2J79A

Beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with galacto- hydroximolactam
Total Genus 180
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
180
sequence length
443
structure length
437
Chain Sequence
VKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKLGVKAYRFSISWPRILPEGTGRVNQKGLDFYNRIIDTLLEKGITPFVTIYHWDLPFALQLKGGWANREIADWFAEYSRVLFENFGDRVKNWITLNEPWVVAIVGHLYGVHAPGMRDIYVAFRAVHNLLRAHARAVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASEDIRAVRFMHQFNNYPLFLNPIYRGDYPELVLEFAREYLPENYKDDMSEIQEKIDFVGLNYYSGHLVKFDPAKVSFVERDLPKTAMGWEIVPEGIYWILKKVKEEYNPPEVYITENGAAFDDVVSEDGRVHDQNRIDYLKAHIGQAWKAIQEGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYSTQKRIVKDSGYWYSNVVKNNGLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE A
publication title Glycosidase Inhibition: An Assessment of the Binding of 18 Putative Transition-State Mimics.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
total genus 180
structure length 437
sequence length 443
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2006-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2j79A00
2J8GA 5A6LA 4AISA 1MVYA 3CUHA 3WFLA 1JF5A 4CGTA 3WF1A 2J7FA 2VR4A 1KGXA 2A3HA 1GQKA 2VJXA 5ABFB 4MJ2A 4CCCA 1CXFA 4BQ2A 4M24A 4HPHA 3I3DA 5FCZA 1E3ZA 2ZX8A 4J3TA 2J7DA 3W28A 4GQRA 1TMQA 4P8XA 1CWYA 5DEZA 1E55A 2CCRA 3NSXA 2QMJA 1HVXA 2BVDA 1E43A 1E6RA 1XHGA 4QFUA 3EMCA 4K68A 4L4PA 1BYCA 3AHXA 4C7GA 4GZEA 1EHNA 1OB0A 1XSJA 1WKYA 3BAYA 4AZCB 2VC9A 4UOQA 3OLGA 2VRQA 1B90A 3B9DA 4HZ6A 1CYGA 2YL6A 3NSNA 5CGMA 4W7UA 3WNOA 2J75A 3B9AA 2O9RA 4KH2A 5AC4A 3ARRA 3OA5A 4XB3A 3W0KA 4ATWA 1B0IA 2JF7A 2G3NA 5EFDA 1B30A 3IJ8A 3OB8A 1W3KA 1ISZA 5BYWA 3CO4A 5IFPA 3EDDA 5CZKA 3WFZA 4UFHA 4PMOA 4MB3A 4IPLA 1RH9A 4Y7EA 4URIA 1NP2A 3WBAA 3VDHA 1EO7A 4P8UA 3AMDA 4B3KA 1WO2A 3T0DA 4EAMA 3TTSA 2AOSA 4UQBA 4PMNA 1C7TA 1EO5A 4DUWA 4F79A 1XH1A 3QOKA 1TG7A 3PZIA 4XV0A 1BSIA 3MSGA 3GXMA 1ISVA 4D6HA 4B15A 2PBGA 1JG9A 2W62A 2OWWA 4U31A 3ALFA 3SCRA 3VOCA 3W26A 4M56A 1NARA 5CLTA 2ZUTA 1BTCA 2ZUWA 3GTNA 2RGLA 4E8CA 4BQ3A 1PPIA 2GK1B 4GI9A 6CGTA 4RL3A 1JZ3A 1UWIA 3WQ6A 2VOTA 1UQZA 3WEMA 2E9BA 2E8YA 1C8YA 1IT0A 2D3NA 1R85A 5BWFA 3VU2A 1KCKA 1CDGA 3MU7A 1DWAM 5D9NA 3RM8A 4HMEA 1NOFA 1UH2A 3OIHA 4TX6A 1HX0A 3L4ZA 2DQXA 4MNKA 3QGVA 4WF7A 2J4GA 2GUYA 1DEDA 1ZJAA 4B9YA 1XV8A 4U33A 4MAVA 1UUQA 1ZS2A 1GZJA 1B1YA 1BQCA 1TA3A 2EQDA 2J78A 3K46A 3PHAA 2B31A 2EEXA 2E8ZA 2Y8VA 3QHOA 4PEEA 4PYSA 1EQPA 3DYOA 4XX6A 3WBEA 1TZ7A 3GXDA 2VX6A 3WUFA 4V27A 2PC8A 5M3WA 1I75A 1W3LA 4E8DA 4WIWA 5E6YA 1QHOA 1B3WA 3AXXA 3AISA 3THDA 3F4VA 3T2PA 1KXHA 3K4AA 3VIKA 4TTUA 4P8VA 3ARQA 5GNYA 1XD1A 2UY3A 1CXEA 2DGAA 3AFBA 3SURA 3TOPA 1W3HA 2WHKA 4Q7NA 4FLRA 4JFVA 1TA3B 2YLAA 4OOZA 1O6IA 3B8SA 4CD5A 1OBAA 2WBGA 3KZSA 4DWSD 5A6BD 5A6JA 2G8ZA 1R86A 1UD4A 1UHVA 1VF8A 4UFLA 3TTQA 1HF6A 1FP8A 1QNPA 1V3KA 1ZBKA 3ARWA 1CPUA 1QI5A 1JYVA 1M04A 3ZT6A 3GNPA 5I6SA 2X0HA 1MWOA 3K8LA 1H4PA 5AY7A 1UR8A 1UKQA 5BROA 3SCUA 2CITA 2JF6A 1WDRA 4AZIA 1KXVA 3CTTA 3VIJA 1V3IA 1JFHA 4OOUA 5FL0A 1B3YA 1QBBA 2D2OA 1LG1A 2J25A 2CNCA 5ABEA 1NH6A 1W32A 2FHCA 1XYFA 2VURA 1US2A 5BXTA 3WQ8A 4DUVA 3SEPA 2DT1A 2XVKA 2VQTA 3M46A 2OWCA 3EMQA 1SMAA 2VZTA 2YL8A 4HA3A 1ISXA 5A2AA 1KCLA 2PWHA 3VNYA 3GH5A 2W61A 1TR1A 1GOMA 3U7BA 5CLWA 2DH3A 1B3ZA 2X0YA 4W8LA 2VR5A 5HPOA 3GBEA 3CBWA 3F5LA 2YOCA 3OG2A 3IJ9A 4RE3A 4JFUA 2QLYA 1OWQA 2CHOA 2EPOA 1ZB5A 5C70A 2CHNA 1BG9A 2BNJA 3AHZA 1UR4A 5HOSA 2WMGA 1GQJA 1J01A 1JYNA 3LPGA 1V3JA 4CD8A 2WLZA 1OM0A 1E6PA 2WYSA 2IXVA 2A3EA 4OZOA 1A47A 1X6LA 4M82A 1BYBA 1XD0A 2O9TA 5D9MA 3VIFA 5JUVA 5KZ6A 4N42A 1CIUA 5TD4A 2BHYA 4H8VA 1WZKA 4P7RA 1BYDA 2EJ1A 3S6TA 3N15A 3W6LA 1C3FA 1KXQA 1E0VA 4GI6A 1UZ4A 3M7SA 5A69A 2WMJA 2XVPA 4CU7A 1FFQA 4LGXA 1E4IA 1CLVA 5DF0A 1G9HA 2CBUA 3GDBA 1BAGA 3VD7A 4D6DA 4F9JA 1I1WA 1LL6A 5BXSA 2CBJA 4TXEA 1AQHA 3ECQA 1TFVA 1AMYA 5D9OA 4CU6A 3UEQA 4ZEPA 4JFSA 3W82A 1NOWA 3N11A 5I79A 1E0WA 4OJYA 3EDKA 1AQ0A 1WZLA 2XTKA 2WHMA 4EANA 3LMYA 2OWXA 3RJXA 3OGRA 1H41A 1AVAA 1V02E 4AY1A 3WELA 3U5UA 1E9LA 1BVZA 1NM9A 2WVTA 2YDRA 3MUIA 1JF6A 1EGZA 2GSJA 1UWUA 4W88A 2VL4A 4AD5A 4UQ9A 3K1DA 3DYPA 3KL5A 3A3HA 3VKKA 2ZX9A 2XG9A 3CGTA 3DC0A 2NT1A 1R7OA 1FH7A 3SUUA 1W9BM 1ZBCA 3OGVA 2WSKA 9CGTA 3UR7A 3K8KA 3MV01 5D9PA 1OGGA 2XGIA 2OYKA 2EXOA 4H7VA 4B16A 4C7DA 3VINA 5JBEA 1KGWA 3NDYA 1QVBA 3WNMA 1JDDA 1VAHA 2WVUA 1HKKA 1E6ZA 4W5UA 1C8QA 4HU8A 2WC7A 3FN9A 2V3GA 1QW9A 1GORA 1GOKA 3K8MA 1CEOA 2D0FA 4JAWA 1FP9A 3AXIA 1WDPA 1OGSA 1LWHA 4PTWA 4BF7A 4PCSA 4X0VA 1VEPA 5A1AA 1LJYA 2JE8A 4V28A 1SMDA 4W87A 1BFNA 1CECA 1L0PA 3GH7A 3UETA 2CPUA 2WAGA 4DWSC 4CN1A 1H1NA 2VZOA 1UKSA 1BLIA 5CPSA 1ZL1A 1V0LA 4ATDA 2G3JA 3W81A 3W29A 4GI8A 4UOZA 2BV9A 1VFOA 2FDMA 1O7AA 4UQDA 1E40A 3FXYA 2XUCA 1GVYA 3PTKA 4PMRA 4TUFA 3ZJKA 3NIYA 1V3MA 1MQRA 4IPNB 4HOZA 4KWUA 1E56A 4MDPA 1S46A 2X2YA 1J18A 5CJ5A 4W85A 3TTYA 3VDBA 4DWSA 1ODUA 4Z2KA 1E4NA 1E6QM 3PN8A 3WMCA 4UFIA 1OT2A 4D6CA 3AMKA 1JL8A 4AEFA 3WDHA 2UWFA 1EDTA 1WPCA 2BY1A 1EQCA 2GJXB 1GW1A 1VIWA 3L4TA 2ZUSA 4PMZA 4HPGA 3AS3A 5IXEA 3AIRA 4IM4A 5E6ZA 3AIWA 3BCDA 1M01A 3AZSA 2DT0A 4ZXOA 1HXJA 1E6XM 4AD1A 5JIPA 3VDAA 3ARUA 4XZWA 2ZUUA 4Z2GA 4JCMA 1WAWA 2IUZA 1MW1A 3WUBA 2VT0A 3WDIA 2CIPA 1B31A 2BVTA 4BQ4A 1NOUA 4IISA 4H8HA 1NWSA 2BY3A 1OINA 1V0NA 1PJ9A 3MUAA 3O2LA 3N1AA 2OLHA 4HU0A 1IZJA 1DP0A 5DT7A 3WD4A 4MADA 3IJ7A 4CKQA 1MQPA 2BVYA 5A6AA 1HNYA 2QPSA 1EOMA 1ZJBA 2YJQA 4ACZA 5FL1A 3CIVA 2J7CA 3DECA 4D71A 1LWJA 3BAXA 4YN5A 3SCSA 1KB3A 3WNPA 4PMVA 3SCVA 3WNKA 4CD6A 2D22A 4W86A 1PIGA 5DFAA 5FOOA 3VGBA 3TTOA 1V3LA 1W1TA 3OZOA 1HT6A 3VIHA 1BYAA 3AQUA 3GXIA 3ZJ8A 3CH9A 2VZUA 1BGAA 1V08A 2XIIA 1NP0A 1W1PA 2J7GA 4U2ZA 7TAAA 1OD8A 1N82A 1TE1A 1UD2A 2GJRA 1K6AA 2XSBA 3L4YA 1VFFA 1GPFA 4NRRA 5A2BA 4ACZB 1GVIA 2RGMA 2VRJA 3AS2A 1EH9A 2WMHA 3UESA 1W91A 4FF5A 3EBVA 1ISWA 4UQAA 4M29A 1MW2A 2OSWA 1JYWA 2FH6A 4JKLA 4GZJA 2Y4SA 5BRQA 1VJSA 1CGUA 4GINA 4AC1X 2XWDA 3PZGA 1QI3A 3RMEA 1A3HA 2C0HA 1EHAA 2MANA 4ZE4A 1XC6A 3AXHA 3BAIA 5A2CA 2XYLA 2ZUNA 1CLXA 3GYCA 3WF4A 4MNMA 4LYPA 4A3HA 3AMLA 4NF7A 1V0KA 4W7WA 1EOKA 2VRKA 3SCQA 3D3AA 4PTXA 2GVYA 4FLQA 1CGWA 5A6MA 1AQMA 1H2JA 3MO4A 3GNOA 3AICA 4JL1A 2V3EA 4PSPA 2X05A 1CGVA 1QHZA 4JHZA 2DDXA 4HMDA 3ARYA 4J7RA 2XGBA 1H09A 2YKKA 3W27A 4TTGA 2BXZA 1M53A 3AI0A 1HVQA 1HL9A 1PZ3A 4AD2A 2X1IA 2V38A 2D3LA 5A8PA 4MNJA 5KEZA 4ZFMA 1BF2A 1JYXA 3BLKA 1UQYA 1Z32X 4HA1A 3F5KA 3L4VA 5BRPA 3JUGA 1U2YA 4CU8A 2PWDA 1R8LA 3G6MA 1B9ZA 2WNWA 3CHEA 2V3FA 3WSUA 5D8WA 1UYQA 5A6SA 3WEOA 1KR0A 3WENA 2Z1SA 2WC3A 3VMPA 4S3JA 3IAPA 3ZJ7A 4UQEA 1VJZA 5GQBA 2YDQA 2UY5A 5FKYA 2FH8A 3QR3A 2E0PA 4FLOA 4JL2A 1QNQA 1H3GA 3PZOA 2WMFA 1W1VA 2DT3A 4W8BA 4KGLA 1M03A 1XH2A 3O9NA 1BVNP 4LPCA 1HJXA 1E6SM 1WE5A 1EDQA 2XVGA 4UNIA 3VO0A 3GM8A 3VX1A 3WMSA 3UG5A 3T08A 2JIEA 4KMQA 4J3XA 3VTRA 1W9VA 2J77A 1E0XA 2WVVA 1QNOA 6A3HA 2VUYA 1HL8A 4CN4A 3QOMA 4WJXA 1IZKA 1VEOA 3BGAA 2PBOA 2YBTA 4MTVA 2QHAA 1K9DA 4F9DA 4Z2HA 3LPPA 1V03A 1JI2A 4QCEA 4ATLA 2WB5A 4H04A 2YIHA 4AWEA 1QI2A 3SCOA 1HP5A 3AIVA 3BAJA 3WD2A 2WMIA 2PWEA 4JZ5A 3VX0A 1R87A 1Q6FA 4WKFA 5A6KA 1CXKA 2WKLA 1V6VA 2J47A 1Q6DA 4Z2LA 1YHTA 2ZXDA 3AS0A 2CKRA 3WQ4A 2GFTA 5I24A 3MMUA 5DT5A 2XWEA 1MYRA 2TAAA 2OSXA 2WANA 1G1YA 4PBGA 5LA2A 3ZMRA 1F4HA 4P7NA 3OLDA 3UR8A 1JNEA 2WCAA 3AMGA 3MKKA 4YHGA 2J62A 2BHZA 1HP4A 3MUY1 4F8XA 5D8ZA 1BPLB 2DEPA 3BSGA 2JEPA 2ZIDA 4X9YA 2YA1A 3SCPA 4IUGA 2J7EA 3N12A 1ZU8A 2Z1KA 3RDKA 1UD5A 2JALA 2E4TA 2XFFA 4U3AA 1FH9A 1JZ8A 3WQ5A 1PX8A 1V6YA 1JZ6A 5FIPA 3VD3A 3UERA 3IAQA 3GNRA 1K9TA 4AEEA 1HN1A 1OGBA 1HKJA 4D6GA 4BQ5A 2W67A 3SUWA 4HZ8A 3MUZ1 4JCLA 3VGGA 1CGTA 2VVSA 2ZXAA 4E4PA 3ZR5A 2EO7A 3AIUA 2J7HA 4W93A 2ZUVA 1UA3A 5C8BB 1NWUA 2ZXQA 2VZSA 4AD3A 3BAWA 1GOWA 1EA9C 4S3KA 1UG6A 3WD0A 3BH4A 2EBNA 1JD9A 3WDQA 3VVGA 1UR0A 4WK9A 2YDSA 3PZUA 4MB5A 3VIGA 4X0NA 4J27A 5AC5A 5CSUA 5ABHA 2VCCA 3CHDA 4LYQA 3W25A 1FOBA 1ISYA 3UG4A 1C91A 3DHUA 2DSVA 3WF3A 3T09A 3ARPA 4AD4A 4PMYA 1QNSA 1UOKA 2G3MA 2F8QA 1KR1A 1V3HA 1VFMA 1WNOA 1UD6A 4GXPA 2BFGA 1E3XA 1J11A 1QOXA 3SUVA 1WZAA 1W9PA 1XH0A 1VB9A 2XPKA 1XCXA 4KRTA 2XIBA 1U33A 4LQ1A 1FHDA 2YA2A 4YHEA 4J3WA 2O92A 5BXPA 2PB1A 2YLLA 2ZXBA 1FH8A 3MSDA 4WLCA 3PBGA 1OIFA 2DIEA 5IHRA 5LA0A 1JZ4A 2WHJA 1QBAA 3WEZA 4AW7A 4U2YA 4D1JA 2PF0A 3BC9A 2FHFA 4B9ZA 5A8OA 1BHGA 1E5NA 3VD4A 3POCA 1GQIA 3WQVA 1CBGA 1K9FA 3MMDA 1KBKA 4J28A 1E73M 1DWJM 4CN6A 3W37A 1KGUA 4OBSA 3RM4A 4ACYA 1E1FA 4MPKA 4OIFA 2F61A 4A4AA 5JIWA 1J0ZA 4UFJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2J8G A;  5A6L A;  4AIS A;  1MVY A;  3CUH A;  3WFL A;  1JF5 A;  4CGT A;  3WF1 A;  2J7F A;  2VR4 A;  1KGX A;  2A3H A;  1GQK A;  2VJX A;  5ABF B;  4MJ2 A;  4CCC A;  1CXF A;  4BQ2 A;  4M24 A;  4HPH A;  3I3D A;  5FCZ A;  1E3Z A;  2ZX8 A;  4J3T A;  2J7D A;  3W28 A;  4GQR A;  1TMQ A;  4P8X A;  1CWY A;  5DEZ A;  1E55 A;  2CCR A;  3NSX A;  2QMJ A;  1HVX A;  2BVD A;  1E43 A;  1E6R A;  1XHG A;  4QFU A;  3EMC A;  4K68 A;  4L4P A;  1BYC A;  3AHX A;  4C7G A;  4GZE A;  1EHN A;  1OB0 A;  1XSJ A;  1WKY A;  3BAY A;  4AZC B;  2VC9 A;  4UOQ A;  3OLG A;  2VRQ A;  1B90 A;  3B9D A;  4HZ6 A;  1CYG A;  2YL6 A;  3NSN A;  5CGM A;  4W7U A;  3WNO A;  2J75 A;  3B9A A;  2O9R A;  4KH2 A;  5AC4 A;  3ARR A;  3OA5 A;  4XB3 A;  3W0K A;  4ATW A;  1B0I A;  2JF7 A;  2G3N A;  5EFD A;  1B30 A;  3IJ8 A;  3OB8 A;  1W3K A;  1ISZ A;  5BYW A;  3CO4 A;  5IFP A;  3EDD A;  5CZK A;  3WFZ A;  4UFH A;  4PMO A;  4MB3 A;  4IPL A;  1RH9 A;  4Y7E A;  4URI A;  1NP2 A;  3WBA A;  3VDH A;  1EO7 A;  4P8U A;  3AMD A;  4B3K A;  1WO2 A;  3T0D A;  4EAM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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