1OWQA

Crystal structure of a 40 kda signalling protein (spc-40) secreted during involution
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNFGSERFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGWRDKRHLTTLVKEMKAEFVREAQAGTEQLLLSAAVPAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGGWRGTVGHHSPLFRGNSDGSSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSYTLASSKTDVGAPISGPGIPGQFTKEKGTLAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAIKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein
molecule keywords signal processing protein
publication title Crystal structure of a 40 kDa signalling protein (SPC-40) secreted during involution
rcsb
total genus 119
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-03-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1owqA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1owqA01
2ZICA 1W9PA 1Q6EA 3G6MA 1UWRA 1KR1A 3WD1A 3OLDA 5DEZA 4QAWA 3QGVA 1XCXA 3DYMA 2XM1A 5GNXA 4LYQA 1LG2A 4UQ9A 1VB9A 4TVDA 3SCUA 4D1IA 4J3VA 4YHGA 5JBDA 5I78A 1XYFA 2Q8XA 1NARA 2WMGA 1R7AA 4QFUA 3SUTA 5M17A 4AWEA 3ZT5A 4IM4A 3WBEA 1E73M 1L8NA 1PZ2A 2PWEA 4AMCA 1KBKA 3ZO9A 3ZQ9A 5CPQA 1HP4A 2YL5A 1MW0A 5M3WA 1B3XA 1V0LA 4D6GA 3SUVA 4AD4A 4TX6A 2OYKA 4J3WA 3WKZA 1BVNP 2J7HA 4P7LA 1KWKA 4AD1A 4AEEA 4KGJA 3W25A 4WKFA 5IFTA 3WIJA 1OIFA 4IISA 4KRTA 4PMXA 2WMIA 1US3A 4KWUA 3VIFA 2VI0A 4WLCA 3MUY1 2BXZA 3VILA 5IHSA 1X1NA 1OGBA 2ZX6A 4QP0A 2FH6A 4JKKA 3A3HA 2VX5A 3VM7A 3DYOA 1EQPA 3ZOAA 3POHA 1FH8A 4YPJA 4JZ5A 3NUKA 4HOZA 1UR0A 3MMDA 4XB3A 2EPNA 3VGDA 2CHOA 5IFPA 3T2QA 4QCFA 4BQ4A 1NWUA 2EXOA 3GDBA 3VIOA 1TVPA 5KZ6A 1W1YA 3L4UA 2PB1A 2A3HA 1E3XA 2WSPA 2F61A 2XGBA 1FP9A 1E6SM 3AIUA 4U5IA 1ZBCA 4H2CA 1BGAA 3EDDA 4HPHA 3GM8A 1CXKA 4Q22A 3L2LA 4IPLA 3IANA 4ACZB 4H7VA 1E6RA 1OD8A 3ZMRA 2VTFA 3OLGA 1TVNA 2D3NA 4OBRA 5A6AA 1IZKA 3F5LA 4DUVA 1BFNA 3SUSA 1C3FA 2VC9A 1KXTA 4BQ3A 1WNOA 4MADA 2Y2WA 3ECQA 3ZJ8A 4D6FA 3VIHA 3AHYA 3SCPA 2W61A 3S2CA 2Z1SA 4AYSA 1D2KA 1G1YA 1H41A 2Y8VA 1E5NA 1JI1A 4OIFA 4WSJA 1BF2A 3FN9A 3PZVA 4Z2JA 2G3MA 2BY1A 3W27A 4CD8A 1WCGA 1BQCA 4H8HA 4W88A 2JF7A 1HJWA 2FH8A 5FKYA 2G8ZA 8CGTA 2YOCA 1F4HA 3CZJA 3SCSA 1EO5A 2DGAA 1J0KA 1BTCA 1XD1A 1JDCA 2FDMA 8A3HA 1NM9A 2YL9A 1V0NA 5E6ZA 1R86A 3CBWA 3NSNA 2FGLA 3NDYA 2XGIA 4J27A 3BCDA 2J79A 2WCGA 4PSRA 4PMYA 1NOFA 4RL3A 3BSGA 4MAVA 2WPGA 2OLHA 4AD0A 3AHZA 3MU7A 1GPFA 3CUFA 4BCEA 1NP0A 1R8LA 3ZJ6A 4NI3A 3SUWA 4W93A 1JNDA 1R85A 1V6UA 3BXWA 3PHAA 1C8XA 1RH9A 3VKKA 4RE4A 5FCZA 4CGTA 1KWGA 2CNCA 4PMOA 4XZWA 1J0HA 5LA2A 1O6IA 3ZIZA 2ZX8A 1KGUA 1CXFA 1VJZA 3L4XA 3AROA 1VFUA 1KXQA 4QLLA 2O9TA 1E40A 1UD3A 2PC8A 1WDSA 1DWJM 2WSKA 1V08A 4AZIA 3EYPA 4LPCA 3CUHA 3GZAA 1UKPA 4HTYA 1HP5A 2VZSA 2QF8A 4H41A 3PZGA 3QOKA 2B31A 4W87A 3ARQA 4TTUA 4MNJA 3POCA 4PMUA 4BS0A 4F8XA 4C7FA 5IDIA 3KE0A 4E8DA 1XH2A 3KL5A 3U5YA 3VINA 5HPOA 4CD4A 2C8NA 4W7UA 4NRRA 3RO8A 5A3HA 1V6XA 1E6XM 2UY3A 2WANA 1ISXA 5CXPA 1V3JA 1H0IA 1MW1A 1EIBA 1RD6A 2J75A 2YDRA 3AFBA 3ARTA 4S3KA 3CHEA 4HOWA 4XV0A 2QHAA 2X1IA 1B31A 9CGTA 4Y7EA 4EAMA 2DIJA 2WBGA 1WDQA 2XTKA 1HJUA 2DH3A 3FAXA 1JGIA 1EGZA 4TX8A 1JAEA 2BHZA 2NT1A 3ARXA 5HDRA 4D72A 4V27A 6A3HA 4ZE5A 1UD4A 1Z32X 4MNLA 4XX6A 5BRQA 1QBAA 2VURA 2CBUA 1L0PA 3WENA 4ACYA 4UZUA 4W5ZA 4AZ6A 3WMBA 2CXGA 4X9YA 4BZYA 5FD0A 2WMIB 3GNRA 3WUFA 3GH4A 5EFDA 3EDEA 1QHZA 2DEPA 3AXXA 2PBOA 3IK2A 3VDHA 2CKRA 4W8LA 3BLPX 3PZ9A 5CSYA 3EMQA 2E9LA 1I1XA 3CZ8A 5LA1A 5CLTA 3SCTA 2VCCA 1H09A 2G3JA 3VTRA 1BVZA 4D6EA 1IT0A 3W6LA 1K9DA 2WZHA 1HJXA 1B3VA 4CVWA 4N42A 1UH2A 3VDCA 5CGMA 1H2JA 3ZT7A 3EBVA 2BV9A 1TG7A 1WB0A 2X09A 4HZ6A 2D0GA 1NH6A 3T09A 4JFUA 4FLSA 3DECA 2VRJA 2Y4SA 1CIUA 2E4TA 1UR8A 2YA2A 2DSWA 1WKYA 1OM0A 3VVGA 3WNKA 2A3EA 3WD3A 1TUXA 1FA2A 3WEZA 3PN8A 1V03A 3F4VA 4PTMA 3VDAA 3M6DA 3OBAA 1HN1A 1B3WA 2ZXBA 6TAAA 3WN6A 4GZEA 1B0IA 3GNOA 3ZSSA 1PIGA 4PMRA 5IHRA 2MANA 2E8YA 1JF5A 2ZUNA 4UFLA 4HZ7A 4JL2A 1UR4A 5EMYA 4J7RA 3B9AA 1CGUA 1EOKA 2NT0A 2E3ZA 4MJ4A 3SEPA 3VNZA 1JD7A 1EDGA 2D20A 4UR9A 1EHNA 2DPEA 4RE3A 4GI6A 5JIPA 3PTMA 2DT1A 2BY3A 5TD4A 2VQUA 4XUYA 4Z2KA 1AQMA 3WQVA 1W9BM 4W8AA 1ECEA 1UH3A 3WMCA 3LPOA 1W1VA 2ZIDA 4W8BA 1BG9A 1NWTA 1D3CA 1KCKA 3LMYA 2ZUUA 2FHBA 4KMQA 2GDVA 4TTGA 4W86A 4E2OA 2WM0A 1DWFM 4GO8A 4CUCA 4JCLA 1KB3A 4PUEA 3AOFA 4NSBA 1VBRA 2WK2A 3QOMA 1OT2A 5A6MA 4EK7A 1MVYA 1UR1A 1CXIA 2PWHA 3LPFA 1OSEA 5CGTA 4W7VA 2DH2A 2XIIA 3WL1A 3IJ9A 1MW3A 1GOOA 1W9VA 2BNJA 1OGSA 1XH1A 1JXJA 5A8NA 1G94A 2VJXA 4D71A 2PI6A 4PMZA 1E0WA 3AXHA 4W84A 3WH8A 5A6JA 3MUIA 3U57A 2JIWA 2EBNA 4QLJA 1E55A 2VRKA 4HOXA 1SMAA 4AD5A 2QMJA 3SUUA 3O9NA 1E6ZA 4R27A 1LWJA 4CN6A 2BHUA 4PCTA 5D8ZA 3AS0A 2GUYA 4OUEA 5DO8A 3CZKA 2ZUSA 2WMJA 1AQHA 1UWQA 3GXFA 2QV4A 1DWHM 2C7FA 4D6DA 2QPSA 3WEMA 2JEQA 5ABHA 1FHDA 1HKKA 5BROA 2F2HA 1EO7A 2V5DA 3BCFA 3OIHA 1ISVA 3OG2A 5A8OA 5EFFA 2WCAA 4U33A 3WQWA 4U3CA 2CITA 3KWXA 3ARVA 1PX8A 2DDXA 4C7DA 4UFMA 3L4YA 3BLKA 2UY2A 1CZ1A 2CCRA 3VGFA 5JBEA 3CZGA 3EDFA 2ZUMA 1QNQA 3AJ7A 1B9ZA 2J4GA 1EDQA 3M46A 1ISYA 3BAKA 2D22A 5FIPA 4M56A 7TAAA 1XCWA 1I1WA 4AD3A 1CGYA 4AZHA 3ALGA 2W91A 2TAAA 2A3BA 5JH8A 1MXDA 3WQ5A 2OSXA 4BA0A 2V5CA 2AOSA 4EKJA 4TUFA 3VGGA 3VX0A 2XHYA 1E4MM 3DYPA 3BAXA 3GYCA 1CPUA 2WZEA 5ABFA 2DSVA 1FFQA 4UFJA 3ARZA 2E9BA 4ZENA 3ZJKA 3VMOA 2IXVA 4URIA 4MDOA 1CGVA 5CPSA 3SURA 1TFVA 2CBVA 2ZXAA 5DT5A 3NSMA 2E9MA 1W3LA 1J18A 1JZ8A 1W1PA 4JKMA 4P7RA 4XZBA 3CIVA 3N04A 2YBTA 4PCSA 1Q6CA 2W63A 1FHLA 1BPLB 1M53A 1HJVA 4GQQA 3WUEA 1C7TA 3CPUA 1HJSA 5LA0A 2J62A 3UEQA 4IPNB 2DSUA 2A3AA 1E0VA 1PJ9A 1GVYA 2EJ1A 4WF7A 2CBJA 4Z2LA 1UWIA 1HJQA 5HNNA 3EDKA 1U33A 3W6MA 3CHFA 1LL6A 1GOWA 2XVLA 1PBGA 2JE8A 4CD7A 1OT1A 4M82A 2VX6A 2XUCA 3WMSA 3B9EA 3M7SA 2WWDA 4WIWA 3AIBA 3DHUA 3GTNA 3NJ3A 4ZXLA 2IXUA 2JALA 3AHXA 4F9DA 3VM5A 1WE5A 4H04A 1HF6A 3WNLA 1PZ3A 5JUVA 3AI0A 1OBAA 3QHOA 3WNMA 2J7GA 3BC9A 2RGMA 3WQ4A 4F9JA 4CD6A 4X0VA 4AIUA 2VR4A 4JFWA 1A47A 4OOUA 3BGAA 3WF2A 3CTTA 3NYDA 1I75A 4U2ZA 3RIKA 4GI8A 1E6NA 4D6CA 1QNOA 5CLWA 3RDKA 3VD5A 2DSKA 1K9FA 5DF0A 2YKKA 1PAMA 3AMCA 1GCYA 4AY1A 4JFTA 2ZXDA 4DWSB 4Z2GA 5CPTA 2NW0A 5E70A 4MB4A 1HL8A 1NOUA 3OGVA 3VD3A 1AQ0A 2OYLA 4W89A 3BAJA 4LYPA 3PTQA 1O7AA 2O92A 4M80A 2WMKA 4MB5A 1EHAA 1GOQA 4QCEA 1TR1A 4U5KA 4HPGA 3WNPA 4PTVA 1QW8A 4D6IA 1JYNA 1KR0A 5E0FA 2X05A 1HL9A 2ZWZA 1BYBA 4MB1A 3AS3A 3SCVA 4AZBA 4NF7A 5CSUA 1WZAA 1W3JA 4Z2IA 3VPLA 1EA9C 3DC0A 3OZPA 3I3BA 3N11A 4DM1A 1DTUA 3WUGA 3PZIA 5E0CA 2VQTA 3L4WA 4FK9A 1UZ1A 2XPKA 5A8QA 1OB0A 1QI4A 1FP8A 1SYTA 1E4NA 1UWSA 5AYIA 3ARYA 3BAIA 2ZX5A 1JZ5A 1E4LA 1XSKA 4P8XA 3CHDA 3VU2A 1QNRA 4DUXA 1W9DM 2O9PA 3SCQA 4HA1A 4B16A 3AMLA 1HIZA 4YHEA 2WC3A 4UZSA 1XGZA 3AIEA 1HT6A 3OLEA 2Z1KA 2XVPA 3NIYA 5HXMA 3W29A 7A3HA 2A3CA 1G9HA 3IAPA 1BSIA 3N18A 1GW1A 2YJQA 1J12A 3K1DA 1UH4A 4UQAA 1VEMA 5AY7A 3VD7A 4ZEPA 2XWEA 1ISWA 1AMYA 2HVMA 3THCA 4JL1A 4CD5A 1E4IA 1WDPA 2J7EA 3WBAA 5I23A 4UFHA 1WDRA 2JEPA 2GFTA 3AHTA 2XIBA 3ZT6A 2BS9A 2G4FA 3N15A 1E1FA 4UOZA 1CGTA 2GJPA 4FLRA 1VBUA 1LQ0A 1Q6GA 1NOWA 5D8WA 1X6NA 4KRUA 3KL3A 3HU7A 2WLZA 2VUYA 1MXGA 1GQLA 1HX0A 3MV11 2OWXA 3U7BA 4S3JA 3L4TA 3AICA 5JBFA 1E1EA 2YLLA 5A1AA 2X0YA 1UKOA 3T0DA 1ODZA 4OBSA 1CLXA 2DT2A 4CKQA 5A8PA 1XV8A 1NWRA 2VMFA 4PEEA 4NRSA 5BCAA 3VGEA 3WD0A 1PIFA 1B30A 2CPUA 2V38A 3W53A 3WY1A 1E5JA 4MNMA 2OWWA 2VRQA 3UR8A 1VFMA 5ABFB 2D23A 2BY0A 4P7NA 3WQ8A 3WUBA 1FOBA 1V3IA 2WHKA 1UYQA 1YHTA 2WNWA 2YDSA 3VX1A 2WZIA 3LPPA 1LG1A 2QLYA 3CUGA 4AW7A 2ZUVA 3N12A 1OINA 2J7FA 3AZSA 3AZRA 1E3ZA 3ARRA 3AIVA 4P8UA 3ARPA 1BYDA 2JF6A 4CVUA 5BXPA 4HMEA 4J3XA 1JZ7A 3OLIA 4ATWA 1A3HA 2VX4A 1J11A 2OSWA 5I5RA 1F4AA 1W1TA 1CEOA 3IJ7A 4AD2A 2IUZA 2QMKA 4J28A 3TP4A 4D6JA 1KQZA 3WF3A 2UY5A 1XSIA 1CLVA 3O6AA 4H8UA 1BG4A 1OGGA 1W32A 2HISA 1UOKA 2V3FA 3U7VA 2VNCA 1FH9A 2PBGA 2ZWYA 2UY4A 3AYRA 1UG6A 4K68A 1Q6DA 1MWOA 2VX7A 2E40A 1B2YA 2BVTA 1UZ4A 2YBUA 2D1ZA 4CU7A 3W81A 1TZ7A 4BQ2A 3K8LA 1QHOA 2WC4A 3MO4A 2VCAA 3A4XA 3EMCA 2EPOA 1NQ6A 4Z2HA 1MQQA 2XSAA 3WF1A 4AZCA 1GJWA 1M7XA 2DQXA 2W62A 4P8VA 4A4AA 3VUPA 1GVIA 5EBAA 5AC4A 3GXDA 4OOZA 5JIWA 3K8KA 3VNYA 3NCOA 1CNVA 4W7WA 1E0XA 1ITXA 1JIBA 1H5VA 4JIEA 4QLKA 1VJSA 1YQ2A 1B3YA 1LJYA 1CXHA 5A94A 2CKSA 1E71M 3VIIA 1KCLA 4D6HA 2ESCA 1CECA 1LL7A 3UG3A 1U2YA 3CO4A 1NP2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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