3B06A

Crystal structure of sulfolobus shibatae isopentenyl diphosphate isomerase in complex with reduced fmn and dmapp.
Total Genus 142
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
142
sequence length
364
structure length
364
Chain Sequence
DIVNRKVEHVEIAAFENVDGLSSSTFLNDVILVHQGFPGISFSEINTKTKFFRKEISVPVMVTGMTGGRNELGRINKIIAEVAEKFGIPMGVGSQRVAIEKAEARESFAIVRKVAPTIPIIANLGMPQLVKGYGLKEFQDAIQMIEADAIAVHLNPAQEVFQPEGEPEYQIYALEKLRDISKELSVPIIVKESGNGISMETAKLLYSYGIKNFDTSGQGGTNWIAIEMIRDIRRGNWKAESAKNFLDWGVPTAASIMEVRYSVPDSFLVGSGGIRSGLDAAKAIALGADIAGMALPVLKSAIEGKESLEQFFRKIIFELKAAMMLTGSKDVDALKKTSIVILGKLKEWAEYRGINLSIYEKVRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
publication title Covalent modification of reduced flavin mononucleotide in type-2 isopentenyl diphosphate isomerase by active-site-directed inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Sulfolobus shibatae
total genus 142
structure length 364
sequence length 364
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 5.3.3.2: Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase.
pdb deposition date 2011-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01070 FMN_dh FMN-dependent dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3b06A00
4XTDA 5LZLA 2NXIA 4WXYA 1JCLA 1WYIA 1YTKA 2B4GA 3G8RA 5K3VA 4GC4A 1LOLA 2AQWA 3GXTA 1Q6QA 4RKAA 5K9XA 3TQKA 1RV8A 1AW2A 3SI9A 3DAQA 1QO5A 2XFWA 2ZYFA 2QAPA 2QKFA 3DFNA 3NQGA 4TMCA 3I65A 5D04C 4K38A 1KV5A 4GWEA 3LV6A 2C19A 2GOUA 1I2OA 1EUAA 3HB9A 1EX5A 3INPA 3B0VC 4IMDA 4N9DA 4K37A 1JR1A 2JK2A 2GJLA 3GDKA 3TIMA 3VKJA 3GB6A 3W3OA 1LP6A 2WSRA 1QPRA 4R53A 2CZDA 4S2BA 3MYPA 3NPWA 3DHDA 4GUJA 1TPFA 2E5CA 4DPQA 4M6PA 1VLWA 1YXCA 4G1KA 5DBUA 4LOCA 4IMEA 3IGXA 2EF9A 3NO5A 3GZ3A 1ZHAA 3FFSA 4IQLA 4UFIA 4OGZA 4TX9A 4OV4A 1VR6A 4JTJA 4LVGA 2WJZA 1IXQA 3BGGA 1XCFA 4I7UA 2B0MA 1XBZA 2VEMA 3G22A 1HFBA 4N9CA 3LTPA 4IX0A 5F2GA 4LVBA 3LX9A 2E6FA 2W79A 1LTDA 3R13A 3PUOA 1KLZA 3PULA 5LNWA 1H62A 2CLHA 2X1TA 3LCGA 1OFDA 4LWWA 3G0UA 4O1BA 2DZVA 4JIPA 4MJMA 4AMAA 5TQLA 2YDAA 1PVNA 2ZA2A 3W2KA 1FDJA 5U4NA 5GVJA 3LB0A 2CLIA 3WJZA 2ZDRA 3TXZA 1KM4A 3V1PA 1SZNA 2RDTA 4AHOA 3L2IA 3P5ZA 1PL9A 5CZSA 4FNQA 4UFJA 5C6MA 2E6YA 3G3DA 1I2QA 3C6CA 3G1XA 4JTGA 5DXYA 1Z42A 3TK7A 1TQJA 1N7KA 4UFKA 3W2MA 4LS0A 3GKAA 4N4PA 2FB2A 2ZZ1A 5F2LA 1HL2A 2R14A 1L6SA 1OFPA 5EBUA 4EWND 2DZSA 1LRNA 2OX1A 2VOMA 3GKFA 3GVGA 3ZWSA 4Z1BA 1YDNA 2R91A 2YYTA 4ALDA 3S1UA 4FIRA 3MYOA 2Y7GA 2QUTA 4RX0A 2Y7DA 1X1ZA 2WV8A 3S8HA 4DQWA 3F1QA 4O14A 3P81A 1F73A 3IIZA 5LKYA 1R2RA 1EWEA 3DKLA 3N34A 3W2LA 4O4WA 3NQDA 4GUGA 3HJZA 4ICNA 4ADSA 5EL1A 1ZAJA 3EKZA 3P8JA 5C55A 4N6FA 1OFEA 1PIIA 1D9EA 3CEPA 1KM2A 1P1XA 3WJWA 4IJBA 2R94A 2V2HA 1WAUA 2QCLA 4NXKA 1XDLA 3NPVA 1I8JA 3KVJA 1WOBA 4H4IA 1SO6A 3QC3A 5DLCA 1O60A 4FNRA 1H1YA 1L9WA 1ALDA 1ME9A 3OVPA 8TIMA 1TMHA 3PG8A 3IV3A 4UIOA 5DXXA 1FDYA 3MJYA 1TTIA 3EXRA 3OA3A 2NWSA 3W9ZA 5D37A 4AB4A 3PG9A 4FNUA 3RLVA 1PHWA 3QQ0A 1OX4B 3WJXA 2CLEA 4WD0A 5CPLA 2WSQA 2H3BA 3FEMA 1VRDA 3QMSA 4IOTA 3L0GA 5KSWA 3PS7A 4JY8A 4JTUA 3NQ7A 3MO7A 2ZRYA 2Y70A 1YTDA 4UTLA 5TBOA 2QCHA 3B0UX 4JS3A 2KZHA 5AOUA 2YYUA 3JS3A 4I7WA 1TV5A 4GUFA 1NAL1 5A5WA 5J5RA 4NZFA 3QH2A 2J27A 2QCCA 1W54A 4UTMA 2Y6ZA 4HSOA 2B7PA 1NFBA 5CZ0A 3WK2A 1F74A 2BTMA 2DP3A 5K4XA 4AHQA 1J2WA 5CSSA 1ME7A 1A5BA 3PSVA 3UZJA 2QCFA 2YW3A 2FDSA 2CLKA 4JXCA 4K6AA 3I7QA 3WK0A 2E77A 5D2TA 3OHIA 2JBMA 3SECA 1W5MA 2G5WA 1FCUA 3STEA 2C6QA 4DO6A 2GPTA 3OEXA 4FIQA 1W3TA 3TW6A 3IGSA 2V9DA 4S1FA 4FXSA 1DKWA 4HNUA 2QDHA 1TJPA 2A2IA 3UPWA 3NEVA 1M7OA 2YR1A 3IIXA 3FKKA 2I9EA 3W7MA 5D2VA 3W84A 2IQTA 3C2EA 4POCA 3O63A 3B06A 3CB8A 5H91A 4NT0A 4PCFA 4UTTA 1XBYA 3TNOA 3P60A 3TAKA 1J4EA 5KITA 3LCWA 2PC4A 2VFIA 5FF4A 1Q3NA 4MZYA 3NGJA 3HG5A 3ABOA 5K9CA 4NJHA 1SZEA 3EEGA 1MSSA 3DZ1A 1KFLA 3IVUA 4PC8A 1FX6A 3HPZA 1GVRA 1OFAA 1F2JA 5IM51 1W3IA 2WNZA 3BLEA 4PH6A 3G0SA 4UTWC 5T26A 3W70A 1FUYA 3KAOA 4A2RA 1TIMA 5HUOA 5EMUA 4X2RA 1QNVA 5H2ZA 5KTLA 1F05A 4GUIA 4M6VA 4CQAA 3NM1A 4UTIA 4IMCA 3NQFA 1S5TA 2A7PA 5CPNA 5G4WA 1V5XA 3QQ1A 3FS2A 3QF0A 1AMKA 1NF7A 3CC1A 1TQXA 1WX0A 3T55A 1NEYA 3TFXA 3LRMA 5HR7A 1TPEA 2XN1A 5K7JA 1PHQA 1VLIA 1FWTA 3GR7A 4MY1A 5CZTA 1JUKA 2Q3OA 4UMBA 1GYLA 3EWXA 3S5YA 3QPZA 5FI8A 5L9FA 4QISA 4FEZA 3UQNA 3W22A 4MLRA 5HULA 4PODA 5D32A 2VFFA 4DBEA 2ZRVA 3LLDA 2FQIA 4M19A 2VEIA 3A24A 1XFBA 4O17A 1BEUA 4E38A 1JCMP 1OFBA 7TIMA 3I68A 2B7OA 4QITA 2QF7A 2Y88A 4Y96A 1SO5A 3A5VA 3CIXA 2VENA 5HWMA 4ZL1A 3BW4A 3QRHA 2YW4A 3ANYA 3NQEA 1BTMA 1TPDA 3EKLA 1W37A 3M5VA 3UWWA 1UB3A 4EVZA 1VH7A 3M43A 2DZWA 5EKYA 2DJXA 3EWBX 1H7NA 4B5NA 3DBPA 3TFCA 3KX6A 5G4EA 1TB3A 3N9RA 1XL9A 2P1FA 3L66A 3NR0A 4MYAA 3G1FA 3W1PA 4X22A 4O28A 1GVSA 4K7YA 1GVQA 5EYWA 4YXGA 1TCDA 1XM3A 1QO2A 3OVQA 2Y85A 3RMJA 4FNPA 3MW7A 3I7RA 1EUNA 4J9JA 1W8SA 1KLYA 4K39A 4JICA 5K2ZA 4CLMA 1KM0A 2JKAA 1L2UA 4RLIA 3MWAA 2A7NA 4PA8A 5D2YA 4JR5A 3UWYA 1D3GA 2I14A 4OBTA 1KFJA 1MEIA 3PR2A 5KZDA 1UUOA 1K02A 4ZQMA 1EB3A 2JKPA 3BK0A 3KVKA 4O18A 4DBDA 4XQ6A 2VFGA 1QOQA 4CCCA 2NXHA 3T4CA 1S5VA 1PCWA 4LNYA 4RK8A 3E96A 4NJJA 1QPNA 3BW2A 4DXVA 3B8DA 3L5AA 2FB3A 4DPPA 1R2SA 3W2UA 2PRMA 4TMBA 1C29A 4JYFA 2DZXA 1WDWA 1ONRA 4Q33A 4ORIA 1G69A 4IWWA 3PUEA 3E9AA 5G2HA 2QJHA 4O0ZA 2Z6JA 5CPOA 1TREA 4N6EA 3HO8A 4A22A 2YSWA 3GXPA 3UY7A 1VCVA 3C2VA 3H53A 1QPQA 3LLFA 5BMWA 3LRLA 1GG0A 3HG2A 3EX2A 4GRSA 4N9EA 1G4PA 2I1OA 1KFBA 2G96A 4TU1A 3IVTA 2ZRWA 4GJ1A 3TXVA 2V8ZA 3W1RA 3GR8A 2A6NA 2J9ZA 1JULA 2NUYA 1V7YA 1XXXA 1N8FA 3JRKA 4UTHA 1KM5A 5BNKA 2JGQA 3TJXA 1GWJA 3RK8A 2DZPA 1DORA 4GBUA 4MVAA 3MHFA 1K3UA 2E6AA 3NM3A 2VFEA 3P80A 4QAIA 1VQTA 3CWNA 3MI2A 1OF8A 2TSYA 2HS6A 3L21A 3W7PA 1YADA 3N14A 3TUUA 4LU0A 2Y7EA 4WOZA 1H51A 4IX2A 2VEKA 3BGJA 3DI0A 3QFEA 4BI7A 3LCLA 4D2JA 4QNEA 3NL2A 3O06A 3QW4B 5HUPA 3SY5A 4LUJA 1YYAA 4MKNA 4UNLA 3BVJA 3KRSA 1LM1A 2QDGA 3MHUA 2YZRA 2ISVA 3PBWA 3VI2A 1LBFA 3YPIA 1ZNNA 4AWTA 4LY8A 2VFHA 2BZNA 3MI6A 4N02A 2E5BA 4UR8A 2ATMA 3NQ8A 2FPYA 4RZ5A 1LRQA 5D2XA 1K8YA 4Q32A 4HSNA 4RZ4A 1G7UA 3KHJA 3W76A 5FEWA 4HPJA 1S3HA 2ZZ4A 4AH7A 3GDMA 4NX0A 2FFCA 3IIVA 3P61A 1AW1A 2OCZA 5F2MA 1UASA 2AGKA 1GOXA 2P10A 1X1OA 3GDTA 2UV8G 1ZCOA 4BWLC 4P61A 4HPXA 3L67A 4KFOA 4OU1A 3TDFA 4IXXA 5SWUA 2F7FA 3CTLA 4CCEA 1JCNA 4FNTA 3NVTA 4LW7A 2A5HA 3W1QA 3CIWA 3UPBA 4L4MA 1VGAA 3NXFA 2YFNA 3G1YA 1RD5A 4K7VA 3BLIA 1KV8A 3ELFA 3O15A 3HPSA 5IBXC 2H6RA 1TO3A 1IF2A 5HWJA 2VFDA 3EWZA 4AXKA 2RKXA 3W07A 5D02A 2OZ0A 3H54A 2EKCA 5AYZA 5LGZA 3S5OA 2FPTA 5AYXA 1CW2A 3UYCA 1H7OA 4C1KA 4PEKA 4CNOA 2YPIA 3G18A 3HGOA 1AG1O 2NWRA 5K9DA 1NVMA 2FTPA 1LLZA 4NNCA 2Z1BA 4XTIA 1I2RA 4ZQNA 1DQWA 1LYXA 1FWSA 1SW0A 2J24A 2ALDA 4O12A 2NUWA 1I2NA 4HKPA 1YPFA 2A6LA 1VJIA 1XKYA 3CQ0A 4GFSA 3E02A 1H7XA 3TSBA 4QSHA 2ABBA 4JTHA 5HQEA 3C4UA 3TE9A 1O5KA 1OYCA 3AO0A 2GQ9A 4AVFA 1FWNA 4MZ8A 1SUXA 1C9DA 1KFKA 1QAPA 1THFD 3W1MA 2YFOA 3HGJA 2OMAA 2ZZ2A 2NX9A 1B3OA 3G1VA 3W7OA 1LLWA 2V0TA 4O57A 5KMYA 4XBKA 4NJKA 1L6WA 3BG3A 5LNSA 1K8ZA 2VEPA 2RDWA 1Q6RA 4IMFA 3G1SA 3C2RA 1H7RA 1N55A 1GT8A 4EF9A 2QJIA 4O13A 2QR6A 4UFLA 2ZRXA 3KVMA 5TIMA 3HMJG 5BMXA 2EAWA 4DF0A 5I3IA 3NQAA 2XN0A 3LCIA 1WBHA 3BG9A 1LOQA 3M41A 3FKRA 3O1NA 5AHMA 2BLEA 1GEQA 4IGHA 3UWUA 3DFQA 4DO5A 1SO3A 3BG5A 1TV7A 4FX8A 1PCKA 1RR2A 3R2GA 4QM1A 3EWUA 2C0AA 5K4ZA 1YXYA 5D09A 3T7VA 1EP1A 1TPC1 1LBMA 2FJKA 3W7KA 1TTPA 5AC6A 2A0NA 3IIOA 3DFTA 3N73A 3OG3A 5DELA 1KM6A 3NOEA 5FF0A 4CCDA 4MFEA 1VHCA 2RDUA 4NNAA 4Z0SA 2JKEA 5AHIA 4ZQCA 1I2PA 3W7DA 5FF2A 1A50A 3KOFA 1W5QA 1DBTA 3C56A 3PSWA 2TRSA 3R8RA 2Y63A 2DORA 3TMQA 2ZBTA 2H8XA 1DL3A 3U2OA 3L65A 3NPUA 1X6UA 3F03K 2NV2A 2HS8A 1F6PA 2DJLA 3KXQA 3ZFHA 2LLEA 3P62A 4RV8A 3ZS4A 1LBLA 6ALDA 2PURA 4R7JA 2BXVA 4O50A 1X7FA 3Q2DA 1IXPA 3HF3A 4DELA 2V30A 2PRHA 4JYDA 3LTSA 4O1CA 4WY0F 4ADUA 1P4CA 1LROA 2HMCA 2E09A 1B9BA 1JCJA 2DU2A 5HMSA 1SO4A 3MI3A 3DXIA 1VC4A 3LBCA 2NLIA 1NSJA 3W1LA 4JTEA 3S1VA 2HTMA 3VE7A 2B7QA 5AN7A 3HOJA 1R47A 3S5ZA 4JGDA 2W6RA 4FX7A 1B57A 3GK0A 5C5YA 3USBA 3EXTA 3EB2A 3M5XA 3SJ3A 4IMGA 5KINA 3G24A 2E68A 3FYOA 4ZMGA 1HO1A 3LDVA 3AJXA 2WNQA 1GVFA 2V2DA 2V5BA 3P5YA 2J6XA 5EA9A 4AWSA 3GNDA 3ZWTA 5G1YA 3TC7A 1TSIA 1OG0A 3LI0A 1SW3A 3LHTA 4LT9A 1XDMA 4FX6M 1QMLA 1TTQA 1H1ZA 3IRDA 3STGA 4N4QA 3O6YX 4RZ6A 3C0JA 4YWIA 2C1HA 3QMRA 5HWNA 3C3NA 2VC6A 4JX6A 4W9TA 3QZEA 5F4SA 5A8GA 3KFTA 1SZGA 2VXNA 4YCPA 4ZVJA 1GVOA 1FBAA 1F6KA 4NJIA 2WNNA 2X2GA 2X1RA 3B03A 4OWGA 3IGUA 4XKYA 3GAKA 3TW7A 1GG1A 3HQ1A 3M47A 1GZGA 1UCWA 4NJGA 2PCQA 3G8EA 1FQ0A 3L5LA 3PY2A 3C61A 2V2CA 1G4SA 3B4UA 1DJQA 1CX9A 3W7JA 1WXJA 3P67A 1XBVA 1GTHA 1VYRA 5J5DA 3CT7A 3W7NA 4R33A 1OFQA 4LRSA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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