1JJK | Genus

Total Genus 64

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	64
sequence length	231
structure length	231
Chain Sequence	VTNSPVVVALDYHNRDDALAFVDKIDPRDCRLKVGKEMFTLFGPQFVRELQQRGFDIFLDLKFHDIPNTAAHAVAAAADLGVWMVNVHASGGARMMTAAREALVPFGKDAPLLIAVTVLTSMEASDLVDLGMTLSPADYAERLAALTQKCGLDGVVCSAQEAVRFKQVFGQEFKLVTPGIRPQGSEAGDQRRIMTPEQALSAGVDYMVIGRPVTQSVDPAQTLKAINASLQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
publication title	Selenomethionine substitution of orotidine-5'-monophosphate decarboxylase causes a change in crystal contacts and space group. pubmed doi rcsb
source organism	Escherichia coli
total genus	64
structure length	231
sequence length	231
chains with identical sequence	B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2001-07-06

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1jjkA00

4ORMA 2WQPA 2E09A 3OVPA 2B7NA 1ZAIA 4JIPA 1EIXA 1ZJIA 4UTLA 1MO0A 4NZFA 4MZYA 3NM1A 1OFRA 2AGKA 1L6SA 1VLIA 4A21A 4LS0A 3CLMA 2DJLA 5KZEA 3ABSA 5D2TA 4FNTA 1R30A 5F2LA 4NX5A 1LOSA 4JTTA 1TCDA 1QCWA 3EX2A 3P81A 5DELA 1XBZA 3IGUA 3W22A 2VENA 3DGRA 4K7VA 3LCWA 3PB2A 3S5YA 1LDCA 3PVFA 2YW3A 4FHAA 1JUBA 4Y8FA 4OBTA 4X2RA 1UB3A 1YTKA 1Z44A 2YDAA 3AO0A 2TPSA 4CQ8A 3BV4A 3W76A 1F2JA 3TW7A 3BPWA 1LROA 3W1LA 2YYUA 2H3BA 4AHQA 4UNKA 5DXXA 1GYLA 4GUHA 1SQ7A 4L4LA 5G4WA 4P2VA 3SY5A 1DORA 3EXTA 3G1AA 5IBXA 1GYNA 3UWZA 3ATZA 3GXPA 1T99A 1I2RA 3EX4A 1RQEA 5CPOA 5BMWA 5AHMA 4LC8A 2YFOA 2J6XA 3EX6A 3IRDA 1Z42A 1WOBA 1H7PA 3HGJA 4O53A 3L2IA 1KV8A 3THQA 3QH2A 3O06A 3UPBA 1UBSA 1RV8A 3LLFA 2E6FA 2NX9A 1EA0A 1EUAA 1A5BA 5I3IA 2UV8G 1OFQA 1YTEA 2YXGA 4CCEA 5LGXA 1J4EA 2ZTJA 2NWSA 3GDRA 3HGOA 1OG0A 4P61A 4UTUA 2C19A 3B0PA 1FWWA 1K7XA 3MHUA 5J5RA 3ZR4A 3QFEA 1QPRA 2NV2A 5L9FA 1FCUA 2YGYA 1YDNA 2VFFA 3Q37A 2Q8LA 3WFAA 2BSLA 4N9DA 1H5YA 2DZWA 2WJZA 3QMRA 1LOLA 1WOAA 3ABRA 3NQAA 3P8JA 4ADSA 2CLIA 1LTDA 1LZOA 3NQVA 4LVBA 3PB0A 2BXVA 1SUXA 4WY0F 1XUZA 1W5PA 5F2GA 1XM3A 4JTLA 3QZEA 1FX6A 4DF0A 2BLEA 3RMJA 2PE4A 1JCYA 1H61A 5L6UA 4A22A 4UCGA 3FEMA 3QSTA 4X3ZA 4Z1AA 2P0OA 3W2UA 4UXDA 2X1TA 1W0MA 1JCMP 3ZS4A 2NX3A 2CZDA 3PS7A 4U4MA 5E1QA 4TIMA 4N6FA 4LTSA 1EUNA 3W83A 3LERA 1DJNA 3DFSA 3NQFA 1EX5A 4O57A 1R47A 3U2OA 3UWVA 4DF2A 3GAKA 4NT0A 4CQAA 4FXSA 4GXMA 4LVDA 3B0UX 4O52A 4ZQNA 2V2CA 4WXYA 1FWSA 3STCA 3PULA 1LOQA 4R33A 3NQ6A 1E51A 1MSSA 2C3ZA 1SO3A 7TIMA 2CZFA 1RVGA 1L9WA 1TB3A 4DO4A 5TBOA 4LS2A 5LHFA 1O95A 4HSOA 3PG8A 1VJIA 2WPBA 1SFJA 3W23A 1D9EA 3TMLA 4O28A 4BI5A 3M41A 4O15A 1X6UA 4O19A 3SI9A 1SO4A 3FFSA 3LHTA 1OFPA 3TUUA 3EWBX 3UXAA 3HPSA 3WJSA 2YX0A 3OHIA 3G3MA 2V5BA 3S1XA 3ABOA 1JCNA 2Q3RA 4K7YA 5EMUA 3P8IA 3LB0A 3B0VC 1ZAJA 3SECA 2PURA 2ZA3A 1SPQA 2VC6A 4UFJA 4MJZA 4NJKA 1ZENA 4TR9A 3W71A 2ZZ4A 3HPXA 2RFGA 1KM1A 2DZSA 3TW6A 3W7JA 4LV9A 4Z08A 2F7FA 1PHWA 4XBKA 1GOXA 2VOMA 5H2ZA 1G4TA 1M7PA 4ZMGA 3EXRA 5K4XA 5I3KA 4AB4A 1H7RA 4XQ6A 1WYIA 4JR5A 5FEWA 1SFLA 5D38A 3FYOA 3W75A 3BO9A 3M16A 3M5YA 4AWTA 3W7QA 4LW7A 3L5AA 3D0CA 4ONVA 4XKYB 3WK2A 3E9AA 2A6NA 1BWKA 1SO5A 5DXYA 4A2SA 4I7VA 4MLJA 1GTHA 1TV7A 2R94A 4DPPA 2GVJA 3ELFA 4Z1DA 3N14A 4CCCA 4AVFA 2JKAA 5F4SA 4IMEA 1H62A 1RPXA 1Q6OA 5LKYA 1TPFA 1VQTA 3W70A 3W7OA 3PAJA 3W7GA 4RXFA 4LVFA 4HKPA 1UUMA 4MUZA 2X30A 3QPZA 1TV8A 4RV8A 3TR2A 1JQXA 3TC7A 3DHDA 3HQ1A 1GWJA 5G5IA 1RR2A 4O12A 3QMTA 5D05A 4YCOA 1YLVA 3DXIA 3F03K 1XL9A 4CLMA 1TSIA 1LBFA 1TPVA 3CEPA 3T78A 4XZ9A 3ATYA 3NAVA 1F74A 1X7FA 3NR0A 3BG5A 1ZCOA 3S0CA 3U6WA 3W2KA 4K6AA 3N19B 3T55A 3UWQA 2J9ZA 2J88A 1C29A 2NXIA 1AG1O 4QAIA 4JX4A 1FY6A 4N02A 5K2ZA 2QCEA 2QF7A 2A0NA 1GPWA 1WA3A 2ATSA 3W1RA 2QKFA 3UYCA 3R5EA 2QUVA 1KM3A 3U8GA 3O07A 3BG3A 3TQKA 4UTHA 1OX4B 4JTIA 3BW3A 3W7PA 5HR7A 4MY1A 4FIRA 4MOZA 5HMSA 4E38A 3QM3A 1JJKA 4UTWC 2CLEA 1H51A 1KM5A 1V7YA 3LDVA 4UMAA 5HWNA 4UNLA 3W72A 4NX0A 5HINA 4IX2A 1I2NA 4PFMA 5KZDA 2P1FA 3FYPA 2C18A 2ZRUA 3TH6A 1U5JA 2A85A 3DFOA 4N9CA 3MHFA 4ADTA 1Q6RA 3FLUA 1NSJA 2C13A 3TAKA 3KOFA 1JR1A 3EX1A 4HNVA 2HS6A 3MBFA 3QEZA 1SO6A 3HG3A 1A5CA 3DFTA 3OG3A 3T4CA 2NWRA 1KBJA 3E12A 1FQ0A 2QAPA 3O05A 3R8RA 1CI1A 3UD6A 3HG4A 2ZRZA 5FESA 1KTNA 1W3IA 2GPTA 3SR7A 5HNRA 3QMSA 3W2LA 4IXHA 5CZJA 4QISA 4Z1BA 4PL1A 3NPVA 1TTPA 3LCIA 3TQVA 2BX7A 3P84A 4OU1A 2QCNA 3C52A 4JD4A 3TFXA 3BW2A 3IGXA 3W7DA 3CWNA 1IXQA 2WV8A 6TIMA 4GBUA 4ZQCA 1R2TA 2V30A 1P5BA 1H7XA 4JYDA 4FB7A 5BW6A 3TE9A 3TMQA 4YCPA 1YPIA 4O13A 1WX0A 3C61A 3RU6A 3S42A 1T8XA 1K8ZA 1F05A 1LBMA 3M5VA 3UY8A 2O7QA 3USBA 1VYPX 1QFEA 3FKKA 4DO6A 1VZWA 3DHFA 1G7UA 2DJXA 5FF3A 4JTUA 4JTKA 4AHPA 2GUUA 4H4IA 3B4UA 4JGDA 1BWLA 4YL2A 2Z6JA 3TSBA 4YMZA 4IPJA 1GT8A 3CB8A 4MZ1A 4UMCA 2FB3A 2ZZ3A 1YYAA 4JTFA 3I68A 1G4PA 3M9YA 2LLEA 3NPWA 2E6AA 4FO4A 1TMHA 2CLOA 5D02A 1R2SA 1DHPA 3L65A 3O8AA 2OCZA 4EF9A 3A5VA 2EAWA 4UTTC 3MI2A 3EWYA 4ZQPA 1F6KA 3RK8A 1OYBA 1PE1A 3KVKA 3CIXA 2V81A 5U7SA 3WJYA 1K3UA 1FWTA 5K9XA 4DO5A 3MO7A 4IMGA 3TV8A 2WO5A 2X1UA 1WBJA 3W84A 2Z2UA 3LHZA 2VKZG 5BMXA 4O16A 5F2IA 3W1XA 3MP5A 3S5NA 3HBLA 1X1OA 3NDOA 2ZRXA 4D2JA 5LNRA 1OYAA 3IVUA 1K8XA 1DKWA 3TAOA 1G4EA 2EGZA 3DZ1A 3GR8A 1ZY9A 1KLYA 1H7OA 1OHLA 3W88A 2QAFA 4X22A 2ISVA 5EKYA 2G97A 3KX6A 5BRBA 1UUOA 3P5YA 3QYQA 4K8EA 3NM3A 4JNMA 3IGSA 4JY9A 2H6RA 2A6LA 1QO2A 1O4UA 3OVQA 4IQLA 4RLIA 4UTKA 1IIGA 1W5OA 3W86A 1TTJA 3G1FA 1LCOA 1RQBA 4FX7A 1GEQA 1H63A 4FX6M 1P0NA 1FUYA 3C2OA 3GK0A 1BKSA 2CLHA 3EWUA 3S8HA 2WNNA 3CHVA 5CPMA 3G24A 3W7NA 3G1YA 4MFDA 2A7PA 5K9DA 1DV7A 5DN1A 2CZEA 3R12A 3VKJA 4TO8A 2JBMA 3Q58A 1LRQA 1YTDA 1WAUA 4K37A 4K39A 2WOQA 1B57A 2ATMA 4IUOA 4LNYA 3NPXA 3L0NA 4O11A 1H60A 3G1HA 2HTMA 3IV3A 3LXCA 5K3VA 5AYZA 2GOUA 3BARA 1GG1A 3P5ZA 1W5NA 2X1SA 5CPLA 2BTMA 4TMCA 3W87A 1QPQA 8TIMA 2BWGA 4QQ3A 3PY2A 3GKFA 4KWWA 5ABTA 2Z0IA 1QOPA 3BVJA 1OK4A 1SW3A 3S1VA 5FF2A 5EY5A 2YZRA 5D2VA 4MIMA 2Y62A 4I7WA 1TRDA 1B3OA 3PWAA 1EP2A 3CEUA 2ABAA 2ZRYA 2QDHA 4S2BA 3BGGA 1X8FA 3B8DA 2NXGA 3L9CA 3EKLA 3KVMA 3TNOA 3HB9A 4M7TA 4NU7A 2HS8A 3NGJA 4YXGA 5K7JA 3EWXA 3E0IA 1O60A 2E5DA 2EKCA 3GDLA 2G5WA 5G2WA 1RD5A 4JY8A 3IVTA 1H7NA 4IWWA 1QPOA 3NPUA 2Z6IA 4BI7A 1XBVA 3G0XA 2JGYA 3CPRA 1QO5A 2GJLA 3WJXA 1GVQA 5U4NA 4PODA 2ISWA 5AHLA 2CLLA 2OT1A 3EWWA 3QRHA 1XFBA 1QPNA 3GYEA 1KFLA 1I45A 2VEMA 1DL3A 1SZGA 5AHEA 4N2YA 3LTYA 3W7IA 4GUGA 1EPXA 5AC7A 1OABA 1ME8A 3WK1A 2DU2A 3W1AA 4JTSA 4AEOA 1MEIA 4NXKA 4MJMA 2GQAA 1PHQA 3TA6A 2D73A 2Y7GA 5HJLA 4JS3A 3H53A 4M7SA 4XTIA 3NEVA 3G0SA 1Q45A 1JUKA 1T96A 1KM0A 2E1DA 4Z0SA 3FA5A 4Q32A 3STFA 1SU5A 5G2IA 2A5HA 1UASA 5DCEA 1LLZA 5DCBA 4PA8A 1DVJA 4JTGA 3DFPA 3A23A 4KWVA 1YXYA 4O0ZA 3N34A 1G6CA 4HT3A 2H8ZA 2J24A 5D03A 3CM4A 4QSHA 4O54A 4AF0B 2E68A 1Q6QA 5CSRA 1XDLA 1XBXA 3EX3A 2GVGA 2A7NA 5DY2A 3IIXA 3GR7A 4AMAA 1QWGA 1TREA 3STEA 1FBAA 4A3UA 4RXGA 1AMKA 3IIZA 3HG2A 3I65A 3C2RA 5TIMA 5G1YA 2Y89A 3RF9A 4AHOA 2A1YA 1GVFA 3QC3A 4PEKA 1XCFA 2Y88A 4UFIA 2XN1A 4OV9A 4DQWA 2A21A 3P67A 4OQVA 4G1KA 4XKYA 5CKSA 1VCVA 3MI3A 3JR2A 3MYOA 1ICQA 1NEYA 3P60A 1FCBA 1CW2A 1KW1A 4IXXA 5AB3A 1F73A 3VE9A 1AK5A 1OJXA 4MLRA 3JS3A 5F4XA 2P10A 5CSSA 3NXFA 2C6QA 3C56A 4HSNA 1TPH1 4LUJA 1IIHA 3C0JA 2E6YA 2NV1A 3NZRA 1N55A 2DZUA 5BOOA 3TX9A 2BZNA 1L6WA 4UTIA 3KFTA 2V2DA 3FIGA 3DI0A 4IMCA 5CZTA 2PRLA 3LCHA 1TPB1 3M43A 2PCQA 2HSAA 1NVMA 4LT9A 2ABBA 4N6EA 2CLKA 4BWLC 4AH7A 3E02A 3KRZA 4ML9A 2CLFA 3IIPA 5HWMA 3I7QA 2IQTA 2RKXA 3QW3A 1M7OA 3GXTA 4Y9AA 1ME7A 3C2VA 1W5MA 4WXZA 3JRKA 1DJQA 4HIBA 5K4ZA 4LY8A 2FIQA 2ALDA 5C6MA 3W9ZA 4Z0JA 3TIMA 3M1ZA 2VFIA 1Q6LA 3PSVA 4KFOA 3P61A 5KSWA 3BW4A 3NOEA 3TXVA 1L2UA 1F6PA 4JICA 3NQ2A 1U83A 3QQ0A 1OFOA 3S1UA 3C2FA 4A29A 2ZBTA 4JDYA 3W73A 1F5ZA 1OFEA 3P7YA 2QCMA 4IOTA 3C6CA 3NYZA 5D2YA 4FXRA 3NVTA 4N4PA 5AHIA 2W79A 4MKNA 2VXNA 3G1XA 5D32A 3LCXA 2PRMA 2V2HA 3C4UA 5EBUA 2ZCGA 3GDMA 1IF2A 2ZQ0A 1UCWA 3NQCA 3HGRA 1Z48A 1K03A 4O14A 1N7KA 3NQ7A 1JCXA 2ZRWA 3F4NA 2I1OA 1OFAA 3TJLA 4O8RA 3F1QA 2FQIA 2CWNA 3C8FA 4K36A 3W7HA 4LWWA 2QJHA 4WD0A 3HO8A 4AWUA 2JK2A 2QCDA 4OT7A 5LNSA 1EB3A 1NAL1 3QF0A 4GUFA 1GQNA 1ZFJA 3H55A 1HFBA 2Y7FA 2Y63A 5F4WA 4GJ1A 3NNTA 5D30A 2ZA2A 4CQ9A 1AL8A 3HOJA 1OF8A 5AYXA 1XKYA 1FDJA 4O1AA 1LRTA 4L4MA 3L67A 1HO1A 4UFLA 3NL2A 4O10A 2X16A 1J2WA 1IXPA 2V8ZA 1KFCA 3PM6A 3HF3A 2J9XA 3LTPA 2VFGA 1AL7A 3P62A 4WZHA 5TQLA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1JJKA

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