VH7 A;  3M6Y A;  1OFP A;  4K38 A;  1EA0 A;  2QF7 A;  4JD4 A;  3CLM A;  4HPJ A;  1LRT A;  3LV5 A;  4H4I A;  2B7O A;  3BG5 A;  3L67 A;  3N34 A;  3I7S A;  1PII A;  1D3G A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3IIP A;  4WGH A;  3P60 A;  3KCO A;  4BQ3 A;  3ITX A;  2H8Z A;  5I06 A;  4B9Y A;  4WQ6 A;  3NUK A;  1HN1 A;  3B9D A;  1UD8 A;  1FVP A;  4Z1B A;  3EMZ A;  3W6L A;  5BXS A;  3UD6 A;  1F73 A;  4QAI A;  1I1X A;  3I4K A;  4FR1 A;  5FAG A;  3KS6 A;  4C6L A;  1C7S A;  1XRF A;  2E68 A;  5MKG A;  1XFB A;  4IT1 A;  3LHZ A;  1MFU A;  3SCN A;  1XBZ A;  3I7R A;  4LFY A;  4HN8 A;  4JEJ A;  4ZQR A;  4AC7 C;  4R53 A;  4ZB5 A;  4RUB A;  1OZQ A;  3GFX A;  4K8H A;  3KFT A;  3VGB A;  2ONE A;  1UQZ A;  4HU0 A;  4BEU A;  1WAW A;  4M29 A;  4QNE A;  3MP4 A;  3UES A;  3G0S A;  2Y8V A;  2PRH A;  1SFT A;  2WBK A;  4K1W A;  1W37 A;  3HV9 A;  2OOD A;  3LOT A;  2XSX A;  5F2M A;  4GUH A;  4LPC A;  4FF7 A;  2IQT A;  2WSY A;  2PGF A;  4RNJ A;  3VUS A;  2VX7 A;  3J7H A;  1QPN A;  4WD0 A;  4AIE A;  1XSJ A;  3MI3 A;  1LOS A;  1HJS A;  1E73 M;  1HO1 A;  2ASH A;  3ONC A;  3EWC A;  1TE1 A;  3MI2 A;  3ME3 A;  3FKR A;  5AC4 A;  4WJE A;  2VDG A;  3NUR A;  1VBH A;  1PCW A;  1S1R A;  5KMY A;  2CW6 A;  3W1M A;  4LX4 A;  3H12 A;  4H9Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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